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不同养殖模式大黄鱼非标记定量差异蛋白组学分析 被引量:1
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作者 翁丽萍 张乐 +3 位作者 刘军波 肖文斐 汪前 邹礼根 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第8期137-142,共6页
通过非标记定量蛋白质组学技术研究不同养殖模式大黄鱼的蛋白质差异。选取普通网箱养殖大黄鱼和深水网箱养殖大黄鱼,提取肌肉总蛋白,通过高效液相色谱-质谱联用技术进行鉴定、分析。质谱数据使用MaxQuant软件将峰信号转化为肽段/蛋白的... 通过非标记定量蛋白质组学技术研究不同养殖模式大黄鱼的蛋白质差异。选取普通网箱养殖大黄鱼和深水网箱养殖大黄鱼,提取肌肉总蛋白,通过高效液相色谱-质谱联用技术进行鉴定、分析。质谱数据使用MaxQuant软件将峰信号转化为肽段/蛋白的表达矩阵数据,然后使用Perseus软件可视化展示数据。不同养殖模式大黄鱼蛋白质进行Student’s t检验,筛选出差异表达蛋白后并对其进行基因功能分类、代谢通路富集和蛋白质相互作用网络分析,以P<0.05为差异有统计学意义。通过数据库比对获得6077条多肽,分别对应于1232个蛋白,其中130个蛋白在大黄鱼间存在显著差异表达,76个上调蛋白,54个下调蛋白,其中上调倍数最高的属于TCP伴侣蛋白,下调倍数最高的属于α-1(I)链状胶原蛋白。生物信息学分析发现,不同养殖模式大黄鱼蛋白质的差异主要在于热休克蛋白、伴侣蛋白、球蛋白及胶原蛋白等,而不同养殖模式中环境温度可能是导致大黄鱼蛋白质显著差异表达的主要因素。 展开更多
关键词 大黄鱼 标记定量 养殖模式 蛋白组学
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基于非标记定量技术的3种毛皮海狮蛋白组学分析研究
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作者 罗珺 刘友林 +2 位作者 肖侑仙 赵诗文 王伟 《黑龙江动物繁殖》 2023年第4期7-14,共8页
试验旨在通过非标记定量技术对非澳毛皮海狮、南美毛皮海狮、智利毛皮海狮的胡须进行蛋白组学分析,探讨3种海狮间的亲缘关系。首先采集海狮胡须样品,提取总蛋白,再对蛋白进行浓度测定、电泳、酶解和肽段除盐等处理。得到的样品进行色谱... 试验旨在通过非标记定量技术对非澳毛皮海狮、南美毛皮海狮、智利毛皮海狮的胡须进行蛋白组学分析,探讨3种海狮间的亲缘关系。首先采集海狮胡须样品,提取总蛋白,再对蛋白进行浓度测定、电泳、酶解和肽段除盐等处理。得到的样品进行色谱与质谱分析、数据库检索、相关性分析与层次聚类分析、差异蛋白筛选与GO富集分析。结果表明:南美毛皮海狮N1与智利毛皮海狮Z1蛋白差异不明显、相关性强,自身表达量分布均匀;非澳毛皮海狮F1与这两种毛皮海狮间蛋白差异较为显著、相关性弱,自身表达量相对分布不均匀。说明非澳毛皮海狮和其他两种海狮亲缘关系较远,有相对明显的遗传差异,属于海狮科海狗属;而南美毛皮海狮与智利毛皮海狮的亲缘关系较近,可能为不同亚种。 展开更多
关键词 毛皮海狮 标记定量技术 蛋白组学 亲缘关系 胡须
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青海血蜱唾液腺组织蛋白质组学分析
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作者 蒋硕 李增魁 +10 位作者 康明 胡晓宇 何永彩 陈炳华 张连生 陈强 徐璐瑶 马景花 张枭 邰喜妹 李英 《动物医学进展》 北大核心 2025年第2期140-144,共5页
探索青海血蜱雌、雄成蜱唾液腺中蛋白的调控和变化规律,用非标记定量蛋白组学分析,联合液相色谱-质谱(LC-MS/MS)技术,鉴定分析青海血蜱雌、雄成蜱唾液腺组织中的蛋白质,筛选出差异表达蛋白,对差异表达蛋白进行基因本体论(GO)、京都基因... 探索青海血蜱雌、雄成蜱唾液腺中蛋白的调控和变化规律,用非标记定量蛋白组学分析,联合液相色谱-质谱(LC-MS/MS)技术,鉴定分析青海血蜱雌、雄成蜱唾液腺组织中的蛋白质,筛选出差异表达蛋白,对差异表达蛋白进行基因本体论(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)和结构域(IPR)相关功能富集分析,亚细胞定位以及蛋白互作网络(PPI)分析。结果显示,在青海血蜱雌、雄成蜱唾液腺组织中有506个上调蛋白和447个下调蛋白。GO富集分析表明,差异表达蛋白主要富集在对刺激的反应,KEGG通路主要富集在嘌呤代谢,结构域主要涉及神经递质门控离子通道等结构域,差异表达蛋白主要定位于细胞核。PPI分析发现关联度最高的蛋白被注释为细胞色素P450(CYP450)。揭示了青海血蜱雌、雄成蜱唾液腺蛋白表达的差异,有助于更深入了解蜱的生理功能和调控机制,为抗蜱疫苗的研发提供新思路。 展开更多
关键词 青海血蜱 唾液腺 蛋白质组学 非标记定量蛋白组学分析
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带状疱疹后遗神经痛患者血清非标记定量蛋白质组学分析
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作者 吕丹 栾静 贺永进 《山东医药》 CAS 2023年第11期58-61,共4页
