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基于KASP分子标记的木薯种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
1
作者 丘鸿 王明 +7 位作者 肖鑫辉 李开绵 叶剑秋 应东山 杨延青 孟俊霖 袁爱娟 宁佳慧 《南方农业学报》 北大核心 2026年第1期43-53,F0002,共12页
【目的】基于全基因组重测序数据开发木薯KASP分子标记,利用其对木薯种质进行遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建,以期为木薯种质鉴定、优异资源挖掘及新品种选育提供分子工具和理论参考。【方法】基于377份木薯种质全基因组重测序数据,... 【目的】基于全基因组重测序数据开发木薯KASP分子标记,利用其对木薯种质进行遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建,以期为木薯种质鉴定、优异资源挖掘及新品种选育提供分子工具和理论参考。【方法】基于377份木薯种质全基因组重测序数据,以位点完整性、次要等位基因频率、杂合率、多态性信息含量(PIC)、GC含量、序列同源性、连续单碱基重复及位点分布密度等条件,筛选出高多态性KASP分子标记,并对184份木薯种质资源进行遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建。【结果】从木薯全基因组重测序数据中位于基因组不同位置的52722个SNP位点进行筛选,最终获得了9443个SNP位点。从木薯的18条染色体上分别选择分布相对均匀的20个SNP位点,共计360个位点。利用360对KASP引物对22份木薯种质进行引物初筛,筛选出27个高多态性KASP分子标记。通过27个KASP分子标记对184份木薯种质资源的遗传多样性分析,结果显示,主要等位基因频率(MAF)为0.440~0.842,平均为0.637;基因多样性(GD)为0.270~0.591,平均为0.464,有26个KASP分子标记的GD高于0.300;观测杂合度(Ho)为0.173~0.538,平均为0.344,45.3%KASP分子标记的Ho分布在0.300~0.400;PIC为0.234~0.545,85.18%KASP分子标记的PIC大于0.300,显示出较高的多态性。184份木薯种质被划分为9个类群,群体划分与其地理来源未呈明显相关性,说明木薯种质间存在较高程度的基因交流与混合。将27个KASP分子标记分型结果转为二元编码数据,构建184份木薯种质资源的DNA指纹图谱,有效地揭示不同木薯种质之间的遗传差异。【结论】基于木薯全基因组重测序数据开发出27个KASP分子标记,能有效评估木薯种质遗传多样性,并鉴定种质间的亲缘关系,可用于木薯种质资源鉴定、基因定位及分子标记辅助育种。 展开更多
关键词 木薯 KASP分子标记 遗传多样性分析 dna指纹图谱 聚类分析
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基于CAPS分子标记构建蒙农S007饲用大豆DNA指纹图谱
2
作者 高佳荷 唐芳 +3 位作者 王勇 索荣臻 王明玖 罗四维 《中国草地学报》 北大核心 2026年第2期19-27,共9页
为提高饲用大豆品种鉴定的准确性与检测效率,本研究以内蒙古农业大学新育成品种蒙农S007饲用大豆(简称S007)为研究对象,以其亲本野大豆和其他饲用大豆品种(品系)为对照,并选取6个国内外广泛应用的栽培大豆品种作为验证材料。基于全基因... 为提高饲用大豆品种鉴定的准确性与检测效率,本研究以内蒙古农业大学新育成品种蒙农S007饲用大豆(简称S007)为研究对象,以其亲本野大豆和其他饲用大豆品种(品系)为对照,并选取6个国内外广泛应用的栽培大豆品种作为验证材料。基于全基因组重测序数据,筛选可被限制性内切酶酶切的SNP位点,开发稳定的酶切扩增多态性序列(Cleaved amplified polymorphic sequences,CAPS)分子标记,验证其稳定性和有效性,并构建可明确区分S007的DNA指纹图谱。研究结果表明,4个CAPS分子标记的SNP位点分别为:大豆6号染色体46861483位置的T-C突变在S006和S007中可被BglⅡ酶切;9号染色体47583653位置的C-A突变在野大豆和S007中不可被BglⅡ酶切;9号染色体50331067位置的T-C突变在S003和S007中不可被BglⅡ酶切;11号染色体8555794位置的C-G突变在S007和黑豆8-4-1中可被BglⅡ酶切。由此构建的蒙农S007饲用大豆的指纹图谱分子标记模式为“+——+(—)”(“+”表示可酶切,“-”表示不可酶切,“(—)”表示杂合),具备高度的品种特异性。基于上述4个CAPS标记构建的指纹图谱,可完全区分包括S007在内的9个参试大豆品种。本研究建立的方法为饲用大豆品种鉴定提供了一种高效、精准且低成本的技术方案,可为新品种审定、推广及其他植物指纹图谱构建提供参考。 展开更多
