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利用rep-PCR技术研究我国9省柑橘溃疡病菌遗传多样性 被引量:12
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作者 姚廷山 胡军华 +3 位作者 唐科志 冉春 李中安 周常勇 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期819-822,共4页
采用rep-PCR技术,对从我国9省(区)收集、分离、筛选的18株柑橘溃疡病菌株进行遗传多样性研究,并与A菌系标准菌株进行UPGMA聚类分析和相似性分析。结果表明,使用引物BOXA1R扩增供试菌株,可得到不同的条带31条。以遗传相似距离0.4划分,供... 采用rep-PCR技术,对从我国9省(区)收集、分离、筛选的18株柑橘溃疡病菌株进行遗传多样性研究,并与A菌系标准菌株进行UPGMA聚类分析和相似性分析。结果表明,使用引物BOXA1R扩增供试菌株,可得到不同的条带31条。以遗传相似距离0.4划分,供试菌株可划分为5个簇;以遗传相似距离0.5划分,供试菌株可划分为4个簇;15个菌株与标准A菌株遗传相似距离较近,菌株CJX、CZJ1、CGDN2与标准A菌株遗传相似距离较远;来自同一省的少数溃疡病菌株的遗传相似性也较低,说明我国柑橘溃疡病菌基因组存在丰富的遗传多样性。 展开更多
关键词 柑橘溃疡病菌 rep-pcr 遗传多样性
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用REP-PCR DNA指纹鉴别Frankia菌 被引量:6
2
作者 彭源东 张忠泽 丁鉴 《微生物学杂志》 CAS CSCD 1998年第1期1-5,共5页
用4种方法提取CPI1菌基因组DNA,并进行了REP-PCR扩增,结果表明,提取方法不影响REP-PCR带型。对14株Frankia菌株作REP-PCRDNA指纹分析,并对之进行比较鉴别,证明REP-PCR指纹法能有效地实现菌株间的差异鉴别,其结果与DNA同源相关性... 用4种方法提取CPI1菌基因组DNA,并进行了REP-PCR扩增,结果表明,提取方法不影响REP-PCR带型。对14株Frankia菌株作REP-PCRDNA指纹分析,并对之进行比较鉴别,证明REP-PCR指纹法能有效地实现菌株间的差异鉴别,其结果与DNA同源相关性所得结果具有良好的相关性。 展开更多
关键词 FRANKIA rep-pcr DNA指纹鉴别 分类学
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水稻白叶枯病菌北方菌株遗传多样性rep-PCR分析 被引量:2
3
作者 阙海勇 陈华民 +1 位作者 吴茂森 何晨阳 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期482-487,共6页
为了揭示水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)北方菌株的遗传结构组成,利用rep-PCR技术对103个从辽宁、吉林、河北、山东稻区采集的Xoo菌株、9个标准小种(R1-R9)代表菌株和13个水稻细菌性条斑病菌(X.oryzae pv.oryzicola,... 为了揭示水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)北方菌株的遗传结构组成,利用rep-PCR技术对103个从辽宁、吉林、河北、山东稻区采集的Xoo菌株、9个标准小种(R1-R9)代表菌株和13个水稻细菌性条斑病菌(X.oryzae pv.oryzicola,Xoc)菌株进行了遗传多样性分析。结果表明,ERIC-PCR和BOX-PCR分析均能较好地揭示出测试菌株的遗传多态性,分别获得了84种和90种分子谱型;在相似系数为70%时,ERIC-PCR将所有测试菌株聚类为17个簇群,其中1个为优势簇群;BOX-PCR将测试菌株聚类为10个簇群,其中2个为优势簇群。在相似系数为50%时,Xoo与Xoc测试菌株分别聚类为2个不同的簇群。 展开更多
关键词 水稻白叶枯病菌 rep-pcr 分子谱型 簇群
