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海洋稀有放线菌Salinispora arenicola CNP193基因组新颖PKS和NRPS基因簇的发掘 被引量：5
1
作者 房耀维 刘姝 +5 位作者 王淑军 吕明生 焦豫良 陈国强 潘建梅 牛军 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期48-57,共10页
利用基因组发掘技术,从海洋稀有放线菌Salinispora arenicola CNP193基因组序列中发掘新颖PKS和NRPS基因簇,并初步预测基因簇对应产物,为新颖聚酮化合物的发现,基因簇的异源表达和利用组合生物合成技术对化合物结构进行改造提供信息。... 利用基因组发掘技术,从海洋稀有放线菌Salinispora arenicola CNP193基因组序列中发掘新颖PKS和NRPS基因簇,并初步预测基因簇对应产物,为新颖聚酮化合物的发现,基因簇的异源表达和利用组合生物合成技术对化合物结构进行改造提供信息。在利用anti SMASH对S.arenicola CNS 205和S.arenicola CNP193次级代谢产物基因簇进行预测,并经过NRPS-PKS knowledgebase验证的基础上,以S.arenicola CNS 205基因簇为对照,初步选择新颖基因簇;进一步用NCBI Blast和Nap Dos分析判断基因簇的新颖性后获得3个新颖基因簇:基因簇7,基因簇10和基因簇20。结合anti SMASH对基因簇核心结构的预测和与已知功能同源性基因簇,NCBI Blast比对的同源序列,以及Nap Dos对个基因簇中KS domain和C domain的进化分析等信息,初步表明基因簇7和基因簇20的对应产物分别为烯二炔类和有半胱氨酸及其他氨基酸参与合成的肽类化合物。由于基因簇10得到的信息较少,不能预测其代谢产物。 展开更多
关键词 基因簇发掘 新颖pks基因簇 新颖NRPS基因簇 产物预测
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土壤宏基因组文库的构建及格尔德霉素类PKS基因的初步筛选 被引量：5
2
作者 林灵 陈菲菲 +2 位作者 王以光 赫卫清 王相晶 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期426-430,共5页
目的构建土壤宏基因组文库并对格尔德霉素类I型聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)基因进行初步筛选研究。方法直接提取土壤样品中宏基因组DNA,以Fosmid为载体,构建宏基因组文库。根据格尔德霉素的I型PKS基因的保守序列设计引物,使用菌... 目的构建土壤宏基因组文库并对格尔德霉素类I型聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)基因进行初步筛选研究。方法直接提取土壤样品中宏基因组DNA,以Fosmid为载体,构建宏基因组文库。根据格尔德霉素的I型PKS基因的保守序列设计引物,使用菌落PCR方法直接筛选所获得的宏基因组文库。结果成功构建了土壤宏基因组文库,获得约6800个克隆子,其平均插入片段在25kb以上,覆盖至少170Mb的基因组信息。通过PKS基因筛选,获得了新的PKS基因片段。结论本文报道了土壤宏基因组文库的成功构建,并为利用宏基因组技术寻找新的聚酮类次级代谢产物的生物合成基因,以便于其异源表达或组合生物合成新的聚酮类次级代谢产物奠定基础。 展开更多
关键词 宏基因组文库 pks 土壤
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拟南芥PKS5点突变体对盐碱胁迫的响应特性 被引量：1
3
作者 赵菲佚 焦成瑾 +3 位作者 陈荃 袁毅君 王廷璞 呼丽萍 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期53-59,共7页
