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信阳市罗山县鸡滑液囊支原体PCR检测及VlhA基因序列分析
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作者 李迎晓 尹磊 +2 位作者 胡玉曼 赵瑜 焦凤超 《家禽科学》 2025年第2期19-25,共7页
为了解信阳市罗山县MS流行状况和流行株的分子特征,本研究应用PCR方法对罗山县部分蛋鸡养殖场进行鸡滑液囊支原体病原检测,并对阳性样品VlhA基因进行序列分析。结果表明,从48份样品检测出3份MS阳性样品;VlhA基因序列分析表明,3个流行株... 为了解信阳市罗山县MS流行状况和流行株的分子特征,本研究应用PCR方法对罗山县部分蛋鸡养殖场进行鸡滑液囊支原体病原检测,并对阳性样品VlhA基因进行序列分析。结果表明,从48份样品检测出3份MS阳性样品;VlhA基因序列分析表明,3个流行株与国内流行的K基因型MS参考株具有高度相似性;VlhA基因推导氨基酸序列分析表明,3个流行株与国内流行的MS具有高度同源性;氨基酸变异位点分析发现,H2 MS阳性样品在第43、45位出现突变与缺失。研究结果为罗山地区MS流行病学研究提供了一定的参考。 展开更多
关键词 鸡滑液囊支原体 pcr检测 VlhA基因 序列分析
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鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立及遗传进化分析 被引量:1
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作者 安乐乐 刘倩芸 +2 位作者 蓝秋菊 罗迅 赵永清 《江西农业大学学报》 北大核心 2025年第1期167-177,共11页
【目的】鸽腺病毒感染在全球鸽群中广泛分布,可引起多种临床症状,如呕吐、腹泻、肝脏损伤等,严重影响鸽的健康与养殖效益。建立一种快速高效检测鸽腺病毒Ⅰ型(PiAdV-Ⅰ)TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,为鸽腺病毒Ⅰ型临床检测及流行病... 【目的】鸽腺病毒感染在全球鸽群中广泛分布,可引起多种临床症状,如呕吐、腹泻、肝脏损伤等,严重影响鸽的健康与养殖效益。建立一种快速高效检测鸽腺病毒Ⅰ型(PiAdV-Ⅰ)TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,为鸽腺病毒Ⅰ型临床检测及流行病学调查提供技术平台。【方法】依据GenBank公布鸽腺病毒Ⅰ型Hexon基因保守区设计引物探针并构建重组质粒pCE2-TA-PiAdV-Ⅰ;优化反应体系和程序,绘制标准曲线、特异性、敏感性和重复性评价,建立鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法;扩增测序阳性临床样品的Hexon基因,使用MEGA5.0进行进化树构建及同源性分析。【结果】该TaqMan探针实时荧光定量PCR方法标准曲线y=-3.1081x+37.374,线性相关系数R2为0.9977,线性关系良好;与鸽疱疹病毒、鸽圆环病毒等鸽子其他常见病毒无交叉反应,具有良好的特异性;最低检测拷贝数为14.6 copies/μL,敏感性是常规PCR方法的10倍,具有高敏感性;组内和组间变异系数均低于1.1%,重复性好。通过检测112份鸽子病料样品,该TaqMan探针实时荧光定量PCR方法检测阳性率为69.64%(78/112),并且高于常规PCR方法阳性检出率65.18%(73/112)。此外,建立的TaqMan探针实时荧光定量PCR方法与常规PCR方法的阳性符合率为100%,总体符合率为95.54%。3条测序毒株与Ⅰ型鸽腺病毒参考毒株同源性为99.47%~99.71%,遗传关系高度接近,表明可能由同一个原始毒株进化而来。【结论】研究建立的鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法线性关系良好、特异性强、敏感性高及重复性好,可快速高效检测出临床样品中的PiAdV-Ⅰ。此外,所扩增序列能够用于分析临床毒株遗传进化特征,有助于快速准确诊断鸽腺病毒感染及疫苗研发提供参考依据。 展开更多
关键词 鸽腺病毒Ⅰ型 Hexon基因 TaqMan探针实时荧光定量pcr 遗传进化分析 临床检测 流行病学调查
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猪瘟病毒荧光定量PCR检测与分析
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作者 李艳红 《北方牧业》 2025年第2期13-13,共1页