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Rep-PCR技术及其应用现状 被引量:5
4
作者 赵燕梅 张吉明 许庆方 《中国草食动物科学》 CAS 2014年第3期55-57,共3页
文章着重介绍了Rep-PCR技术原理、特点及其在细菌、真菌、环境微生物遗传多样性研究方面的应用。Rep-PCR目前发展迅速并被广泛应用于多种细菌基因分类,此方法操作方便,可以大样本进行,且Rep-PCR分辨效果好,可重复性强。现在Rep-PCR可自... 文章着重介绍了Rep-PCR技术原理、特点及其在细菌、真菌、环境微生物遗传多样性研究方面的应用。Rep-PCR目前发展迅速并被广泛应用于多种细菌基因分类,此方法操作方便,可以大样本进行,且Rep-PCR分辨效果好,可重复性强。现在Rep-PCR可自动化分型,并可建立各种细菌REP、ERIC-PCR分型标准数据库。但Rep-PCR也存在一定问题,不同来源的或不同批次的引物和酶,对Rep-PCR结果都有一定的影响。 展开更多
关键词 rep-pcr 细菌 真菌 环境微生物 遗传多样性
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蚕豆茎疫病菌rep-PCR初析 被引量:2
5
作者 黄琼 孙启明 +3 位作者 姬广海 钱君 孙跃先 刘凤权 《西南农业学报》 CSCD 2003年第1期74-77,共4页
对分离自云南省 18个县 (市 )的蚕豆细菌性茎疫病菌 34个菌株进行的rep PCR分析结果表明 ,用引物BOX和ERIC分别扩增出 2 5和 2 4条多态性条带 ,分子量大小从 10 0~ 2 12 2 6bp ,大多数条带主要集中在 5 6 4~ 1375bp。蚕豆茎疫病菌菌... 对分离自云南省 18个县 (市 )的蚕豆细菌性茎疫病菌 34个菌株进行的rep PCR分析结果表明 ,用引物BOX和ERIC分别扩增出 2 5和 2 4条多态性条带 ,分子量大小从 10 0~ 2 12 2 6bp ,大多数条带主要集中在 5 6 4~ 1375bp。蚕豆茎疫病菌菌株具有丰富的DNA多态性和较大的遗传变异。 2 4~ 2 5个菌株在 75 %遗传水平上相似。研究发现来自景东、昭通、玉溪、宣威、弥渡、文山、洱源、保山的菌株具有 75 %的同源性 ,与菌株的地理来源有一定相关关系。 展开更多
关键词 蚕豆茎疫病菌 rep-pcr 蚕豆
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沙尘天气气载耐甲氧西林葡萄球菌监测及其REP-PCR指纹图谱分析 被引量:1
6
作者 邱玉玉 崔南南 +2 位作者 李晓霞 王芳 刘玉可心 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期765-771,共7页
目的了解沙尘天气时空气中葡萄球菌浓度及气载MRSA的遗传多样性,为临床葡萄球菌病的防控提供科学依据。方法用LWC-1型离心式空气微生物采样器采集火车站、学校、公园、广场等场所空气并分离鉴定其中的葡萄球菌,采用REP-PCR扩增不同源MRS... 目的了解沙尘天气时空气中葡萄球菌浓度及气载MRSA的遗传多样性,为临床葡萄球菌病的防控提供科学依据。方法用LWC-1型离心式空气微生物采样器采集火车站、学校、公园、广场等场所空气并分离鉴定其中的葡萄球菌,采用REP-PCR扩增不同源MRSA的基因组DNA形成聚类图谱,分析不同源MRSA的相似性。结果气载金黄色葡萄球菌和凝固酶阴性葡萄球菌浓度沙尘天气时浓度均明显增高,与正常天气时的浓度差异有统计学意义(P<0.05);在火车站中最高,浓度分别为116.7CFU/m^3和162.0CFU/m^3。从空气中共分离得到金黄色葡萄球菌111株,其中MRSA20株;凝固酶阴性葡萄球菌179株,其中MRCNS共11株。20株气载MRSA图谱显示菌株相似性在48%~100%之间;气载MRSA与医院临床MRSA分离株之间的相似性在50%~100%之间;与动物源MRSA之间的相似性在40%~100%之间。结论沙尘天气空气中存在着多种葡萄球菌,而且空气中的部分MRSA株与医院临床分离株及动物源的MRSA有着较高的遗传相似性,应加强空气中葡萄球菌尤其是耐药葡萄球菌的监测及防控。 展开更多
