黄瓜WIP转录因子家族基因的鉴定及表达分析

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作者 韩瑞月 刘晓林 +3 位作者 辛同旭 李森 杨学勇 孙进京 《中国蔬菜》 北大核心 2025年第2期44-55,共12页

WIP蛋白属于C2H2锌指蛋白的A1d亚组,目前研究发现CsWIP1在黄瓜中参与性别决定,但WIP基因在黄瓜生长发育过程中仍存在未知的功能。在黄瓜、甜瓜、西瓜、冬瓜、葫芦和美洲南瓜中鉴定出40个WIP基因家族成员。利用在线网站对葫芦科WIP蛋白... WIP蛋白属于C2H2锌指蛋白的A1d亚组,目前研究发现CsWIP1在黄瓜中参与性别决定,但WIP基因在黄瓜生长发育过程中仍存在未知的功能。在黄瓜、甜瓜、西瓜、冬瓜、葫芦和美洲南瓜中鉴定出40个WIP基因家族成员。利用在线网站对葫芦科WIP蛋白进行理化性质分析,通过生物信息学进行染色体定位、基因结构等分析。对黄瓜WIP基因的顺式元件进一步分析表明,WIP家族基因具有空间表达、植物激素、光响应元件等顺式作用元件。黄瓜不同组织的实时荧光定量PCR分析发现,CsaV3_1G014730和CsaV3_4G031370可能在黄瓜的顶芽发育中发挥重要作用;CsaV3_4G024150(CsWIP1)、CsaV3_3G039140、CsaV3_7G031140和CsaV3_5G023030则可能参与雌花、雄花、传输通道以及雄配子的生长发育,推测WIP基因可能在黄瓜传输通道发育、叶脉模式调控等过程中起着重要的作用。 展开更多

关键词 黄瓜 WIP基因家族 转录因子 生物信息学分析 组织表达模式

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和肝汤颗粒通过调控转录因子蛋白家族核因子κB信号途径改善功能性消化不良十二指肠微炎症 被引量：1

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作者 赵静怡 郑金粟 +2 位作者 王梓淞 陆梦馨 曹锐 《环球中医药》 CAS 2024年第12期2418-2425,共8页

目的探索和肝汤改善功能性消化不良(functional dyspepsia,FD)十二指肠微炎症的机制。方法8只6周龄大鼠随机分为正常组、模型组、和肝汤组,每组6只。模型组、和肝汤组大鼠以夹尾应激法建立FD模型,造模后和肝汤组予临床等效剂量和肝汤颗... 目的探索和肝汤改善功能性消化不良(functional dyspepsia,FD)十二指肠微炎症的机制。方法8只6周龄大鼠随机分为正常组、模型组、和肝汤组,每组6只。模型组、和肝汤组大鼠以夹尾应激法建立FD模型,造模后和肝汤组予临床等效剂量和肝汤颗粒剂灌胃,取大鼠胃、十二指肠行苏木精—伊红染色、甲苯胺蓝染色、嗜酸染色检测组织形态和炎症细胞聚集情况,实时荧光定量PCR、酶联免疫吸附法检测多种促炎、抗炎因子的表达水平,通过实时荧光定量PCR、蛋白免疫印记、免疫荧光检测转录因子蛋白家族核因子κB(nuclear factor kappa-B,NF-κB)P65的表达和激活水平。结果模型组较正常组其肥大细胞、嗜酸性粒细胞聚集更为显著(P<0.01),促炎因子和抗炎因子表达增多(P<0.01),NF-κB P65和p-P65在十二指肠的表达上调(P<0.01),和肝汤治疗后炎症因子含量和炎症细胞聚集减少(P<0.01),NF-κB P65和p-P65蛋白表达水平下调(P<0.05,P<0.01)。结论FD十二指肠微炎症状态下,NF-κB信号途径被部分激活,促炎—抗炎平衡被打破,而和肝汤治疗可下调NF-κB P65的表达和激活水平,恢复抗炎因子和促炎因子的平衡,这可能是和肝汤改善FD十二指肠微炎症的部分分子生物学机制。 展开更多

关键词 和肝汤 方和谦 功能性消化不良 炎症因子 转录因子蛋白家族核因子κB信号通路 十二指肠微炎症

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沙棘转录因子HrWRKY53基因分离及其参与抵御绕实蝇的作用分析

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作者 姚莹 曹金峰 +4 位作者 陆世曈 丁文彬 张一文 魏建荣 刘建凤 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第5期121-130,共10页

