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基于ARMS-PCR技术检测SLC39A13基因核苷酸多态性方法的建立
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作者 郭冰茜 李萌钰 +3 位作者 王瑞 王树松 冯惠勇 李天明 《河北科技大学学报》 CAS 北大核心 2024年第5期497-507,共11页
为了实现核苷酸多态性(SNP)的精准分型,针对SLC39A13基因rs755555位点,建立基于荧光定量PCR的分子诊断技术。首先,分别设计rs755555位点及内参基因peptidylprolyl isomerase A(PPIA)的Taqman荧光ARMS-PCR检测引物和探针;其次,构建阳性... 为了实现核苷酸多态性(SNP)的精准分型,针对SLC39A13基因rs755555位点,建立基于荧光定量PCR的分子诊断技术。首先,分别设计rs755555位点及内参基因peptidylprolyl isomerase A(PPIA)的Taqman荧光ARMS-PCR检测引物和探针;其次,构建阳性对照质粒;最后,以基因分型精确度为指标,优化引物探针组合,以及检测试剂的PCR反应体系和反应条件。结果表明:野生型最优引物探针组合为WF1、R1、FP1、PIRF5、PIRR5、PIRP5,突变型最优引物探针组合为FMF3、R1、FP1、PIRF5、PIRR5、PIRP5;每个检测样品的最优反应体系为SLC39A13基因上下游引物探针各0.1μL,内标上下游引物探针各0.1μL,10μL PerfectStart^(■)ⅡProbe qPCR SuperMix UDG,5.4μL纯水,4μL样品基因组。重复性实验和70个样品的检测验证,确认了检测体系的可行性,为研发SLC39A13基因rs755555位点多态性检测试剂盒提供了技术基础。 展开更多
关键词 分子生物学 人SLC39A13基因 arms-pcr 核苷酸多态性检测 实时荧光定量pcr
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ARMS-PCR结合毛细管电泳可以定量检测淋巴瘤MYD88基因L265P突变 被引量:1
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作者 丁子轩 刘红 +4 位作者 解珺丹 姚红 马亮 邱桥成 沈宏杰 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期1663-1667,共5页
目的:研究ARMS-PCR结合毛细管电泳法对提高淋巴瘤患者MYD88基因L265P突变的检测灵敏度和定量检测突变比例的可行性。方法:采用ARMS-PCR方法对淋巴瘤患者MYD88基因进行扩增,使用ABI3730测序仪对扩增产物进行毛细管电泳检测L265P的突变比... 目的:研究ARMS-PCR结合毛细管电泳法对提高淋巴瘤患者MYD88基因L265P突变的检测灵敏度和定量检测突变比例的可行性。方法:采用ARMS-PCR方法对淋巴瘤患者MYD88基因进行扩增,使用ABI3730测序仪对扩增产物进行毛细管电泳检测L265P的突变比例;同时采用基因组DNA直接测序法对MYD88基因5号外显子开放阅读框区域进行双向测序。结果:经过对梯度稀释的质粒标准品的检测,ARMS-PCR结合毛细管电泳和直接测序法检测L265P突变的灵敏度分别为0. 2%和5%,对184例既往淋巴瘤患者的检出率分别为13. 59%和8. 28%(p <0. 001)。而前者更可以对突变比例进行定量,拟合优度(R2=0. 979)和可重复性(CV=2. 86%、1. 94%、5. 49%)均较为理想。结论:ARMS-PCR结合毛细管电泳可以对淋巴瘤患者MYD88基因L265P突变进行定量检测,检测灵敏度显著高于传统的直接测序法,因而可作为对后者的补充,可以有效地进行早期诊断和监测微小残留。 展开更多
关键词 淋巴瘤 MYD88基因 基因突变 armspcr 毛细管电泳
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一种检测多种NPM1突变体的ARMS-PCR方法的建立 被引量:3
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作者 简正伟 徐芬 +2 位作者 石淙 万腊根 张长林 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期1058-1062,共5页
