目的:肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是临床上常见的原发性恶性肿瘤之一,病死率位居世界第3。本研究基于基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库筛选出与HCC预后相关的关键基因,为开发新的HCC预后生物标志物提供理...目的:肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是临床上常见的原发性恶性肿瘤之一,病死率位居世界第3。本研究基于基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库筛选出与HCC预后相关的关键基因,为开发新的HCC预后生物标志物提供理论依据。方法:从GEO数据库中选择HCC相关的数据集,利用GEO在线工具GEO2R分析出差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),通过注释可视化和集成发现数据库(Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery,DAVID)进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,使用相互作用基因/蛋白质的搜索工具(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins, STRING)构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,进一步利用细胞全景(Cytoscape)软件筛选出关键基因。使用阿拉巴马大学伯明翰分校创立的癌症组学数据库(University of Alabama at Birmingham Cancer Data Analysis Resource,UALCAN)分析关键基因在正常肝组织和HCC组织中的表达差异,及关键基因与患者病理分级、临床分期和生存率的关系,并使用人类蛋白质图谱(the Human Protein Atlas,THPA)进一步验证关键基因对HCC患者生存期的影响,利用基于血液的生物标志物在癌症早期诊断中的表达图谱(expression atlas of blood-based biomarkers in the early diagnosis of cancers,BBCancer)分析关键基因在HCC患者血液中的表达情况。结果:通过GEO数据库筛选得到78个DEGs,GO和KEGG通路富集分析显示以上基因可能通过促进细胞分裂和调节蛋白激酶活性影响HCC的进程。进一步利用Cytoscape软件筛选、UALCAN和THPA验证得到16个关键基因,其在HCC组织中均高表达且与患者疾病进展和不良预后相关。最后利用BBCancer发现ASPM和NCAPG在HCC患者血液中的含量升高。结论:本研究筛选出可作为HCC潜在预后生物标志物的16个关键基因,其中ASPM和NCAPG可能成为HCC患者血液标志物。展开更多
目的分析乙型肝炎病毒阳性(HBV+)肝细胞癌患者肝组织长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和信使RNA(messenger,mRNA)的共表达网络,探讨关键lncRNA的作用。方法下载GEO(GSE54238)lncRNA/mRNA表达谱芯片数据,通过生物信息数据分析...目的分析乙型肝炎病毒阳性(HBV+)肝细胞癌患者肝组织长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和信使RNA(messenger,mRNA)的共表达网络,探讨关键lncRNA的作用。方法下载GEO(GSE54238)lncRNA/mRNA表达谱芯片数据,通过生物信息数据分析方法获得不同临床进展阶段的肝细胞癌患者与正常人均具有显著差异的肝组织lncRNA、mRNA表达谱,并构建被DNA元素百科全书数据库(Encyclopedia of DNA Elements,ENCODE)收录的差异lncRNA-mRNA共表达网络。继而分析共表达网络中的mRNA参与的GO、KEGG;并分析与核心lncRNA高度相关的mRNA与患者生存曲线的相关性。结果与5个ENCODE收录的差异lncRNA具有共表达关系的mRNA共有81个(相关系数≥0.90)。lncRNA-mRNA共表达网络中的mRNA主要参与的GO通路有氧化还原、呼吸电子链传递和脂肪酸代谢过程;KEGG信号通路主要有脂肪酸降解、过氧化物酶体增殖物激活受体和β-丙氨酸代谢。与核心LINC01018(又名SRHC)、EHHADH-AS1和F11-AS1高度相关的mRNA SLC2A2、PCK2、EHHADH、F11、FM04和NR1I3与患者生存曲线具有极显著相关性(P<0.01)。结论 LINC01018、EHHADH-AS1、F11-AS1等lncRNA居于LncRNA-mRNA共表达网络的核心位置,在HBV+肝细胞癌发生、发展中具有关键作用,有望成为HBV+肝细胞癌新的诊断和预后指标。展开更多