【目的】明确HrWRKY53基因的生物信息学及其参与沙棘抗绕实蝇功能,为解析沙棘等胡颓子科植物抗虫机制及分子育种奠定基础。【方法】基于绕实蝇危害前后沙棘果实转录组数据,挖掘HrWRKY基因家族成员中参与绕实蝇危害的关键差异表达基因HrW... 【目的】明确HrWRKY53基因的生物信息学及其参与沙棘抗绕实蝇功能,为解析沙棘等胡颓子科植物抗虫机制及分子育种奠定基础。【方法】基于绕实蝇危害前后沙棘果实转录组数据,挖掘HrWRKY基因家族成员中参与绕实蝇危害的关键差异表达基因HrWRKY53,进一步分析该基因的二级结构、亲疏水性及预测磷酸化位点等。利用BLASTP检索同源性高的其他物种蛋白序列进行比对并构建系统发育树;利用qRT-PCR检测该基因的组织表达特异性,绕实蝇危害前后以及脱落酸(Abscisic acid,ABA)、茉莉酸甲酯(Methyl jasmonate,MeJA)、乙烯(Ethylene,ETH)处理下的该基因表达模式;并进一步分析响应绕实蝇危害的茉莉酸(Jasmonic acid,JA)信号途径上关键基因HrJA2、HrLOX1、HrAOS和HrAOC的表达水平,分析其与HrWRKY53基因表达的相关性。【结果】基于沙棘转录组获得HrWRKY53的开放阅读框(Open reading frame,ORF)全长为1302 bp,编码433个氨基酸残基的蛋白,该基因含有2个WRKY保守结构域和1个C_(2)H_(2)型锌指结构,属于第Ⅰ类WRKY转录因子家族;二级结构预测其编码的蛋白主要由无规则卷曲构成,含有141个磷酸化位点,推测可能与磷酸化有密切的关系,亲疏水性预测表明该蛋白属于疏水性蛋白;系统发育树分析显示该蛋白与蔷薇科野草莓FvWRKY25同源性最高。qRT-PCR显示该基因具有明显的组织表达特异性,其在沙棘果实中的表达量最高;绕实蝇危害与机械损伤后该基因的表达量均显著上升,激素ABA、MeJA、ET处理后,基因的表达量也呈明显上升的趋势,其中MeJA诱导后,该基因的表达量上升最显著;另外,基于转录组数据及荧光定量数据对JA信号通路的关键差异表达基因分析发现,其通路上的HrJA2基因表达量提高最显著,且HrWRKY53与HrJA2基因表达量变化呈明显的正相关。【结论】沙棘HrWRKY53属于第Ⅰ类WRKY转录因子家族,且与蔷薇科草莓FvWRKY25同源性最高;同时该转录因子参与了沙棘抵御绕实蝇危害的应答过程。此外,沙棘受绕实蝇取食后诱导了HrJA2基因的表达进而促进JA合成,而JA又进一步诱导了HrWRKY53基因表达,最终提高了沙棘抗绕实蝇危害的能力。 展开更多

关键词 沙棘 绕实蝇 hrwrky转录因子家族 hrwrky53 激素处理

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Forkhead转录因子超家族成员——FOXL2 被引量：5

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作者 李武修 孙岩 《口腔医学研究》 CAS CSCD 2006年第2期208-210,共3页

关键词 转录因子家族 家族成员 FOXL2 胚胎发育过程 DNA结合域 免疫性疾病 D基因 调控作用 循环系统 免疫系统

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辣木转录因子家族初步鉴定与分析 被引量：1

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作者 田洋 董扬 +1 位作者 盛军 段胜常 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期450-461,共12页

转录因子在转录水平上激活或抑制基因的表达,在植物生长发育、维持正常生理活动和响应内外部刺激等方面具有重要作用。随着辣木基因组组装的完成,本研究通过生物信息学的方法,对辣木中转录因子家族进行鉴定与初步分析,结果共筛选到1 50... 转录因子在转录水平上激活或抑制基因的表达,在植物生长发育、维持正常生理活动和响应内外部刺激等方面具有重要作用。随着辣木基因组组装的完成,本研究通过生物信息学的方法,对辣木中转录因子家族进行鉴定与初步分析,结果共筛选到1 502个转录因子,分属86个家族。同时以拟南芥为参照,鉴定了43个受正选择作用的转录因子,这些正选择基因涉及植物生长发育的各个时期,与植物抗病、环境胁迫密切相关。对辣木HSF蛋白研究表明大部分蛋白的Hsf结构域相对保守,与拟南芥HSF家族蛋白构建系统发育树,发现辣木Hsf基因的分类与进化在一定程度上具有相关性。研究结果将为辣木的生长发育及环境胁迫应答机制提供分子基础。 展开更多

关键词 转录因子 辣木 正选择 热激转录因子家族(HSF)

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金针菇Zn_(2)Cys_(6)型锌指转录因子家族分析及其对蓝光的响应 被引量：4