关键词 沙尘天气 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 凝固酶阴性葡萄球菌 基因外重复回文序列PCR(rep-pcr)
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用rep-PCR方法研究细菌遗传多样性的探讨 被引量:6
7
作者 李洁 熊智 《西南林学院学报》 2006年第6期1-3,共3页
对大肠杆菌、枯草杆菌、四联球菌、普通变形杆菌、产气肠杆菌基因组DNA进行rep-PCR扩增,并在模板样品中混入植物DNA作对照实验.结果表明:用rep-PCR方法分析细菌基因多样性,能在较大范围内避免植物基因的干扰.模板量梯度实验结果显示:扩... 对大肠杆菌、枯草杆菌、四联球菌、普通变形杆菌、产气肠杆菌基因组DNA进行rep-PCR扩增,并在模板样品中混入植物DNA作对照实验.结果表明:用rep-PCR方法分析细菌基因多样性,能在较大范围内避免植物基因的干扰.模板量梯度实验结果显示:扩增产物多态性与模板量相关. 展开更多
关键词 rep-pcr 细菌 多态性
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红掌细菌性疫病病原菌遗传多样性的RAPD和Rep-PCR分析 被引量:1
8
作者 陈艳梅 高月荣 +1 位作者 尹俊梅 牛俊海 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2018年第9期1813-1819,共7页
由地毯草黄单胞菌花叶万年青致病变种引起的细菌性疫病是红掌生产中最具破坏性的病害。本研究对来自全国8个省市主产区的93个红掌细菌性疫病菌株,采用RAPD和Rep-PCR(ERIC、BOX、REP)分子标记进行了遗传多样性分析。筛选出的13个RAPD引... 由地毯草黄单胞菌花叶万年青致病变种引起的细菌性疫病是红掌生产中最具破坏性的病害。本研究对来自全国8个省市主产区的93个红掌细菌性疫病菌株,采用RAPD和Rep-PCR(ERIC、BOX、REP)分子标记进行了遗传多样性分析。筛选出的13个RAPD引物共扩增出131个清晰、重复性好的条带,而Rep-PCR共扩增出65个条带,所有位点多态性比率为100%。基于RAPD和Rep-PCR结果计算的群体遗传距离显著相关,综合2种标记类型的分型结果进行UPGMA聚类分析,表明我国红掌细菌性疫病具有高度的遗传多样性,在遗传相似性系数范围0.519 1~0.984 7,在0.63水平时可以将所有菌株划分为3个组群,分别包括58、28、7个个体,病菌群体的遗传多样性与其寄主品种、地理来源没有明显相关性。本研究为红掌细菌性疫病监测和抗病育种提供了科学依据。 展开更多
关键词 红掌 细菌性疫病 遗传多样性 RAPD rep-pcr
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挤奶厅气载大肠杆菌的分离鉴定及其REP-PCR指纹图谱分型研究 被引量:1
9
作者 钟召兵 王宁 +1 位作者 孙红华 杨夫会 《中国奶牛》 2020年第4期1-4,共4页
为了解生鲜乳收购站挤奶厅空气中气载大肠杆菌污染情况及不同菌株间遗传相似性,为生鲜乳日常生产实时控制大肠杆菌提供有效技术方法,采用国际标准ANDERSEN-6级空气微生物样品收集器从挤奶厅空气中收集大肠杆菌,利用大肠杆菌DNA基因外重... 为了解生鲜乳收购站挤奶厅空气中气载大肠杆菌污染情况及不同菌株间遗传相似性,为生鲜乳日常生产实时控制大肠杆菌提供有效技术方法,采用国际标准ANDERSEN-6级空气微生物样品收集器从挤奶厅空气中收集大肠杆菌,利用大肠杆菌DNA基因外重复一致回文序列聚合酶链式反应(Repetitive Extragenic Palindromic elements,PCR,REP-PCR)鉴定技术,对分离菌株进行分子多样性分析。共采集95份样品,从23份中分离到大肠杆菌16株。REP-PCR把分离菌株分为13种基因型(A-M),只有6株菌两两同源性≥90%。结果显示,挤奶厅空气中存在大肠杆菌污染,基因型多且同源性较低,需要采取措施从源头上控制其散播。 展开更多
关键词 挤奶厅 气载大肠杆菌 分离鉴定 rep-pcr
