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Red重组系统及在微生物基因敲除中的应用 被引量:20
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作者 胡堃 史兆兴 +1 位作者 赛道建 黄留玉 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期628-632,共5页
在完成了对各种微生物基因组的测序以后,功能基因学的研究变得尤为重要。研究基因功能最直接的方法便是将待研究的基因失活。最初构建基因突变体是采用大肠杆菌的RecA系统,但是RecA重组系统操作复杂,重组效率低。最近建立了Red重组系统... 在完成了对各种微生物基因组的测序以后,功能基因学的研究变得尤为重要。研究基因功能最直接的方法便是将待研究的基因失活。最初构建基因突变体是采用大肠杆菌的RecA系统,但是RecA重组系统操作复杂,重组效率低。最近建立了Red重组系统,该系统由3个蛋白组成:α蛋白(即λ核酸外切酶),β蛋白,Gam蛋白。应用Red系统进行基因敲除,可以直接利用线性打靶DNA,两侧同源臂长度在35~60bp即可发生同源重组,且重组效率高。 展开更多
关键词 red重组系统 基因敲除 抗药性基因 微生物
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采用Red重组系统敲除铜绿假单胞菌弹性蛋白酶基因 被引量:8
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作者 余华 熊浚智 +4 位作者 何晓梅 盛哈蕾 蔡文强 谢玮 张克斌 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期129-132,137,共5页
目的敲除铜绿假单胞菌弹性蛋白酶基因,获得无弹性蛋白酶活性的铜绿假单胞菌菌株。方法采用PCR从pKD46质粒上扩增λ噬菌体的Red重组酶基因,并将其克隆到大肠杆菌和铜绿假单胞菌穿梭质粒pUCP多克隆位点上,电击转化铜绿假单胞菌PAO1感受态... 目的敲除铜绿假单胞菌弹性蛋白酶基因,获得无弹性蛋白酶活性的铜绿假单胞菌菌株。方法采用PCR从pKD46质粒上扩增λ噬菌体的Red重组酶基因,并将其克隆到大肠杆菌和铜绿假单胞菌穿梭质粒pUCP多克隆位点上,电击转化铜绿假单胞菌PAO1感受态细胞,构建PAO1/pUCP-Red基因敲除体系。常规基因操作构建两端与弹性蛋白酶基因上、下游同源,中间为庆大霉素抗性基因的线性打靶片段;并将其电击转化pUCP-Red/PAO1感受态;采用庆大霉素和羧苄青霉素抗性平板初步筛选阳性重组菌;通过PCR、RT-PCR及弹性蛋白酶活性检测方法,鉴定菌株弹性蛋白酶基因的敲除情况。结果本研究通过构建Red重组系统,获得了无弹性蛋白酶活性的铜绿假单胞菌菌株。结论本研究成功敲除了铜绿假单胞菌弹性蛋白酶基因,所获无弹性蛋白酶活性的菌株将为系统深入研究弹性蛋白酶在铜绿假单胞菌致病性中的详细作用机理提供材料和基础。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 弹性蛋白酶 基因敲除 red重组系统
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利用Red重组系统敲除大肠杆菌rnc基因构建dsRNA原核表达体系 被引量:6
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作者 尹国华 刘楠 +3 位作者 孙兆楠 宋云枝 朱常香 温孚江 《山东农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2009年第3期317-324,共8页
大肠杆菌的rnc基因编码产物为RNaseIII酶,RNaseIII酶能降解细菌中绝大多数dsRNA。利用来源于λ噬菌体的Red重组系统和重叠延伸PCR技术(gene splicing by overlap extension PCR,SOE-PCR),敲除了大肠杆菌origami(DE3)菌株的rnc基因,获得... 大肠杆菌的rnc基因编码产物为RNaseIII酶,RNaseIII酶能降解细菌中绝大多数dsRNA。利用来源于λ噬菌体的Red重组系统和重叠延伸PCR技术(gene splicing by overlap extension PCR,SOE-PCR),敲除了大肠杆菌origami(DE3)菌株的rnc基因,获得了RNaseIII缺失型菌株M-origami。利用电激法,将构建的TMV运动蛋白基因(movement protein gene,MP)的dsRNA表达载体LMP480导入M-origami菌株中,IPTG诱导表达的结果显示:构建的M-origami/LMP480原核表达系统能高效表达TMV运动蛋白基因的dsRNA。初步的抗病性鉴定显示,表达的dsRNA能够诱发烟草对TMV的抗性。 展开更多
