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高通量筛选JAK-STAT6信号传导通路抑制剂方法的初步建立 被引量:5
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作者 笪宇蓉 姚智 +5 位作者 李静雅 邵洁 沈强 东莉洁 李佳 杨洁 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第8期943-947,共5页
目的构建可用于高通量筛选JAK/STAT6信号传导通路抑制剂的工程细胞株,建立稳定可靠的筛选方法。方法利用基因重组和转染技术,将STAT6特异性识别启动子IgE基因序列和虫荧光素酶报告基因联合插入pCMV质粒,脂质体法转染至HeLa细胞,经潮红霉... 目的构建可用于高通量筛选JAK/STAT6信号传导通路抑制剂的工程细胞株,建立稳定可靠的筛选方法。方法利用基因重组和转染技术,将STAT6特异性识别启动子IgE基因序列和虫荧光素酶报告基因联合插入pCMV质粒,脂质体法转染至HeLa细胞,经潮红霉素B抗性筛选及报告基因检测,得到稳定表达虫荧光素酶的工程细胞株。通过优化溶剂DMSO浓度,IL4作用浓度及孵育时间等筛选条件,建立了可靠的筛选方法,并在此基础上对1600种化合物进行了筛选。结果建立的筛选方法稳定可靠,系统Z′因子达到0.64。通过对1600种化合物的筛选,得到3个抑制效果较理想的化合物并测得其IC50值。结论所建立的高通量筛选方法可用于JAK/STAT6信号传导通路抑制剂的筛选。 展开更多
关键词 JAK/STAT6 高通量筛选 工程细胞株 抑制剂
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流感病毒RNA聚合酶PA亚基:潜在抗流感药物靶点 被引量:7
2
作者 连雯雯 刘艾林 杜冠华 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期297-302,共6页
流感是世界范围内的严重传染性疾病,目前抗流感药物面临的主要问题是病毒耐药性和对高致病性流感病毒的效价低。流感病毒RNA聚合酶是病毒在宿主细胞内完成复制和转录过程的关键性酶,其中PA亚基通过内切酶活性为流感病毒的转录过程提供引... 流感是世界范围内的严重传染性疾病,目前抗流感药物面临的主要问题是病毒耐药性和对高致病性流感病毒的效价低。流感病毒RNA聚合酶是病毒在宿主细胞内完成复制和转录过程的关键性酶,其中PA亚基通过内切酶活性为流感病毒的转录过程提供引物,成为潜在抗流感药物靶点。该文对PA亚基的结构、功能及内切酶抑制剂类抗流感药物研究进展进行概述,为PA亚基的深入研究及针对此靶点的抗流感药物发现提供信息指导。 展开更多
关键词 流感病毒 PA亚基氨基端 PA亚基羧基端 内切酶 金属离子结合位点 高通量筛选模型
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人二型大麻受体激动剂高通量筛选模型的建立 被引量:4
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作者 刘媛 董志 +3 位作者 肖晓秋 唐红 王乐乐 程玉洁 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期194-196,共3页
目的:基于二型大麻受体(CB2)的信号传递通路,建立体外高通量筛选CB2受体激动剂的药物模型。方法:将目的基因质粒pIRES2-EGFP-CB2、报告基因质粒pGL4.29[luc2P/CRE/Hygro]、内参质粒PRL-TK共转染CHO细胞,通过检测双荧光素酶报告基因的表... 目的:基于二型大麻受体(CB2)的信号传递通路,建立体外高通量筛选CB2受体激动剂的药物模型。方法:将目的基因质粒pIRES2-EGFP-CB2、报告基因质粒pGL4.29[luc2P/CRE/Hygro]、内参质粒PRL-TK共转染CHO细胞,通过检测双荧光素酶报告基因的表达水平变化来筛选人CB2受体的激动剂。并对加入激动剂的浓度和作用时间进行优化及考察模型的稳定性。结果:给予10μmol/L JWH-015 6 h后能取得最大相对诱导率。成功建立CB2受体激动剂的高通量筛选模型,筛选模型Z'因子为0.81,表现为良好的稳定性。结论:成功地建立了CB2受体激动剂的筛选模型,为从中药中高通量筛选有效物质奠定了良好的基础。 展开更多