拟南芥蛋白激酶PKS5参与植物对外界的盐碱胁迫信号响应过程。为探求PKS5不同结构域对外界盐碱胁迫下的响应功能,以PKS5点突变体pks5-2、pks5-4、pks5-5、pks5-6、pks5-7、pks5-8和pks5-9为材料,分析PKS5不同点突变体在外界盐碱胁迫下的... 拟南芥蛋白激酶PKS5参与植物对外界的盐碱胁迫信号响应过程。为探求PKS5不同结构域对外界盐碱胁迫下的响应功能,以PKS5点突变体pks5-2、pks5-4、pks5-5、pks5-6、pks5-7、pks5-8和pks5-9为材料,分析PKS5不同点突变体在外界盐碱胁迫下的特性。结果显示:(1)pks5-2、pks5-6、pks5-7和pks5-8对外界盐碱胁迫的主根生长表型与野生型存在差异,pks5-4、pks5-5和pk5-9则无差异,其中的pks5-2和pks5-8主根生长对盐碱胁迫表现出抗性表型,而pks5-6和pks5-7表现出敏感表型。(2)当PKS5发生点突变后其突变基因的表达发生改变,与野生型基因相比,PKS5-2、PKS5-6与PKS5-7的表达均有所降低。(3)PKS5点突变蛋白的亚细胞定位与野生型相比不存在差异,在细胞核、细胞质及细胞膜中均有分布。(4)pks5各点突变体内的Na+含量在野生型与点突变体间存在显著差异,pks5-2体内的Na+含量较野生型降低,而pks5-6和pks5-7体内的Na+则升高。研究表明,PKS5不同位置点突变导致植物对外界盐碱胁迫有着不同的响应过程,预示PKS5不同的结构域在其功能上存在差异。 展开更多
关键词 拟南芥 pks5 点突变体 盐碱胁迫 表型分析
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茎瘤芥BjPKS1基因的克隆及遗传转化 被引量：1
4
作者 孙全 阿丽亚.司地克 +4 位作者 杨宏国 毕晶磊 何晓红 蔡应繁 朱利泉 《广东农业科学》 CAS 2016年第5期49-54,共6页
茎瘤芥(榨菜)具有瘤茎膨大的性状,该特征是一种重要的经济性状。在前期研究中,我们获得一个可能与瘤茎膨大有关的基因片段,该基因与拟南芥PKS1基因相似。通过RACE技术获得了该基因全长序列,命名为BjPKS1。该基因的mRNA序列全长1440bp,... 茎瘤芥(榨菜)具有瘤茎膨大的性状,该特征是一种重要的经济性状。在前期研究中,我们获得一个可能与瘤茎膨大有关的基因片段,该基因与拟南芥PKS1基因相似。通过RACE技术获得了该基因全长序列,命名为BjPKS1。该基因的mRNA序列全长1440bp,其预测的ORF长度为1131bp,编码的氨基酸序列长度为376aa。多序列比对发现,预测的氨基酸序列与其他物种的PKS基因家族蛋白具有高度相似性,在多个区域都高度保守,进化分析显示Bj PKS与拟南芥的PKS1基因关系最近。荧光定量RT-PCR结果显示,该基因在茎瘤芥瘤茎膨大发育的过程中表达量明显上升。将该基因转化拟南芥,转基因植株株高和节间都明显缩短。结果表明BjPKS1可能具有其他物种中同源基因相似的分子功能,其在茎瘤芥瘤茎膨大过程中的作用有待进一步研究。 展开更多
关键词 榨菜 pks1基因 瘤茎 膨大 转基因
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拮抗南方根结线虫PKS基因的筛选及活性评价 被引量：1
5
作者 罗坤 赵志祥 +2 位作者 芦晓飞 黎定军 谢丙炎 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期38-42,共5页
土壤环境中蕴藏着巨大的微生物资源,而99%的土壤微生物不能用传统的纯培养。本研究基于西藏米拉山高寒草甸土壤微生物宏基因组Fosmid文库,采用PCR方法从文库中筛选PKS基因,以南方根结线虫(Meloido-gyne incognita)为靶标测定其杀线活性... 土壤环境中蕴藏着巨大的微生物资源,而99%的土壤微生物不能用传统的纯培养。本研究基于西藏米拉山高寒草甸土壤微生物宏基因组Fosmid文库,采用PCR方法从文库中筛选PKS基因,以南方根结线虫(Meloido-gyne incognita)为靶标测定其杀线活性,并验证温室盆栽防效。从Fosmid文库中筛选得到2个含PKS基因的克隆K99和K82。K99属于Ⅰ型PKS,K82属于杂合PKS/NRPS;K99发酵液、热处理发酵液浸泡南方根结线虫J2 12 h后,杀线活性为100%。温室盆栽防效结果表明,K99的发酵菌液对南方根结线虫的防效为89%。K99能产生一种外分泌有杀线活性的物质,其热稳定性好,具有重要的开发利用价值。 展开更多