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作者 赵琛 陶永新 +5 位作者 马新斌 杨环 刘媛媛 姚森 李建 谢宝贵 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2021年第6期1-10,共10页

利用已完成的金针菇(Flammulina filiformis)基因组数据,通过构建HMM模型、鉴定氨基酸序列保守结构域得到金针菇基因组中87个Zn_(2)Cys_(6)型锌指转录因子家族成员(命名为FfZCP01~FfZCP87)。通过分析锌簇结构域,将87个家族成员分为13个... 利用已完成的金针菇(Flammulina filiformis)基因组数据,通过构建HMM模型、鉴定氨基酸序列保守结构域得到金针菇基因组中87个Zn_(2)Cys_(6)型锌指转录因子家族成员(命名为FfZCP01~FfZCP87)。通过分析锌簇结构域,将87个家族成员分为13个类型(A~M),并且发现不同类型的家族成员虽然具有相似的基序模式,但氨基酸保守程度不同;进化水平分析显示A~D、F类型内的成员间亲缘关系较近。选取8个FfZCP家族主要类型的典型基因进行实时荧光定量PCR,结果发现FfZCP09、FfZCP28、FfZCP32、FfZCP60、FfZCP62基因在蓝光照射下表达量显著下调,推测其可能以负调控方式参与金针菇对蓝光照射的响应过程,结果为进一步揭示蓝光对金针菇的作用机制提供参考。 展开更多

关键词 金针菇 Zn_(2)Cys_(6) 转录因子家族 蓝光照射

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MTERF家族蛋白质的功能及其在恶性肿瘤发生发展中的作用研究进展

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作者 林亚茹(综述) 余敏 熊伟(审校) 《医学研究与战创伤救治》 北大核心 2025年第2期202-207,共6页

人线粒体转录终止因子(MTERFs)家族成员在调控线粒体功能中发挥重要作用,通过控制线粒体DNA(mtDNA)复制、转录和翻译,甚至参与线粒体核糖体亚基组装和蛋白质合成,影响线粒体代谢和细胞能量产生。先前研究表明,MTERF家族蛋白不仅参与了... 人线粒体转录终止因子(MTERFs)家族成员在调控线粒体功能中发挥重要作用,通过控制线粒体DNA(mtDNA)复制、转录和翻译,甚至参与线粒体核糖体亚基组装和蛋白质合成,影响线粒体代谢和细胞能量产生。先前研究表明,MTERF家族蛋白不仅参与了正常细胞的生理功能,还广泛参与人类恶性肿瘤的发生发展,与肿瘤细胞的增殖、迁移和侵袭等生物学行为有关,对肿瘤患者的预后评估和治疗具有重要意义。文章主要从MTERF家族各成员在肿瘤中的功能和作用机制方面进行综述。 展开更多

关键词 线粒体 线粒体转录终止因子 蛋白家族 恶性肿瘤 预后

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RUNX转录因子家族与心血管系统相关研究进展

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作者 汪铭煜 杨政 +1 位作者 樊迪 唐其柱 《广州医科大学学报》 2022年第1期142-146,共5页

RUNX转录因子家族在多个谱系中参与协调包括细胞增殖、分化、凋亡和细胞谱系演化在内的多种细胞发育过程。随着研究的不断深入,RUNX转录因子家族在心血管领域的作用越来越受到重视。该文就RUNX转录因子家族的结构学特征及其与心血管系... RUNX转录因子家族在多个谱系中参与协调包括细胞增殖、分化、凋亡和细胞谱系演化在内的多种细胞发育过程。随着研究的不断深入,RUNX转录因子家族在心血管领域的作用越来越受到重视。该文就RUNX转录因子家族的结构学特征及其与心血管系统的相关方面进行阐述。 展开更多

关键词 RUNX转录因子家族 心脏重构 血管钙化 微血管内皮细胞

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景宁木兰PIF转录因子的生物信息学分析及极端遮阴条件下的表达模式 被引量：2

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作者 陆丹迎 程少禹 +9 位作者 章颖佳 刘志高 金梦婷 董彬 张寿洲 彭豪 戴梦怡 王卓为 赵宏波 申亚梅 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期445-454,共10页