利用癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)和国际肿瘤基因组协作组(International Cancer Genome Consortium,ICGC)数据库收集肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者的RNA测序信息.首先,通过非负矩阵分解(non-negative m...利用癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)和国际肿瘤基因组协作组(International Cancer Genome Consortium,ICGC)数据库收集肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者的RNA测序信息.首先,通过非负矩阵分解(non-negative matrix factorization,NMF)聚类方法和加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选出参与HCC免疫反应机制的关键基因.利用套索(the least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归分析构建预后基因模型,并用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)方法分析生物学功能.随后,对不同风险组患者使用单样本基因集富集分析(single sample genes set enrichment analysis,ssGSEA)评估两组间免疫浸润和相关功能差异.使用“RMS”R软件包结合独立危险因素构建列线图以预测患者的总体生存时间.最后,利用人类蛋白质图谱数据库(Human Protein Atlas,HPA)与实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)进行临床初步验证.总之,本文在风险评分的基础上整合患者临床特征,构建了一个可验证、可重复的列线图,为临床肿瘤患者的精准治疗提供可靠的参考.展开更多
目的:探讨抑癌基因纤黏连蛋白(fibronectin,FN)、张力蛋白同源基因蛋白(phosphatase and tensin homology deleted on chromosome ten,PTEN)在肝细胞性肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织中的表达及其临床意义。方法:收集215例HCC...目的:探讨抑癌基因纤黏连蛋白(fibronectin,FN)、张力蛋白同源基因蛋白(phosphatase and tensin homology deleted on chromosome ten,PTEN)在肝细胞性肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织中的表达及其临床意义。方法:收集215例HCC、癌旁组织和19例正常肝组织,用RT-PCR、Western blot、免疫组化SP法检测FN、PTEN m RNA和蛋白表达,分析FN和PTEN表达与HCC临床病理特征的关系。结果:肝癌组织中FN m RNA和蛋白表达均明显高于癌旁组织及正常肝组织(F=142.334,P=0.000);而PTEN低于癌旁组织及正常肝组织,且在癌旁组织中的表达亦明显低于正常肝组织(F=80.861,P=0.000)。FN表达阳性患者组较阴性患者组生存时间短;而PTEN表达阳性患者较阴性患者生存时间长,且在1年以后两者生存期有统计学意义(P<0.05)。结论:HCC癌组织中FN、PTEN在肝癌组织中存在异常表达,两者异常表达可能在肝癌的发生发展、侵袭转移中起一定的促进或抑制作用。展开更多
文摘目的:肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是临床上常见的原发性恶性肿瘤之一,病死率位居世界第3。本研究基于基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库筛选出与HCC预后相关的关键基因,为开发新的HCC预后生物标志物提供理论依据。方法:从GEO数据库中选择HCC相关的数据集,利用GEO在线工具GEO2R分析出差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),通过注释可视化和集成发现数据库(Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery,DAVID)进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,使用相互作用基因/蛋白质的搜索工具(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins, STRING)构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,进一步利用细胞全景(Cytoscape)软件筛选出关键基因。使用阿拉巴马大学伯明翰分校创立的癌症组学数据库(University of Alabama at Birmingham Cancer Data Analysis Resource,UALCAN)分析关键基因在正常肝组织和HCC组织中的表达差异,及关键基因与患者病理分级、临床分期和生存率的关系,并使用人类蛋白质图谱(the Human Protein Atlas,THPA)进一步验证关键基因对HCC患者生存期的影响,利用基于血液的生物标志物在癌症早期诊断中的表达图谱(expression atlas of blood-based biomarkers in the early diagnosis of cancers,BBCancer)分析关键基因在HCC患者血液中的表达情况。