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微流控阵列芯片上植物单细胞内3′核酸外切酶的荧光成像检测 被引量:1
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作者 朱晓翠 徐安沁 +1 位作者 苏昕 赵美萍 《分析科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期662-666,共5页
制备了高活性的拟南芥原生质体。通过在微流控芯片上设计适合原生质体尺寸的微孔阵列和微通道流路,实现了拟南芥原生质体的在线纯化和单细胞阵列捕获,其捕获效率达到40%。利用电穿孔技术将能特异性检测3′核酸外切酶的核酸探针导入原生... 制备了高活性的拟南芥原生质体。通过在微流控芯片上设计适合原生质体尺寸的微孔阵列和微通道流路,实现了拟南芥原生质体的在线纯化和单细胞阵列捕获,其捕获效率达到40%。利用电穿孔技术将能特异性检测3′核酸外切酶的核酸探针导入原生质体,实现了单个原生质体内3′核酸外切酶的成像。该研究为开展单细胞内多种核酸酶的高通量原位检测,以及相关调控过程的研究提供了重要的方法学手段。 展开更多
关键词 微流控阵列芯片 拟南芥细胞 单细胞 原生质体 3′核酸外切 荧光成像
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人源核酸烷基化损伤修复酶ALKBH3在肿瘤进展和治疗中的作用 被引量:2
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作者 胡静燕 张琳 张良 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期684-689,共6页
人源核酸烷基化损伤修复酶ALKBH3(alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase homolog 3)隶属于亚铁(Fe^(2+))和α-酮戊二酸(α-ketoglutarate,α-KG)依赖型双加氧酶AlkB家族。尽管ALKBH3具有与该家族其他同源蛋白成员高度类似的保守... 人源核酸烷基化损伤修复酶ALKBH3(alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase homolog 3)隶属于亚铁(Fe^(2+))和α-酮戊二酸(α-ketoglutarate,α-KG)依赖型双加氧酶AlkB家族。尽管ALKBH3具有与该家族其他同源蛋白成员高度类似的保守氨基酸序列和三级结构,但是ALKBH3对单链DNA或RNA上的N^(1)-甲基腺嘌呤和N^(3)-甲基胞嘧啶等烷基化损伤具有独特的识别和去除功能。它的表达异常或功能异常与多种癌症的发生发展有紧密联系,被认为是抗肿瘤的潜在药物靶标。对于ALKBH3结构功能和调控机制的深入研究,将有助于进一步了解人体烷基化损伤修复过程中的分子机制,为研发靶向ALKBH3的抗肿瘤药物奠定基础。 展开更多
关键词 人源核酸烷基化损伤修复 ALKBH3 DNA烷基化损伤修复 癌症
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金属离子促进嗜热四膜虫错配修复蛋白Mlh3核酸内切酶活性 被引量:2
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作者 杨焕 许静 王伟 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期510-518,共9页
