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应用高通量实时荧光定量PCR方法筛选FL细胞对低剂量微囊藻毒素LR暴露的应答基因 被引量:4
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作者 王秀敏 邵敏华 +2 位作者 卢大儒 徐立红 余应年 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期909-911,共3页
关键词 微囊藻毒素LR 应答基因 高通量 实时荧光定量pcr
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基于高通量定量PCR研究城市化小流域微生物污染特征 被引量:9
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作者 庄芳芳 苏建强 +1 位作者 陈辉煌 朱永官 《生态毒理学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期141-152,共12页
水体微生物污染(包括致病菌、病毒、寄生虫)会引起多种传染病和寄生虫病,对生产生活用水安全和人体健康造成重要威胁。本研究应用基于Taq Man探针的高通量荧光定量PCR技术对厦门市后溪流域冬季微生物污染进行检测,包含了5种粪便污染源(... 水体微生物污染(包括致病菌、病毒、寄生虫)会引起多种传染病和寄生虫病,对生产生活用水安全和人体健康造成重要威胁。本研究应用基于Taq Man探针的高通量荧光定量PCR技术对厦门市后溪流域冬季微生物污染进行检测,包含了5种粪便污染源(人源、反刍动物源、猪源、家禽源、狗源)微生物源示踪分子标记物与12种病原微生物。结果表明,该流域在上游及水库5个位点没有粪便污染,仅在其中一个水库位点检测出棘阿米巴,微生物污染极小;中下游检测出人类、反刍动物、猪、家禽、狗粪便污染,并且检测出产气荚膜梭菌、肠聚集性大肠杆菌、肠毒素型大肠杆菌、幽门螺杆菌、霍乱弧菌、副溶血弧菌、棘阿米巴、克雷伯氏肺炎杆菌等病原菌,其中流经旧城区居民生活生产区水样微生物污染严重,下游新城区微生物污染较小。这些结果暗示着城市人类活动是流域微生物污染主要来源,应从污染源头加强微生物污染控制。 展开更多
关键词 流域 微生物污染 微生物源示踪 病原微生物 高通量荧光定量pcr
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高通量定量PCR研究环境中的微生物污染特征 被引量:4
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作者 赵彩霞 安新丽 苏建强 《环境化学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期3144-3158,共15页
微生物污染(包括细菌、真菌、病毒、寄生虫)会引起多种传染病和寄生虫病,对环境安全和人体健康造成重要威胁.本研究利用可同时检测33种病原微生物以及10种不同粪便污染源的基于TaqMan探针的高通量qPCR检测技术,对污水处理厂进出水、长... 微生物污染(包括细菌、真菌、病毒、寄生虫)会引起多种传染病和寄生虫病,对环境安全和人体健康造成重要威胁.本研究利用可同时检测33种病原微生物以及10种不同粪便污染源的基于TaqMan探针的高通量qPCR检测技术,对污水处理厂进出水、长期施加有机肥(污泥或鸡粪)或化肥土壤中的微生物污染状况进行了研究.结果表明,污水处理厂中检测出的微生物污染种类和丰度较高,污染状况较严重,土壤环境微生物污染较小.在污水处理厂中,共检出13种人类病原微生物,进水中检测到的病原菌数目和丰度高于出水,其中,克雷伯氏肺炎杆菌和致病性大肠杆菌在污水处理厂进出水具有最高丰度,并发现污水处理厂中具有人类、猪、狗粪便污染;土壤中共检出3种病原菌,其中军团杆菌和棘阿米巴检测丰度最高,有机肥(污泥或鸡粪)施用显著增加土壤中病原菌丰度,同时发现这些土壤中存在家禽粪便污染.研究表明,污水处理设施虽可去除污水中部分微生物污染,但仍有相当数量的微生物污染可能排放到自然水体中,成为下游环境如土壤等中的微生物污染源,进而影响人类健康. 展开更多
关键词 污水处理厂 施肥土壤 微生物污染 高通量定量pcr 微生物源示踪
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高通量测序DNA文库定量质控技术研究 被引量:3
4
作者 王霞 欧阳艳艳 +2 位作者 王晶 王尚君 董莲华 《计量学报》 CSCD 北大核心 2020年第10期1308-1312,共5页
DNA文库定量的准确与否直接影响测序数据质量的好坏,因此,开展文库定量质控技术研究非常重要。针对Illumina高通量测序平台的DNA文库定量,建立了基于SYBR Green荧光染料嵌合的高特异性数字PCR绝对定量方法,用于DNA文库定量标准物质的定... DNA文库定量的准确与否直接影响测序数据质量的好坏,因此,开展文库定量质控技术研究非常重要。针对Illumina高通量测序平台的DNA文库定量,建立了基于SYBR Green荧光染料嵌合的高特异性数字PCR绝对定量方法,用于DNA文库定量标准物质的定值;并对制备的文库定量标准物质的适用性进行了验证。结果表明制备的5个水平的文库定量标准物质线性良好,可以作为Illumina平台DNA文库定量的标准曲线。 展开更多