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鸡舍环境金黄色葡萄球菌气溶胶产生及其传播的REP-PCR鉴定 被引量:17
10
作者 钟召兵 柴同杰 +3 位作者 段会勇 苗增民 姚美玲 袁文 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期1395-1401,共7页
采用ANDERSEN-6级空气微生物样品收集器和RCS离心式采样器在山东泰安4个鸡场舍内空气、舍外环境上风向10、50m和下风向10、50、100、200、400m不同距离处收集金黄色葡萄球菌,计算每个采样点的金黄色葡萄球菌浓度;与此同时,收集鸡的... 采用ANDERSEN-6级空气微生物样品收集器和RCS离心式采样器在山东泰安4个鸡场舍内空气、舍外环境上风向10、50m和下风向10、50、100、200、400m不同距离处收集金黄色葡萄球菌,计算每个采样点的金黄色葡萄球菌浓度;与此同时,收集鸡的粪便,分离金黄色葡萄球菌。利用金黄色葡萄球菌DNA基因外重复一致回文序列聚合酶链式反应(Repetitive extragenic palindromic elements PCR,REP—PCR)鉴定技术,扩增不同测量点和粪便分离的金黄色葡萄球菌的DNA图谱。通过每个采样点的金黄色葡萄球菌的浓度变化以及金黄色葡萄球菌遗传相似性分析确认动物舍微生物气溶胶向舍外环境的传播。结果显示:4个鸡场舍内空气中金黄色葡萄球菌的浓度远远高于舍外上风和下风向的金黄色葡萄球菌浓度(P〈0.05或P〈0.01),但是舍外下风不同距离间的金黄色葡萄球菌浓度差异并不显著(P〉0.05)。REP-PCR结果表明,从鸡的粪便中分离的金黄色葡萄球菌与从舍内空气中分离的部分金黄色葡萄球菌(38.7%)相似性可达100%,从鸡场舍外下风方向分离到的多数金黄色葡萄球菌(55.9%)与舍内空气或粪便中分离的金黄色葡萄球菌相似性可达100%。可见,它们分别是由粪便中遗传基因完全相同的菌株繁殖而来。而从鸡舍上风分离到的金黄色葡萄球菌与舍内空气或粪便中分离的金黄色葡萄球菌相似性仅在60%~87%。结果显示,鸡粪便中的金黄色葡萄球菌能够形成气溶胶,进入气悬状态,不仅能在舍内传播,而且还能够借助舍内外气体交换,传播到舍外下风一定的距离。从而说明,来自动物体的金黄色葡萄球菌既能污染舍内空气,对本舍鸡群构成传染威胁,又能传播一定的距离,对周边社区环境空气造成生物污染。 展开更多
关键词 鸡舍 气载金黄色葡萄球菌 REP—PCR 病原菌传播
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REP-PCR及ERIC-PCR法对分离自海产品副溶血性弧菌分型分析 被引量:10
11
作者 马月姣 孙晓红 +3 位作者 赵勇 卢瑛 吴启华 潘迎捷 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第10期263-267,共5页
目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软... 目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软件采用Dice系数对指纹图谱进行聚类结果分析。结果:所有供试菌株可通过此两种方法进行分型得到清晰的指纹图谱,并反映出副溶血性弧菌具有丰富的遗传多样性,REP-PCR扩增出5~9条分布在609~4200bp之间的条带,可将副溶血性弧菌分为5个群12类型,分辨指数达0.93,其中tdh+株在相似系数0.86时可聚类在第Ⅰ群;ERIC-PCR扩增出5~11条分布在400~7593bp之间的条带,将副溶血性弧菌分为7个群11个类型,分辨指数为0.94,其中tdh+株在相似系数0.76时可聚类在第Ⅰ群。结论:两种方法均显现出很好的分型能力,能够很好地将环境分离tdh+菌株和标准菌株聚类在一起,其中REP-PCR较ERIC-PCR重复性更好。 展开更多
关键词 副溶血性弧菌 TDH 肠内细菌基因组间重复序列分析 细菌基因外重复回文序列扩增 分型
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rep-PCR指纹图谱技术在乳酸菌鉴定中的应用 被引量:6
12
