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基于mRNA稳定性推断死亡时间的研究 被引量:17
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作者 朱方成 郑光美 +3 位作者 任亮 刘良 朱少华 王树法 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期453-454,共2页
目的探讨大鼠死后不同时间肾、脾3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)mRNA的表达对死亡时间(PMI)推断的应用价值。方法28只大鼠断颈处死后置于20℃温控系统内,分别于死后0,8,16,24,32,40,48h共7个时相点(n=4)解剖,利用荧光RT-PCR技术检测大鼠肾、... 目的探讨大鼠死后不同时间肾、脾3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)mRNA的表达对死亡时间(PMI)推断的应用价值。方法28只大鼠断颈处死后置于20℃温控系统内,分别于死后0,8,16,24,32,40,48h共7个时相点(n=4)解剖,利用荧光RT-PCR技术检测大鼠肾、脾GAPDHmRNA相对表达量的变化。结果在大鼠死后40h肾、32h脾内可检测出GAPDHmRNA,且其表达产物均呈规律性下降趋势(荧光强度逐渐变暗并最终消失)。结论检测大鼠死后不同时间肾、脾GAPDHmRNA的表达对PMI推断具有一定的应用价值。 展开更多
关键词 rna稳定性 死亡时间 甘油醛-3-磷酸脱氢酶类
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N^6-甲基腺苷依赖的信使RNA稳定性调节 被引量:1
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作者 陈桂玲 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期267-267,共1页
N^6-甲基腺苷(N^6-methyladenosine,m^6 A)修饰是现今最常见的高等真核生物信使RNA(mRNA)内部(非帽子结构)修饰,是在转录后由m^6A甲基转移酶(如MT-A70)在序列的G(m^6A)C(70%)或A(m^6A)C(30%)部位上加工形成的。这... N^6-甲基腺苷(N^6-methyladenosine,m^6 A)修饰是现今最常见的高等真核生物信使RNA(mRNA)内部(非帽子结构)修饰,是在转录后由m^6A甲基转移酶(如MT-A70)在序列的G(m^6A)C(70%)或A(m^6A)C(30%)部位上加工形成的。这种修饰对于细胞的存活和发育是必不可少的,但其确切作用仍有待进一步研究。 展开更多
关键词 N^6-甲基腺苷 信使rna稳定性调节 甲基化 生物学功能
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DNA和RNA双链稳定性差异的理论研究 被引量:4
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作者 冯丰 于建国 方维海 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2009年第12期2445-2451,共7页
利用适用于分子间弱相互作用,尤其是生物分子间的氢键相互作用的改进的半经验方法RM1BH和达到线性标度的新的半经验算法以及SimuCal_SE方法,与自主开发的量子化学程序包SimuPac1.0,对4组一系列DNA和RNA碱基的氢键结合能进行了计算.这些... 利用适用于分子间弱相互作用,尤其是生物分子间的氢键相互作用的改进的半经验方法RM1BH和达到线性标度的新的半经验算法以及SimuCal_SE方法,与自主开发的量子化学程序包SimuPac1.0,对4组一系列DNA和RNA碱基的氢键结合能进行了计算.这些计算包括单一碱基类型和混合碱基类型两大类情形,最大的原子数达到1064个.计算结果表明,在碱基层数较少时,DNA和RNA氢键结合能差别不大;在碱基层数较多时,RNA的氢键结合能明显高于DNA的氢键结合能;嘌呤和嘧啶的排列方式对结合能略有影响,但不影响上述趋势.可见,氢键对于RNA的稳定性差异起到重要的作用,计算结果支持了实验的结论. 展开更多
关键词 半经验计算 RM1BH方法 SimuCal_SE方法 DNA和rna稳定性差异 氢键结合能
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LncRNA-GAS5抑制miR-21介导的非完全匹配靶mRNA降解 被引量:14
4
作者 郑伟 董洁 +10 位作者 李少华 丁红梅 李慧 黄皑雪 夏伟 白琛俊 郭晓华 李达 耿介 李洁 邵宁生 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2017年第7期580-590,共11页
