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基于间隔二肽组分和递归特征消除法的DNA结合蛋白的鉴定
1
作者
汤亚东
刘潇
+2 位作者
刘太岗
谢鹭
陈兰明
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2018年第4期453-459,共7页
DNA结合蛋白(DNA-binding proteins,DBPs)的鉴定在原核和真核生物的基因和蛋白质功能注释研究中具有十分重要的意义.本研究首次运用间隔二肽组分(gapped-dipeptide composition,Gap DPC)结合递归特征消除法(recursive feature eliminati...
DNA结合蛋白(DNA-binding proteins,DBPs)的鉴定在原核和真核生物的基因和蛋白质功能注释研究中具有十分重要的意义.本研究首次运用间隔二肽组分(gapped-dipeptide composition,Gap DPC)结合递归特征消除法(recursive feature elimination,RFE)鉴定DBPs.首先获得待测蛋白质氨基酸序列的位置特异性得分矩阵(position specific scoring matrix,PSSM),在此基础上提取蛋白质的Gap DPC特征,通过RFE法选择最优特征,然后利用支持向量机(support vector machine,SVM)作为分类器,在蛋白质序列数据集PDB396和LB1068中进行夹克刀交叉验证(jackknife cross validation test).研究结果显示,基于PDB396和LB1068数据集,DBPs预测的准确率、Matthews相关系数、敏感性和特异性分别达到93.43%、0.86、89.04%和96.00%,以及86.33%、0.73、86.49%和86.18%,明显优于文献报道中的相关方法,为DBPs的鉴定提供了新的模型.
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关键词
DNA结合蛋白
间隔二肽组分
位置特异性得分矩阵
递归特征消除法
支持向量机分类器
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职称材料
题名
基于间隔二肽组分和递归特征消除法的DNA结合蛋白的鉴定
1
作者
汤亚东
刘潇
刘太岗
谢鹭
陈兰明
机构
农业部水产品贮藏保鲜质量安全风险评估重点实验室(上海)
上海海洋大学信息学院
上海生物信息技术研究中心
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2018年第4期453-459,共7页
基金
国家自然科学基金(31671946,11601324)
上海市科委基金(17050502200)资助项目
文摘
DNA结合蛋白(DNA-binding proteins,DBPs)的鉴定在原核和真核生物的基因和蛋白质功能注释研究中具有十分重要的意义.本研究首次运用间隔二肽组分(gapped-dipeptide composition,Gap DPC)结合递归特征消除法(recursive feature elimination,RFE)鉴定DBPs.首先获得待测蛋白质氨基酸序列的位置特异性得分矩阵(position specific scoring matrix,PSSM),在此基础上提取蛋白质的Gap DPC特征,通过RFE法选择最优特征,然后利用支持向量机(support vector machine,SVM)作为分类器,在蛋白质序列数据集PDB396和LB1068中进行夹克刀交叉验证(jackknife cross validation test).研究结果显示,基于PDB396和LB1068数据集,DBPs预测的准确率、Matthews相关系数、敏感性和特异性分别达到93.43%、0.86、89.04%和96.00%,以及86.33%、0.73、86.49%和86.18%,明显优于文献报道中的相关方法,为DBPs的鉴定提供了新的模型.
关键词
DNA结合蛋白
间隔二肽组分
位置特异性得分矩阵
递归特征消除法
支持向量机分类器
Keywords
DNA-binding proteins, gapped-dipeptide composition, position specific score matrix, recursive feature elimination algorithm, support vector machine classifier
分类号
Q71 [生物学—分子生物学]
Q81 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于间隔二肽组分和递归特征消除法的DNA结合蛋白的鉴定
汤亚东
刘潇
刘太岗
谢鹭
陈兰明
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2018
0
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