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HER2基因组DNA标准物质互通性研究
被引量：
1
1
作者
邢德纯
程波
+5 位作者
王霞
高颖
刘争
孙锁柱
董莲华
杨靖亚
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2021年第9期1104-1110,共7页
采用实验室建立的数字PCR方法 (ddPCR)和荧光定量PCR (qPCR)方法研究HER2基因组DNA标准物质的互通性,评价HER2基因组DNA标准物质与临床样本的互通性,为临床实验室检测提供具有互通性的可溯源标准物质.将研制的5个水平标准物质随机穿插...
采用实验室建立的数字PCR方法 (ddPCR)和荧光定量PCR (qPCR)方法研究HER2基因组DNA标准物质的互通性,评价HER2基因组DNA标准物质与临床样本的互通性,为临床实验室检测提供具有互通性的可溯源标准物质.将研制的5个水平标准物质随机穿插于29例临床样本间,使用ddPCR方法与qPCR方法同时进行检测.参考美国临床实验室标准化协会(CLSI)指南文件EP30和中华人民共和国卫生行业标准基质效应与互通性评估指南WS/T356-2011的推荐,采用Deming回归法评价标准物质的互通性.结果显示,5种标准物质与临床样本之间具有良好的互通性,可以用于临床实验室对HER2基因拷贝数变异检测方法的方法验证和质量控制.
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关键词
乳腺癌
基因
检测
数字PCR
her2基因组dna标准物质
拷贝数变异
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职称材料
转基因检测标准物质研制关键环节质量控制研究
被引量：
2
2
作者
高芳瑞
王颢潜
+6 位作者
李瑞环
刘娜
王永
武玉花
李亮
赵新
梁晋刚
《中国生物防治学报》
CSCD
北大核心
2022年第5期1125-1134,共10页
在转基因产品检测方法开发、身份鉴定和产品成分定性、定量检测过程中,标准物质是不可缺少的物质基础。本研究对标标准物质申报要求,着重对比了基体标准物质、基因组DNA标准物质、质粒标准物质三种类型转基因检测标准物质的研制过程,提...
在转基因产品检测方法开发、身份鉴定和产品成分定性、定量检测过程中,标准物质是不可缺少的物质基础。本研究对标标准物质申报要求,着重对比了基体标准物质、基因组DNA标准物质、质粒标准物质三种类型转基因检测标准物质的研制过程,提出关键环节的质量控制要求,为促进转基因检测标准物质研制过程标准化、提升研制报告编制质量、提高申报通过率提供技术支撑。
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关键词
转
基因
检测
基体
标准
物质
质粒
dna
标准
物质
基因组
dna
分子
标准
物质
关键环节
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职称材料
肠道集聚性大肠埃希氏菌菌体和gDNA标准物质的研制
被引量：
2
3
作者
赵琳娜
刘娜
+1 位作者
王学硕
崔生辉
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021年第18期103-110,共8页
目的:为满足肠道集聚性大肠埃希氏菌准确检测的实验室质量控制和能力验证需求,研制具有我国自主知识产权且具有全基因组测序信息的均匀稳定的肠道集聚性大肠埃希氏菌菌体及gDNA标准物质。方法:利用二代高通量测序技术对肠道集聚性大肠...
