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基于高通量基因表达数据库筛选系统性红斑狼疮妊娠并发先兆子痫的关键基因
1
作者 李红 穆姣 禹红 《临床检验杂志》 CAS 2024年第6期461-465,共5页
目的应用生物信息学方法筛选系统性红斑狼疮(SLE)妊娠并发先兆子痫(PE)的关键基因,并分析其生物学功能。方法从高通量基因表达(GEO)数据库下载SLE妊娠并发PE相关数据集GSE108497,利用R软件筛选差异表达基因(DEGs)。采用在线分析工具对D... 目的应用生物信息学方法筛选系统性红斑狼疮(SLE)妊娠并发先兆子痫(PE)的关键基因,并分析其生物学功能。方法从高通量基因表达(GEO)数据库下载SLE妊娠并发PE相关数据集GSE108497,利用R软件筛选差异表达基因(DEGs)。采用在线分析工具对DEGs进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用蛋白质相互作用数据库STRING构建DEGs编码蛋白的相互作用(PPI)网络,并筛选关键基因。绘制受试者工作特征(ROC)曲线评估关键基因对SLE妊娠并发PE的诊断效能。结果从GSE108497数据集中筛选出162个DEGs,其中105个上调,57个下调。GO分析显示,DEGs主要参与T淋巴细胞活化与分化、中性粒细胞介导的免疫调节和脱颗粒等生物学过程。KEGG分析表明,DEGs主要调控原发性免疫缺陷、糖酵解和抗原呈递等通路。PPI网络分析获得9个关键基因:HMGN2、EEFIB2、RPL32、BTF3、MRPLI1、EEFID、EEFIA1、RPL6和RPLPI。ROC曲线提示这些基因对SLE妊娠并发PE具有较高诊断价值,ROC曲线下面积(AUCROC)均大于0.9。结论利用生物信息学方法从GEO数据库筛选并鉴定出9个与SLE妊娠并发PE相关的关键基因,为该病的诊断和治疗提供了新的潜在标志物和靶点。 展开更多
关键词 系统性红斑狼疮 妊娠 先兆子痫 差异表达基因 GEO数据库
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TissueMap：人类基因和蛋白质表达数据库
2
作者 唐鹤云 杨啸林 +1 位作者 陈兴新 张正国 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期187-190,共4页
表达信息(或者是组织特异性)是基因和蛋白质最重要的自然属性之一。在当前主要的序列数据库中,对这些信息的描述没有一致的标准,同时,表达量的描述也没有统一。为了更好地利用基因和蛋白质的表达信息,建立了人类基因和蛋白质表达数据库... 表达信息(或者是组织特异性)是基因和蛋白质最重要的自然属性之一。在当前主要的序列数据库中,对这些信息的描述没有一致的标准,同时,表达量的描述也没有统一。为了更好地利用基因和蛋白质的表达信息,建立了人类基因和蛋白质表达数据库,命名为TissueMap(http://168.160.62.35/cgi-bin/tissuemap/index.pl)。TissueMap整合了来自Swiss-prot和UniGene两个数据库的表达信息,并把跨膜蛋白信息从Swiss-prot专门抽取出来作为一个独立的库提供用户搜索。这个数据库规范化了描述表达信息时使用的组织名称和表达水平。目前,数据库中共有45389条基因,11377条蛋白质,和2796条人类跨膜蛋白的表达信息,将随着Unigene和UniProt同步更新。 展开更多
关键词 基因 蛋白质 表达 组织特异性 数据库
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基于基因表达综合数据库芯片的类风湿关节炎生物标志物的筛选与生物信息学分析 被引量：4
3
作者 赵倩倩 尤红俊 +2 位作者 肖丹 黄婧 何岚 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期544-552,共9页