【目的】群落所造成的遮阴是导致景宁木兰Magnolia sinostellata濒危的重要因素之一。PIF家族转录因子在光信号传导和植物生长发育中起到重要作用。对PIF家族转录因子进行系统分析和研究,为探究其在景宁木兰光信号转导机制中的作用奠定... 【目的】群落所造成的遮阴是导致景宁木兰Magnolia sinostellata濒危的重要因素之一。PIF家族转录因子在光信号传导和植物生长发育中起到重要作用。对PIF家族转录因子进行系统分析和研究,为探究其在景宁木兰光信号转导机制中的作用奠定基础。【方法】从景宁木兰转录组数据中鉴定获得PIF家族转录因子并进行生物信息学分析,利用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)技术对其在极端遮阴条件下的表达模式进行分析。【结果】从景宁木兰转录组中共筛选出9个MsPIFs转录因子基因,其编码的蛋白质长度为188~735个氨基酸,蛋白质大小为20 314.56~78 957.02 Da,理论等电点范围为5.18~8.22。MsPIFs基因编码的蛋白质均为不稳定蛋白质,所有蛋白质均为亲水性蛋白质。亚细胞定位预测结果显示所有蛋白质均定位于细胞核。9个蛋白质均具有丝氨酸(Ser)、苏氨酸(Thr)和酪氨酸(Try)磷酸化位点。qRT-PCR结果表明:极端遮阴条件下,9个MsPIFs家族基因表达均发生不同程度的变化。其中,MsbHLH23的表达变化较其他基因更为明显,遮阴处理5和10 d时的表达量分别上调为对照的52.77与20.03倍。【结论】景宁木兰PIF转录因子家族均能响应遮阴,为后续对MsPIFs进行生物学功能鉴定奠定了基础。 展开更多

关键词 景宁木兰 极端遮阴 PIF转录因子家族 生物信息学分析 表达模式

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玉米干旱响应转录因子的研究进展 被引量：2

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作者 周洋洋 刘书伯 +4 位作者 于丰硕 刘桐羽 刘梦彤 关淑艳 马义勇 《山东农业科学》 北大核心 2021年第4期144-150,共7页

干旱严重威胁着玉米产量,是限制我国玉米生产发展的主要因素。转录因子(TF)在基因调控中起着重要作用,近年来,干旱转录因子家族功能及作用机制已成为研究热点。目前研究发现玉米转录因子家族共56种,包含MYB、WRKY、HD-ZIP和bHLH等在内... 干旱严重威胁着玉米产量,是限制我国玉米生产发展的主要因素。转录因子(TF)在基因调控中起着重要作用,近年来,干旱转录因子家族功能及作用机制已成为研究热点。目前研究发现玉米转录因子家族共56种,包含MYB、WRKY、HD-ZIP和bHLH等在内的15种转录因子家族与干旱胁迫响应过程有关。本文重点阐述了玉米干旱响应转录因子家族的种类与结构、生物学功能及作用机制,旨在为玉米干旱响应转录因子家族的研究及种质资源创新提供理论依据。 展开更多

关键词 玉米 干旱响应 转录因子家族

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甜菜M14品系盐胁迫转录组数据库的转录因子分析 被引量：8

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作者 端木慧子 陶鑫 +3 位作者 王建慧 韦恒 李海英 马春泉 《黑龙江大学工程学报》 2017年第4期48-54,共7页

土壤盐渍化是影响我国农业生产的重要因素之一。甜菜M14品系具有耐盐、抗旱等优良特性,是挖掘抗逆基因的良好材料。对课题组前期构建的甜菜M14品系盐胁迫下转录组数据库进行系统的分析,基于文献、植物转录因子数据库等信息对其中的转录... 土壤盐渍化是影响我国农业生产的重要因素之一。甜菜M14品系具有耐盐、抗旱等优良特性,是挖掘抗逆基因的良好材料。对课题组前期构建的甜菜M14品系盐胁迫下转录组数据库进行系统的分析,基于文献、植物转录因子数据库等信息对其中的转录因子进行筛选与鉴定,从而获得非生物胁迫应答相关的转录因子。进一步对筛选出的转录因子WRKY家族进行进化分析并构建其蛋白互作网络,采用实时荧光定量PCR技术进行盐胁迫下WRKY家族基因表达量的测定,分析WRKY家族转录因子盐胁迫的表达模式。结果证实,甜菜M14品系WRKY家族转录因子参与盐胁迫应答。该研究将为甜菜盐胁迫响应研究提供理论基础,为甜菜中转录因子研究提供数据支持,并为WRKY家族转录因子功能的进一步研究奠定基础。 展开更多

关键词 甜菜M14品系 转录组数据库 转录因子 WRKY家族 实时荧光定量PCR

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茭白热激转录因子基因的鉴定与分析

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作者 蔡溧聪 唐明佳 +3 位作者 徐进 齐振宇 范飞军 周艳虹 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期269-279,共11页