在生猪的养殖过程中,规模化、集约化及智能化的养殖模式,有利于猪的饲养管理,但是养殖面积受到一定的限制,导致出现生猪的饲养密度相对较大、生猪的运动量不足、机械化饲养管理存在多种不利因素等问题,猪容易引发相关的传染性疾病。由... 在生猪的养殖过程中,规模化、集约化及智能化的养殖模式,有利于猪的饲养管理,但是养殖面积受到一定的限制,导致出现生猪的饲养密度相对较大、生猪的运动量不足、机械化饲养管理存在多种不利因素等问题,猪容易引发相关的传染性疾病。由于养殖数量较大,尤其传染性比较强的疾病,感染率和死亡率均较高,甚至导致死亡,给生猪养殖业造成严重的经济损失。相关研究表明,在不同规模化养殖过程中,生猪容易感染相关的病毒性疾病和细菌性疾病,生猪养殖过程中以混合感染为多见,多种病原混合感染后致病性较强,给临床的诊断带来一定的困难,严重影响着我国生猪养殖业的发展。 展开更多
关键词 荧光定量pcr 分析 生猪 智能化养殖 检测 传染性疾病
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不同栽培时间三叶赤楠根际微生物多样性及其PCR-DGGE分析 被引量:11
4
作者 刘玮 张嘉超 邓光华 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期582-587,共6页
应用聚合酶链式反应—变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)研究了不同栽培时间三叶赤楠根际微生物多样性特征。结果表明:采用改进的蛋白酶K-CTAB法提取的三叶赤楠土壤DNA经PCR扩增的产物经DGGE检测后得到的电泳条带清晰且分离效果好,可以明... 应用聚合酶链式反应—变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)研究了不同栽培时间三叶赤楠根际微生物多样性特征。结果表明:采用改进的蛋白酶K-CTAB法提取的三叶赤楠土壤DNA经PCR扩增的产物经DGGE检测后得到的电泳条带清晰且分离效果好,可以明显反映出三叶赤楠生长过程中土壤微生物多样性的变化。栽培时间对三叶赤楠根际微生物特征有很大影响:随着栽培时间增加,土壤微生物多样性增加,在第4年多样性指数达到最高值2.741,第8年时多样性指数降为1.378。不同栽培时间三叶赤楠根际微生物类群组成有所变化。根际微生物特征可以作为盆景换盆的一个指导因素,三叶赤楠盆景的换盆在其生长46年时进行可能最为合适,此时三叶赤楠根际微生物的多样性最为丰富,进行换盆会加快其根际微生态系统的建成。 展开更多
关键词 三叶赤楠 根际微生物 栽培时问 pcr—dgge分析
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基于PCR-DGGE技术的剑湖湿地湖滨带土壤微生物群落结构多样性分析 被引量:34
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作者 刘绍雄 王明月 +5 位作者 王娟 杨宇明 缪福俊 王金华 张敬宜 熊智 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期1405-1412,共8页
为了解剑湖湿地湖滨带植物根际土壤中细菌的群落结构特征多样性,应用PCR-DGGE技术对剑湖湿地湖滨带4种植物根际土壤细菌的群落结构进行了研究,根据DGGE指纹图谱,对它们的遗传多样性进行了分析。结果表明,不同植物群落根际和非根际土壤... 为了解剑湖湿地湖滨带植物根际土壤中细菌的群落结构特征多样性,应用PCR-DGGE技术对剑湖湿地湖滨带4种植物根际土壤细菌的群落结构进行了研究,根据DGGE指纹图谱,对它们的遗传多样性进行了分析。结果表明,不同植物群落根际和非根际土壤细菌多样性指数(H′)、丰度(S)和均匀度(J)均有所不同,根际土壤细菌多样性指数、均匀度、丰富度均高于非根际,其中茭草根际土壤细菌多样性指数、均匀度、丰富度均最高,说明植物群落类型与土壤微生物多样性的关系十分密切;不同植物群落根际土壤细菌群落结构相似性较高,非根际土壤细菌群落结构相似性较低,在82%的相似水平上聚为4大类群,根际土壤细菌和茭草非根际土壤细菌聚为一类,其余非根际土壤细菌各聚为一类,说明植物群落对微生物群落结构具有一定的影响。对DGGE的优势条带序列分析,同源性最高的微生物分别属于变形菌门(Proteobacteria)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、紫色杆菌属(Janthinobacte rium)、杜擀氏菌属(Duganella)、埃希氏菌属(Escherichia)和链球菌属(Streptococcus),它们均为未培养微生物。不同植物群落根际土壤氮磷含量均有所差异,其中茭草根际土壤氮磷含量最高,湿地土壤细菌多样性与土壤有机质、总N、总P的含量呈正相关关系,土壤细菌多样性与土壤pH值呈负相关关系。 展开更多
