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高温应激下湖羊卵巢颗粒细胞m^(6)A甲基化修饰差异研究
被引量：
1
1
作者
李笑微
田微
+1 位作者
刘媛
李惠侠
《畜牧兽医学报》
北大核心
2025年第4期1712-1721,共10页
旨在研究高温应激对湖羊卵巢颗粒细胞中m^(6)A甲基化修饰的影响,为揭示高温应激下m^(6)A甲基化修饰对湖羊卵巢颗粒细胞发育和功能的调控机制奠定基础。本研究采集2岁龄左右湖羊母羊新鲜卵巢,收集卵巢表面3~5 mm卵泡中的颗粒细胞,随机分...
旨在研究高温应激对湖羊卵巢颗粒细胞中m^(6)A甲基化修饰的影响,为揭示高温应激下m^(6)A甲基化修饰对湖羊卵巢颗粒细胞发育和功能的调控机制奠定基础。本研究采集2岁龄左右湖羊母羊新鲜卵巢,收集卵巢表面3~5 mm卵泡中的颗粒细胞,随机分为2组,对照组(37℃)和高温应激组(42℃,每天2 h,连续3 d)。通过甲基化RNA免疫共沉淀测序(MeRIP-seq)鉴定m^(6)A峰,获得基因表达数据并进行分析。MeRIP-seq在对照组和高温应激组共有135个具有显著差异的m^(6)A峰,映射到130个差异甲基化基因,主要富集到PI3K-Akt信号通路、谷胱甘肽代谢和Wnt信号通路等。RNA-seq鉴定出359个显著差异表达基因,主要富集在类固醇合成、胆固醇生物合成等信号通路。MeRIP-seq和RNA-seq数据联合分析结果显示,DTX3L、MAGEF1、MAN1C1、CCDC77、RAD51共计5个基因m^(6)A修饰和基因表达水平同时存在显著差异,主要富集在Notch信号通路等。本研究结果表明,高温应激会改变湖羊卵巢颗粒细胞mRNA中m^(6)A修饰水平,最终可能影响细胞增殖、凋亡、雌激素合成等相关通路,为进一步探究m^(6)A修饰在高温应激下的具体作用机制提供了理论基础。
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关键词
高温应激
卵巢颗粒细胞
湖羊
m^(6)A甲基化修饰
merip-seq
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职称材料
MeCP2诱导的视网膜色素上皮细胞转录组和m6A的改变
2
作者
张咏雅
李晓华
+1 位作者
赵雪茹
李雪
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期408-416,共9页
目的探讨重组人甲基CpG结合蛋白2(MeCP2)处理的视网膜色素上皮(RPE)细胞中mRNA和N6-甲基腺嘌呤(m6A)改变及其机制。方法将传代ARPE-19细胞贴壁培养后分为正常对照组和MeCP2组,正常对照组细胞采用正常培养液培养,MeCP2组细胞于含终质量浓...
目的探讨重组人甲基CpG结合蛋白2(MeCP2)处理的视网膜色素上皮(RPE)细胞中mRNA和N6-甲基腺嘌呤(m6A)改变及其机制。方法将传代ARPE-19细胞贴壁培养后分为正常对照组和MeCP2组,正常对照组细胞采用正常培养液培养,MeCP2组细胞于含终质量浓度20 ng/ml重组人MeCP2蛋白培养液中,连续培养72 h。提取细胞内总RNA进行转录组测序(RNA-seq)和甲基化免疫共沉淀测序(MeRIP-seq)分析。采用edgeR软件包根据P<0.05筛选差异表达基因(DEGs)和差异甲基化基因(DMGs)。采用基因本体论(GO)富集分析对差异基因进行生物学功能描述,采用京都基因和基因组百科全书(KEGG)进行通路富集分析。筛选出DEGs与DMGs交集的基因,采用实时荧光定量PCR技术检测各组差异基因mRNA表达水平。结果共筛选出DEGs 100个,DMGs 7441个,富集分析发现DEGs与细胞外基质(ECM)-受体相互作用、细胞分裂、细胞周期和磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路等相关,DMGs与微管细胞骨架、血管生成、表皮生长因子受体(ErbB)信号通路、晚期糖基化终末产物(AGEs)-糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路、Notch信号通路和转化生长因子β(TGF-β)信号通路等相关。DEGs中24个基因表达增加,76个基因表达减少;DMGs中5个基因含有高甲基化峰,7439个基因含有低甲基化峰,注释峰后,正常对照组有7626个基因发生m6A甲基化,MeCP2组有8006个基因发生m6A甲基化,2个组间有7360个交集基因。正常对照组和MeCP2组的m6A甲基化富集于转录本的CDS、内含子和3'-非翻译区(3'UTR)区域,其甲基化比例分别为23.62%/22.27%、48.53%/48.35%和23.66%/25.28%。联合分析发现2个上皮-间充质转化(EMT)相关基因CSPG 5和RBP1的mRNA和m6A水平均降低。荧光定量PCR结果显示,MeCP2组GSPG5、RBP1、ZNF484 mRNA相对表达量均明显低于正常对照组,差异均有统计学意义(t=7.885、7.613、7.345,均P<0.01)。结论RPE细胞中MeCP2对EMT的调控机制与m6A甲基化修饰相关。CSPG 5和RBP 1基因可能是m6A甲基化的靶基因,参与MeCP2调控的EMT过程。
