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基于蛋白质组学解析鹅肥肝形成的脂质代谢调控机制
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作者 侯中一 王宝维 +6 位作者 张名爱 孔敏 张晶 王秉翰 岳斌 鲁秀 凡文磊 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第5期2182-2193,共12页
为探究鹅肥肝形成的分子机制,利用4D-DIA定量蛋白质组学技术分析了3个不同填饲阶段的朗德鹅肝脏样品。本研究选取同批次体况相近的70日龄朗德鹅,分别在填饲前期(7 d)、填饲中期(16 d)、填饲后期(25 d)随机选取3只鹅屠宰,采集肝大叶肝尖... 为探究鹅肥肝形成的分子机制,利用4D-DIA定量蛋白质组学技术分析了3个不同填饲阶段的朗德鹅肝脏样品。本研究选取同批次体况相近的70日龄朗德鹅,分别在填饲前期(7 d)、填饲中期(16 d)、填饲后期(25 d)随机选取3只鹅屠宰,采集肝大叶肝尖组织样,用于4D-DIA定量蛋白组学分析,共3组,每组3个生物学重复。结果:1)在3个不同填饲阶段的朗德鹅肝脏共鉴定出5208个蛋白。2)通过主成分分析发现,3个填饲阶段鹅肝脏蛋白谱存在明显差异,填饲前期与中期鉴定出449个差异蛋白,中期与后期鉴定出303个差异蛋白。3)通过代谢通路分析发现,鹅肥肝形成过程中发生显著变化的通路主要涉及类固醇激素生物合成、脂肪细胞因子信号通路、氨基糖和核苷酸糖代谢、半胱氨酸和蛋氨酸代谢、花生四烯酸代谢、氨基酸的生物合成等,并利用荧光定量PCR技术筛选了关键差异基因ADIPOQ、PASK。填饲导致鹅肝脏蛋白组谱发生显著变化,与类固醇激素生物合成、脂肪细胞因子信号通路等相关的蛋白可能参与到了鹅肥肝形成的分子调控。 展开更多
关键词 鹅肥肝 4d-dia定量蛋白质组学 脂质代谢 差异蛋白 分子调控机制
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串联质谱标签定量蛋白质组学解析产酯酶Pichia kudriavzevii混菌发酵代谢机制
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作者 蔡岭肸 刘春艳 +3 位作者 郑佳 张楷正 苏建 邹伟 《食品科学》 北大核心 2025年第16期165-174,共10页
为探究产酯酶库德里阿兹威毕赤酵母(Pichia kudriavzevii)混菌发酵的代谢机制,本研究使用串联质谱标签(tandem mass tags,TMT)定量蛋白质组学技术,对P.kudriavzevii JM5-4单菌纯培养以及与丁酸梭菌(Clostridium butyricum)GD1-1共培养... 为探究产酯酶库德里阿兹威毕赤酵母(Pichia kudriavzevii)混菌发酵的代谢机制,本研究使用串联质谱标签(tandem mass tags,TMT)定量蛋白质组学技术,对P.kudriavzevii JM5-4单菌纯培养以及与丁酸梭菌(Clostridium butyricum)GD1-1共培养条件下的蛋白质组学进行分析。利用气相色谱-质谱联用仪检测单菌与混菌发酵时的代谢产物。结果显示,混菌发酵时发酵液中乙醇、乙酸、乙酸乙酯的产量分别为2.396、0.425 g/L和0.544 g/L,分别是单菌发酵的1.5、4.0倍和2.0倍。利用TMT定量蛋白质组学技术鉴定到3164个可定量蛋白质。共筛选到355个差异表达蛋白(differentially expressed proteins,DEPs),包括上调蛋白159个、下调蛋白质196个。基因本体论和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)数据库功能富集分析显示,三羧酸循环、药物代谢、小分子代谢、细胞质大核糖体亚基、细胞质核糖体、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸结合、氧化还原酶活性等定位蛋白质发生了显著性变化。利用CELLO软件对DEPs进行亚细胞定位,将257个蛋白质定位到8个不同的细胞器,主要分布在细胞质(129个)、线粒体(91个)、细胞核(19个)等。355个DEPs通过KEGG注释显示其主要涉及氧化磷酸化、辅因子的生物合成、三羧酸循环、糖酵解/糖异生等代谢亚系统。在混菌发酵时,糖酵解/糖异生(丙酮酸脱氢酶、醛脱氢酶等)、三羧酸代谢(柠檬酸合酶、乌头酸盐水合酶、富马酸水合酶、苹果酸脱氢酶等)、乙醛酸和二羧酸代谢(羟基丙酮酸还原酶、乙醛酸还原酶等)的DEPs全部上调,表明共培养条件下明显促进了JM5-4的生长与代谢。此外,涉及酯酶(S-甲酰谷胱甘肽水解酶、核糖核酸酶、海藻糖磷酸酶)的DEPs全部上调,表明混菌发酵对JM5-4产酯酶能力具有一定的积极作用。本研究可为探究白酒酿造过程中的混菌发酵机制、菌株代谢特性以及提高白酒风味品质提供一定的理论指导。 展开更多
关键词 白酒 Pichia kudriavzevii 串联质谱标签定量蛋白质 代谢产物 酯酶
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通过蛋白质组学和机器学习发现血清的FCN-3和TMOD-4蛋白能够预测晕动病
