基于GEO数据库分析水稻低温胁迫关键基因

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作者 阮先乐 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第3期61-66,共6页

为了筛选水稻在低温胁迫下的关键基因,从GEO数据库下载水稻4个数据集中的70个样本。利用在线分析程序GEO2R进行共同差异表达基因分析,并对这些差异表达基因进行GO、KEGG分析,构建蛋白质互作网络,对关键基因构建热图。结果表明,获得共同... 为了筛选水稻在低温胁迫下的关键基因,从GEO数据库下载水稻4个数据集中的70个样本。利用在线分析程序GEO2R进行共同差异表达基因分析,并对这些差异表达基因进行GO、KEGG分析,构建蛋白质互作网络,对关键基因构建热图。结果表明,获得共同差异表达基因51个,其中上调表达基因1个,下调表达基因50个。上述基因的GO分析结果表明,其细胞组成主要集中在细胞、细胞要素和细胞器上;在分子功能上,上述基因的功能主要集中在结合、催化活性上;在生物过程中,上述基因的功能主要集中在细胞过程、代谢过程和生物调控上。KEGG信号通路分析结果表明,上述基因主要参与植物激素信号转导等通路。在构建的共同差异表达基因的蛋白质网络中,有29个节点。另外,得到10个关键基因、2个关键子网络。研究结果为进一步研究水稻低温胁迫关键基因奠定了基础,也有利于水稻低温育种。 展开更多

关键词 水稻 GEO数据库 低温胁迫 共同差异表达基因 GO功能分析 kegg信号通路分析

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艾灸对慢性萎缩性胃炎大鼠外周血基因表达谱的影响 被引量：8

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作者 黄艳 吴凌翔 +9 位作者 马喆 顾沐恩 黄儒德 李璟 吴璐一 刘慧荣 马晓芃 张军峰 张建斌 吴焕淦 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2019年第8期1549-1562,共14页

目的探讨隔药饼灸对慢性萎缩性胃炎大鼠外周血基因表达谱的影响,为后续研究提供研究方向。方法将雄性Wistar大鼠随机分成正常组、模型组、隔药饼灸组、电针组和西药组,均采用MNNG诱导CAG大鼠模型,取穴中脘、气海,隔药饼灸每次每穴1壮,每... 目的探讨隔药饼灸对慢性萎缩性胃炎大鼠外周血基因表达谱的影响,为后续研究提供研究方向。方法将雄性Wistar大鼠随机分成正常组、模型组、隔药饼灸组、电针组和西药组,均采用MNNG诱导CAG大鼠模型,取穴中脘、气海,隔药饼灸每次每穴1壮,每日1次,共4周;电针频率100 Hz,强度1-3 mA,20 min,每日1次,共4周;西药采用叶酸悬浊液1.0 mL/100 g灌胃,每天1次,持续4周。采用Trizol法提取各组CAG大鼠的外周血总RNA,质控后建立文库,采用RNA-seq高通量测序,结合生物信息学的方法深入分析隔药饼灸逆转的差异表达基因。结果与正常组比较,CAG组大鼠外周血有1542个差异表达基因,涉及的通路主要有癌症、免疫疾病、能量代谢、消化系统、免疫系统通路。隔药饼灸干预CAG大鼠的外周血差异表达基因2956个,涉及的通路与分子相互作用、信号转导、癌症、免疫疾病、氨基酸代谢、能量代谢、脂质代谢、维生素代谢、核苷酸代谢、消化系统、免疫系统、神经内分泌系统等相关;电针干预CAG外周血的差异表达基因3136个,涉及的通路与癌症、免疫疾病、氨基酸代谢、能量代谢、脂质代谢、维生素代谢、核苷酸代谢、消化系统、免疫系统、神经内分泌系统等相关;西药干预CAG外周血差异表达基因1308个,涉及的通路与蛋白翻译、信号转导、癌症、免疫系统、消化系统等相关。经RT-qPCR验证,各组外周血Foxo3、Uba52、S100a1、Nod2的结果和RNA-seq测序结果一致。结论隔药饼灸、电针和西药干预CAG的外周血差异表达基因的数量不同,西药较针灸改变CAG的差异基因数目少。3种干预方法均能影响CAG大鼠外周血免疫相关、肿瘤相关的基因表达谱,隔药饼灸和电针干预的差异基因还涉及能量、氨基酸、脂质、维生素代谢。 展开更多

关键词 针灸疗法 慢性萎缩性胃炎 隔物灸 基因表达谱 kegg信号通路

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系统性红斑狼疮患者中miR-410表达及其靶基因生物信息学分析 被引量：5