关键词 pcr—dgge 剑湖湿地 根际微生物 多样性
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应用PCR-DGGE技术分析泡菜中乳酸菌的多样性 被引量:42
6
作者 付琳琳 曹郁生 +1 位作者 李海星 陈燕 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2005年第12期103-105,共3页
从泡菜液中抽提总DNA,扩增16S rDNA的V7-V8区,变性梯度凝胶电泳分离PCR片段,发现不同样品间的菌种差异显著。对片段直接测序和克隆测序,进行Blast分析,绘制进化树。结果表明,DGGE和克隆技术相结合是研究泡菜中乳酸菌多样性的可行方法。
关键词 泡菜 多样性 pcr—dgge 乳酸菌
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黄土高原土壤中细菌群落结构多样性的PCR-DGGE分析 被引量:15
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作者 潘雪莲 黄晟 +4 位作者 方昊 徐军 郭晓峰 陈旸 崔益斌 《生态与农村环境学报》 CAS CSSCI CSCD 北大核心 2009年第3期39-43,48,共6页
利用细菌通用引物,对从黄土高原5个地区土壤样品以及西峰剖面26个土壤样品中提取的总DNA进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对PCR产物进行分析,以揭示黄土高原土壤中细菌群落结构的多样性。针对黄土高... 利用细菌通用引物,对从黄土高原5个地区土壤样品以及西峰剖面26个土壤样品中提取的总DNA进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对PCR产物进行分析,以揭示黄土高原土壤中细菌群落结构的多样性。针对黄土高原土壤微生物特点进行DGGE试验条件优化,获得最佳变性梯度为40%~70%,最佳电泳时间为17h(100V)。对不同深度土壤细菌DGGE图谱的聚类分析表明,不同深度土壤细菌呈现2种不同的群落结构,推测其成因可能与季风性气候引起的温湿环境变化及冰期有关。在夏季风加强而冬季风减弱的时期,气候温暖潮湿,风化成壤作用强烈,在DGGE图谱中表现为土壤样品条带多而密;反之,风化成壤作用较弱,在DGGE图谱中表现为条带少而疏。对洛川、西峰等5个地区土壤细菌Shannon—Weiner指数的测定结果表明,Shannon—Weiner指数受条带亮度及迁移率的影响。 展开更多
关键词 黄土高原 微生物多样性 群落结构 pcr—dgge
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运用PCR-DGGE技术分析贵州侗族酸肉中细菌多样性 被引量:8
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作者 陈韵 胡萍 +3 位作者 湛剑龙 谢和 王晓宇 朱秋劲 《食品与机械》 CSCD 北大核心 2014年第2期188-191,共4页
应用PCR-DGGE技术研究贵州侗族发酵肉中的细菌群落结构及其品种间的多样性差异。结果表明:酸肉中的优势菌群差异不明显,3个样品中共检测到21种菌,共4个属,分别是葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、魏斯氏菌属(Wei... 应用PCR-DGGE技术研究贵州侗族发酵肉中的细菌群落结构及其品种间的多样性差异。结果表明:酸肉中的优势菌群差异不明显,3个样品中共检测到21种菌,共4个属,分别是葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、魏斯氏菌属(Weissella)和四联球菌属(Tetraggenococcus)。另还发现两种不可培养细菌uncultured 1和uncultured 2。 展开更多
关键词 pcr—dgge 酸肉 侗族 细菌 多样性
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PCR-DGGE指纹分析技术在食品微生物检测中的应用 被引量:11
9
作者 杨佐毅 李理 +1 位作者 杨晓泉 梁世中 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期201-203,共3页