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作者 刘志 张金红 +2 位作者 张纯 汪晓宇 李进让 《中华耳科学杂志》 北大核心 2025年第5期669-676,共8页
目的应用蛋白质组学技术和机器学习探索与晕动病相关的蛋白。方法采集了51名晕动病患者和68名对照组的血清样本,使用蛋白质组学技术和生物信息学方法分析差异表达蛋白(differentially expressed proteins,DEPs)及使用机器学习建立了预... 目的应用蛋白质组学技术和机器学习探索与晕动病相关的蛋白。方法采集了51名晕动病患者和68名对照组的血清样本,使用蛋白质组学技术和生物信息学方法分析差异表达蛋白(differentially expressed proteins,DEPs)及使用机器学习建立了预测模型,并在另一个队列中通过酶联免疫吸附测定法验证了候选蛋白。结果共鉴定出27个DEPs(11个上调,16个下调)在晕动病患者和对照组之间存在显著差异。功能富集分析显示,DEPs主要涉及血小板活化、金属离子结合、细胞外泌体、神经变性、肌萎缩性脊髓侧索硬化症、亨廷顿舞蹈症、免疫系统、止血等过程。通过多种机器学习和ROC曲线分析,本研究基于血清中8种最佳DEPs的水平构建了一个潜在的诊断模型,其特异性为95.8%,灵敏度为100%(AUC=0.997,P<0.001)。在8种DEPs中,FCN-3和TMOD-4这两种高含量蛋白质被选入另一个潜在模型,其特异性为75.0%,灵敏度为91.7%(AUC=0.870,P<0.001)。酶联免疫吸附测定法检测结果与蛋白质组学分析一致。结论初步数据表明,晕动病患者和对照组的血清蛋白表达谱存在显著差异。此外,FCN-3和TMOD-4的变化可作为诊断晕动病的新型生物标志物。 展开更多
关键词 晕动病 蛋白质 FCN-3 TMOD-4 机器
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青海血蜱唾液腺组织蛋白质组学分析
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作者 蒋硕 李增魁 +10 位作者 康明 胡晓宇 何永彩 陈炳华 张连生 陈强 徐璐瑶 马景花 张枭 邰喜妹 李英 《动物医学进展》 北大核心 2025年第2期140-144,共5页
探索青海血蜱雌、雄成蜱唾液腺中蛋白的调控和变化规律,用非标记定量蛋白组学分析,联合液相色谱-质谱(LC-MS/MS)技术,鉴定分析青海血蜱雌、雄成蜱唾液腺组织中的蛋白质,筛选出差异表达蛋白,对差异表达蛋白进行基因本体论(GO)、京都基因... 探索青海血蜱雌、雄成蜱唾液腺中蛋白的调控和变化规律,用非标记定量蛋白组学分析,联合液相色谱-质谱(LC-MS/MS)技术,鉴定分析青海血蜱雌、雄成蜱唾液腺组织中的蛋白质,筛选出差异表达蛋白,对差异表达蛋白进行基因本体论(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)和结构域(IPR)相关功能富集分析,亚细胞定位以及蛋白互作网络(PPI)分析。结果显示,在青海血蜱雌、雄成蜱唾液腺组织中有506个上调蛋白和447个下调蛋白。GO富集分析表明,差异表达蛋白主要富集在对刺激的反应,KEGG通路主要富集在嘌呤代谢,结构域主要涉及神经递质门控离子通道等结构域,差异表达蛋白主要定位于细胞核。PPI分析发现关联度最高的蛋白被注释为细胞色素P450(CYP450)。揭示了青海血蜱雌、雄成蜱唾液腺蛋白表达的差异,有助于更深入了解蜱的生理功能和调控机制,为抗蜱疫苗的研发提供新思路。 展开更多
关键词 青海血蜱 唾液腺 蛋白质 非标记定量蛋白分析
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开放性实验:基于超高效液相色谱-串联质谱法的甲状腺癌组织切片蛋白质组定量分析
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作者 李一岚 袁辉明 +3 位作者 曹竞天 郑怡迪 李兰 高培峰 《色谱》 北大核心 2025年第3期275-282,共8页
开放性实验课程是培养本科生实践能力、创新思维和团队协作精神的重要手段。本项目基于超高效液相色谱-串联质谱法(UHPLC-MS/MS)在蛋白质组前沿领域的研究,设计了一个本科生开放性实验,即基于UHPLC-MS/MS完成甲状腺癌组织切片蛋白质组... 开放性实验课程是培养本科生实践能力、创新思维和团队协作精神的重要手段。本项目基于超高效液相色谱-串联质谱法(UHPLC-MS/MS)在蛋白质组前沿领域的研究,设计了一个本科生开放性实验,即基于UHPLC-MS/MS完成甲状腺癌组织切片蛋白质组定量分析。首先,评价不同蛋白质裂解液对蛋白质的提取能力,以筛选适当的试剂用于蛋白质组样品预处理,可培养学生的动手能力和科研思维。其次,优化液相色谱-质谱采集方法,实现蛋白质组的深度覆盖分析,加深学生对于液相色谱-质谱技术的认识。最后,将该方法用于石蜡包埋甲状腺乳头状癌组织切片样品蛋白质组定量分析,发现了33个差异蛋白质,展示出在疾病分型方面的应用潜力。该开放性实验将仪器分析、分析化学和生物化学三门课程理论与实验相关知识交叉融合在一起,将科研思路和创新理念渗透给本科生。以进行大型仪器操作和创新性实验的形式帮助学生拓展巩固理论知识,有助于学生形成系统化知识体系,增强其对相关领域知识的整体把握,激发本科生科学研究的兴趣,开拓创新思维,增加团队合作精神。 展开更多