关键词 计量学 高通量测序 文库定量 基因测序 质量控制 标准物质 数字pcr
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运用实时定量PCR和16SrDNA测序法分析女性阴道菌群的结果比较 被引量:5
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作者 张宁 韩阳 +3 位作者 骆菲 朱丽红 秦金红 江滟 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期71-75,共5页
目的·比较实时定量PCR(q PCR)法与16S rDNA测序法分析女性阴道菌群类型的结果。方法·选取45岁以下育龄期健康女性49名,采集阴道上1/3处分泌物,经提取阴道标本全基因组DNA后,分别运用16S rDNA V1V2域测序和基于22种常见阴道细... 目的·比较实时定量PCR(q PCR)法与16S rDNA测序法分析女性阴道菌群类型的结果。方法·选取45岁以下育龄期健康女性49名,采集阴道上1/3处分泌物,经提取阴道标本全基因组DNA后,分别运用16S rDNA V1V2域测序和基于22种常见阴道细菌设计的引物进行q PCR分析各样本菌群类型,比较2种检测结果的异同。结果·参考依据优势菌类型的阴道菌群分类标准,基于q PCR方法分析结果为Ⅰ型(卷曲乳杆菌为优势菌)9例,Ⅲ型(惰性乳杆菌为优势菌)24例,Ⅳ型(无乳杆菌为优势菌)12例,Ⅴ型(詹氏乳杆菌为优势菌)为2例。基于16S rDNA V1V2域进行测序分析的结果为Ⅰ型13例,Ⅱ型(格氏乳杆菌为优势菌)1例,Ⅲ型23例,Ⅳ型8例,Ⅴ型2例。2种方法对阴道菌群分型一致的为38例,一致率为77.6%。结论·2种方法分析得到的阴道菌群分类结果有差异;若采用q PCR对阴道菌群进行分类,还需考虑相关的技术因素对结果的影响。 展开更多
关键词 阴道菌群 实时定量pcr 16S rDNA高通量测序
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离子交换色谱技术在大鼠粪便肠道菌群分析中的应用研究
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作者 陈灼娟 邱丹腾 +1 位作者 张海玲 刘树滔 《食品与生物技术学报》 北大核心 2025年第2期154-162,共9页
【目的】探究离子交换色谱技术作为大鼠粪便样本预处理方法的可行性。【方法】采集大鼠粪便样本后分别进行3种预处理:对照组(Con组)、离心分离预处理组(Cen组)和色谱分离预处理组(Chr组),比较不同预处理方法下样本的DNA提取质量、16S r... 【目的】探究离子交换色谱技术作为大鼠粪便样本预处理方法的可行性。【方法】采集大鼠粪便样本后分别进行3种预处理:对照组(Con组)、离心分离预处理组(Cen组)和色谱分离预处理组(Chr组),比较不同预处理方法下样本的DNA提取质量、16S rRNA扩增子高通量测序结果及特定菌群的实时荧光定量PCR结果的差异。【结果】Chr组样本提取的DNA质量浓度分别是Cen组和Con组的1.44倍和6.49倍;Con组样本的操作分类单元(OTUs)数量为2630个,而Cen组和Chr组分别增至3220个和3223个。α多样性分析和β多样性分析结果表明,Chr组样本具有更高的微生物多样性,且组内样本间相似度高、重现性好。实时荧光定量PCR结果表明,3组样品的青春双歧杆菌(Bifidobacterium adolescentis)丰度差异极显著:Chr组样本的青春双歧杆菌丰度最高,其次是Cen组,Con组最低;当菌悬液添加量从100μL增至200μL时,Con组的青春双歧杆菌丰度无显著差异(P>0.05),而Cen组和Chr组分别提升至1.32倍和1.70倍,这表明离子交换色谱能更好地保留粪便样本中的微生物。【结论】离子交换色谱作为大鼠粪便样本的预处理方法,能够显著提高肠道菌群分析的重现性和灵敏度。 展开更多
关键词 离子交换色谱 肠道菌群 高通量测序 微生物多样性 荧光定量pcr
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淹水胁迫下甜瓜幼苗的转录组测序及生物信息学分析
7
作者 王亚楠 姜艳芳 +3 位作者 刘泽发 党建成 张红磊 张紫霞 《中国瓜菜》 北大核心 2025年第6期14-25,共12页