嗜热四膜虫有性生殖过程中生殖系小核延伸并活跃转录,减数分裂过程中染色体同源重组起始于程序化的DNA双链断裂的形成,DNA错配修复系统能够去除DNA复制过程中所引起的错配并促进同源重组。减数分裂特异表达的错配修复因子Mlh3对四膜虫... 嗜热四膜虫有性生殖过程中生殖系小核延伸并活跃转录,减数分裂过程中染色体同源重组起始于程序化的DNA双链断裂的形成,DNA错配修复系统能够去除DNA复制过程中所引起的错配并促进同源重组。减数分裂特异表达的错配修复因子Mlh3对四膜虫的有性生殖是必需的,然而具体功能并不清楚。本研究人工合成MLH3(TTHERM_001044369)基因,构建重组表达质粒p GEXMLH3,转化大肠杆菌BL21(DE3)并获得重组表达的GST-Mlh3蛋白。纯化的GST-Mlh3蛋白在配位不同的金属离子Cu^(2+)、Mn^(2+)、Mg^(2+)后,有效切割超螺旋质粒DNA。ATP和ADP可进一步促进Mlh3的核酸内切酶活性。突变Mlh3中离子结合模体DQHA(X)2E(E)4E中的D117和E123位点,Mlh3D117N/E123A的核酸内切酶活性降低。进一步删除离子结合和ATP结合位点的C端结构域,突变体的核酸内切酶活性进一步降低,表明Mlh3的核酸内切酶活性是离子依赖型。减数分裂期HA-Mlh3免疫共沉淀鉴定了Mlh3可能的相互作用因子链交换蛋白Dmc1、DSB修复蛋白Mnd1、Mut S、染色体维持蛋白Smc2和Smc4。结果表明,四膜虫的Mlh3通过金属离子依赖的内切酶活性,以及与其他因子相互作用,在减数分裂错配修复和同源重组过程中发挥重要作用。 展开更多
关键词 错配修复 Mlh3 核酸内切 金属离子 嗜热四膜虫
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外切核酸酶Ⅲ介导的DNA分子克隆 被引量:1
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作者 谢昌传 梁耀极 洪丽欣 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期106-113,共8页
DNA克隆技术,作为最基本的现代分子生物学实验技术之一,已经成为生物医学研究领域的重要研究手段。传统的分子克隆方法需要经过限制性内切酶酶切和DNA连接酶连接的步骤,是否存在合适的酶切位点和DNA连接酶的效率成为影响克隆的重要限制... DNA克隆技术,作为最基本的现代分子生物学实验技术之一,已经成为生物医学研究领域的重要研究手段。传统的分子克隆方法需要经过限制性内切酶酶切和DNA连接酶连接的步骤,是否存在合适的酶切位点和DNA连接酶的效率成为影响克隆的重要限制因素。本文描述了一种由外切核酸酶Ⅲ介导的,以3'-5'外切核酸酶活性和细菌细胞内DNA修复机制为理论基础的DNA分子克隆方法,称为不依赖连接酶的分子克隆(ligation-independent cloning,LIC);证明了该方法的高效性和可靠性,并进一步对酶的用量、反应温度、反应时间、片段载体比例和量等多个参数进行了优化,建立了一种快速、简便和高效的DNA克隆方法。 展开更多
关键词 外切核酸 3'-5'核酸外切活性 DNA分子克隆
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聚(3-羟基丁酸-co-4-羟基丁酸共聚酯)降解菌株的选育及其降解特性
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作者 张虹 郭子琦 +2 位作者 侯春妹 李凡 陈珊 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期60-64,共5页
从工业污水中筛选出一株可高效降解聚(3-羟基丁酸-co-4-羟基丁酸共聚酯)(P3/4HB)的真菌菌株,经形态学鉴定和系统发育学分析,鉴定该菌株为烟曲霉,命名为Aspergillus sp.DS0906。该菌株还能够特异性降解高分子聚酯聚3-羟基丁酸酯、聚... 从工业污水中筛选出一株可高效降解聚(3-羟基丁酸-co-4-羟基丁酸共聚酯)(P3/4HB)的真菌菌株,经形态学鉴定和系统发育学分析,鉴定该菌株为烟曲霉,命名为Aspergillus sp.DS0906。该菌株还能够特异性降解高分子聚酯聚3-羟基丁酸酯、聚(3-羟基丁酸酯-co-4-羟基戊酸共聚酯)和聚丁二酸丁二醇酯,但是不能降解聚乳酸和聚ε-己内酯。菌株发酵粗酶液的最适反应温度为60℃,在10~50℃之间酶的温度稳定性较好,最适反应p H值为6.0,在p H=6.0~8.0的范围内稳定性较高。Aspergillus sp.DS0906粗酶液降解P3/4HB的产物为羟基丁酸单体,推测降解酶以每次剪切一个羟基丁酸单元的外切酶模式发挥降解作用。 展开更多
关键词 聚(3-羟基丁酸-co-4-羟基丁酸共聚酯) 烟曲霉 底物特异性 解聚 外切模式