多聚酶链式反应结合变性梯度凝胶电泳指纹分析技术(PCR-DGGE)常用于分析自然环境中微生物群体的遗传多样性,具有可重复和容易操作且不需要进行微生物培养等特点,近年来该技术开始作为食品微生物的研究手段。本文概述了PCR-DGGE指纹分析... 多聚酶链式反应结合变性梯度凝胶电泳指纹分析技术(PCR-DGGE)常用于分析自然环境中微生物群体的遗传多样性,具有可重复和容易操作且不需要进行微生物培养等特点,近年来该技术开始作为食品微生物的研究手段。本文概述了PCR-DGGE指纹分析技术在国外发酵食品及相关生态环境的研究中的应用现状与前景。 展开更多
关键词 pcr—dgge 微生物多样性 食品发酵 食品微生物
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传统分离培养结合PCR-DGGE技术分析传统乳制品中的乳酸菌 被引量:11
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作者 董晓婉 李宝坤 +3 位作者 卢士玲 陈清敏 鲁有国 常瀚泽 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期97-101,共5页
采用传统培养分离方法结合聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对传统乳制品中乳酸菌种群结构进行研究。结果表明:用传统分离与分子鉴定方法得到5种乳酸菌,其中,乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici)为优势菌群,对通过PCR-D... 采用传统培养分离方法结合聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对传统乳制品中乳酸菌种群结构进行研究。结果表明:用传统分离与分子鉴定方法得到5种乳酸菌,其中,乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici)为优势菌群,对通过PCR-DGGE方法得到的9条16S rDNA条带序列进行了比对,结果表明瑞士乳杆菌(Lactobacillus helveticus)的丰度最高,是酸奶样品中主要的优势菌群,乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici)为次优势菌群。传统分离法与PCR-DGGE技术结合能够更有效、更全面地分析传统乳制品中微生物的群落结构及优势菌群。 展开更多
关键词 乳酸菌 分离鉴定 16S RDNA 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(pcr—dgge)
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基于PCR-DGGE技术的冷藏牡蛎鳃部菌群分析 被引量:6
11
作者 陈慧斌 刘智禹 +1 位作者 陈绍军 陈团伟 《西南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期151-156,共6页
应用PCR-DGGE技术研究4℃冷藏期间牡蛎鳃部菌群的动态变化及腐败菌群.直接从牡蛎鳃部中提取细菌总DNA,对细菌的16SrDNA的V3区进行PCR扩增,扩增产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),分析DGGE微生物指纹图谱.DGGE指纹图谱结果表明,新鲜牡蛎鳃... 应用PCR-DGGE技术研究4℃冷藏期间牡蛎鳃部菌群的动态变化及腐败菌群.直接从牡蛎鳃部中提取细菌总DNA,对细菌的16SrDNA的V3区进行PCR扩增,扩增产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),分析DGGE微生物指纹图谱.DGGE指纹图谱结果表明,新鲜牡蛎鳃部菌群复杂,随冷藏期的变化菌条带变化明显;整个冷藏期间Lactococcus raffinolactis和Enterobacter sp.为牡蛎鳃部的优势菌,牡蛎冷藏后期腐败的主要菌群为假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、气单胞菌属(Aeromonas spp.)、乳球菌属(Lactococcus spp.)、肠杆菌属(Enterobacter spp.)、Weissella confusa和Lactobacillus sakei. 展开更多
关键词 牡蛎鳃部 pcr dgge 菌群 腐败
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PCR-DGGE方法分析玉米及苜蓿青贮动态发酵体系中菌群多样性 被引量:9