本研究旨在建立一种简单、灵敏的,能检测多种NPM1突变体的方法,以降低NPM1突变的漏检率。通过构建NPM1基因野生型和最常见的突变型A、B、C、D重组质粒作为检测对象,根据NPM1不同突变体碱基排列方式不同,设计1对特异性引物,使得上游引物3... 本研究旨在建立一种简单、灵敏的,能检测多种NPM1突变体的方法,以降低NPM1突变的漏检率。通过构建NPM1基因野生型和最常见的突变型A、B、C、D重组质粒作为检测对象,根据NPM1不同突变体碱基排列方式不同,设计1对特异性引物,使得上游引物3'末端的碱基与突变体A、B、C、D匹配,而与野生型NPM1不匹配;通过条件优化,建立检测多种NPM1突变的ARMS-PCR的方法。通过对该方法的检测范围、灵敏度的评估及与直接测序法的比较,判断该方法的可行性。结果表明,成功构建NPM1基因野生型和突变型A、B、C、D 5种重组质粒,经测序鉴定和目的片段一致。ARMS-PCR方法可以检测到ABCD 4种突变体,检测范围在103copies/ml-109copies/ml,其灵敏度为0.01%,而当突变体含量低于10%时采用直接测序则检测不出突变。结论:本研究建立了一种可以检测NPM1 4种高频突变的ARMS-PCR方法。该方法灵敏度高,可以检出95%以上的突变,为临床检测NPM1基因突变提供一种新型的检测方法。 展开更多
关键词 NPM1突变体 arms-pcr方法 急性髓系白血病
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ARMS-PCR对棉花SNP分型的研究 被引量:4
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作者 郑炜佳 曲延英 +5 位作者 谢元元 陈全家 冯文林 马顺尧 柴颜军 梁维维 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期2182-2188,共7页
【目的】在已知SNP的情况下,找到适合棉花SNP的简便验证方法。【方法】利用四引物扩增突变体系(tetra-primer amplification refractory mutationsystem PCR,Tetra-primer ARMS-PCR)对棉花SNP分型进行验证。【结果】根据深圳华大基因已... 【目的】在已知SNP的情况下,找到适合棉花SNP的简便验证方法。【方法】利用四引物扩增突变体系(tetra-primer amplification refractory mutationsystem PCR,Tetra-primer ARMS-PCR)对棉花SNP分型进行验证。【结果】根据深圳华大基因已组装的棉花转录本做为参考,分别将新海21号和新陆中36号的转录组测序样品比对到参考基因,通过SOAPsnp技术检测样品的单核苷酸多态性。棉花海陆杂交亲本的38个单核苷酸多态性位点设计出的66组SNP引物进行验证。通过优化PCR反应体系,反应条件,调整内外引物浓度和PCR体系的优化,从66组引物中扩增出11组引物,得到了良好的分型效果。【结论】四引物扩增受阻突变体系聚合酶链式反应是一种简单快捷而有效的SNP基因分形方法。 展开更多
关键词 棉花 单核苷酸多态性 基因分型 arms-pcr
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ARMS实时PCR基因分型特异性的研究 被引量:2
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作者 郑薇薇 梁基选 李庆阁 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第B06期135-139,共5页
以原癌基因Kras基因12位密码子的4种基因型(野生型为GGT,突变型为AGT、TGT、CGT)质粒DNA为研究模型,采用SYBRGreenⅠ为实时PCR指示剂,进行ARMS实时PCR基因分型特异性的研究.结果表明:在和模板匹配的ARMS引物3′端附近引入故意错配碱基,... 以原癌基因Kras基因12位密码子的4种基因型(野生型为GGT,突变型为AGT、TGT、CGT)质粒DNA为研究模型,采用SYBRGreenⅠ为实时PCR指示剂,进行ARMS实时PCR基因分型特异性的研究.结果表明:在和模板匹配的ARMS引物3′端附近引入故意错配碱基,将ARMS引物浓度稀释10倍,并对传统三步PCR循环进行改良,即根据目的产物和引物二聚体的熔点差异,在传统延伸步骤之后增加一步恒温80℃检测荧光步骤,可消除引物二聚体的影响,使ARMS引物的特异性增强,得到清晰的基因分型结果.实验表明这种基于SYBRGreenⅠ的ARMS实时PCR基因分型方法,无需合成探针,实验设计简单,是一种快速、简便、经济、特异性好的基因分型方法,可推广用于其他基因的分型,并可望成为应用于临床的基因诊断技术之一. 展开更多
关键词 基因分型 特异性 pcr 实时 Green 引物二聚体 基因诊断技术 SYBR 分型方法 RAS基因 质粒DNA 原癌基因 研究模型 引物浓度 模板匹配 实验设计 GGT 野生型 基因型 密码子 12位 AGT 突变型 TGT 指示剂 R基因 传统 碱基 错配