关键词 pks 南方根结线虫 杀线活性 土壤宏基因组文库
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一个新型牛樟芝PR-PKS基因的克隆及表达分析 被引量：1
6
作者 原晓龙 华梅 +3 位作者 陈剑 王娟 杨宇明 王毅 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2019年第1期11-19,共9页
为了解牛樟芝中聚酮化合物的生物合成机理及聚酮合酶基因功能,从牛樟芝基因组挖掘并克隆得到一个部分还原型PKS(PR-PKS)基因(AcPKS3),并对其进行生物信息学分析及表达谱分析。结果显示,AcPKS3(GenBank登录号:MG988206)DNA全长8 286 bp,... 为了解牛樟芝中聚酮化合物的生物合成机理及聚酮合酶基因功能,从牛樟芝基因组挖掘并克隆得到一个部分还原型PKS(PR-PKS)基因(AcPKS3),并对其进行生物信息学分析及表达谱分析。结果显示,AcPKS3(GenBank登录号:MG988206)DNA全长8 286 bp,有22个内含子,其外显子共编码2 285个氨基酸;结构域依次为KS-AT-KR-ACP-SDR,各结构域的活性保守位点为β-酮基合成酶(DTACSS)、酰基转移酶(GHSAGETA)、酮基还原酶(YLLVGGIG)、酰基转移酶(YGLDSITSA)、短链醇脱氢酶与NAD(P)H结合的N端保守序列(ITGTTGSFG)及活性保守位点(YTESK);AcPKS3与6-甲基水杨酸合成酶的亲缘关系较近;不同碳源中葡萄糖,不同氮源中牛肉浸粉、酪蛋白胨、土豆蛋白胨可促进AcPKS3基因表达。本研究为牛樟芝聚酮合酶功能研究及牛樟芝基因资源利用提供参考。 展开更多
关键词 牛樟芝 部分还原型pks 生物信息学分析 基因表达
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1个含有SDR结构域PKS/NRPS基因的克隆 被引量：1
7
作者 原晓龙 李娟 +1 位作者 李云琴 王毅 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1247-1253,共7页
聚酮和非核糖体多肽的复合化合物具有独特的生理活性,它们由聚酮合酶/非核糖体肽合成酶(PKS/NRPS)催化合成。目前球孢白僵菌Beauveria bassiana中含SDR结构域的PKS/NRPS酶的生物合成机制尚不清楚,采用基因挖掘技术从球孢白僵菌基因组中... 聚酮和非核糖体多肽的复合化合物具有独特的生理活性,它们由聚酮合酶/非核糖体肽合成酶(PKS/NRPS)催化合成。目前球孢白僵菌Beauveria bassiana中含SDR结构域的PKS/NRPS酶的生物合成机制尚不清楚,采用基因挖掘技术从球孢白僵菌基因组中分离得到1个PKS/NRPS基因(命名Bbpks2),利用生物信息学分析对其功能进行预测并检测该基因在以6.0 g·L^-1麦芽提取物和3.0 g·L^-1酵母提取物为基本氮源培养基,7种碳源添加物和以1.8 g·L^-1麦芽糖和6.0 g·L^-1葡萄糖为基本碳源培养基,4种氮源添加物培养基上的具体表达情况,其中每种添加物含量为4.0 g·L^-1。结果显示:Bbpks2基因长度为12 051 bp,编码4 016个氨基酸;其结构域组织顺序为KS-AT-DH-MT-KR-ACP-C-A-PP-SDR,是一种含有SDR结构域的PKS/NRPS;系统进化分析发现,BbPKS2与球孢白僵菌JEF007菌株(PMB64475.1)、头状虫草Tolypocladium capitatum(PNY25600.1)等的PKS/NRPS蛋白聚在同个分支中,可能参与一种聚酮/非核糖体多肽类化合物的生物合成;比较不同氮源、碳源添加物对Bbpks2基因表达的影响,发现该基因在添加了乳糖的培养基上的表达量是其他碳源添加物的3.4倍以上,添加了牛肉浸粉的培养基上表达量是其他氮源添加物的1.3倍以上。该研究为下一步通过异源表达鉴定Bbpks2基因的具体功能,及其调控机理研究和基因资源利用奠定基础。 展开更多
关键词 森林保护学 球孢白僵菌 杂合pks/NRPS 生物信息学分析
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拟南芥AtJ3与PKS5相互作用参与植物ABA响应
8