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酰基辅酶A结合结构域蛋白3在病原微生物复制中的作用 被引量:3
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作者 黄佳昭 李叶 张磊亮 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2017年第3期198-203,共6页
病毒及细菌等病原微生物侵入细胞后,复制过程离不开宿主细胞内的宿主蛋白.近年来研究表明,酰基辅酶A结合结构域蛋白3(ACBD3)可以与一些病原体的蛋白质相互作用,影响病原体微生物在宿主细胞的复制.本文通过总结爱知病毒、柯萨奇病毒、脊... 病毒及细菌等病原微生物侵入细胞后,复制过程离不开宿主细胞内的宿主蛋白.近年来研究表明,酰基辅酶A结合结构域蛋白3(ACBD3)可以与一些病原体的蛋白质相互作用,影响病原体微生物在宿主细胞的复制.本文通过总结爱知病毒、柯萨奇病毒、脊髓灰质炎病毒、丙肝病毒、人类鼻病毒以及沙门氏菌侵染宿主细胞时,病毒蛋白质与ACBD3及磷脂酰肌醇4-激酶B(PI4KB)相互作用的研究进展,探讨ACBD3在病原微生物中的作用. 展开更多
关键词 酰基辅A结合域蛋白3 磷脂酰肌醇4-B 核酸核苷酸病毒科 丙肝病毒 沙门氏菌
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N6-甲基腺苷甲基化对小鼠脑缺血-再灌注损伤中微小核糖核酸-155表达和脑损伤的调控作用 被引量:5
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作者 何欣燃 王黎洲 +3 位作者 许敏 安天志 周石 李兴 《介入放射学杂志》 CSCD 北大核心 2021年第10期1020-1024,共5页
目的研究N6-甲基腺苷(m6A)甲基化对小鼠脑缺血-再灌注损伤(CIRI)模型中微小核糖核酸(micro RNA,miRNA,miR)-155表达和脑损伤的调控作用。方法栓线法构建小鼠大脑中动脉闭塞(MCAO)模型,实时定量聚合酶链反应(RT-qPCR)分析MCAO小鼠脑细胞... 目的研究N6-甲基腺苷(m6A)甲基化对小鼠脑缺血-再灌注损伤(CIRI)模型中微小核糖核酸(micro RNA,miRNA,miR)-155表达和脑损伤的调控作用。方法栓线法构建小鼠大脑中动脉闭塞(MCAO)模型,实时定量聚合酶链反应(RT-qPCR)分析MCAO小鼠脑细胞中pri-miR-155、pre-miR-155及miR-155表达水平,检测建模24 h小鼠脑组织细胞中甲基转移酶样蛋白(METTL)3、miR-155 mRNA表达水平及蛋白表达水平。用慢病毒转染构建METTL3高表达和低表达小鼠模型,再构建MCAO模型,检测右脑组织中pri-miR-155、pre-miR-155和miR-155表达水平。结果 MCAO小鼠脑组织细胞中pri-miR-155表达水平显著降低(P=0.009),pre-miR-155、miR-155表达水平显著升高(P=0.007、0.000 8);MCAO建模24 h小鼠右脑中METTL3、miR-155表达水平均升高(P<0.05),METTL3蛋白表达水平也随miR-155剂量增加而升高,但METTL14、肾母细胞瘤1相关蛋白(WTAP) mRNA表达水平差异均无统计学意义(P>0.05);小鼠右脑组织中METTL3过表达显著降低pri-miR-155表达水平(P=0.008),同时升高premiR-155、miR-155表达水平(P=0.04、0.009);METTL3在细胞中沉默表达显著升高pri-miR-155表达水平(P=0.006),同时降低pre-miR-155、miR-155表达水平(P=0.03、0.009)。结论 CIRI中METTL3异常表达可增强m6A修饰作用,促进pre-miR-155成熟,进而升高miR-155表达水平。这可能为未来缺血性脑卒中患者提供一新治疗策略。 展开更多
关键词 缺血-再灌注损伤 甲基转移样蛋白3 N6-甲基腺苷 脑卒中 微小核糖核酸-155
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华跃进教授团队揭示耐辐射奇球菌RecJ蛋白参与碱基切除修复途径的分子机制
