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稀有细菌Leifsonia flava基因组信息挖掘及代谢物抗菌活性研究
1
作者
郭家辰
章朦玥
《沈阳药科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第5期443-448,共6页
目的利用全基因组测序技术构建稀有细菌Leifsonia flava SYP-B2174~T的基因组草图,解析其基因特性,挖掘次级代谢产物基因的资源。方法以Illumina HiSeq PE150测序平台对菌株SYP-B2174~T进行全基因组测序,使用生物信息软件对测序数据进...
目的利用全基因组测序技术构建稀有细菌Leifsonia flava SYP-B2174~T的基因组草图,解析其基因特性,挖掘次级代谢产物基因的资源。方法以Illumina HiSeq PE150测序平台对菌株SYP-B2174~T进行全基因组测序,使用生物信息软件对测序数据进行基因组组装、基因预测与注释。使用琼脂扩散法对菌株的代谢产物进行抗菌活性测定。结果菌株SYP-B2174~T基因组测序得到16个contig,总长为3 782 833 bp,G+C含量为68.6 mol%,注释到3 543个基因,包含3 455个蛋白,46个tRNA,3个其他RNA,35个假定蛋白,GenBank登录号为SPQZ00000000。预测得到聚酮类、非核糖体多肽样合酶和萜类化合物的生物合成基因簇,与现有基因簇相似度≤21%。拮抗实验结果表明菌株SYP-B2174~T的代谢产物对6种人类致病菌的生长有抑制作用。结论 Leifsonia flava中具有众多次级代谢产物的合成基因簇且与已知基因簇相似度低,并且代谢物具有抗菌活性,可为今后开展活性化合物分类鉴定、基因改造、合成生物学的研究奠定基础。
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关键词
leifsonia
flava
全基因组测序
基因注释
抗菌活性
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职称材料
甘蔗宿根矮化病菌PCR检测体系的优化与应用
2
作者
李文凤
卢文洁
+3 位作者
黄应昆
王明强
王晓燕
罗志明
《云南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第5期598-601,共4页
为建立能快速灵敏检测甘蔗宿根矮化病(ratoon stuning disease,RSD)的PCR检测方法。本文通过改进模板DNA的制备方法,在PCR基本程序的基础上,以甘蔗宿根矮化病菌(Leifsonia xyli subsp.xyli,Lxx)16S-23SrDNA基因间隔区特异性引物,调整PC...
为建立能快速灵敏检测甘蔗宿根矮化病(ratoon stuning disease,RSD)的PCR检测方法。本文通过改进模板DNA的制备方法,在PCR基本程序的基础上,以甘蔗宿根矮化病菌(Leifsonia xyli subsp.xyli,Lxx)16S-23SrDNA基因间隔区特异性引物,调整PCR扩增反应体系各组分的浓度、反应的退火温度、循环参数等主要因子,优化PCR反应体系。此检测体系能从感染RSD的样品中扩增出大小为438 bp的特异性片段,而阴性对照和未感染样品则未扩增出任何片断;未优化仅从稀释30倍的蔗汁总DNA中扩增出RSD的特异性片段,优化后可以从稀释3 000倍的蔗汁总DNA中扩增出RSD的特异性片段。对31份田间采集样品检测,未优化的阳性检出率为32.26%;优化后阳性检出率74.19%,与I-ELISA检测结果一致。应用此检测方法可稳定、快速地检测出蔗株是否感染RSD,且检测效率高,适合于田间大批量样品快速检测。
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关键词
甘蔗宿根矮化病菌
PCR检测
16S-23SrDNA
间接酶联免疫吸附法
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职称材料
我国华南蔗区甘蔗宿根矮化病的PCR分子检测
被引量:
1
3
作者
尉耀升
许珲镁
+4 位作者
呼忠婷
刘婷
刘玮婷
高三基
傅华英
《中国糖料》
2023年第2期61-67,共7页
宿根矮化病Ratoon stunting diseases(RSD)是由木质部限制性赖氏细菌木质部变种Leifsonia xyli subsp.xyli(Lxx)引起的一种主要甘蔗细菌性病害之一,在世界各甘蔗产区普遍发生。为明确我国主要蔗区RSD发生率和收获方式对RSD发生率的影响...