目的采用非标记定量蛋白质组学技术检测带状疱疹后遗神经痛(PHN)患者血清差异表达的蛋白质,探讨PHN可能的发病机制。方法选择带状疱疹患者80例,经治疗后存在神经痛症状者40例(观察组)、不存在神经痛症状者40例(对照组)。收集两组治疗前... 目的采用非标记定量蛋白质组学技术检测带状疱疹后遗神经痛(PHN)患者血清差异表达的蛋白质,探讨PHN可能的发病机制。方法选择带状疱疹患者80例,经治疗后存在神经痛症状者40例(观察组)、不存在神经痛症状者40例(对照组)。收集两组治疗前的血液,采用非标定量法蛋白质组学技术分析血清中的差异蛋白。结果与对照组比较,观察组有4种蛋白质表达下调、7种蛋白质表达上调。进一步的差异蛋白分析结果显示,表达下调的4种蛋白质分别为纤维胶凝蛋白1(FCN1)、丝氨酸蛋白酶抑制剂家族D成员1(SERPIND1)、脱脂转化酶(LPA)和蛋白二硫化物异构酶A4(PDIA4),表达上调的7种蛋白质分别为Wnt诱导信号通道蛋白2(WISP2)、免疫球蛋白λ变量1-44(IGLV1-44)、免疫球蛋白重常数γ1(IGHG1)、载脂蛋白C3(APOC3)、半乳糖凝集素1(LGALS1)、中间α-球蛋白抑制因子H1(ITIH1)和C1Q肿瘤坏死因子相关蛋白3(C1QTNF3)。结论PHN患者血清FCN1、SERPIND1、LPA、PDIA4蛋白表达下调,WISP2、IGLV1-44、IGHG1、APOC3、LGALS1、ITIH1和C1QTNF3蛋白表达上调,上述差异表达蛋白可能参与了PHN的发病。 展开更多
关键词 标记定量技术 蛋白质组学分析 纤维胶凝蛋白1 Wnt诱导信号通道蛋白2 神经痛 带状疱疹
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基于蛋白组学技术筛选急性主动脉夹层诊断标记物 被引量:1
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作者 王河清 张喆 +3 位作者 唐谦 郑楠 杨波 万峰 《中国心血管病研究》 CAS 2016年第7期654-657,672,共5页
目的 应用非标记定量蛋白组学比较急性主动脉夹层(AAD)与急性心肌梗死(AMI)和健康人血清中的差异蛋白,筛选并验证潜在的夹层早期诊断标志物.方法 前期预实验收集急性主动脉夹层患者与健康人血清各3份,进行非标记蛋白组学检测,筛选... 目的 应用非标记定量蛋白组学比较急性主动脉夹层(AAD)与急性心肌梗死(AMI)和健康人血清中的差异蛋白,筛选并验证潜在的夹层早期诊断标志物.方法 前期预实验收集急性主动脉夹层患者与健康人血清各3份,进行非标记蛋白组学检测,筛选出差异蛋白.之后收集急性主动脉夹层、急性冠脉综合征患者和健康人血清各9份,对目标蛋白进行Elisa验证,同时收集夹层与正常动脉组织进行免疫组化验证.结果 谱图计数(spectral counts)共鉴定出648种蛋白,其中夹层组较健康人组升高4倍的蛋白有12种.对其中升高明显的纽蛋白(vinculin)进行Elisa验证,夹层组[n=9,(1366.95±394.85)pg/ml]与心梗组[n=9,(2656.91 ±531.98) pg/ml]、健康人组[n=9,(3949.37±314.61)pg/ml] (P<0.05)相比并没有升高;免疫组化发现主动脉发生撕裂部位的纽蛋白(vinculin)分布较未发生撕裂部位密集.结论 非标记定量蛋白质组学技术是寻找AAD循环标志物的一种有效手段.纽蛋白可能参与AAD的发病过程,是一种具有研究价值的AAD潜在循环标志物. 展开更多
关键词 急性主动脉夹层 标记定量蛋白组学 蛋白
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一种热蛋白质组学分析数据的归一化方法
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作者 甄雪妍 周宝津 +1 位作者 刘静雯 任艳 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2024年第12期40-46,共7页
建立了一种小分子靶标蛋白的鉴定方法,即引入索引保留时间(Indexed retention time,iRT)肽段作为非标记热蛋白质组学(Thermal proteome profiling,TPP)分析定量归一化内标,实现对小分子靶标的准确挖掘.将iRT肽段加入到表征良好的模型药... 建立了一种小分子靶标蛋白的鉴定方法,即引入索引保留时间(Indexed retention time,iRT)肽段作为非标记热蛋白质组学(Thermal proteome profiling,TPP)分析定量归一化内标,实现对小分子靶标的准确挖掘.将iRT肽段加入到表征良好的模型药物甲氨蝶呤(Methotrexate,MTX)处理的293T细胞提取液中,在不同温度加热处理时它们稳定存在,因此可作为定量归一化的标准.实验结果表明,以iRT作为定量校正,不仅对总蛋白含量有良好的校正效果,同时对MTX的靶标蛋白二氢叶酸还原酶(Dihydrofolate reductase,DHFR)热熔解拟合曲线也有一定改善.该方法简单方便、经济高效,具有较强实用性和推广性,为非标记TPP技术的实施及定量准确性提供了重要的实验依据. 展开更多
关键词 标记定量蛋白质组学 蛋白质组学分析 索引保留时间 数据归一化
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