关键词 CB2受体 报告基因 高通量筛选模型
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以大肠埃希氏菌肽脱甲酰基酶为靶点的高通量筛选模型的建立(英文) 被引量:4
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作者 唐先兵 司书毅 张月琴 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第10期621-626,共6页
本文用 PCR法从大肠埃希氏菌 K-12中克隆出肽脱甲酰基酶 (peptide deformylase,PDF)基因 ,通过测序确证与文献报道的 pdf基因序列完全一致。将 p df连接到原核蛋白表达载体 p ET-3 0 -a(+ )上 ,并转化到大肠埃希氏菌 BL 2 1(DE3 )菌株中... 本文用 PCR法从大肠埃希氏菌 K-12中克隆出肽脱甲酰基酶 (peptide deformylase,PDF)基因 ,通过测序确证与文献报道的 pdf基因序列完全一致。将 p df连接到原核蛋白表达载体 p ET-3 0 -a(+ )上 ,并转化到大肠埃希氏菌 BL 2 1(DE3 )菌株中 ,IPTG诱导表达。过量表达的 PDF酶用 Q Sepharose HP离子交换柱和 Superdex 75纯化得到高纯度 Ni-PDF。应用荧光测试仪Polar Fluostar检测 PDF对底物 For-Met-Ala-Ser的水解活性 ,PDF酶的已知抑制剂放线酰胺素 (actinonin)为阳性对照 ,通过优化酶反应条件 ,建立了以 展开更多
关键词 肽脱甲酰基酶 高通量筛选模型 放线酰胺素
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微生物来源的α-葡萄糖苷酶抑制剂高通量筛选模型的建立和初步应用 被引量:2
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作者 于彩云 赵莉莉 +1 位作者 张晶晶 魏涛 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期916-921,共6页
本研究用昆明种小鼠十二指肠上段提取的α-葡萄糖苷酶,以4-硝基苯-α-D-吡喃葡萄糖苷为反应底物,建立α-葡萄糖苷酶抑制剂高通量筛选模型。用该模型对1276株放线菌和132株细菌等共计2224个发酵液粗提物样品进行筛选。初筛得到抑制率超过... 本研究用昆明种小鼠十二指肠上段提取的α-葡萄糖苷酶,以4-硝基苯-α-D-吡喃葡萄糖苷为反应底物,建立α-葡萄糖苷酶抑制剂高通量筛选模型。用该模型对1276株放线菌和132株细菌等共计2224个发酵液粗提物样品进行筛选。初筛得到抑制率超过50%的阳性样品23个,初筛阳性率为1.03%。将阳性菌株再次进行发酵提取,得到新发酵液的阳性样品数为17,复筛阳性率为0.74%。其中细菌3株,放线菌13株。3个阳性样品经α-葡萄糖苷酶验证后的抑制率均在75%以上。本研究建立的α-糖苷酶抑制剂高通量筛选模型具有很强的实用价值,可用于新型糖尿病药物的开发。 展开更多
关键词 Α-葡萄糖苷酶抑制剂 高通量筛选模型 微生物发酵液粗提物 糖尿病
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细胞模型发展现状及应用于中药研究的探讨 被引量:8
6
作者 王春梅 乔延江 《世界科学技术-中医药现代化》 2004年第3期29-32,共4页
