目的·探讨无创产前检测(non-invasive prenatal testing,NIPT)对染色体17p12区域[包含外周髓鞘蛋白22(peripheral myelin protein 22,PMP22)]拷贝数变异(copy number variations,CNVs)的检测效能及临床应用价值。方法·选取202...目的·探讨无创产前检测(non-invasive prenatal testing,NIPT)对染色体17p12区域[包含外周髓鞘蛋白22(peripheral myelin protein 22,PMP22)]拷贝数变异(copy number variations,CNVs)的检测效能及临床应用价值。方法·选取2020年7月—2024年4月在上海交通大学医学院附属国际和平妇幼保健院行NIPT的孕妇,统计NIPT结果提示17p12区域微缺失/重复高风险个体的临床资料,随访相关个体后续产前诊断和孕妇夫妻双方外周血染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)结果,分析NIPT筛查17p12区域微缺失/重复的阳性预测值及假阳性的原因。对已明确诊断携带17p12区域CNVs的胎儿及孕妇进行追踪随访,记录妊娠结局及相关临床表型。结果·共61858例孕妇行NIPT,其中24例(0.04%)结果提示17p12区域CNVs高风险,包括17p12微重复高风险6例、17p12微缺失高风险18例。24例孕妇均进行了后续遗传咨询,其中21例(87.50%)进行介入性产前诊断。介入性产前诊断结果提示胎儿17p12重复异常4例、17p12缺失异常9例、未见异常8例,阳性预测值61.90%(13/21)。对8例胎儿假阳性的孕妇外周血行CMA分析,提示孕妇自身均携带17p12区域微缺失/重复。对NIPT提示母源CNVs高风险的孕妇进一步分析提示,孕妇自身均携带相关CNVs。成功随访其中20例孕妇,除1例因胎儿新发17p12区域微重复选择终止妊娠外,其余均正常分娩。正常分娩的胎儿随访至今(平均年龄1.5岁),暂未报告相关异常。对16例携带17p12区域CNVs的孕妇进行评估,有2例表现出与17p12区域CNVs相关的临床表型特征,其余暂未见异常。结论·NIPT对17p12区域CNVs有较好的检测效能,母体CNVs是导致NIPT检测假阳性的主要原因。展开更多
目的建立基于竞争性聚合酶链式反应(competitive polymerase chain reaction,cPCR)小鼠基因拷贝数变异(copy number variations,CNVs)的检测方法,用于检测野生小家鼠来源一号染色体替换系群体(population of specific chromosome 1 subs...目的建立基于竞争性聚合酶链式反应(competitive polymerase chain reaction,cPCR)小鼠基因拷贝数变异(copy number variations,CNVs)的检测方法,用于检测野生小家鼠来源一号染色体替换系群体(population of specific chromosome 1 substitution strains,PCSSs)的CNVs。方法选取小鼠一号染色体上11个CNVs位点,及7、9和X染色体上各1个内对照位点,分别构建克隆质粒为竞争性粒模板,应用cPCR技术,建立荧光通用引物多重cPCR检测方法。结果多重cPCR方案适用于小鼠一号染色体上11个CNV位点的拷贝数检测,且能准确检测X染色体的拷贝数。结论实现小鼠快速、高通量的CNVs检测,可准确检测小鼠1号染色体中11个CNV位点的拷贝数变异。展开更多
拷贝数变异(Copy number variations,CNVs)主要指大于1kb以上的DNA片段的缺失、插入、重复等。CNVs广泛存在于人类和其他哺乳动物的基因组中。文章主要介绍了CNVs对人类疾病的影响及其检测技术,并对CNVs在动物抗病育种中的应用前景进行...拷贝数变异(Copy number variations,CNVs)主要指大于1kb以上的DNA片段的缺失、插入、重复等。CNVs广泛存在于人类和其他哺乳动物的基因组中。文章主要介绍了CNVs对人类疾病的影响及其检测技术,并对CNVs在动物抗病育种中的应用前景进行了展望。由于拷贝数变异对抗病性和易感性的影响至关重要,因此采用生物技术手段有望将其运用于家畜标记辅助选择、QTL精细定位以及动物优良抗病品种培育当中。展开更多