涝害是全球范围内危害最广、频率最高的自然灾害。葫芦科瓜类作物耐涝性较差,尤其是甜瓜。甜瓜属一年生草本葫芦科植物,喜温热气候,对涝湿环境耐受能力较弱,是我国重要经济作物。甜瓜种植区域遭受持续多雨或者涝灾的影响,可能会导致减... 涝害是全球范围内危害最广、频率最高的自然灾害。葫芦科瓜类作物耐涝性较差,尤其是甜瓜。甜瓜属一年生草本葫芦科植物,喜温热气候,对涝湿环境耐受能力较弱,是我国重要经济作物。甜瓜种植区域遭受持续多雨或者涝灾的影响,可能会导致减产甚至绝收。以实验室甜瓜耐涝种间杂交高代种M13-06-3为试材,对其进行淹水胁迫,并利用转录组测序及实时荧光定量PCR对其根系组织进行差异表达基因分析。结果表明,淹水胁迫后,耐涝型甜瓜品种M13-06-3筛选出9037个差异表达基因,其中4529个DEGs上调,4508个DEGs为下调基因。通过实时荧光定量检测发现MELO3C003917、MELO3C020588、MELO3C008314、MELO3C025360、MELO3C021658这5个基因定量检测数据与转录组数据的趋势基本一致,初步推测这5个基因为甜瓜耐涝基因。研究结果可为进一步挖掘与甜瓜耐涝相关的基因奠定基础。 展开更多
关键词 甜瓜 淹水胁迫 实时荧光定量pcr RNA高通量测序技术 差异表达基因
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饮用水系统中微塑料上氨氧化微生物的定植与多样性
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作者 牛佳 蒋志达 +5 位作者 徐佳燕 许华诚 余健英 刘宪华 徐开钦 陈晓晨 《中国环境科学》 北大核心 2025年第8期4628-4637,共10页
采用模拟管网环境的生物膜培养反应器结合物化表征和微生物学分析方法,探讨了供水系统中5种常见微塑料上氨氧化微生物定植过程及其作为潜在硝化生态位的可能性.结果表明,氯化和微生物的定植作用导致微塑料结晶度增加并产生羰基、羟基等... 采用模拟管网环境的生物膜培养反应器结合物化表征和微生物学分析方法,探讨了供水系统中5种常见微塑料上氨氧化微生物定植过程及其作为潜在硝化生态位的可能性.结果表明,氯化和微生物的定植作用导致微塑料结晶度增加并产生羰基、羟基等亲水基团.微塑料上的氨氧化微生物amo A功能基因丰度范围在(1.54±0.02)×10^(4)~(3.07±0.64)×10^(10)copies/g.在大多数情况下,完全氨氧化菌(Comammox)在微塑料上占据优势地位,仅在氯化处理42d的5种微塑料上发现耐氯性较强的氨氧化古菌(AOA)处于优势地位.原始微塑料(未氯化)上氨氧化微生物总丰度与微塑料的结晶度呈正相关,并在结晶度较高的PE和PP微塑料上表现得尤为明显.氯化处理后该相关性不复存在.微塑料上定植氨氧化微生物的多样性分析表明原始微塑料上的AOA种类更接近土壤来源的AOA,而氯化处理后更接近水系AOA. 展开更多
关键词 饮用水 微塑料 氨氧化微生物 AMOA基因 高通量测序 定量pcr
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青藏高原灌丛土壤碳氮含量及其相关功能基因分布特征 被引量:7
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作者 李传虹 张林 +5 位作者 刘四义 韩丽丽 姚保民 申聪聪 郝志鹏 张丽梅 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期392-404,共13页
在微生物的代谢活动下,土壤中有机态碳氮化合物矿化分解释放矿质养分和二氧化碳,深刻影响着自然生态系统土壤碳、氮等元素的循环转化、土壤的养分供应和有机质的更新,并对地上植被的演替和分布有极为重要的意义。青藏高原灌丛面积分布广... 在微生物的代谢活动下,土壤中有机态碳氮化合物矿化分解释放矿质养分和二氧化碳,深刻影响着自然生态系统土壤碳、氮等元素的循环转化、土壤的养分供应和有机质的更新,并对地上植被的演替和分布有极为重要的意义。青藏高原灌丛面积分布广泛,地形和气候条件复杂,但目前对灌丛分布地区土壤碳氮含量、矿化作用强度及其影响因素等的认识较少。研究结合土壤理化分析和高通量定量PCR(quantitative microbial element cycling,QMEC)技术研究了青藏高原喜马拉雅山-冈底斯山地区不同类型灌丛土壤碳氮含量、碳氮矿化速率和相关功能基因的分布特征及其与植被、气候和土壤因子间的耦联关系。结果表明,不同类型灌丛土壤的有机碳、全氮含量、CO_(2)释放速率、净氮矿化速率、碳氮矿化基因的丰度有显著差异。其中,位于青藏高原东南部的雪层杜鹃和香柏灌丛分布区土壤有机碳和全氮含量、CO_(2)释放速率、净氮矿化速率显著高于位于中西部的变色锦鸡儿、金露梅和砂生槐灌丛地区,并与年平均降雨量显著正相关。然而,碳、氮矿化基因丰度分布趋势与之相反,在雪层杜鹃和香柏灌丛分布区丰度显著低于中西部的三类灌丛,且与年平均降雨量呈显著负相关,但与土壤pH呈显著正相关。同时pH与年平均降水量、湿润指数和土壤含水率均为显著负相关。这些结果表明降水可通过增加盐基离子淋溶,使土壤盐基饱和度下降、氢饱和度增加,引起土壤酸化,进而影响碳氮循环过程,导致不同类型灌丛土壤碳氮元素的赋存及其周转速率差异。同时,碳、氮矿化相关功能基因丰度各类群间呈现显著的正相关关系,表明土壤碳氮循环过程间紧密的耦联关系。这些结果为准确评估青藏高原土壤碳、氮库及其动态平衡提供了重要信息和参考依据。 展开更多