作者 满朝新 迟涛 +6 位作者 胡博韬 房玉国 王旻 周艳秋 韩琳琳 胡惠秩 姜毓君 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2010年第5期4-6,共3页
采用了rep-PCR指纹图谱技术,对分离自内蒙古通辽地区的传统发酵乳中的乳酸菌进行了鉴定和多样性分析。应用rep-PCR指纹图谱技术能够对实验菌株达到非常好的分辨能力。结果表明,该地区的乳酸菌呈现出非常高的多样性,其中Lactobacillus pl... 采用了rep-PCR指纹图谱技术,对分离自内蒙古通辽地区的传统发酵乳中的乳酸菌进行了鉴定和多样性分析。应用rep-PCR指纹图谱技术能够对实验菌株达到非常好的分辨能力。结果表明,该地区的乳酸菌呈现出非常高的多样性,其中Lactobacillus plantarum和Lactobacillus helveticus等6种菌种是这些传统发酵乳中常见的种,而植物乳杆菌Lactobacillus plantarum为优势种;而且还发现同一乳酸菌种群指纹图谱存在一些特征性的条带,这将为我们快速鉴定乳酸菌提供了理论依据。 展开更多
关键词 乳酸菌 rep—PCR 传统发酵乳制品
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耐碳青霉烯黏质沙雷菌对头孢他啶敏感性差异的机制研究
13
作者 张燕 郑洁 +6 位作者 王丹微 孟玲宁 高硕 刘畅 周万青 曹小利 沈瀚 《中国抗生素杂志》 北大核心 2025年第7期831-837,共7页
目的分析耐碳青霉烯黏质沙雷菌(carbapenem resistant Serratia marcescens,CRSM)对头孢他啶敏感性差异的机制。方法收集南京大学医学院附属鼓楼医院2018年6月至2019年9月临床分离的CRSM菌株53株,采用Vitek 2.0 Compact配套GN13药敏板... 目的分析耐碳青霉烯黏质沙雷菌(carbapenem resistant Serratia marcescens,CRSM)对头孢他啶敏感性差异的机制。方法收集南京大学医学院附属鼓楼医院2018年6月至2019年9月临床分离的CRSM菌株53株,采用Vitek 2.0 Compact配套GN13药敏板卡和纸片扩散法对头孢他啶进行药物敏感性试验;提取53株CRSM菌株RNA,逆转录后进行荧光定量PCR检测blaKPC-2基因表达量;提取53株CRSM的基因组DNA进行细菌基因组重复序列PCR(repetitive extragenic palindromic elements-PCR,REPPCR),依据REP-PCR的分型结果,挑取6株(其中3株遗传背景完全相同,3株遗传背景完全不同)细菌提取基因组DNA进行全基因组学测序,分析blaKPC-2基因的侧翼序列。结果53株CRSM菌株中有24株对头孢他啶敏感,21株中介,8株耐药;53株CRSM中blaKPC-2基因表达量分析显示,头孢他啶敏感组与耐药组的Ct值、中介组与耐药组的Ct值具有统计学差异(P<0.0001),而敏感组与中介组的Ct值不具有统计学差异(P=0.4116);REP-PCR分型结果显示遗传多样性,以Ⅰ型(27株)和Ⅱ型(11株)最为常见;6株CRSM的全基因组学测序结果显示,这些菌株均携带5种相同耐药基因,分别是aac(6’)-Ic、blaSRT-1、blaKPC-2、blaCTX-M-14和qnrS1;侧翼序列分析显示,这6株细菌blaKPC-2的侧翼序列是相同的。结论本院CRSM菌对CAZ的敏感性差异可能由blaKPC-2的表达差异引起;虽然6株分析细菌中blaKPC-2的侧翼序列结构基本相同,但blaCTX-M的存在及AmpC酶的表达等也可能是CRSM对头孢他啶敏感性差异的原因,应进一步分析。 展开更多
关键词 黏质沙雷菌 碳青霉烯耐药 rep-pcr 荧光定量PCR blaKPC-2
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鸽圆环病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用
14
作者 刘存 刘砚涵 +6 位作者 祝夕超 李法凯 张栋 邵新宇 田野 孙圣福 陈静 《动物医学进展》 北大核心 2025年第1期68-73,共6页