作者 赵菲佚 焦成瑾 +3 位作者 陈荃 贾贞 王太术 周辉 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期105-115,共11页
脱落酸(abscisic acid,ABA)在植物生长、发育及环境胁迫响应中有着广泛的作用。前期研究已鉴定了诸多参与植物ABA信号转导的元件。本研究以拟南芥(Arabidopsis thaliana)蛋白激酶PKS5(SOS2-like protein kinase 5)为诱饵蛋白,使用酵母... 脱落酸(abscisic acid,ABA)在植物生长、发育及环境胁迫响应中有着广泛的作用。前期研究已鉴定了诸多参与植物ABA信号转导的元件。本研究以拟南芥(Arabidopsis thaliana)蛋白激酶PKS5(SOS2-like protein kinase 5)为诱饵蛋白,使用酵母双杂交筛选到与PKS5相互作用的蛋白分子伴侣At J3(Arabidopsis thaliana Dna J homolog 3)。At J3 T-DNA突变体atj3-1与atj3-2表现出萌发期ABA表型。在外源ABA处理下,atj3-1与atj3-2种子发芽率降彽、幼苗黄化、生长矮小。atj3-1与PKS5双突变体atj3-1pks5-1、atj3-1pks5-3和atj3-1pks5-4表现出与At J3或PKS5突变体相同的ABA表型。亚细胞定位与转基因研究显示At J3与PKS5有相同的表达模式。免疫共沉淀与体外磷酸化测试确认At J3与PKS5存在相互作用并抑制PKS5激酶活性。研究结果表明:At J3与PKS5相互作用,通过抑制PKS5激酶活性共同参与植物ABA信号响应过程。 展开更多
关键词 ABA响应 AtJ3 相互作用 磷酸化活性抑制 pks5
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拟南芥PKS5激酶点突变体外表达与磷酸化测试
9
作者 赵菲佚 焦成瑾 +3 位作者 陈荃 马伟超 安建平 呼丽萍 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期408-413,353,共7页
PKS5(protein kinase SOS2-like 5)虽为拟南芥(Arabidopsis thaliana)中介导植物响应外界高p H的蛋白激酶,但其关键功能结构域尚未被确定。该研究用PCR对PKS5不同位置点突变形式进行克隆,并在原核系统中进行表达,得到PKS5不同的点突变蛋... PKS5(protein kinase SOS2-like 5)虽为拟南芥(Arabidopsis thaliana)中介导植物响应外界高p H的蛋白激酶,但其关键功能结构域尚未被确定。该研究用PCR对PKS5不同位置点突变形式进行克隆,并在原核系统中进行表达,得到PKS5不同的点突变蛋白;使用激酶通用底物MBP(myelin basic protein)及PKS5体内特异底物AHA2(A.thaliana isoform of the PM H+-ATPase,拟南芥质膜质子泵等位形式之一)对PKS5点突变蛋白磷酸化活性进行了测试。结果表明:点突变PKS5-2失去了激酶活性,PKS5-4、PKS5-5、PKS5-9自磷酸化与MBP磷酸化活性与PKS5相比无差异;而与PKS5相比,点突变PKS5-6和PKS5-7自磷酸化及对AHA2的磷酸化活性升高,且PKS5-7活性高于PKS5-6。说明PKS5特定位置点突变改变PKS5的自磷酸化及底物磷酸化活性水平,不同位置的点突变对其磷酸化活性的影响存在差异。研究结果可为确定PKS5功能结构域及体内作用机理提供依据。 展开更多
关键词 pks5 点突变 蛋白表达 磷酸化活性
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螺旋链霉菌U-1941中PKSII型基因在淡青链霉菌tcmK变异株中的克隆(I)
10
作者 王以光 戴剑漉 +2 位作者 李京艳 孙桂芝 陈目方 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第8期453-455,461,共4页