拷贝数变异(copy number variation,CNV)具有多种形式的变异结构,在品种多样性、生物进化和疾病相关性等研究中起着重要作用,并具有片段长度大、覆盖范围广等特点。随着分子生物学的发展及DNA测序技术的日渐成熟,人们对遗传变异的研究...拷贝数变异(copy number variation,CNV)具有多种形式的变异结构,在品种多样性、生物进化和疾病相关性等研究中起着重要作用,并具有片段长度大、覆盖范围广等特点。随着分子生物学的发展及DNA测序技术的日渐成熟,人们对遗传变异的研究不断向DNA分子水平深入,多态性标记在畜禽育种中已逐渐成为动物育种研究的趋势和主流。由于CNV对基因的调控和表达所造成的影响更为显著,因此,CNV在重要畜禽中的研究越来越多。目前,已检测出大量有关畜禽重要经济性状的基因序列变异,并有许多研究均表明CNV与动物的重要经济特征及疾病的发生有关。笔者主要通过参考国内外相关的研究报道,简述了CNV的相关研究背景、概念、突变机制,归纳总结了CNV对牛、羊、猪、鸡的经济性状、繁殖性状和疾病调控的影响,以期通过对这些重要畜禽的基因组学研究揭示其适应性遗传机理和表型性状差异的遗传基础,开发相应的分子遗传标记,为畜禽的标记辅助选育提供理论基础。展开更多
近几年的研究发现表明,拷贝数变异(Copy number variations,CNV)在人类和动物基因组中大量存在,属于重要的生物遗传变异资源,并且与表型的多样性相关,在物种的演化与发展中发挥着重要作用。本文中介绍了CNVs的基本知识、作用机理以及各...近几年的研究发现表明,拷贝数变异(Copy number variations,CNV)在人类和动物基因组中大量存在,属于重要的生物遗传变异资源,并且与表型的多样性相关,在物种的演化与发展中发挥着重要作用。本文中介绍了CNVs的基本知识、作用机理以及各种检测技术,并进一步对其研究进展进行可行性展望。展开更多
目的:对比肢端黑色素瘤(acral melanoma,AM)与非肢端黑色素瘤(non-acral melanoma,NAM)的基因突变类型及基因拷贝数变异(copy number variation,CNV)的差异,讨论并分析其基因突变类型及拷贝数变异的意义。方法:收集2018年1月至2021年1...目的:对比肢端黑色素瘤(acral melanoma,AM)与非肢端黑色素瘤(non-acral melanoma,NAM)的基因突变类型及基因拷贝数变异(copy number variation,CNV)的差异,讨论并分析其基因突变类型及拷贝数变异的意义。方法:收集2018年1月至2021年1月新疆医科大学附属肿瘤医院收治的73例皮肤黑色素瘤患者的资料,所有患者均采用二代测序技术对46个癌症相关基因进行了全面的基因组检测。根据解剖部位分为肢端组(AMs)和非肢端组(NAMs),比较并讨论两组患者的临床病理特征、基因突变类型及CNV的差异。结果:两组患者在性别、年龄、肿瘤厚度、溃疡、淋巴结状态和分期等方面无显著性差异(P>0.05)。73例患者最常见的基因突变类型为BRAF突变(20.5%)、KRAS/NRAS突变(17.8%)、KIT突变(13.7%)。与AMs相比,NAMs的BRAF突变频率呈显著性差异(P<0.05)。年龄≤65岁的患者BRAF突变率与年龄>65岁的患者相比呈显著性差异(P<0.05)。此外,无溃疡的黑色素瘤比有溃疡的黑色素瘤更易出现BRAF突变(P<0.05)。两组患者中KRAS/NRAS和KIT突变率无显著性差异(P>0.05)。影响细胞周期畸变基因(CDK4/6、CCND1/2、CDKN2A)、受体酪氨酸激酶基因(EGFR、MET、ERBB2、ERBB3、PDGFRA)及抗细胞凋亡基因(BIRC2/3/5)的CNV在AMs和NAMs之间呈显著性差异(P=0.019、0.002、0.027)。结论:通过对AMs和NAMs基因突变类型及CNV的分析,能为深入了解皮肤恶性黑色素瘤致癌模式和临床病理特征提供帮助。展开更多