关键词 red重组系统 重叠延伸PCR RNaseIII缺失菌株 DSRNA 病毒抗性
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Red重组系统介导下大肠杆菌改造体系的优化 被引量:2
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作者 张穗生 郭媛 +5 位作者 韦廷宗 裴建新 黎贞崇 陈东 黄志民 黄日波 《广西科学》 CAS 2010年第2期160-163,共4页
对Red重组系统介导下大肠杆菌进行遗传改造的转化条件、诱导条件、复苏条件三方面实验参数进行优化研究。结果表明:电转化加入的DNA为20ng,Red重组系统感受态细胞培养浓度为OD600=0.60,所需的电击感受态细胞数为3×108;对大肠杆菌... 对Red重组系统介导下大肠杆菌进行遗传改造的转化条件、诱导条件、复苏条件三方面实验参数进行优化研究。结果表明:电转化加入的DNA为20ng,Red重组系统感受态细胞培养浓度为OD600=0.60,所需的电击感受态细胞数为3×108;对大肠杆菌基因做双敲除时,突变第2个基因的阿拉伯糖诱导最适时间比突变首个基因延长,诱导浓度为40μm,复苏时间变化对体系影响不显著。 展开更多
关键词 red重组系统 转化条件 诱导条件 复苏条件
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采用Red重组系统构建包装菌株DH-gIII 被引量:1
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作者 高荣凯 王芃 王琰 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2008年第4期39-42,共4页
选择感染性噬菌体技术是研究蛋白相互作用的良好手段,获得基因III缺陷的辅助噬菌体是构成SIP体系的关键。为制备基因III缺失的辅助噬菌体,利用λRed重组系统将完整的噬菌体基因III和氯霉素抗性基因整合到大肠埃希菌DH5α的染色体上组氨... 选择感染性噬菌体技术是研究蛋白相互作用的良好手段,获得基因III缺陷的辅助噬菌体是构成SIP体系的关键。为制备基因III缺失的辅助噬菌体,利用λRed重组系统将完整的噬菌体基因III和氯霉素抗性基因整合到大肠埃希菌DH5α的染色体上组氨酸操纵元位点构建包装菌株,经氯霉素抗性筛选并用PCR及组氨酸表型鉴定,获得包装菌株DH-gIII;将缺失功能基因III的缺陷型噬菌体基因组转化到包装菌株中培养制备辅助噬菌体,以集落形成试验来检测缺陷型噬菌体的感染能力,结果滴度可达到4.3×108,只具备一次感染力,表明包装菌株构建成功,能用来制备辅助噬菌体,有望用于SIP体系。 展开更多
关键词 包装菌株 red重组系统 辅助噬菌体
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基于Red重组系统进行基因替换的方法建立 被引量:1
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作者 黄晓萍 郭建军 +1 位作者 钟青 罗成 《安徽农业科学》 CAS 2012年第24期11949-11950,11956,共3页
快速、高效替换目的基因是大肠杆菌基因工程菌研究的前提和基础。该试验利用Red重组系统结合基因工程技术替换基因工程菌苗中的氯霉素抗性基因,同时留下半乳糖筛选标记基因,结果在Red重组系统的帮助下成功实现了半乳糖筛选标记基因对氯... 快速、高效替换目的基因是大肠杆菌基因工程菌研究的前提和基础。该试验利用Red重组系统结合基因工程技术替换基因工程菌苗中的氯霉素抗性基因,同时留下半乳糖筛选标记基因,结果在Red重组系统的帮助下成功实现了半乳糖筛选标记基因对氯霉素抗性基因的置换,同时菌苗的其他表型特征未发生任何改变。该方法的建立将为具有新遗传特性的工程菌株和基因功能研究提供有力的工具。 展开更多
关键词 red重组系统 基因替换 筛选标记