目的对类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)基因芯片数据进行生物信息学分析,寻找表达特征基因谱。方法利用GEO2R对基因表达综合数据库中筛选出的RA芯片进行基因差异表达分析,采用DAVID 6.8及R语言进行基因功能注释GO富集分析和KEGG... 目的对类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)基因芯片数据进行生物信息学分析,寻找表达特征基因谱。方法利用GEO2R对基因表达综合数据库中筛选出的RA芯片进行基因差异表达分析,采用DAVID 6.8及R语言进行基因功能注释GO富集分析和KEGG通路富集分析,String-db数据库进行蛋白互作分析,并以Cytoscape3.7.1软件获取关键靶基因。结果RA患者膝关节分离出的滑膜组织中1184个基因差异表达具有统计学意义,其中664个表达上调,520个表达下调。差异表达基因被富集到信号转导、质膜和蛋白结合等70个不同的GO子集及细胞因子-细胞因子受体相互作用、破骨细胞分化、类风湿关节炎、Th17细胞分化和IL17信号通路等62个信号通路上。蛋白互作网络分析筛选出19个关键靶基因,包括NKG7、BCL6、SEMA4D、NFIL3、RAC2、MLIP、SEL1L3、GUSBP11、IGLV1-44、IGLJ3、IGLC1、IGKV1OR2-118、IGKV1OR2-108、IGKC、IGHV4-31、IGHV3-23、IGHM、IGHD和CYAT1。结论对基因表达综合数据库中RA的芯片数据分析所筛选出的部分差异表达基因,均涉及影响RA滑膜炎症发生发展的关键环节,可为该疾病的早期诊断或靶向药物的研发提供重要的实验理论依据。 展开更多
关键词 类风湿关节炎 基因表达综合数据库 差异表达基因 生物信息学
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基于GEO数据库分析食管癌差异表达基因
4
作者 杨柳 杨磊 《中国实用医药》 2023年第8期154-159,共6页
目的寻找食管癌的差异表达基因,进一步筛选与食管癌发生潜在靶点,为食管癌防治提供新思路。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE9982基因芯片,利用iDEP在线分析工具筛选食管癌患者与健康人群黏膜组织差异表达基因,并进行差异基因可视... 目的寻找食管癌的差异表达基因,进一步筛选与食管癌发生潜在靶点,为食管癌防治提供新思路。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE9982基因芯片,利用iDEP在线分析工具筛选食管癌患者与健康人群黏膜组织差异表达基因,并进行差异基因可视化展示。利用STRING数据库进行蛋白质相互作用分析,筛选关键基因。使用注释、可视化和综合发现数据库(DAVID)在线数据库对差异表达基因进行基因本体论(GO)富集分析。结果食管癌差异表达基因497个,上调基因191个,下调基因306个。基因富集分析显示在分子功能、细胞组分、生物过程方面蛋白结合、细胞核、细胞分裂富集结果显著。蛋白相互作用分析得出可视化结果并筛选出10个关键差异表达基因。结论本研究筛选得出食管癌发生主要基因并进行富集分析,结果显著为研究食管癌发病机制和治疗靶点提供方向。 展开更多
关键词 食管癌 生物信息分析 基因表达综合数据库 基因
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高通量筛选差异表达基因技术及其在家畜中的应用 被引量：1
5
作者 狄冉 储明星 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第1期144-147,共4页
差异表达基因筛选技术是研究生物重要经济性状相关基因或抗病相关基因的有力工具。作者总结了近年来发展起来的几种高通量筛选差异表达基因的技术,并对其原理、流程及在家畜中的应用作了简要介绍。
关键词 差异表达基因 高通量 家畜
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基于GEO数据库分析AKR1C3在口腔鳞状细胞癌中的表达
6
作者 李磊 陈彦平 +3 位作者 杨凯成 李悠 王欣晨 罗风玉 《口腔医学研究》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期514-518,共5页
目的:探讨AKR1C3在口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)中的表达水平及其功能。方法:从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中筛选OSCC相关芯片数据集,利用R语言筛选出芯片中的差异表达基因(differentially expressed ge... 目的:探讨AKR1C3在口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)中的表达水平及其功能。