为探究热激转录因子(heat shock transcription factor,HSF)基因家族在茭白耐热性中的功能及潜在应用,本试验以‘龙茭2号’为材料,利用生物信息学手段,鉴定出28个茭白HSF蛋白并对其进行分析。理化性质分析表明,茭白HSF家族蛋白的理论等... 为探究热激转录因子(heat shock transcription factor,HSF)基因家族在茭白耐热性中的功能及潜在应用,本试验以‘龙茭2号’为材料,利用生物信息学手段,鉴定出28个茭白HSF蛋白并对其进行分析。理化性质分析表明,茭白HSF家族蛋白的理论等电点为4.77~11.63,分子量为16.77~101.29 kDa,氨基酸长度为239~661个氨基酸,不稳定系数均大于40。多序列比对发现其DNA结合域具有高度保守性,长约为100个氨基酸。通过MEGA 7.0软件构建茭白、拟南芥、毛竹和水稻的HSF蛋白系统发育树,发现HSF蛋白可以分为A、B、C 3个分支,茭白HSF家族中含有17个A类成员、7个B类成员、4个C类成员。进一步通过实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)分析高温胁迫下茭白HSF基因家族的表达模式和热胁迫生理指标,结果表明,有14个HSF基因在高温胁迫(42℃,12 h)后处于高表达水平(表达量提高10倍以上),其中Zl HSF-04、ZlHSF-12、ZlHSF-27表达量上调最明显,与常温对照组(CK)相比分别上调37倍、36倍、44倍;同时,高温胁迫下茭白幼苗叶片出现大面积失水失绿的现象,叶片干枯卷曲,且光系统Ⅱ最大光化学效率较CK降低了49.9%,而相对电导率,丙二醛、脯氨酸、过氧化氢含量与CK相比分别增加了409%、97%、396%和99%。本结果为进一步研究HSF基因家族在茭白热激响应中的功能提供了理论依据。 展开更多

关键词 茭白 热激转录因子 基因家族 表达分析

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油莎豆CeWRKY转录因子响应非生物胁迫的功能表征 被引量：3

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作者 史先飞 高宇 +5 位作者 黄旭升 周雅莉 蔡桂萍 李昕儒 李润植 薛金爱 《草业学报》 CSCD 北大核心 2023年第8期186-201,共16页

油莎豆亦称油莎草,地上部分是优质牧草,地下块茎可积累大量油脂,抗逆性强、适应性广,是一种新型饲草和油料作物。WRKY是一类数量庞大的转录因子超家族,广泛参与调控植物生长发育、物质代谢和胁迫应答等生理过程。然而,有关于油莎豆WRKY... 油莎豆亦称油莎草,地上部分是优质牧草,地下块茎可积累大量油脂,抗逆性强、适应性广,是一种新型饲草和油料作物。WRKY是一类数量庞大的转录因子超家族,广泛参与调控植物生长发育、物质代谢和胁迫应答等生理过程。然而,有关于油莎豆WRKY家族成员及其功能知之甚少。本研究基于转录组分析,鉴定出67条油莎豆WRKY转录因子。系统发育树结果显示,油莎豆CeWRKY与拟南芥AtWRKY类似,分为I、Ⅱ、Ⅲ3个亚家族。CeWRKYs均具有典型的WRKY结构域和锌指结构域,其中7条蛋白序列的WRKY结构域存在变异,可能与WRKY成员功能歧化相关。油莎豆CeWRKY蛋白的序列长度、相对分子量、等电点等存在较大差异,均为亲水性蛋白,不含跨膜结构,亚细胞定位预测均位于细胞核。CeWRKY基因在块茎发育时期的表达模式具有时空特异性。不同CeWRKY基因参与不同逆境胁迫响应,其中CeWRKY8基因分别在干旱、盐、碱胁迫处理的油莎豆幼苗中表达谱变化显著,可能是参与油莎豆逆境胁迫响应调控的一个主效转录因子。本研究为深入解析油莎豆CeWRKY转录因子的多样性生物学功能以及介导逆境胁迫应答的分子机制奠定了基础,亦为优质高抗油莎豆新品种培育提供科学参考。 展开更多

关键词 油莎豆 WRKY转录因子 基因家族鉴定 表达模式 非生物胁迫

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花生PLT基因家族全基因组鉴定与表达分析

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作者 王晓璇 王金枝 +1 位作者 邱鼎 殷冬梅 《山东农业科学》 北大核心 2024年第8期1-9,共9页

PLT家族是植物特有的一类转录因子,在植物胚胎、干细胞、分生组织及器官生长发育等过程都起着重要作用。本研究利用生物信息学技术在栽培种花生基因组中鉴定到12个PLT家族基因,分布在11条染色体上;AhPLT蛋白大多含有2个保守的AP2结构域... PLT家族是植物特有的一类转录因子,在植物胚胎、干细胞、分生组织及器官生长发育等过程都起着重要作用。本研究利用生物信息学技术在栽培种花生基因组中鉴定到12个PLT家族基因,分布在11条染色体上;AhPLT蛋白大多含有2个保守的AP2结构域,编码439~713个氨基酸,预测定位在细胞核或叶绿体中;AhPLT基因结构复杂,具有多样的短外显子结构,外显子数在5~8个之间,不同家族成员中分布不同的保守基序;AhPLT家族成员启动子区存在生长素、赤霉素和茉莉酸等激素相关的顺式作用元件。qRT-PCR结果显示,AhPLT1-B和AhPLT5-B分别在根中和种子中的表达量最高;两基因对激素IAA、6-BA和GA_(3)有不同的响应,其中AhPLT1-B受6-BA调控上调表达最显著,AhPLT5-B受6-BA、IAA和GA_(3)调控呈先升高后降低的表达模式。本研究为花生PLT基因的生物学功能研究提供了参考。 展开更多