为了建立鸽圆环病毒(PiCV)的快速检测方法,依据PiCV Rep基因的保守序列区域设计了荧光定量PCR的引物和探针,并建立了快速检测PiCV的荧光定量PCR方法。结果显示,构建的PiCV荧光定量PCR方法在1.44×10,1~1.44×10^(7)/μL拷贝标... 为了建立鸽圆环病毒(PiCV)的快速检测方法,依据PiCV Rep基因的保守序列区域设计了荧光定量PCR的引物和探针,并建立了快速检测PiCV的荧光定量PCR方法。结果显示,构建的PiCV荧光定量PCR方法在1.44×10,1~1.44×10^(7)/μL拷贝标准品间具有良好的线性关系,线性相关系数达0.9866;该方法具有良好的敏感性,其检测病毒系列含量下限为14.4拷贝/μL;该方法特异性良好,与鸽新城疫病毒、鸽疱疹病毒、鸽腺病毒等病毒及鸽组织DNA不存在交叉反应;该方法重复性较好,批内重复试验变异系数均介于0.454%~0.473%,批间重复试验变异系数均介于0.367%~0.869%。与传统普通PCR方法相比,所建立的PiCV荧光定量PCR方法敏感性更高,临床样品PiCV检出率更高,两者检测符合率为93.75%。结果表明,所建立的PiCV荧光定量PCR方法为临床检测鸽圆环病毒提供了一种快速、灵敏的检测方法,为PiCV的流行病学调查和主动监测提供了技术支撑。 展开更多
关键词 鸽圆环病毒 荧光定量PCR Rep基因 检测
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新疆伊宁人源植物乳植杆菌的体外益生特性研究 被引量:1
15
作者 陈丽澜 王明芳 +1 位作者 单宇晴 倪永清 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2024年第5期153-160,共8页
植物乳植杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)在自然界中分布广泛,是目前开发利用最广泛的乳酸菌物种之一,大多数开发利用的植物乳植杆菌来源于发酵食品或植物基材料。本研究选用分离自新疆伊宁维吾尔族和哈萨克族健康儿童粪便样品中... 植物乳植杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)在自然界中分布广泛,是目前开发利用最广泛的乳酸菌物种之一,大多数开发利用的植物乳植杆菌来源于发酵食品或植物基材料。本研究选用分离自新疆伊宁维吾尔族和哈萨克族健康儿童粪便样品中的植物乳植杆菌,经指纹图谱去除相同条带,挑选出20株代表菌株;指纹图谱聚类结果将菌株分为3个大类,相同民族和年龄段来源的菌株更倾向于聚集在同一小分支上;从基于groEL基因构建的系统发育树上发现相同民族来源的菌株更倾向于聚集在一起;同时对20株菌株的酸、胆盐耐受性、自聚集、疏水性(二甲苯)、抑菌能力、抗生素敏感性、碳糖利用能力进行了体外检测。结果显示,菌株YLW2L-108-29、YLW2L-61-7、YLW1L-44-7耐酸(pH2.5)能力较好,YLW1L-44-6耐胆盐(0.3%浓度)能力最优,菌株YLW2L-61-7、YLW2L-57-4、YLW2L-66-30自聚集和疏水性结果最优,所有菌株在低聚果糖、低聚半乳糖、低聚异麦芽糖、麦芽糊精、棉子糖、D-海藻糖、果胶、水苏糖和大豆低聚糖上生长良好,大部分菌株在菊粉和抗性淀粉上生长较差,在低聚木糖上生长最差。结合抑菌和抗生素耐药结果,筛选出菌株YLW2L-61-7作为潜在的益生菌菌株开展后续研究,为开发适应区域人群的优良益生菌菌株及产品奠定基础。 展开更多
关键词 植物乳植杆菌 益生特性 groEL基因 rep-pcr
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鉴别猪圆环病毒2型和3型双重TaqMan MGB探针FQ-PCR检测方法研究 被引量:1
16
作者 赵雪丽 闫若潜 +8 位作者 王华俊 王淑娟 马震原 谢彩华 柴茂 杨海波 王翠 刘影 王东方 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2024年第2期165-173,共9页