关键词 饲用大豆 CAPS分子标记 dna指纹图谱 品种鉴定
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山东石榴种质资源遗传多样性分析与DNA指纹图谱构建
3
作者 吴志苹 杨阳 +1 位作者 罗华 马丽 《果树学报》 北大核心 2026年第3期547-558,共12页
【目的】探究山东石榴种质资源的遗传多样性并构建DNA指纹图谱,为科学分类、品种鉴定及遗传改良提供理论依据。【方法】以76份石榴种质资源为材料,用16个ISSR引物进行PCR扩增,采用UPGMA法构建聚类图,利用PopGene软件分析遗传多样性,分... 【目的】探究山东石榴种质资源的遗传多样性并构建DNA指纹图谱,为科学分类、品种鉴定及遗传改良提供理论依据。【方法】以76份石榴种质资源为材料,用16个ISSR引物进行PCR扩增,采用UPGMA法构建聚类图,利用PopGene软件分析遗传多样性,分析引物的区分效率并构建DNA指纹图谱。【结果】16个引物共扩增305个位点,其中多态性比率为88.2%;平均等位基因数(Na)为1.9807,有效等位基因数(Ne)为1.6517,Nei’s基因多样性(He)为0.3704,Shannon信息指数(I)为0.5451,表明山东石榴遗传多样性较丰富;聚类结果将76份种质聚为4类;利用引物组合UBC834/UBC835成功构建了76份种质的DNA指纹图谱。【结论】本研究构建的DNA指纹图谱具有品种特异性,可为石榴种质的分类、鉴定及新品种选育提供科学依据。 展开更多
关键词 石榴 ISSR分子标记 遗传多样性 dna指纹图谱
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基于果实性状和ISSR分子标记的荔枝种质遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建 被引量：1
4
作者 刘小英 吴碧君 +3 位作者 曾丽兰 张游南 林革 刘国强 《南方农业学报》 北大核心 2025年第7期2216-2229,共14页
【目的】基于果实性状和ISSR分子标记对34份荔枝种质开展遗传多样性及聚类分析,并构建DNA指纹图谱,以期为荔枝种质资源分类鉴定、评价和创新利用提供理论参考。【方法】以我国34份荔枝种质资源为研究对象,对其平均单果重、可溶性固形物... 【目的】基于果实性状和ISSR分子标记对34份荔枝种质开展遗传多样性及聚类分析,并构建DNA指纹图谱,以期为荔枝种质资源分类鉴定、评价和创新利用提供理论参考。【方法】以我国34份荔枝种质资源为研究对象,对其平均单果重、可溶性固形物含量、果形、龟裂片形状、缝合线是否明显等果实性状进行观测,并进行变异分析、多样性分析及相关分析,分别基于果实形状和ISSR分子标记进行聚类分析。最后基于ISSR分子标记检测结果构建DNA指纹图谱。【结果】34份荔枝种质的单果重17.0~57.5 g,可溶性固形物含量13.0%~20.7%,果形有心形、近圆球形、卵圆形、椭圆形、歪心形,龟裂片形状有隆起、锥尖状突起、平滑,缝合线明显或不明显。果实性状的Shannon-Weaver多样性指数为0.67~1.97,其中缝合线是否明显最低,可溶性固形物含量最高。单果重与可溶性固形物含量呈极显著负相关(P<0.01),果形与龟裂片形状呈显著正相关(P<0.05)。基于果实性状的聚类结果显示,在欧氏距离为8时,供试材料被分为四大类,果实性状聚类结果与荔枝种质的果实缝合线是否明显相关性较强,其次是按果形和龟裂片形状进行聚类,且各类群包含不同地区的种质,说明聚类结果与地理分布无明显相关性。17条ISSR引物共扩增出191条条带,其中多态性条带165条,平均多态性比率86.39%,引物UBC835、UBC846和UBC879多态性比率高达100.00%;等位基因数(Na)为1.6875~2.0000,平均为1.8422,有效等位基因数(Ne)为1.2498~1.7177,平均为1.4470,Nei’s基因多样性指数(H')为0.16~0.40,平均为0.26,Shannon’s信息指数(I)为0.2616~0.5746,平均为0.4015。基于ISSR分子标记的聚类结果显示,34份荔枝种质的遗传相似系数为0.5916~0.8691,平均为0.7359,在遗传相似系数0.7100时,供试材料被分成四大类,各类群均包含多个地区的荔枝种质,聚类结果与地理分布无明显相关性,而与果实成熟期存在一定的相关性。ISSR引物UBC857可用于构建34份荔枝种质资源的DNA指纹图谱。【结论】34份荔枝种质果实性状遗传多样性较丰富,但遗传相似系数较高,遗传基础较狭窄。基于果实性状的聚类结果与ISSR分子标记的聚类结果仅部分相同,均与地理分布无明显相关性,分别与荔枝种质的果实缝合线是否明显和果实成熟期存在相关性。引物UBC857可鉴别34份荔枝种质资源。 展开更多