方法:从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中筛选OSCC相关芯片数据集,利用R语言筛选出芯片中的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),对DEGs进行功能富集分析,构建蛋白质相互作用网络图(protein-protein interaction network,PPI)及DEGs相关性图,分析DEGs AKR1C3的表达水平与预后的关系,并通过免疫组织化学法验证AKR1C3蛋白在OSCC中的表达。结果:共筛选出411个DEGs,其中显著上、下调的DEGs分别有20个;DEGs主要参与T细胞活化、淋巴细胞活化等过程,并富集于细胞因子间的相互作用、流体剪切应力与动脉粥样硬化等通路;PPI显示:AKR1C3与AKR1C1、AKR1B10、AKR1B1等关系最为密切,DEGs相关性分析显示:AKR1C3与ALDH3A1、UGT1Ab等关系最为密切;AKR1C3高表达的患者生存期更短(P<0.05);免疫组织化学法结果提示:AKR1C3蛋白在OSCC组织中表达上调(P<0.05)。结论:AKR1C3可作为潜在分子标志物用于OSCC的早期诊断、治疗靶点的选择和预后评估。 展开更多
关键词 口腔鳞状细胞癌 基因表达数据库 分子标志物 差异表达基因
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通过GEO数据库筛选宫颈癌发生的相关基因
7
作者 常爱民 任静静 石瑛 《河南医学研究》 CAS 2023年第6期961-965,共5页
目的利用数据库筛选宫颈癌致病的关键基因,探讨宫颈癌的发病机制。方法从高通量基因表达数据库(GEO)下载宫颈癌相关的芯片数据GSE89657、GSE63678和GSE29570,利用GEO2R在线分析软件筛选出宫颈癌差异基因748个,分别对差异基因进行基因本... 目的利用数据库筛选宫颈癌致病的关键基因,探讨宫颈癌的发病机制。方法从高通量基因表达数据库(GEO)下载宫颈癌相关的芯片数据GSE89657、GSE63678和GSE29570,利用GEO2R在线分析软件筛选出宫颈癌差异基因748个,分别对差异基因进行基因本体富集分析(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析以及蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)分析。结果3个数据库共呈现32个共同差异基因,分别为15个上调基因,17个下调基因。差异基因导入DAVID数据库发现与宫颈癌细胞凋亡和基因表达负调控、癌症通路有关。发现10个差异基因成为PPI网络复合体中的中枢基因,其表达水平的改变与宫颈癌的不良预后有关。其中拓扑异构体酶Ⅱa(TOP2A)在宫颈癌的诊断中最为重要。结论通过GEO数据库分析宫颈癌的基因芯片数据,获取与其预后密切相关的基因,为疾病的早期诊断提供分子水平上的参考依据。 展开更多
关键词 宫颈癌 GEO数据库 差异表达基因 生物信息学
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高通量基因表达谱的应用 被引量：4
8
作者 胡红柳 侯晓明 +2 位作者 曲波 高学军 李庆章 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2012年第12期40-43,共4页
基因表达谱可以描绘特定情况下组织、细胞中所表达的全套基因及其丰度,它从mRNA水平上反映出组织或细胞特异性表型和表达模式。目前基于高通量的基因表达谱主要有基因芯片和数字基因表达谱(DGE)。本文主要介绍了基因芯片和DGE的原理、特... 基因表达谱可以描绘特定情况下组织、细胞中所表达的全套基因及其丰度,它从mRNA水平上反映出组织或细胞特异性表型和表达模式。目前基于高通量的基因表达谱主要有基因芯片和数字基因表达谱(DGE)。本文主要介绍了基因芯片和DGE的原理、特点,并对其在作物科学、动物科学和乳品科学中的应用做了简要列举。 展开更多
关键词 基因表达谱 高通量 基因芯片 数字基因表达谱
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基于高通量转录组测序的辣木叶粉对小鼠肝脏差异表达基因的影响 被引量：3
9
作者 解静 曾寰宇 +6 位作者 段胜常 戴天浥 彭磊 郝若诗 史崇颖 田洋 盛军 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2018年第3期456-467,共12页