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作者 韩吉雨 王海荣 +3 位作者 侯先志 杨凯 赵子夫 郭天龙 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第19期8888-8892,共5页
[目的]探讨玉米青贮和苜蓿青贮动态发酵过程。[方法]以玉米和苜蓿为青贮原料,利用氯化苄方法对青贮中微生物基因组DNA进行提取,以P2f和P3r为引物扩增目的片段并利用PCR—DGGE方法对玉米青贮及苜蓿青贮进行动态发酵多样性研究。[结果]... [目的]探讨玉米青贮和苜蓿青贮动态发酵过程。[方法]以玉米和苜蓿为青贮原料,利用氯化苄方法对青贮中微生物基因组DNA进行提取,以P2f和P3r为引物扩增目的片段并利用PCR—DGGE方法对玉米青贮及苜蓿青贮进行动态发酵多样性研究。[结果]玉米青贮的pH值在发酵过程中维持在4.0~4.5,而苜蓿青贮则维持在5.5—6.0。PCR-DGGE分析显示2种物料青贮在0和1d、3和7d、20和60d相似性均很高,并且它们具有基本相似的谱带类型,其中条带1、3、13、14、17、21、22为所有样品共有,只是亮度上有差异。DGGE研究结果表明大多数序列代表乳酸菌(LAB)类细菌,并以Lactobacillus类最多;其次为Lactococcus和Weissella。[结论]该研究为青贮添加剂的制作奠定基础。 展开更多
关键词 pcr—dgge 玉米青贮 苜蓿青贮 多样性
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不同碳源强化生物除磷系统的PCR-DGGE分析 被引量:9
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作者 刘亚男 夏圣骥 于水利 《哈尔滨工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第4期589-593,共5页
实验考察了不同碳源强化生物聚磷系统(EBPR)中的聚磷菌群,对3个不同碳源(1号实际生活污水、2号葡萄糖和3号乙酸钠)的序批式反应器(SBR)强化生物聚磷系统聚磷菌的16S rDNA特异性聚合酶链式反应(PCR)扩增产物进行了变形梯度凝胶电泳(DGGE... 实验考察了不同碳源强化生物聚磷系统(EBPR)中的聚磷菌群,对3个不同碳源(1号实际生活污水、2号葡萄糖和3号乙酸钠)的序批式反应器(SBR)强化生物聚磷系统聚磷菌的16S rDNA特异性聚合酶链式反应(PCR)扩增产物进行了变形梯度凝胶电泳(DGGE)分析.结果表明,以生活污水为碳源的1号反应器具有数量最多的优势种群,而以葡萄糖和乙酸钠为碳源的2号、3号反应器的生物多样性较少.3个反应系统的微生物种群各有异同.具有除磷作用的未被培养细菌(条带3、4,AF527584、AF502204)为3个反应器所共有的生物量较多的优势种群,且其在以生活污水为碳源的1号反应系统中相对生物量最多. 展开更多
关键词 强化生物除磷 碳源 pcr—dgge 聚磷菌 16S rDNA
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运用PCR-DGGE和克隆技术对串联附积床系统生物膜菌群的分析 被引量:3
14
作者 张岩 鄢胜勇 +3 位作者 张彦清 王慧 杨正阳 王丽丽 《北京工业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期122-130,共9页
采用PCR-DGGE﹑克隆等分子生物学手段研究了多级串联附积床同时硝化反硝化脱氮系统生物膜菌群的时间演变,并对生物膜菌群进行同源性分析和系统发育树构建,同时讨论了生物膜菌群对系统中有机物的去除及对同时硝化反硝化脱氮的贡献.结果表... 采用PCR-DGGE﹑克隆等分子生物学手段研究了多级串联附积床同时硝化反硝化脱氮系统生物膜菌群的时间演变,并对生物膜菌群进行同源性分析和系统发育树构建,同时讨论了生物膜菌群对系统中有机物的去除及对同时硝化反硝化脱氮的贡献.结果表明,随着时间的推移,生物膜菌群发生了较大演变而且具有高度多样性.对DGGE图谱优势条带进行分析表明,优势菌群分为5个不同的细菌类群:β-变形菌类群(β-proteobacteria)﹑γ-变形菌类群(γ-proteobacteria)、未分类菌类群(unclassified bacteria)、α-变形菌类群(α-proteobacteria)、放线菌类群(Actinobacteria).β-变形菌类群不仅在数量上占有优势,而且在有机物的降解、营养物质的去除中起着重要作用.生物膜细菌中起硝化作用的主要是亚硝化单胞菌和硝化螺旋菌;起反硝化作用的主要是施氏假单胞菌. 展开更多
关键词 同时硝化反硝化 pcr变性梯度凝胶电泳(pcr—dgge) 克隆测序 生物膜 菌群
