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NOD1基因单核苷酸多态性与牛结核病易感性相关性的研究
被引量：
3
1
作者
王坤
高伟娜
+3 位作者
杨霄
况修冬
赵战勤
薛云
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第12期1232-1239,1252,共9页
为探究中国荷斯坦奶牛NOD1基因多态性与牛结核病(BTB)易感性的相关性,本研究以提取的BTB组(130份)与对照组(130份)共260份的牛全血样品基因组DNA为模板,利用PCR分段扩增NOD1基因13个外显子的编码区基因序列并测序,通过Chromas软件读取26...
为探究中国荷斯坦奶牛NOD1基因多态性与牛结核病(BTB)易感性的相关性,本研究以提取的BTB组(130份)与对照组(130份)共260份的牛全血样品基因组DNA为模板,利用PCR分段扩增NOD1基因13个外显子的编码区基因序列并测序,通过Chromas软件读取260份全血样品每段PCR产物的测序结果,以筛选单核苷酸多态性(SNP)位点。采用SPSS.16.0软件分别统计BTB组与对照组牛NOD1基因中SNP等位基因与基因型出现频率的差异。采用卡方检验,计算各组牛中NOD1基因SNP等位基因、基因型出现频率差异的P值、OR值(风险比值)及95%CI值(95%可信区间),通过上述指标确定与BTB易感性相关的SNP位点。PCR及其产物测序结果显示:从260份牛全血样品中均扩增到NOD115个目的基因片段并全部测序。Chromas软件筛选结果显示,从中国荷斯坦奶牛NOD1基因的编码区共筛选出7个SNP位点,其等位基因分别为C/T、A/C、T/A、G/C、C/T、C/G和G/A。7个SNP位点共包含18种基因型,其中4个SNP位点均包含3种基因型,均包括2个纯合子基因型和1个杂合子基因型;3个SNP位点分别包含2种基因型,均包括1个纯合子基因型和1个杂合子基因型。SNP位点鉴定结果显示,rs42935035等位基因T(基因型TT)和rs466132550等位基因A(基因型GA)在BTB组与对照组牛中出现的频率存在显著差异(P<0.05),且其OR值、95%CI值均小于1,表明两者均是BTB易感性低风险位点;其余5个SNP位点的等位基因在BTB组与对照组牛中的出现频率均无显著差异(P>0.05),且95%CI值均包含小于1~大于1的范围,表明它们均不是BTB易感性相关的位点。利用RNAfold软件测定SNP位点rs42935035等位基因变为T和rs466132550等位基因变为A后mRNA二级结构的自由能(与参考NOD1基因相应SNP位点等位基因相比)后NOD1基因mRNA二级结构的自由能,结果显示两者较参考序列mRNA二级结构的自由能均有所升高,表明其稳定性降低。采用ExPasy软件分析结果显示,仅rs42935035能够引起NOD1相应氨基酸的改变,当其等位基因由C变为T时,对应编码的氨基酸由半胱氨酸(Cys)变为精氨酸(Arg),为错义突变;而rs466132550位点等位基因(由G变为A)的变化不能导致NOD1相应氨基酸的改变,为同义突变。采用SOPMA软件和AlphaFold 2软件的分析结果显示,当SNP位点rs42935035的等位基因由C变为T时,NOD1蛋白质的二级结构和三级结构均未发生改变。本研究从宿主分子遗传学的角度阐述了BTB的发病机制,并提供了一种区分低风险与高风险结核病牛的新方法。
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关键词
牛结核病
nod1基因
SNP
易感性
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职称材料
NOD1和NOD2基因在牦牛雄性生殖器官中的表达检测
2
作者
余树民
李计尚
+4 位作者
张于
廖纯颖
姚学萍
沈留红
曹随忠
《四川动物》
CSCD
北大核心
2014年第2期261-264,共4页
为了解NOD1和NOD2基因在牦牛生殖系统中的表达情况,从脾脏组织总RNA中RT-PCR扩增牦牛NOD1和NOD2基因,半定量RT-PCR分析NOD1和NOD2 mRNA在牦牛雄性生殖组织的表达水平。结果显示,NOD1在脾脏、睾丸、附睾头、附睾体、附睾尾、输精管和阴...