建立一种快速、特异鉴别检测猪圆环病毒2型(PCV2)和猪圆环病毒3型(PCV3)的双重TaqMan MGB探针FQ-PCR方法,本研究以PCV2的Rep蛋白和PCV3的Cap蛋白基因作为靶基因,各设计1对特异性引物和1条TaqMan MGB探针,经优化各反应条件和进行敏感性... 建立一种快速、特异鉴别检测猪圆环病毒2型(PCV2)和猪圆环病毒3型(PCV3)的双重TaqMan MGB探针FQ-PCR方法,本研究以PCV2的Rep蛋白和PCV3的Cap蛋白基因作为靶基因,各设计1对特异性引物和1条TaqMan MGB探针,经优化各反应条件和进行敏感性、特异性、重复性和干扰性试验,建立鉴别检测PCV2/PCV3的双重FQ-PCR方法。结果显示:该方法可特异性扩增PCV2、PCV3核酸,与猪伪狂犬病病毒(PRV)等8种病原及阴性对照无交叉反应,特异性较强;对PCV2和PCV3阳性质粒标准品的最低检出限均可达10 copies/μL,敏感性较高;PCV2/PCV3批内/批间重复试验变异系数(CV)值均在3%以下,表明方法稳定性、重复性较好;干扰性试验表明在两种病毒阳性质粒起始模板相差较大时该方法不会影响对其中任一病毒核酸的检出和准确定量。对42份临床疑似PCV感染样品检测结果与PCV2、PCV3基因测序结果符合率100%。本研究建立的双重FQ-PCR方法具有敏感性高达10 copies/μL、特异性强、在同一反应体系中能同时快速鉴别检测PCV2、PCV3等优点,可用于临床PCV2/PCV3感染的快速鉴别检测。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 rep基因 猪圆环病毒3型 cap基因 双重TaqMan MGB FQ-PCR
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江西稻瘟病菌DNA指纹分析及遗传宗谱结构 被引量:16
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作者 马辉刚 朱有勇 +2 位作者 胡水秀 黄瑞荣 何霞红 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 2003年第3期407-411,共5页
应用Rep-PCR (Repetitiveelement-basedPCR)分子指纹技术 ,完成了江西 99个稻瘟病菌株DNA指纹谱型的分析。结果表明 ,以相似度 75 %为界 ,可以将江西省不同稻区采集的 99个菌株划分为 1 4个遗传宗谱。其中 ,4、1和 1 0三个宗谱为优势宗... 应用Rep-PCR (Repetitiveelement-basedPCR)分子指纹技术 ,完成了江西 99个稻瘟病菌株DNA指纹谱型的分析。结果表明 ,以相似度 75 %为界 ,可以将江西省不同稻区采集的 99个菌株划分为 1 4个遗传宗谱。其中 ,4、1和 1 0三个宗谱为优势宗谱 ,宗谱 4有 3 7个菌株 ,宗谱 1有 1 8个菌株 ,宗谱 1 0有 1 2个菌株 ,分别占总数的 3 7.3 7%、1 8.1 8%、1 2 .1 2 % ,宗谱 5、2、7、1 2、3、1 3的菌株数分别为 7、6、5、5、2和 2株 ,其余 5个宗谱所含菌株数均为 1株。宗谱GL4分布最广 ,在赣东丘陵山地区 (GD)、赣南山地丘陵区 (GN)、赣西丘陵山地区 (GX)、赣北鄱阳湖平原区 (GB)和赣中吉泰盆地区 (GZ) 5大稻区均有分布。其次是宗谱 1、5和 1 0 ,在GD、GN、GX和GB 4大稻区有分布。同一稻作区的病菌存在多个不同的遗传宗谱。从中可以看出江西省稻瘟病菌群体结构的多样性和复杂性。 展开更多
关键词 稻瘟病菌 DNA指纹分析 遗传宗谱 rep-pcr
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桑树根际解磷细菌的分离鉴定及解磷能力测定 被引量:14
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作者 吴凡 崔萍 +3 位作者 夏尚远 杨少波 辛磊 刘训理 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期521-527,共7页