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作者 张济 欧大明 +2 位作者 黄丽芳 欧阳琳 邹礼衡 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期884-888,共5页

目的:检测miR-410在系统性红斑狼疮患者(SLE)中的表达水平,运用生物信息学方法研究miR-410及其靶基因在SLE发生发展过程中的作用。方法:定量检测miR-410在SLE患者外周血单个核细胞中的表达水平,并通过miR-410序列分析,靶基因预测和Genec... 目的:检测miR-410在系统性红斑狼疮患者(SLE)中的表达水平,运用生物信息学方法研究miR-410及其靶基因在SLE发生发展过程中的作用。方法:定量检测miR-410在SLE患者外周血单个核细胞中的表达水平,并通过miR-410序列分析,靶基因预测和Genecards数据库分析,进一步对其靶基因进行GO富集和KEGG Pathway分析。结果:miR-410在SLE患者中表达显著降低,其核苷酸序列在多物种间呈高度保守性。受miR-410调控且与SLE疾病相关的潜在靶基因包括FASLG、CSF2、IFNAR2、MAPK1、PLCG2、IL4等。GO分析发现miR-410的靶基因参与细胞生长增殖、程序性死亡、细胞分化、免疫系统发育等多个生物过程。KEGG Pathway分析发现miR-410的靶基因显著富集在肿瘤途径信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用信号通路、胶质瘤信号通路、黑色素瘤信号通路、TGF-β和JAK-STAT信号通路等。结论:miR-410可能通过直接靶向作用其调控靶分子,影响SLE患者体内多条信号通路的网络调控,从而参与SLE疾病的发生和发展。 展开更多

关键词 miR-410 SLE 靶基因 GO富集 kegg信号通路

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基于复杂网络的中药半枝莲系统生物学信息挖掘方法 被引量：6

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作者 胡晨骏 何菊 +4 位作者 谢佳东 房裴裴 丁有伟 胡孔法 冒宇清 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2018年第9期1506-1514,共9页

目的:半枝莲在中医临床上被广泛运用,挖掘其系统生物学信息具有重要意义。方法:本文整合半枝莲天然化合物和基因组学数据,运用Herb-Prince复杂网络算法挖掘半枝莲潜在关联基因、基因族和KEGG信号通路,并通过文献进行验证。结果:筛选出... 目的:半枝莲在中医临床上被广泛运用,挖掘其系统生物学信息具有重要意义。方法:本文整合半枝莲天然化合物和基因组学数据,运用Herb-Prince复杂网络算法挖掘半枝莲潜在关联基因、基因族和KEGG信号通路,并通过文献进行验证。结果:筛选出与半枝莲关联系数较高的Top 100基因、4个基因族和Top 10 KEGG信号通路。结论:相关结果与半枝莲临床和药理研究高度一致,为科研人员从分子水平研究半枝莲药理活性提供决策支持。 展开更多

关键词 复杂网络 半枝莲 系统生物学 基因组学 kegg信号通路

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核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)诱导的桑树差异表达基因及功能分析 被引量：3

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作者 殷培峰 郑必平 +2 位作者 曾其伟 何宁佳 谈建中 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期898-904,共7页

桑椹菌核病是影响桑椹产量和品质的主要病害,核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)是一种新发现的疑似桑椹菌核病的病原真菌。以果桑品种大10为供试材料,利用数字基因表达谱技术,筛选核盘菌侵染相关的差异表达基因(DEGs)并分析其功能与代... 桑椹菌核病是影响桑椹产量和品质的主要病害,核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)是一种新发现的疑似桑椹菌核病的病原真菌。以果桑品种大10为供试材料,利用数字基因表达谱技术,筛选核盘菌侵染相关的差异表达基因(DEGs)并分析其功能与代谢途径。在感染和未感染核盘菌的桑树幼果样品之间检测到了显著差异表达基因1 226个(上调表达基因1 088个,下调表达基因138个),其中包含33类172个抗性相关基因,35类112个转录因子基因。生物信息学分析发现,显著差异表达基因显著富集于4个细胞组分(胞外区、细胞壁、外部封装结构、质外体)、6种分子功能(抗氧化活性、酶催化活性、酶调节活性、核酸结合转录因子活性、营养物质代谢、翻译调控活性等)和6个代谢通路(亚油酸代谢、半胱氨酸和蛋氨酸代谢、植物-病原互作、苯丙氨酸代谢、芳香族氨基酸生物合成、糖类次生代谢产物生物合成)。选取可能与桑树对核盘菌感染应答相关的Fbox等5个基因作为目的基因,进行实时荧光定量PCR检测验证,检测数据与RNA-seq表达谱的分析结果基本一致。研究结果为阐释桑树应答核盘菌侵染的分子机制积累了基础数据。 展开更多