关键词 液相色谱 质谱 蛋白质 无标记定量 实验教
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基于蛋白质组学技术探讨逐痰通络颗粒对膝骨关节炎大鼠的作用
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作者 赵慧 曹轶君 刘晓琰 《中成药》 北大核心 2025年第5期1714-1719,共6页
目的 探讨逐痰通络颗粒对膝骨关节炎(KOA)大鼠的作用。方法 将大鼠随机分为空白组、模型组、逐痰通络颗粒组低、中、高剂量组(90、180、360 mg/kg),每组10只。除空白组外,其余各组大鼠采用4%木瓜蛋白酶溶液构建膝骨关节炎模型后,灌胃给... 目的 探讨逐痰通络颗粒对膝骨关节炎(KOA)大鼠的作用。方法 将大鼠随机分为空白组、模型组、逐痰通络颗粒组低、中、高剂量组(90、180、360 mg/kg),每组10只。除空白组外,其余各组大鼠采用4%木瓜蛋白酶溶液构建膝骨关节炎模型后,灌胃给予相应剂量药物,每天1次,持续36 d。观察大鼠一般情况及体质量,HE染色法观察膝骨关节软骨组织病理形态,ELISA法检测血清炎症因子(TNF-α、IFN-γ、IL-1β、IL-17)水平,采用UPLC-Orbitrap Fusion Lumos Tribrid/MS技术进行蛋白质组学分析,筛选差异蛋白质及其相关蛋白信号通路,Western blot法检测差异蛋白表达。结果 与模型组比较,各给药组大鼠体质量增长速度加快;膝关节软骨组织滑膜细胞增生、炎性细胞浸润、关节面破坏情况改善,纤维结缔组织减少;逐痰通络颗粒中、高剂量组血清炎症因子水平降低(P<0.05,P<0.01),逐痰通络颗粒低剂量组IFN-γ水平降低(P<0.05),TNF-α、IL-1β、IL-17水平无明显变化(P>0.05);痰通络颗粒高剂量组TLR2、TLR4、MMP1、MMP3、P-NFκB、ADAMTS5、P-p38、P-PI3K蛋白表达降低(P<0.05,P<0.01)。共筛选出63个差异蛋白质,模型组有10个上调蛋白,53个下调蛋白,各给药组63个差异蛋白均有所回调。结论 逐痰通络颗粒通过调节TLR2/MMPs/p38/NF-κB、TLR4-PI3K/Akt信号通路缓解KOA大鼠炎症反应,从而发挥其抗膝骨关节炎作用。 展开更多
关键词 逐痰通络颗粒 膝骨关节炎 蛋白质 TLR2/MMPs/p38/NF-κB信号通路 TLR4-PI3K/Akt信号通路
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定量蛋白质组学筛选及分析山慈菇酯提物抗4T1乳腺癌的新启示 被引量:5
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作者 曹晓东 张楠 +3 位作者 杨冬冬 刘颖 王赫 张子英 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 2021年第2期246-255,共10页
探讨山慈菇酯提物(ethyl acetate extract of Cremastra appendiculata,Cr Ap)作用于4T1乳腺癌癌组织中差异蛋白的表达变化,筛选Cr Ap抗4T1乳腺癌的靶点。采用定量蛋白质组学串联质量标签(TMT)标记技术对Cr Ap作用的4T1乳腺癌癌组织进... 探讨山慈菇酯提物(ethyl acetate extract of Cremastra appendiculata,Cr Ap)作用于4T1乳腺癌癌组织中差异蛋白的表达变化,筛选Cr Ap抗4T1乳腺癌的靶点。采用定量蛋白质组学串联质量标签(TMT)标记技术对Cr Ap作用的4T1乳腺癌癌组织进行检测,并筛选4T1组织中发生显著变化的差异蛋白。利用多重数据库对Cr Ap/CON差异蛋白进一步进行生物信息学分析,QPCR检测癌组织中Ly6G、S100a8、S100a9、Tmsb4x和GADPH的mRNA表达量。蛋白质组学共获得15个上调蛋白,1个下调蛋白,其中有4个上调差异蛋白与免疫调节功能密切相关。胸腺素β-4下调,而Toll 4受体结合蛋白、Toll样受体结合蛋白、肥大细胞表达膜蛋白1上调,基因本体论注释分析和功能聚类分析显示这些差异蛋白可能与Cr Ap产生抗乳腺癌作用相关;S100-a8、S100-a9蛋白上调可能与Cr Ap产生促凋亡作用和免疫调节过程相关。此外,KEGG富集通路多与免疫调控过程相关,其中癌症的转录失调通路、IL-17信号通路可能与Cr Ap抗4T1作用和免疫调节机制密切相关。QPCR结果显示Cr Ap能显著提高乳腺癌组织中Ly6G、S100a8、S100a9的表达,而降低Tmsb4x。TMT定量蛋白质组学能有效筛选Cr Ap抗4T1的差异蛋白,其中Cr Ap抗4T1乳腺癌机制和相关的免疫调控作用有望成为新的研究方向。 展开更多
关键词 4T1乳腺癌 蛋白质 串联质量标签 山慈菇
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基于蛋白质组学分析蛋白酶体对宰后秦川牛肉贮藏期间品质变化的影响 被引量:3
