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在成骨细胞分化过程中调节Osterix转录因子表达和肿瘤坏死因子活性的同源异形盒蛋白Prx1的表达
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作者 李丽娜 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期995-995,共1页
肿瘤坏死因子（TNF-α）具有促使骨质疏松发生和抑制骨形成的作用,是骨节炎症中导致骨骼损伤的重要因子。成骨细胞（osteoblast,OB）来源于多能间充质细胞系,是骨形成的主要功能细胞,其按一定的路径分化为成熟骨细胞。Osterix（Osx,SP7... 肿瘤坏死因子（TNF-α）具有促使骨质疏松发生和抑制骨形成的作用,是骨节炎症中导致骨骼损伤的重要因子。成骨细胞（osteoblast,OB）来源于多能间充质细胞系,是骨形成的主要功能细胞,其按一定的路径分化为成熟骨细胞。Osterix（Osx,SP7）是一种OB分化所必需的转录因子。有实验证明如果机体缺乏该转录因子会导致骨骼软骨化。美国科学家的研究曾经报道过一种位于0sx启动子内的TNF抑制元件，这种抑制元件可以用于分离核蛋白，从而介导TNF-α发挥抑制OB分化的作用。 展开更多
关键词 成骨细胞 分化过程 osterix转录因子表达 肿瘤坏死因子活性 同源异形盒蛋白Prx1
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玉米STAT转录因子家族成员基因的鉴定及其表达谱分析
2
作者 张红梅 杨海鹏 +7 位作者 刘娅娟 龙芸 张鹏安 陈伟 张杰 侯凌鹏 韩志玲 刘小红 《华北农学报》 北大核心 2025年第4期10-18,共9页
STAT蛋白是一类在信号传导和基因转录激活方面具有重要作用的转录因子。在植物中STAT基因的表达与高温等非生物胁迫相关。为了研究玉米STAT基因是否参与响应高温胁迫,以耐高温胁迫的Zheng 58和对高温敏感的PH6WC玉米自交系为材料,选取... STAT蛋白是一类在信号传导和基因转录激活方面具有重要作用的转录因子。在植物中STAT基因的表达与高温等非生物胁迫相关。为了研究玉米STAT基因是否参与响应高温胁迫,以耐高温胁迫的Zheng 58和对高温敏感的PH6WC玉米自交系为材料,选取高温和常温2个条件下生长的植株根、茎、叶、花粉和花丝5个部位的组织进行转录组测序。基于测序数据,对玉米STAT基因结构、编码蛋白的理化性质及其在不同玉米材料、不同温度条件下的组织表达模式进行分析。结果表明,在玉米中鉴定到2个STAT基因Zm-STAT1和Zm-STAT2,其中,Zm-STAT1编码的蛋白是疏水蛋白,而Zm-STAT2编码的蛋白是亲水蛋白,它们都具有多个功能位点和磷酸化修饰位点。进一步表达分析发现,以常温为对照,在高温条件下,Zm-STAT1基因在PH6WC的根中、Zm-STAT1基因在Zheng 58的花粉和花丝中表现为上调表达,而Zm-STAT1基因在PH6WC的茎和叶中、Zm-STAT2基因在PH6WC的叶中则表现为下调表达。在2个温度条件下,Zm-STAT2在5个组织中的表达量均显著高于Zm-STAT1,且ZmSTAT2在耐高温胁迫材料Zheng 58的根、茎、花粉和花丝中均受高温诱导,暗示Zm-STAT2基因参与了玉米高温胁迫响应。 展开更多
关键词 玉米 高温胁迫 STAT转录因子 基因结构 表达模式
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绿豆C2H2型锌指蛋白转录因子家族鉴定及非生物胁迫下的表达分析
3
作者 张均 郭飞翔 +2 位作者 田文仲 李春霞 马超 《核农学报》 北大核心 2025年第9期1875-1885,I0008-I0010,共14页
C2H2型锌指转录因子家族在植物非生物胁迫应答和生长发育等生命过程中起着重要的调控作用。为明确C2H2型锌指转录因子家族在绿豆生长发育中的功能,本研究利用绿豆(Vigna radiata L.)基因组数据和生物信息学技术鉴定了C2H2转录因子,对其... C2H2型锌指转录因子家族在植物非生物胁迫应答和生长发育等生命过程中起着重要的调控作用。为明确C2H2型锌指转录因子家族在绿豆生长发育中的功能,本研究利用绿豆(Vigna radiata L.)基因组数据和生物信息学技术鉴定了C2H2转录因子,对其理化性质、系统进化、染色体定位、共线性、启动子顺式作用元件及基因结构做了预测分析,并通过绿豆转录组数据和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析了其在不同组织与非生物胁迫下的表达模式。结果表明,共鉴定到60个C2H2转录因子成员,其中53个分布于9条染色体,7个成员染色体信息未知;Motif1和Motif3是绿豆C2H2转录因子家族所特有的保守基序,Motif3则是部分C2H2转录因子家族成员所特有的一段保守序列“QALGGH”;编码155~1 581个氨基酸,均为亲水性蛋白且均定位在细胞核中;系统进化将绿豆C2H2转录因子家族分为7个亚组(V1~V7)。共线性分析表明,片段复制事件均进行了纯化选择;启动子顺式作用元件分析表明,绿豆C2H2基因启动子区含有大量与生长发育、逆境胁迫和激素相关的响应元件;基因表达分析表明,叶柄、叶片、下胚轴、籽粒种皮中表达量较高(FPKM值大于10)的基因分别占25.0%、26.7%、20.0%、26.7%;qRT-PCR分析发现,VrC2H2-22和VrC2H2-46对于温度胁迫具有特异性的调控作用,VrC2H2-51对干旱胁迫的响应程度较强。本研究结果为进一步对绿豆C2H2锌指转录因子家族的功能研究提供了理论基础。 展开更多