细胞模型最早被用来筛选抗微生物药物,随着高通量药物筛选的需要,细胞模型迅速发展成熟起来。该文综述细胞模型在药物高通量筛选和高通量毒性筛选中的应用,介绍利用Caco-2细胞模型进行药物体外代谢研究。并对细胞模型用于中药研究的前... 细胞模型最早被用来筛选抗微生物药物,随着高通量药物筛选的需要,细胞模型迅速发展成熟起来。该文综述细胞模型在药物高通量筛选和高通量毒性筛选中的应用,介绍利用Caco-2细胞模型进行药物体外代谢研究。并对细胞模型用于中药研究的前景进行分析,简单探讨了细胞模型用于中药筛选,活性成分确定,药理研究和药物代谢分析的可能方面。 展开更多
关键词 细胞模型 药物筛选 中药研究 药物代谢分析
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高通量筛选技术中数学模型的建立 被引量:1
7
作者 李松军 刘白玲 胡杰 《中国科学院研究生院学报》 CAS CSCD 2004年第3期333-339,共7页
在高通量药物筛选中 ,数学模型被认为是实现对样品库大规模筛选及筛选过程自动化的基础 .从热力学及动力学的角度对药物筛选的原理与方法进行了分析研究 ;同时也对药物与靶点的 3种可能的作用体系进行了研究 。
关键词 高通量药物筛选 数学模型 定性定量
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高通量筛选系统的双子代数建模 被引量:1
8
作者 李丹菁 《控制理论与应用》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第5期619-626,共8页
对一类新兴的离散事件系统—–高通量筛选系统而言,max-plus算法是强有力的事件域建模与分析工具,因此,其常被用来进行该系统的建模及控制.然而,有时,尤其是在执行控制策略的时候,需要时间域的描述.为了同时从时间域和事件域高效描述系... 对一类新兴的离散事件系统—–高通量筛选系统而言,max-plus算法是强有力的事件域建模与分析工具,因此,其常被用来进行该系统的建模及控制.然而,有时,尤其是在执行控制策略的时候,需要时间域的描述.为了同时从时间域和事件域高效描述系统,本文利用基于双变量的形式幂级数,把max-plus算法模型扩展为双子代数模型.对可能产生的非因果模型,为便于进行系统分析、仿真和后续的控制,提出了多个相应的基于双变量(时间变量和事件变量)的转换矩阵.通过矩阵转换,得到满足要求的因果模型.最后用实例表明了该方法及其在提高该系统控制效率方面的有效性. 展开更多
关键词 离散事件系统 高通量筛选系统 建模 双子代数 因果模型 转换矩阵
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高通量药物筛选中靶分子固定化数学物理模型的建立 被引量:1
9
作者 李松军 刘白玲 《中国科学院研究生院学报》 CAS CSCD 2005年第2期179-186,共8页
通过对高能量药物筛选基本过程的分析 ,探索了靶分子固定化可能对筛选质量构成的影响 .从分子相互作用看 ,实际的过程远较理想的情况复杂 .分子间存在的静电力、疏水作用力及氢键力能对固定化的机理构成较大影响 ,甚至可能诱发多层吸附... 通过对高能量药物筛选基本过程的分析 ,探索了靶分子固定化可能对筛选质量构成的影响 .从分子相互作用看 ,实际的过程远较理想的情况复杂 .分子间存在的静电力、疏水作用力及氢键力能对固定化的机理构成较大影响 ,甚至可能诱发多层吸附的固定化模式 .基于固定化过程中可能存在的靶分子与靶分子、靶分子与微球、体相与表面相之间的相互作用 ,构筑了相应的数学物理模型 ,为实际的筛选工作提供了可参考的理论依据 . 展开更多
关键词 高通量药物筛选 靶分子固定化 相互作用 数学物理模型
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以STAT3为靶标的抗肿瘤药物高通量筛选模型的建立和应用 被引量:4
10
作者 潘丽 张宁 +3 位作者 牛国君 孟晶 刘祥 杨诚 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期187-192,共6页