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基于Red重组系统的阴沟肠杆菌基因重组技术 被引量:2
7
作者 张忠喜 顾金杰 +3 位作者 林汉标 廖鲜艳 史吉平 郝健 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2018年第21期134-140,151,共8页
目的:开发一种基于Red重组系统的E.cloacae基因重组技术。方法:将Red重组酶基因连接于表达载体形成pSC-MSC-red,将Flp重组酶基因连接于表达载体形成pSC-MSC-flp。以budA基因(编码乙酰乳酸脱羧酶)为例,构建了不同长度同源臂的抗性盒。将... 目的:开发一种基于Red重组系统的E.cloacae基因重组技术。方法:将Red重组酶基因连接于表达载体形成pSC-MSC-red,将Flp重组酶基因连接于表达载体形成pSC-MSC-flp。以budA基因(编码乙酰乳酸脱羧酶)为例,构建了不同长度同源臂的抗性盒。将这些DNA片段分别转化入携带p SC-MSC-red质粒的E.cloacae进行基因重组。结果:使用同源臂长度为39和100 bp的抗性盒不能得到重组子;同源臂长度为200 bp的抗性盒可以获得重组子E.cloacaeΔbudA-773,重组效率为6.1 CFU/μg DNA;同源臂长度为500 bp时,重组效率提高到131.5 CFU/μg DNA。将表达Flp重组酶的质粒pSC-MSC-flp转化入重组菌株中传代培养成功消除了抗性标记。对重组菌株E.cloacae ΔbudA进行发酵培养实验,菌株丧失了合成乙偶姻和2,3-丁二醇的能力,表明budA基因被成功敲除。结论:本文建立了一种适用于E.cloacae的基因重组方法。 展开更多
关键词 red重组系统 阴沟肠杆菌 Α-乙酰乳酸脱羧酶 基因敲除
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利用Red重组系统敲除家蚕核型多角体病毒的vlf-1基因及对病毒复制的影响 被引量:1
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作者 杜超逸 于威 +4 位作者 全滟平 陈健 聂作明 吕正兵 张耀洲 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期283-288,共6页
利用Red重组系统和家蚕核型多角体病毒(BmNPV)Bacmid在E.coli DH10Bac中快速敲除BmNPV极晚期表达因子基因vlf-1,调查对病毒复制的影响,以探究BmNPV vlf-1基因的功能。首先从E.coli BW25113中提取能表达Red重组酶的质粒pKD46,将其转化到E... 利用Red重组系统和家蚕核型多角体病毒(BmNPV)Bacmid在E.coli DH10Bac中快速敲除BmNPV极晚期表达因子基因vlf-1,调查对病毒复制的影响,以探究BmNPV vlf-1基因的功能。首先从E.coli BW25113中提取能表达Red重组酶的质粒pKD46,将其转化到E.coli DH10Bac中,获得可用于BmNPV基因打靶的DH10Bac(含有质粒pKD46)菌株;再为发生基因同源重组设计一对长60 bp的引物,5'端长40 bp,分别为vlf-1基因的左右同源臂,3'端长20 bp,分别为氯霉素抗性基因(cat)的首尾序列;以含有cat的pKD3质粒为模板,PCR扩增含vlf-1同源臂的cat基因,即打靶线性化片段;将该线性化片段转入DH10Bac(pKD46)菌株,在Red重组酶的作用下,线性化片段与Bacmid DNA中的vlf-1基因发生同源重组。利用设计的2对特异性引物PCR验证cat基因替换vlf-1基因操作成功,获得vlf-1缺失型BmNPV。将vlf-1缺失型Bacmid DNA转染BmN细胞,利用qPCR分析vlf-1基因缺失对于病毒复制的影响,结果表明:vlf-1基因缺失对BmNPV起始DNA复制没有明显的影响,但是可能影响之后的病毒装配和侵染。 展开更多
关键词 家蚕核型多角体病毒 vlf-1基因 red重组系统 病毒复制
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一种可转移的重组工程系统pYM-Red的建立 被引量:1
9
作者 于梅 周建光 +2 位作者 陈伟 李山虎 黄翠芬 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第4期359-364,共6页