关键词 绿豆 C2H2锌指蛋白转录因子 生物信息学 共线性分析 基因表达
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基于WGCNA鉴定大豆抗大豆花叶病毒NAC转录因子及其诱导表达分析
4
作者 牛景萍 赵婧 +5 位作者 郭茜 王书宏 赵晋忠 杜维俊 殷丛丛 岳爱琴 《生物技术通报》 北大核心 2025年第7期95-105,共11页
【目的】挖掘大豆抗大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)病相关的核心转录因子(transcription factors,TFs),为深入解析大豆抗病分子机制和创制抗病品种提供理论依据。【方法】以大豆抗病材料X149和感病材料X97受大豆花叶病毒株系S... 【目的】挖掘大豆抗大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)病相关的核心转录因子(transcription factors,TFs),为深入解析大豆抗病分子机制和创制抗病品种提供理论依据。【方法】以大豆抗病材料X149和感病材料X97受大豆花叶病毒株系SC15诱导后的转录组数据为基础,利用PlantTFDB v 5.0数据库从转录组中预测全基因组转录因子基因;基于差异表达转录因子基因,通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)获得抗病转录因子相关模块和抗病核心转录因子;采用String 12.0预测转录因子互作蛋白;利用RT-qPCR分析转录因子受激素(ETH、SA、MeJA和ABA)诱导表达情况。【结果】全基因组含有转录因子的基因有3170个,其中1727个属于差异表达基因;WGCNA分析表明1727个基因被划分为6个转录因子基因共表达模块,其中brown模块和turquoise模块与X149抗性显著相关,2个模块中转录因子基因间连通度最高的核心转录因子为turquoise模块中NAC转录因子GmNAC030基因,turquoise模块中与GmNAC030具有相似表达的NAC转录因子基因有GmNAC043、GmNAC085、GmNAC092和GmNAC101;互作蛋白预测表明,GmNAC030、GmNAC043和GmNAC092互作蛋白均为转录因子,且仅有互作蛋白Glyma.02g131700(bZIP1)、Glyma.16g164800(AP2-EREBP)和Glyma.08G118200(WRKY48)位于模块中。RT-qPCR分析表明GmNAC030主要受MeJA诱导,另外4个NAC转录因子基因主要受MeJA和ETH诱导。【结论】5个NAC转录因子基因GmNAC030、GmNAC043、GmNAC085、GmNAC092和GmNAC101的表达与大豆抗SMV相关且受外源激素MeJA和ETH的诱导。 展开更多
关键词 大豆 大豆花叶病毒 加权共表达网络分析 NAC转录因子 表达分析
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黄瓜WIP转录因子家族基因的鉴定及表达分析
5
作者 韩瑞月 刘晓林 +3 位作者 辛同旭 李森 杨学勇 孙进京 《中国蔬菜》 北大核心 2025年第2期44-55,共12页
WIP蛋白属于C2H2锌指蛋白的A1d亚组,目前研究发现CsWIP1在黄瓜中参与性别决定,但WIP基因在黄瓜生长发育过程中仍存在未知的功能。在黄瓜、甜瓜、西瓜、冬瓜、葫芦和美洲南瓜中鉴定出40个WIP基因家族成员。利用在线网站对葫芦科WIP蛋白... WIP蛋白属于C2H2锌指蛋白的A1d亚组,目前研究发现CsWIP1在黄瓜中参与性别决定,但WIP基因在黄瓜生长发育过程中仍存在未知的功能。在黄瓜、甜瓜、西瓜、冬瓜、葫芦和美洲南瓜中鉴定出40个WIP基因家族成员。利用在线网站对葫芦科WIP蛋白进行理化性质分析,通过生物信息学进行染色体定位、基因结构等分析。对黄瓜WIP基因的顺式元件进一步分析表明,WIP家族基因具有空间表达、植物激素、光响应元件等顺式作用元件。黄瓜不同组织的实时荧光定量PCR分析发现,CsaV3_1G014730和CsaV3_4G031370可能在黄瓜的顶芽发育中发挥重要作用;CsaV3_4G024150(CsWIP1)、CsaV3_3G039140、CsaV3_7G031140和CsaV3_5G023030则可能参与雌花、雄花、传输通道以及雄配子的生长发育,推测WIP基因可能在黄瓜传输通道发育、叶脉模式调控等过程中起着重要的作用。 展开更多
关键词 黄瓜 WIP基因家族 转录因子 生物信息学分析 组织表达模式
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板栗Trihelix转录因子家族鉴定及其在果实发育中的表达模式
6
作者 张微微 李荣琛 +3 位作者 黄晓露 廖健明 杨卓颖 赵志珩 《广西林业科学》 2025年第3期242-252,共11页