【目的】辣木(Moringa oleifera Lam.)是一种营养价值丰富的新型食品或饲料资源,但是食用或饲用辣木后对动物机体代谢的调控机制仍不清楚。【方法】18只小鼠随机分为2组,即辣木叶粉饲料组(50%MO)和基础饲料组(对照组)。在饲料干预的第3... 【目的】辣木(Moringa oleifera Lam.)是一种营养价值丰富的新型食品或饲料资源,但是食用或饲用辣木后对动物机体代谢的调控机制仍不清楚。【方法】18只小鼠随机分为2组,即辣木叶粉饲料组(50%MO)和基础饲料组(对照组)。在饲料干预的第3、10和25天每组随机取3只小鼠进行解剖,采集肝脏组织样品,并利用高通量RNA-seq测序技术对小鼠肝脏进行RNA测序,使用Top Hat v2.0.13软件将测序得到的reads序列与小鼠(GRCm38)参考基因组序列比对,计算表达量并鉴定差异表达基因,同时对差异表达基因参与的GO功能及代谢途径进行富集。【结果】从18个样本中共获得转录组数据约109.063 Gb,1 136 175 196条clean reads;与对照组相比,辣木叶粉饲料组表达上调和下调的差异表达基因共有1 227个;GO功能分类注释发现,第3、10和25天的差异基因都主要集中在细胞过程(cellular process)、细胞(cell)和结合(binding)3个过程;差异基因显著富集的KEGG代谢通路有37条(P<0.05)。【结论】辣木叶粉对小鼠肝脏中的过氧化物酶体、病毒性心肌炎和类固醇生物合成等代谢通路有一定影响。 展开更多
关键词 辣木叶粉 肝脏转录组 高通量RNA测序 差异表达基因 代谢通路
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基于GEO数据库预测分析卵巢癌顺铂耐药相关基因及意义 被引量：1
10
作者 严静 黄益玲 黄利鸣 《巴楚医学》 2021年第2期85-90,共6页
目的:运用生物信息学方法筛选卵巢癌顺铂耐药差异表达基因,并对其进行相关生物学分析以获得卵巢癌耐药相关分子标志物。方法:从GEO数据库中寻找出3个卵巢癌顺铂耐药相关芯片数据集,使用GEO2R在线分析工具筛选差异表达基因,并作韦恩图获... 目的:运用生物信息学方法筛选卵巢癌顺铂耐药差异表达基因,并对其进行相关生物学分析以获得卵巢癌耐药相关分子标志物。方法:从GEO数据库中寻找出3个卵巢癌顺铂耐药相关芯片数据集,使用GEO2R在线分析工具筛选差异表达基因,并作韦恩图获取交集;通过DAVID进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析;对显著差异表达基因构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,并获取枢纽基因(Hub基因);利用UALCAN在线分析Hub基因在卵巢癌中生存曲线。结果:筛选出3个数据集的差异共表达基因67个。富集分析表明这些基因在结构分子活性、细胞对高氧反应、细胞基质粘附、成骨细胞分化、细胞外泌体、局灶性黏连、细胞外基质受体相互作用等方面具有重要功能。通过分析获得10个Hub基因:ITGB2、VCL、ITGA2、ITGB4、GBP1、COL6A1、MT2A、UST、VCAN、DSEL。生存曲线分析表明,VCAN基因表达的升高使得卵巢癌患者总体生存率显著降低(P<0.05)。结论:癌基因VCAN可作为卵巢癌顺铂耐药分子标志物,为卵巢癌顺铂耐药的诊断、治疗靶点选择及预后判断提供参考。 展开更多
关键词 卵巢癌 顺铂耐药 GEO数据库 差异表达基因
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基于基因组高通量测序的脑胶质瘤组织中差异表达长链非编码RNA筛选及验证
11
作者 高元峰 王瑞颖 +2 位作者 易柳 李珊 肖望重 《山东医药》 CAS 2021年第14期24-27,共4页
目的基于基因组高通量测序筛选脑胶质瘤组织中异常表达的长链非编码RNA(lncRNA),并验证其结果。方法收集19例脑胶质瘤组织和5例正常脑组织,进行基因组高通量测序,应用edgeR软件进行两样本间差异基因分析,计算两样本间的差异倍数和P值,... 目的基于基因组高通量测序筛选脑胶质瘤组织中异常表达的长链非编码RNA(lncRNA),并验证其结果。方法收集19例脑胶质瘤组织和5例正常脑组织,进行基因组高通量测序,应用edgeR软件进行两样本间差异基因分析,计算两样本间的差异倍数和P值,筛选出差异表达的lncRNA。另收集70例脑胶质瘤组织和20例正常脑组织,采用qPCR法验证脑胶质瘤组织中表达上调和下调前3位lncRNA的表达水平。结果脑胶质瘤组织中存在明显的差异表达的lncRNA共3040个,其中表达上调1233个、下调1807个。qPCR结果显示,差异表达上调前3位的TCONS_00010961、ENST00000443546.1、ENSG00000262119.1表达水平较正常脑组织升高,而差异表达下调前3位的ENST00000531508.1、TCONS_00004034、ENST00000504876.1表达水平较正常脑组织下降(P<0.05或<0.01),与基因组高通量测序结果一致。结论从脑胶质瘤组织中筛选出差异表达的lncRNA,经验证与测序结果一致;为其用于胶质瘤的临床诊断、治疗、预后提供理论依据及奠定前期的研究基础。 展开更多
