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MeRIP-qPCR技术检测RNA m^(6)A甲基化修饰对t(8;21)AML细胞中KDM4B基因表达的调控作用: 1; 作者李雨晴邵杨柳 +2 位作者李梦月王莉莉高晓宁《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期382-388,共7页; 目的:通过MeRIP联合逆转录实时定量PCR(RT-qPCR)技术,证明WTAP介导的RNA m^(6)A修饰对伴t(8;21)急性髓系白血病(AML)细胞中KDM4B基因的直接调控作用。方法:采用靶向WTAP或KDM4B基因的短发夹RNA(small hairpin RNA,shRNA)慢病毒载体沉默t... 展开更多; 关键词 merip-qPCR 急性髓系白血病 t(8 21)染色体易位 KDM4B RNA m^(6)A甲基化修饰; 在线阅读下载PDF 职称材料

高温应激下湖羊卵巢颗粒细胞m^(6)A甲基化修饰差异研究被引量：1: 2; 作者李笑微田微 +1 位作者刘媛李惠侠《畜牧兽医学报》北大核心 2025年第4期1712-1721,共10页; 旨在研究高温应激对湖羊卵巢颗粒细胞中m^(6)A甲基化修饰的影响,为揭示高温应激下m^(6)A甲基化修饰对湖羊卵巢颗粒细胞发育和功能的调控机制奠定基础。本研究采集2岁龄左右湖羊母羊新鲜卵巢,收集卵巢表面3~5 mm卵泡中的颗粒细胞,随机分... 展开更多; 关键词高温应激卵巢颗粒细胞湖羊 m^(6)A甲基化修饰 merip-seq; 在线阅读下载PDF 职称材料

续苓健骨方调节骨组织m^(6)A甲基化机制研究: 3; 作者屈丽谢丽华 +1 位作者叶云金葛继荣《中国骨质疏松杂志》北大核心 2025年第1期1-7,43,共8页; 目的利用表观转录组学微阵列芯片技术检测续苓健骨方对绝经后骨质疏松症模型大鼠中骨组织mRNA的m^(6)A甲基化修饰和基因表达的变化。方法雌性SPF大鼠随机分为模型组、续苓健骨方组,采用去卵巢法构建绝经后骨质疏松症模型。治疗组以续苓... 展开更多; 关键词绝经后骨质疏松症 m^(6)A甲基化修饰续苓健骨方甲基化RNA免疫共沉淀; 在线阅读下载PDF 职称材料

MeCP2诱导的视网膜色素上皮细胞转录组和m6A的改变: 4; 作者张咏雅李晓华 +1 位作者赵雪茹李雪《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期408-416,共9页; 目的探讨重组人甲基CpG结合蛋白2(MeCP2)处理的视网膜色素上皮(RPE)细胞中mRNA和N6-甲基腺嘌呤(m6A)改变及其机制。方法将传代ARPE-19细胞贴壁培养后分为正常对照组和MeCP2组,正常对照组细胞采用正常培养液培养,MeCP2组细胞于含终质量浓... 展开更多; 关键词增生性玻璃体视网膜病变视网膜色素上皮细胞 MECP2 m6A merip-seq 上皮-间充质转化; 在线阅读下载PDF 职称材料

高通量RNA甲基化测序数据处理与分析研究进展被引量：2: 5; 作者刘恋张绍武 +1 位作者孟佳陈润生《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2015年第10期891-899,共9页; 随着高通量测序技术快速发展,Me RIP-seq(methylated RNA immunoprecipitation sequencing)测序技术开启了RNA表观遗传学研究新局面,能够在全基因组范围内描述RNA甲基化.从Me RIP-seq高通量数据中挖掘RNA甲基化模式,有助于揭示m RNA甲... 展开更多; 关键词 ME RIP-seq测序数据处理与分析 RNA甲基化表观遗传; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名MeRIP-qPCR技术检测RNA m^(6)A甲基化修饰对t(8;21)AML细胞中KDM4B基因表达的调控作用: 1; 作者李雨晴邵杨柳李梦月王莉莉高晓宁; 机构中国人民解放军总医院第五医学中心血液病医学部解放军医学院; 出处《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期382-388,共7页; 基金国家自然科学基金(82070149,81870109) 北京市自然科学基金(7202191)。