Trihelix是广泛分布在植物中的一类转录因子,参与植物对逆境胁迫的响应和生长发育。为促进板栗(Castanea mollissima)品质育种,基于板栗全基因组对Trihelix转录因子家族进行鉴定,并基于转录组数据对板栗果实不同发育阶段的Trihelix转录... Trihelix是广泛分布在植物中的一类转录因子,参与植物对逆境胁迫的响应和生长发育。为促进板栗(Castanea mollissima)品质育种,基于板栗全基因组对Trihelix转录因子家族进行鉴定,并基于转录组数据对板栗果实不同发育阶段的Trihelix转录因子家族表达进行分析。结果表明,板栗Trihelix(CmTrihelix)转录因子家族共包含24个成员,分布在9条染色体上;CmTrihelix转录因子家族可分为GT-1、GT-2、GTγ、SH4和SIP1等5个亚家族。该家族成员均含有α-螺旋和无规则卷曲结构,均主要定位在细胞核中;同一亚家族成员的基因结构和保守基序基本相似;成员间存在多个片段重复事件。CmTrihelix转录因子家族成员启动子区域含有多种参与非生物胁迫响应、生长发育调控和激素响应的相关顺式作用元件。在板栗果实不同发育阶段,CmTrihelix转录因子家族成员均呈差异性表达,这些因子可能参与调控板栗果实形成的全过程。 展开更多
关键词 Trihelix转录因子 表达分析 果实发育 板栗
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转录激活因子3对小鼠精母细胞炎性因子和趋化因子表达的影响
7
作者 贺海洋 王晓梅 +1 位作者 徐书建 彭莎 《动物医学进展》 北大核心 2025年第9期59-67,共9页
旨在探究转录激活因子3(activating transcription factor3,ATF3)表达变化是否与小鼠精母细胞(GC-2spd,GC2)炎性反应相关联,为雄性生殖损伤类疾病发生机制提供见解。将ATF3干扰载体及过表达载体分别转染入GC2,用CCK-8试剂盒检测GC2活力... 旨在探究转录激活因子3(activating transcription factor3,ATF3)表达变化是否与小鼠精母细胞(GC-2spd,GC2)炎性反应相关联,为雄性生殖损伤类疾病发生机制提供见解。将ATF3干扰载体及过表达载体分别转染入GC2,用CCK-8试剂盒检测GC2活力,用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测GC2的ATF3、肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、核因子-κB(nuclear factor kappa-B,NF-κB)、C-C基序趋化因子配体2(C-C motif chemokine ligand 2,CCL2)、C-C基序趋化因子受体2(C-C motif chemokine receptor 2,CCR2)的mRNA表达量;用Western blot检测GC2细胞的ATF3、NF-κB、白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)、肿瘤坏死因子受体2(tumor necrosis factor receptor 2,TNF-R2)的蛋白表达量。结果发现,过表达ATF3的GC2细胞活力降低,CCL2、CCR2的mRNA表达量显著升高,NF-κB的mRNA和蛋白表达量升高,TNF-R2的蛋白表达量升高。由于ATF3在GC2细胞含量很低,所以GC2细胞敲除ATF3后CCL2、CCR2的mRNA表达量,TNF-α、NF-κB的mRNA和蛋白表达量及TNF-R2的蛋白表达量无显著改变。ATF3通过调控CCL2/CCR2/NF-κB信号通路促进炎性因子表达从而损伤GC2细胞。 展开更多
关键词 转录激活因子3 敲除 过表达 小鼠精母细胞 炎性因子
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睡莲NAC转录因子的鉴定及其表达分析
8
作者 钱政毅 吴绍芳 +4 位作者 曹舒怡 宋雅欣 潘鑫峰 李兆伟 范凯 《生物技术通报》 北大核心 2025年第2期234-247,共14页
【目的】从睡莲基因组中鉴定NAC成员,并对其进化历程以及在不同组织和ABA胁迫下的表达模式进行分析,为睡莲NAC家族的分子进化提供理论基础,同时为睡莲NAC成员调控花器官形态建成和响应逆境胁迫提供候选基因。【方法】利用全基因组方法... 【目的】从睡莲基因组中鉴定NAC成员,并对其进化历程以及在不同组织和ABA胁迫下的表达模式进行分析,为睡莲NAC家族的分子进化提供理论基础,同时为睡莲NAC成员调控花器官形态建成和响应逆境胁迫提供候选基因。【方法】利用全基因组方法分析睡莲NAC家族成员的保守基序、基因结构、系统进化、染色体定位、基因复制事件、启动子顺式调控元件,并使用转录组和RT-qPCR对睡莲NAC家族成员在不同组织和ABA胁迫下的表达模式进行分析。【结果】从睡莲基因组中筛选出64个NAC成员,可分为15个亚家族。NcNAC成员不均匀地分布在睡莲14条染色体上,大部分成员定位于1、2、9和11号染色体上。睡莲NAC家族的片段复制事件与睡莲NAC家族的扩增紧密联系。NcNAC11、NcNAC43、NcNAC36和NcNAC52在花器官间的表达量较高,推断这些基因可能参与睡莲花器官的形态建成。NcNAC成员启动子区含有大量与胁迫响应相关的顺式调控元件,其中启动子区含有ABA响应元件最多的NcNAC07、NcNAC08、NcNAC34和NcNAC43能够响应ABA胁迫,表明NcNAC07、NcNAC08、NcNAC34和NcNAC43可能与睡莲的抗逆胁迫有关。【结论】在睡莲中有64个NcNAC成员,可以将其分为15个亚家族,NcNAC11、NcNAC43、NcNAC36和NcNAC52在花器官中的表达量较高,NcNAC07、NcNAC08、NcNAC34和NcNAC43能够响应ABA胁迫。 展开更多