关键词 花生 PLT转录因子 基因家族 生物信息学分析 表达分析

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草地贪夜蛾bHLH基因家族鉴定与生物信息学分析

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作者 乐翔兆 《广东农业科学》 CAS 2024年第8期48-60,共13页

【目的】草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda J.E.Smith)是对我国粮食安全构成巨大威胁的重要入侵害虫,碱性螺旋-环-螺旋(Basic helix-loop-helix,bHLH)基因家族转录因子在昆虫生长发育过程发挥重要调控作用,可作为RNAi农药的备选靶标基... 【目的】草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda J.E.Smith)是对我国粮食安全构成巨大威胁的重要入侵害虫,碱性螺旋-环-螺旋(Basic helix-loop-helix,bHLH)基因家族转录因子在昆虫生长发育过程发挥重要调控作用,可作为RNAi农药的备选靶标基因。该文目的是确定草地贪夜蛾bHLH基因相关靶标,鉴定分析草地贪夜蛾bHLH基因家族成员信息。【方法】基于全基因组数据,对草地贪夜蛾bHLH基因家族成员的理化性质、亚细胞定位、蛋白保守结构域、系统发育进化、基因染色体定位、蛋白质三级结构预测等进行分析。【结果】从草地贪夜蛾基因组中鉴定到56个bHLH基因,编码54条不同的蛋白序列。草地贪夜蛾bHLH转录因子氨基酸数目为84~2557、等电点为4.88~10.76、相对分子质量为9751.19~285517.20。草地贪夜蛾bHLH基因家族成员分为A~F 6组,分别有25、9、10、1、10、1个基因,分别编码24、9、10、1、9、1条不同的蛋白序列。同组成员有相似类型的motif,且同一分组的bHLH结构域在系统发育进化分析中大部分归于同一分枝,表明其在进化中具有保守性。草地贪夜蛾A组成员HLH4C(Sfru006728.1)和B组成员鸟苷酸环化酶Gyc76C(Sfru012226.1)被预测包含bHLH结构域的同时,还包含鸟苷酸代谢相关基因的保守结构域,与同组其他基因相比,其三级结构更为复杂,推测两者可能源自草地贪夜蛾相关的鸟苷酸代谢基因与bHLH基因在进化上发生复制与重叠,且可能具有未知的复杂的生理功能。【结论】该研究分析鉴定到56个草地贪夜蛾bHLH基因家族成员,获得其序列及理化、亚细胞定位、结构及进化等信息,有助于进一步研究草地贪夜蛾bHLH转录因子家族成员功能及筛选草地贪夜蛾RNAi农药靶标。 展开更多

关键词 草地贪夜蛾 碱性螺旋-环-螺旋 转录因子 基因家族 功能结构

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麻疯树AP2/ERF基因家族孤儿基因Soloist的克隆与原核表达分析 被引量：4

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作者 王海波 龚明 +5 位作者 郭俊云 辛胡 唐利洲 刘潮 高永 代冬琴 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第9期60-69,共10页