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关键词
增生性玻璃体视网膜病变
视网膜色素上皮细胞
MECP2
m6A
merip-seq
上皮-间充质转化
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职称材料
高通量RNA甲基化测序数据处理与分析研究进展
被引量：
2
3
作者
刘恋
张绍武
+1 位作者
孟佳
陈润生
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2015年第10期891-899,共9页
随着高通量测序技术快速发展,Me RIP-seq(methylated RNA immunoprecipitation sequencing)测序技术开启了RNA表观遗传学研究新局面,能够在全基因组范围内描述RNA甲基化.从Me RIP-seq高通量数据中挖掘RNA甲基化模式,有助于揭示m RNA甲...
随着高通量测序技术快速发展,Me RIP-seq(methylated RNA immunoprecipitation sequencing)测序技术开启了RNA表观遗传学研究新局面,能够在全基因组范围内描述RNA甲基化.从Me RIP-seq高通量数据中挖掘RNA甲基化模式,有助于揭示m RNA甲基化在调控基因表达、剪切等方面所发挥的潜在功能,有效指导癌症的干预治疗.本文从Me RIP-seq测序原理出发,较全面地综述Me RIP-seq数据处理和分析方法研究现状,并对其所面临的计算问题进行讨论和展望.
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关键词
ME
RIP-seq测序
数据处理与分析
RNA甲基化
表观遗传
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职称材料
题名
高温应激下湖羊卵巢颗粒细胞m^(6)A甲基化修饰差异研究
被引量：
1
1
作者
李笑微
田微
刘媛
李惠侠
机构
南京农业大学动物科技学院
出处
《畜牧兽医学报》
北大核心
2025年第4期1712-1721,共10页
基金
国家自然科学基金(32472963)。
文摘
旨在研究高温应激对湖羊卵巢颗粒细胞中m^(6)A甲基化修饰的影响,为揭示高温应激下m^(6)A甲基化修饰对湖羊卵巢颗粒细胞发育和功能的调控机制奠定基础。本研究采集2岁龄左右湖羊母羊新鲜卵巢,收集卵巢表面3~5 mm卵泡中的颗粒细胞,随机分为2组,对照组(37℃)和高温应激组(42℃,每天2 h,连续3 d)。通过甲基化RNA免疫共沉淀测序(MeRIP-seq)鉴定m^(6)A峰,获得基因表达数据并进行分析。MeRIP-seq在对照组和高温应激组共有135个具有显著差异的m^(6)A峰,映射到130个差异甲基化基因,主要富集到PI3K-Akt信号通路、谷胱甘肽代谢和Wnt信号通路等。RNA-seq鉴定出359个显著差异表达基因,主要富集在类固醇合成、胆固醇生物合成等信号通路。MeRIP-seq和RNA-seq数据联合分析结果显示,DTX3L、MAGEF1、MAN1C1、CCDC77、RAD51共计5个基因m^(6)A修饰和基因表达水平同时存在显著差异,主要富集在Notch信号通路等。本研究结果表明,高温应激会改变湖羊卵巢颗粒细胞mRNA中m^(6)A修饰水平,最终可能影响细胞增殖、凋亡、雌激素合成等相关通路,为进一步探究m^(6)A修饰在高温应激下的具体作用机制提供了理论基础。
关键词
高温应激
卵巢颗粒细胞
湖羊
m^(6)A甲基化修饰
merip-seq
Keywords
heat stress
ovarian granulosa cells
Hu sheep
m^(6)A methylation modification
merip-seq
分类号
S826.3 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
MeCP2诱导的视网膜色素上皮细胞转录组和m6A的改变
2
作者
张咏雅
李晓华
赵雪茹
李雪
机构
郑州大学人民医院眼科、河南省人民医院眼科、河南省立眼科医院、河南省眼科与视觉科学重点实验室、河南省医学科学院眼科研究所
出处
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期408-416,共9页
基金
国家自然科学基金面上项目(81770952)。
文摘