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美国引进甘蔗热带种的ARMS PCR真实性鉴定 被引量:1
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作者 李旭娟 毛钧 +3 位作者 赵培方 刘洪博 王晓燕 陆鑫 《中国糖料》 2023年第4期24-29,共6页
甘蔗遗传基础狭窄已经极大地阻碍了其育种进程,挖掘优异种质资源、创新亲本材料将成为未来甘蔗育种的重要方向之一。利用四引物扩增受阻突变PCR体系(ARMS PCR)对国家甘蔗种质资源圃保存的美国引进的24份疑似热带种材料进行真实性鉴定。... 甘蔗遗传基础狭窄已经极大地阻碍了其育种进程,挖掘优异种质资源、创新亲本材料将成为未来甘蔗育种的重要方向之一。利用四引物扩增受阻突变PCR体系(ARMS PCR)对国家甘蔗种质资源圃保存的美国引进的24份疑似热带种材料进行真实性鉴定。PCR鉴定结果表明,供试材料中有‘Green German’、‘Black Fiji’、‘Chittan’、‘IN 84-072’和‘NG 21-002’这5份材料扩增带型与热带种‘拔地拉’(Badila)一致,仅出现428 bp的共有条带和278 bp的热带种特有条带,属于热带种带型;而其它19份材料同时具有278 bp的热带种特有条带和203 bp的割手密特有条带,属于热带种与割手密的杂交种带型。经过上述分子鉴定得出结论,24份美国引进的甘蔗种质中有‘Green German’、‘Black Fiji’、‘Chittan’、‘IN 84-072’和‘NG 21-002’这5份材料为热带种材料,建议后续加强其农艺性状和抗性调查,并作为甘蔗热带种新血缘亲本进行杂交利用。 展开更多
关键词 甘蔗热带种 arms pcr 真实性 鉴定 甘蔗育种
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采用四引物ARMS-PCR方法检测奶牛乳腺组织DGAT1基因单核苷酸多态性 被引量:1
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作者 段晓宇 吕贺 +3 位作者 杨洋 矫洪涛 侯晓明 林叶 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第10期3023-3028,共6页
试验旨在快速有效地检测泌乳奶牛的二酰甘油转酰基酶1(diacylgycerol acyltransferase 1,DGAT1)乳脂量性状的优势等位基因K232A单核苷酸多态性,确定DGAT1基因型进而确定泌乳性状,为中国荷斯坦奶牛分子标记辅助选择提供技术支持。选取6... 试验旨在快速有效地检测泌乳奶牛的二酰甘油转酰基酶1(diacylgycerol acyltransferase 1,DGAT1)乳脂量性状的优势等位基因K232A单核苷酸多态性,确定DGAT1基因型进而确定泌乳性状,为中国荷斯坦奶牛分子标记辅助选择提供技术支持。选取6头泌乳初期(3头为高乳产量牛,3头为低乳产量牛)中国北方荷斯坦奶牛为研究对象,提取乳腺组织基因组DNA,分别设计1对外引物和1对内引物,建立一种四引物ARMS-PCR体系快速检测奶牛乳腺组织DGAT1基因单核苷酸多态性。结果发现,外引物扩增片段长度为512 bp,为PCR反应的阳性对照,基因型为232K扩增片段长度为369 bp,基因型为232A扩增片段长度为181 bp。PCR结果显示,6头牛的乳腺组织样本均由外部引物扩增出长度为512 bp的片段,泌乳期高乳产量奶牛和泌乳期低乳产量奶牛乳腺组织的特异性扩增片段长度均为181 bp。表明本研究选取的6头奶牛样本DGAT1基因K232A多态性均为232A型。提示该PCR鉴定方法能够快速有效地鉴定奶牛DGAT1基因型,可用于中国荷斯坦奶牛分子标记辅助选择。 展开更多
关键词 荷斯坦奶牛 DGAT1基因 arms-pcr 基因分型
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基于嵌入式ARM的微流控PCR检测系统设计 被引量:3
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作者 张帅 胡志刚 +3 位作者 杜喆 祖向阳 王新征 马蓓蓓 《传感器与微系统》 CSCD 北大核心 2024年第1期76-79,83,共5页