【目的】含有AP2结构域的AP2/ERF蛋白是与植物抗逆性密切相关的转录因子家族,Soloist是AP2/ERF家族中的孤儿基因,大部分植物只有1个。克隆麻疯树该基因编码框的全长c DNA序列,并对其理化性质、基因结构、启动子区域调控元件、表达特性... 【目的】含有AP2结构域的AP2/ERF蛋白是与植物抗逆性密切相关的转录因子家族,Soloist是AP2/ERF家族中的孤儿基因,大部分植物只有1个。克隆麻疯树该基因编码框的全长c DNA序列,并对其理化性质、基因结构、启动子区域调控元件、表达特性及蛋白原核表达进行分析,为深入开展麻疯树Soloist基因的功能鉴定及其在麻疯树遗传改良中的应用提供依据。【方法】利用AP2结构域的隐马尔可夫模型结合拟南芥与水稻的Soloist蛋白序列对麻疯树蛋白质数据库进行相似性检索,经过Pfam与CDD在线工具的验证获得麻疯树AP2/ERF基因家族成员。利用不同的工具对Soloist基因进行生物信息学对比分析。通过实时荧光定量PCR检测该基因在麻疯树不同器官及低温处理下的相对表达量。通过双酶切构建该基因的原核表达载体,并转化大肠杆菌BL21(DE3)菌株进行IPTG诱导表达,分别收集不同诱导时间段的菌液,SDS-PAGE检测融合蛋白的表达情况。【结果】共鉴定到119个麻疯树AP2/ERF家族基因,其中包含1个Soloist基因,命名为Jc Soloist。序列分析显示,麻疯树Jc Soloist基因编码框长度为699 bp,编码232个氨基酸,预测分子量为26.3 k Da,理论等电点为9.65,包含6个外显子与5个内含子。在其基因启动子序列中鉴定到TATA框、CAAT框,以及赤霉素、水杨酸及干旱等应答元件。表达分析显示,麻疯树Jc Soloist基因在麻疯树各器官中都有表达,但表达水平具有器官特异性,在根中表达量较高,而在叶片中表达量相对较低,同时,在叶片与根中都属于低温诱导表达基因,分别在低温胁迫3 h与24 h达到最大表达量,较对照提高34.38倍与3.83倍。构建了p ET-32a-Jc Soloist重组载体,且在原核细胞中稳定表达,SDS-PAGE结果显示融合蛋白分子量为46.0 k Da,与预期大小一致。【结论】麻疯树AP2/ERF基因家族鉴定到1个Soloist基因,包含由3条反平行β-折叠与1条α-螺旋组成的AP2结构域,与其他物种的报道一致。基因启动子区域鉴定到赤霉素、水杨酸等顺式作用元件,暗示该基因在麻疯树激素信号转导中发挥重要作用。Jc Soloist基因在麻疯树叶片与根中受低温诱导表达显著,说明该基因参与麻疯树低温响应过程以及低温信号转导途径,也成为麻疯树抗冷新品种选育的候选基因。 展开更多

关键词 麻疯树 基因家族 AP2/ERF Soloist 转录因子 原核表达

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PI3K/AKT/FoxO信号通路在胰岛素类似生长因子1调节神经细胞PRNP基因表达中的作用 被引量：9

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作者 蒋国红 王长明 张丽 《山东医药》 CAS 北大核心 2017年第11期19-21,共3页

目的探讨磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)/叉头状转录因子O亚家族蛋白(Fox O)信号通路在胰岛素类似生长因子1(IGF-1)调节神经细胞PC12细胞株PRNP基因表达中发挥的作用。方法将对数生长期的PC12细胞分为IGF-1组、实验1组和实验2组... 目的探讨磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)/叉头状转录因子O亚家族蛋白(Fox O)信号通路在胰岛素类似生长因子1(IGF-1)调节神经细胞PC12细胞株PRNP基因表达中发挥的作用。方法将对数生长期的PC12细胞分为IGF-1组、实验1组和实验2组和对照组。IGF-1组加入终浓度80 ng/m L的IGF-1;实验1、2组先加入25、50μmol/L的PI3K/AKT/Fox O信号通路抑制剂LY294002,37℃培养30 min后再滴入80 ng/m L的IGF-1。对照组不加药物。继续培养24 h。采用实时荧光定量PCR法测算各组PC12细胞PRNP mRNA相对表达量,采用Western blotting法测算各组PC12细胞AKT、磷酸化AKT(p AKT)、Fox O3a和磷酸化Fox O3a(p Fox O3a)蛋白相对表达量。结果 IGF-1组PC12细胞PRNP mRNA及p AKT、p Fox O3a蛋白相对表达量高于对照组(P均<0.05)。实验1、2组PC12细胞PRNP mRNA及p AKT、p Fox O3a蛋白相对表达量低于IGF-1组(P均<0.05),且实验2组低于实验1组(P均<0.05)。结论 IGF-1通过磷酸化PI3K/AKT/Fox O信号通路蛋白AKT、Fox O3a调节PC12细胞PRNP基因表达。 展开更多

关键词 磷脂酰肌醇3激酶 蛋白激酶B 叉头状转录因子O亚家族蛋白 胰岛素样生长因子1 PRNP基因

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白桦AP2/ERF家族基因的生物信息学分析 被引量：3

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作者 张文慧 黄勇 +4 位作者 贺登美 谷心茹 朱雪天 国凤双 卢有 《西部林业科学》 CAS 北大核心 2020年第6期112-117,136,共7页