关键词 睡莲 NAC家族 转录因子 分子进化 表达分析
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铁皮石斛bZIP转录因子家族全基因组鉴定及表达分析
9
作者 曾丹 黄园 +5 位作者 王健 张艳 刘庆霞 谷荣辉 孙庆文 陈宏宇 《生物技术通报》 北大核心 2025年第8期197-210,共14页
【目的】鉴定铁皮石斛(Dendrobium officinale) bZIP基因家族,通过生物信息学和基因表达分析,阐明DobZIP转录因子的生物学功能,为后续深入探究DobZIP转录因子的分子机制提供理论指导。【方法】基于IMP数据库中的铁皮石斛基因组数据鉴定... 【目的】鉴定铁皮石斛(Dendrobium officinale) bZIP基因家族,通过生物信息学和基因表达分析,阐明DobZIP转录因子的生物学功能,为后续深入探究DobZIP转录因子的分子机制提供理论指导。【方法】基于IMP数据库中的铁皮石斛基因组数据鉴定出铁皮石斛bZIP基因家族成员,对该家族成员进行多项生物信息学分析,同时利用转录组数据和实时荧光定量PCR技术对DobZIP转录因子进行组织表达模式及非生物胁迫表达分析。【结果】共鉴定出54个DobZIP基因,DobZIP蛋白均无信号肽,仅有DobZIP54有跨膜结构域,亚细胞定位主要在细胞核中。DobZIP家族成员划分在10个亚家族,且同一亚家族成员含有相似的结构和基序;DobZIP不均匀地分布在18条染色体上,有两对基因间存在串联关系,种间存在多条共线性关系,与水稻的b ZIP家族同源性较高。顺势作用元件分析表明,DobZIP家族成员均含有多个参与生长发育和响应逆境胁迫的顺式作用元件。基因表达模式分析显示,DobZIP家族成员存在组织表达特异性,且DobZIP4、DobZIP10、DobZIP28、DobZIP32、DobZIP37在不同程度上受低温、干旱和氯化钠胁迫的诱导。除DobZIP32和DobZIP37外,DobZIP4、DobZIP10、DobZIP28还受高温胁迫的诱导。【结论】铁皮石斛基因组中共鉴定出54个DobZIP基因,DobZIP具有组织表达特异性,且DobZIP4、DobZIP10、DobZIP28、DobZIP32、DobZIP37在低温、干旱和氯化钠胁迫下均受到不同程度的诱导。 展开更多
关键词 铁皮石斛 转录因子 BZIP 生信分析 基因表达分析
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红花R2R3-MYB转录因子家族鉴定及组织表达分析
10
作者 吴瑶 李丹丹 +2 位作者 龙添添 李开杰 余浪 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第9期15-24,共10页
筛选红花(Carthamus tinctorius)在各组织中优势表达的候选MYB基因,以红花基因组测序数据为基础,鉴定红花中MYB转录因子,并分析其理化性质、系统发育、保守基序、二级结构及分析MYB基因在红花5个不同组织部位表达模式。共鉴定到108个红... 筛选红花(Carthamus tinctorius)在各组织中优势表达的候选MYB基因,以红花基因组测序数据为基础,鉴定红花中MYB转录因子,并分析其理化性质、系统发育、保守基序、二级结构及分析MYB基因在红花5个不同组织部位表达模式。共鉴定到108个红花R2R3-MYB基因,蛋白氨基酸数目为163~996个,理论等电点在4.52~9.55之间,不稳定指数为35.51~76.26,亲水系数为-1.131~-0.448,蛋白相对分子质量为6 092.20~110 047.15 u,所有蛋白均为亲水性蛋白;蛋白二级结构分析发现红花R2R3-MYB蛋白主要由α-螺旋和无规则卷曲构成;通过将其与拟南芥MYB构建系统进化树,发现有91个红花R2R3-MYB转录因子聚类于22个拟南芥R2R3-MYB亚组中,17个红花R2R3-MYB转录因子聚类于2个C亚组中。基于转录组数据的组织表达模式分析筛选在根、茎、叶、花及种子不同组织中优势高表达的MYB基因,发现在根、花及种子中优势表达的MYB基因数目较多,花中特异高表达的R2R3-MYB基因有13个,其中CtMYB6和CtMYB19分别与拟南芥具有调节花青素合成功能的位于S6和S7亚组的基因聚为一类,预测其为参与红花花中有效成分红花黄色素累积的重要候选基因。本研究对红花R2R3-MYB转录因子家族进行了系统鉴定及组织表达谱分析,为后续红花MYB转录因子调节次生代谢成分累积等功能研究奠定基础。 展开更多
关键词 红花 R2R3-MYB转录因子 生物信息分析 组织表达
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当归MYB转录因子家族成员的鉴定与表达分析