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《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期F0002-F0002,F0003,共2页
浙江大学生命科学学院生物物理研究所华跃进教授团队证实了耐辐射奇球菌RecJ(Deinococcus radiodurans RecJ,drRecJ)蛋白参与碱基切除修复途径的分子机制。相关研究成果论文“Participation of RecJ in the base excision repair pathwa... 浙江大学生命科学学院生物物理研究所华跃进教授团队证实了耐辐射奇球菌RecJ(Deinococcus radiodurans RecJ,drRecJ)蛋白参与碱基切除修复途径的分子机制。相关研究成果论文“Participation of RecJ in the base excision repair pathway of Deinococcus radiodurans”(https://doi.org/10.1093/nar/gkaa714)发表在国际知名期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)上。该研究围绕drRecJ蛋白如何参与碱基切除修复途径的问题展开,发现了5′—3′单链DNA核酸外切酶RecJ,同时,它也是一种非典型的无碱基位点裂解酶。 展开更多
关键词 碱基切除修复 耐辐射奇球菌 核酸外切 生命科学学院 单链DNA Rec 成果论文
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TREX1介导的免疫调控在疾病中的作用 被引量:3
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作者 张思桐 杜和康 陈骐 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期1415-1422,共8页
3′-核酸修复外切酶1(three prime repair exonuclease 1,TREX1),也称为DNaseⅢ,是胞质中主要的3′-5′限制性核酸外切酶,在哺乳动物的大多数组织和细胞类型中表达。TREX1表达的核酸酶活性对于维持先天免疫系统识别自身DNA的免疫耐受发... 3′-核酸修复外切酶1(three prime repair exonuclease 1,TREX1),也称为DNaseⅢ,是胞质中主要的3′-5′限制性核酸外切酶,在哺乳动物的大多数组织和细胞类型中表达。TREX1表达的核酸酶活性对于维持先天免疫系统识别自身DNA的免疫耐受发挥重要的作用,这避免了一些游离的DNA在胞质中不断累积而引起的先天免疫的过度激活和自身抗体的大量产生。cGAS-STING通路是先天免疫系统抵御病原体入侵和维持细胞内环境稳态的重要手段。当细胞质出现来源于细胞核泄漏或病原体的DNA时,除非被核酸酶TREX1清除,否则将激活胞质中的DNA感受器环鸟苷酸-腺苷酸合酶cGAS,并引发下游的Ⅰ型干扰素级联反应。人源TREX1基因的突变会引起一系列自身免疫性疾病的发生。例如,Aicardi-Goutières综合征、家族性冻疮样狼疮、系统性红斑狼疮及脑白质营养不良相关视网膜病变。同时,TREX1作为先天免疫通路的上游调控因子,在HIV-1的免疫逃逸、肿瘤的免疫耐受和细胞衰老过程中发挥重要作用。本综述主要围绕TREX1介导的免疫调控在自身免疫性疾病、HIV-1感染、肿瘤和细胞衰老进程中的作用进行阐述,为相关疾病的临床治疗提供重要的理论依据。 展开更多
关键词 3′-修复核酸外切酶 自身免疫性疾病 人类免疫缺陷病毒1型 肿瘤 细胞衰老
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MrXrn1基因参与调控罗伯茨绿僵菌的产孢和致病 被引量:2
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作者 汪章勋 徐秀珍 +2 位作者 冯健雨 周权 黄勃 《中国生物防治学报》 CSCD 北大核心 2020年第5期721-728,共8页