目的:为满足肠道集聚性大肠埃希氏菌准确检测的实验室质量控制和能力验证需求,研制具有我国自主知识产权且具有全基因组测序信息的均匀稳定的肠道集聚性大肠埃希氏菌菌体及gDNA标准物质。方法:利用二代高通量测序技术对肠道集聚性大肠埃希氏菌(CMCC 44841)进行全基因组测序,明确CMCC 44841的种属、血清分型、多位点序列分型和毒力基因。对CMCC 44841进行astA、aggR、pic特征性基因聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)确认。采用冷冻干燥技术制备含量为103 CFU/样品的菌球和含量为20 ng/样品的gDNA小球。参照CNAS-GL017对20个菌球样品进行均匀性检验,采用单因素方差分析对结果进行统计分析。将样品分别于-20、4、25℃和37℃条件下保藏,对其贮藏稳定性和运输稳定性进行评价。组织3家实验室进行协同标定和验证。使用5种不同基质的即食食品样本,按照国标法检验标准物质的适用性。结果:利用生物信息学分析,CMCC44841基因组大小为5.057285 Mb,GC含量为50.6%,编码区基因5173个。种属鉴定结果为大肠埃希氏菌(Escherichia coli),血清预测结果为O127:H21,MLST为ST40型,携带除aggR、astA、pic之外其他相关的毒力基因。PCR扩增出astA、aggR、pic片段大小分别为102、400 bp和1111 bp。菌体标准物质均匀性检验结果F=1.59,符合标准物质的要求。菌体和gDNA标准物质样品于-20℃和4℃保藏60 d,25℃保藏7 d,37℃保藏5 d后仍然稳定。经3家实验室协同标定,菌体标准物质样品含量均为103 CFU/样品。20件不同基质的食品样品加入肠道集聚性大肠埃希氏菌标准物质进行检验,均可以检出。结论:本研究所制备的肠道集聚性大肠埃希氏菌菌体及gDNA标准物质所用菌株来源于我国国内分离菌株,且具有明确的全基因组序列信息,均匀性和稳定性均符合要求,适用性良好,能够满足食品检测实验室的质量控制和能力验证的需求。
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关键词
致泻大肠埃希氏菌
肠道集聚性大肠埃希氏菌
基因组
dna
标准
物质
全
基因组
测序
毒力
基因
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职称材料
题名
HER2基因组DNA标准物质互通性研究
被引量：
1
1
作者
邢德纯
程波
王霞
高颖
刘争
孙锁柱
董莲华
杨靖亚
机构
上海海洋大学食品学院
中国计量科学研究院前沿计量科学中心
火箭军特色医学中心
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2021年第9期1104-1110,共7页
基金
国家质量基础的共性技术研究与应用专项课题(2017YFF0204605)
人类生殖遗传资源服务管理云平台开发与安全标准规范体系建设(2016YFC1000301-3)资助项目。
文摘
采用实验室建立的数字PCR方法 (ddPCR)和荧光定量PCR (qPCR)方法研究HER2基因组DNA标准物质的互通性,评价HER2基因组DNA标准物质与临床样本的互通性,为临床实验室检测提供具有互通性的可溯源标准物质.将研制的5个水平标准物质随机穿插于29例临床样本间,使用ddPCR方法与qPCR方法同时进行检测.参考美国临床实验室标准化协会(CLSI)指南文件EP30和中华人民共和国卫生行业标准基质效应与互通性评估指南WS/T356-2011的推荐,采用Deming回归法评价标准物质的互通性.结果显示,5种标准物质与临床样本之间具有良好的互通性,可以用于临床实验室对HER2基因拷贝数变异检测方法的方法验证和质量控制.