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作者 胡丽筠 王金霞 +4 位作者 李荣 张倩 陈雪妍 李亚蕾 罗瑞明 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第5期86-93,共8页
本研究以宰后4℃条件下不同贮藏期的秦川牛背最长肌为研究对象,测定品质指标、能量水平、蛋白酶体活性变化,鉴定与蛋白酶体相关的差异蛋白质(differentially expressed proteins,DEPs),利用生物信息学方法分析蛋白酶体对宰后牛肉品质及... 本研究以宰后4℃条件下不同贮藏期的秦川牛背最长肌为研究对象,测定品质指标、能量水平、蛋白酶体活性变化,鉴定与蛋白酶体相关的差异蛋白质(differentially expressed proteins,DEPs),利用生物信息学方法分析蛋白酶体对宰后牛肉品质及能量代谢的响应机制,结果如下:随贮藏时间的延长,pH值呈先降低后升高趋势;b^(*)值和肌原纤维小片化指数(myofibrillar fragmentation index,MFI)呈上升趋势;L^(*)值、a^(*)值、离心损失、蒸煮损失、剪切力呈先上升后下降趋势;能量基本物质ATP、ADP、AMP含量呈下降趋势;20S蛋白酶体相对活性显著降低(P<0.05);相关性分析结果显示:20S蛋白酶体活性与b^(*)值呈显著负相关(P<0.05),与ADP含量呈显著正相关(P<0.05),与AMP含量呈极显著正相关(P<0.01),与MFI呈极显著负相关(P<0.01),表明蛋白酶体活性与能量代谢及品质间存在密切联系。结合4D-非标定量蛋白质组学技术,鉴定出8种差异表达的蛋白酶体亚基,及27种相关DEPs;基因本体注释分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析发现,这些蛋白酶体亚基及其相关的DEPs具有内肽酶活性、肌动蛋白结合、微丝运动活性等分子功能,参与泛素依赖性蛋白质分解代谢、骨骼肌收缩、肌肉收缩、糖酵解等生物过程,引起秦川牛肉品质变化;宰后初期蛋白酶体通过消耗能量物质分解代谢蛋白调控生物途径,后期能量物质耗尽,蛋白酶体可能通过糖酵解提供的能量以及非ATP依赖型蛋白酶体亚基,实现对宰后蛋白质的分解代谢,最终影响秦川牛肉的品质。 展开更多
关键词 秦川牛 蛋白酶体 4D-非标蛋白质 肉品质
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磷酸化蛋白质组学分析和定量技术的研究进展 被引量:12
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作者 隋少卉 王京兰 +1 位作者 蔡耘 钱小红 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第3期240-245,共6页
蛋白质的磷酸化是一种可逆性的蛋白质翻译后修饰,在生物体内起着极为重要的作用.近年来蛋白质翻译后修饰日益成为蛋白质组研究的热点之一.定量磷酸化蛋白质组学方法和技术的快速发展为研究蛋白质磷酸化时空动态变化,更好地了解生物学功... 蛋白质的磷酸化是一种可逆性的蛋白质翻译后修饰,在生物体内起着极为重要的作用.近年来蛋白质翻译后修饰日益成为蛋白质组研究的热点之一.定量磷酸化蛋白质组学方法和技术的快速发展为研究蛋白质磷酸化时空动态变化,更好地了解生物学功能调节网络奠定了坚实的基础.作为蛋白质组学研究的一个重要组成部分,定量磷酸化蛋白质组学因其磷酸化蛋白质所具有的独特特征,在技术和方法研究方面将面临更为严峻的挑战.综述了磷酸化蛋白质组学定量的一些分析技术和方法的发展现状、优缺点以及未来的发展趋势. 展开更多
关键词 磷酸化蛋白质 方法 技术 定量
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基于稳定同位素标记的蛋白质组学定量方法研究进展 被引量:12
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作者 周愿 单亦初 +1 位作者 张丽华 张玉奎 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期496-502,共7页
定量蛋白质组学已经成为后基因时代的重要研究方向之一。目前该领域的研究主要采用无标记定量方法和稳定同位素标记定量法。其中,基于稳定同位素标记的蛋白质组定量方法发展非常迅速,已为生命科学研究提供了重要的技术支撑。本文分析了... 定量蛋白质组学已经成为后基因时代的重要研究方向之一。目前该领域的研究主要采用无标记定量方法和稳定同位素标记定量法。其中,基于稳定同位素标记的蛋白质组定量方法发展非常迅速,已为生命科学研究提供了重要的技术支撑。本文分析了基于稳定同位素标记的蛋白质组学定量方法,包括相对定量方法和绝对定量方法,并对其发展进行了展望。 展开更多
关键词 定量蛋白质 稳定同位素标记 相对定量 绝对定量
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硅介导番茄青枯病抗性的土壤定量蛋白质组学研究 被引量:9