旨在鉴别与鸭重要经济性状潜在相关的拷贝数变异(copy number variations,CNVs),为解析CNVs对鸭经济性状的影响提供前期研究基础。本研究利用从美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)公共数据...旨在鉴别与鸭重要经济性状潜在相关的拷贝数变异(copy number variations,CNVs),为解析CNVs对鸭经济性状的影响提供前期研究基础。本研究利用从美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)公共数据库中下载的8个鸭品种共78个个体的全基因组重测序数据,采用CNVnator和CNVcaller软件进行全基因组CNVs检测,同时只保留两个软件检测结果中存在至少1 bp重叠的同类型CNVRs,以消除假阳性对试验结果的影响。结果显示,8个鸭品种的CNVs合并后共检测出7550个CNV regions(CNVRs),其中包括7098个duplications和452个deletions。这些CNVRs在鸭29条常染色体上呈不均匀分布,总长度为16111.2 kb,平均长度为2134 bp,约占鸭基因组的1.51%。此外,本研究在8个鸭品种共筛选到4304个潜在的品种特异性CNVRs,覆盖1230个注释基因。通过基因功能Gene Ontology(GO)富集分析,鉴别到38个可能与生长和繁殖相关的CNVRs。本研究共发现7550个CNVRs,筛选出4304个潜在的品种特异性CNVRs,并鉴别到38个与鸭生长和繁殖潜在相关的CNVRs,为深入探究CNVs对鸭重要经济性状的影响提供了必要的研究基础。展开更多
目的:总结拷贝数变异测序(copy number variant sequencing,CNV‐seq)对检测胎儿染色体及巨细胞病毒载量的应用价值。方法:分析CNV‐seq检测胎儿染色体及巨细胞病毒载量的3例巨细胞病毒载量阳性患者的临床基础资料、相关实验室检查、治...目的:总结拷贝数变异测序(copy number variant sequencing,CNV‐seq)对检测胎儿染色体及巨细胞病毒载量的应用价值。方法:分析CNV‐seq检测胎儿染色体及巨细胞病毒载量的3例巨细胞病毒载量阳性患者的临床基础资料、相关实验室检查、治疗过程及转归并文献复习。结果:3例病例中患者羊水巨细胞病毒载量均小于105 Copies/mL,且其孕期临床表现、产后随访均未见明显神经系统异常。文献复习未见有关CNV‐seq技术应用于巨细胞病毒感染的检测,仅有对已确诊患者进行CMV‐DNA的基因组分析的文献报道。结论:CNV‐seq可用于巨细胞病毒载量的检测,其病毒载量对胎儿的结局可能具有一定程度的预判价值。CNV‐seq可同时检测胎儿染色体及病原微生物,对于出生缺陷防控有着重要意义。展开更多
为鉴定影响蛋壳色素含量的基因组拷贝数变异,试验以长顺绿壳蛋鸡为研究对象,依据蛋壳表型设置2个试验组:B2 vs B1和B3 vs B1,通过CGH芯片全基因组检测筛选和Ac⁃cuCopyTM多重基因拷贝数检测验证,在全基因组范围内进行鉴定,选择其中12个...为鉴定影响蛋壳色素含量的基因组拷贝数变异,试验以长顺绿壳蛋鸡为研究对象,依据蛋壳表型设置2个试验组:B2 vs B1和B3 vs B1,通过CGH芯片全基因组检测筛选和Ac⁃cuCopyTM多重基因拷贝数检测验证,在全基因组范围内进行鉴定,选择其中12个注释功能基因开展关联验证。结果显示:两个试验组分别检测到绿壳表型差异关联区域22个和24个;腺苷酸环化酶10(ADCY10)基因拷贝数变异与原卟啉色素含量呈极显著负相关(R=-0.424,P=0.001),与胆绿素色素含量呈显著正相关(R=0.299,P=0.018)。研究提示,ADCY10基因可能是影响蛋壳中不同色素含量的关键基因之一。展开更多