结果:通过GEO数据库筛选得到78个DEGs,GO和KEGG通路富集分析显示以上基因可能通过促进细胞分裂和调节蛋白激酶活性影响HCC的进程。进一步利用Cytoscape软件筛选、UALCAN和THPA验证得到16个关键基因,其在HCC组织中均高表达且与患者疾病进展和不良预后相关。最后利用BBCancer发现ASPM和NCAPG在HCC患者血液中的含量升高。结论:本研究筛选出可作为HCC潜在预后生物标志物的16个关键基因,其中ASPM和NCAPG可能成为HCC患者血液标志物。
文摘目的分析乙型肝炎病毒阳性(HBV+)肝细胞癌患者肝组织长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和信使RNA(messenger,mRNA)的共表达网络,探讨关键lncRNA的作用。方法下载GEO(GSE54238)lncRNA/mRNA表达谱芯片数据,通过生物信息数据分析方法获得不同临床进展阶段的肝细胞癌患者与正常人均具有显著差异的肝组织lncRNA、mRNA表达谱,并构建被DNA元素百科全书数据库(Encyclopedia of DNA Elements,ENCODE)收录的差异lncRNA-mRNA共表达网络。继而分析共表达网络中的mRNA参与的GO、KEGG;并分析与核心lncRNA高度相关的mRNA与患者生存曲线的相关性。结果与5个ENCODE收录的差异lncRNA具有共表达关系的mRNA共有81个(相关系数≥0.90)。lncRNA-mRNA共表达网络中的mRNA主要参与的GO通路有氧化还原、呼吸电子链传递和脂肪酸代谢过程;KEGG信号通路主要有脂肪酸降解、过氧化物酶体增殖物激活受体和β-丙氨酸代谢。与核心LINC01018(又名SRHC)、EHHADH-AS1和F11-AS1高度相关的mRNA SLC2A2、PCK2、EHHADH、F11、FM04和NR1I3与患者生存曲线具有极显著相关性(P<0.01)。结论 LINC01018、EHHADH-AS1、F11-AS1等lncRNA居于LncRNA-mRNA共表达网络的核心位置,在HBV+肝细胞癌发生、发展中具有关键作用,有望成为HBV+肝细胞癌新的诊断和预后指标。
文摘利用癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)和国际肿瘤基因组协作组(International Cancer Genome Consortium,ICGC)数据库收集肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者的RNA测序信息.首先,通过非负矩阵分解(non-negative matrix factorization,NMF)聚类方法和加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选出参与HCC免疫反应机制的关键基因.利用套索(the least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归分析构建预后基因模型,并用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)方法分析生物学功能.随后,对不同风险组患者使用单样本基因集富集分析(single sample genes set enrichment analysis,ssGSEA)评估两组间免疫浸润和相关功能差异.使用“RMS”R软件包结合独立危险因素构建列线图以预测患者的总体生存时间.最后,利用人类蛋白质图谱数据库(Human Protein Atlas,HPA)与实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)进行临床初步验证.总之,本文在风险评分的基础上整合患者临床特征,构建了一个可验证、可重复的列线图,为临床肿瘤患者的精准治疗提供可靠的参考.
文摘目的:探讨抑癌基因纤黏连蛋白(fibronectin,FN)、张力蛋白同源基因蛋白(phosphatase and tensin homology deleted on chromosome ten,PTEN)在肝细胞性肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织中的表达及其临床意义。方法:收集215例HCC、癌旁组织和19例正常肝组织,用RT-PCR、Western blot、免疫组化SP法检测FN、PTEN m RNA和蛋白表达,分析FN和PTEN表达与HCC临床病理特征的关系。结果:肝癌组织中FN m RNA和蛋白表达均明显高于癌旁组织及正常肝组织(F=142.334,P=0.000);而PTEN低于癌旁组织及正常肝组织,且在癌旁组织中的表达亦明显低于正常肝组织(F=80.861,P=0.000)。FN表达阳性患者组较阴性患者组生存时间短;而PTEN表达阳性患者较阴性患者生存时间长,且在1年以后两者生存期有统计学意义(P<0.05)。结论:HCC癌组织中FN、PTEN在肝癌组织中存在异常表达,两者异常表达可能在肝癌的发生发展、侵袭转移中起一定的促进或抑制作用。