关键词 青藏高原 高寒灌丛 碳氮循环 碳氮矿化功能基因 高通量定量pcr(qmec)
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慢性乙型肝炎环状RNA表达谱的鉴定与分析
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作者 周明纱 范捷 +4 位作者 刘兴 谌丽娟 罗佳 李山 周莉 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期1193-1200,共8页
目的:分析慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)患者与健康对照人群的外周血单核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)中环状RNA(circular RNA,circRNA)表达谱,筛选验证差异表达的circRNA,并研究差异表达circRNA的特征、... 目的:分析慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)患者与健康对照人群的外周血单核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)中环状RNA(circular RNA,circRNA)表达谱,筛选验证差异表达的circRNA,并研究差异表达circRNA的特征、通路及下游基因。方法:利用高通量芯片技术鉴定CHB患者和健康对照组中异常表达circRNA。随后对差异circRNA来源基因进行基因本体论和京都基因百科全书富集分析。基于竞争性内源RNA理论,利用多个数据库预测差异circRNA结合的微小RNA(microRNA,miRNA)和miRNA靶mRNA,并构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络。最后利用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)对芯片结果进行验证。结果:与健康对照组相比,CHB患者PBMCs中存在321个表达上调和549个表达下调的circRNAs。大多数差异表达circRNAs来源于外显子剪切,主要分布于1号和2号染色体。生物信息学分析表明差异circRNAs的来源基因主要参与免疫、炎症反应及疾病相关通路。circRNA-miRNA-mRNA调控网络包括11个circRNAs、17个miRNAs和212个mRNAs。qRT-PCR结果显示circRNA表达趋势与芯片结果一致。与健康对照组比较,hsa_circ_0018744表达在CHB患者组中明显上调(F=4.382,P<0.01),hsa_circ_0085744表达明显下调(F=4.906,P<0.01)。结论:与健康对照组相比,CHB患者PBMCs中存在差异表达的circRNAs。进一步功能分析表明,这些差异表达circRNAs可以通过某些通路参与CHB发生发展。 展开更多
关键词 慢性乙型肝炎 环状RNA 高通量芯片 实时荧光定量pcr
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淹水胁迫下中国南瓜转录组及差异表达基因分析 被引量:1
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作者 刘珍宇 王鹏伟 +4 位作者 郭林鑫 陈碧华 孙丽 李新峥 刘振威 《中国蔬菜》 北大核心 2024年第5期105-114,共10页
近年来,受全球气候变化的影响,洪涝灾害频繁发生,已严重影响我国南瓜生产。为研究南瓜耐涝机理,以耐涝性强和淹水敏感的2份中国南瓜为试材,采用双套盆法进行淹水胁迫,利用转录组测序及实时荧光定量PCR进行差异表达基因分析。结果表明:... 近年来,受全球气候变化的影响,洪涝灾害频繁发生,已严重影响我国南瓜生产。为研究南瓜耐涝机理,以耐涝性强和淹水敏感的2份中国南瓜为试材,采用双套盆法进行淹水胁迫,利用转录组测序及实时荧光定量PCR进行差异表达基因分析。结果表明:淹水胁迫后,耐涝型南瓜材料013-2叶片氧化酶基因相对表达量整体上调,均高于淹水敏感型南瓜材料367-2;013-2和367-2叶片鉴定出3231个差异表达基因,其中上调表达基因1778个,下调表达基因1453个。GO富集发现差异表达基因显著富集在光合作用、乙烯反应、磷酸信号转导系统、细胞对乙烯刺激的反应、乙烯激活信号通路等生物过程中;KEGG注释发现有947个差异表达基因被注释到121条代谢通路中,包括光合作用-天线蛋白、植物激素信号转导、MAPK信号通路、植物-病原体相互作用、苯丙烷类生物合成等。KEGG GSEA发现植物激素信号转导、昼夜节律、MAPK信号通路、植物-病原互作等基因集得最高分。研究结果可为进一步探索与南瓜耐涝相关的基因奠定基础。 展开更多
关键词 南瓜 淹水胁迫 实时荧光定量pcr RNA高通量测序技术 差异表达基因
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微生物有机肥对樱桃园土壤细菌群落的影响 被引量:35