关键词 脑胶质瘤 长链非编码RNA 基因组高通量测序 差异表达基因
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植物高通量基因表达研究进展
12
作者 熊梦熙 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2010年第20期10524-10525,共2页
介绍了目前主流的高通量基因表达研究方法,以及不同基因组背景植物的普遍研究手段。
关键词 高通量基因表达 基因芯片 新一代深度测序
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淹水胁迫下中国南瓜转录组及差异表达基因分析 被引量：1
13
作者 刘珍宇 王鹏伟 +4 位作者 郭林鑫 陈碧华 孙丽 李新峥 刘振威 《中国蔬菜》 北大核心 2024年第5期105-114,共10页
近年来,受全球气候变化的影响,洪涝灾害频繁发生,已严重影响我国南瓜生产。为研究南瓜耐涝机理,以耐涝性强和淹水敏感的2份中国南瓜为试材,采用双套盆法进行淹水胁迫,利用转录组测序及实时荧光定量PCR进行差异表达基因分析。结果表明:... 近年来,受全球气候变化的影响,洪涝灾害频繁发生,已严重影响我国南瓜生产。为研究南瓜耐涝机理,以耐涝性强和淹水敏感的2份中国南瓜为试材,采用双套盆法进行淹水胁迫,利用转录组测序及实时荧光定量PCR进行差异表达基因分析。结果表明:淹水胁迫后,耐涝型南瓜材料013-2叶片氧化酶基因相对表达量整体上调,均高于淹水敏感型南瓜材料367-2;013-2和367-2叶片鉴定出3231个差异表达基因,其中上调表达基因1778个,下调表达基因1453个。GO富集发现差异表达基因显著富集在光合作用、乙烯反应、磷酸信号转导系统、细胞对乙烯刺激的反应、乙烯激活信号通路等生物过程中;KEGG注释发现有947个差异表达基因被注释到121条代谢通路中,包括光合作用-天线蛋白、植物激素信号转导、MAPK信号通路、植物-病原体相互作用、苯丙烷类生物合成等。KEGG GSEA发现植物激素信号转导、昼夜节律、MAPK信号通路、植物-病原互作等基因集得最高分。研究结果可为进一步探索与南瓜耐涝相关的基因奠定基础。 展开更多
关键词 南瓜 淹水胁迫 实时荧光定量PCR RNA高通量测序技术 差异表达基因
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基于差异表达基因探讨绝经后骨质疏松症潜在靶点与机制
14
作者 穆胜凯 崔晏君 +2 位作者 郝连升 王腾腾 刘君 《中国医药导报》 CAS 2024年第8期1-6,12,共7页
目的 基于基因表达综合数据库(GEO)芯片数据获得绝经后骨质疏松症的差异表达基因,探讨其潜在作用靶点与机制。方法 从GEO数据库筛选绝经后骨质疏松症的芯片数据经GEO2R软件处理获取差异基因,利用Uni Prot数据库进行规范、验证,借助STRIN... 目的 基于基因表达综合数据库(GEO)芯片数据获得绝经后骨质疏松症的差异表达基因,探讨其潜在作用靶点与机制。方法 从GEO数据库筛选绝经后骨质疏松症的芯片数据经GEO2R软件处理获取差异基因,利用Uni Prot数据库进行规范、验证,借助STRING数据库获取蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,借助Cytoscape3.9.1构建PPI网络并进行拓扑分析,筛选核心基因。采用cluster Profiler、pathview等R包分析差异基因参与的基因本体(GO)功能及京都基因和基因组数据库(KEGG)信号通路,使用微生信平台进行结果可视化。结果 获得差异基因656个,其中下调基因421个,上调基因235个。得到10个核心基因,即VEGFA、KRAS、EP300、IL-2、IL-4、KIT、FOS、CCND1、HGF、CYCS。GO中分子功能、生物过程、细胞成分富集结果各771、4 648、499个,分子功能主要富集在脂肽结合、磷脂结合等,生物过程主要富集在肽酶活性调节、蛋白水解作用负性调节等,细胞成分主要富集在内质囊泡、等离子膜外侧等;KEGG通路富集结果 299条,主要涉及PI3K-Akt信号通路、病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体相互作用、B细胞受体信号通路、造血细胞谱系、Ras信号通路等。结论 筛选所得差异基因和相关信号通路有助于进一步了解绝经后骨质疏松症的靶点与机制,为新药研发提供了新思路。 展开更多
