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单细胞RNA测序技术在病毒研究中的应用 被引量:3
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作者 屈亮 李素 仇华吉 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期269-277,共9页
单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)技术已经成为不同领域中研究细胞异质性的有效工具。在病毒研究领域中,利用该技术分析病毒和细胞的转录组,可以在单细胞水平上检测病毒感染的动态变化,了解病毒与细胞间复杂的相... 单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)技术已经成为不同领域中研究细胞异质性的有效工具。在病毒研究领域中,利用该技术分析病毒和细胞的转录组,可以在单细胞水平上检测病毒感染的动态变化,了解病毒与细胞间复杂的相互作用。本文简述了scRNA-seq技术,着重介绍病毒感染宿主细胞后scRNA-seq研究的最新进展,同时也描述了细胞周期、基因表达、细胞状态等细胞异质性对病毒感染过程的影响,以及病毒变异对其本身感染过程的影响。此外,本文还分析了scRNA-seq在研究病毒–宿主互作动态变化方面具有的独特优势,及其在病毒研究领域中广阔的应用前景,为揭示病毒的感染与致病机制、抗病毒靶标的开发等提供参考。 展开更多
关键词 单细胞rna测序技术 细胞异质性 病毒感染
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单细胞RNA测序技术揭示卵巢高钙血症型小细胞癌复发病灶的细胞分子特征
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作者 康茗贻 郜意 +2 位作者 胥婧 康玉 徐丛剑 《中国癌症杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期1065-1073,共9页
背景与目的:卵巢高钙血症型小细胞癌(small cell carcinoma of the ovary,hypercalcemic type,SCCOHT)是高度恶性的、极为罕见的原发性未分化卵巢癌,本研究旨在分析SCCOHT肿瘤微环境及细胞分子特征,探究潜在药物靶标。方法:收集1例SCCOH... 背景与目的:卵巢高钙血症型小细胞癌(small cell carcinoma of the ovary,hypercalcemic type,SCCOHT)是高度恶性的、极为罕见的原发性未分化卵巢癌,本研究旨在分析SCCOHT肿瘤微环境及细胞分子特征,探究潜在药物靶标。方法:收集1例SCCOHT患者盆腔复发病灶,应用单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)寻找关键细胞亚群及潜在药物靶点,进一步在细胞学层面进行验证。结果:SCCOHT复发病灶中有诱导性多能干细胞(induced pluripotent stem cell,iPSC)、神经施万细胞、神经上皮细胞和巨噬细胞4种细胞亚群和12个细胞亚簇。iPSCs细胞亚群显著上调的基因主要富集于细胞周期调控,其中PLK1基因上调最为显著。PLK1蛋白在SCCOHT组织切片中呈阳性表达,在SCCOHT细胞系中表达水平升高。结论:揭示了SCCOHT的肿瘤微环境由iPSC、神经施万细胞、神经上皮细胞及巨噬细胞组成,鉴定出iPSC关键细胞亚群,寻找到PLK1基因作为潜在的治疗靶点。 展开更多
关键词 卵巢高钙血症型小细胞癌 单细胞rna测序技术 PLK1
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转录组测序技术在人子宫内膜容受性研究中的应用进展
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作者 马丽娜 漆海宁 +5 位作者 刘梅 刘洋 葛航 卢凤娟 吴效科 秦莹 《解放军医学杂志》 北大核心 2025年第5期607-611,共5页
良好的子宫内膜容受性是胚胎植入的关键,容受期子宫内膜组织的基因表达与容受性密切相关。通过转录组测序技术可获得不同月经时期子宫内膜的基因表达谱,以及调控基因表达的微小RNA和长链非编码RNA序列;结合生物信息学分析可更好地了解... 良好的子宫内膜容受性是胚胎植入的关键,容受期子宫内膜组织的基因表达与容受性密切相关。通过转录组测序技术可获得不同月经时期子宫内膜的基因表达谱,以及调控基因表达的微小RNA和长链非编码RNA序列;结合生物信息学分析可更好地了解容受期子宫内膜特异基因的表达,并为其调控机制研究提供技术支持。同时,不同月经时期子宫内膜的基因表达谱对于准确判断不孕症及反复植入失败患者的子宫内膜容受性,进一步指导个体化胚胎移植具有重要的临床应用价值。本文对近年来转录组测序技术在评价人子宫内膜容受性中的应用进展进行综述,并探讨未来的研究方向,旨在从转录层面深入了解子宫内膜容受性形成和调控的复杂分子机制,以期提高辅助生殖技术的胚胎着床率,降低流产率。 展开更多