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作者 陈玉婷 林威鹏 +1 位作者 范雪滢 蔡昆争 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期162-173,共12页
番茄(Solanum lycopersicum)是一种重要的经济作物。由青枯菌(Ralstonia solanacearum)侵染所产生的青枯病是一种严重影响茄科类作物的细菌性土传病害。传统的防治方法,如培育抗性品种、轮作、药剂防治等均存在一定的局限。而硅作为一... 番茄(Solanum lycopersicum)是一种重要的经济作物。由青枯菌(Ralstonia solanacearum)侵染所产生的青枯病是一种严重影响茄科类作物的细菌性土传病害。传统的防治方法,如培育抗性品种、轮作、药剂防治等均存在一定的局限。而硅作为一种作物生长的有益元素,在提高植物适应生物胁迫和非生物胁迫中均起重要作用。本研究以易感青枯病的番茄品种"台湾红圣女"作为试验材料,利用i TRAQ(isobaric tags for relative and absolute quantitation)定量蛋白质组学技术,研究硅和/或青枯菌接种对番茄青枯病抗性及土壤蛋白质组的影响。结果表明,2.0 mmol L-1硅处理能显著降低番茄青枯病的病情指数,增强抗病性。基于i TRAQ定量蛋白质组学技术,硅和/或青枯菌处理对土壤蛋白质组的研究表明,在鉴定的30个土壤蛋白质中,有29个蛋白差异表达显著(上调≥1.2倍,下调≤0.8倍差异)。青枯菌侵染诱发22个土壤蛋白下调表达,5个上调表达。在不接菌的条件下,硅处理有5个土壤蛋白上调,19个蛋白下调;而接菌条件下则有8个蛋白上调,14个蛋白下调。将这29个差异蛋白进行GO基因功能分类结果显示,硅和/或青枯菌处理主要影响生理代谢过程以及核酸结合蛋白。硅对番茄青枯病的作用机理主要体现在:改变微生物的代谢能力,调控与抗性代谢、蛋白质的合成与翻译、信号转导以及免疫系统过程和胁迫响应有关蛋白的表达,影响钙离子信号转导等。 展开更多
关键词 番茄 青枯病 定量蛋白质 i TRAQ 抗性
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定量蛋白质组学揭示三角鲂和团头鲂响应嗜水气单胞菌侵染机制变化 被引量:4
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作者 方献平 朱丽敏 +8 位作者 刘凯 阮松林 许宝青 谢楠 蔡丽娟 刘新轶 戴瑜来 冯晓宇 李忠全 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期602-615,共14页
细菌性败血症对鱼类危害严重,为探究鲂属鱼类不同抗性品种响应病原菌嗜水气单胞菌的抗性机制,以三角鲂(高抗)和团头鲂(易感)肝组织为材料,采用非标记定量蛋白质组学技术分析其在嗜水气单胞菌侵染胁迫后3、10和24h与对照组0h(未感染)肝... 细菌性败血症对鱼类危害严重,为探究鲂属鱼类不同抗性品种响应病原菌嗜水气单胞菌的抗性机制,以三角鲂(高抗)和团头鲂(易感)肝组织为材料,采用非标记定量蛋白质组学技术分析其在嗜水气单胞菌侵染胁迫后3、10和24h与对照组0h(未感染)肝组织蛋白质组的变化,对差异表达蛋白质进行质谱鉴定、相对定量和生物信息学分析。结果显示:三角鲂和团头鲂在嗜水气单胞菌侵染下,分别有46个和29个蛋白质在侵染后各时期的表达丰度相比对照都发生了显著变化。通过基因本体(gene ontology,GO)功能注释发现,相对于团头鲂,三角鲂中氧化还原蛋白质比例从7%增加到13%,且发现一类新的β-免疫球蛋白(β-globin)在各时期分别上调表达了1.64、3.44和1.93倍。生物信息学分析进一步表明,三角鲂在响应嗜水气单胞菌侵染过程中可能特异性地启动了包括戊糖磷酸途径、脂肪酸代谢、亮氨酸代谢途径和β-globin高表达的协同抗性机制,从而抵御病原菌入侵。该研究成果为后续深入揭示鱼病互作分子机制及鲂属鱼类抗病新品种选育提供了重要的前期理论研究基础。 展开更多
关键词 三角鲂 团头鲂 嗜水气单胞菌 定量蛋白质
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蛋白质组学定量的技术与方法研究进展 被引量:5
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作者 于雁灵 樊惠芝 +3 位作者 张国安 黄珍玉 江之逸 杨芃原 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期287-292,共6页
蛋白质组学是一门在整体水平上研究细胞内蛋白质组成及其活动规律的新兴学科。定量蛋白质组学是指通过某种方法或技术,对生物样品(细胞、组织或体液等)在某些过程中蛋白质的含量进行比较分析。近几年来,定量蛋白质组的技术发展很快,稳... 蛋白质组学是一门在整体水平上研究细胞内蛋白质组成及其活动规律的新兴学科。定量蛋白质组学是指通过某种方法或技术,对生物样品(细胞、组织或体液等)在某些过程中蛋白质的含量进行比较分析。近几年来,定量蛋白质组的技术发展很快,稳定同位素标记技术的提出,为准确定量在细胞或组织体系中发挥重要功能的低丰度蛋白质提供了一个理想的方法。本文综述了蛋白质组定量分析技术及其最新的研究进展。 展开更多
关键词 蛋白质 定量分析 双相凝胶电泳 同位素标记 综述 蛋白质