为了实现微流控设备功能的集成化、提高交互系统的可操作性,提出一种基于嵌入式ARM的微流控聚合酶链式反应(PCR)控制系统及上位机软件的设计方案。系统硬件采用多个嵌入式ARM控制器与功能模块相互协调,制定可扩展的通信机制和协议,实现... 为了实现微流控设备功能的集成化、提高交互系统的可操作性,提出一种基于嵌入式ARM的微流控聚合酶链式反应(PCR)控制系统及上位机软件的设计方案。系统硬件采用多个嵌入式ARM控制器与功能模块相互协调,制定可扩展的通信机制和协议,实现微流控PCR检测过程中的流路运动、温度控制、荧光信号采集等功能的集成控制。采用Qt结合SQLite数据库设计了上位机软件,利用多线程和节点映射,实现对硬件模块的协调控制以及检测信息存储。实验表明:该系统运行稳定,人机交互效果好,可操作性高,满足微流控PCR的集成功能需求。 展开更多
关键词 嵌入式arm 微流控聚合酶链式反应 控制系统 上位机软件 Qt软件
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大黄鱼源锥体虫荧光定量PCR检测方法的建立及应用
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作者 葛辉 郭香 +7 位作者 巫旗生 宁岳 叶军 吴丽云 谢鑫怡 张东玲 黄强 王为刚 《渔业研究》 2025年第5期651-660,共10页
【背景】2023年至2025年,锥体虫(Trypanosoma spp.)严重威胁着大黄鱼(Lar-imichthys crocea)产业的健康发展,造成巨大的经济损失。目前,对于大黄鱼锥体虫病的防控措施有限,早期诊断对防控至关重要,但现有检测方法存在灵敏度低、操作繁... 【背景】2023年至2025年,锥体虫(Trypanosoma spp.)严重威胁着大黄鱼(Lar-imichthys crocea)产业的健康发展,造成巨大的经济损失。目前,对于大黄鱼锥体虫病的防控措施有限,早期诊断对防控至关重要,但现有检测方法存在灵敏度低、操作繁琐等局限。【目的】建立大黄鱼锥体虫快速精准检测技术,探究其组织分布特征,为病害早期诊断和流行病学调查提供技术支持。【方法】基于大黄鱼源锥体虫18S rDNA保守序列设计特异性引物与TaqMan探针,构建荧光定量PCR(qPCR)方法;通过重组质粒梯度稀释建立标准曲线,验证方法的特异性、灵敏度和重复性;采集三都岛、霞浦、连江养殖区大黄鱼样品,检测感染率并分析9种组织中锥体虫含量差异。【结果】该方法标准曲线线性关系良好(R2=0.997),检测下限达25拷贝/µL;组间与组内循环阈值变异系数分别<2.0%和<1.5%,重复性稳定;对车轮虫(Trichodina)、副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、神经坏死病毒(NNV)等常见水产病原无交叉反应,特异性显著。60尾样品总体感染率为93.33%,三都岛感染率(100%)最高;组织分布显示,血液、心脏、脾脏中锥体虫含量极显著高于鳃、肝脏、肾脏等其他组织(P<0.01);此外,鲻鱼(Mugilcephalus)、真鲷(Pagrusmajor)中仅少量感染且病原含量极低;非鱼类样品中裙带菜(Undariapinnatifida)检出率(93.33%)最高,网衣、福建牡蛎(Crassostrea angulata)检出少量,其余未检出。【结论】本研究建立的荧光定量PCR方法具有高特异性、灵敏性和重复性,可用于大黄鱼锥体虫病的早期诊断;锥体虫在血液、心脏、脾脏中富集的组织趋向性,为解析其致病机制、制定针对性防控策略提供了科学依据,对保障大黄鱼养殖产业健康发展具有重要意义。 展开更多
关键词 大黄鱼 锥体虫 荧光定量pcr 检测方法 组织分布
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鳜鱼传染性脾肾坏死病病毒TB Green嵌合荧光定量PCR法的建立
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作者 李雪雁 刘琪 +5 位作者 梁慧仪 叶树才 黄晓声 贾晓菲 李琳 潘子强 《中国动物检疫》 2025年第4期68-73,共6页
为建立鳜鱼传染性脾肾坏死病病毒(ISKNV)的快速检测方法,对ISKNV主衣壳蛋白(MCP)编码基因进行分析,依据编码基因保守序列设计并合成引物,建立了定性和定量检测ISKNV的TB Green嵌合荧光定量PCR法,并对该方法进行了灵敏度、重复性和特异... 为建立鳜鱼传染性脾肾坏死病病毒(ISKNV)的快速检测方法,对ISKNV主衣壳蛋白(MCP)编码基因进行分析,依据编码基因保守序列设计并合成引物,建立了定性和定量检测ISKNV的TB Green嵌合荧光定量PCR法,并对该方法进行了灵敏度、重复性和特异性试验。结果显示:自行重组质粒标准品构建的荧光定量PCR标准曲线R2值为0.997,线性关系良好;检测下限约为15.9 copies/μL,灵敏度是普通PCR的100倍;30个样品扩增曲线基本重合;对草鱼呼肠孤病毒和锦鲤疱疹病毒及阴性对照的检测结果均为阴性。本研究建立的ISKNV TB Green嵌合荧光定量PCR法具有灵敏度高、重复性好和特异性强等优点,在鳜鱼传染性脾肾坏死病诊断方面具有较好的应用前景。 展开更多