宿根矮化病Ratoon stunting diseases(RSD)是由木质部限制性赖氏细菌木质部变种Leifsonia xyli subsp.xyli(Lxx)引起的一种主要甘蔗细菌性病害之一,在世界各甘蔗产区普遍发生。为明确我国主要蔗区RSD发生率和收获方式对RSD发生率的影响,本文从广东和福建的罹病甘蔗蔗茎样品成功分离获得病原细菌,基于细菌16S核糖体和16-23S核糖体间隔序列(ITS)证实为Lxx。随后,从广西、广东和福建主要蔗区采集甘蔗品种蔗茎样品1446份,以靶标16-23S核糖体ITS区域的Lxx-F/Lxx-R为检测引物,开展RSD分子检测。结果表明,福建蔗区RSD检出率较低,为0~9.4%,广西、广东蔗区RSD检出率分别为20.4~85.2%和82.1%,尤其是广西龙州县和广东遂溪县蔗区,RSD检出率高达80%以上。在机械收获和人工砍刀收获方式下的宿根蔗蔗茎样品RSD检出率没有显著差异。本研究结果为我国蔗区RSD的科学防控提供依据。
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关键词
甘蔗
宿根矮化病
木质部限制性赖氏细菌木质部变种
PCR检测
检出率
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职称材料
微电强化赖氏菌去除铀的机理研究
4
作者
彭雷
谭文发
+3 位作者
寸金芝
彭科
吴寒
庞超
《南华大学学报(自然科学版)》
2023年第4期41-50,共10页
采用直流电强化赖氏菌的方式去除水溶液中的铀。通过对比实验组与对照组前后溶液中铀的含量,结合现代检测技术深入探究直流电场对赖氏菌吸附铀的机理。实验结果表明,赖氏菌最佳吸附pH为6,去除率可达99.8%,最大吸附量为49.9 mg/g,较对照...
采用直流电强化赖氏菌的方式去除水溶液中的铀。通过对比实验组与对照组前后溶液中铀的含量,结合现代检测技术深入探究直流电场对赖氏菌吸附铀的机理。实验结果表明,赖氏菌最佳吸附pH为6,去除率可达99.8%,最大吸附量为49.9 mg/g,较对照组去除率提高18.49%。准二级动力学更适用于拟合赖氏菌吸附铀的过程,以化学吸附为主。通过现代检测方式进行表征,数据分析结果表明,菌体细胞壁上的C=O、C—O—C、O—C/H、—COOH、—NH_(2)等官能基团是其吸附的主要官能团。
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关键词
微电
赖氏菌
铀酰离子
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职称材料
题名
稀有细菌Leifsonia flava基因组信息挖掘及代谢物抗菌活性研究
1
作者
郭家辰
章朦玥
机构
中国医科大学附属盛京医院检验科
沈阳药科大学生命科学与生物制药学院
出处
《沈阳药科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第5期443-448,共6页
基金
辽宁省教育厅高校基本科研项目(2017LQN17)
辽宁省自然科学基金资助项目(2019ZD0464)
辽宁省“兴辽英才计划”项目(XLYC1902072)。
文摘
目的利用全基因组测序技术构建稀有细菌Leifsonia flava SYP-B2174~T的基因组草图,解析其基因特性,挖掘次级代谢产物基因的资源。方法以Illumina HiSeq PE150测序平台对菌株SYP-B2174~T进行全基因组测序,使用生物信息软件对测序数据进行基因组组装、基因预测与注释。使用琼脂扩散法对菌株的代谢产物进行抗菌活性测定。结果菌株SYP-B2174~T基因组测序得到16个contig,总长为3 782 833 bp,G+C含量为68.6 mol%,注释到3 543个基因,包含3 455个蛋白,46个tRNA,3个其他RNA,35个假定蛋白,GenBank登录号为SPQZ00000000。预测得到聚酮类、非核糖体多肽样合酶和萜类化合物的生物合成基因簇,与现有基因簇相似度≤21%。拮抗实验结果表明菌株SYP-B2174~T的代谢产物对6种人类致病菌的生长有抑制作用。结论 Leifsonia flava中具有众多次级代谢产物的合成基因簇且与已知基因簇相似度低,并且代谢物具有抗菌活性,可为今后开展活性化合物分类鉴定、基因改造、合成生物学的研究奠定基础。
关键词
leifsonia
flava
全基因组测序
基因注释
抗菌活性
Keywords
leifsonia
flava
whole genome sequencing
sequence annotation
antibacterial activities
分类号
Q93 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
甘蔗宿根矮化病菌PCR检测体系的优化与应用
2
作者
李文凤
卢文洁
黄应昆
王明强
王晓燕
罗志明
机构
云南省农业科学院甘蔗研究所云南省甘蔗遗传改良重点实验室
出处
《云南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第5期598-601,共4页
基金
现代农业产业技术体系建设专项资金(CARS-20-2-2)
公益性行业(农业)科研专项资金(ny-hyzx07-019)
云南省人才培养项目(2008PY087)
文摘