关键词 荔枝 果实性状 ISSR分子标记 遗传多样性 dna指纹图谱
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基于51K液相探针构建国外松良种的DNA指纹图谱 被引量：3
5
作者 吴亚荻 刁姝 +2 位作者 丁显印 黄琴韵 栾启福 《林业科学》 北大核心 2025年第6期109-119,共11页
【目的】由于国外松在苗期的形态特征十分相似,区分这些良种具有一定的挑战性。本研究旨在构建一套针对国外松良种的DNA指纹图谱,为国外松种质资源管理、良种知识产权保护等提供技术支持。【方法】本研究以38份国外松本种及其杂种松良... 【目的】由于国外松在苗期的形态特征十分相似,区分这些良种具有一定的挑战性。本研究旨在构建一套针对国外松良种的DNA指纹图谱,为国外松种质资源管理、良种知识产权保护等提供技术支持。【方法】本研究以38份国外松本种及其杂种松良种为材料,利用湿地松和火炬松的51K液相探针芯片进行SNPs捕获,获得38个国外松改良品种的基因型数据。通过次要等位基因频率、缺失率、杂合率和多态性信息含量等遗传参数筛选能够高效识别国外松种质资源的核心SNPs;根据PIC值进一步简化SNP标记的数量,达到较少数量的SNPs能高效识样本的目的。【结果】通过SNP位点捕获和基因分型,共得到560,567个SNPs位点,筛选得到344个核心SNPs,并利用PIC值进一步精简为20个SNPs,能够高效区分湿地松、火炬松、加勒比松及其杂交松,成功建立了38个松树良种的DNA指纹图谱。【结论】开发了一套针对国外松良种的DNA指纹图谱,建立了指纹图谱鉴定国外松及其良种的方法,可为良种知识产权保护、种质管理和系谱分析提供技术支持。 展开更多
关键词 dna指纹图谱 品种鉴别 湿地松 火炬松
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平顶山地区小麦种质资源DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析 被引量：1
6
作者 王二伟 马爱锄 +5 位作者 王健胜 杨好好 王军峰 黄雅敏 耿若飞 蒋钦群 《麦类作物学报》 北大核心 2025年第10期1342-1350,共9页
小麦种质资源是小麦新品种培育的重要基础。以平顶山地区40份小麦种质为材料,利用SSR分子标记对其遗传多样性进行了分析。结果表明,引物多态性条带百分比介于35%~100%之间,平均为74.5%,29对SSR引物共扩增出164个多态性条带,单对SSR引物... 小麦种质资源是小麦新品种培育的重要基础。以平顶山地区40份小麦种质为材料,利用SSR分子标记对其遗传多样性进行了分析。结果表明,引物多态性条带百分比介于35%~100%之间,平均为74.5%,29对SSR引物共扩增出164个多态性条带,单对SSR引物平均扩增5.60个,SSR引物有效等位基因数、Nei's基因多样性指数和Shannon's信息指数变化范围分别为1.17~1.66、0.11~0.38和0.17~0.55,平均值分别为1.43、0.26和0.39。不同小麦种质间的遗传相似系数变化范围为0.55~0.98,平均为0.77。基于遗传相似系数将40份小麦资源聚类为5个类群,第I类群包含3个小麦种质,第Ⅱ类包含11个小麦种质,第Ⅲ类群有5个小麦种质,第Ⅳ类群有3个小麦种质,第Ⅴ类群包含的小麦种质数最多,共有18个,占参试种质数量的45.0%。主成分分析结果与聚类分析结果基本一致。同时,利用SSR标记构建了40个小麦种质的DNA指纹图谱。 展开更多
关键词 小麦 SSR分子标记 dna指纹图谱 遗传多样性
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基于KASP-SNP的辣椒品种辣美11号DNA指纹图谱构建和种子纯度检测 被引量：1
7
作者 胡宗伟 宗琛 +3 位作者 戴蕾 魏周颖 戴祖云 杨中周 《中国瓜菜》 北大核心 2025年第4期45-52,共8页