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作者 李勒松 李朝会 +4 位作者 王娟 梁艳丽 杨生超 栗孟飞 赵艳 《西南农业学报》 北大核心 2025年第5期950-963,共14页
【目的】鉴定药用植物当归(Angelica sinensis)MYB(v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog)转录因子家族成员,研究其转录组表达模式,筛选可能参与当归中黄酮合成的MYB转录因子。【方法】基于当归全基因组对当归中的MYB家... 【目的】鉴定药用植物当归(Angelica sinensis)MYB(v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog)转录因子家族成员,研究其转录组表达模式,筛选可能参与当归中黄酮合成的MYB转录因子。【方法】基于当归全基因组对当归中的MYB家族转录因子进行鉴定和分析,利用生物信息学手段对153个MYB家族转录因子进行深入探究,包括蛋白理化性质分析、系统进化发育分析、基因结构解析、保守基序鉴定、保守结构域识别、染色体定位、共线性分析以及顺式作用元件鉴定,并对转录组表达模式进行分析,筛选出在当归中可能参与黄酮类化合物生物合成的候选MYB家族成员。【结果】当归全基因组水平共鉴定到153个MYB转录因子,其中1R-MYB亚族有21个,2R-MYB亚族有130个,不含3R-MYB亚族,4R-MYB亚族有2个。153个转录因子的氨基酸长度为179~451 aa,相对分子质量为20.0~50.1 kDa,均为亲水性蛋白;亚细胞定位分析表明,绝大多数MYB蛋白呈现典型的核定位特征,其中仅发现1条MYB表现出在细胞核和细胞质中的双重定位特征;系统发育树分析表明,与拟南芥MYB聚集同一分支上的转录因子基因结构类似;顺式作用元件预测,发现MYB启动子上具有多种参与生长发育、激素调控以及逆境胁迫的元件。转录组MYB转录因子的表达模式分析发现,153个MYB中有121个转录因子在当归根和叶不同部位存在差异表达。此外,利用系统进化分析筛选出9个可能参与当归黄酮生物合成的候选MYB转录因子,选择其中4个转录因子的编码基因进行基因荧光定量,结果与转录组数据一致。【结论】基于当归全基因组数据鉴定到153个MYB转录因子,其中包含21个1R-MYB亚族成员,130个2R-MYB亚族成员,2个4R-MYB亚族成员,不包含3R-MYB亚族。RT-qPCR结果表明,AsMYB34、AsMYB79、AsMYB96和AsMYB127可能参与当归中黄酮醇的合成。 展开更多
关键词 当归 MYB转录因子 全基因组鉴定 生物信息学分析 基因表达分析
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干旱胁迫下外源ABA对香樟R2R3-MYB亚家族转录因子表达的影响
12
作者 关信 郑洋群 +2 位作者 张亚东 王毅 郑元 《西北林学院学报》 北大核心 2025年第2期51-63,共13页
R2R3-MYB亚家族转录因子与植物生长发育和抗逆性相关,其通过与下游靶基因特异性结合增强植物的抗逆能力。本研究基于香樟全基因组数据,鉴定了90个R2R3-MYB亚家族成员(CcMYB1~CcMYB90),并对其生物信息学及外源ABA调控干旱胁迫下的表达模... R2R3-MYB亚家族转录因子与植物生长发育和抗逆性相关,其通过与下游靶基因特异性结合增强植物的抗逆能力。本研究基于香樟全基因组数据,鉴定了90个R2R3-MYB亚家族成员(CcMYB1~CcMYB90),并对其生物信息学及外源ABA调控干旱胁迫下的表达模式进行分析。结果表明,R2R3-MYB亚家族基因结构相似,功能多样,大多数基因与抗旱通路和植物激素反应相关;基于转录组数据基因表达谱分析,在干旱胁迫下CcMYB2、CcMYB9、CcMYB21、CcMYB46、CcMYB63、CcMYB84等通过正调控参与香樟抗旱物质的合成;结合顺式作用元件中参与涉及干旱诱导性的MYB结合位点,CcMYB16、CcMYB51、CcMYB52可能通过ABA信号通路中的去磷酸化过程,参与干旱胁迫调控,CcMYB2、CcMYB21、CcMYB22、CcMYB61、CcMYB63可能与干旱胁迫下ABA介导的气孔运动相关。 展开更多
关键词 香樟 外源ABA 干旱胁迫 R2R3-MYB亚家族 转录因子 基因表达
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太子参R2R3-MYB转录因子鉴定及表达分析
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作者 黄以书 何华 +5 位作者 周涛 潘琪 刘红霞 徐娇 欧小宏 江维克 《广西植物》 北大核心 2025年第5期931-942,共12页