为建立能快速灵敏检测甘蔗宿根矮化病(ratoon stuning disease,RSD)的PCR检测方法。本文通过改进模板DNA的制备方法,在PCR基本程序的基础上,以甘蔗宿根矮化病菌(Leifsonia xyli subsp.xyli,Lxx)16S-23SrDNA基因间隔区特异性引物,调整PCR扩增反应体系各组分的浓度、反应的退火温度、循环参数等主要因子,优化PCR反应体系。此检测体系能从感染RSD的样品中扩增出大小为438 bp的特异性片段,而阴性对照和未感染样品则未扩增出任何片断;未优化仅从稀释30倍的蔗汁总DNA中扩增出RSD的特异性片段,优化后可以从稀释3 000倍的蔗汁总DNA中扩增出RSD的特异性片段。对31份田间采集样品检测,未优化的阳性检出率为32.26%;优化后阳性检出率74.19%,与I-ELISA检测结果一致。应用此检测方法可稳定、快速地检测出蔗株是否感染RSD,且检测效率高,适合于田间大批量样品快速检测。
关键词
甘蔗宿根矮化病菌
PCR检测
16S-23SrDNA
间接酶联免疫吸附法
Keywords
leifsonia
xyli subsp.xyli
PCR detection
16S-23S rDNA
I-ELISA
分类号
S435.661 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
我国华南蔗区甘蔗宿根矮化病的PCR分子检测
被引量:
1
3
作者
尉耀升
许珲镁
呼忠婷
刘婷
刘玮婷
高三基
傅华英
机构
福建农林大学国家甘蔗工程技术研究中心
出处
《中国糖料》
2023年第2期61-67,共7页
基金
财政部和农业农村部国家现代农业产业技术体系(糖料)建设专项(CARS-170302)资助。
文摘
宿根矮化病Ratoon stunting diseases(RSD)是由木质部限制性赖氏细菌木质部变种Leifsonia xyli subsp.xyli(Lxx)引起的一种主要甘蔗细菌性病害之一,在世界各甘蔗产区普遍发生。为明确我国主要蔗区RSD发生率和收获方式对RSD发生率的影响,本文从广东和福建的罹病甘蔗蔗茎样品成功分离获得病原细菌,基于细菌16S核糖体和16-23S核糖体间隔序列(ITS)证实为Lxx。随后,从广西、广东和福建主要蔗区采集甘蔗品种蔗茎样品1446份,以靶标16-23S核糖体ITS区域的Lxx-F/Lxx-R为检测引物,开展RSD分子检测。结果表明,福建蔗区RSD检出率较低,为0~9.4%,广西、广东蔗区RSD检出率分别为20.4~85.2%和82.1%,尤其是广西龙州县和广东遂溪县蔗区,RSD检出率高达80%以上。在机械收获和人工砍刀收获方式下的宿根蔗蔗茎样品RSD检出率没有显著差异。本研究结果为我国蔗区RSD的科学防控提供依据。
关键词
甘蔗
宿根矮化病
木质部限制性赖氏细菌木质部变种
PCR检测
检出率
Keywords
sugarcane
ratoon stunting disease
leifsonia
xyli subsp.xyli
PCR detection
disease incidence
分类号
S566.1 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
微电强化赖氏菌去除铀的机理研究
4
作者
彭雷
谭文发
寸金芝
彭科
吴寒
庞超
机构
南华大学资源环境与安全工程学院
出处
《南华大学学报(自然科学版)》
2023年第4期41-50,共10页
基金
国家自然科学基金面上项目(12075113)
湖南省自然科学基金项目(022JJ30480)
湖南省教育厅科学研究重点项目(20A428)。
文摘
采用直流电强化赖氏菌的方式去除水溶液中的铀。通过对比实验组与对照组前后溶液中铀的含量,结合现代检测技术深入探究直流电场对赖氏菌吸附铀的机理。实验结果表明,赖氏菌最佳吸附pH为6,去除率可达99.8%,最大吸附量为49.9 mg/g,较对照组去除率提高18.49%。准二级动力学更适用于拟合赖氏菌吸附铀的过程,以化学吸附为主。通过现代检测方式进行表征,数据分析结果表明,菌体细胞壁上的C=O、C—O—C、O—C/H、—COOH、—NH_(2)等官能基团是其吸附的主要官能团。
关键词
微电
赖氏菌
铀酰离子
Keywords
micro current
leifsonia
sp.
Uranyl ion
分类号
X703 [环境科学与工程—环境工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
稀有细菌Leifsonia flava基因组信息挖掘及代谢物抗菌活性研究
郭家辰
章朦玥
《沈阳药科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
0
在线阅读
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职称材料
2
甘蔗宿根矮化病菌PCR检测体系的优化与应用
李文凤
卢文洁
黄应昆
王明强
王晓燕
罗志明
《云南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
我国华南蔗区甘蔗宿根矮化病的PCR分子检测
尉耀升
许珲镁
呼忠婷
刘婷
刘玮婷
高三基
傅华英
《中国糖料》
2023
1
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职称材料
4
微电强化赖氏菌去除铀的机理研究
彭雷
谭文发
寸金芝
彭科
吴寒
庞超
《南华大学学报(自然科学版)》
2023
0
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职称材料
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