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DGGE和qPCR联用定量分析环境样品中优势菌群 被引量:4
15
作者 付小花 李艳丽 +1 位作者 乐毅全 王磊 《实验技术与管理》 CAS 北大核心 2012年第9期45-47,50,共4页
精确定量环境样品中特定微生物类群的数量对阐明环境生物治理/修复过程中微生物的功能和效应具有重要意义。该文以土壤样品为例,将PCR-DGGE技术与定量PCR(qPCR)技术联用,定量检测样品中优势微生物类群数量。方法:抽提样品DNA,针对16SrDN... 精确定量环境样品中特定微生物类群的数量对阐明环境生物治理/修复过程中微生物的功能和效应具有重要意义。该文以土壤样品为例,将PCR-DGGE技术与定量PCR(qPCR)技术联用,定量检测样品中优势微生物类群数量。方法:抽提样品DNA,针对16SrDNA进行PCR-DGGE分析,明确样品中的优势菌群;再根据特定优势菌群的基因序列设计适合的定量引物,通过针对特定优势菌群的定量PCR分析,得到样品中优势菌群的数量信息。该方法灵敏度高、重复性好,并且无需培养,最大限度地保持了样品原始群落信息。 展开更多
关键词 优势菌群 定量检测 dgge 定量pcr(qpcr)
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凡纳滨对虾咸淡水养殖系统内细菌群落组成的PCR-DGGE分析 被引量:40
16
作者 罗鹏 胡超群 +3 位作者 谢珍玉 张吕平 任春华 许尤厚 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期49-53,共5页
采用PCR(polym erase chain reaction)-DGGE(denaturing grad ient gel electrophoresis)及传统的微生物培养方法对凡纳滨对虾Litopenaeus vannam ei咸淡水养殖系统内各种环境的细菌群落组成进行了比较研究。传统的微生物培养计数表明,... 采用PCR(polym erase chain reaction)-DGGE(denaturing grad ient gel electrophoresis)及传统的微生物培养方法对凡纳滨对虾Litopenaeus vannam ei咸淡水养殖系统内各种环境的细菌群落组成进行了比较研究。传统的微生物培养计数表明,从海湾水、养殖池水到对虾粪样,细菌和弧菌的数量表现出依次增加的趋势,粪样及肠壁中弧菌的数量高出外界水环境1—4个数量级。相对于外界水环境,粪样中有很高的芽孢杆菌孢子含量,但是肠壁定植细菌中不存在芽孢杆菌(孢子)。PCR-DGGE及聚类分析结果表明,从海湾沿岸、养殖池、对虾粪便到对虾肠壁,细菌群落的多样性由高到低,无论是在哪种环境,群落的优势种都十分明显,且只有2—4种。来自同一环境各样品间的细菌群落组成非常相似,来自不同环境的样品,其细菌群落组成差别较大。聚类图上各簇的排列顺序反映了样品在取样空间分布上的毗邻次序和它们的相似程度。 展开更多
关键词 pcr-dgge 凡纳滨对虾 LITOPENAEUS vannamei 咸淡水养殖系统 细菌群落
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应用PCR-DGGE分析肉鸡呼吸道中细菌多样性 被引量:3
17
作者 汪孟娟 曹银生 +3 位作者 胡艳霞 王京京 辛国芹 徐海燕 《中国饲料》 北大核心 2013年第4期26-28,共3页
从不同养殖时期的肉鸡呼吸道中提取微生物基因组总DNA,以细菌16S rDNA基因通用引物341F/534R进行V3高变异区域PCR扩增,长约200 bp的PCR产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离,获得微生物群落的特征DNA指纹图谱。通过DGGE图谱的半定量分析以... 从不同养殖时期的肉鸡呼吸道中提取微生物基因组总DNA,以细菌16S rDNA基因通用引物341F/534R进行V3高变异区域PCR扩增,长约200 bp的PCR产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离,获得微生物群落的特征DNA指纹图谱。通过DGGE图谱的半定量分析以及对条带的测序鉴定,发现样品的优势菌群明显。结果表明,PCR-DGGE是研究动物呼吸道微生物多样性的可行方法。 展开更多
关键词 pcr—dgge 肉鸡 呼吸道 细菌多样性
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重金属复合污染农田土壤DNA的快速提取及其PCR-DGGE分析 被引量:57