关键词
乳腺癌
基因
检测
数字PCR
her2基因组dna标准物质
拷贝数变异
Keywords
breast cancer gene detection
digital PCR
her2
genomic
dna
reference material
copy number variation
分类号
Q7 [生物学—分子生物学]
R4 [医药卫生—临床医学]
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职称材料
题名
转基因检测标准物质研制关键环节质量控制研究
被引量：
2
2
作者
高芳瑞
王颢潜
李瑞环
刘娜
王永
武玉花
李亮
赵新
梁晋刚
机构
天津市农业科学院种质资源与生物技术研究所
农业农村部科技发展中心
中国农业科学院油料作物研究所
中国农业科学院农业质量标准与检测技术研究所
出处
《中国生物防治学报》
CSCD
北大核心
2022年第5期1125-1134,共10页
基金
转基因生物重大专项(2016ZX08012003-007)
农业科研杰出人才培养计划(2021年)。
文摘
在转基因产品检测方法开发、身份鉴定和产品成分定性、定量检测过程中,标准物质是不可缺少的物质基础。本研究对标标准物质申报要求,着重对比了基体标准物质、基因组DNA标准物质、质粒标准物质三种类型转基因检测标准物质的研制过程,提出关键环节的质量控制要求,为促进转基因检测标准物质研制过程标准化、提升研制报告编制质量、提高申报通过率提供技术支撑。
关键词
转
基因
检测
基体
标准
物质
质粒
dna
标准
物质
基因组
dna
分子
标准
物质
关键环节
Keywords
GMO test
primary reference material
plasmid
dna
material
genome
dna
material
key tache
分类号
S188 [农业科学—农业基础科学]
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职称材料
题名
肠道集聚性大肠埃希氏菌菌体和gDNA标准物质的研制
被引量：
2
3
作者
赵琳娜
刘娜
王学硕
崔生辉
机构
中国食品药品检定研究院
出处
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021年第18期103-110,共8页
基金
“十三五”国家重点研发计划重点专项(2018YFC1604303)。
文摘
目的:为满足肠道集聚性大肠埃希氏菌准确检测的实验室质量控制和能力验证需求,研制具有我国自主知识产权且具有全基因组测序信息的均匀稳定的肠道集聚性大肠埃希氏菌菌体及gDNA标准物质。方法:利用二代高通量测序技术对肠道集聚性大肠埃希氏菌(CMCC 44841)进行全基因组测序,明确CMCC 44841的种属、血清分型、多位点序列分型和毒力基因。对CMCC 44841进行astA、aggR、pic特征性基因聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)确认。采用冷冻干燥技术制备含量为103 CFU/样品的菌球和含量为20 ng/样品的gDNA小球。参照CNAS-GL017对20个菌球样品进行均匀性检验,采用单因素方差分析对结果进行统计分析。将样品分别于-20、4、25℃和37℃条件下保藏,对其贮藏稳定性和运输稳定性进行评价。组织3家实验室进行协同标定和验证。使用5种不同基质的即食食品样本,按照国标法检验标准物质的适用性。结果:利用生物信息学分析,CMCC44841基因组大小为5.057285 Mb,GC含量为50.6%,编码区基因5173个。种属鉴定结果为大肠埃希氏菌(Escherichia coli),血清预测结果为O127:H21,MLST为ST40型,携带除aggR、astA、pic之外其他相关的毒力基因。PCR扩增出astA、aggR、pic片段大小分别为102、400 bp和1111 bp。菌体标准物质均匀性检验结果F=1.59,符合标准物质的要求。菌体和gDNA标准物质样品于-20℃和4℃保藏60 d,25℃保藏7 d,37℃保藏5 d后仍然稳定。经3家实验室协同标定,菌体标准物质样品含量均为103 CFU/样品。20件不同基质的食品样品加入肠道集聚性大肠埃希氏菌标准物质进行检验,均可以检出。结论:本研究所制备的肠道集聚性大肠埃希氏菌菌体及gDNA标准物质所用菌株来源于我国国内分离菌株,且具有明确的全基因组序列信息,均匀性和稳定性均符合要求,适用性良好,能够满足食品检测实验室的质量控制和能力验证的需求。
关键词
致泻大肠埃希氏菌
肠道集聚性大肠埃希氏菌
基因组
dna
标准
物质
全
基因组
测序
毒力
基因
Keywords
diarrheagenic Escherichia coli
enteroaggregative E.coli
genomic
dna
reference material
whole genome sequencing
virulence gene
分类号
TS207.4 [轻工技术与工程—食品科学]
Q93-331 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
HER2基因组DNA标准物质互通性研究
邢德纯
程波
王霞
高颖
刘争
孙锁柱
董莲华
杨靖亚
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
转基因检测标准物质研制关键环节质量控制研究
高芳瑞
王颢潜
李瑞环
刘娜
王永
武玉花
李亮
赵新
梁晋刚
《中国生物防治学报》
CSCD
北大核心
2022
2
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职称材料
3
肠道集聚性大肠埃希氏菌菌体和gDNA标准物质的研制
赵琳娜
刘娜
王学硕
崔生辉
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
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职称材料
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