关键词 子宫内膜 rna测序技术 胚胎移植 子宫内膜容受性
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基于小RNA深度测序技术鉴定侵染我国部分省市草莓种苗的病毒种类 被引量:8
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作者 王佳 白莹雪 +4 位作者 祝宁 齐长红 任俊达 韩成贵 尚巧霞 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期225-232,241,共9页
随着草莓保护地栽培面积的增加和无性繁殖种苗的繁殖与调运,草莓病毒病的发生与流行日益严重。为明确侵染我国部分省市草莓种苗的病毒种类,应用小RNA深度测序技术进行检测,并利用RT-PCR技术对结果进行验证及序列分析。结果表明,从来自我... 随着草莓保护地栽培面积的增加和无性繁殖种苗的繁殖与调运,草莓病毒病的发生与流行日益严重。为明确侵染我国部分省市草莓种苗的病毒种类,应用小RNA深度测序技术进行检测,并利用RT-PCR技术对结果进行验证及序列分析。结果表明,从来自我国7省市的41株具有典型病毒病症状的草莓种苗样品中检测到草莓斑驳病毒strawberry mottle virus(SMoV)、草莓镶脉病毒strawberry vein banding virus(SVBV)和草莓轻型黄边病毒strawberry mild yellow edge virus(SMYEV)3种。SMoV、SVBV和SMYEV的检出率分别为34.1%、24.4%和2.4%。选取不同产地草莓种苗上检出的不同病毒进行部分序列测定和分析,获得了3个SMoV分离物(四川分离物schhy13、辽宁分离物lnhy23和河北分离物hbhy28)的部分RNA13′端非编码区606 bp核苷酸序列,其一致性为98.12%~99.34%。测定并获得了5个SVBV分离物(辽宁分离物lnhy15、lnhy17、lnhy24、河北分离物hbhy28和陕西分离物shaxhy35)的ORF6的部分基因及其5′端非编码区的核苷酸序列,其中部分ORF6基因序列的一致性为97.98%~99.8%。仅1个辽宁样品中检测到SMYEV,获得了辽宁分离物lnhy26,其CP基因序列与中国甘肃分离物sy02的一致性为99.02%。病毒侵染草莓植株产生的典型症状有叶片畸形、变色和植株矮化。存在2种病毒和3种病毒复合侵染的情况,占所有阳性样品的41.2%。辽宁和河北的‘红颜’种苗中检出SMoV和SVBV或SMoV、SVBV和SMYEV的复合侵染情况;四川和陕西的‘红颜’种苗仅检出SMoV或SVBV,而其他省市和品种均未检出病毒。研究结果可以为草莓病毒的检测以及草莓病毒病的科学防治提供依据。 展开更多
关键词 草莓病毒病 rna深度技术 RT-PCR 病毒检
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淹水胁迫下甜瓜幼苗的转录组测序及生物信息学分析
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作者 王亚楠 姜艳芳 +3 位作者 刘泽发 党建成 张红磊 张紫霞 《中国瓜菜》 北大核心 2025年第6期14-25,共12页
涝害是全球范围内危害最广、频率最高的自然灾害。葫芦科瓜类作物耐涝性较差,尤其是甜瓜。甜瓜属一年生草本葫芦科植物,喜温热气候,对涝湿环境耐受能力较弱,是我国重要经济作物。甜瓜种植区域遭受持续多雨或者涝灾的影响,可能会导致减... 涝害是全球范围内危害最广、频率最高的自然灾害。葫芦科瓜类作物耐涝性较差,尤其是甜瓜。甜瓜属一年生草本葫芦科植物,喜温热气候,对涝湿环境耐受能力较弱,是我国重要经济作物。甜瓜种植区域遭受持续多雨或者涝灾的影响,可能会导致减产甚至绝收。以实验室甜瓜耐涝种间杂交高代种M13-06-3为试材,对其进行淹水胁迫,并利用转录组测序及实时荧光定量PCR对其根系组织进行差异表达基因分析。结果表明,淹水胁迫后,耐涝型甜瓜品种M13-06-3筛选出9037个差异表达基因,其中4529个DEGs上调,4508个DEGs为下调基因。通过实时荧光定量检测发现MELO3C003917、MELO3C020588、MELO3C008314、MELO3C025360、MELO3C021658这5个基因定量检测数据与转录组数据的趋势基本一致,初步推测这5个基因为甜瓜耐涝基因。研究结果可为进一步挖掘与甜瓜耐涝相关的基因奠定基础。 展开更多
