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异染色质相关蛋白TRIM28调控锌指蛋白和原钙黏蛋白家族基因的转录
1
作者
张翔宇
卜佳晨
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2022年第6期1135-1145,共11页
目的TRIM28是一种异染色质相关蛋白,通过和SETDB1、HP1相互作用参与H3K9me3修饰的建立,本文旨在更深入地研究TRIM28的相关功能。方法本文利用CRISPR/Cas9技术、染色质免疫共沉淀技术、免疫印迹技术和实时荧光定量PCR技术,建立HEK293F Tr...
目的TRIM28是一种异染色质相关蛋白,通过和SETDB1、HP1相互作用参与H3K9me3修饰的建立,本文旨在更深入地研究TRIM28的相关功能。方法本文利用CRISPR/Cas9技术、染色质免疫共沉淀技术、免疫印迹技术和实时荧光定量PCR技术,建立HEK293F Trim28基因敲除细胞系,分析一系列实验数据结果。结果Trim28主要抑制内源表达水平较低的基因转录,进一步分析发现Trim28调控锌指蛋白家族基因和原钙黏蛋白β家族基因的转录。在Trim28敲除细胞系中,锌指蛋白家族基因H3K27ac修饰、H3K4me1修饰和H3K4me3修饰都显著上升,H3K9me3修饰下降。原钙黏蛋白β家族基因的H3K4me3修饰显著上升,H3K9me3修饰下降。结论这些结果提示TRIM28通过改变染色质的开放程度调控锌指蛋白和原钙黏蛋白β家族基因的转录,为更深入研究TRIM28的功能提供了新的思路。
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关键词
TRIM28
异染色质
H3K9me3
原钙
黏
蛋白
β
家族
锌指
蛋白
家族
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职称材料
与MUC1共同调控肿瘤化疗耐药的MUCIN家族成员的筛选
被引量：
2
2
作者
汤开然
吴琼
+4 位作者
黄思佳
邱旭东
李文彦
邓华云
黄雷
《上海交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第9期1288-1295,共8页
目的·在黏蛋白(MUCIN)家族成员中,筛选与黏蛋白1(mucin 1,MUC1)协同调控肿瘤细胞化学治疗(化疗)耐药的蛋白。方法·利用2对细胞系(紫杉醇耐药细胞HeLa229/TR-CasCTL和MUC1敲除细胞HeLa229/TR-CasMUC1,母本细胞HeLa229/P和紫杉...
目的·在黏蛋白(MUCIN)家族成员中,筛选与黏蛋白1(mucin 1,MUC1)协同调控肿瘤细胞化学治疗(化疗)耐药的蛋白。方法·利用2对细胞系(紫杉醇耐药细胞HeLa229/TR-CasCTL和MUC1敲除细胞HeLa229/TR-CasMUC1,母本细胞HeLa229/P和紫杉醇耐药细胞HeLa229/TR),应用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)技术检测MUCIN家族成员的mRNA表达水平,分析其与MUC1表达的相关性;通过蛋白质印迹法(Western blotting)检测筛选出的MUCIN家族成员的蛋白表达水平,以筛选出在mRNA和蛋白水平均与MUC1表达存在相关性的靶蛋白;通过短发卡RNA(short hairpin RNA,shRNA)方法沉默靶基因,利用药物半抑制浓度(half-maximum inhibitory concentration,IC^(50))实验检测细胞耐药性的变化;进一步利用GEPIA数据库分析多种肿瘤组织中MUC1和MUC13的平均表达水平;采用R2数据库分析在宫颈癌、结肠癌和胰腺癌组织中MUC1与MUC13表达的线性相关性;通过Kaplan-Meier Plotter数据库分析MUC1和MUC13的表达与胃癌患者生存率的关系。结果·qPCR检测结果显示,在MUCIN家族成员中,与MUC1在mRNA水平存在相关性的有MUC13和MUC18;Western blotting检测结果显示,在蛋白水平,只有MUC13随着MUC1的上调而上调,随着MUC1的敲除而下调;IC^(50)实验结果显示,随着MUC13的沉默,肿瘤细胞对紫杉醇的IC^(50)明显下降。进一步利用GEPIA数据库分析发现,在多种肿瘤组织中MUC1与MUC13存在同时高表达或低表达的特点;通过R2数据库分析发现,MUC1和MUC13的表达量在宫颈癌、结肠癌和胰腺癌肿瘤组织中呈正相关;通过Kaplan-Meier Plotter数据库分析发现,MUC1和MUC13的表达量与胃癌患者的生存率呈负相关。结论·MUC1与MUC13在肿瘤细胞化疗耐药中存在协同作用,同时与肿瘤患者的生存预后密切相关;临床上联合抑制MUC1和MUC13在肿瘤细胞化疗耐药治疗上具有可行性。
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关键词
黏蛋白家族
黏
蛋白
1
协同作用
化学治疗耐药
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职称材料
题名
异染色质相关蛋白TRIM28调控锌指蛋白和原钙黏蛋白家族基因的转录
1
作者
张翔宇
卜佳晨
机构
中国科学院生物物理研究所