关键词 传染性脾肾坏死病 鳜鱼 MCP蛋白 荧光定量pcr 染料法
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小麦抗麦红吸浆虫候选基因TraesCS4A01G437800的四引物ARMS-PCR标记开发 被引量:2
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作者 郝志明 章悦 +3 位作者 张力菁 温树敏 刘桂茹 王睿辉 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期1-10,共10页
麦红吸浆虫(Sitodiplosis mosellana Géhin)是影响我国小麦生产的重要害虫,选育抗虫小麦品种是控制虫害最为有效的措施,而利用通量高、成本低的抗虫相关标记对提高小麦抗虫种质资源筛选和分子育种效率具有重要意义。本研究根据前... 麦红吸浆虫(Sitodiplosis mosellana Géhin)是影响我国小麦生产的重要害虫,选育抗虫小麦品种是控制虫害最为有效的措施,而利用通量高、成本低的抗虫相关标记对提高小麦抗虫种质资源筛选和分子育种效率具有重要意义。本研究根据前期挖掘到的抗虫候选基因TraesCS4A01G437800序列中存在的SNP位点开发了1个四引物ARMS-PCR标记T3-1-1,并在92个RIL株系和95个小麦品种中进行了标记有效性检测。结果表明:T3-1-1在RIL株系间的检测有效率在90%左右,在供试高抗、高感小麦品种中的检测有效率较高,分别为63.16%和96.43%,可用于小麦种质资源的抗虫性筛选和抗虫性分子标记辅助选择。进一步分析发现,在具有抗虫位点的14个抗虫小麦品种中,多为生产上很少使用的老品种,因此鉴定和创新小麦抗虫种质资源尤为重要。 展开更多
关键词 小麦 麦红吸浆虫 抗吸浆虫候选基因 单核苷酸多态性(SNP) 四引物扩增受阻突变体系pcr(四引物arms-pcr)
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增强型ARMS PCR检测脑胶质瘤中IDH1基因突变方法的建立
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作者 曹丹华 高盼惠 +4 位作者 怡然 胡香杰 冯国清 张莉蓉 范天黎 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1061-1061,共1页
目的脑胶质瘤中异柠檬酸脱氢酶1(IDH1)基因突变状态与患者预后及治疗密切相关,IDH1基因突变90%发生在R132位点。该位点突变较未突变的患者生存期显著提高,并对替莫唑胺的敏感性增强。临床检测IDH1基因突变常采用直接测序法(ARMS PCR),... 目的脑胶质瘤中异柠檬酸脱氢酶1(IDH1)基因突变状态与患者预后及治疗密切相关,IDH1基因突变90%发生在R132位点。该位点突变较未突变的患者生存期显著提高,并对替莫唑胺的敏感性增强。临床检测IDH1基因突变常采用直接测序法(ARMS PCR),但突变比例低于20%的标本易被忽略。故本课题建立了较ARMS PCR更有效的增强型ARMS PCR检测方法。方法 (1)构建IDH1野生型和R132H位点突变阳性质粒标准品。(2)设计IDH1基因R132H位点突变引物和Taqman探针引物,按突变质粒标准品占野生质粒标准品的比例进行梯度稀释,运用增强型ARMS PCR法检测敏感性;将野生质粒标准品梯度稀释,增强型ARMS PCR法检测非特异性扩增CT值与内参CT值,评价特异性。(3)提取脑胶质瘤石蜡包埋组织DNA,ARMS PCR法和增强型ARMS PCR法检测R132H位点突变情况,比较二者的符合率和Kappa值。结果 (1)成功构建IDH1野生型和R132H位点突变质粒标准品。(2)设计四条增强型ARMS PCR引物:一对特异性突变ARMS引物,非人源接头引物和Taqman探针引物;敏感性检测突变DNA可至0.05%;特异性检测在50 ng相对高质量的野生质粒背景下,检测R132H位突变未见非特异性扩增。(3)两种检测结果符合率为100%,Kappa=1。结论增强型ARMS PCR法检测脑胶质瘤中IDH1基因突变有敏感性高、特异性强、简单快捷的特点,可在临床推广使用。 展开更多
关键词 IDH1 脑胶质瘤 增强型arms pcr 非人源接头 TAQMAN探针
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四引物扩增受阻突变体系PCR检测水稻白叶枯病抗性基因xa5的优化与应用