关键词 桑树 桑椹菌核病 核盘菌 数字表达谱 基因差异表达 功能注释 kegg信号通路 实时荧光定量PCR

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乳铁蛋白对炎症性肠炎大鼠肠道微生态的正向调节作用 被引量：5

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作者 赵晓 徐境含 +4 位作者 崔东影 徐珒昭 刘洋 滕国新 许晓曦 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第13期136-142,共7页

本研究采用葡聚糖硫酸钠(dextran sulphate sodium,DSS)刺激以构建SD大鼠炎症性肠炎(inflammatory bowel disease,IBD)模型,通过高通量测序分析乳铁蛋白(lactoferrin,LF)对大鼠结肠粪便肠道菌群α-多样性、物种差异性分布、KEGG信号通... 本研究采用葡聚糖硫酸钠(dextran sulphate sodium,DSS)刺激以构建SD大鼠炎症性肠炎(inflammatory bowel disease,IBD)模型,通过高通量测序分析乳铁蛋白(lactoferrin,LF)对大鼠结肠粪便肠道菌群α-多样性、物种差异性分布、KEGG信号通路相关操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)丰度的影响。结果表明,LF有助于缓解DSS刺激所引起的α-多样性降低和优势菌群——厚壁菌门(Firmicutes)与拟杆菌门(Bacteroidetes)的比例失调;与DSS组相比,高剂量LF提高了患IBD大鼠乳杆菌科(Lactobacillaceae)(12%vs.40%)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)(17%vs.27%)等菌群的相对丰度,降低了拟杆菌科(Bacteroides)(28%vs.8%)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)(13%vs.6%)等菌群的相对丰度。KEGG信号通路OTU丰度分析表明,LF的摄入降低了患IBD大鼠菌群中与癌症、感染性疾病等人类疾病、免疫系统和细胞及遗传相关信号通路的OTU丰度,并降低了这些疾病的发生风险。综上,LF的摄入对患IBD大鼠结肠微生态具有正向调节作用,可使其肠道菌群的组成更接近于健康大鼠,且有降低其他伴随性疾病风险的可能。 展开更多

关键词 乳铁蛋白 肠道菌群 炎症性肠炎 SD大鼠 kegg信号通路

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靶向Wnt1的miRNA与circRNA及其靶基因间相互作用的生物信息学分析 被引量：6

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作者 张遥 任秀智 +4 位作者 王延宙 马翔 左清利 韩金祥 鲁艳芹 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第11期1094-1101,共8页

为对靶向Wnt1的7种mi RNAs进行circ RNAs及其靶基因的预测,同时分析其与circ RNAs及靶基因间的相互作用,分别采用Starbase及mi RWALK软件,对文献报道的靶向Wnt1基因的let-7e、mi R-21、mi R-34a、mi R-122、mi R-148a、mi R-148b与mi R-... 为对靶向Wnt1的7种mi RNAs进行circ RNAs及其靶基因的预测,同时分析其与circ RNAs及靶基因间的相互作用,分别采用Starbase及mi RWALK软件,对文献报道的靶向Wnt1基因的let-7e、mi R-21、mi R-34a、mi R-122、mi R-148a、mi R-148b与mi R-152等7种mi RNAs的circ RNAs和对应的靶基因进行生物信息学预测.利用Cytoscape 3.2.1对这7种mi RNAs和预测所得到的circ RNAs及对应的靶基因进行网络分析.并进一步对预测到的靶基因通过DAVID软件进行通路分析.Starbase软件对这7种不同mi RNAs所预测的靶circ RNAs的数量分别为58、15、41、20、28、28、28个.分别比较mi RWALK中7～9个以上软件共有的mi RNAs及其与靶基因的关系,发现CHD7基因是唯一一个在三种不同预测范围内与mi R-21、mi R-148a、mi R-148b和mi R-152等4种mi RNAs相对应的靶基因.CNOT6、NBEA、ZFYVE26与ZDHHC17是在两种不同预测范围内与至少4个mi RNAs相对应的靶基因.在7种mi RNAs所预测靶基因相关的KEGG信号通路中,7～9个软件以上共有的信号通路为Focal adhesion信号通路、MAPK信号通路、Notch信号通路与TGF-beta信号通路.在MAPK信号通路中DUSP1与MRPS35_hsa_circ_001042均分别是与mi R-21、mi R-148a、mi R-148b及mi R-152等4种mi RNAs相互作用的靶基因与circ RNA.本研究对靶向Wnt1的mi RNAs及其相互作用的circ RNAs、靶基因与信号通路等进行了网络分析与预测,为进一步分析它们之间的相互作用奠定了基础. 展开更多