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温敏核不育系水稻株1S及其矮秆突变体SV14茎的蛋白质组学比较 被引量:4
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作者 萧小鹃 杨远柱 +5 位作者 林建中 童春义 杨粤军 黄绿红 李彦 刘选明 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第1期41-45,共5页
采用双向凝胶电泳对温敏核不育水稻株1S和其矮秆突变体SV14的茎(穗颈下第1节和第2节)蛋白进行了分离,通过银染显色,获得了分辨率和重复性较好的双向电泳图谱.选取了26个蛋白质点采用MAL-DI-TOF-MS进行肽质谱指纹图分析,最终有12个蛋白... 采用双向凝胶电泳对温敏核不育水稻株1S和其矮秆突变体SV14的茎(穗颈下第1节和第2节)蛋白进行了分离,通过银染显色,获得了分辨率和重复性较好的双向电泳图谱.选取了26个蛋白质点采用MAL-DI-TOF-MS进行肽质谱指纹图分析,最终有12个蛋白质点得到了可靠鉴定.其中在SV14中相对于株1S上调的仅有OSJNBa0039C07.13蛋白,其它蛋白均表现为下调.这些差异蛋白按照功能可分为4类:(1)能量代谢相关蛋白;(2)次生代谢相关蛋白;(3)调控蛋白;(4)未知蛋白.对光合系统Ⅱ氧延伸复合物蛋白质前体2,果糖二磷酸醛缩酶,UDP-葡糖醛酸脱羧酶对应的基因进行了半定量RT-PCR分析,发现这几个基因与蛋白质的表达不一致,可能是RNA发生了翻译后修饰而减少了蛋白表达量的结果.这些差异蛋白很可能与水稻矮化有关,为水稻矮秆基因的寻找提供了另一个有效途径. 展开更多
关键词 水稻 矮秆突变体 蛋白质 定量RT—PCR
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Orbitrap Exploris 480质谱在定量蛋白质组学应用中的优化和评测 被引量:2
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作者 周岳 杨湘云 +2 位作者 黄敏 李想 关锋 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2021年第2期214-226,共13页
基于数据依赖的扫描模式(data-dependent acquisition,DDA)和数据非依赖的扫描模式(data-independent acquisition,DIA)的非标记定量(label-free quantitative,LFQ)和同位素标记TMT(tandem mass tag)定量是蛋白质组学定量中较常见的技术... 基于数据依赖的扫描模式(data-dependent acquisition,DDA)和数据非依赖的扫描模式(data-independent acquisition,DIA)的非标记定量(label-free quantitative,LFQ)和同位素标记TMT(tandem mass tag)定量是蛋白质组学定量中较常见的技术.本文利用最新的Orbitrap Exploris 480质谱,优化了DDA、FAIMS DDA、FAIMS DIA的非标记定量方法以及TMT定量策略的关键质谱参数,并将其应用在人细胞蛋白质组、单细胞蛋白质组、血浆蛋白质组和酵母蛋白质组分析.结果表明,在DDA实验中,设置碰撞能量为27、二级谱图的分辨率为15 K、最大离子注入时间为22 ms是最佳的参数组合.针对极微量样品200 pg~5 ng,可以根据样品量相应设置最佳的质谱参数.使用200 pg和500 pg的HeLa细胞样品,分别鉴定到1259和1725个蛋白质,从而实现了单细胞蛋白质组学的深度覆盖.在FAIMS DDA实验中,60 min或90 min梯度时选择CV-45V的补偿电压,120 min或150 min梯度时选择CV-45V-65V补偿电压组合,可以获得最佳的蛋白质鉴定结果.从293T蛋白质组中分别在60、120和150 min中鉴定6300、6994和7500个蛋白质.在FAIMS DIA实验中,使用CV-45V-65V双补偿电压切换,60个隔离窗口来获得最佳的蛋白质鉴定数目和定量重现性.在60 min内分别在293T细胞和去除高峰度的血浆中定量到7019个细胞蛋白和1077个血浆蛋白.在TMT定量实验中设置APD开启、"Precursor Fit"阈值70和Turbo TMT功能的组合同时增加了TMT定量蛋白质的数量和TMT定量的准确性.在TMT11-plex标记的酵母蛋白质组中60 min即可定量10989个多肽和2162个蛋白质.综上所述,本研究中优化的多种非标记定量和TMT定量方法为Orbitrap Exploris 480在蛋白质组学更广泛的应用提供了参考. 展开更多
关键词 定量蛋白质 非标记定量 TMT FAIMS Orbitrap Exploris 480
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基于定量蛋白质组学的棉花耐涝渍基因初步鉴定 被引量:3