重组工程是近几年发展的新型遗传工程技术.以PCR扩增的线性低拷贝质粒pACYCl84为载体,用Gap-repair方法从大肠杆菌DY330染色体上直接体内亚克隆了包括Red重组酶基因在内的长约6.7kb的基因序列,构建了pYM-Red重组质粒.在宿主菌W3110体内... 重组工程是近几年发展的新型遗传工程技术.以PCR扩增的线性低拷贝质粒pACYCl84为载体,用Gap-repair方法从大肠杆菌DY330染色体上直接体内亚克隆了包括Red重组酶基因在内的长约6.7kb的基因序列,构建了pYM-Red重组质粒.在宿主菌W3110体内进行了染色体上galk基因的敲除,验证了Red重组酶的生物功能,并确定了影响pYM-Red重组效率的诱导时间和线性DNA片段用量.在42℃诱导10 min和线性DNA打靶分子浓度为300 ng时,pYM-Red的重组效率可达到大约每4 000个电转存活细胞中有1个重组阳性克隆,分别比pKD46和pBR322-Red系统高5~6倍. 展开更多
关键词 重组工程 red重组系统 Gap—repair 体内克隆 pYM—red质粒
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利用Red/ET系统结合rpsL反向筛选敲除AcMNPV lef-10基因 被引量:1
10
作者 白玉 许晓东 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2015年第12期181-190,198,共11页
【目的】利用Red/ET系统结合rpsL反向筛选建立苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒(AcMNPV)晚期表达因子lef-10点突变载体,为进一步研究AcMNPVlef-10的功能奠定基础。【方法】利用Red/ET系统结合rpsL反向筛选BAC修饰系统对AcMNPV lef-10进行点突... 【目的】利用Red/ET系统结合rpsL反向筛选建立苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒(AcMNPV)晚期表达因子lef-10点突变载体,为进一步研究AcMNPVlef-10的功能奠定基础。【方法】利用Red/ET系统结合rpsL反向筛选BAC修饰系统对AcMNPV lef-10进行点突变,由于lef-10和必需基因vp1054有重叠,所以在敲除lef-10时只能通过引进点突变使lef-10失活,避免影响vp1054的正常表达。首先,构建rpsL-AMP筛选盒,然后在野生型AcBacmid中引进点突变(方法是通过2次Red/ET重组:第1次重组在野生型AcBacmid lef-10中引进rpsL-AMP抗性筛选标记,形成一次重组Bacmid,第2次重组是在一次重组Bacmid中引进含点突变的lef-10片段),再利用链霉素反向筛选去除rpsL-AMP抗性筛选标记,同时引入相应的点突变。将从lef-10基因点突变重组菌中提取得到的AcBacmid与质粒pTriEx1.1和pTriEx-innateP-lef10分别共转染草地贪夜蛾Sf9细胞,同时用野生型AcBacmid与质粒pTriEx1.1共转染Sf9细胞作为对照,显微镜下观察病毒的复制情况,确定lef-10基因是否为AcMNPV的必需基因。【结果】通过对重组Bacmid的PCR鉴定和点突变序列的测定,证明AcMNPVlef-10基因已经发生点突变;通过共转染试验发现,随着转染时间的延长,lef-10补回型病毒和野生型病毒一样,均能在Sf9细胞中复制产生具有感染性的子代病毒粒子BV,从而对邻近细胞造成二次感染,使得细胞死亡,且lef-10补回型重组病毒产生感染性病毒粒子的能力与野生型基本一致;而由于lef-10缺失型重组病毒不能产生有感染性的病毒粒子,所以在被lef-10缺失型重组病毒转染的细胞中,细胞数目不会随着转染时间的增加而发生明显改变。【结论】利用Red/ET重组系统结合rpsL反向筛选系统可以在Ac MNPVlef-10基因中引入点突变,且lef-10是杆状病毒生活周期中的一个必需基因,其缺失会影响杆状病毒的复制。 展开更多
关键词 苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒(AcMNPV) lef-10 red/ET重组系统 rpsL反向筛选系统 基因敲除
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UPEC双组分信号系统KguS/KguR调控基因缺失株的构建及其生长特性研究 被引量:1
11