LncRNA-GAS5作为miR-21的"分子海绵",通过"吸收"miR-21从而调控miR-21对靶基因的抑制.此外,miR-21直接调控非完全匹配靶基因PTEN和TPM1的表达.我们首先在HEK293T和HeLa细胞中确认,miR-21通过碱基互补配对调控非完... LncRNA-GAS5作为miR-21的"分子海绵",通过"吸收"miR-21从而调控miR-21对靶基因的抑制.此外,miR-21直接调控非完全匹配靶基因PTEN和TPM1的表达.我们首先在HEK293T和HeLa细胞中确认,miR-21通过碱基互补配对调控非完全匹配靶基因PTEN和TPM1的蛋白表达,但不影响PTEN和TPM1mRNA的水平.此外,过表达miR-21后,qRT-PCR检测PTEN和TPM1mRNA的半衰期,发现它们的半衰期显著缩短,miR-21加速PTEN和TPM1mRNA的降解.通过转染lncRNA-GAS5的过表达质粒,发现lncRNA-GAS5竞争性地与miR-21结合能够延长PTEN和TPM1mRNA的半衰期,而miR-21与lncRNA-GAS5碱基互补配对结合后,又对lncRNA-GAS5存在调节作用,减弱lncRNA-GAS5的稳定性并加速lncRNA-GAS5的降解.LncRNA-GAS5作为miR-21的"分子海绵"能够抑制miR-21对非完全匹配靶mRNAPTEN和TPM1的降解,同时,miR-21与lncRNA-GAS5结合后又存在对lncRNA-GAS5的反馈调节,这些相互作用机制的发现有助于了解lncRNA、miRNA、mRNA之间这个复杂又精细的调控环路. 展开更多
关键词 Lncrna-GAS5 MIR-21 PTEN TPM1 rna稳定性
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基于核酸DNA/RNA同位素示踪技术的水稻土甲烷氧化微生物研究 被引量:6
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作者 郑燕 贾仲君 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期490-501,共12页
稳定性同位素示踪复杂土壤中微生物DNA/RNA的技术难点是13C-DNA/RNA的鉴定。本研究针对我国六种典型水稻土,利用稳定性同位素13CH4示踪活性的甲烷氧化菌,超高速密度梯度离心获得不同浮力密度DNA/RNA后,以甲烷氧化菌独有的pmo A功能基因... 稳定性同位素示踪复杂土壤中微生物DNA/RNA的技术难点是13C-DNA/RNA的鉴定。本研究针对我国六种典型水稻土,利用稳定性同位素13CH4示踪活性的甲烷氧化菌,超高速密度梯度离心获得不同浮力密度DNA/RNA后,以甲烷氧化菌独有的pmo A功能基因和16S r RNA特异基因作为分子标靶,通过半定量凝胶电泳技术评价了特异基因作为分子标靶判定13C-DNA/RNA的可行性,进一步利用克隆文库技术研究水稻土中的活性甲烷氧化菌群落结构。结果表明:甲烷氧化菌功能基因pmo A作为分子标靶,能够准确鉴别13C-DNA,而甲烷氧化菌特异的16S r RNA基因则能较好地区分12C和13C标记的RNA,但13C-RNA中的非目标微生物污染高于13C-DNA示踪技术。进一步以13C-DNA和13C-RNA为模板,分别构建了pmo A和16S r RNA基因的克隆文库,系统发育分析表明I型菌主导了土壤甲烷氧化过程,其中江西鹰潭和黑龙江五常土壤中活性甲烷氧化菌全部属于Ia型,而四川资阳、浙江嘉兴、江苏常熟和江都土壤中Ia型和Ib型甲烷氧化菌均有发现,并且后者比例较低。这些结果表明分子标靶基因能够有效判定复杂土壤中的甲烷氧化菌13C-DNA/RNA,在DNA和RNA水平的结果基本一致,我国典型水稻土中活性甲烷氧化菌可能存在一定的地理分异规律。 展开更多
关键词 水稻土 好氧甲烷氧化 稳定性同位素示踪DNA/rna
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SND1通过识别TINCR的甲基化位点促进瘢痕疙瘩成纤维细胞的生长 被引量:2
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作者 秦高平 孙要文 +4 位作者 郭亚东 李建武 程亮 韩峰 宋勇 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期1068-1076,共9页
目的探讨葡萄球菌核酸酶结构域蛋白1(SND1)与组织分化诱导非编码RNA(TINCR)的相互作用及其对TINCR表达水平和瘢痕疙瘩生长的影响。方法收集2016年6月-2018年5月在陕西省人民医院接受治疗的Ⅱ、Ⅲ度烧伤患者的瘢痕疙瘩组织样本(n=27)。... 目的探讨葡萄球菌核酸酶结构域蛋白1(SND1)与组织分化诱导非编码RNA(TINCR)的相互作用及其对TINCR表达水平和瘢痕疙瘩生长的影响。方法收集2016年6月-2018年5月在陕西省人民医院接受治疗的Ⅱ、Ⅲ度烧伤患者的瘢痕疙瘩组织样本(n=27)。运用生物信息学方法预测TINCR序列中的RNA甲基化位点;培养人原代正常皮肤成纤维细胞(HFs)和瘢痕疙瘩成纤维细胞(KFs),设置HFs组和KFs组。取对数生长期KFs,设置:(1)对照组、空载组及甲基转移酶样蛋白3(METTL3)过表达组;(2)对照组和3-脱氮基腺苷(DAA)组;(3)对照组、SND1重组蛋白组及SND1重组蛋白+DAA组。