【目的】探究野蛞蝓对极端温度的适应机制,为野蛞蝓防治提供参考依据。【方法】以常温处理(25℃)为对照(TC),采用Illumina高通量测序技术,分别对经过35℃高温(TH)胁迫1 h、-2℃低温(TL)胁迫1 h及TC的野蛞蝓成体进行转录组测序分析;筛选...【目的】探究野蛞蝓对极端温度的适应机制,为野蛞蝓防治提供参考依据。【方法】以常温处理(25℃)为对照(TC),采用Illumina高通量测序技术,分别对经过35℃高温(TH)胁迫1 h、-2℃低温(TL)胁迫1 h及TC的野蛞蝓成体进行转录组测序分析;筛选不同温度处理野蛞蝓的差异表达基因,并对其进行KEGG相关代谢通路富集分析与功能注释;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对筛选的热激蛋白基因进行验证。【结果】对比组合TH vs TC的差异表达基因为1127个,包括531个表达上调,596个表达下调;对比组合TL vs TC的差异表达基因为1003个,包括631个表达上调,372个表达下调;对比组合TH vs TL的差异表达基因为1847个,包括811个表达上调,1036个表达下调。GO富集表明,差异表达基因主要与氧化还原过程、蛋白水解、细胞组分组织或生物发生和细胞蛋白代谢过程相关。KEGG富集表明,差异基因主要参与内质网蛋白质加工、核糖体合成、长寿调节途径-多物种和抗原处理及呈现等途径。与温度胁迫相关的2类基因热激蛋白和细胞色素P450均表现为上调,表明其可能参与野蛞蝓对极端温度的耐受性作用。随机筛选的HSP70、HSP16.6、HSP90等7个热激蛋白基因qRT-PCR测定结果与转录组测定结果一致,表明转录组测序数据准确可信。【结论】本研究筛选得到野蛞蝓响应温度胁迫的关键基因HSPs和P450,其差异表达可能在抵御高低温胁迫中发挥重要作用。研究结果有助于进一步理解野蛞蝓响应高低温胁迫的分子机制,为野蛞蝓的防治提供参考依据。展开更多
分别选取3头1、60、120、180、240、300、360日龄(分别记为ND1、ND60、ND120、ND180、ND240、ND300、ND360)宁乡猪的背最长肌进行转录组测序分析,对9个比较组所筛选到的差异表达基因(DEGs)进行富集分析,并利用实时荧光定量PCR(qRT–PCR...分别选取3头1、60、120、180、240、300、360日龄(分别记为ND1、ND60、ND120、ND180、ND240、ND300、ND360)宁乡猪的背最长肌进行转录组测序分析,对9个比较组所筛选到的差异表达基因(DEGs)进行富集分析,并利用实时荧光定量PCR(qRT–PCR)验证DEGs水平。结果表明:ND60 vs ND1、ND120 vs ND60、ND180 vs ND120、ND240 vs ND180、ND300 vs ND240、ND360 vs ND300、ND180 vs ND1、ND360 vs ND180和ND360 vs ND1这9个比较组中分别鉴定出1982、245、131、311、26、84、2257、1377和2654个DEGs。GO分析结果表明,DEGs主要参与肌肉收缩、骨骼肌组织发育和钙离子结合过程;KEGG通路分析结果表明,DEGs主要富集于糖异生/糖酵解、PI3K–Akt、MAPK等信号通路;对DEGs进行qRT–PCR验证,qRT–PCR结果与测序结果一致;转录组测序和试验验证结果发现,THBS3在ND180 vs ND1和ND360 vs ND1比较组中均下调,THBS4分别在ND180 vs ND1和ND360 vs ND180中显著下调和上调,这表明THBS3和THBS4的表达方式与猪生长发育规律相反,推测它们可能负向调控骨骼肌的生长发育。展开更多
文摘【目的】探究野蛞蝓对极端温度的适应机制,为野蛞蝓防治提供参考依据。【方法】以常温处理(25℃)为对照(TC),采用Illumina高通量测序技术,分别对经过35℃高温(TH)胁迫1 h、-2℃低温(TL)胁迫1 h及TC的野蛞蝓成体进行转录组测序分析;筛选不同温度处理野蛞蝓的差异表达基因,并对其进行KEGG相关代谢通路富集分析与功能注释;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对筛选的热激蛋白基因进行验证。【结果】对比组合TH vs TC的差异表达基因为1127个,包括531个表达上调,596个表达下调;对比组合TL vs TC的差异表达基因为1003个,包括631个表达上调,372个表达下调;对比组合TH vs TL的差异表达基因为1847个,包括811个表达上调,1036个表达下调。GO富集表明,差异表达基因主要与氧化还原过程、蛋白水解、细胞组分组织或生物发生和细胞蛋白代谢过程相关。KEGG富集表明,差异基因主要参与内质网蛋白质加工、核糖体合成、长寿调节途径-多物种和抗原处理及呈现等途径。与温度胁迫相关的2类基因热激蛋白和细胞色素P450均表现为上调,表明其可能参与野蛞蝓对极端温度的耐受性作用。随机筛选的HSP70、HSP16.6、HSP90等7个热激蛋白基因qRT-PCR测定结果与转录组测定结果一致,表明转录组测序数据准确可信。【结论】本研究筛选得到野蛞蝓响应温度胁迫的关键基因HSPs和P450,其差异表达可能在抵御高低温胁迫中发挥重要作用。研究结果有助于进一步理解野蛞蝓响应高低温胁迫的分子机制,为野蛞蝓的防治提供参考依据。
文摘分别选取3头1、60、120、180、240、300、360日龄(分别记为ND1、ND60、ND120、ND180、ND240、ND300、ND360)宁乡猪的背最长肌进行转录组测序分析,对9个比较组所筛选到的差异表达基因(DEGs)进行富集分析,并利用实时荧光定量PCR(qRT–PCR)验证DEGs水平。结果表明:ND60 vs ND1、ND120 vs ND60、ND180 vs ND120、ND240 vs ND180、ND300 vs ND240、ND360 vs ND300、ND180 vs ND1、ND360 vs ND180和ND360 vs ND1这9个比较组中分别鉴定出1982、245、131、311、26、84、2257、1377和2654个DEGs。GO分析结果表明,DEGs主要参与肌肉收缩、骨骼肌组织发育和钙离子结合过程;KEGG通路分析结果表明,DEGs主要富集于糖异生/糖酵解、PI3K–Akt、MAPK等信号通路;对DEGs进行qRT–PCR验证,qRT–PCR结果与测序结果一致;转录组测序和试验验证结果发现,THBS3在ND180 vs ND1和ND360 vs ND1比较组中均下调,THBS4分别在ND180 vs ND1和ND360 vs ND180中显著下调和上调,这表明THBS3和THBS4的表达方式与猪生长发育规律相反,推测它们可能负向调控骨骼肌的生长发育。