作者 李国强 朱丽萍 +2 位作者 朱丽臻 陈蕾蕾 颜世敢 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期1113-1117,共5页
[目的]构建尿道致病性大肠杆菌(uropathogenic Escherichia coli,UPEC) CFT073株的双组分信号系统Kgu S/KguR调控的c5032—c5037基因的缺失株,并研究基因缺失株在有氧和厌氧条件下的生长特性。[方法]运用Red重组系统将带有c5032—c5037... [目的]构建尿道致病性大肠杆菌(uropathogenic Escherichia coli,UPEC) CFT073株的双组分信号系统Kgu S/KguR调控的c5032—c5037基因的缺失株,并研究基因缺失株在有氧和厌氧条件下的生长特性。[方法]运用Red重组系统将带有c5032—c5037基因同源臂的氯霉素抗性基因取代c5032—c5037基因,在温度敏感型质粒p CP20作用下消除氯霉素抗性基因,构建基因缺失株CFT073Δc5032—c5037,用PCR和基因测序验证基因敲除是否成功,测定有氧和厌氧条件下CFT073Δc5032—c5037在以α-酮戊二酸为唯一碳源的M9培养基中培养不同时间的菌液D600值。[结果]构建了CFT073Δc5032—c5037,PCR验证及基因测序结果均表明已成功敲除c5032—c5037基因;厌氧条件下CFT073Δc5032—c5037在以α-酮戊二酸为唯一碳源的M9培养基中生长比野生型菌株CFT073缓慢,且差异极显著(P<0.01),但在有氧条件下二者的生长无显著差异。[结论]成功构建了基因缺失株CFT073Δc5032—c5037,并试验证实Kgu S/KguR调控的c5032—c5037基因在厌氧条件下参与α-酮戊二酸的利用,为进一步研究Kgu S/KguR在UPEC中的代谢适应机制奠定了基础。 展开更多
关键词 尿道致病性大肠杆菌 KguS/KguR c5032-c5037基因 red重组系统
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禽致病性大肠杆菌CE129 Ⅵ型分泌系统主要亚单位基因hcp1、hcp2缺失株的构建与验证 被引量:5
12
作者 丁雪燕 张琪 +5 位作者 田延 王亨 张伟 石宝兰 张建军 朱国强 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期381-385,共5页
为获得禽致病性大肠杆菌(APEC)CE129 Ⅵ型的hcp1、hcp2基因缺失株,本研究利用Red同源重组系统对APEC野生株CE129的Ⅵ型分泌系统(T6SS)hcp1和hcp2基因进行敲除,获得hcp1、hcp2基因单缺失株CE129△hcp1、CE129△hcp2和双缺失株CE129△hcp1... 为获得禽致病性大肠杆菌(APEC)CE129 Ⅵ型的hcp1、hcp2基因缺失株,本研究利用Red同源重组系统对APEC野生株CE129的Ⅵ型分泌系统(T6SS)hcp1和hcp2基因进行敲除,获得hcp1、hcp2基因单缺失株CE129△hcp1、CE129△hcp2和双缺失株CE129△hcp1△hcp2。将hcp1、hcp2基因分别克隆到表达载体pBR322和pACYC184中,构建相应的基因回补株CE129△hcp1/phcp1、CE129△hcp2/phcp2和CE129△hcp1△hcp22/phcp1phcp2。通过PCR特异性检测和基因测序显示,上述突变株与回补株均成功构建,且均能够稳定遗传。上述基因缺失株和回补株的成功构建,有助于深入了解APEC CE129菌株T6SS的作用机制,为进一步研究APEC的致病机理及其防控奠定了基础。 展开更多
关键词 red同源重组系统 Ⅵ型分泌系统 hcp1 hcp2
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基因敲除提高大肠杆菌工程菌生产异丁醇产量的研究 被引量:5
13
作者 郭媛 林丽华 +3 位作者 郭玲 庞浩 彭建新 黄日波 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期170-175,共6页
