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用氨基酸组分预测含顺式肽键蛋白质
被引量：
2
1
作者
宋江宁
李炜疆
《无锡轻工大学学报（食品与生物技术）》
CSCD
北大核心
2003年第3期7-11,共5页
以含有820个蛋白质结构数据的SLCTBASE数据库作为样本库,根据蛋白质序列氨基酸百分含量与顺式肽键的关联信息,构建了基于序列整体氨基酸含量的顺式构象势函数.利用此函数拟合得出的20种氨基酸的顺式构象因子值,进行两类蛋白质序列的分...
以含有820个蛋白质结构数据的SLCTBASE数据库作为样本库,根据蛋白质序列氨基酸百分含量与顺式肽键的关联信息,构建了基于序列整体氨基酸含量的顺式构象势函数.利用此函数拟合得出的20种氨基酸的顺式构象因子值,进行两类蛋白质序列的分类和预测.训练集和测试集相同时和不相同时的预测准确率分别可达66%和64%.
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关键词
氨基酸
顺式肽键
蛋白质序列
分类
统计预测分析方法
顺式
构象势函数
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职称材料
二聚体蝎钠通道毒素的1.4 分辨率晶体结构:反常非脯氨酸顺式肽键及其内在结构因素(英文)
2
作者
何小林
管荣津
+1 位作者
张英
王大成
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006年第3期231-240,共10页
报道了以二聚体存在的dimo-BmKM1的1.4!分辨率晶体结构.蛋白质中的肽键是局部双键,不可旋转,因此具有顺式(cis)和反式(trans)两种构型,它们不能通过旋转操作相互转换.非脯氨酸顺式肽键是指形成该肽键的氨基是由脯氨酸以外的氨基酸提供的...
报道了以二聚体存在的dimo-BmKM1的1.4!分辨率晶体结构.蛋白质中的肽键是局部双键,不可旋转,因此具有顺式(cis)和反式(trans)两种构型,它们不能通过旋转操作相互转换.非脯氨酸顺式肽键是指形成该肽键的氨基是由脯氨酸以外的氨基酸提供的(Xaa-nonPro),这类肽键的顺式构型的自由能远比反式高,因此极少出现在天然蛋白质结构中.事实上,在长时间中,多肽链的“反式肽键连接”被视为蛋白质结构的一条基本规则,把顺式肽键视为不可能.随着高分辨率精确蛋白质结构数量的增加,近年来有详细的统计分析揭示,非脯氨酸顺式肽键(Xaa-nPro)在蛋白质结构中出现的几率为0.03%～0.05%,而且大多存在于功能敏感的结构区域,可能具有重要意义.但由于所用的基本结构数据都来自晶体结构,对这种反常肽键是否由结晶环境影响而形成,存在疑问.此前曾在以单体形式存在的蝎神经毒素mono-BmKM1的高分辨率结构中发现其中肽键Pro9-His10是非脯氨酸顺式肽键,并详细分析了其结构-功能意义.以二聚体存在的dimo-BmKM1的1.4"分辨率晶体结构表明,它与mono-BmKM1有不同的空间群、不同的分子堆积方式,不同的晶体环境.结构模型被高度精化,Rcryst达到0.109.dimo-BmKM1结构显示,在不对称单位中的两个M1分子在同一位置(残基9-10之间)都清晰地存在顺式肽键.立体化学分析显示,这一肽键的几何参数和局部结构与mono-BmKM1中的(9-10)顺式肽键基本相同.这一结果表明,非脯氨酸顺式肽键9-10的存在与结晶环境无关,是BmKM1分子的固有结构特征.在此基础上,综合分析了与顺式、反式肽键相关的结构元素,发现与残基(8-19)序列模体-KPXNC-(X为任意氨基酸)所决定的特征回折结构可能是分子内在的主要结构因素,其中第8位残基是Lys或Asp对决定肽键是顺式还是反式有关键作用.近来的突变实验及其晶体结构测定已证实,Lys8/Asp8是(9-10)肽键顺式/反式异构的结构开关,它们对该类分子与不同种属钠通道作用的专一选择性具有重要作用.通过BLAST搜索,发现在其他18个蛋白质中也存在相同的序列模体-KPXNC-,推测在这些蛋白质的相应肽键位置也可能存在反常的脯氨酸顺式肽键.
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关键词
非脯氨酸
顺式肽键
晶体结构
神经毒素
蝎Buthus
martensii
Karsch
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职称材料
题名
用氨基酸组分预测含顺式肽键蛋白质
被引量：
2
1
作者
宋江宁
李炜疆
机构
江南大学工业生物技术教育部重点实验室
出处
《无锡轻工大学学报（食品与生物技术）》
CSCD
北大核心
2003年第3期7-11,共5页
基金
工业生物技术教育部重点实验室访问学者基金项目资助课题.