旨在建立稳定可靠的以转导与转录激活子(STAT3)为靶标的抗肿瘤高通量筛选模型,应用该模型筛选潜在的抗癌药物。利用基因重组、蛋白表达纯化技术,获得STAT3目的蛋白,使用酶联免疫吸附法(ELISA)进行高通量药物筛选,将筛选出的抑制剂在细... 旨在建立稳定可靠的以转导与转录激活子(STAT3)为靶标的抗肿瘤高通量筛选模型,应用该模型筛选潜在的抗癌药物。利用基因重组、蛋白表达纯化技术,获得STAT3目的蛋白,使用酶联免疫吸附法(ELISA)进行高通量药物筛选,将筛选出的抑制剂在细胞水平上利用MTT比色法测定化合物对癌细胞增殖的影响。结果显示,成功构建表达载体pET-28a-STAT3;所建立的模型稳定可行,可用于以STAT3为靶标的抗肿瘤药物的高通量筛选;用该模型对8 248个样品进行筛选,在500μmol/L药物浓度下,化合物MDC6抑制率为92%,另外,进行IC50值的测定时,分子水平上最低达到3.37μmol/L,在细胞水平上可达到15.92μmol/L。建立的高通量药物筛选模型,具有操作方便、成本低、结果稳定等特点,可用于STAT3抑制剂的大规模筛选。 展开更多
关键词 STAT3 靶点 高通量模型 ELISA
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人源多巴脱羧酶的表达、纯化以及高通量抑制剂筛选模型的建立 被引量:2
11
作者 张缘缘 邱军强 +2 位作者 周越洋 吴方 张庆华 《生物学杂志》 CAS CSCD 2014年第6期6-10,共5页
帕金森病是一种常见的神经系统退行性疾病。多巴脱羧酶(DDC)是帕金森病研究的靶点蛋白之一,但是目前没有高通量的测活模型。因此,需要构建一种高通量多巴脱羧酶抑制剂的筛选模型,用于发现新型抑制剂。采用克隆表达纯化得到多巴脱羧酶和... 帕金森病是一种常见的神经系统退行性疾病。多巴脱羧酶(DDC)是帕金森病研究的靶点蛋白之一,但是目前没有高通量的测活模型。因此,需要构建一种高通量多巴脱羧酶抑制剂的筛选模型,用于发现新型抑制剂。采用克隆表达纯化得到多巴脱羧酶和用于酶偶联反应的磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(PEPC)。基于一系列酶联反应将CO2固定,检测其含量,从而测定多巴脱羧酶的活性。结果得到人源多巴脱羧酶和磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶的体外纯酶,建立了一种高通量筛选模型,并且从70个天然化合物中,筛选得到2个多巴脱羧酶的抑制剂。成功构建了一种基于体外纯酶高通量多巴脱羧酶抑制剂的筛选模型。 展开更多
关键词 多巴脱羧酶 帕金森病 抑制剂 高通量 筛选模型
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高通量药物筛选模型的研究进展 被引量:8
12
作者 许媛媛 陈鹏辉 吴英理 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期1415-1419,共5页
作为高通量筛选系统的核心,筛选模型在研究深入与技术进步的推动下已得到较大发展与广泛应用。文章从分子、细胞和动物水平三个层面介绍高通量药物筛选模型的研究状况及应用,并对其优缺点与相关机制进行阐述。
关键词 高通量筛选 药物筛选 筛选模型
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白细胞介素1受体拮抗剂筛选模型研究 被引量:1
13
作者 李全文 边昕 +1 位作者 张洋 李元 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2000年第5期330-332,共3页
以链霉菌表达的重组 hs IL- 1R 为靶位 ,建立了基于受体配基竞争性结合为原理、白细胞介素 1受体拮抗剂筛选模型 ,对 5 0 0株微生物发酵产物进行了筛选 ,复筛阳性率为 4%~ 5 % ,该模型具有新颖性和实用性。