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作者 张凯煜 谷洁 +1 位作者 王小娟 高华 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第3期1245-1252,共8页
采用田间试验,探究微生物有机肥对樱桃园土壤细菌群落的影响.利用高通量测序和实时定量PCR技术,研究不施肥(CK)、常规施肥(CN)和施微生物有机肥(CB)处理土壤细菌数量、多样性和群落结构的变化.结果表明,施微生物有机肥显著提高了土壤有... 采用田间试验,探究微生物有机肥对樱桃园土壤细菌群落的影响.利用高通量测序和实时定量PCR技术,研究不施肥(CK)、常规施肥(CN)和施微生物有机肥(CB)处理土壤细菌数量、多样性和群落结构的变化.结果表明,施微生物有机肥显著提高了土壤有机质、全氮、碱解氮和速效磷含量.结合16SrRNA基因拷贝数和α-多样性指数结果,发现施微生物有机肥能提高细菌数量,且提高细菌多样性和丰富度.不同施肥处理显著改变了细菌群落结构.门水平上,变形菌门、酸杆菌门、厚壁菌门、芽单胞菌门、放线菌门为优势类群,共占细菌总量的74.3%~85.1%.目水平上, CB处理中Acidobacteria_Gp4和Gp6相对丰度显著低于CK处理,而Acidobacteria_Gp7较CK处理增加了75.4%.冗余分析结果表明,环境因子解释了细菌群落变化的92.3%,土壤有机质、全氮含量和pH值是造成樱桃园土壤细菌群落结构差异的主要原因.因此,施用微生物有机肥能显著提高土壤养分含量、土壤细菌数量及群落多样性,对于培肥地力极为重要. 展开更多
关键词 微生物有机肥 细菌群落 高通量测序 实时定量pcr
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绿肥配施减量化肥对土壤固氮菌群落的影响 被引量:13
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作者 方宇 王飞 +4 位作者 贾宪波 林陈强 张慧 陈龙军 陈济琛 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期1933-1941,共9页
为了探讨绿肥配施减量化肥对土壤固氮菌的影响,以开展八年的紫云英配施减量化肥的长期定位试验站为平台,选取不施肥(CK)、单施化肥(NPK)、紫云英配施80%化肥(MF80)、紫云英配施60%化肥(MF60)和紫云英配施40%化肥(MF40)共5个处理,于水稻... 为了探讨绿肥配施减量化肥对土壤固氮菌的影响,以开展八年的紫云英配施减量化肥的长期定位试验站为平台,选取不施肥(CK)、单施化肥(NPK)、紫云英配施80%化肥(MF80)、紫云英配施60%化肥(MF60)和紫云英配施40%化肥(MF40)共5个处理,于水稻分蘖期采集土样,采用荧光定量PCR和Illumina Miseq高通量测序技术,分析了不同施肥制度下土壤固氮菌nif H基因丰度和多样性的变化规律。结果表明:与单施化肥相比,翻压紫云英的减量施肥处理水稻产量与其无显著差异,从化肥用量和产量综合考虑,MF60处理是一种适宜的施肥制度。翻压绿肥处理土壤全氮明显增加;碱解氮含量(除MF60处理)与NPK处理无显著差异。翻压紫云英配施减量化肥的施肥处理(除MF40处理)土壤固氮菌丰度明显高于NPK处理,且固氮菌丰度与土壤碱解氮、硝态氮和p H呈显著正相关。翻压紫云英后土壤固氮菌Shannon指数明显低于NPK处理,各施肥处理间OTU指数差异不明显。各施肥处理的土壤固氮菌均以变形菌门为绝对优势菌门,翻压紫云英的减量施肥处理变形菌门丰度显著低于单施化肥处理。主坐标分析表明,翻压紫云英配施减量化肥的3个施肥处理与CK、NPK处理的土壤固氮菌的群落结构差异较明显。研究表明,紫云英配施减量化肥有利于提升土壤肥力和固氮菌的数量,紫云英的施用和化肥用量都是影响土壤固氮菌群落结构的重要因素。 展开更多
关键词 绿肥 减量化肥 固氮菌 荧光定量pcr 高通量测序 群落结构
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亚热带4种典型森林植被土壤固碳细菌群落结构及数量特征 被引量:16
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作者 刘茗 曹林桦 +5 位作者 刘彩霞 梁辰飞 秦华 陈俊辉 邵帅 徐秋芳 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期1028-1039,共12页