; 文摘目的:通过MeRIP联合逆转录实时定量PCR(RT-qPCR)技术,证明WTAP介导的RNA m^(6)A修饰对伴t(8;21)急性髓系白血病(AML)细胞中KDM4B基因的直接调控作用。方法:采用靶向WTAP或KDM4B基因的短发夹RNA(small hairpin RNA,shRNA)慢病毒载体沉默t(8;21)AML细胞系Kasumi-1和SKNO-1中WTAP或KDM4B基因表达,以转染随机打乱序列(scramble)的shRNA的细胞为对照。用超纯RNA提取试剂盒(DNaseⅠ)提取细胞RNA,Magna MeRIP^(TM)m^(6)A Kit试剂盒富集甲基化修饰片段,并通过RT-qPCR检测m^(6)A甲基化修饰的RNA区域;采用蛋白免疫印迹实验(Western blot)和逆转录实时定量PCR(RT-qPCR)技术检测细胞中WTAP、KDM4B蛋白和mRNA的表达水平。采用克隆形成实验检测细胞体外克隆形成能力。结果:沉默Kasumi-1细胞中WTAP的表达后,m^(6)A甲基化修饰在KDM4B mRNA 3’UTR的富集程度显著下降(P<0.01),沉默Kasumi-1和SKNO-1细胞中WTAP的表达可显著抑制KDM4B蛋白(P<0.001)和mRNA表达水平(Kasumi-1:P<0.001;SKNO-1:P<0.01)、细胞体外克隆形成能力下降(Kasumi-1:P<0.001;SKNO-1:P<0.01)。结论:t(8;21)AML细胞系中,WTAP通过调控KDM4B基因mRNA 3’UTR的m^(6)A修饰调控KDM4B的表达,沉默KDM4B表达可以抑制t(8;21)AML细胞增殖。; 关键词 merip-qPCR 急性髓系白血病 t(8 21)染色体易位 KDM4B RNA m^(6)A甲基化修饰; Keywords merip-qPCR acute myeloid leukemia t(8 21)chromosomal translocation KDM4B RNA m6 A methylation modification; 分类号 R733.71 [医药卫生—肿瘤]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名高温应激下湖羊卵巢颗粒细胞m^(6)A甲基化修饰差异研究被引量：1: 2; 作者李笑微田微刘媛李惠侠; 机构南京农业大学动物科技学院; 出处《畜牧兽医学报》北大核心 2025年第4期1712-1721,共10页; 基金国家自然科学基金(32472963)。; 文摘旨在研究高温应激对湖羊卵巢颗粒细胞中m^(6)A甲基化修饰的影响,为揭示高温应激下m^(6)A甲基化修饰对湖羊卵巢颗粒细胞发育和功能的调控机制奠定基础。本研究采集2岁龄左右湖羊母羊新鲜卵巢,收集卵巢表面3~5 mm卵泡中的颗粒细胞,随机分为2组,对照组(37℃)和高温应激组(42℃,每天2 h,连续3 d)。通过甲基化RNA免疫共沉淀测序(MeRIP-seq)鉴定m^(6)A峰,获得基因表达数据并进行分析。MeRIP-seq在对照组和高温应激组共有135个具有显著差异的m^(6)A峰,映射到130个差异甲基化基因,主要富集到PI3K-Akt信号通路、谷胱甘肽代谢和Wnt信号通路等。RNA-seq鉴定出359个显著差异表达基因,主要富集在类固醇合成、胆固醇生物合成等信号通路。MeRIP-seq和RNA-seq数据联合分析结果显示,DTX3L、MAGEF1、MAN1C1、CCDC77、RAD51共计5个基因m^(6)A修饰和基因表达水平同时存在显著差异,主要富集在Notch信号通路等。本研究结果表明,高温应激会改变湖羊卵巢颗粒细胞mRNA中m^(6)A修饰水平,最终可能影响细胞增殖、凋亡、雌激素合成等相关通路,为进一步探究m^(6)A修饰在高温应激下的具体作用机制提供了理论基础。; 关键词高温应激卵巢颗粒细胞湖羊 m^(6)A甲基化修饰 merip-seq; Keywords heat stress ovarian granulosa cells Hu sheep m^(6)A methylation modification merip-seq; 分类号 S826.3 [农业科学—畜牧学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名续苓健骨方调节骨组织m^(6)A甲基化机制研究: 3; 作者屈丽谢丽华叶云金葛继荣; 机构福建中医药大学福建省中医药科学院基础研究所福建省中西医结合防治骨质疏松重点实验室(福建省中医药科学院; 出处《中国骨质疏松杂志》北大核心 2025年第1期1-7,43,共8页; 基金国家自然科学基金项目(82374483) 福建省科技厅省属公益类科研院所基本科研专项(2022R1003002,2023R1003004) +1 种基金福建中医药大学中医骨伤科学学科开放课题资助(XGS2023001)。