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作者 王丽 周仲华 +4 位作者 郑顺利 陈金湘 王峰 李瑞莲 张昊 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2014年第4期371-376,共6页
应用iTRAQ标记结合LC-MS/MS分析的定量蛋白质组学技术,比较漂浮育苗及旱土育苗条件下棉花根系蛋白质表达差异,鉴定到169个差异表达蛋白,包括116个上调蛋白和53个下调蛋白。通过对差异表达蛋白的GO分析、COG功能注释分析以及Pathway代谢... 应用iTRAQ标记结合LC-MS/MS分析的定量蛋白质组学技术,比较漂浮育苗及旱土育苗条件下棉花根系蛋白质表达差异,鉴定到169个差异表达蛋白,包括116个上调蛋白和53个下调蛋白。通过对差异表达蛋白的GO分析、COG功能注释分析以及Pathway代谢通路富集分析,发现12%的差异蛋白与棉花水分胁迫反应有关。研究还初步推测漂浮育苗棉花根系有氧呼吸受到抑制,无氧呼吸作用增强,Phosphoglucomutase、Dihydrolipoamide dehydrogenase和Alcohol dehydrogenase可能与棉花耐涝渍密切相关,其对应编码基因是棉花耐涝渍关键候选基因,值得进一步研究。 展开更多
关键词 棉花 耐涝渍 定量蛋白质
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牛支原体iTRAQ定量蛋白质组学分析 被引量:3
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作者 李海利 徐引弟 +9 位作者 游一 朱文豪 张青娴 焦文强 王治方 许峰 王克领 郎利敏 张立宪 邹靖 《河南农业科学》 北大核心 2021年第10期138-145,共8页
为了解牛肺炎支原体临床分离菌株(HN12)与标准菌株(PG45)蛋白质差异表达情况,采用定量蛋白质组学研究策略,在牛支原体临床分离菌株(HN12)和标准菌株(PG45)的全蛋白质中进行差异蛋白质鉴定,并进行生物信息学分析。结果表明,共鉴定2402个... 为了解牛肺炎支原体临床分离菌株(HN12)与标准菌株(PG45)蛋白质差异表达情况,采用定量蛋白质组学研究策略,在牛支原体临床分离菌株(HN12)和标准菌株(PG45)的全蛋白质中进行差异蛋白质鉴定,并进行生物信息学分析。结果表明,共鉴定2402个蛋白质,其中存在显著差异的有66个。上调蛋白质数量为25个,下调蛋白质数量为41个。鉴定出的蛋白质主要有膜蛋白、跨膜蛋白、脂蛋白、延长因子、膜脂蛋白P81、伴侣蛋白、可变表面脂蛋白和ABC转运蛋白等。 展开更多
关键词 牛支原体肺炎 牛支原体 定量蛋白质 差异蛋白质
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乳腺癌骨转移的蛋白质组学特性及代谢途径活化研究 被引量:1
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作者 袁春露 陈龙 +2 位作者 廖雅芳 施佳诺 章丹丹 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2024年第13期695-702,共8页
目的:探究乳腺癌骨转移细胞的蛋白表达特征及调控骨转移的分子机制。方法:制备过表达萤火虫荧光素酶的人乳腺癌细胞系MCF-7-luc和骨转细胞亚系MCF-7-BOM-luc;左心室注射细胞建立乳腺癌骨转移裸鼠模型;应用小动物活性成像仪、微计算机断... 目的:探究乳腺癌骨转移细胞的蛋白表达特征及调控骨转移的分子机制。方法:制备过表达萤火虫荧光素酶的人乳腺癌细胞系MCF-7-luc和骨转细胞亚系MCF-7-BOM-luc;左心室注射细胞建立乳腺癌骨转移裸鼠模型;应用小动物活性成像仪、微计算机断层扫描技术(micro-computed tomography,Micro-CT)检测骨转移及骨小梁变化;采用Transwell小室法评估细胞增殖、迁移和侵袭能力。通过蛋白质组学、蛋白质印迹(Western blot)和实时荧光定量PCR(qPCR)技术分析差异蛋白表达、上皮细胞-间充质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)指标和信号通路活化情况;使用2-NBDG、ELISA法和Seahorse能量代谢仪分别检测葡萄糖摄取、L-乳酸含量和细胞能量代谢参数。结果:MCF-7-BOM-luc细胞迁移、侵袭、EMT特性以及骨骼转移能力方面优于MCF-7-luc。蛋白质组学发现MCF-7-BOM-luc中S100钙结合蛋白A4(S100 calcium-binding protein A,S100A4)表达增加,且差异蛋白主要集中在代谢途径。MCF-7-BOM-luc表现出E盒结合锌指蛋白1/2(zinc finger E-box binding homeobox 1/2,ZEB1/2)和波形蛋白(Vimentin)表达上升,E-钙黏蛋白(E-cadherin)下降,葡萄糖摄取、L-乳酸生成和糖酵解速率增强,及细胞外调节蛋白激酶1/2(extracellular signal-regulated kinases1/2,ERK1/2)和信号转导和转录激活因子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)的磷酸化水平提升。结论:MCF-7-BOM-luc通过激活ERK1/2和STAT3信号通路促进S100A4表达,从而增强EMT进程和糖酵解速率,具备骨转移恶性。通过蛋白质组学解析乳腺癌骨转移细胞的蛋白特征将为乳腺癌骨转移的诊断、预防和治疗提供潜力靶点。 展开更多