关键词 甜瓜 淹水胁迫 实时荧光定量PCR rna高通量技术 差异表达基因
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利用RIP-Seq技术鉴定HepG2细胞中与HuR蛋白结合的lncRNAs 被引量:2
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作者 黄亚洲 刘叶文 +3 位作者 王玲玲 金晶 陈茜 李伟 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期417-426,共10页
长链非编码RNAs(long noncoding RNAs,lncRNAs)可在表观遗传水平、转录水平和转录后水平调节基因的表达,对细胞功能起着重要的调节作用。RNA结合蛋白可与很多的RNA结合,并在转录后水平发挥重要的调节作用。然而,RNA结合蛋白是否可以在... 长链非编码RNAs(long noncoding RNAs,lncRNAs)可在表观遗传水平、转录水平和转录后水平调节基因的表达,对细胞功能起着重要的调节作用。RNA结合蛋白可与很多的RNA结合,并在转录后水平发挥重要的调节作用。然而,RNA结合蛋白是否可以在细胞内广泛结合lncRNAs对其发挥调节作用,仍需进一步证实。本研究通过RNA结合蛋白免疫沉淀技术联合高通量测序(RNA binding protein immunoprecipitation-high throughput sequencing,RIP-Seq)的方法在人肝癌细胞株HepG2中,鉴定与人抗原R(human antigen R,HuR)蛋白相结合的lncRNA分子,并进行了初步的验证。首先,通过HuR-RIP实验分离与HuR蛋白结合的RNA分子,然后高通量测序及生物信息学分析。根据分析结果,鉴定出HepG2细胞中361条与HuR蛋白结合的lncRNAs分子,包括基因间lncRNA(large intergenic noncoding RNA,LincRNA)、内含子lncRNA、与编码基因正义链有重叠的lncRNA和与编码基因反义链有重叠lncRNA(antisense lncRNA)等。并进一步通过RIP-qPCR技术,对其中20条LincRNA分子进行了定量检测,验证测序结果。在HepG2细胞中敲低HuR基因表达,发现这些LincRNA分子中,11条LincRNA分子表达水平显著降低(P<0.05),2条LincRNA显著升高(P<0.05),剩余7条LincRNA表达量未发生变化(P>0.05)。本研究结果说明,HuR在细胞内可以广泛结合lncRNA分子,并且可能对结合的lncRNA分子的表达量产生影响,这也为进一步研究这些lncRNA的功能和HuR调控网络的研究提供了基础。 展开更多
关键词 人抗原R蛋白 长链非编码rna rna结合蛋白免疫沉淀技术-高通量 数据分析 HEPG2细胞
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转录组学技术在急性白血病诊治中的应用研究进展 被引量:2
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作者 强晓 耿贝贝 +1 位作者 刘四喜 夏婷 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2023年第22期3010-3014,共5页
近年来转录组学技术飞速发展,利用该技术对急性白血病(acute leukemia,AL)的转录组进行分析,能够客观准确地检测AL细胞中的异常基因和功能变化,对深入揭示AL发生发展的分子机制具有重要意义。RNA测序(RNA-sequencing,RNA-seq)技术即转... 近年来转录组学技术飞速发展,利用该技术对急性白血病(acute leukemia,AL)的转录组进行分析,能够客观准确地检测AL细胞中的异常基因和功能变化,对深入揭示AL发生发展的分子机制具有重要意义。RNA测序(RNA-sequencing,RNA-seq)技术即转录组测序技术,不仅能够识别出新的致癌基因融合和特征分子标志物,对AL进行更准确的分类和风险评估,还可以针对识别出的异常基因或细胞亚群,采用对应的靶向治疗方案以改善AL患者的预后。此外,转录组学技术与其他组学技术联用,能够从不同层次监测AL的多元组学变化,更全面地解析AL发生发展的分子机制。随着RNA-seq技术的不断应用,将为AL治疗提供新的精准靶点和临床策略。 展开更多
关键词 转录组学 急性白血病 rna测序技术 基因融合
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淹水胁迫下中国南瓜转录组及差异表达基因分析 被引量:1