关键词 WNT1 MI RNA circ RNA 相互作用 kegg信号通路

全文增补中

基于网络药理学分析白头翁汤治疗猪腹泻的作用机制 被引量：12

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作者 白东东 李新圃 +3 位作者 杨峰 罗金印 王旭荣 李宏胜 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2018年第10期2866-2875,共10页

试验利用网络药理学研究方法尝试揭示白头翁汤治疗猪腹泻的活性成分、作用靶点及其基因功能、信号通路的机制。首先在中药系统药理学分析数据库中检索白头翁汤的所有化学成分、作用靶点,进而利用STRING、DAVID、NCBI数据库,Cytoscape软... 试验利用网络药理学研究方法尝试揭示白头翁汤治疗猪腹泻的活性成分、作用靶点及其基因功能、信号通路的机制。首先在中药系统药理学分析数据库中检索白头翁汤的所有化学成分、作用靶点,进而利用STRING、DAVID、NCBI数据库,Cytoscape软件构建化合物—靶点网络、蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络、靶点—通路网络,研究白头翁汤治疗猪腹泻的作用机制。通过化合物的口服利用度和类药性筛选得出白头翁汤11个活性化合物,化合物—靶点网络结果显示,11个活性化合物含有63个相应靶点;白头翁汤作用于猪腹泻的PPI网络图包含45个靶点,主要靶点是雌激素受体1(estrogen receptor,ESR1)、CREB结合蛋白(CREB binding protein,CREBBP)、丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1)、雄激素受体(androgen receptor,AR)等,与猪腹泻靶点基因直接相关的靶点是拓扑异构酶Ⅱβ(DNA topoisomeraseⅡ,TOP2B)、ESR1、ESR2、糖皮质激素受体(glucocorticoid receptor,NR3C1)、AR和细胞核受体共激活剂2(nuclear receptor coactivator 2,NCOA2);白头翁汤—猪腹泻PPI网络图关键靶点GO富集条目为5个,其中生物过程、分子功能、细胞组成相关的条目分别有3、1、1个;白头翁汤作用于猪腹泻PPI网络图KEGG信号通路有1条。白头翁汤可能主要通过金鱼草素、掌叶防己碱、8-异戊烯基二氢茆酚-7-葡糖苷、延胡索乙素、足叶草脂素、黄麻苷和8-羟基松脂醇等调控TOP2B、ESR1、ESR2、NR3C1、AR和NCOA2等靶点,基因功能富集于磷脂酶C激活G蛋白偶联受体信号通路、腺苷酸环化酶激活肾上腺素能受体信号通路、DNA模板转录、类固醇结合、细胞膜的组成部分,以及通过KEGG信号通路中神经活性的配体—受体相互作用信号通路来治疗猪腹泻。 展开更多

关键词 白头翁汤 猪腹泻 蛋白质-蛋白质互作网络(PPI) GO富集分析 kegg信号通路

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猪瘟活疫苗(兔源)免疫猪体后血液转录组学变化初探 被引量：1

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作者 包松英 庄许诺 +1 位作者 江兴华 王全溪 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2022年第2期48-55,共8页

为了研究猪瘟活疫苗(兔源)免疫猪体后的免疫应答,本试验选择未免疫猪瘟疫苗且猪瘟抗原抗体阴性的4周龄小猪10头,随机分成2个组别,分别免疫猪瘟活疫苗(兔源)、健康家兔脾淋组织(组织对照),采集免疫后3 d的前腔静脉血液样本,利用RNA-Seq... 为了研究猪瘟活疫苗(兔源)免疫猪体后的免疫应答,本试验选择未免疫猪瘟疫苗且猪瘟抗原抗体阴性的4周龄小猪10头,随机分成2个组别,分别免疫猪瘟活疫苗(兔源)、健康家兔脾淋组织(组织对照),采集免疫后3 d的前腔静脉血液样本,利用RNA-Seq技术进行转录组测序分析,并采用荧光定量PCR(RT-qPCR)方法验证。结果表明:猪瘟活疫苗(兔源)免疫组与脾淋组织对照组相比,外周血中差异表达基因有317个(P<0.05),其中上调表达的基因数量为221个,下调表达的有96个;差异基因GO功能富集分析显示,与生物过程相关的有483个,细胞组分相关的98个,分子功能相关的有87个,其中显著差异转录的mRNA主要参与对病毒的防御反应(defense response to virus)、病毒过程(viral process)等生物过程;KEGG信号通路富集分析表明,涉及的通路数量有215个,与免疫和抗炎相关的有甲型流感(Influenza A)、EB病毒感染(Epstein-Barr virus infection)、RIG-I样受体(RIG-I-like receptor signaling pathway)、TNF信号通路(TNF signaling pathway)、NOD-like受体信号通路(NOD-like receptor signaling pathway)等,其中CXCL10、RSAD2、OAS1、OAS2、MX1、ISG15等基因上调表达;随机筛选了CXCL10、NOS3、CD86、NOD14个差异表达基因进行RT-qPCR验证,结果显示RT-qPCR和测序结果间的差异表达基因趋势基本一致,说明猪瘟活疫苗(兔源)免疫3 d可刺激猪体先天性免疫应答。 展开更多