利用螺旋霉素产生菌螺旋链霉菌(S trep tomy ces sp iramy ceticus U-1941)中发现的PK S II型基因,经测序和同源性比较证明在4174bp片段中含有PK S II型K S(K Sα)基因,该基因(pCG 4-K,aspA)由1229bp组成编码432个氨基酸,与产二素链霉菌... 利用螺旋霉素产生菌螺旋链霉菌(S trep tomy ces sp iramy ceticus U-1941)中发现的PK S II型基因,经测序和同源性比较证明在4174bp片段中含有PK S II型K S(K Sα)基因,该基因(pCG 4-K,aspA)由1229bp组成编码432个氨基酸,与产二素链霉菌A lpA和淡青链霉菌T cmK同源性分别为74.4%和69.7%。将含aspA基因的重组质粒pCG 4在四并菌素(tetracenom yc in C)产生菌(S.g laucescens GLA 4-26)tcmK基因缺陷型变异株中进行克隆,TLC分析表明转化子的发酵产物比对照株多一个明显的黄色斑点,该物质经分离、提纯后分析确定为一个含苯式结构的小分子化合物A S-5。 展开更多
关键词 基因表达 pksⅡ 螺旋链霉菌 淡青链霉菌tcmK变异株
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球孢白僵菌Bbpks1基因的序列分析及其最佳表达培养基的筛选
11
作者 原晓龙 李娟 +1 位作者 李云琴 王毅 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2019年第4期423-428,共6页
采用基因组挖掘的方法从球孢白僵菌基因组中获得了一条杂合PKS/NRPS基因(命名为Bbpks1),通过生物信息学分析预测了该基因的功能,检测了该基因在不同碳源、氮源培养基上的表达情况.结果显示:Bbpks1基因长度为11838bp,编码3945个氨基酸,... 采用基因组挖掘的方法从球孢白僵菌基因组中获得了一条杂合PKS/NRPS基因(命名为Bbpks1),通过生物信息学分析预测了该基因的功能,检测了该基因在不同碳源、氮源培养基上的表达情况.结果显示:Bbpks1基因长度为11838bp,编码3945个氨基酸,其结构域顺序为KS-AT-DH-MT-KR-ACP-C-A-PP-SDR;BbPKS1蛋白与布氏虫草、半翅轮枝菌、塔宾曲霉等真菌中的杂合PKS/NRPS蛋白序列(GenBank登录号分别为OAA40809.1、CEJ94083.1、OJI88893.1)聚为一个分支,且与参与细胞松弛素和伊快霉素合成的蛋白的亲缘关系较近,可推测该基因在球孢白僵菌中参与2,4-吡咯酮型化合物的合成;Bbpks1基因在含有乳糖、肌醇碳源的培养基上表达量较高,在以麦芽糖作为碳源的培养基上不表达,在含不同氮源的培养基上均大量表达. 展开更多
关键词 球孢白僵菌 杂合pks/NRPS 聚类分析 基因表达
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PKS系统在忠县天然气净化厂的应用探析
12
作者 高进 《石油与天然气化工》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期511-515,共5页
主要介绍了PKS系统在忠县天然气净化厂的应用运行情况,对系统运行过程中出现的故障状态进行了分析,以具体事例说明处理的方法。
关键词 pks系统 FSC系统 软件 通讯 控制 故障
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基于PKS Ⅰ基因海芦笋内生真菌及其次级代谢产物筛选鉴定 被引量：4
13
作者 张俊楠 彭洁 +1 位作者 刘天行 辛志宏 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第1期114-119,共6页
一般研究内生真菌的方法都无法预测内生真菌次级代谢产物的类型,本实验以Ⅰ型聚酮合成酶(polyketide synthase,PKS)基因为探针,野生海芦笋(Salicornia bigelovii Torr.)为原料,筛选出菌株Salicorn 3,并对其发酵产物中的化合物进行分离... 一般研究内生真菌的方法都无法预测内生真菌次级代谢产物的类型,本实验以Ⅰ型聚酮合成酶(polyketide synthase,PKS)基因为探针,野生海芦笋(Salicornia bigelovii Torr.)为原料,筛选出菌株Salicorn 3,并对其发酵产物中的化合物进行分离鉴定。结果表明:经过ITS1-5.8S-ITS4 rDNA同源序列鉴定的菌株Salicorn 3为圆弧青霉(Penicillium cyclopium),通过系统发育树分析并结合文献数据比较,表明该菌株具有产生聚酮类化合物的潜力。通过常压硅胶柱层析和Sephadex LH-20柱层析从其发酵产物中分离得到两个单体化合物,采用核磁共振和电喷雾质谱鉴定其化学结构分别为二酮哌嗪生物碱和脑苷脂C。 展开更多