为向辣椒杂交种子品种识别、纯度鉴定等工作提供更为高效、可靠的方法,基于辣椒全基因组开发的65对核心SNP标记,通过KASP-SNP技术对辣椒品种辣美11号及其双亲进行基因分型。利用条码在线生成软件将遗传信息转化为二维码,完成了辣美11号... 为向辣椒杂交种子品种识别、纯度鉴定等工作提供更为高效、可靠的方法,基于辣椒全基因组开发的65对核心SNP标记,通过KASP-SNP技术对辣椒品种辣美11号及其双亲进行基因分型。利用条码在线生成软件将遗传信息转化为二维码,完成了辣美11号及其双亲的种质身份证的构建。利用CaSNP10和CaSNP11两个分子标记检测辣美11号的纯度为98.4%,同时通过对比SSR分子标记以及田间纯度鉴定结果,验证了结果的可靠性。本研究实现了辣椒品种辣美11号的高通量检测,为实现辣椒品种权保护及高通量背景下辣椒的品种纯度鉴定提供了可靠依据。 展开更多
关键词 辣椒 dna指纹图谱 品种纯度 KASP SNP SSR
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大杯蕈遗传多样性分析和DNA指纹图谱构建
8
作者 吴碧君 邱春锦 +3 位作者 卢翠香 郑永德 曾丽兰 刘小英 《热带农业科学》 2025年第6期56-64,共9页
为了解大杯蕈种质资源的遗传多样性,加快大杯蕈良种选育进程,以10株大杯蕈菌株为试验材料,调查其农艺性状,采用拮抗试验和ISSR、RAPD、SRAP分子标记,分析10株大杯蕈菌株间的遗传多样性,基于3种分子标记扩增结果进行指纹图谱构建。农艺... 为了解大杯蕈种质资源的遗传多样性,加快大杯蕈良种选育进程,以10株大杯蕈菌株为试验材料,调查其农艺性状,采用拮抗试验和ISSR、RAPD、SRAP分子标记,分析10株大杯蕈菌株间的遗传多样性,基于3种分子标记扩增结果进行指纹图谱构建。农艺性状聚类分析显示,在欧氏距离2.5时,10份大杯蕈菌株被分为4类。筛选出的8个ISSR引物、10个RAPD引物、12对SRAP引物分别扩增出清晰条带111、121、166条,多态性比率ISSR(81.98%)>SRAP(77.71%)>RAPD(66.12%)。基于3种分子标记的综合聚类结果,当遗传相似系数为0.76时,10份大杯蕈种质菌株被分为4类,具有相似遗传背景的菌株聚为一类。10份供试菌株具有较丰富的遗传多样性,农艺性状聚类结果、拮抗试验与3种分子标记的综合聚类结果基本一致。ISSR分子标记的聚类结果与菌株间遗传背景更吻合,且ISSR引物组合可用于构建DNA指纹图谱。研究结果可为大杯蕈菌株鉴定和亲缘关系分析提供依据。 展开更多
关键词 大杯蕈 分子标记 遗传多样性 dna指纹图谱
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贵州地方火龙果芽变种质DNA指纹图谱及遗传多样性的ISSR分析 被引量：32
9
作者 张冰雪 范付华 +3 位作者 乔光 宋莎 文晓鹏 刘涛 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期573-577,共5页
【目的】为了构建火龙果芽变种质的DNA指纹图谱,并揭示种质间的遗传关系,【方法】以贵州近几年选育的一些优良火龙果种质为试材,采用ISSR标记技术和NTSYS 2.01软件对这些新种质及其原始品种进行分析。【结果】利用筛选出的52条引物进行... 【目的】为了构建火龙果芽变种质的DNA指纹图谱,并揭示种质间的遗传关系,【方法】以贵州近几年选育的一些优良火龙果种质为试材,采用ISSR标记技术和NTSYS 2.01软件对这些新种质及其原始品种进行分析。【结果】利用筛选出的52条引物进行PCR扩增,共扩增出364个清晰、重复性好的标记,其中215个（60%）为多态性标记。M08、845和881等3个引物扩增出的标记能将22份种质区分开来。采用NTSYS 2.01软件计算,供试种质间的相似性系数为0.70~0.96,平均0.81,其中红肉种质间平均值为0.82,白肉为0.89。UPGMA聚类分析显示,在相似系数0.9处可将供试材料分为11类,其中7份分别各自聚类（红肉占86%）。【结论】火龙果体细胞变异率较高,且红肉品种高于白肉品种,通过芽变选种能有效地实现遗传改良。 展开更多
关键词 火龙果 贵州 ISSR 遗传多样性 dna指纹图谱
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利用SRAP标记构建18个木薯品种的DNA指纹图谱 被引量：42
10
作者 齐兰 王文泉 +2 位作者 张振文 叶剑秋 李开绵 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1642-1648,共7页