文摘
以含有820个蛋白质结构数据的SLCTBASE数据库作为样本库,根据蛋白质序列氨基酸百分含量与顺式肽键的关联信息,构建了基于序列整体氨基酸含量的顺式构象势函数.利用此函数拟合得出的20种氨基酸的顺式构象因子值,进行两类蛋白质序列的分类和预测.训练集和测试集相同时和不相同时的预测准确率分别可达66%和64%.
关键词
氨基酸
顺式肽键
蛋白质序列
分类
统计预测分析方法
顺式
构象势函数
Keywords
cis peptide bond
amino acid composition
protein secondary structure
statistical correlation
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
二聚体蝎钠通道毒素的1.4 分辨率晶体结构:反常非脯氨酸顺式肽键及其内在结构因素(英文)
2
作者
何小林
管荣津
张英
王大成
机构
中国科学院生物物理研究所
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006年第3期231-240,共10页
基金
国家自然科学基金(30370320)
中国科学院知识创新工程(KSCX1-SW-17,KSCX2-SW-322)资助项目~~
文摘
报道了以二聚体存在的dimo-BmKM1的1.4!分辨率晶体结构.蛋白质中的肽键是局部双键,不可旋转,因此具有顺式(cis)和反式(trans)两种构型,它们不能通过旋转操作相互转换.非脯氨酸顺式肽键是指形成该肽键的氨基是由脯氨酸以外的氨基酸提供的(Xaa-nonPro),这类肽键的顺式构型的自由能远比反式高,因此极少出现在天然蛋白质结构中.事实上,在长时间中,多肽链的“反式肽键连接”被视为蛋白质结构的一条基本规则,把顺式肽键视为不可能.随着高分辨率精确蛋白质结构数量的增加,近年来有详细的统计分析揭示,非脯氨酸顺式肽键(Xaa-nPro)在蛋白质结构中出现的几率为0.03%～0.05%,而且大多存在于功能敏感的结构区域,可能具有重要意义.但由于所用的基本结构数据都来自晶体结构,对这种反常肽键是否由结晶环境影响而形成,存在疑问.此前曾在以单体形式存在的蝎神经毒素mono-BmKM1的高分辨率结构中发现其中肽键Pro9-His10是非脯氨酸顺式肽键,并详细分析了其结构-功能意义.以二聚体存在的dimo-BmKM1的1.4"分辨率晶体结构表明,它与mono-BmKM1有不同的空间群、不同的分子堆积方式,不同的晶体环境.结构模型被高度精化,Rcryst达到0.109.dimo-BmKM1结构显示,在不对称单位中的两个M1分子在同一位置(残基9-10之间)都清晰地存在顺式肽键.立体化学分析显示,这一肽键的几何参数和局部结构与mono-BmKM1中的(9-10)顺式肽键基本相同.这一结果表明,非脯氨酸顺式肽键9-10的存在与结晶环境无关,是BmKM1分子的固有结构特征.在此基础上,综合分析了与顺式、反式肽键相关的结构元素,发现与残基(8-19)序列模体-KPXNC-(X为任意氨基酸)所决定的特征回折结构可能是分子内在的主要结构因素,其中第8位残基是Lys或Asp对决定肽键是顺式还是反式有关键作用.近来的突变实验及其晶体结构测定已证实,Lys8/Asp8是(9-10)肽键顺式/反式异构的结构开关,它们对该类分子与不同种属钠通道作用的专一选择性具有重要作用.通过BLAST搜索,发现在其他18个蛋白质中也存在相同的序列模体-KPXNC-,推测在这些蛋白质的相应肽键位置也可能存在反常的脯氨酸顺式肽键.
关键词
非脯氨酸
顺式肽键
晶体结构
神经毒素
蝎Buthus
martensii
Karsch
Keywords
Non-proline cis peptide bond, crystal structure, α-like toxin, scorpion Buthus martensii Karsch
分类号
Q617 [生物学—生物物理学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
用氨基酸组分预测含顺式肽键蛋白质
宋江宁
李炜疆
《无锡轻工大学学报（食品与生物技术）》
CSCD
北大核心
2003
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
二聚体蝎钠通道毒素的1.4 分辨率晶体结构:反常非脯氨酸顺式肽键及其内在结构因素(英文)
何小林
管荣津
张英
王大成
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006
0
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