; 文摘目的利用表观转录组学微阵列芯片技术检测续苓健骨方对绝经后骨质疏松症模型大鼠中骨组织mRNA的m^(6)A甲基化修饰和基因表达的变化。方法雌性SPF大鼠随机分为模型组、续苓健骨方组,采用去卵巢法构建绝经后骨质疏松症模型。治疗组以续苓健骨方药液进行灌胃给药,模型组给予等量生理盐水,运用MeRIP-qPCR和表观转录组学微阵列芯片技术,检测2组大鼠骨组织中mRNA的m^(6)A甲基化和表达水平变化,并对这些mRNA进行GO和KEGG分析,基于检测结果选取6个差异甲基化基因进行验证。结果与对照组相比,续苓组中差异表达的mRNA共有4479个,其中2298个上调,1497个下调;1215个基因m^(6)A甲基化修饰水平显著变化,其中592个高甲基化,623个低甲基化;联合分析发现,825个基因同时发生mRNA表达和m^(6)A修饰变化,433个m^(6)A高甲基化且mRNA表达上调,392个m^(6)A低甲基化且mRNA表达下调;GO和KEGG分析显示,m^(6)A高甲基化且表达上调的基因参与骨髓细胞分化、线粒体中释放细胞色素C、红细胞分化等过程;m^(6)A低甲基化且表达下调的基因参与甘油三酯分解代谢过程的调节、PPAR、磷脂酰肌醇、甲状腺激素、胆固醇代谢等信号通路;MeRIP-qPCR验证显示续苓组中Ggt1、Hps4、H1fx、Selp、Hras的相对m^(6)A甲基化水平高于对照组。结论续苓健骨方对绝经后骨质疏松模型大鼠骨组织中m^(6)A甲基化修饰影响显著,其中Ggt1、Hps4、H1fx、Selp、Hras等基因的m^(6)A甲基化修饰变化可能是其治疗绝经后骨质疏松症的机制之一。; 关键词绝经后骨质疏松症 m^(6)A甲基化修饰续苓健骨方甲基化RNA免疫共沉淀; Keywords postmenopausal osteoporosis m^(6)A methylation modification Xuling strong-bone formula merip; 分类号 R589.5 [医药卫生—内分泌] R-332 [医药卫生] R285.5 [医药卫生—中药学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名MeCP2诱导的视网膜色素上皮细胞转录组和m6A的改变: 4; 作者张咏雅李晓华赵雪茹李雪; 机构郑州大学人民医院眼科、河南省人民医院眼科、河南省立眼科医院、河南省眼科与视觉科学重点实验室、河南省医学科学院眼科研究所; 出处《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期408-416,共9页; 基金国家自然科学基金面上项目(81770952)。; 文摘目的探讨重组人甲基CpG结合蛋白2(MeCP2)处理的视网膜色素上皮(RPE)细胞中mRNA和N6-甲基腺嘌呤(m6A)改变及其机制。方法将传代ARPE-19细胞贴壁培养后分为正常对照组和MeCP2组,正常对照组细胞采用正常培养液培养,MeCP2组细胞于含终质量浓度20 ng/ml重组人MeCP2蛋白培养液中,连续培养72 h。提取细胞内总RNA进行转录组测序(RNA-seq)和甲基化免疫共沉淀测序(MeRIP-seq)分析。采用edgeR软件包根据P<0.05筛选差异表达基因(DEGs)和差异甲基化基因(DMGs)。采用基因本体论(GO)富集分析对差异基因进行生物学功能描述,采用京都基因和基因组百科全书(KEGG)进行通路富集分析。筛选出DEGs与DMGs交集的基因,采用实时荧光定量PCR技术检测各组差异基因mRNA表达水平。结果共筛选出DEGs 100个,DMGs 7441个,富集分析发现DEGs与细胞外基质(ECM)-受体相互作用、细胞分裂、细胞周期和磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路等相关,DMGs与微管细胞骨架、血管生成、表皮生长因子受体(ErbB)信号通路、晚期糖基化终末产物(AGEs)-糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路、Notch信号通路和转化生长因子β(TGF-β)信号通路等相关。