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作者 何开碧 武帅民 +4 位作者 尤一航 李瑶 王平 印汉 夏志辉 《种子》 北大核心 2025年第3期222-226,共5页
xa5是水稻抗白叶枯病的隐性基因,其与显性感病等位基因Xa5的功能差异源于Xa5基因开放阅读框116号和117号的TC碱基被替换为AG。为开发稳定且易于识别的共显性功能标记以辅助分子育种,基于四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer ARMS-P... xa5是水稻抗白叶枯病的隐性基因,其与显性感病等位基因Xa5的功能差异源于Xa5基因开放阅读框116号和117号的TC碱基被替换为AG。为开发稳定且易于识别的共显性功能标记以辅助分子育种,基于四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer ARMS-PCR)原理,设计了六组四引物组合。通过优化引物设计及反应体系,筛选出可在1%琼脂糖凝胶电泳中清晰区分xa5纯合子(400/157 bp)、Xa5纯合子(400/289 bp)及杂合子(400/289/157 bp)的共显性标记(组合T5)。该标记经F_(2)群体验证符合孟德尔分离规律(χ^(2)=0.93),且抗病表型与基因型一致。 展开更多
关键词 白叶枯病 xa5 四引物扩增受阻突变体系pcr 功能标记
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鸽圆环病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用
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作者 刘存 刘砚涵 +6 位作者 祝夕超 李法凯 张栋 邵新宇 田野 孙圣福 陈静 《动物医学进展》 北大核心 2025年第1期68-73,共6页
为了建立鸽圆环病毒(PiCV)的快速检测方法,依据PiCV Rep基因的保守序列区域设计了荧光定量PCR的引物和探针,并建立了快速检测PiCV的荧光定量PCR方法。结果显示,构建的PiCV荧光定量PCR方法在1.44×10,1~1.44×10^(7)/μL拷贝标... 为了建立鸽圆环病毒(PiCV)的快速检测方法,依据PiCV Rep基因的保守序列区域设计了荧光定量PCR的引物和探针,并建立了快速检测PiCV的荧光定量PCR方法。结果显示,构建的PiCV荧光定量PCR方法在1.44×10,1~1.44×10^(7)/μL拷贝标准品间具有良好的线性关系,线性相关系数达0.9866;该方法具有良好的敏感性,其检测病毒系列含量下限为14.4拷贝/μL;该方法特异性良好,与鸽新城疫病毒、鸽疱疹病毒、鸽腺病毒等病毒及鸽组织DNA不存在交叉反应;该方法重复性较好,批内重复试验变异系数均介于0.454%~0.473%,批间重复试验变异系数均介于0.367%~0.869%。与传统普通PCR方法相比,所建立的PiCV荧光定量PCR方法敏感性更高,临床样品PiCV检出率更高,两者检测符合率为93.75%。结果表明,所建立的PiCV荧光定量PCR方法为临床检测鸽圆环病毒提供了一种快速、灵敏的检测方法,为PiCV的流行病学调查和主动监测提供了技术支撑。 展开更多
关键词 鸽圆环病毒 荧光定量pcr Rep基因 检测
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猪内源性逆转录病毒检测的三重PCR方法的建立及其在五指山猪组织样品检测中的初步应用
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作者 瑞雪 张云航 +7 位作者 李杨 谭晨 蔡艺菲 刘园园 曹宗喜 张艳 孙瑞萍 刘光亮 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第7期3548-3554,共7页
本研究旨在建立可同时检测猪基因组中的猪内源性逆转录病毒(porcine endogenous retrovirus,PERV)并鉴别PERV-A、PERV-B、PERV-C三种亚型PERV的三重PCR检测方法。根据PERV不同亚型囊膜(env)基因设计特异性引物,经反应条件和反应体系优... 本研究旨在建立可同时检测猪基因组中的猪内源性逆转录病毒(porcine endogenous retrovirus,PERV)并鉴别PERV-A、PERV-B、PERV-C三种亚型PERV的三重PCR检测方法。根据PERV不同亚型囊膜(env)基因设计特异性引物,经反应条件和反应体系优化后对该方法进行特异性、敏感性及重复性试验验证。