为了解NOD1和NOD2基因在牦牛生殖系统中的表达情况,从脾脏组织总RNA中RT-PCR扩增牦牛NOD1和NOD2基因,半定量RT-PCR分析NOD1和NOD2 mRNA在牦牛雄性生殖组织的表达水平。结果显示,NOD1在脾脏、睾丸、附睾头、附睾体、附睾尾、输精管和阴茎中均相对低表达,而NOD2在脾脏、睾丸、附睾头、附睾体、附睾尾、输精管和阴茎中均相对高表达。结果表明,NOD1和NOD2在牦牛雄性生殖组织中广泛表达,提示其在牦牛生殖过程中可能发挥一定的作用。
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关键词
牦牛
nod1基因
nod
2
基因
组织表达
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职称材料
题名
NOD1基因单核苷酸多态性与牛结核病易感性相关性的研究
被引量：
3
1
作者
王坤
高伟娜
杨霄
况修冬
赵战勤
薛云
机构
河南科技大学动物科技学院/洛阳市动物细菌性传染病防控技术重点实验室
河南科技大学医学技术与工程学院分子诊断实验室
出处
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第12期1232-1239,1252,共9页
基金
国家自然科学基金项目(32072899、31672530)
河南省科技公关项目(212102310741)。
文摘
为探究中国荷斯坦奶牛NOD1基因多态性与牛结核病(BTB)易感性的相关性,本研究以提取的BTB组(130份)与对照组(130份)共260份的牛全血样品基因组DNA为模板,利用PCR分段扩增NOD1基因13个外显子的编码区基因序列并测序,通过Chromas软件读取260份全血样品每段PCR产物的测序结果,以筛选单核苷酸多态性(SNP)位点。采用SPSS.16.0软件分别统计BTB组与对照组牛NOD1基因中SNP等位基因与基因型出现频率的差异。采用卡方检验,计算各组牛中NOD1基因SNP等位基因、基因型出现频率差异的P值、OR值(风险比值)及95%CI值(95%可信区间),通过上述指标确定与BTB易感性相关的SNP位点。PCR及其产物测序结果显示:从260份牛全血样品中均扩增到NOD115个目的基因片段并全部测序。Chromas软件筛选结果显示,从中国荷斯坦奶牛NOD1基因的编码区共筛选出7个SNP位点,其等位基因分别为C/T、A/C、T/A、G/C、C/T、C/G和G/A。7个SNP位点共包含18种基因型,其中4个SNP位点均包含3种基因型,均包括2个纯合子基因型和1个杂合子基因型;3个SNP位点分别包含2种基因型,均包括1个纯合子基因型和1个杂合子基因型。SNP位点鉴定结果显示,rs42935035等位基因T(基因型TT)和rs466132550等位基因A(基因型GA)在BTB组与对照组牛中出现的频率存在显著差异(P<0.05),且其OR值、95%CI值均小于1,表明两者均是BTB易感性低风险位点;其余5个SNP位点的等位基因在BTB组与对照组牛中的出现频率均无显著差异(P>0.05),且95%CI值均包含小于1~大于1的范围,表明它们均不是BTB易感性相关的位点。利用RNAfold软件测定SNP位点rs42935035等位基因变为T和rs466132550等位基因变为A后mRNA二级结构的自由能(与参考NOD1基因相应SNP位点等位基因相比)后NOD1基因mRNA二级结构的自由能,结果显示两者较参考序列mRNA二级结构的自由能均有所升高,表明其稳定性降低。采用ExPasy软件分析结果显示,仅rs42935035能够引起NOD1相应氨基酸的改变,当其等位基因由C变为T时,对应编码的氨基酸由半胱氨酸(Cys)变为精氨酸(Arg),为错义突变;而rs466132550位点等位基因(由G变为A)的变化不能导致NOD1相应氨基酸的改变,为同义突变。采用SOPMA软件和AlphaFold 2软件的分析结果显示,当SNP位点rs42935035的等位基因由C变为T时,NOD1蛋白质的二级结构和三级结构均未发生改变。本研究从宿主分子遗传学的角度阐述了BTB的发病机制,并提供了一种区分低风险与高风险结核病牛的新方法。
关键词
牛结核病
nod1基因
SNP
易感性
Keywords
bovine tuberculosis
nod
1
gene
SNPs
susceptibility
分类号
S852.61 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
NOD1和NOD2基因在牦牛雄性生殖器官中的表达检测
2
作者
余树民
李计尚
张于
廖纯颖
姚学萍
沈留红
曹随忠
机构
四川农业大学动物医学院
出处
《四川动物》
CSCD
北大核心
2014年第2期261-264,共4页
基金
四川省教育厅青年基金项目(09zb054)
教育部长江学者和创新团队发展计划创新团队项目(IRT0848)
国家自然科学基金项目(31172379)
文摘
为了解NOD1和NOD2基因在牦牛生殖系统中的表达情况,从脾脏组织总RNA中RT-PCR扩增牦牛NOD1和NOD2基因,半定量RT-PCR分析NOD1和NOD2 mRNA在牦牛雄性生殖组织的表达水平。结果显示,NOD1在脾脏、睾丸、附睾头、附睾体、附睾尾、输精管和阴茎中均相对低表达,而NOD2在脾脏、睾丸、附睾头、附睾体、附睾尾、输精管和阴茎中均相对高表达。结果表明,NOD1和NOD2在牦牛雄性生殖组织中广泛表达,提示其在牦牛生殖过程中可能发挥一定的作用。
关键词
牦牛
nod1基因
nod
2
基因
组织表达
Keywords
Bos grunniens
nod
1
gene
nod
1
gene
tissue expression
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
Q959.8 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
NOD1基因单核苷酸多态性与牛结核病易感性相关性的研究
王坤
高伟娜
杨霄
况修冬
赵战勤
薛云
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
NOD1和NOD2基因在牦牛雄性生殖器官中的表达检测
余树民
李计尚
张于
廖纯颖
姚学萍
沈留红
曹随忠
《四川动物》
CSCD
北大核心
2014
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
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