本研究以罗伯茨绿僵菌为研究对象,针对5′-3′核糖核酸外切酶基因(MrXrn1,MAA_09154,5′-3′exoribonuclease 1),利用农杆菌介导的同源重组方法进行基因敲除。对获得的MrXrn1基因敲除株(ΔMrXrn1)与野生型进行表型分析结果发现,与野生... 本研究以罗伯茨绿僵菌为研究对象,针对5′-3′核糖核酸外切酶基因(MrXrn1,MAA_09154,5′-3′exoribonuclease 1),利用农杆菌介导的同源重组方法进行基因敲除。对获得的MrXrn1基因敲除株(ΔMrXrn1)与野生型进行表型分析结果发现,与野生型相比,ΔMrXrn1的营养生长无明显变化,而产孢能力显著下降,其中产孢量降低了75.75%;以大蜡螟为试虫的体壁侵染毒力分析显示ΔMrXrn1的毒力显著减少,也即半致死时间(LT50:9.16 d)显著长于野生型的(5.96 d),但注射接种情况下不同菌株的毒力无差异;进一步的研究表明ΔMrXrn1的附着孢形成率降低了43.58%。这些结果说明MrXrn1基因对绿僵菌的产孢及毒力起着重要的调控作用。本研究为进一步有效提高真菌杀虫剂的生防效果提供了基础。 展开更多
关键词 绿僵菌 5′-3′核糖核酸外切 基因敲除 基因功能
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蓝氏贾第虫无义mRNA的降解 被引量:1
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作者 吕佳 柴杨丽 +1 位作者 周宝春 柴宝峰 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期212-221,共10页
无义介导的mRNA降解途径(nonsense-mediated mRNA decay,NMD)作为细胞内的一种重要的mRNA质量监控机制,可以降解含有提前终止密码子(premature termination codon,PTC)的异常转录本,从而避免截短蛋白质对细胞的毒害,但其详细的分子机制... 无义介导的mRNA降解途径(nonsense-mediated mRNA decay,NMD)作为细胞内的一种重要的mRNA质量监控机制,可以降解含有提前终止密码子(premature termination codon,PTC)的异常转录本,从而避免截短蛋白质对细胞的毒害,但其详细的分子机制有待进一步阐释。蓝氏贾第虫(Giardia lamblia)作为一种寄生性单细胞原生动物,进化地位特殊,对其NMD途径的研究有利于阐明基因表达调控的分子和进化机制。本研究通过酵母双杂交及体外pull-down实验分析了贾第虫NMD途径因子上游移码蛋白1 (Giardia lamblia up-frameshift 1,Gl UPF1)、贾第虫RNA结合蛋白(Giardia lamblia HRP1,Gl HRP1)、贾第虫核糖核酸外切酶(Giardia lamblia Ski7p,Gl Ski7p、Giardia lamblia XRN1,Gl XRN1)之间的相互作用关系。结果表明,Gl UPF1全长与Gl HRP1、Gl XRN1(1~500aa)、Gl Ski7p间均可发生相互作用。而且Gl UPF1的CH结构域和C端结构域分别与Gl HRP1、Gl XRN1(1~500 aa)、Gl Ski7p相互作用。说明Gl UPF1在贾第虫NMD途径中作为招募平台,在无义mRNA识别和降解过程中发挥重要作用。为此,结合本实验室之前的研究结果,我们提出原生动物贾第虫的NMD途径:在提前终止密码子处SURF(SMG1-UPF1-eRF1-eRF3)复合物形成后,Gl UPF1被磷脂酰肌醇3-激酶(suppressor with morphogenetic effect on genitalia 1,SMG1)磷酸化修饰,NMD途径激活,随后Gl UPF1与HRP1相互作用,将转录本标记为NMD底物; Gl UPF1进而招募下游贾第虫5'-3'核糖核酸降解酶Gl XRN1、贾第虫3'-5'核糖核酸降解因子Gl Ski7p,最终降解靶标mRNA。 展开更多
关键词 蓝氏贾第虫 无义介导的mRNA降解途径 贾第虫不均一核小核糖核蛋白 贾第虫上游移码蛋白1 贾第虫5’-3’核糖核酸外切 贾第虫3-5’超级杀手蛋白质
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