利用SRAP标记,选用36对多态性较好的引物组合,对18个木薯品种进行分析鉴定,扩增出320个位点,其中多态性位点235个,多态性比率达73.4%,平均每对引物组合可产生8.9个位点和6.5个多态性位点;235个多态性位点采用非加权组平均法(UPGMA)进行... 利用SRAP标记,选用36对多态性较好的引物组合,对18个木薯品种进行分析鉴定,扩增出320个位点,其中多态性位点235个,多态性比率达73.4%,平均每对引物组合可产生8.9个位点和6.5个多态性位点;235个多态性位点采用非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析,以遗传相似系数0.734为阈值,可将18份供试材料分为4组;选用2对多态性引物Me1-Em5和Me24-Em10,初步构建了18份木薯品种的指纹图谱,根据条带的有无转换为0、1二进制编码形成数字指纹,每个品种拥有唯一的数字指纹区别于其他品种,置信概率达到99.999%。结果表明,采用SRAP标记建立的指纹图谱适用于木薯品种的分类和鉴定。 展开更多
关键词 木薯 SRAP dna指纹图谱
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新陆早棉花品种DNA指纹图谱的构建及遗传多样性分析 被引量：29
11
作者 聂新辉 尤春源 +6 位作者 李晓方 秦江鸿 黄聪 郭欢乐 王夏青 赵文霞 林忠旭 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期2104-2117,共14页
以新疆2013年前审定的51个新陆早常规棉花品种为材料,从5000对SSR引物中筛选出多态性高、稳定性好、且定位在棉花26条染色体上（每条染色体上选择2-3对）的75对核心引物,检测到多态性位点226个,每个标记检测到的基因型位点数在2-12之间... 以新疆2013年前审定的51个新陆早常规棉花品种为材料,从5000对SSR引物中筛选出多态性高、稳定性好、且定位在棉花26条染色体上（每条染色体上选择2-3对）的75对核心引物,检测到多态性位点226个,每个标记检测到的基因型位点数在2-12之间,平均为3.01个;引物多态信息量（PIC）值介于0.0799-0.8752之间,平均值为0.6624。结果显示,在51份新陆早棉花常规品种中,可利用特征引物将21份品种一次性区分开。利用40对引物可以完全区分开新陆早51份常规品种,并构建供试品种的指纹图谱。同时利用NTSYS-pc V2.10软件聚类分析表明,51个新陆早棉花品种遗传相似系数变化范围为0.4269-0.9873,平均值为0.7071,说明新陆早棉花品种之间遗传多样性较狭窄;遗传相似系数矩阵和聚类分析将51个新陆早品种分为4大类型,与原品种选育系谱高度吻合。 展开更多
关键词 新陆早常规品种 SSR dna指纹图谱 遗传多样性
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中国鸭茅主栽品种DNA指纹图谱构建 被引量：30
12
作者 蒋林峰 张新全 +4 位作者 黄琳凯 马啸 罗登 张宗瑜 蒙芬 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期604-614,共11页
利用SSR标记和SCoT标记构建了我国主栽的21个鸭茅品种的DNA指纹图谱。从180对SSR引物和80个SCoT引物中,筛选出多态性高、谱带清晰的SSR引物和SCoT引物各24个。24对SSR引物在供试材料中共检测到186个条带,其中多态性条带为175个,品种特... 利用SSR标记和SCoT标记构建了我国主栽的21个鸭茅品种的DNA指纹图谱。从180对SSR引物和80个SCoT引物中,筛选出多态性高、谱带清晰的SSR引物和SCoT引物各24个。24对SSR引物在供试材料中共检测到186个条带,其中多态性条带为175个,品种特异条带6个,平均多态性比率94.03%,多态性信息量均值0.845,Shannon指数变幅0.4479～0.6549,基因多样性指数变幅0.2946～0.4633,可鉴别的品种数2～21个；利用24个SCoT引物在供试材料中共检测到321个条带,其中多态性条带为249个,品种特异条带6个,平均多态性比率76.33%,多态性信息量均值0.907,Shannon指数变幅0.2588～0.6329,基因多样性指数变幅0.1695～0.4451,可鉴别的品种数1～21个；5对SSR引物和5个SCoT引物在10个品种上具有唯一特征谱带,最终综合各项指标筛选出5个引物（A01E14、A01K14、B03E14、D02K13和SCoT23）上的37个条带用于鸭茅品种DNA指纹图谱构建,数据库中每个品种均具有唯一DNA指纹编码,构建的DNA指纹数据可用于鸭茅品种真伪鉴定,为品种权保护提供了科学依据。 展开更多