从白桦转录组数据库中筛选出45条AP2/ERF家族蛋白,对其蛋白序列进行生物信息学分析和系统进化分析。结果表明,白桦AP2/ERF蛋白除了分为AP2、ERF、RAV和soloist家族外,还有2条蛋白不属于这些家族;不同组别白桦AP2/ERF蛋白在理化性质上存... 从白桦转录组数据库中筛选出45条AP2/ERF家族蛋白,对其蛋白序列进行生物信息学分析和系统进化分析。结果表明,白桦AP2/ERF蛋白除了分为AP2、ERF、RAV和soloist家族外,还有2条蛋白不属于这些家族;不同组别白桦AP2/ERF蛋白在理化性质上存在差异;白桦AP2/ERF蛋白都含有磷酸化位点,但含有磷酸化位点的数量和种类上都有差异;白桦AP2/ERF蛋白大都定位在细胞核里,它们主要在细胞核中对下游基因进行转录调控;同一家族蛋白具有相同的三级结构及相同的motif,不同家族之间则存在差异。分析结果为白桦ERF基因功能研究提供参考。 展开更多

关键词 AP2/ERF家族 生物信息学 转录因子 白桦

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水曲柳FmPLT基因家族的鉴定及表达分析 被引量：2

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作者 宋婷婷 梁楠松 +5 位作者 吕义品 崔靖弘 于磊 赵福江 徐亮 詹亚光 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期11-21,共11页

【目的】PLT转录因子家族能够参与植物的再生过程,并且在植物的生长发育及器官建成中发挥着重要作用,本研究旨在探究PLT转录因子在水曲柳生长发育及非生物胁迫中发挥的作用,以期为林木优良基因选育工作提供更多思路。【方法】通过同源... 【目的】PLT转录因子家族能够参与植物的再生过程,并且在植物的生长发育及器官建成中发挥着重要作用,本研究旨在探究PLT转录因子在水曲柳生长发育及非生物胁迫中发挥的作用,以期为林木优良基因选育工作提供更多思路。【方法】通过同源序列比对和基因克隆等方法对FmPLTs家族的成员进行鉴定及分析,之后对FmPLTs成员进行了详细的生物信息学分析,包括理化性质、系统进化关系和基因结构等;并进一步分析了FmPLTs成员在不同组织及种子萌发过程中的基因表达特征,以及其在非生物胁迫(氯化钠、聚乙二醇6000、碳酸氢钠和低温4℃)和植物激素处理脱落酸、赤霉素、生长素、水杨酸和茉莉酸甲酯下的诱导表达情况。【结果】水曲柳基因组中含有9个PLT基因家族成员,分别命名为FmPLT2、FmPLT3、FmPLT4、FmPLT4A、FmPLT5、FmPLT5A、FmPLT7、FmPLT8和FmPLT9。系统进化关系将其分为5组;其在根中表达量最高,在叶中表达量最低;在种子萌发第4天子叶变绿,下胚轴伸长,此时FmPLTs成员的表达量出现峰值;而在不同激素及非生物胁迫条件下,FmPLTs对低温、干旱、盐胁迫以及MeJA的处理响应明显。【结论】FmPLTs参与水曲柳种子萌发及器官发育,并能响应植物激素信号,同时积极参与植物非生物胁迫耐受性的调控,包括低温、高盐和干旱胁迫等;本研究初步揭示了水曲柳FmPLT家族成员响应植物激素和非生物胁迫的表达模式,同时为深入分析FmPLT基因家族基本功能及其调控机制奠定了基础。 展开更多

关键词 水曲柳 PLT转录因子 基因家族 表达分析

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一个麻疯树AP2/ERF家族基因的克隆和植物表达载体的构建 被引量：1

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作者 唐跃辉 吴平治 +3 位作者 陈雅平 姜华武 李美茹 吴国江 《安徽农业科学》 CAS 2013年第13期5677-5679,5719,共4页

[目的]克隆1个麻疯树AP2/EFR家族的基因,并构建其植物表达载体。[方法]利用麻疯树EST数据库中的AP2/ERF相关信息设计引物,通过RT-PCR克隆麻疯树AP2/EFR家族的基因,用生物信息学方法对其序列进行分析,并构建其植物表达载体。[结果]试验... [目的]克隆1个麻疯树AP2/EFR家族的基因,并构建其植物表达载体。[方法]利用麻疯树EST数据库中的AP2/ERF相关信息设计引物,通过RT-PCR克隆麻疯树AP2/EFR家族的基因,用生物信息学方法对其序列进行分析,并构建其植物表达载体。[结果]试验克隆到1个AP2/EFR家族基因JcERF;从cDNA序列、氨基酸序列、保守域序列、功能组成、理化性质、进化树等方面进行分析,结果显示JcERF属于AP2/EFR家族中的ERF亚家族;将JcERF连接至pCAMBIA1301载体上,构建了以35S为启动子的植物表达载体。[结论]该研究为麻疯树中JcERF的功能研究及提高麻疯树的抗逆性奠定了基础。 展开更多

关键词 麻疯树 AP2 EFR家族 转录因子 非生物胁迫

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