DEGs中24个基因表达增加,76个基因表达减少;DMGs中5个基因含有高甲基化峰,7439个基因含有低甲基化峰,注释峰后,正常对照组有7626个基因发生m6A甲基化,MeCP2组有8006个基因发生m6A甲基化,2个组间有7360个交集基因。正常对照组和MeCP2组的m6A甲基化富集于转录本的CDS、内含子和3'-非翻译区(3'UTR)区域,其甲基化比例分别为23.62%/22.27%、48.53%/48.35%和23.66%/25.28%。联合分析发现2个上皮-间充质转化(EMT)相关基因CSPG 5和RBP1的mRNA和m6A水平均降低。荧光定量PCR结果显示,MeCP2组GSPG5、RBP1、ZNF484 mRNA相对表达量均明显低于正常对照组,差异均有统计学意义(t=7.885、7.613、7.345,均P<0.01)。结论RPE细胞中MeCP2对EMT的调控机制与m6A甲基化修饰相关。CSPG 5和RBP 1基因可能是m6A甲基化的靶基因,参与MeCP2调控的EMT过程。; 关键词增生性玻璃体视网膜病变视网膜色素上皮细胞 MECP2 m6A merip-seq 上皮-间充质转化; Keywords Proliferative vitreoretinopathy Retinal pigment epithelial cells MeCP2 m6A merip-seq Epithelial-mesenchymal transition; 分类号 R774.1 [医药卫生—眼科]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名高通量RNA甲基化测序数据处理与分析研究进展被引量：2: 5; 作者刘恋张绍武孟佳陈润生; 机构西北工业大学自动化学院西交利物浦大学生物科学系中国科学院生物物理研究所; 出处《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2015年第10期891-899,共9页; 基金国家自然科学基金资助项目(91430111 61473232 +1 种基金 61401370 61170134)~~; 文摘随着高通量测序技术快速发展,Me RIP-seq(methylated RNA immunoprecipitation sequencing)测序技术开启了RNA表观遗传学研究新局面,能够在全基因组范围内描述RNA甲基化.从Me RIP-seq高通量数据中挖掘RNA甲基化模式,有助于揭示m RNA甲基化在调控基因表达、剪切等方面所发挥的潜在功能,有效指导癌症的干预治疗.本文从Me RIP-seq测序原理出发,较全面地综述Me RIP-seq数据处理和分析方法研究现状,并对其所面临的计算问题进行讨论和展望.; 关键词 ME RIP-seq测序数据处理与分析 RNA甲基化表观遗传; Keywords merip-seq sequencing data processing and analysis RNA methylation epigenetics; 分类号 Q5 [生物学—生物化学] Q6 [生物学—生物物理学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	MeRIP-qPCR技术检测RNA m^(6)A甲基化修饰对t(8;21)AML细胞中KDM4B基因表达的调控作用	李雨晴邵杨柳李梦月王莉莉高晓宁	《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心	2024	0	在线阅读下载PDF 职称材料
2	高温应激下湖羊卵巢颗粒细胞m^(6)A甲基化修饰差异研究	李笑微田微刘媛李惠侠	《畜牧兽医学报》北大核心	2025	1	在线阅读下载PDF 职称材料
3	续苓健骨方调节骨组织m^(6)A甲基化机制研究	屈丽谢丽华叶云金葛继荣	《中国骨质疏松杂志》北大核心	2025	0	在线阅读下载PDF 职称材料
4	MeCP2诱导的视网膜色素上皮细胞转录组和m6A的改变	张咏雅李晓华赵雪茹李雪	《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心	2024	0	在线阅读下载PDF 职称材料
5	高通量RNA甲基化测序数据处理与分析研究进展	刘恋张绍武孟佳陈润生	《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2015	2	在线阅读下载PDF 职称材料