文摘目的·探讨无创产前检测(non-invasive prenatal testing,NIPT)对染色体17p12区域[包含外周髓鞘蛋白22(peripheral myelin protein 22,PMP22)]拷贝数变异(copy number variations,CNVs)的检测效能及临床应用价值。方法·选取2020年7月—2024年4月在上海交通大学医学院附属国际和平妇幼保健院行NIPT的孕妇,统计NIPT结果提示17p12区域微缺失/重复高风险个体的临床资料,随访相关个体后续产前诊断和孕妇夫妻双方外周血染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)结果,分析NIPT筛查17p12区域微缺失/重复的阳性预测值及假阳性的原因。对已明确诊断携带17p12区域CNVs的胎儿及孕妇进行追踪随访,记录妊娠结局及相关临床表型。结果·共61858例孕妇行NIPT,其中24例(0.04%)结果提示17p12区域CNVs高风险,包括17p12微重复高风险6例、17p12微缺失高风险18例。24例孕妇均进行了后续遗传咨询,其中21例(87.50%)进行介入性产前诊断。介入性产前诊断结果提示胎儿17p12重复异常4例、17p12缺失异常9例、未见异常8例,阳性预测值61.90%(13/21)。对8例胎儿假阳性的孕妇外周血行CMA分析,提示孕妇自身均携带17p12区域微缺失/重复。对NIPT提示母源CNVs高风险的孕妇进一步分析提示,孕妇自身均携带相关CNVs。成功随访其中20例孕妇,除1例因胎儿新发17p12区域微重复选择终止妊娠外,其余均正常分娩。正常分娩的胎儿随访至今(平均年龄1.5岁),暂未报告相关异常。对16例携带17p12区域CNVs的孕妇进行评估,有2例表现出与17p12区域CNVs相关的临床表型特征,其余暂未见异常。结论·NIPT对17p12区域CNVs有较好的检测效能,母体CNVs是导致NIPT检测假阳性的主要原因。
文摘目的建立基于竞争性聚合酶链式反应(competitive polymerase chain reaction,cPCR)小鼠基因拷贝数变异(copy number variations,CNVs)的检测方法,用于检测野生小家鼠来源一号染色体替换系群体(population of specific chromosome 1 substitution strains,PCSSs)的CNVs。方法选取小鼠一号染色体上11个CNVs位点,及7、9和X染色体上各1个内对照位点,分别构建克隆质粒为竞争性粒模板,应用cPCR技术,建立荧光通用引物多重cPCR检测方法。结果多重cPCR方案适用于小鼠一号染色体上11个CNV位点的拷贝数检测,且能准确检测X染色体的拷贝数。结论实现小鼠快速、高通量的CNVs检测,可准确检测小鼠1号染色体中11个CNV位点的拷贝数变异。
文摘拷贝数变异(Copy number variations,CNVs)主要指大于1kb以上的DNA片段的缺失、插入、重复等。CNVs广泛存在于人类和其他哺乳动物的基因组中。文章主要介绍了CNVs对人类疾病的影响及其检测技术,并对CNVs在动物抗病育种中的应用前景进行了展望。由于拷贝数变异对抗病性和易感性的影响至关重要,因此采用生物技术手段有望将其运用于家畜标记辅助选择、QTL精细定位以及动物优良抗病品种培育当中。
文摘拷贝数变异(copy number variation,CNV)具有多种形式的变异结构,在品种多样性、生物进化和疾病相关性等研究中起着重要作用,并具有片段长度大、覆盖范围广等特点。随着分子生物学的发展及DNA测序技术的日渐成熟,人们对遗传变异的研究不断向DNA分子水平深入,多态性标记在畜禽育种中已逐渐成为动物育种研究的趋势和主流。由于CNV对基因的调控和表达所造成的影响更为显著,因此,CNV在重要畜禽中的研究越来越多。目前,已检测出大量有关畜禽重要经济性状的基因序列变异,并有许多研究均表明CNV与动物的重要经济特征及疾病的发生有关。笔者主要通过参考国内外相关的研究报道,简述了CNV的相关研究背景、概念、突变机制,归纳总结了CNV对牛、羊、猪、鸡的经济性状、繁殖性状和疾病调控的影响,以期通过对这些重要畜禽的基因组学研究揭示其适应性遗传机理和表型性状差异的遗传基础,开发相应的分子遗传标记,为畜禽的标记辅助选育提供理论基础。
文摘近几年的研究发现表明,拷贝数变异(Copy number variations,CNV)在人类和动物基因组中大量存在,属于重要的生物遗传变异资源,并且与表型的多样性相关,在物种的演化与发展中发挥着重要作用。本文中介绍了CNVs的基本知识、作用机理以及各种检测技术,并进一步对其研究进展进行可行性展望。