18
作者 滕应 骆永明 +3 位作者 赵祥伟 李振高 宋静 吴龙华 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期343-347,共5页
国内首次运用FastPrep○R 核酸快速提取系统提取了重金属复合污染农田土壤的DNA ,并对其进行了聚合酶链反应—变性梯度凝胶电泳 (PCR DGGE)分析。结果表明 ,FastPrep○R核酸提取仪与相应的FastD NASPINKitforSoil试剂盒联用时 ,能有效... 国内首次运用FastPrep○R 核酸快速提取系统提取了重金属复合污染农田土壤的DNA ,并对其进行了聚合酶链反应—变性梯度凝胶电泳 (PCR DGGE)分析。结果表明 ,FastPrep○R核酸提取仪与相应的FastD NASPINKitforSoil试剂盒联用时 ,能有效地分离到纯度较高的重金属污染农田土壤的DNA。PCR DGGE电泳图谱表明 ,PCR产物经DGGE检测后得到的电泳条带清晰且分离效果好 ,可以明显反映出重金属复合污染导致了农田土壤微生物在基因上的损伤 ,影响到农田土壤生态系统的细菌丰富度 ,改变了土壤环境的优势菌群 ,从而使农田土壤微生物群落结构多样性发生变化。可见 ,FastPrep○R核酸提取系统同样适用于重金属污染农田土壤环境中微生物基因组DNA的快速分离和纯化 ,得到的DNA可直接用于PCR DGGE分析。 展开更多
关键词 重金属复合污染 土壤污染 提取技术 pcr-dgge 农田土壤DNA FastPrep核酸快速提取系统 土壤微生物
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运用PCR-DGGE技术分析原料乳中腐败细菌的多样性 被引量:7
19
作者 唐玲 王晓静 +2 位作者 周国君 朱建荣 胡萍 《贵州农业科学》 CAS 北大核心 2013年第5期151-154,共4页
为揭示原料乳中主要的污染细菌种群,从原料乳中提取细菌的总DNA,PCR扩增16SrDNA的V3可变区,再通过DGGE得到指纹图谱。结果表明:原料乳中共检测出12种细菌,说明原料乳中细菌具有较丰富的种群多样性。条带经DNA测序分析表明,猪链球菌(Stre... 为揭示原料乳中主要的污染细菌种群,从原料乳中提取细菌的总DNA,PCR扩增16SrDNA的V3可变区,再通过DGGE得到指纹图谱。结果表明:原料乳中共检测出12种细菌,说明原料乳中细菌具有较丰富的种群多样性。条带经DNA测序分析表明,猪链球菌(Streptococcus suis)、马肠链球菌(Strepto-coccus equinus)和乳酸链球菌(Lactococcus lactis subsp.)是混合原料乳中的优势污染菌,其次为海豚链球菌(Streptococcus iniae)、解没食子酸链球菌(Streptococcus gallolyticus)和1株非培养的细菌(Unculturedbacterium)。 展开更多
关键词 pcr—dgge技术 原料乳 腐败菌 多样性
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PCR-DGGE分析东北自然发酵酸菜中乳酸菌多样性 被引量:21
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作者 武俊瑞 岳喜庆 +1 位作者 石璞 乌日娜 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期127-130,共4页
为了探明传统的自然发酵白菜中乳酸菌的多样性及其优势乳酸菌群,试验主要采用变性梯度凝胶电泳法(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE),对5份采自我国东北地区利用传统方法制作的自然发酵酸菜样品中的乳酸菌多样性进行分析... 为了探明传统的自然发酵白菜中乳酸菌的多样性及其优势乳酸菌群,试验主要采用变性梯度凝胶电泳法(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE),对5份采自我国东北地区利用传统方法制作的自然发酵酸菜样品中的乳酸菌多样性进行分析。结果表明,5份传统发酵酸菜样品共鉴定出了9个乳酸菌种,呈现出丰富的多样性。其中,植物乳杆菌、短乳杆菌、清酒乳杆菌和弯曲乳杆菌是酸菜样品的优势菌群,此外,还发现了片球菌、乳酸乳球菌、Hammesii乳杆菌和Odoratitofui乳杆菌,而Hammesii乳杆菌和Odoratitofui乳杆菌在此前文献报道中利用传统方法没有分离到。 展开更多
关键词 pcr-dgge 酸菜 乳酸菌 多样性
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