关键词 海芦笋 内生真菌 Ⅰ型pks基因 聚酮类化合物 核磁共振
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Period04分析PKS1510-089射电流量变化周期 被引量：3
14
作者 付军平 张皓晶 +2 位作者 张雄 熊定荣 郭飞 《天文学报》 CSCD 北大核心 2014年第1期1-7,共7页
收集了PKS 1510-089从1990年到2005年射电37 GHz的观测数据.通过对数据的处理获得其长期光变曲线.从光变曲线可以看出PKS 1510-089的活动非常剧烈.首次运用Period04方法较好地分析类星体PKS 1510-089的光变周期.结果表明:PKS 1510-089... 收集了PKS 1510-089从1990年到2005年射电37 GHz的观测数据.通过对数据的处理获得其长期光变曲线.从光变曲线可以看出PKS 1510-089的活动非常剧烈.首次运用Period04方法较好地分析类星体PKS 1510-089的光变周期.结果表明:PKS 1510-089在射电37 GHz有(1.87±0.13)yr和(0.87±0.07)yr的周期.这个结果与Xie等在2004、2005、2008年以及Wu等在2005年采取其他数据分析方法获得的结果是一致的. 展开更多
关键词 BL Lac天体 个别 pks 1510—089 星系 演化 方法 数据分析
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海芦笋内生真菌基于PKS Ⅰ型功能基因的分离与鉴定 被引量：3
15
作者 刘怡君 潘沐 +2 位作者 王明洋 王惠 辛志宏 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第11期115-119,共5页
以采自新疆盐湖的野生海芦笋为研究对象,以聚酮合成酶(polyketide synthase,PKS)Ⅰ型功能基因为指标,采用平板划线技术、斜面分离纯化技术分离内生真菌,从中筛选出1株含有PKSⅠ型基因、编号为Salix1的内生真菌,进而PCR扩增该菌的18S rDN... 以采自新疆盐湖的野生海芦笋为研究对象,以聚酮合成酶(polyketide synthase,PKS)Ⅰ型功能基因为指标,采用平板划线技术、斜面分离纯化技术分离内生真菌,从中筛选出1株含有PKSⅠ型基因、编号为Salix1的内生真菌,进而PCR扩增该菌的18S rDNA和ITS1-5.8S-ITS2 rDNA目标序列,在美国国立生物技术信息中心(National Center of Biotechnology Information,NCBI)上进行同源性分析,构建系统发育树,结合形态学观察,将菌株Salix1鉴定为杂色曲霉。 展开更多
关键词 海芦笋 内生真菌 pksⅠ型基因 分离鉴定
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温度对裂殖壶菌S31中FAS及PKS基因转录水平的影响 被引量：2
16
作者 娄菲 张涛 +3 位作者 刘睿杰 常明 金青哲 王兴国 《中国油脂》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期89-92,共4页
以甘油为碳源,测定了摇瓶中裂殖壶菌S31进入脂质积累期后,温度对胞内油脂脂肪酸组成以及FAS和PKS基因转录水平的影响。结果表明:当裂殖壶菌进入脂质积累阶段后,提高发酵温度到30℃会减少藻油中DHA的含量,FAS基因的转录水平比PKS基因的更... 以甘油为碳源,测定了摇瓶中裂殖壶菌S31进入脂质积累期后,温度对胞内油脂脂肪酸组成以及FAS和PKS基因转录水平的影响。结果表明:当裂殖壶菌进入脂质积累阶段后,提高发酵温度到30℃会减少藻油中DHA的含量,FAS基因的转录水平比PKS基因的更高;同时,降低发酵温度到20℃会提高裂殖壶菌S31藻油DHA的含量,PKS基因的转录水平显著高于FAS基因的。实验结果表明,温度对PKS和FAS基因的转录水平有显著的影响,从而决定裂殖壶菌S31中藻油脂肪酸组成的变化。 展开更多