为研究亚热带不同森林植被类型土壤固碳微生物特征及其影响因子,选取毛竹林(Moso banboo groves)、阔叶林(Broad-leaved forest)、杉木林(Chinese fir forest)和马尾松林(Masson pine forest)等4种森林植被为研究对象,以cbbL为固碳细菌... 为研究亚热带不同森林植被类型土壤固碳微生物特征及其影响因子,选取毛竹林(Moso banboo groves)、阔叶林(Broad-leaved forest)、杉木林(Chinese fir forest)和马尾松林(Masson pine forest)等4种森林植被为研究对象,以cbbL为固碳细菌指示基因,利用实时荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR)和MiSeq高通量测序为研究手段。结果表明,4种林分土壤的细菌16S rRNA基因和固碳细菌cbbL基因丰度范围分别是5.40×10^(10)~2.81×10^(11) copies·g^(-1)干土和4.55×10^(8)~3.53×10^(9) copies·g^(-1)干土,其中毛竹林显著高于其他三种林分(P<0.05);基因丰度显著关联的环境因子是阔叶林土壤的有效磷、不同土层的pH(P<0.05)。杉木林土壤固碳细菌多样性显著低于其他3种林分(P<0.05),其亚表层土壤高于表层(P<0.05);双因子分析表明,林型、土层之间土壤固碳细菌多样性均存在显著或极显著差异。所有土壤具有相似的优势属但相对丰度不同,其中毛竹林和杉木林土壤的甲基化石油杆菌属(Methylibium)和诺卡菌属(Nocardia)占比明显高于阔叶林和马尾松林。冗余分析结果显示,不同林分土壤pH、土壤有机碳、有效磷、全氮差异是影响土壤固碳细菌群落特征形成的主要因素。综上,4种植被对土壤固碳微生物数量及群落结构多样性影响明显,从土壤理化性质、固碳细菌基因丰度、多样性以及结构特征等多维度结果证明,毛竹林对土壤肥力以及固碳细菌影响效果最好,固碳微生物对毛竹林土壤有机质积累贡献大于阔叶林,定量结论有待进一步研究。 展开更多
关键词 固碳细菌 cbbL基因 亚热带森林 实时荧光定量pcr 高通量测序
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纳污河流抗性基因和微生物群落相关性 被引量:19
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作者 罗晓 张文丽 +5 位作者 袁立霞 许曼 何磊 蒋永丰 钟为章 张迎 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第6期2606-2613,共8页
通过Miseq高通量测序分析和荧光定量PCR技术,研究某纳污河流中四环素类与磺胺类抗性基因(ARGs)的分布特征、传播情况及微生物群落结构相关性.结果表明:在河流地表水与沉积物中均检测到四环素类抗性基因tetA和tetB与磺胺类抗性基因sul1和... 通过Miseq高通量测序分析和荧光定量PCR技术,研究某纳污河流中四环素类与磺胺类抗性基因(ARGs)的分布特征、传播情况及微生物群落结构相关性.结果表明:在河流地表水与沉积物中均检测到四环素类抗性基因tetA和tetB与磺胺类抗性基因sul1和sul2,四环素类抗性基因和磺胺类抗性基因的绝对丰度分别为5.09×10^3~1.26×10^7,3.94×10^5~1.32×10^9copics/L,磺胺sul1抗生素抗性基因丰度显著高于其它基因;河流主要优势菌门为Proteobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes,Actinobacteria和Cyanobacteria,其平均总相对丰度占总比例的95.62%,且总体差异较小.抗性基因与微生物群落冗余分析显示, Methylotenera菌属是影响tetA抗性基因分布丰度的主要因素, Dechloromonas和Clostridium sensu stricto 1菌属是影响tetB抗性基因分布丰度的主要因素,Dechloromonas、Clostridium sensu stricto 1和Methylotenera菌属是影响sul1、sul2抗性基因分布丰度的主要因素. 展开更多
关键词 抗性基因 荧光定量pcr 高通量测序 微生物群落结构
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改良剂对酸性植烟土壤化学性质、细菌群落结构和丰度的影响 被引量:9
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作者 谭智勇 王喜英 +3 位作者 赵辉 刘杰 艾永峰 刘国权 《江苏农业科学》 北大核心 2023年第16期240-246,共7页