关键词 乳腺癌骨转移 蛋白质 S100钙结合蛋白A4 肿瘤代谢 信号通路
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基于串联质量标记的帕金森病血浆及血浆外泌体定量蛋白质组学分析 被引量:3
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作者 赵媛 刘新 +3 位作者 张译丹 张健 刘向 杨国锋 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期1073-1083,共11页
外泌体是一类可由各种细胞在生理和病理条件下释放的细胞外囊泡,其携带了多种生物活性分子,是疾病标志物的良好载体。目前,帕金森病(Parkinson’s disease,PD)的诊断主要依靠临床表现,缺乏客观的疾病诊断标志物。因此,新型外周血特异性... 外泌体是一类可由各种细胞在生理和病理条件下释放的细胞外囊泡,其携带了多种生物活性分子,是疾病标志物的良好载体。目前,帕金森病(Parkinson’s disease,PD)的诊断主要依靠临床表现,缺乏客观的疾病诊断标志物。因此,新型外周血特异性标志物的开发将有助于PD的早期筛查与诊疗。在本研究中,选取PD患者与正常对照人群的血浆及血浆外泌体作为研究对象,采用基于串联质量标记(tandem mass tag,TMT)的液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)技术对其进行定量蛋白质组学分析,在血浆和血浆外泌体样品中分别定量到724和611个蛋白质。采用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)对定量到的所有蛋白质进行生物学信息分析,以了解蛋白质的基因本体论(gene ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集情况。根据细胞组分(cellular component,CC)分析,PD和正常对照组血浆样本中的差异表达蛋白质主要定位于细胞核中,血浆外泌体的差异表达蛋白质主要定位于细胞质中。与血浆差异表达蛋白质相关的分子功能(molecular function,MF)主要涉及RNA、DNA结合及补体结合等过程;而血浆外泌体差异表达蛋白质的分子功能主要表现为抗氧化作用、氧化还原酶活性调节作用等。由此可见,血浆外泌体中的差异表达蛋白质富集到的分子功能更具有疾病特异性。基于|log 2差异倍数(FC)|>0.26和统计学意义(P-value,P)<0.05,在PD血浆样本中共筛选出11个差异表达蛋白质,其中5个蛋白质表达上调,6个蛋白质表达下调;在血浆外泌体样本中,共筛选出13个差异表达蛋白质,其中6个蛋白质表达上调,7个蛋白质表达下调。本研究通过分析血浆及血浆外泌体样本的蛋白质组学信息来探究PD的发病机制,并通过比较发现,外泌体样本能够获得更多的差异表达蛋白质和生物学信息,为发现新型PD生物标志物和治疗靶点提供了新思路。 展开更多
关键词 串联质量标记 定量蛋白质 帕金森病 外泌体 血浆标志物
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高氧暴露早产大鼠肺组织线粒体蛋白质组学初步研究以及ND4动态表达 被引量:2
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作者 李文斌 常立文 +4 位作者 容志惠 卢红艳 汪鸿 刘伟 蔡成 《华中科技大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期581-584,共4页
目的初步分析高氧暴露下早产大鼠肺组织线粒体蛋白质表达谱的改变,并对还原型尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位4(ND4)的动态表达进行研究。方法建立高氧暴露早产大鼠动物模型,采用双向电泳检测线粒体蛋白质差异性表达,运用RT-... 目的初步分析高氧暴露下早产大鼠肺组织线粒体蛋白质表达谱的改变,并对还原型尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位4(ND4)的动态表达进行研究。方法建立高氧暴露早产大鼠动物模型,采用双向电泳检测线粒体蛋白质差异性表达,运用RT-PCR和Western blot方法分别检测ND4mRNA及其蛋白表达。结果与空气组比较,高氧暴露4d导致46种肺组织线粒体蛋白质出现差异性表达;高氧暴露1、4和7d,早产大鼠肺组织ND4mRNA和蛋白表达均较空气对照组显著降低(均P<0.01),10d时,差异则无显著性意义(P>0.05)。结论高氧暴露导致肺细胞线粒体(包括呼吸链)功能状态改变可能是促使肺损伤发生发展的重要因素。 展开更多
关键词 高氧 早产 线粒体 蛋白质 NADH脱氢酶亚单位4
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