关键词 重组白细胞介素1受体 拮抗剂 高通量筛选模型
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桑叶中对PPARγ有激活作用的组分分离和活性鉴定 被引量:1
14
作者 宋如鋆 耿明星 +2 位作者 吕正兵 钱坤 舒建洪 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期511-517,共7页
过氧化物酶体增殖物激活受体-γ(PPARγ)是调节脂肪细胞基因表达和分化的重要因子,也称作胰岛素增敏剂受体,一些脂肪酸对PPARγ有激活作用。桑叶中含有多种脂肪酸,以其为材料,利用构建的COS-7细胞高通量筛选模型筛选具有PPARγ配体活性... 过氧化物酶体增殖物激活受体-γ(PPARγ)是调节脂肪细胞基因表达和分化的重要因子,也称作胰岛素增敏剂受体,一些脂肪酸对PPARγ有激活作用。桑叶中含有多种脂肪酸,以其为材料,利用构建的COS-7细胞高通量筛选模型筛选具有PPARγ配体活性的组分及单体。桑叶粉通过正己烷提取和石油醚萃取后,石油醚萃取组分(Fr.P)对PPARγ的激活倍数可达到阴性对照DMSO的3.34倍。经气相色谱-质谱(GC-MS)分析,从桑叶正己烷提取物(Fr.H)和Fr.P组分中共获得19种脂肪酸,其中Fr.H中的亚麻酸质量分数为1.91%,亚油酸为0.94%,十四酸为0.11%。高通量细胞筛选模型分析显示,与阴性对照DMSO比较,100μmol/L十四酸对PPARγ的激活倍数为1.51,50μmol/L十五酸对PPARγ的激活倍数为2.12,150μmol/L亚麻酸对PPARγ的激活倍数为2.48,100μmol/L亚油酸对PPARγ的激活倍数为2.21,而其他脂肪酸均无PPARγ配体活性。通过十四酸、亚麻酸和亚油酸的协同PPARγ激活效应分析,推测桑叶中可能含有非脂肪酸的PPARγ激动剂成分。研究结果提示有望从桑叶中寻找到新的天然胰岛素增敏剂。 展开更多
关键词 过氧化物酶体增殖物激活受体-Γ COS-7细胞高通量筛选模型 桑叶 脂肪酸
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异柠檬酸裂解酶的制备及其抑制剂筛选模型的建立 被引量:1
15
作者 王旸 郝雪秦 +2 位作者 高鹏 杨延辉 肖春玲 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期467-470,511,共5页
目的制备结核分枝杆菌异柠檬酸裂解酶(isocitrate lyase,ICL)并建立ICL抑制剂筛选模型。方法通过四步层析法或金属螯合层析法纯化大肠埃希菌BL21(DE3)表达的ICL,并以异柠檬酸为底物,用纯化的ICL裂解异柠檬酸,生成乙醛酸可与苯肼反应生... 目的制备结核分枝杆菌异柠檬酸裂解酶(isocitrate lyase,ICL)并建立ICL抑制剂筛选模型。方法通过四步层析法或金属螯合层析法纯化大肠埃希菌BL21(DE3)表达的ICL,并以异柠檬酸为底物,用纯化的ICL裂解异柠檬酸,生成乙醛酸可与苯肼反应生成苯腙,苯腙在324nm波长下产生光吸收峰,测定酶促反应体系在324nm波长下光吸收检测异柠檬酸裂解酶的活性,根据待测样品对酶活性的抑制程度,筛选异柠檬酸裂解酶抑制剂。结果用金属螯和层析法得到纯度为90%、比活力为2.8U/mg的ICL,建立并优化ICL抑制剂筛选模型,模型的信噪比(S/N)远大于3,变异系数(CV)远小于10%。结论通过金属螯合层析法获得了特异性高、稳定性好的ICL抑制剂筛选模型,该模型可有效的应用于异柠檬酸裂解酶抑制剂的高通量筛选。 展开更多
关键词 柠檬酸裂解酶 筛选模型 异柠檬酸裂解酶抑制剂 高通量筛选
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斑马鱼在肿瘤疾病中的应用 被引量:4
16
作者 张震 杨柱 +4 位作者 龙奉玺 罗莉 邓茜 王倩 唐东昕 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2018年第10期2352-2354,共3页