R2R3-MYB转录因子在植物的生长发育、逆境响应及次生代谢等过程具有重要的调控作用。为了探究太子参中R2R3-MYB转录因子的时空表达模式并筛选参与调控环肽B生物合成的R2R3-MYB转录因子,该研究基于太子参的全长转录组数据库,从太子参中... R2R3-MYB转录因子在植物的生长发育、逆境响应及次生代谢等过程具有重要的调控作用。为了探究太子参中R2R3-MYB转录因子的时空表达模式并筛选参与调控环肽B生物合成的R2R3-MYB转录因子,该研究基于太子参的全长转录组数据库,从太子参中鉴定到15个R2R3-MYB转录因子,利用生物信息学方法对其理化性质、保守基序和系统进化关系进行分析,并运用qRT-PCR对其组织表达和激素脱落酸(abscisic acid,ABA)诱导的表达模式进行研究。结果表明:(1)15个PhR2R3-MYB蛋白亚细胞定位于细胞核,大部分PhR2R3-MYB蛋白为亲水性不稳定蛋白。与拟南芥R2R3-MYB蛋白一同构建系统进化树,可将PhR2R3-MYB蛋白分为8个亚组,其中6个亚组能分别与拟南芥R2R3-MYB转录因子聚类。(2)PhR2R3-MYB基因在太子参植物中具有组织表达特异性,其中2个基因——PhMYB 4和PhMYB 8在块根韧皮部中特异性高表达。相关性分析显示,PhMYB 4和PhMYB 8基因表达量与太子参中环肽B含量及prePhHB基因表达量均呈显著正相关,推测PhMYB4和PhMYB8可能参与了太子参中环肽B的生物合成调控。(3)ABA处理后,PhMYB 4基因呈现出先降低后升高再降低的表达趋势,而PhMYB 8基因的表达受到了抑制,表明PhMYB 4和PhMYB 8基因均响应ABA信号。该研究结果为后续探究PhR2R3-MYB基因的功能奠定了基础,为研究PhR2R3-MYB转录因子调控环肽B生物合成的分子机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 太子参 R2R3-MYB转录因子 环肽B 生物信息学分析 表达分析
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苹果响应钙信号转录因子MdbHLH2原核表达分析
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作者 苟莎莎 安欣 +3 位作者 张玮玮 胡康棣 张华 姚改芳 《合肥工业大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第2期232-235,共4页
转录因子MdbHLH2能响应钙信号且影响苹果采后贮藏的性能。为进一步探究其结构和功能,文章利用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增MdbHLH 2基因的编码序列(coding sequence,CDS)全长,连接至pMAL-c2X原核表达载体,并将重... 转录因子MdbHLH2能响应钙信号且影响苹果采后贮藏的性能。为进一步探究其结构和功能,文章利用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增MdbHLH 2基因的编码序列(coding sequence,CDS)全长,连接至pMAL-c2X原核表达载体,并将重组质粒转入表达菌株Rosetta(DE3);利用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达融合MBP标签的MdbHLH2重组蛋白,并用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)技术检测出MdbHLH2-MBP的重组表达蛋白。该结果为进一步研究MdbHLH2的结构和功能提供了重要依据。 展开更多
关键词 苹果 转录因子MdbHLH2 原核表达 异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG) 聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)
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铁皮石斛根发育的转录模式及转录因子相关基因的差异表达
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作者 陈宏宇 于莹 +3 位作者 任得强 阮志珍 李二妹 冉琳琳 《湖北农业科学》 2025年第2期207-213,共7页
采用Illumina HiSeqTM4000测序平台对铁皮石斛(Dendrobium officinale Kimura et Migo)根2个不同部位(根尖区和根成熟区)样品进行测序,对差异表达基因进行GO聚类和KEGG分析。结果表明,铁皮石斛根的高质量读长被组装成136 541个单基因,... 采用Illumina HiSeqTM4000测序平台对铁皮石斛(Dendrobium officinale Kimura et Migo)根2个不同部位(根尖区和根成熟区)样品进行测序,对差异表达基因进行GO聚类和KEGG分析。结果表明,铁皮石斛根的高质量读长被组装成136 541个单基因,平均长度为982 bp。对具有编码转录因子能力的基因进行鉴定和分类统计,20 105个单基因被映射到55类转录因子中,共识别了148个MADS-box、737个NAC、449个WRKY、369个MYB和105个ARF等。差异表达基因的调控通路涉及很多途径,包括苯丙烷生物合成等次生代谢途径、植物病原体相互作用等环境应答途径以及植物MAPK信号通路等信号转导通路途径。 展开更多
关键词 铁皮石斛(Dendrobium officinale Kimura et Migo) 根 发育 基因 转录模式 转录因子 差异表达
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基于转录组测序的不同辣度辣椒差异表达基因分析
