KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)提供了一个操作平台,即以基因组信息(GENES)和化学物质信息(LIGAND)为构建模块,通过代谢网络(PATHWAY)将基因组和生物系统联系起来,然后根据功能等级进行归纳分类(BRITE)。KEGG还为各种...KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)提供了一个操作平台,即以基因组信息(GENES)和化学物质信息(LIGAND)为构建模块,通过代谢网络(PATHWAY)将基因组和生物系统联系起来,然后根据功能等级进行归纳分类(BRITE)。KEGG还为各种组学研究提供相关软件,用于代谢途径重建、遗传分析和化合物比对。作为一个综合数据库,KEGG不仅指导生物燃料、药物和新材料等生物基化学品的合成,而且致力于研究日趋严重的环境问题。系统介绍了KEGG数据库的结构、功能及其相关工具的最新进展,并展望在生物合成中的应用前景。展开更多
为便于大规模代谢网络的计算,发展了一款方便实用的工具:MetaGen,对Kyoto Encyclopedia of Genesand Genomes(KEGG)中物种特异的各层次代谢系统进行建模,生成的代谢网络以酶图和通路图的方式表示.利用该工具,对人类代谢系统的bow-tie结...为便于大规模代谢网络的计算,发展了一款方便实用的工具:MetaGen,对Kyoto Encyclopedia of Genesand Genomes(KEGG)中物种特异的各层次代谢系统进行建模,生成的代谢网络以酶图和通路图的方式表示.利用该工具,对人类代谢系统的bow-tie结构进行了初步研究,并以此为例展示了该工具广阔的应用前景.MetaGen利用KEGGweb服务保证建模数据的可靠性,依靠本地关系数据库加速网络建模过程并提供更多的数据管理和利用方式,并结合高级JAVA技术提高代码的可扩展性.MetaGen完全开源,可直接从http://bnct.sourceforge.net/下载.展开更多
目的:基于One Health策略,了解滨海社区人体与多环境介质的菌群抗生素耐药基因、毒力基因及Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)通路的分布与关联特征,为深入探讨人与环境微生物的相互作用、机制及风险防范提供依据。方法:...目的:基于One Health策略,了解滨海社区人体与多环境介质的菌群抗生素耐药基因、毒力基因及Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)通路的分布与关联特征,为深入探讨人与环境微生物的相互作用、机制及风险防范提供依据。方法:无菌采集人体粪便、海滩和猪场土壤样本。通过鸟枪宏基因组学的方法在美吉生物进行二代测序,通过综合抗生素耐药性数据库、毒力因子数据库、KEGG数据库进行注释,通过线性判别分析效应量,KEGG通路富集的方法进行差异通路分析。利用Spearman检验进行非参数的相关分析。结果:人体与海滩、土壤的耐药基因种类多为多重耐药、四环素、大环内酯类抗生素、糖肽类、喹诺酮类,且丰度呈中强相关性(r=0.573-0.783,P<0.05),尤其是四环素和糖肽类;氨基糖苷类和多黏菌素耐药基因则无相关(P>0.05)。线性判别分析(Linear Discriminant Analysis, LDA)提示人体最常见的耐药机制为抗生素靶标改变、靶标保护、渗透性降低;海滩A为抗生素外排泵机制、猪场土壤主要为抗生素靶标替换(LDA>4)。御性毒力因子在人肠道微生物中更为明显,攻击毒力因子和非特异毒力因子在海滩B中更为明显(LDA>4)。人肠道菌与海滩关联较强的两类毒力基因为防御性、调节性毒力因子(r=0.727~0.840,P<0.05)。人体较海滩菌群的3条KEGG Orthology通路丰度更高为:磷酸转移酶系统、半乳糖、核糖体;人体较猪场土壤则只有1条磷酸转移酶系统更高。海滩和土壤菌群较高的通路分别为碳代谢、甲烷代谢、氨基酸、脂肪酸代谢等。大肠杆菌生物膜在人体上调的通路较多,而铜绿假单胞菌和霍乱弧菌生物膜在海滩环境上调更多。结论:四环素与糖肽类抗生素耐药丰度高且在人体与环境微生物的强关联,提示这两种抗生素耐药菌分布广泛,可能由于不合理使用相关抗生素所致。人与海滩环境菌群的两类毒力因子具有强相关性,海滩-人体菌群的KEGG差异较土壤-人体菌群的差异更大,需从One Health角度深入探讨滨海海滩与人、动物的互作,并加强风险防范。展开更多