目的探讨重组人甲基CpG结合蛋白2(MeCP2)处理的视网膜色素上皮(RPE)细胞中mRNA和N6-甲基腺嘌呤(m6A)改变及其机制。方法将传代ARPE-19细胞贴壁培养后分为正常对照组和MeCP2组,正常对照组细胞采用正常培养液培养,MeCP2组细胞于含终质量浓度20 ng/ml重组人MeCP2蛋白培养液中,连续培养72 h。提取细胞内总RNA进行转录组测序(RNA-seq)和甲基化免疫共沉淀测序(MeRIP-seq)分析。采用edgeR软件包根据P<0.05筛选差异表达基因(DEGs)和差异甲基化基因(DMGs)。采用基因本体论(GO)富集分析对差异基因进行生物学功能描述,采用京都基因和基因组百科全书(KEGG)进行通路富集分析。筛选出DEGs与DMGs交集的基因,采用实时荧光定量PCR技术检测各组差异基因mRNA表达水平。结果共筛选出DEGs 100个,DMGs 7441个,富集分析发现DEGs与细胞外基质(ECM)-受体相互作用、细胞分裂、细胞周期和磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路等相关,DMGs与微管细胞骨架、血管生成、表皮生长因子受体(ErbB)信号通路、晚期糖基化终末产物(AGEs)-糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路、Notch信号通路和转化生长因子β(TGF-β)信号通路等相关。DEGs中24个基因表达增加,76个基因表达减少;DMGs中5个基因含有高甲基化峰,7439个基因含有低甲基化峰,注释峰后,正常对照组有7626个基因发生m6A甲基化,MeCP2组有8006个基因发生m6A甲基化,2个组间有7360个交集基因。正常对照组和MeCP2组的m6A甲基化富集于转录本的CDS、内含子和3'-非翻译区(3'UTR)区域,其甲基化比例分别为23.62%/22.27%、48.53%/48.35%和23.66%/25.28%。联合分析发现2个上皮-间充质转化(EMT)相关基因CSPG 5和RBP1的mRNA和m6A水平均降低。荧光定量PCR结果显示,MeCP2组GSPG5、RBP1、ZNF484 mRNA相对表达量均明显低于正常对照组,差异均有统计学意义(t=7.885、7.613、7.345,均P<0.01)。结论RPE细胞中MeCP2对EMT的调控机制与m6A甲基化修饰相关。CSPG 5和RBP 1基因可能是m6A甲基化的靶基因,参与MeCP2调控的EMT过程。
关键词
增生性玻璃体视网膜病变
视网膜色素上皮细胞
MECP2
m6A
merip-seq
上皮-间充质转化
Keywords
Proliferative vitreoretinopathy
Retinal pigment epithelial cells
MeCP2
m6A
merip-seq
Epithelial-mesenchymal transition
分类号
R774.1 [医药卫生—眼科]
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职称材料
题名
高通量RNA甲基化测序数据处理与分析研究进展
被引量：
2
3
作者
刘恋
张绍武
孟佳
陈润生
机构
西北工业大学自动化学院
西交利物浦大学生物科学系
中国科学院生物物理研究所
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2015年第10期891-899,共9页
基金
国家自然科学基金资助项目(91430111
61473232
+1 种基金
61401370
61170134)~~
文摘
随着高通量测序技术快速发展,Me RIP-seq(methylated RNA immunoprecipitation sequencing)测序技术开启了RNA表观遗传学研究新局面,能够在全基因组范围内描述RNA甲基化.从Me RIP-seq高通量数据中挖掘RNA甲基化模式,有助于揭示m RNA甲基化在调控基因表达、剪切等方面所发挥的潜在功能,有效指导癌症的干预治疗.本文从Me RIP-seq测序原理出发,较全面地综述Me RIP-seq数据处理和分析方法研究现状,并对其所面临的计算问题进行讨论和展望.
关键词
ME
RIP-seq测序
数据处理与分析
RNA甲基化
表观遗传
Keywords
merip-seq
sequencing
data processing and analysis
RNA methylation
epigenetics
分类号
Q5 [生物学—生物化学]
Q6 [生物学—生物物理学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
高温应激下湖羊卵巢颗粒细胞m^(6)A甲基化修饰差异研究
李笑微
田微
刘媛
李惠侠
《畜牧兽医学报》
北大核心
2025
1
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职称材料
2
MeCP2诱导的视网膜色素上皮细胞转录组和m6A的改变
张咏雅
李晓华
赵雪茹
李雪
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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职称材料
3
高通量RNA甲基化测序数据处理与分析研究进展
刘恋
张绍武
孟佳
陈润生
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2015
2
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职称材料
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