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作者 刘珍宇 王鹏伟 +4 位作者 郭林鑫 陈碧华 孙丽 李新峥 刘振威 《中国蔬菜》 北大核心 2024年第5期105-114,共10页
近年来,受全球气候变化的影响,洪涝灾害频繁发生,已严重影响我国南瓜生产。为研究南瓜耐涝机理,以耐涝性强和淹水敏感的2份中国南瓜为试材,采用双套盆法进行淹水胁迫,利用转录组测序及实时荧光定量PCR进行差异表达基因分析。结果表明:... 近年来,受全球气候变化的影响,洪涝灾害频繁发生,已严重影响我国南瓜生产。为研究南瓜耐涝机理,以耐涝性强和淹水敏感的2份中国南瓜为试材,采用双套盆法进行淹水胁迫,利用转录组测序及实时荧光定量PCR进行差异表达基因分析。结果表明:淹水胁迫后,耐涝型南瓜材料013-2叶片氧化酶基因相对表达量整体上调,均高于淹水敏感型南瓜材料367-2;013-2和367-2叶片鉴定出3231个差异表达基因,其中上调表达基因1778个,下调表达基因1453个。GO富集发现差异表达基因显著富集在光合作用、乙烯反应、磷酸信号转导系统、细胞对乙烯刺激的反应、乙烯激活信号通路等生物过程中;KEGG注释发现有947个差异表达基因被注释到121条代谢通路中,包括光合作用-天线蛋白、植物激素信号转导、MAPK信号通路、植物-病原体相互作用、苯丙烷类生物合成等。KEGG GSEA发现植物激素信号转导、昼夜节律、MAPK信号通路、植物-病原互作等基因集得最高分。研究结果可为进一步探索与南瓜耐涝相关的基因奠定基础。 展开更多
关键词 南瓜 淹水胁迫 实时荧光定量PCR rna高通量技术 差异表达基因
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全转录组学在畜牧业中的应用 被引量:12
9
作者 石田培 张莉 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期193-205,共13页
RNA作为一种大分子参与基因编码、解码、调控、表达等多种生物学过程。目前,对RNA的功能研究主要通过全转录组测序方法来完成。全转录组研究可以对基因结构与功能进行更深层次地分析和探究,揭示基因表达与生命现象之间的内在联系。现阶... RNA作为一种大分子参与基因编码、解码、调控、表达等多种生物学过程。目前,对RNA的功能研究主要通过全转录组测序方法来完成。全转录组研究可以对基因结构与功能进行更深层次地分析和探究,揭示基因表达与生命现象之间的内在联系。现阶段,基于高通量测序技术的转录本结构研究、基因表达水平研究及非编码区域功能研究在模式动物、猪、禽类中已大量开展,但在羊上却鲜有报道。本文介绍了利用RNA-seq及Small RNA-seq技术研究全转录组的一般流程及常用策略,综述了全转录组学技术在畜牧业领域中的研究进展。 展开更多
关键词 基因表达 全转录组 rna测序技术 高通量
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迭代式特征选择的单细胞分化轨迹推断算法
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作者 何鸿坚 殷依婷 谢江 《计算机科学与探索》 CSCD 北大核心 2023年第7期1609-1621,共13页
通过单细胞轨迹推断方法从单细胞转录组学数据或蛋白质组学数据构建细胞的分化轨迹,有助于理解正常组织的发育过程或者提供病理学相关的信息。然而当前的单细胞轨迹推断算法在精确度和鲁棒性的提升上仍然是一个难题,原因之一是在单细胞... 通过单细胞轨迹推断方法从单细胞转录组学数据或蛋白质组学数据构建细胞的分化轨迹,有助于理解正常组织的发育过程或者提供病理学相关的信息。然而当前的单细胞轨迹推断算法在精确度和鲁棒性的提升上仍然是一个难题,原因之一是在单细胞测序中检测到大量不相关的基因而产生噪声。针对这一问题,迭代式特征选择的轨迹推断方法iterTIPD被提出。其创新点体现在,将广泛用于筛选差异表达基因的特征选择方法迭代式地用于线性或分支结构的单细胞RNA测序数据上,通过筛选出对构建的分化轨迹贡献最大的基因子集来提高细胞伪时间排序的精确度和鲁棒性。在四种scRNA-seq数据集上的实验结果表明,iterTIPD可以有效地提高单细胞轨迹推断算法的精确度和鲁棒性。同样,iterTIPD也使其他的轨迹推断算法的性能得到提升,以此证明iterTIPD具有泛化性。iterTIPD算法成功重构了神经干细胞的分化轨迹,通过对比发现,该分化轨迹与已知的神经干细胞分化轨迹高度一致。同时发现Top2a和Gja1可能是定义活化的神经干细胞亚群的新的标志物。 展开更多
关键词 单细胞rna测序技术 基因差异性表达 单细胞分化轨迹推断 迭代式特征选择 生物信息学
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