桑树根际解磷细菌能够改善桑树营养,促进根系生长。利用选择性培养基,从桑树根际分离获得32个具有解磷能力的细菌分离物,经rep-PCR基因指纹分析得到19株解磷细菌。经解磷能力测定,PYP2、PYP4、PYP6、FYP2菌株具有较强的解有机磷能力,FWP... 桑树根际解磷细菌能够改善桑树营养,促进根系生长。利用选择性培养基,从桑树根际分离获得32个具有解磷能力的细菌分离物,经rep-PCR基因指纹分析得到19株解磷细菌。经解磷能力测定,PYP2、PYP4、PYP6、FYP2菌株具有较强的解有机磷能力,FWP7、PWP4菌株具有较强的解无机磷能力,FWP1、FWP9、FWP11、PYP6和PWP1菌株的解有机磷和无机磷能力均较强。利用菌落形态特征观察及16S rDNA碱基序列测定和同源性分析,对具有较高解磷能力的菌株进行了鉴定:FWP1、FWP11、PYP2、PYP6、FYP2菌株为假单胞菌属(Pseudomonas sp.),FWP9和PWP1菌株为贪噬菌属(Variovorax sp.),FWP7、PWP4菌株为根瘤菌属(Rhizobium sp.)。 展开更多
关键词 桑树 解磷细菌 rep-pcr基因指纹分析 解磷能力
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水稻白叶枯病原菌遗传和致病型多样性分析 被引量:10
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作者 姬广海 何月秋 +1 位作者 张世光 钱君 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期26-30,共5页
采用Rep PCR分子指纹技术对国内已知致病型和云南省各水稻产区采集的5 6个白叶枯病代表菌株进行分析.用ERIC、J3等引物对其DNA进行Rep PCR特异性扩增,扩增结果经综合聚类分析,在70 %的相似水平上,可将测试菌株划分为10个组群,其中4、5、... 采用Rep PCR分子指纹技术对国内已知致病型和云南省各水稻产区采集的5 6个白叶枯病代表菌株进行分析.用ERIC、J3等引物对其DNA进行Rep PCR特异性扩增,扩增结果经综合聚类分析,在70 %的相似水平上,可将测试菌株划分为10个组群,其中4、5、8、9、10为主要组群;来自云南省的菌株分属于6个组群中,遗传分群与菌株的地理来源关系密切.根据菌株在已知抗性基因的近等基因系的反应,菌株可分为18个致病型,云南省的水稻白叶枯病菌株致病型复杂多样。 展开更多
关键词 水稻 白叶枯病 遗传多样性 致病型 rep-pcr 病原菌
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DiversiLab系统沙门氏菌分子分型评价 被引量:7
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作者 许龙岩 袁慕云 +2 位作者 林文丽 张旺 焦红 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第3期203-206,共4页
目的:评价DiversiLab(DVL)系统对沙门氏菌(SA)的分型能力。方法:用rep-PCR技术为原理的DVL系统对进出口食品中分离的44株SA进行分子分型,并与脉冲场凝胶电泳(PFGE)结果比较,探讨DVL对SA的种群分类能力和分辨率。结果:44株SA经rep-PCR分... 目的:评价DiversiLab(DVL)系统对沙门氏菌(SA)的分型能力。方法:用rep-PCR技术为原理的DVL系统对进出口食品中分离的44株SA进行分子分型,并与脉冲场凝胶电泳(PFGE)结果比较,探讨DVL对SA的种群分类能力和分辨率。结果:44株SA经rep-PCR分型分成22个群,分离自不同国家、不同食品中的相同血清型SA分布在同一个群,而且菌株之间相似性非常高。在rep-PCR结果中分在同一个群中的SA,在PFGE结果中除SA2和SA15外,其他菌株之间相关性较低。结论:DVL在SA的种群的分类能力上优于PFGE,但分辨率低于PFGE。 展开更多
关键词 沙门氏菌 DiversiLab系统 rep-pcr PFGE 分子分型
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