关键词 鸭茅 主栽品种 SSR SCoT dna指纹图谱 遗传多样性
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采用DNA指纹图谱技术分析中长跑运动员肠道菌群结构特征 被引量：23
13
作者 乔德才 陈敬 +2 位作者 魏桂芳 王凌华 赵立平 《中国运动医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期517-521,共5页
目的 :用DNA指纹图谱技术分析中长跑运动员肠道菌群区系结构的特征。方法 :对 7名中长跑运动员进行连续 6天的跟踪观察 ,直接从其粪便样品中提取出总DNA为模板 ,进行ERIC-PCR扩增 ,得到反映肠道微生物菌群结构特征的DNA指纹图。结果 :... 目的 :用DNA指纹图谱技术分析中长跑运动员肠道菌群区系结构的特征。方法 :对 7名中长跑运动员进行连续 6天的跟踪观察 ,直接从其粪便样品中提取出总DNA为模板 ,进行ERIC-PCR扩增 ,得到反映肠道微生物菌群结构特征的DNA指纹图。结果 :根据图谱多样性指数变化和相似性系数值的分布特征 ,受试运动员表现出两种类型 :一类菌群区系结构稳定 ,受运动负荷变化影响较小 ;另一类菌群区系结构随运动负荷的增减出现较大波动。结果表明 :运动员DNA指纹图谱特征存在明显个体差异 ;运动负荷的变化可能改变运动员肠道菌群区系结构。提示稳定的菌群结构可能是运动员在剧烈运动条件下保持良好机能状态的重要因素之一。 展开更多
关键词 肠道菌群 dna指纹图谱 取出 改变 剧烈运动 观察 中长跑运动员 运动负荷 特征 技术分析
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兼容型maizeSNP384标记筛选与玉米杂交种DNA指纹图谱构建 被引量：13
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作者 田红丽 杨扬 +7 位作者 王璐 王蕊 易红梅 许理文 张云龙 葛建镕 王凤格 赵久然 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期1006-1015,共10页
为加强玉米品种管理和知识产权保护,评估确定了一套兼容多技术平台,适于玉米分子鉴定的SNP位点组合,该组合包含384个位点;构建了335个玉米杂交种SNP-DNA指纹,并针对位点和样品从各个角度进行分析。384个位点全部分布在基因内区域,显示... 为加强玉米品种管理和知识产权保护,评估确定了一套兼容多技术平台,适于玉米分子鉴定的SNP位点组合,该组合包含384个位点;构建了335个玉米杂交种SNP-DNA指纹,并针对位点和样品从各个角度进行分析。384个位点全部分布在基因内区域,显示了较好的多态性;MAF、PIC、DP平均值分别为0.39、0.36、0.60,384个位点中88%的位点MAF值高于0.30,98%的位点PIC值高于0.30,98%的位点DP值高于0.50。对335个玉米杂交种进行遗传相似系数两两比较,GD(1−Nei遗传距离)的变异范围为0.60~0.99,GD≥0.98、0.95、0.90者分别占比0.10%、0.38%、1.40%;GS(相同等位基因比)的变异范围为0.50~0.99,GS≥0.98、0.95、0.90者分别占比0.03%、0.11%、0.35%。从384个位点中抽取最优位点组合,12个位点组合时品种识别率为0.99,20个位点组合能够识别335个品种。综上所述,本研究报道的384个核心SNP位点具有兼容多平台、高稳定性、高重复性、高品种区分能力,利用核心位点构建了335个玉米杂交种SNP-DNA指纹,为玉米品种分子鉴定、指纹数据构建以及分子育种提供了关键数据支撑。 展开更多
关键词 玉米 SNP 位点组合 品种分子鉴定 dna指纹图谱 芯片
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东北地区水稻区试新品种的DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析 被引量：26
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作者 陈英华 侯昱铭 +3 位作者 李宏宇 李茂柏 袁媛 徐正进 《种子》 CSCD 北大核心 2009年第3期28-35,共8页