作为一个整体的实验动物,斑马鱼具有许多生物功能,如更多的后代,体外受精,胚胎是透明的。而且斑马鱼是一种新兴的动物实验模型,可以很好地评价抗癌药物化合物的活性和对抗癌药物的高通量筛选。斑马鱼在肿瘤疾病中的应用值得深入研究。
关键词 斑马鱼 动物模型 肿瘤 肿瘤疾病 药物高通量筛选 肿瘤新生血管
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等离子体作用结合氧限制模型选育辅酶Q_(10)高产菌株 被引量:1
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作者 张幸子 王晓惠 +5 位作者 王泽建 陈必钦 李丹 郭美锦 储炬 庄英萍 《华东理工大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期308-315,共8页
将常温常压等离子体(Atmospheric and Room Temperature Plasma,ARTP)诱变和无水亚硫酸钠构建的氧限制筛选模型相结合,通过适合辅酶Q_(10)生产菌株的24孔板高通量快速培养技术,选育了类球红细菌Rhodobacter sphaeroides耐氧限的高性能... 将常温常压等离子体(Atmospheric and Room Temperature Plasma,ARTP)诱变和无水亚硫酸钠构建的氧限制筛选模型相结合,通过适合辅酶Q_(10)生产菌株的24孔板高通量快速培养技术,选育了类球红细菌Rhodobacter sphaeroides耐氧限的高性能突变株。实验结果表明:该菌株诱变筛选最合适的ARTP诱变时间为25 s,氧限制平板上无水亚硫酸钠的最佳质量浓度为0.4 g/L,24孔板上该菌氧传递的最优装液量为2.0 mL、发酵周期为48 h,在上述条件下,最终选育出了氧限制条件下辅酶Q10合成效率高的突变菌株R.sphaeroides F5D13。在5 L发酵罐分批培养过程中,该高产菌株表现出了较强的氧亲和力,单位菌体的合成效率比出发菌株提升了18%。 展开更多
关键词 常温常压等离子体 氧限制模型 辅酶Q_(10) 高通量筛选 类球红细菌
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黄嘌呤氧化酶抑制剂筛选体系的建立 被引量:9
18
作者 闫祯昕 尹非 +3 位作者 李雪晨 姜楠 田金英 叶菲 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1471-1477,共7页
目的建立黄嘌呤氧化酶(xanthine oxidase,XOD)抑制剂筛选体系。方法应用理化法,测定体外XOD活性、血尿酸、血清XOD活性、组织XOD活性及肝肾功能有关血液指标;病理分析肝脏肾脏的损伤情况。结果选择牛奶来源XOD3U·L^-1,黄嘌呤(Xanth... 目的建立黄嘌呤氧化酶(xanthine oxidase,XOD)抑制剂筛选体系。方法应用理化法,测定体外XOD活性、血尿酸、血清XOD活性、组织XOD活性及肝肾功能有关血液指标;病理分析肝脏肾脏的损伤情况。结果选择牛奶来源XOD3U·L^-1,黄嘌呤(Xanthine,XA)50μmol·L^-1,37℃,pH7.4,20min为XOD抑制剂体外高通量筛选的最适条件。单次灌胃次黄嘌呤联合皮下注射氧嗪酸钾诱导ICR小鼠,血尿酸水平一过性升高;以血尿酸变化曲线和血尿酸-时间曲线下面积评价急性高尿酸血症小鼠模型。ICR小鼠连续皮下注射氧嗪酸钾血尿酸平稳升高,成模率约70%;以血尿酸水平评价慢性高尿酸血症小鼠模型。上述2种模型动物的血清和组织XOD活性均未见明显变化,肝脏肾脏均未见明显损伤。结论XOD抑制剂体外筛选方法与急性高尿酸血症小鼠模型、慢性高尿酸血症小鼠模型等体内实验方法相互验证,形成基于分子靶点XOD的抗高尿酸血症药物研发的实验体系。 展开更多
关键词 黄嘌呤氧化酶 高尿酸血症 抑制剂 高通量筛选 急性高尿酸血症小鼠模型 慢性高尿酸血症小鼠模型