采用实时定量PCR(RT-qPCR)检测HFs和KFs中TINCR的相对表达水平,甲基化RNA免疫沉淀技术(MeRIP)联合RT-qPCR检测TINCR的甲基化水平,Western blotting检测SND1和METTL3蛋白的相对表达水平,放线菌素D处理联合RT-qPCR检测TINCR残留水平,CCK-8法和克隆形成实验检测细胞增殖能力。取18只BALB/c裸鼠,构建瘢痕疙瘩异种移植模型,随机分为瘢痕疙瘩组、瘢痕疙瘩+SND1重组蛋白组及瘢痕疙瘩+SND1重组蛋白+DAA组,每组6只,采用HE染色观察瘢痕疙瘩组织生长情况,免疫组化染色和Western blotting检测SND1在瘢痕疙瘩组织中的表达水平。结果TINCR第三外显子含有7个潜在的RNA甲基化位点。与HFs相比,KFs中TINCR相对表达水平(5.43±0.35 vs.1.00±0.11,P<0.01)和甲基化水平(19.73%±1.56%vs.10.25%±1.13%,P<0.01)均明显升高,SND1和METTL3蛋白相对表达水平明显增高(P<0.01),甲基化的TINCR与SND1和METTL3均有结合。与空载组相比,METTL3过表达可促进METTL3 mRNA和蛋白的表达(mRNA:6.03±0.55 vs.1.09±0.09,P<0.01;蛋白:4.33±0.35 vs.0.96±0.08,P<0.01)、增高TINCR甲基化水平(32.89%±2.88%vs.19.04%±1.72%,P<0.01)和相对表达水平(4.65±0.32 vs.1.00±0.10,P<0.01)。与对照组相比,DAA处理可降低TINCR的稳定性[(8.50±1.13)h vs.(12.90±1.41)h,P<0.001]和甲基化水平(7.43%±0.55%vs.18.88%±1.76%,P<0.01),抑制KFs的活力和克隆形成能力(P<0.01)。与对照组相比,SND1重组蛋白处理可增加TINCR的稳定性[(23.95±1.25)h vs.(13.10±1.33)h,P<0.01]、细胞活力和克隆形成能力(P<0.01),但对TINCR甲基化水平(20.15%±1.74%vs.19.04%±1.77%,P>0.05)无明显影响;DAA处理可消除SND1重组蛋白对TINCR稳定性[(12.00±1.21)h vs.(23.95±1.44)h,P<0.01]、细胞活力和克隆形成能力的影响(P<0.01)。与瘢痕疙瘩组相比,瘢痕疙瘩+SND1重组蛋白组真皮层有大量成纤维细胞和胶原纤维,瘢痕疙瘩组织中SND1阳性细胞百分比(63.43%±3.32%vs.21.16%±4.67%,P<0.01)和蛋白相对表达水平(2.54±0.13 vs.1.00±0.10,P<0.01)明显增高;而经DAA处理后,瘢痕疙瘩组织中有大量疏松的胶原纤维,SND1阳性细胞百分比(38.52%±6.88%vs.63.43%±3.32%,P<0.01)和蛋白表达水平(1.07±0.09 vs.2.54±0.13,P<0.01)明显降低。结论KFs中TINCR呈高甲基化水平,SND1可识别并结合TINCR的甲基化位点,增强TINCR的稳定性,促进TINCR介导的瘢痕疙瘩生长。 展开更多
关键词 组织分化诱导非编码rna 葡萄球菌核酸酶结构域蛋白1 rna甲基化 rna稳定性 细胞增殖 成纤维细胞 瘢痕疙瘩
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外显子拼接复合体塑造m^(6)A表观转录组的形成 被引量:1
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作者 宋鹏辉 马丽娟 严冬 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期464-471,共8页
N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m^(6)A)是mRNA中含量最丰富的化学修饰之一,在各种生理病理过程中发挥关键性的作用。m^(6)A修饰主要位于mRNA终止密码子附近和长的内部外显子上,然而导致这一特异性分布的机制却一直不清楚。近期发表... N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m^(6)A)是mRNA中含量最丰富的化学修饰之一,在各种生理病理过程中发挥关键性的作用。m^(6)A修饰主要位于mRNA终止密码子附近和长的内部外显子上,然而导致这一特异性分布的机制却一直不清楚。近期发表的3篇论文揭示了外显子拼接复合体(exon junction complexes,EJCs)作为m^(6)A修饰的抑制蛋白suppressors,塑造了m^(6)A表观转录组的形成,解决了这一重大问题。由此,本文简要介绍了m^(6)A修饰通路,并结合这些研究成果阐述了EJC对m^(6)A修饰形成的作用和机理,进而说明外显子-内含子结构通过m^(6)A修饰影响mRNA的稳定性,以期理解m^(6)A这一RNA表观修饰领域的最新进展。 展开更多
关键词 rna修饰 m^(6)A 外显子拼接复合体 剪接 rna稳定性
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