分别选取3头1、60、120、180、240、300、360日龄(分别记为ND1、ND60、ND120、ND180、ND240、ND300、ND360)宁乡猪的背最长肌进行转录组测序分析,对9个比较组所筛选到的差异表达基因(DEGs)进行富集分析,并利用实时荧光定量PCR(qRT–PCR...分别选取3头1、60、120、180、240、300、360日龄(分别记为ND1、ND60、ND120、ND180、ND240、ND300、ND360)宁乡猪的背最长肌进行转录组测序分析,对9个比较组所筛选到的差异表达基因(DEGs)进行富集分析,并利用实时荧光定量PCR(qRT–PCR)验证DEGs水平。结果表明:ND60 vs ND1、ND120 vs ND60、ND180 vs ND120、ND240 vs ND180、ND300 vs ND240、ND360 vs ND300、ND180 vs ND1、ND360 vs ND180和ND360 vs ND1这9个比较组中分别鉴定出1982、245、131、311、26、84、2257、1377和2654个DEGs。GO分析结果表明,DEGs主要参与肌肉收缩、骨骼肌组织发育和钙离子结合过程;KEGG通路分析结果表明,DEGs主要富集于糖异生/糖酵解、PI3K–Akt、MAPK等信号通路;对DEGs进行qRT–PCR验证,qRT–PCR结果与测序结果一致;转录组测序和试验验证结果发现,THBS3在ND180 vs ND1和ND360 vs ND1比较组中均下调,THBS4分别在ND180 vs ND1和ND360 vs ND180中显著下调和上调,这表明THBS3和THBS4的表达方式与猪生长发育规律相反,推测它们可能负向调控骨骼肌的生长发育。展开更多
文摘KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)提供了一个操作平台,即以基因组信息(GENES)和化学物质信息(LIGAND)为构建模块,通过代谢网络(PATHWAY)将基因组和生物系统联系起来,然后根据功能等级进行归纳分类(BRITE)。KEGG还为各种组学研究提供相关软件,用于代谢途径重建、遗传分析和化合物比对。作为一个综合数据库,KEGG不仅指导生物燃料、药物和新材料等生物基化学品的合成,而且致力于研究日趋严重的环境问题。系统介绍了KEGG数据库的结构、功能及其相关工具的最新进展,并展望在生物合成中的应用前景。
基金supported by grants from The National NaturalScience Foundation of China (60773021, 60603054, 30621063,30800200)National Basic Research Program of China(2006CB910803,2006CB910706)+2 种基金Hi-Tech Research and Development Program of China(2006AA02A312)National S&T Major Project (2008ZX10002-016,2009ZX09301-002)State Key Laboratory of Proteomics(SKLP-Y200811)~~
文摘为便于大规模代谢网络的计算,发展了一款方便实用的工具:MetaGen,对Kyoto Encyclopedia of Genesand Genomes(KEGG)中物种特异的各层次代谢系统进行建模,生成的代谢网络以酶图和通路图的方式表示.利用该工具,对人类代谢系统的bow-tie结构进行了初步研究,并以此为例展示了该工具广阔的应用前景.MetaGen利用KEGGweb服务保证建模数据的可靠性,依靠本地关系数据库加速网络建模过程并提供更多的数据管理和利用方式,并结合高级JAVA技术提高代码的可扩展性.MetaGen完全开源,可直接从http://bnct.sourceforge.net/下载.
文摘分别选取3头1、60、120、180、240、300、360日龄(分别记为ND1、ND60、ND120、ND180、ND240、ND300、ND360)宁乡猪的背最长肌进行转录组测序分析,对9个比较组所筛选到的差异表达基因(DEGs)进行富集分析,并利用实时荧光定量PCR(qRT–PCR)验证DEGs水平。结果表明:ND60 vs ND1、ND120 vs ND60、ND180 vs ND120、ND240 vs ND180、ND300 vs ND240、ND360 vs ND300、ND180 vs ND1、ND360 vs ND180和ND360 vs ND1这9个比较组中分别鉴定出1982、245、131、311、26、84、2257、1377和2654个DEGs。GO分析结果表明,DEGs主要参与肌肉收缩、骨骼肌组织发育和钙离子结合过程;KEGG通路分析结果表明,DEGs主要富集于糖异生/糖酵解、PI3K–Akt、MAPK等信号通路;对DEGs进行qRT–PCR验证,qRT–PCR结果与测序结果一致;转录组测序和试验验证结果发现,THBS3在ND180 vs ND1和ND360 vs ND1比较组中均下调,THBS4分别在ND180 vs ND1和ND360 vs ND180中显著下调和上调,这表明THBS3和THBS4的表达方式与猪生长发育规律相反,推测它们可能负向调控骨骼肌的生长发育。