关键词 绝经后骨质疏松症 基因表达综合数据库 靶点与机制
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家蚕主要器官cDNA序列数据库的构建
15
作者 黄葆英 《广东蚕业》 1999年第4期60-60,共1页
家蚕被确定为研究昆虫生理、生化、发育、及形态发生的模型系统。尽管已鉴别了大量的家蚕品系,关于基因组的分子生物学信息,仍然是十分有限的。为了研究家蚕主要器官基因表达的模式。
关键词 家蚕 主要器官 基因表达模式 形态发生 分子生物学 昆虫生理 模型系统 基因组 序列数据库 品系
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基于悬浮芯片技术的56种病原微生物的高通量检测 被引量：13
16
作者 朱海红 蒋汉梁 +8 位作者 陈智 曹清毅 孙箴 侯晓丽 周林福 陈峰 羊正纲 贾红宇 许晓燕 《浙江大学学报（医学版）》 CAS CSCD 2007年第6期524-530,共7页
目的:建立高通量、快速、可靠、经济的病原微生物诊断技术平台。方法:设计和合成针对56种常见病原微生物的探针和阳性对照,采用悬浮芯片技术,对56种病原微生物的阳性标准品进行检测。结果:56种标准品的检测值显著高于阴性对照,各病原微... 目的:建立高通量、快速、可靠、经济的病原微生物诊断技术平台。方法:设计和合成针对56种常见病原微生物的探针和阳性对照,采用悬浮芯片技术,对56种病原微生物的阳性标准品进行检测。结果:56种标准品的检测值显著高于阴性对照,各病原微生物的阳性标准品和各探针之间无交叉反应。结论:建立了高通量、快速、可靠、经济的病原微生物诊断技术平台,为突发传染病的病原体诊断提供技术储备。 展开更多
关键词 微生物学技术 基因表达 悬浮芯片技术 高通量诊断 病原微生物
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转录组测序深度对表达基因检出及表达量估计的影响 被引量：7
17
作者 高原 王翌霞 +2 位作者 张亮 窦同海 周雁 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期642-647,共6页
基于第二代测序技术的转录组测序(RNA-seq)是目前基因表达分析的重要手段,其测序深度与检出的表达基因数量及基因表达量准确程度直接相关。为探索转录组测序深度对基因表达分析的影响,进而为不同实验需求选择合适的测序深度提供参考,本... 基于第二代测序技术的转录组测序(RNA-seq)是目前基因表达分析的重要手段,其测序深度与检出的表达基因数量及基因表达量准确程度直接相关。为探索转录组测序深度对基因表达分析的影响,进而为不同实验需求选择合适的测序深度提供参考,本研究采用Hiseq2000高通量测序平台完成小鼠大脑转录组的深度测序,共产出38 M有效reads。从中随机抽取总量的25%,50%,75%和全部数据模拟建成4个不同测序深度的文库,并以相对表达量RPKM值的高低将表达基因划分为5组,比较分析不同测序深度下不同组别检出表达基因个数以及基因相对表达量(RPKM)的变化。结果表明,9.5 M reads的测序深度中可检出81.55%的总编码基因,而随测序深度增加新检出表达基因的数量逐步减少。基因表达量的分析中,中高表达量基因RPKM[30,+∞)、偏低表达基因RPKM[3,30)和低表达基因RPKM[1,3)的相对表达量分别在9.5 M,19 M和28.5 M有效reads的测序深度以上的文库中趋于稳定。由此可知,研究中高表达基因时,可参考的转录组测序量为9.5 M有效reads以上,而研究低表达基因时,测序量需为19 M有效reads或更高。 展开更多
关键词 高通量测序技术 测序深度 基因检出个数 基因表达量
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快速老化痴呆小鼠海马组织差异表达基因模式分析及治疗药物预测 被引量：1
18
作者 刘涛 张雪竹 +2 位作者 贾玉洁 韩景献 聂坤 《山东医药》 CAS 2018年第48期5-8,共4页