结果表明:本研究建立的三重PCR检测方法特异性强,可特异性扩增三种亚型PERV目的基因,对猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒扩增结果呈阴性;该方法的敏感性较好,对PERV-A、PERV-B、PERV-C质粒标准品的检测下限分别为1×10^(2)、1×10^(3)和1×10^(2)拷贝·μL^(-1);采用建立的三重PCR方法检测103份组织样品,其中PERV-A的阳性率为100%(103/103),PERV-B的阳性率为100%(103/103),PERV-C的阳性率为54%(56/103),与经典单重PCR方法进行比较,符合率分别为100%、100%、96.6%。本研究成功建立了一种特异性强、敏感性较好、快速简便的三重PCR方法,可用于PERV三种亚型同时检测的鉴别诊断,为筛选无PERV的猪源供体器官提供技术支撑。 展开更多
关键词 猪内源性逆转录病毒 囊膜基因 三重pcr检测方法 组织样品
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山羊星状病毒Taq Man荧光定量PCR检测方法的建立与应用
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作者 于皓同 马勇杰 +3 位作者 王凯茸 张琪 张淑霞 许信刚 《动物医学进展》 北大核心 2025年第8期7-11,共5页
为建立快速检测山羊星状病毒(Caprine astrovirus)的方法,根据GenBank上收录的山羊星状病毒ORF1ab基因序列(OR652457)设计特异性探针和引物,构建重组质粒。以重组质粒为标准品进行反应条件优化及临床样品检测初步应用,旨在建立一种检测... 为建立快速检测山羊星状病毒(Caprine astrovirus)的方法,根据GenBank上收录的山羊星状病毒ORF1ab基因序列(OR652457)设计特异性探针和引物,构建重组质粒。以重组质粒为标准品进行反应条件优化及临床样品检测初步应用,旨在建立一种检测山羊星状病毒的Taq Man荧光定量PCR方法。结果显示,该方法建立的标准曲线具有良好的线性关系;对牛病毒性腹泻病毒、牛冠状病毒、牛轮状病毒、山羊贝氏柯克斯体、山羊支原体等均无交叉反应;对山羊星状病毒重组质粒标准品最低检测限为2.16×10^(1)copies/μL;批内和批间试验结果稳定,变异系数均小于2%;用建立的方法对收集的陕西省部分山羊场的115份腹泻粪便样品进行检测,结果显示山羊星状病毒阳性率为29.57%,与常规RT-PCR的检测结果符合率为94.78%。该方法为山羊星状病毒快速检测提供了技术支持。 展开更多
关键词 山羊星状病毒 Taq Man荧光定量pcr 检测方法
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A群猪轮状病毒微滴式数字PCR检测方法的建立及其应用
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作者 陈冰冰 蔡蔚游 +3 位作者 刘玉彤 王修武 孙守湖 贺东生 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第8期4095-4100,共6页
旨在建立一种特异、灵敏的A群猪轮状病毒(porcine rotavirus A,PoRVA)微滴式数字PCR(ddPCR)新型检测方法。本研究根据GenBank中PoRVA的VP 6基因保守序列,设计猪轮状病毒特异性引物和探针,优化其反应条件,从而构建PoRVA的ddPCR检测方法,... 旨在建立一种特异、灵敏的A群猪轮状病毒(porcine rotavirus A,PoRVA)微滴式数字PCR(ddPCR)新型检测方法。本研究根据GenBank中PoRVA的VP 6基因保守序列,设计猪轮状病毒特异性引物和探针,优化其反应条件,从而构建PoRVA的ddPCR检测方法,并测定其特异性、灵敏度、重复性以及临床样品试验。优化反应条件结果显示,最佳引物浓度为600 nmol·L^(-1),最佳探针浓度为300 nmol·L^(-1);退火温度在56℃时,病毒阳性液滴拷贝数最高;特异性结果显示,自行建立的检测方法仅能检出PoRVA,而猪丁型冠状病毒、猪流行性腹泻病毒等七种对照病毒核酸检测结果均为阴性;灵敏度结果显示,该方法最低检测限度为3.97 copies·μL^(-1),比普通PCR(最低检测限度3970 copies·μL^(-1))和荧光定量PCR(最低检测限度39.7 copies·μL^(-1))分别高1000倍和10倍;重复性结果显示,组内和组间变异系数小于10%;对142份临床样品检测显示,ddPCR检出阳性率高于qPCR和PCR。综上,本研究自行建立的PoRVA ddPCR新型检测方法特异性强、灵敏度高、重复性好,适用于猪轮状病毒早期感染诊断和流行病学调查,可为日后持续性监控猪轮状疫情提供可靠的手段。 展开更多
关键词 A群猪轮状病毒 微滴式数字pcr 检测方法