研究不同改良剂对酸性植烟土壤细菌群落结构和丰度的影响,从微生物角度为改良剂的筛选及推广应用提供科学依据。采用田间试验,应用荧光定量PCR和高通量测序技术,研究改良剂(T1,硅钙钾镁肥;T2,白云石粉;T3,硅钙钾镁肥+生物炭;T4,白云石粉... 研究不同改良剂对酸性植烟土壤细菌群落结构和丰度的影响,从微生物角度为改良剂的筛选及推广应用提供科学依据。采用田间试验,应用荧光定量PCR和高通量测序技术,研究改良剂(T1,硅钙钾镁肥;T2,白云石粉;T3,硅钙钾镁肥+生物炭;T4,白云石粉+生物炭)处理下土壤细菌的丰度和群落结构的变化特征,并分析驱动土壤细菌群落结构变化的主要因素。结果表明,添加改良剂均显著提高了土壤pH值和细菌数量。T3处理细菌丰度最高,分别比CK、T1、T2、T4处理提高了61.29%、3.66%、17.89%、7.73%。施用改良剂显著增加了土壤细菌群落α多样性指数,以T3处理效果最明显。在门水平上,放线菌门、变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门为优势类群。其中,放线菌门、变形菌门、绿弯菌门的相对丰度在T3处理下显著高于对照。层次聚类和PCoA结果表明,不同改良剂处理的土壤细菌群落结构差异明显,其中T3、T4处理的群落结构相似,CK与其他处理间群落结构差异较大。土壤pH值和有机碳、速效磷、硝态氮含量是驱动土壤细菌数量和群落结构变化的主要因素。综合分析,硅钙钾镁肥+生物炭混施处理在缓解植烟土壤酸化、提高土壤细菌数量和群落多样性、促进烟株生长发育等方面效果最好。 展开更多
关键词 改良剂 植烟土壤 细菌 实时荧光定量pcr 高通量测序
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猪TCTP基因的表达规律及其对脂肪细胞分化的影响 被引量:3
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作者 李新建 杨浩 +2 位作者 程佳 宋子仪 杨公社 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期444-451,共8页
翻译控制肿瘤蛋白(TCTP,translationally controlled tumor protein)是一类广泛存在各种生物、序列高度保守的蛋白,最初认为TCTP是一类生长相关蛋白,近年研究发现TCTP可能具有非常重要的生物学功能.本研究通过高通量测序(Solexa)技术、... 翻译控制肿瘤蛋白(TCTP,translationally controlled tumor protein)是一类广泛存在各种生物、序列高度保守的蛋白,最初认为TCTP是一类生长相关蛋白,近年研究发现TCTP可能具有非常重要的生物学功能.本研究通过高通量测序(Solexa)技术、实时定量PCR(RT-qPCR)对瘦肉型和脂肪型猪不同生长阶段脂肪组织、脂肪细胞中TCTP的表达规律进行了研究,采用siRNA技术,沉默TCTP,研究了其对脂肪细胞分化的影响.结果表明:TCTP在瘦肉型猪脂肪组织中的mRNA表达量显著高于脂肪型猪(P<0.01);在不同日龄猪脂肪组织中,TCTP的mRNA表达量随着日龄增长而降低;在不同组织中的检测结果发现,TCTP在心、肝、肾、肌肉和脂肪中有较高的表达,肺和脾中表达量较低;TCTP的mRNA表达量在猪前体脂肪细胞增殖过程中逐渐增高,在分化阶段逐渐下降;沉默TCTP促进了脂肪细胞的分化,引起了PPARγ、C/EBPα、SREBP-1c的显著升高(P<0.01).以上研究发现,TCTP在脂肪沉积过程中可能具有抑制作用,为进一步研究肥胖关键基因调控机制提供科学依据. 展开更多
关键词 翻译控制肿瘤蛋白 高通量测序 实时定量pcr 猪脂肪组织 SIRNA干扰 分化
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氮肥水平对稻田细菌群落及N_2O排放的影响 被引量:26
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作者 宋亚娜 林艳 陈子强 《中国生态农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第9期1266-1275,共10页
作为土壤氮素转化的驱动者,微生物群落结构关系着稻田氮素利用及温室气体N_2O排放等问题。本研究分别基于高通量测序和荧光定量PCR技术,分析了不同氮肥水平[CK(不施氮)、N(施N 180 kg·hm-2)、2/3N(施N 120 kg·hm-2)、1/3N(施N... 作为土壤氮素转化的驱动者,微生物群落结构关系着稻田氮素利用及温室气体N_2O排放等问题。本研究分别基于高通量测序和荧光定量PCR技术,分析了不同氮肥水平[CK(不施氮)、N(施N 180 kg·hm-2)、2/3N(施N 120 kg·hm-2)、1/3N(施N 60 kg·hm-2)]下稻田细菌群落及硝化反硝化关键微生物功能基因丰度的变化。结果显示:氮肥水平提高增加了稻田细菌物种丰富度Chao1指数和群落多样性Shannon指数,改变了细菌群落组成,其中与硝化作用相关的硝化螺菌门Nitrospirae和嗜酸的醋杆菌门Acidobacteria的相对丰度随氮肥水平提高而增加,但甲烷氧化菌Methylosinus的相对丰度随氮肥水平提高而降低。氮肥水平对稻田硝化作用关键微生物氨氧化细菌amo A基因丰度的影响较大,0~5 cm和10~20 cm深度土层中的amo A基因丰度均随氮肥用量增加而提高;反硝化作用关键微生物功能基因nir S、qno B和nos Z的丰度在不施肥处理(CK)中显著低于施肥处理(1/3N、2/3N和N)(P<0.05),但1/3N、2/3N和N处理的稻田nir S基因丰度没有明显差异;0~5 cm土层中qno B和nos Z基因丰度存在随氮肥水平提高而增加的趋势,10~20 cm土层中nos Z基因丰度在2/3N和N处理下显著高于1/3N处理(P<0.05)。N处理的稻田N_2O排放通量显著高于2/3N及1/3N处理(P<0.05),后者又显著高于CK处理(P<0.05)。相关分析结果表明稻田N_2O排放通量与0~5 cm土层中硝化螺菌门Nitrospirae相对丰度及10~20 cm土层中amo A基因丰度存在显著相关性(P<0.05,n=10)。综上所述,氮肥水平提高增加了稻田细菌群落多样性,促进了稻田N_2O排放,且本研究稻田中硝化作用微生物群落及丰度变化与稻田N_2O排放的关系更为密切。 展开更多