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2022年第6期1135-1145,共11页
文摘
目的TRIM28是一种异染色质相关蛋白,通过和SETDB1、HP1相互作用参与H3K9me3修饰的建立,本文旨在更深入地研究TRIM28的相关功能。方法本文利用CRISPR/Cas9技术、染色质免疫共沉淀技术、免疫印迹技术和实时荧光定量PCR技术,建立HEK293F Trim28基因敲除细胞系,分析一系列实验数据结果。结果Trim28主要抑制内源表达水平较低的基因转录,进一步分析发现Trim28调控锌指蛋白家族基因和原钙黏蛋白β家族基因的转录。在Trim28敲除细胞系中,锌指蛋白家族基因H3K27ac修饰、H3K4me1修饰和H3K4me3修饰都显著上升,H3K9me3修饰下降。原钙黏蛋白β家族基因的H3K4me3修饰显著上升,H3K9me3修饰下降。结论这些结果提示TRIM28通过改变染色质的开放程度调控锌指蛋白和原钙黏蛋白β家族基因的转录,为更深入研究TRIM28的功能提供了新的思路。
关键词
TRIM28
异染色质
H3K9me3
原钙
黏
蛋白
β
家族
锌指
蛋白
家族
Keywords
TRIM28
heterochromatin
H3K9me3
protocadherin proteinβfamily
zinc finger protein family
分类号
Q75 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
与MUC1共同调控肿瘤化疗耐药的MUCIN家族成员的筛选
被引量：
2
2
作者
汤开然
吴琼
黄思佳
邱旭东
李文彦
邓华云
黄雷
机构
上海交通大学基础医学院组织胚胎学与遗传发育学系
出处
《上海交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第9期1288-1295,共8页
基金
国家自然科学基金(81874197)
上海交通大学医学院第十三期大学生创新训练计划(1319014)
上海市教育委员会实验技术队伍建设计划(BJ1-3000-19-0135)。
文摘
目的·在黏蛋白(MUCIN)家族成员中,筛选与黏蛋白1(mucin 1,MUC1)协同调控肿瘤细胞化学治疗(化疗)耐药的蛋白。方法·利用2对细胞系(紫杉醇耐药细胞HeLa229/TR-CasCTL和MUC1敲除细胞HeLa229/TR-CasMUC1,母本细胞HeLa229/P和紫杉醇耐药细胞HeLa229/TR),应用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)技术检测MUCIN家族成员的mRNA表达水平,分析其与MUC1表达的相关性;通过蛋白质印迹法(Western blotting)检测筛选出的MUCIN家族成员的蛋白表达水平,以筛选出在mRNA和蛋白水平均与MUC1表达存在相关性的靶蛋白;通过短发卡RNA(short hairpin RNA,shRNA)方法沉默靶基因,利用药物半抑制浓度(half-maximum inhibitory concentration,IC^(50))实验检测细胞耐药性的变化;进一步利用GEPIA数据库分析多种肿瘤组织中MUC1和MUC13的平均表达水平;采用R2数据库分析在宫颈癌、结肠癌和胰腺癌组织中MUC1与MUC13表达的线性相关性;通过Kaplan-Meier Plotter数据库分析MUC1和MUC13的表达与胃癌患者生存率的关系。结果·qPCR检测结果显示,在MUCIN家族成员中,与MUC1在mRNA水平存在相关性的有MUC13和MUC18;Western blotting检测结果显示,在蛋白水平,只有MUC13随着MUC1的上调而上调,随着MUC1的敲除而下调;IC^(50)实验结果显示,随着MUC13的沉默,肿瘤细胞对紫杉醇的IC^(50)明显下降。进一步利用GEPIA数据库分析发现,在多种肿瘤组织中MUC1与MUC13存在同时高表达或低表达的特点;通过R2数据库分析发现,MUC1和MUC13的表达量在宫颈癌、结肠癌和胰腺癌肿瘤组织中呈正相关;通过Kaplan-Meier Plotter数据库分析发现,MUC1和MUC13的表达量与胃癌患者的生存率呈负相关。结论·MUC1与MUC13在肿瘤细胞化疗耐药中存在协同作用,同时与肿瘤患者的生存预后密切相关;临床上联合抑制MUC1和MUC13在肿瘤细胞化疗耐药治疗上具有可行性。
关键词
黏蛋白家族
黏
蛋白
1
协同作用
化学治疗耐药
Keywords
MUCIN family
mucin 1(MUC1)
synergistic effect
chemoresistance
分类号
R34 [医药卫生—基础医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
异染色质相关蛋白TRIM28调控锌指蛋白和原钙黏蛋白家族基因的转录
张翔宇
卜佳晨
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
与MUC1共同调控肿瘤化疗耐药的MUCIN家族成员的筛选
汤开然
吴琼
黄思佳
邱旭东
李文彦
邓华云
黄雷
《上海交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022
2
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