文摘目的:对比肢端黑色素瘤(acral melanoma,AM)与非肢端黑色素瘤(non-acral melanoma,NAM)的基因突变类型及基因拷贝数变异(copy number variation,CNV)的差异,讨论并分析其基因突变类型及拷贝数变异的意义。方法:收集2018年1月至2021年1月新疆医科大学附属肿瘤医院收治的73例皮肤黑色素瘤患者的资料,所有患者均采用二代测序技术对46个癌症相关基因进行了全面的基因组检测。根据解剖部位分为肢端组(AMs)和非肢端组(NAMs),比较并讨论两组患者的临床病理特征、基因突变类型及CNV的差异。结果:两组患者在性别、年龄、肿瘤厚度、溃疡、淋巴结状态和分期等方面无显著性差异(P>0.05)。73例患者最常见的基因突变类型为BRAF突变(20.5%)、KRAS/NRAS突变(17.8%)、KIT突变(13.7%)。与AMs相比,NAMs的BRAF突变频率呈显著性差异(P<0.05)。年龄≤65岁的患者BRAF突变率与年龄>65岁的患者相比呈显著性差异(P<0.05)。此外,无溃疡的黑色素瘤比有溃疡的黑色素瘤更易出现BRAF突变(P<0.05)。两组患者中KRAS/NRAS和KIT突变率无显著性差异(P>0.05)。影响细胞周期畸变基因(CDK4/6、CCND1/2、CDKN2A)、受体酪氨酸激酶基因(EGFR、MET、ERBB2、ERBB3、PDGFRA)及抗细胞凋亡基因(BIRC2/3/5)的CNV在AMs和NAMs之间呈显著性差异(P=0.019、0.002、0.027)。结论:通过对AMs和NAMs基因突变类型及CNV的分析,能为深入了解皮肤恶性黑色素瘤致癌模式和临床病理特征提供帮助。
文摘旨在鉴别与鸭重要经济性状潜在相关的拷贝数变异(copy number variations,CNVs),为解析CNVs对鸭经济性状的影响提供前期研究基础。本研究利用从美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)公共数据库中下载的8个鸭品种共78个个体的全基因组重测序数据,采用CNVnator和CNVcaller软件进行全基因组CNVs检测,同时只保留两个软件检测结果中存在至少1 bp重叠的同类型CNVRs,以消除假阳性对试验结果的影响。结果显示,8个鸭品种的CNVs合并后共检测出7550个CNV regions(CNVRs),其中包括7098个duplications和452个deletions。这些CNVRs在鸭29条常染色体上呈不均匀分布,总长度为16111.2 kb,平均长度为2134 bp,约占鸭基因组的1.51%。此外,本研究在8个鸭品种共筛选到4304个潜在的品种特异性CNVRs,覆盖1230个注释基因。通过基因功能Gene Ontology(GO)富集分析,鉴别到38个可能与生长和繁殖相关的CNVRs。本研究共发现7550个CNVRs,筛选出4304个潜在的品种特异性CNVRs,并鉴别到38个与鸭生长和繁殖潜在相关的CNVRs,为深入探究CNVs对鸭重要经济性状的影响提供了必要的研究基础。
文摘目的:总结拷贝数变异测序(copy number variant sequencing,CNV‐seq)对检测胎儿染色体及巨细胞病毒载量的应用价值。方法:分析CNV‐seq检测胎儿染色体及巨细胞病毒载量的3例巨细胞病毒载量阳性患者的临床基础资料、相关实验室检查、治疗过程及转归并文献复习。结果:3例病例中患者羊水巨细胞病毒载量均小于105 Copies/mL,且其孕期临床表现、产后随访均未见明显神经系统异常。文献复习未见有关CNV‐seq技术应用于巨细胞病毒感染的检测,仅有对已确诊患者进行CMV‐DNA的基因组分析的文献报道。结论:CNV‐seq可用于巨细胞病毒载量的检测,其病毒载量对胎儿的结局可能具有一定程度的预判价值。CNV‐seq可同时检测胎儿染色体及病原微生物,对于出生缺陷防控有着重要意义。
文摘为鉴定影响蛋壳色素含量的基因组拷贝数变异,试验以长顺绿壳蛋鸡为研究对象,依据蛋壳表型设置2个试验组:B2 vs B1和B3 vs B1,通过CGH芯片全基因组检测筛选和Ac⁃cuCopyTM多重基因拷贝数检测验证,在全基因组范围内进行鉴定,选择其中12个注释功能基因开展关联验证。结果显示:两个试验组分别检测到绿壳表型差异关联区域22个和24个;腺苷酸环化酶10(ADCY10)基因拷贝数变异与原卟啉色素含量呈极显著负相关(R=-0.424,P=0.001),与胆绿素色素含量呈显著正相关(R=0.299,P=0.018)。研究提示,ADCY10基因可能是影响蛋壳中不同色素含量的关键基因之一。