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双果糖酐水解酶分子改造提升酶活性研究 被引量:1
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作者 徐寒冰 郁书怀 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1-8,共8页
双果糖酐水解酶(difructose anhydrideⅢhydrolase,DFA-Ⅲase)能将新型功能甜味剂双果糖酐转化为益生元菊二糖,然而DFA-Ⅲase酶活性较低,为了提高DFA-Ⅲase酶法合成菊二糖的能力,该研究对来源于Arthrobacter chlorophenolicus A6的双果... 双果糖酐水解酶(difructose anhydrideⅢhydrolase,DFA-Ⅲase)能将新型功能甜味剂双果糖酐转化为益生元菊二糖,然而DFA-Ⅲase酶活性较低,为了提高DFA-Ⅲase酶法合成菊二糖的能力,该研究对来源于Arthrobacter chlorophenolicus A6的双果糖酐水解酶AcDFA-Ⅲase进行分子改造。基于已有的AcDFA-Ⅲase的晶体结构,选择酶活性口袋上方loop区和活性口袋中的14个关键位点进行定点突变,得到17种DFA-Ⅲase突变体。利用96孔板作为高通量培养容器,结合DNS法快速测定酶活性,初筛得到一个酶活性提高的突变体D380A。用HPLC法测定分离纯化出的酶活性,验证结果表明其酶活性有显著提高,酶比活性是AcDFA-Ⅲase的162.3%。同源建模分析,380位天冬氨酸突变成丙氨酸后,loop环区域疏水性增强,保证了催化中心的疏水微环境,提高了酶的催化活性。该研究建立的高通量检测方法为DFA-Ⅲase的筛选以及菊二糖的大量生产奠定了基础。 展开更多
关键词 双果糖酐水解酶 定点突变 96孔板 高通量筛选 同源建模
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基于核范数正则化的抗癌药物组合协同作用预测
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作者 史磊晶 王波 +2 位作者 张杉 任福全 李玉双 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2023年第3期634-646,共13页
目的抗癌药物联合疗法是一种很有前途的治疗策略。针对特定癌症类型,选择高度协同的药物组合,对提高癌症疗效至关重要。然而,确定具有协同作用的药物组合是一项复杂而困难的工作。本研究旨在完全以数据驱动、计算建模的方式优化抗癌药... 目的抗癌药物联合疗法是一种很有前途的治疗策略。针对特定癌症类型,选择高度协同的药物组合,对提高癌症疗效至关重要。然而,确定具有协同作用的药物组合是一项复杂而困难的工作。本研究旨在完全以数据驱动、计算建模的方式优化抗癌药物组合高通量虚拟筛选,为“旧药重新定位新组合”提供理论参考。方法借鉴矩阵填充思想,构建了基于核范数正则化的计算模型NNRM,用于预测抗癌药物组合的协同得分和协同状态。针对固定细胞系构造对称的协同得分观测矩阵;采用分折技巧将观测矩阵稀疏化;借助“交替方向乘子法”和“软阈值估计”求解模型。结果将NNRM应用于O’Neil团队发布的数据集,预测的协同得分与观测值之间的均方根误差为14.78,预测的协同状态准确率为0.94,优于随机森林(RF)和支持向量机(SVM),完全可以与深度学习模型相媲美。此外,NNRM预测的部分缺失值结果与已有研究或临床实践相吻合。结论NNRM可实现大规模、批量预测抗癌药物组合的协同作用,极大地降低了已有模型对数据的要求和计算成本,缩短了高通量虚拟筛选的测试时间,可以作为抗癌药物组合高通量虚拟筛选的可选择工具。 展开更多
关键词 抗癌药物组合 协同作用 高通量虚拟筛选 矩阵填充 核范数正则化 计算模型
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