探究pflB、frdAB、fnr和AdhE四基因缺失突变株对大肠杆菌工程菌发酵生产异丁醇的影响。运用Red重组系统敲除大肠杆菌BW25113的pflB、frdAB、fnr和AdhE基因,构建pflB、frdAB、fnr和AdhE四基因缺失突变株E.coliBW25113H,结合本实验室已经... 探究pflB、frdAB、fnr和AdhE四基因缺失突变株对大肠杆菌工程菌发酵生产异丁醇的影响。运用Red重组系统敲除大肠杆菌BW25113的pflB、frdAB、fnr和AdhE基因,构建pflB、frdAB、fnr和AdhE四基因缺失突变株E.coliBW25113H,结合本实验室已经构建的表达质粒pSTV29-alsS-ilvC-ilvD-kdcA,并检测该工程菌在1L发酵罐的发酵过程中的生物量、突变菌株的稳定性、异丁醇产量及有机酸含量的变化情况。成功获得pflB、frdAB、fnr和AdhE四基因缺失突变株BW25113H。发酵结果表明,该工程菌能以较长时间,较高比生长速率保持对数生长期,其稳定性较好,异丁醇产量增加了40%。成功构建pflB、frdAB、fnr和AdhE四基因缺失突变株BW25113H,结合非自身发酵途径使异丁醇的产量由3 g/L提升至4.2 g/L。 展开更多
关键词 大肠杆菌工程菌 基因敲除 异丁醇 非发酵途径 red重组系统
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大肠杆菌莽草酸途径限速酶多基因盒的构建及基因替换 被引量:2
14
作者 李永辉 王世春 +3 位作者 刘云 郭长江 蒋与刚 徐琪寿 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期473-478,共6页
优化大肠杆菌芳香族氨基酸生物合成代谢途径 ,构建莽草酸代谢途径限速酶的多基因盒PtacaroAaroCaroBkan .利用Red重组系统 ,在破坏整体调控基因csrA时 ,替换多基因盒 .Southern印迹证实 ,基因破坏和基因替换是成功的 .摇瓶发酵表明 ,构... 优化大肠杆菌芳香族氨基酸生物合成代谢途径 ,构建莽草酸代谢途径限速酶的多基因盒PtacaroAaroCaroBkan .利用Red重组系统 ,在破坏整体调控基因csrA时 ,替换多基因盒 .Southern印迹证实 ,基因破坏和基因替换是成功的 .摇瓶发酵表明 ,构建的基因工程菌株比原始菌株基础产酸率提高了 4 5 展开更多
关键词 多基因盒子 red重组系统 基因破坏和基因替换
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猪源益生菌EP株突变株EP△asd的构建和初步应用 被引量:1
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作者 金铎 原志伟 +4 位作者 单玉平 区炳明 羊扬 朱军 朱国强 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期5-8,共4页
为研制更加安全的大肠杆菌疫苗株,并将其开发为新型活疫苗载体,本研究采用电转化将氯霉素抗性基因片段转化至益生菌EP株。采用同源重组技术使氯霉素抗性基因的PCR产物通过其两侧asd基因序列与益生菌EP基因组中的asd基因发生同源重组。... 为研制更加安全的大肠杆菌疫苗株,并将其开发为新型活疫苗载体,本研究采用电转化将氯霉素抗性基因片段转化至益生菌EP株。采用同源重组技术使氯霉素抗性基因的PCR产物通过其两侧asd基因序列与益生菌EP基因组中的asd基因发生同源重组。通过氯霉素抗性平板筛选得到阳性克隆,对筛选得到的阳性克隆再导入编码Flp重组酶的质粒p CP20以去除抗性基因,从而构建成EP△asd突变株。该缺失突变株可以与表达链球菌asd基因的质粒形成功能性互补,转化有上述质粒的EP△asd突变株可长时间定居于仔猪肠道。本研究为进一步开发以益生菌EP△asd为染色体—质粒平衡致死系统宿主菌的用于预防仔猪肠道性传染病的细菌活载体疫苗研究奠定基础。 展开更多
关键词 益生菌 red重组系统 asd基因 平衡致死系统
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家蚕核型多角体病毒CQ1分离株与T3株的单核苷酸多态性分析(英文)
16
作者 潘国庆 李田 +3 位作者 许金山 张永华 倪琪 周泽扬 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期450-457,共8页