构建DNA指纹图谱对新品种登记注册、种子质量鉴定、品种权益保护、遗传资源评价等具有重要的意义。本研究从500对SSR引物中筛选出10对核心引物,用于构建东北地区近两年区域试验品种的DNA指纹图谱。遗传多样性分析结果显示,在100对多态... 构建DNA指纹图谱对新品种登记注册、种子质量鉴定、品种权益保护、遗传资源评价等具有重要的意义。本研究从500对SSR引物中筛选出10对核心引物,用于构建东北地区近两年区域试验品种的DNA指纹图谱。遗传多样性分析结果显示,在100对多态性位点上只检测到300个等位基因,平均每个位点的等位基因数是仅为3个,平均PIC值为0.375 3,平均Shannon-Weiner多样性指数为0.644 5,明显低于国内其它稻区水平。因此,认为东北地区当前的种质资源遗传多样性相对狭窄。 展开更多
关键词 dna指纹图谱 SSR分子标记 水稻 遗传多样性 东北地区
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新疆枸杞种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建 被引量：22
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作者 查美琴 赵玉玲 +3 位作者 李疆 朱瑜 罗淑萍 胡月 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1065-1071,共7页
利用SCoT分子标记对新疆枸杞种质资源进行遗传多样性分析和DNA指纹图谱构建,为杂交育种和种质鉴定提供理论依据。结果显示：9条SCoT引物扩增出条带256条,其中219条为多态性条带,多态性比率达85.62%,多态性信息含量（PIC）值变化范围在0.... 利用SCoT分子标记对新疆枸杞种质资源进行遗传多样性分析和DNA指纹图谱构建,为杂交育种和种质鉴定提供理论依据。结果显示：9条SCoT引物扩增出条带256条,其中219条为多态性条带,多态性比率达85.62%,多态性信息含量（PIC）值变化范围在0.77-0.91之间,平均值为0.85,观测等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Nei＇s基因多样性指数（H）和Shannon信息指数（I）的平均值分别为1.8562、1.4350、0.2611、0.3989,聚类分析表明,遗传相似系数变化范围在0.5938-0.8398之间,在遗传相似系数为0.66和0.71处,可将30份材料分别分为2大类和4个亚类,主坐标分析结果和聚类结果基本一致,同时利用5条多态性SCoT引物构建了30份材料的DNA指纹图谱。新疆枸杞种质资源遗传多样性水平较高,且SCoT分子标记适于新疆枸杞种质资源遗传多样性分析和DNA指纹图谱构建,该研究结果为新疆枸杞种质资源评价、鉴定和新品种选育奠定了基础。 展开更多
关键词 枸杞 SCoT 种质资源 遗传多样性 dna指纹图谱
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基于EST-SSR标记的甘薯种质资源DNA指纹图谱构建 被引量：18
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作者 罗忠霞 房伯平 +7 位作者 李茹 王章英 黄立飞 陈景益 张雄坚 李育军 陈新亮 黄实辉 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期810-814,共5页
采用EST-SSR标记构建了国家种质广州甘薯圃中52份甘薯种质资源的DNA指纹图谱。利用52份供试资源,从早期筛选出的342对候选多态性引物中筛选出16对核心引物,16对引物在52份资源中共扩增出159个等位位点,每对引物的等位位点数为5～19个不... 采用EST-SSR标记构建了国家种质广州甘薯圃中52份甘薯种质资源的DNA指纹图谱。利用52份供试资源,从早期筛选出的342对候选多态性引物中筛选出16对核心引物,16对引物在52份资源中共扩增出159个等位位点,每对引物的等位位点数为5～19个不等,平均为9.94个,多态性信息含量变化范围为0.6235～0.9593,平均为0.7991。选择带型清晰、重复性好、易于统计且能将52份资源完全区分开的2对引物组合构建供试资源的DNA指纹图谱。NTSYS软件聚类分析表明,EST-SSR标记能正确反映出不同资源间的亲缘关系,为构建甘薯大型DNA指纹图谱数据库奠定了基础。 展开更多
关键词 甘薯 种质资源 EST-SSR dna指纹图谱
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基于SRAP标记的薏苡种质资源遗传多样性及DNA指纹图谱构建 被引量：19