关键词 裂殖壶菌 DHA FAS pks 转录调控
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基于PKS硬件特性的eBPF内存隔离机制 被引量：2
17
作者 李浩 古金宇 +2 位作者 夏虞斌 臧斌宇 陈海波 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2023年第12期5921-5939,共19页
Linux内核中的eBPF(extended Berkeley packet filter)机制可以将用户提供的不受信任的程序安全地加载到内核中.在eBPF机制中,检查器负责检查并保证用户提供的程序不会导致内核崩溃或者恶意地访问内核地址空间.近年来,eBPF机制得到了快... Linux内核中的eBPF(extended Berkeley packet filter)机制可以将用户提供的不受信任的程序安全地加载到内核中.在eBPF机制中,检查器负责检查并保证用户提供的程序不会导致内核崩溃或者恶意地访问内核地址空间.近年来,eBPF机制得到了快速发展,随着加入越来越多的新功能,其检查器也变得愈发复杂.观察到复杂的eBPF安全检查器存在的两个问题:一是“假阴性”问题:检查器复杂的安全检查逻辑中存在诸多漏洞,而攻击者可以利用这些漏洞设计能够通过检查的恶意eBPF程序来攻击内核;二是“假阳性”问题:检查器采用静态检查的方式,由于缺乏运行时信息只能进行保守检查,可能造成原本安全的程序无法通过检查,也只能支持很受限的语义,为eBPF程序的开发带来了困难.通过进一步分析,发现eBPF检查器中的静态模拟执行检查机制代码量大,复杂度高,分析保守,是引起安全漏洞和误报的主要原因.因此,提出使用轻量级动态检查的方式取代eBPF检查器中的静态模拟执行检查机制,eBPF检查器中原本由于模拟执行而存在的漏洞与保守检查不复存在,从而能够消除诸多上述的“假阴性”和“假阳性”问题.具体来说,将eBPF程序运行在内核态沙箱中,由沙箱对程序运行时的内存访问进行动态检查,保证程序无法对内核内存进行非法访问;为高效实现轻量化的内核态沙箱,利用新型硬件特性Intel PKS(protection keys for supervisor)进行零开销的访存指令检查,并提出高效的内核与沙箱中eBPF程序交互方法.评测结果表明,所提方法能够消除内核eBPF检查器中的内存安全漏洞(自2020年以来该类型漏洞在eBPF检查器的总漏洞中占比超过60%);即使在吞吐量较高的网络包处理场景下,轻量化内核沙箱带来的性能开销低于3%. 展开更多
关键词 eBPF pks 内存隔离 操作系统内核
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裂殖壶菌pks2基因启动子序列扩增及其活性分析 被引量：1
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作者 朱清 臧晓南 +1 位作者 王振东 马帅 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期66-73,共8页
针对目前裂殖壶菌(Aurantiochytrium limacinum)基因工程相关研究中,对内源启动子的了解和利用仍处在初步阶段的现状,本研究从裂殖壶菌中产多不饱和脂肪酸的主要途径聚酮合酶(PKS)途径出发,利用热不对称交错PCR技术(TAIL-PCR),针对pks2... 针对目前裂殖壶菌(Aurantiochytrium limacinum)基因工程相关研究中,对内源启动子的了解和利用仍处在初步阶段的现状,本研究从裂殖壶菌中产多不饱和脂肪酸的主要途径聚酮合酶(PKS)途径出发,利用热不对称交错PCR技术(TAIL-PCR),针对pks2基因扩增出了未知的5’端侧翼序列,初步分析得到pks2基因启动子序列,并分别在原核宿主大肠杆菌(Escherichia coli)与真核宿主酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)中对启动子活性做进一步研究,发现了pks2基因启动子可以在大肠杆菌和酿酒酵母中有效启动绿色荧光蛋白的表达,而且pks2基因启动子相较于pks1、pks3基因启动子具有更高的启动活性,显现出了其作为启动子用于基因工程研究的可操作性。 展开更多