关键词 猪瘟活疫苗(兔源) RNA-SEQ 血液 GO功能富集分析 kegg信号通路分析

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基于网络药理学分析白头翁治疗奶牛乳腺炎的作用机制 被引量：1

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作者 李雄婕 严作廷 曹随忠 《中兽医医药杂志》 CAS 2023年第5期51-56,共6页

利用网络药理学研究方法探究白头翁治疗奶牛乳腺炎的活性成分、作用靶点及其基因功能、信号通路的机制。检索白头翁的所有化学成分及作用靶点,构建药物-疾病-靶点网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图、靶点-通路气泡图,综合数据... 利用网络药理学研究方法探究白头翁治疗奶牛乳腺炎的活性成分、作用靶点及其基因功能、信号通路的机制。检索白头翁的所有化学成分及作用靶点,构建药物-疾病-靶点网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图、靶点-通路气泡图,综合数据信息分析得出白头翁治疗奶牛乳腺炎的作用机制。结合数据结果推测,白头翁中以异鼠李素为主的各活性成分通过影响表皮生长因子受体(EGFR)、肝X受体(LXRs)、雌激素受体1(ESR1)、Toll样受体等关键基因靶点,对促分裂原活化蛋白激酶(MARK)信号通络、蛋白酪氨酸激酶(JAK)-转录活化因子(STAT)信号通路、磷酯酰肌醇-3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)、核因子κB(NF-κB)信号轴等通路及T细胞膜糖蛋白分子CD4、细胞色素P450、一氧化氮合酶NOS2等基因进行靶点调控,从而发挥降低炎症反应、调节乳腺上皮细胞生长的作用,达到对乳腺炎的治疗效果。通过网络药理学研究方法探索白头翁活性成分、药物和疾病影响靶标及其映射关系,分析药物治疗疾病的影响通路,为奶牛乳腺炎的治疗提供参考。 展开更多

关键词 白头翁 奶牛乳腺炎 蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图 kegg信号通路

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胃萎缩性炎症恶变过程中基因表达谱的变化 被引量：5

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作者 丁西平 毛玉娣 +2 位作者 汪朝靓 周欢 程前 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2019年第3期402-407,共6页

目的研究胃萎缩性炎恶变至胃癌过程中基因表达谱的变化。方法收集5例重度萎缩胃炎伴肠上皮化生组织和5例进展期胃癌组织进行基因芯片检测,筛选差异性表达的基因。通过生物信息学分析的方法对差异性表达的基因富集的生物过程、信号通路... 目的研究胃萎缩性炎恶变至胃癌过程中基因表达谱的变化。方法收集5例重度萎缩胃炎伴肠上皮化生组织和5例进展期胃癌组织进行基因芯片检测,筛选差异性表达的基因。通过生物信息学分析的方法对差异性表达的基因富集的生物过程、信号通路、基因编码蛋白之间相互关系进行分析。结果通过基因芯片检测,筛选出2 779个差异性表达的基因,并对变化最明显的前15个上调及前15个下调的基因进行总结,其中包括CPA2、HCAR3、BCL2A1、ITGAX等新发现的胃癌相关基因。此外,生物信息学分析显示了差异性表达基因所代表的生理意义,如炎症反应、细胞迁移、TNF信号通路、NF-kappa B信号通路、Toll样受体信号通路、趋化因子信号通路等。结论萎缩性胃炎恶变至胃癌过程中基因表达谱发生明显变化,并代表了相应的生理意义。 展开更多

关键词 炎症恶化 胃癌 萎缩性胃炎 基因表达谱 GO分析 kegg信号通路 PPI网络分析

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