依据基因组中的单核苷酸多态性(SNPs)位点对不同来源家蚕核型多角体病毒(Bm NPV)进行地理株系溯源,有利于Bm NPV的分子流行病学研究以及对病害流行的预防性控制。采用霰弹法对Bm NPV重庆分离株CQ1进行全基因组测序,获得了1 052条reads序... 依据基因组中的单核苷酸多态性(SNPs)位点对不同来源家蚕核型多角体病毒(Bm NPV)进行地理株系溯源,有利于Bm NPV的分子流行病学研究以及对病害流行的预防性控制。采用霰弹法对Bm NPV重庆分离株CQ1进行全基因组测序,获得了1 052条reads序列,测序深度为3.5倍,覆盖基因组95%以上的区域。采用生物信息学方法,将这些序列与Bm NPV日本分离株T3的基因组序列进行比对分析,在2个株系间共鉴定获得400个候选SNPs。与T3株基因组唯一位点匹配的386个SNPs中,有77%的SNPs属于转换,23%的SNPs属于颠换;15个SNPs位于基因间区,其余都分布在基因编码区;115个非同义SNPs(c SNPs)分布于67个基因的编码序列中,其中11个基因有至少3个非同义SNPs,例如CQ1分离株的非必需基因orf74有5个非同义SNPs。结构预测显示,CQ1分离株的几丁质酶基因中3个非同义SNPs引起变化的氨基酸位点均位于几丁质酶的三维结构表面。研究结果表明,Bm NPV CQ1和Bm NPV T3株系之间存在丰富的单核苷酸多态性。 展开更多
关键词 家蚕核型多角体病毒 Bm90基因 λred重组系统 BAC-TO-BAC系统 病毒增殖 病毒组装
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Bm59基因缺失对家蚕核型多角体病毒(BmNPV)复制、转录及组装的影响
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作者 蒋磊 田星 +4 位作者 巩成见 于威 舒建洪 吴银丽 童富淡 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期266-273,共8页
Bm59是家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,Bm NPV)的核心基因之一。利用λRed重组技术和Bac-to-Bac系统构建野生型病毒wt Bacmid-polh-egfp、缺失型病毒Bm59ko-Bacmid-polh-egfp以及补回型病毒Bm59re-Bacmidpolh-eg... Bm59是家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,Bm NPV)的核心基因之一。利用λRed重组技术和Bac-to-Bac系统构建野生型病毒wt Bacmid-polh-egfp、缺失型病毒Bm59ko-Bacmid-polh-egfp以及补回型病毒Bm59re-Bacmidpolh-egfp,并分别转染家蚕卵巢培养细胞Bm N,研究Bm59基因在病毒侵染、增殖和组装中的功能。对病毒滴度的检测结果表明3种类型病毒都能产生有活力的子代病毒并使细胞感染发病,但Bm59ko-Bacmid-polh-egfp在各个时相的滴度值均显著低于其他2种类型病毒(P<0.05)。电子显微镜下观察Bm59ko-Bacmid-polh-egfp转染的细胞中只有少量细长的杆状病毒粒子,而其他2种类型病毒转染细胞后则能产生大量具有囊膜包裹的成熟病毒粒子。qRT-PCR检测结果显示,Bm59缺失型病毒基因组DNA的复制能力显著降低(P<0.05),早期基因lef-3、晚期基因vp39和极晚期基因p10的转录水平显著低于野生型病毒(P<0.05)。综上所述,Bm59基因虽然是家蚕核型多角体病毒复制的非必需基因,但会显著影响病毒的增殖速度和病毒粒子的组装,对病毒各个时期的基因转录水平具有下调作用。 展开更多
关键词 家蚕核型多角体病毒 Bm59基因 λred重组系统 BAC-TO-BAC系统 QRT-PCR
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大肠杆菌nmpC基因的快速敲除
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作者 张丹凤 陈国平 +1 位作者 华秀庭 陈阳 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期160-164,共5页