关键词 启动子 热不对称交错PCR技术 裂殖壶菌 pks2基因 绿色荧光蛋白
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4,5-双氢-7-去氨甲酰基-7-羟基-19-S-甲基格尔德霉素及其与格尔德霉素生物合成PKS后修饰的关系 被引量：1
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作者 牛沂菲 武临专 +8 位作者 赫卫清 李京艳 刘昕 倪四阳 林灵 王红远 孙桂芝 李书芬 王以光 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期39-44,共6页
目的在吸水链霉菌17997格尔德霉素生物合成PKS后修饰gdmN-变株发酵产物中寻找新格尔德霉素衍生物。方法 gdmN-变株发酵上清液乙酸乙酯提取后,进行硅胶板TLC分析;对一个红色目标化合物进行了HPLC和高分辨质谱分析,并对其进行了1H-和13C-... 目的在吸水链霉菌17997格尔德霉素生物合成PKS后修饰gdmN-变株发酵产物中寻找新格尔德霉素衍生物。方法 gdmN-变株发酵上清液乙酸乙酯提取后,进行硅胶板TLC分析;对一个红色目标化合物进行了HPLC和高分辨质谱分析,并对其进行了1H-和13C-核磁共振(NMR)分析;对红色目标化合物在吸水链霉菌17997格尔德霉素PKS基因阻断变株中进行了生物转化实验。结果在gdmN-变株发酵产物中发现了1个预期的红色目标化合物(4,5-双氢-7-去氨甲酰基-7-羟基-19-S-甲基格尔德霉素);该目标化合物可被格尔德霉素生物合成PKS后修饰系统7-O-氨甲酰化,生成4,5-双氢-19-S-甲基格尔德霉素。结论在gdmN-变株中发现了4,5-双氢-7-去氨甲酰基-7-羟基-19-S-甲基格尔德霉素;该化合物可被格尔德霉素PKS后修饰系统继续7-O-氨甲酰化,但不能C-4,5氧化。 展开更多
关键词 4 5-双氢-7-去氨甲酰基-7-羟基-19-S甲基格尔德霉素 gdmN 格尔德霉素生物合成 pks后修饰
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花生疮痂病菌全基因组PKS基因簇挖掘及毒素生物合成基因ESCB1生物信息学分析 被引量：1
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作者 张晓天 付祎玮 +4 位作者 焦文莉 朴静子 李洋 李自博 周如军 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期826-832,共7页
痂囊腔菌素(Elsinochrome,ESC)是由花生疮痂病菌(Elsinoëarachidis)产生的一种具有光敏活性非寄主选择性毒素,是病菌侵染和病斑扩展过程中重要的毒力因子。本文在全基因组测序的基础上,开展了次生代谢相关PKS基因簇挖掘、毒素生物... 痂囊腔菌素(Elsinochrome,ESC)是由花生疮痂病菌(Elsinoëarachidis)产生的一种具有光敏活性非寄主选择性毒素,是病菌侵染和病斑扩展过程中重要的毒力因子。本文在全基因组测序的基础上,开展了次生代谢相关PKS基因簇挖掘、毒素生物合成相关基因ESCB1克隆和生物信息学分析。结果表明,基因组含有6条PKS和PKSNRPS基因簇,ESCB1开放阅读框全长6636 bp。编码长度为2212 aa,分子量为238.84 kDa,理论等电点5.65,亚细胞定位在叶绿体中,是一个主要由α-螺旋和无规卷曲组成的亲水性蛋白。Q-PCR定量分析表明,ESCB1表达模式与毒素积累趋势基本一致,光照条件下ESCB1基因的表达量显著高于黑暗条件。本研究结果为解析ESC生物合成途径、构建调控网络和阐明花生疮痂病菌致病机制提供了理论基础。 展开更多
关键词 花生疮痂病菌 痂囊腔菌素 pks基因簇 基因克隆 生物信息学分析
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