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作者 庞欣 陈军 +2 位作者 李林芝 刘佳 黄文娟 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第6期24-33,共10页
为了研究不同辣度辣椒的基因表达差异,探究参与或调控辣椒素生物合成的基因或转录因子。试验以2种不同辣度的辣椒B1-2(高辣)、D50(微辣)为材料,通过高通量RNA测序(RNA-seq)对35 d胎座进行转录组分析,共筛选出1570个差异表达基因(DEG),包... 为了研究不同辣度辣椒的基因表达差异,探究参与或调控辣椒素生物合成的基因或转录因子。试验以2种不同辣度的辣椒B1-2(高辣)、D50(微辣)为材料,通过高通量RNA测序(RNA-seq)对35 d胎座进行转录组分析,共筛选出1570个差异表达基因(DEG),包括673个上调基因、897个下调基因。经GO富集分析,DEG主要集中在氧化还原反应、光合作用、光反应等生物过程;经KEGG富集分析,DEG主要富集在光合作用-天线蛋白、次级代谢产物的生物合成、代谢途径等信号通路。鉴定出7个CapCyc模型基因、8个MYB转录因子在2份辣椒材料中的差异表达;在果实不同发育时期进一步利用qRT-PCR进行分析,发现4CL、COMT、KAS可能具有调控辣椒素合成的作用。研究结果可为探索辣椒素生物合成的调控网络提供更多的候选基因,期待可为下一步关键基因的功能分析和辣椒育种提供理论基础。 展开更多
关键词 辣椒 转录组测序 差异表达基因 辣椒素类物质 生物合成 转录因子
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小麦WRKY转录因子TaWRKY72B的克隆、亚细胞定位及表达分析 被引量：3
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作者 张丽 甘露 +6 位作者 卢振华 曹高燚 邱丽娜 丁博 谢晓东 秦志列 王俊斌 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期7-15,共9页
WRKY蛋白是一类转录因子,参与调控植物的多种生长发育和胁迫应答过程。为进一步探究WRKY在小麦响应逆境中的作用,本研究克隆了小麦中国春的TaWRKY72B基因,并对其进行了生物信息学、亚细胞定位和表达模式分析。结果表明,中国春的TaWRKY72... WRKY蛋白是一类转录因子,参与调控植物的多种生长发育和胁迫应答过程。为进一步探究WRKY在小麦响应逆境中的作用,本研究克隆了小麦中国春的TaWRKY72B基因,并对其进行了生物信息学、亚细胞定位和表达模式分析。结果表明,中国春的TaWRKY72B基因编码320个氨基酸,蛋白序列包含典型的WRKY保守结构域和C2H2锌指结构,分子量为33.94 kDa,理论等电点为6.60,是酸性亲水的不稳定蛋白,无信号肽序列,属非跨膜蛋白。二级结构预测表明,TaWRKY72B主要由无规则卷曲(61.25%)、α-螺旋(23.12%)、延伸链(11.88%)和β-转角(3.75%)组成。TaWRKY72B定位于细胞核,符合转录因子特征。系统进化树分析显示,TaWRKY72B蛋白与节节麦、大麦和水稻等禾本科作物的WRKY亲缘关系较近。启动子顺式作用元件预测结果表明,该基因含有多个与生长发育、激素信号途径以及非生物胁迫应答相关的顺式调控元件。TaWRKY72B表达受激素、高温、低温和盐诱导,推测该基因可能参与小麦逆境胁迫应答和多种激素信号途径。 展开更多
关键词 小麦 WRKY转录因子 基因克隆 亚细胞定位 表达分析
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全身垂直振动对去卵巢骨质疏松大鼠腰椎转录因子Osterix蛋白表达的影响 被引量：6
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作者 司会群 卜淑敏 +2 位作者 赵俊勇 文思敏 段晓丽 《中国运动医学杂志》 CAS 北大核心 2015年第4期353-357,共5页
目的:观察全身垂直振动对去卵巢骨质疏松大鼠腰椎转录因子Osterix蛋白表达的影响,探讨全身垂直振动治疗绝经后骨质疏松的作用机制。方法:将36只3月龄健康雌性未孕SD大鼠随机分为假手术组(Sham组)、去卵巢静止组(OVX组)和去卵巢振动组(WB... 目的:观察全身垂直振动对去卵巢骨质疏松大鼠腰椎转录因子Osterix蛋白表达的影响,探讨全身垂直振动治疗绝经后骨质疏松的作用机制。方法:将36只3月龄健康雌性未孕SD大鼠随机分为假手术组(Sham组)、去卵巢静止组(OVX组)和去卵巢振动组(WBV组),每组12只。手术后10周,WBV组开始接受全身垂直振动治疗。振动频率90 Hz,重力加速度3.8 g,振幅0.5 mm,每天2次,每次15 min,每周7天,振动7周。振动结束后,腹主动脉取血处死各大鼠,按解剖位置分离第2腰椎(L2)和第3腰椎(L3)。用HE染色观察L2组织形态学变化;用TRAP染色法对L2石蜡切片破骨细胞进行染色并计数;用免疫组化检测L2转录因子Osterix定位变化;用Western blot检测L3转录因子Osterix蛋白表达水平的变化。结果:与Sham组和WBV组比较,OVX组大鼠腰椎骨髓腔脂肪空泡数目、骨小梁表面破骨细胞数目显著增加,而转录因子Osterix蛋白表达显著下降。结论:全身垂直振动能降低去卵巢骨质疏松大鼠腰椎破骨细胞的数目,增强腰椎转录因子Osterix蛋白的表达。 展开更多