关键词 氮肥水平 稻田土壤 微生物群落 氨氧化细菌基因 反硝化细菌基因 N2O排放 高通量测序 荧光定量pcr
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冬季河流中抗生素抗性基因和微生物群落相关性研究 被引量:5
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作者 罗晓 张文丽 +4 位作者 许曼 张迎 蒋永丰 何磊 钟为章 《环境科学与技术》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期20-26,共7页
为分析冬季河流中tetA、tetB、sul1和sul2抗性基因的分布特征与微生物群落的相关性,用Miseq高通量测序分析和荧光定量PCR技术进行。冬季河流地表水中抗性基因丰度比沉积物中的高2个数量级,磺胺类抗性基因丰度比四环素类的高1个数量级。... 为分析冬季河流中tetA、tetB、sul1和sul2抗性基因的分布特征与微生物群落的相关性,用Miseq高通量测序分析和荧光定量PCR技术进行。冬季河流地表水中抗性基因丰度比沉积物中的高2个数量级,磺胺类抗性基因丰度比四环素类的高1个数量级。4种抗性基因总丰度变化范围为3.65×10~2~7.94×10~7copies/L。河流中Proteobacteria和Bacteroidetes为绝对优势菌群,河流地表水与沉积物中优势菌群略有不同。4种抗性基因对样本的影响较大,微生物群落与抗性基因之间相关性较大。4种抗性基因与河流地表水样本均呈正相关,沉积物中仅有sul1与WS1、QS1呈正相关,其他均呈负相关。抗性基因的传播仅与特定的菌群有关,大多数菌属是影响抗性基因分布丰度的主要因素,且对四环素类抗性基因影响的菌群较多。 展开更多
关键词 冬季河流 抗性基因 荧光定量pcr 高通量测序 微生物群落结构
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悬铃木方翅网蝽触角气味结合蛋白基因鉴定 被引量:2
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作者 杨海博 胡镇杰 +2 位作者 李定旭 朱品红 董钧锋 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期1121-1131,共11页
【目的】悬铃木方翅网蝽Corythucha ciliata是专性危害悬铃木属Platanus植物的外来入侵害虫,本研究旨在获得该害虫触角中气味结合蛋白(OBPs)基因信息,以期寻求有效控制害虫的嗅觉分子靶标。【方法】利用Illumina HiSeq^(TM) 4000高通量... 【目的】悬铃木方翅网蝽Corythucha ciliata是专性危害悬铃木属Platanus植物的外来入侵害虫,本研究旨在获得该害虫触角中气味结合蛋白(OBPs)基因信息,以期寻求有效控制害虫的嗅觉分子靶标。【方法】利用Illumina HiSeq^(TM) 4000高通量测序技术对悬铃木方翅网蝽雌雄成虫触角进行转录组测序并对测序结果进行生物信息学分析;通过实时荧光定量PCR(qPCR)方法,分析OBP基因在悬铃木方翅网蝽雌雄成虫触角中的表达模式。【结果】对悬铃木方翅网蝽雌雄成虫触角6个样品的转录组测序,共获得40.87 Gb clean reads,各样品的序列长度均达到6.31 Gb。转录组数据分析共鉴定出26个推测的悬铃木方翅网蝽OBP基因,其编码蛋白中24个(CcilOBP1-24)属于Classic OBPs,CcilOBP25/26属于Plus-C OBPs;与半翅目其他昆虫相关OBPs系统发育分析表明,大部分CcilOBPs形成独立一簇,少数与其他半翅目昆虫OBPs直系同源。qPCR分析显示,有11个OBP基因在雌雄成虫触角中表达量差异显著,其中有9个OBP基因(CcilOBP5/6/9/10/17/18/21/24/25)在雄成虫触角中显著高表达,有2个OBP基因(CcilOBP14/16)在雌成虫触角中显著高表达。【结论】本研究获得了悬铃木方翅网蝽成虫触角气味结合蛋白基因信息,研究结果为生物控制该害虫提供了重要基础数据和候选分子靶标。 展开更多
关键词 悬铃木方翅网蝽 触角转录组 高通量测序 气味结合蛋白 实时荧光定量pcr
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