目的采用网络集成式细胞内特征的公共数据库(LINCS)分析快速老化痴呆小鼠海马组织差异表达基因的表达模式,并预测其潜在的治疗药物。方法选择2月龄、8月龄SAMP8小鼠各20只,2月龄、8月龄SAMR1小鼠各20只,处死后取海马组织,制作基因芯片... 目的采用网络集成式细胞内特征的公共数据库(LINCS)分析快速老化痴呆小鼠海马组织差异表达基因的表达模式,并预测其潜在的治疗药物。方法选择2月龄、8月龄SAMP8小鼠各20只,2月龄、8月龄SAMR1小鼠各20只,处死后取海马组织,制作基因芯片。采用LINCS数据库GEO2Enrichr分析SAMP8、SAMR1小鼠海马组织快速老化基因表达模式,进行差异表达快速老化基因的GO富集分析,分析其KEGG代谢途径。采用CREEDS网络在线分析工具定性分析快速老化基因的转录模式,采用小分子药物模块定性分析预测老年性痴呆的治疗药物。结果快速老化SAMP8小鼠海马组织基因表达以上调为主,正常老化SAMR1小鼠海马组织基因表达以下调为主。GO富集分析结果显示,SAMP8小鼠海马组织表达上调基因主要定位于细胞核糖体、线粒体,主要生物学过程是细胞中蛋白质合成分选、定位以及病毒核酸合成,主要分子功能是NADH还原酶活性; KEGG代谢途径分析结果显示,SAMP8小鼠海马组织表达上调基因参与的代谢网络途径主要是线粒体氧化磷酸化途径、3种神经退行性疾病代谢途径(阿尔茨海默病、帕金森病和亨廷顿病)、核糖体蛋白质合成途径及非酒精性脂肪肝、大肠杆菌感染代谢网络途径;基因转录模式定性分析结果显示,SAMP8小鼠海马组织快速老化基因表达模式与单基因模块Psap(典型的神经元保护模式)匹配度最高,SAMR1小鼠基因表达模式与单基因模块Pink1匹配度最高。小分子药物模块定性分析结果显示,匹配度最高的小分子药物是维生素PP。结论 SAMP8小鼠海马组织基因表达以神经元保护为主要特征,是一种特殊的细胞线粒体修复模式,其线粒体相关基因表达显著上调。维生素PP可能是老年性痴呆的有效治疗药物。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 老年痴呆 网络集成式细胞内特征的公共数据库 线粒体损伤 海马组织 差异表达基因 大数据分析 小鼠
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功能相关基因模块的共表达分析软件GeneHub
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作者 郭政 张田文 +4 位作者 李霞 屠康 喻辉 徐建震 王辰光 《哈尔滨工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第5期599-603,共5页
介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists... 介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色体定位、蛋白质互作及蛋白质复合物、调控通路、信号传导通路和细胞位置5个方面的基因功能分类体系下基因组共表达现象.该软件有利于整合其他多种基因组信息源,从而为采用信息融合分析技术挖掘基因表达谱数据和发现新的基因功能知识建立了很好的基础.介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色? 展开更多
关键词 基因芯片 基因表达 基因功能 相关 数据库
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高通量测序挖掘胎儿生长受限的核心分子和网络调控模块
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作者 汪贵英 郁君 +6 位作者 杨一伟 刘晓琴 赵肖波 郭旭东 段涛 陆晨琪 康九红 《解剖学杂志》 CAS 2021年第S01期176-176,共1页
胎儿生长受限是新生儿死亡和发病的主要原因之一,同时还会影响成年后健康状况。为了确定核心基因表达网络和关键分子标记,以期结合超声检测更有效地区分正常小于胎龄儿和病理性生长受限胎儿,本研究采用病例对照实验对脐带血中的蛋白质... 胎儿生长受限是新生儿死亡和发病的主要原因之一,同时还会影响成年后健康状况。为了确定核心基因表达网络和关键分子标记,以期结合超声检测更有效地区分正常小于胎龄儿和病理性生长受限胎儿,本研究采用病例对照实验对脐带血中的蛋白质编码基因和非编码RNA进行了高通量测序。针对5对胎儿生长受限病例和对照脐血标本进行的高通量测序和基因共表达网络分析发现,胎儿生长受限组与正常对照组之间有339个基因、295个长链非编码RNA和13个miRNAs的表达水平存在显著差异。生物信息学分析表明,这些差异表达分子主要涉及代谢、神经、心脏和免疫系统,同时获得了18个与胎儿生长受限相关的基因共表达网络模块。 展开更多
关键词 胎儿生长受限 病例对照 新生儿死亡 小于胎龄儿 高通量测序 基因共表达网络 脐带血 非编码RNA
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