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作者 夏法刚 黄金星 +5 位作者 季彪俊 詹福杨 谢萍萍 邓邦柱 林宏 郑金贵 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期413-420,共8页
利用SRAP分子标记对从各主要产地收集到的90份薏苡种质进行遗传多样性分析,其中68份收集于福建省,6份来自中国台湾,16份来自浙江、辽宁、山东、河南、云南、江苏、湖南、广东、上海等省(市)。结果表明,从88对SRAP引物组合中筛选出26对... 利用SRAP分子标记对从各主要产地收集到的90份薏苡种质进行遗传多样性分析,其中68份收集于福建省,6份来自中国台湾,16份来自浙江、辽宁、山东、河南、云南、江苏、湖南、广东、上海等省(市)。结果表明,从88对SRAP引物组合中筛选出26对引物进行SRAP扩增,共扩增出185条带,其中具有多态性的有157,占总数的84.86%,表明90份薏苡种质表现出丰富的遗传多样性。基于SRAP标记利用系统聚类法将90份薏苡种质资源分为4大类,与形态性状分类结果有一定的相似性;利用16对SRAP引物构建了73份薏苡种质资源的DNA指纹图谱,为薏苡遗传研究、品种选育与资源保护提供了依据。 展开更多
关键词 薏苡 种质资源 SRAP标记 dna指纹图谱
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怀地黄SRAP分子标记体系的建立与DNA指纹图谱的构建 被引量：14
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作者 谷凤平 周春娥 +4 位作者 路淑霞 姚换灵 王芳 段红英 周延清 《河南师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期175-178,共4页
以怀地黄DNA为模板,进行SRAP反应条件的优化及DNA指纹图谱构建,优化的反应体系为:25μL的体积中,模板DNA 20 ng,Mg2+浓度2.5 mmol.L-1,上下游引物各0.36μmol.L-1,dNTPs 0.30 mmol.L-1,Taq DNA酶2.0 U.构建了怀地黄23个品种的DNA指纹图... 以怀地黄DNA为模板,进行SRAP反应条件的优化及DNA指纹图谱构建,优化的反应体系为:25μL的体积中,模板DNA 20 ng,Mg2+浓度2.5 mmol.L-1,上下游引物各0.36μmol.L-1,dNTPs 0.30 mmol.L-1,Taq DNA酶2.0 U.构建了怀地黄23个品种的DNA指纹图谱,为怀地黄品种鉴定、遗传多样性分析、分子标记辅助育种和质量综合评价等研究奠定了基础. 展开更多
关键词 怀地黄 SRAP扩增体系优化 SRAP dna指纹图谱
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应用SRAP标记绘制88份南瓜属种质资源DNA指纹图谱 被引量：21
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作者 陶爱芬 魏嘉俊 +3 位作者 刘星 徐建堂 朱忠南 祁建民 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期225-232,共8页
为了给南瓜属种质资源鉴定和分类提供分子生物学依据,本研究采用SRAP分子标记技术与DNAMAN指纹图谱绘制软件对88份南瓜属种质资源(包含美洲南瓜、中国南瓜、印度南瓜)进行分子指纹图谱绘制。结果表明:35对SRAP多态性引物共扩增出499条... 为了给南瓜属种质资源鉴定和分类提供分子生物学依据,本研究采用SRAP分子标记技术与DNAMAN指纹图谱绘制软件对88份南瓜属种质资源(包含美洲南瓜、中国南瓜、印度南瓜)进行分子指纹图谱绘制。结果表明:35对SRAP多态性引物共扩增出499条清晰条带,其中多态性条带438条,多态性条带比率高达87.8%。根据扩增出的条带成功绘制出88份南瓜属种质资源的DNA指纹图谱,每一份种质都具有其独特的分子身份证,使得每份种质均可被区别开来。其中,多态性最好的引物是E5EM8,可以同时绘制72份南瓜属种质资源的指纹图谱。所有供试材料用5对多态性SRAP引物即可全部区别开来。研究表明,SRAP分子标记技术可成功地绘制南瓜属种质资源DNA指纹图谱。本研究对南瓜属种质资源鉴别、分子数据库构建及品种权保护具有较重要的意义。 展开更多
关键词 南瓜属 金丝瓜 SRAP dna指纹图谱
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