旨在利用Red重组系统和Xer重组系统获得大肠杆菌NmpC外膜蛋白基因删除菌株。采用PCR扩增nmpC基因片段,构建pMD-nmpC载体,EcoR I酶切并经Pfu补平酶切缺口后与difGm片段连接,得到重组质粒T-nmpC∷difGm,PCR扩增获得突变盒nmpC::difGm,电... 旨在利用Red重组系统和Xer重组系统获得大肠杆菌NmpC外膜蛋白基因删除菌株。采用PCR扩增nmpC基因片段,构建pMD-nmpC载体,EcoR I酶切并经Pfu补平酶切缺口后与difGm片段连接,得到重组质粒T-nmpC∷difGm,PCR扩增获得突变盒nmpC::difGm,电转化突变盒片段入大肠杆菌细胞,PCR扩增验证是否获得没有抗性标记的ΔnmpC基因删除菌株。结果显示,成功构建了重组质粒T-nmpC∷difGm,在Red重组酶和Xer重组酶的介导下,进行同源重组和抗生素标记去除,并经PCR验证得到ΔnmpC基因删除菌株。首次成功获得大肠杆菌ΔnmpC无抗生素标记基因删除菌株,该基因删除菌株可为深入研究NmpC的功能提供研究基础。 展开更多
关键词 red重组系统 Xer重组系统 大肠杆菌 NmpC
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家蚕核型多角体病毒ie0基因对病毒复制和转录的影响
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作者 张婷 李俊 +2 位作者 张媛媛 全滟平 于威 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期645-655,共11页
ie0基因是家蚕核型多角体病毒(BmNPV)的一个晚期基因,该基因编码氨基酸序列的高度保守性及多种结构域提示其在病毒感染过程中的重要性。利用Red同源重组技术,分别对BmNPV ie0基因编码不同结构域的序列以及完整序列进行敲除构建ie0缺失... ie0基因是家蚕核型多角体病毒(BmNPV)的一个晚期基因,该基因编码氨基酸序列的高度保守性及多种结构域提示其在病毒感染过程中的重要性。利用Red同源重组技术,分别对BmNPV ie0基因编码不同结构域的序列以及完整序列进行敲除构建ie0缺失型病毒,以野生型病毒为对照,研究ie0序列完全或部分缺失对病毒转录、复制及对宿主细胞致病能力等方面的影响。结果表明ie0基因完整序列或编码各结构域的序列缺失后均会对病毒产生不同影响:宿主细胞中完全缺失型和部分缺失型病毒滴度均有不同程度降低;完全缺失型和部分缺失型病毒基因组的拷贝数均与野生型病毒无显著差异;部分缺失型病毒的晚期和极晚期基因转录水平变化与ie0基因完全缺失型病毒相一致,均显著低于野生型病毒,并且缺失锌指结构域编码序列的影响最为明显。MTT检测结果也显示ie0基因完全缺失后病毒对宿主细胞的致病能力有所下降。亚细胞定位显示IE0蛋白在细胞质、细胞核中均有分布,但主要位于细胞质。综上所述,ie0基因为BmNPV病毒增殖、基因组复制的非必需基因,但对病毒晚期和极晚期基因的转录具有调控作用,影响最为显著的为锌指结构域的编码序列,且该基因的缺失会导致病毒对宿主细胞的致病能力有所下降。 展开更多
关键词 家蚕核型多角体病毒 ie0基因 red重组系统 缺失型病毒 基因功能
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大肠杆菌诺氟沙星超敏感多基因敲除株KYAH06构建与功能验证
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作者 姜巨全 宋阳 +1 位作者 Heba Abdel-Motaal 邹俏 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期49-55,86,共8页
以E.coli DH5α为出发菌株采用pKD46质粒提供λRed重组系统完成以下三步基因敲除:大肠杆菌中RND超家族多药物抗性蛋白acrAB基因并借助其与pKD3质粒的氯霉素抗性片段同源重组被敲除;大肠杆菌中MATE家族多药物抗性蛋白ydhE基因通过卡那霉... 以E.coli DH5α为出发菌株采用pKD46质粒提供λRed重组系统完成以下三步基因敲除:大肠杆菌中RND超家族多药物抗性蛋白acrAB基因并借助其与pKD3质粒的氯霉素抗性片段同源重组被敲除;大肠杆菌中MATE家族多药物抗性蛋白ydhE基因通过卡那霉素抗性筛选和蔗糖反向筛选被无痕敲除;大肠杆菌中主要负责诺氟沙星外排的MFS超家族转运蛋白mdtH基因通过与pK18mobSacB质粒中的抗性片段的同源重组被敲除。以上基因敲除不同程度导致大肠杆菌对诺氟沙星的敏感性变化,最终获得诺氟沙星敏感性为0.0125μg·mL^(-1)的E.coli KYAH06,为大肠杆菌MdtH详细转运机制以及其他诺氟沙星外排转运蛋白鉴定和功能分析奠定试验基础。 展开更多
关键词 诺氟沙星 λred重组系统 多药物逆向转运蛋白 AcrAB YdhE MdtH
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