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A型牛轮状病毒SYBR Green I RT-qPCR检测方法的建立
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作者 焦迪 王瑞 +8 位作者 郝艳霞 张晓倩 崔强 王海艳 陈林军 延涵 罗晓平 李军燕 赵治国 《中国动物检疫》 2025年第9期69-76,共8页
A型牛轮状病毒(BRV-A)是引起牛腹泻的重要病原之一,对养牛业危害最大。为建立一种针对BRV-A的快速、高通量、低成本检测方法,根据BRV-A的VP6基因保守区设计特异性引物,建立了检测BRV-A的SYBR Green I RT-qPCR方法。该方法对浓度梯度为4.... A型牛轮状病毒(BRV-A)是引起牛腹泻的重要病原之一,对养牛业危害最大。为建立一种针对BRV-A的快速、高通量、低成本检测方法,根据BRV-A的VP6基因保守区设计特异性引物,建立了检测BRV-A的SYBR Green I RT-qPCR方法。该方法对浓度梯度为4.41×10^(8)~4.41×10^(2) copies/μL质粒标准品的扩增Ct值与拷贝数浓度呈良好的线性关系,熔解曲线为单峰;与其他引起牛腹泻的常见病原无交叉反应,最低检测限为4.41×10^(1) copies/μL,批内、批间重复性试验Ct值变异系数均低于1%;对临床粪便样品的阳性检出率高于地方标准中的PCR方法,且检测结果符合性较好。综上,本研究建立的BRV-A SYBR Green I RT-qPCR检测方法灵敏、特异、稳定,且操作简单、成本低,为临床样品的大规模BRV-A检测及其感染的早期诊断提供了技术支撑。 展开更多
关键词 牛轮状病毒 SYBR Green I荧光RT-pcr 检测方法
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貂源肺炎克雷伯菌纳米PCR方法的建立
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作者 杨靖卿 赵新凌 +5 位作者 迟雪 陈欣茹 廖茜 叶京飞 陈强 孙娜 《现代畜牧兽医》 2025年第8期20-24,共5页
研究旨在建立一种灵敏且高效地检测貂源肺炎克雷伯菌的方法,提高检测效率。试验根据肺炎克雷伯菌khe基因序列设计特异性引物,通过优化聚合酶链式反应(PCR)的反应条件及反应程序,并经过特异性、敏感性试验及临床样品的检测,建立了貂源肺... 研究旨在建立一种灵敏且高效地检测貂源肺炎克雷伯菌的方法,提高检测效率。试验根据肺炎克雷伯菌khe基因序列设计特异性引物,通过优化聚合酶链式反应(PCR)的反应条件及反应程序,并经过特异性、敏感性试验及临床样品的检测,建立了貂源肺炎克雷伯菌纳米PCR检测方法。结果显示,建立的纳米PCR方法能够检出肺炎克雷伯菌,对大肠杆菌、志贺氏菌、绿脓杆菌、链球菌、葡萄球菌及无菌水的检测结果均为阴性,且该方法的敏感性是普通PCR方法的10倍。使用纳米PCR方法和普通PCR方法对30份临床样品进行检测,结果显示,纳米PCR方法和普通PCR方法对肺炎克雷伯菌的阳性检出率分别为70.0%(21/30)和53.3%(16/30)。研究表明,试验建立的纳米PCR方法具有高度的灵敏性、特异性,可用于检测貂源肺炎克雷伯菌。 展开更多
关键词 水貂 肺炎克雷伯菌 纳米pcr方法
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骆驼痘病毒实时荧光PCR检测方法的建立 被引量:1
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作者 朱道中 梅明珠 +5 位作者 李明 佟铁铸 王莹 丁宁 徐娟 王春霞 《广东畜牧兽医科技》 2025年第1期46-51,共6页
骆驼痘(Camelpox,CML)是一种广泛流行的骆驼病毒性传染病,它主要发生于中东和东北非的大规模骆驼群,给骆驼产业造成了巨大的经济损失。该研究通过对GenBank中所公布的13个骆驼痘病毒分离株全基因组核苷酸序列进行同源性比较,选取其ATIP... 骆驼痘(Camelpox,CML)是一种广泛流行的骆驼病毒性传染病,它主要发生于中东和东北非的大规模骆驼群,给骆驼产业造成了巨大的经济损失。该研究通过对GenBank中所公布的13个骆驼痘病毒分离株全基因组核苷酸序列进行同源性比较,选取其ATIP基因保守序列,筛选出了一套特异性引物和探针,建立了相应的实时荧光PCR检测方法。结果表明,该方法特异性强、重复性好、灵敏度高,其最低检测限度为7.8 copies/μL。 展开更多
关键词 骆驼痘病毒 实时荧光pcr 方法建立
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