关键词 全身垂直振动 骨质疏松大鼠 转录因子osterix
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油莎豆MYB转录因子基因CeMYB154克隆及耐盐功能分析
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作者 程珊 王会伟 +6 位作者 陈晨 朱雅婧 李春鑫 别海 王树峰 陈献功 张向歌 《生物技术通报》 北大核心 2025年第6期218-228,共11页
【目的】油莎豆MYB转录因子基因CeMYB154参与盐胁迫响应过程,克隆及表征油莎豆CeMYB154并分析其耐盐功能,为油莎豆耐盐育种提供分子基础和基因资源。【方法】基于油莎豆参考基因组信息,克隆CeMYB154的全长CDS序列,利用生物信息学软件对... 【目的】油莎豆MYB转录因子基因CeMYB154参与盐胁迫响应过程,克隆及表征油莎豆CeMYB154并分析其耐盐功能,为油莎豆耐盐育种提供分子基础和基因资源。【方法】基于油莎豆参考基因组信息,克隆CeMYB154的全长CDS序列,利用生物信息学软件对其氨基酸序列特征及其启动子上顺式作用元件进行分析,利用分子生物学技术对其进行亚细胞定位和转录激活验证。构建CeMYB154过表达载体,利用农杆菌介导法转化拟南芥,并对过表达株系的耐盐表型和生理指标进行分析。【结果】成功克隆了长度为780 bp的CeMYB154 CDS序列,其编码蛋白序列中2个典型的MYB结构域,属于R2R3型MYB转录因子。蛋白序列比对分析显示,CeMYB154蛋白在多个物种间序列高度保守。启动子区域含有多种激素(如ABA)响应以及MYB响应相关顺式作用元件。此外,亚细胞定位和转录激活分析显示,CeMYB154是一个具有转录激活活性的核转录因子。成功创制了过表达CeMYB154转基因拟南芥,获得了纯合T3转基因阳性株系。在盐胁迫下,与野生型拟南芥相比,转基因植株幼苗生长状态(叶片大小、颜色以及根长)较好;并且,转基因植株中MDA和H2O2含量均显著降低,而CAT、POD和SOD抗氧化酶活性则显著增强,表明过表达CeMYB154基因提高了拟南芥的耐盐性。【结论】油莎豆CeMYB154具有正向调控盐胁迫响应的功能,过表达CeMYB154基因可以增强抗氧化酶活性而提高转基因植株的耐盐性。 展开更多
关键词 油莎豆 盐胁迫 MYB转录因子 转录激活 功能分析 过表达 亚细胞定位 抗氧化酶
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垂穗披碱草TCP转录因子家族鉴定及激素响应模式分析
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作者 彭晓梅 孟晨 +3 位作者 GARC A-CAPARR S Pedro 张宇 杨永平 孙旭东 《广西植物》 北大核心 2025年第5期916-930,共15页
垂穗披碱草(Elymus nutans)是青藏高原地区的优质牧草,具有较高的生态价值和经济价值。TCP是植物特有的转录因子家族,参与调控植物叶片发育、侧枝形成、植物激素合成与信号转导等生理过程。为鉴定垂穗披碱草TCP转录因子家族成员,该研究... 垂穗披碱草(Elymus nutans)是青藏高原地区的优质牧草,具有较高的生态价值和经济价值。TCP是植物特有的转录因子家族,参与调控植物叶片发育、侧枝形成、植物激素合成与信号转导等生理过程。为鉴定垂穗披碱草TCP转录因子家族成员,该研究利用单分子实时(SMRT)测序技术获得了垂穗披碱草全长转录组数据,并对4种激素处理后的垂穗披碱草叶片进行Illumina测序,以探究EnTCP s基因在不同激素处理下的表达模式。结果表明:(1)垂穗披碱草全长转录组测序共获得90956条非冗余转录本。(2)基于全长转录组数据共鉴定到26个EnTCP s,氨基酸数为186~575 aa,亚细胞定位预测显示TCP蛋白均位于细胞核。(3)根据进化树的分支情况可将26个EnTCP s分为Class I、ClassⅡ-a(CIN)和ClassⅡ-b(CYC/TB1)3个亚家族,保守结构域分析表明EnTCPs均含有TCP结构域。(4)不同激素处理后的表达模式分析显示,7个EnTCP s家族成员(En108950、En35573、En10347、En16325、En128790、En10346和En14028)在激素处理后上调/下调表达,它们可能参与了激素合成与信号转导通路;qRT-PCR分析结果显示,En35573和En14028参与生长素响应,En108950、En10347、En128790、En10346和En14028均参与细胞分裂素响应,En14028参与脱落酸响应,En108950参与茉莉酸响应,而En16325可能参与多种激素信号转导通路。该研究结果为后续EnTCP s基因功能研究奠定了基础,为研究EnTCP s对激素响应的分子机制提供了参考依据。 展开更多
关键词 垂穗披碱草 TCP转录因子家族 全长转录组 外源植物激素 表达模式
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