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普通烟草CCCH类锌指蛋白家族的全基因组鉴定和表达分析 被引量：6
1
作者 唐春闺 邓兆龙 +5 位作者 刘琼 金维环 向世鹏 谢鹏飞 郭红祥 刘卫群 《河南农业科学》 北大核心 2022年第4期48-58,共11页
为了解烟草CCCH类锌指蛋白家族特性,利用拟南芥CCCH类锌指蛋白结构域比对烟草基因组数据库,共鉴定到86个CCCH类锌指蛋白基因家族成员,并对其进行蛋白质理化性质、系统进化、染色体分布、基序、启动子顺式作用元件、基因表达模式分析以... 为了解烟草CCCH类锌指蛋白家族特性,利用拟南芥CCCH类锌指蛋白结构域比对烟草基因组数据库,共鉴定到86个CCCH类锌指蛋白基因家族成员,并对其进行蛋白质理化性质、系统进化、染色体分布、基序、启动子顺式作用元件、基因表达模式分析以及对激素的响应分析。结果显示,烟草CCCH类锌指蛋白家族86个基因中37个成员分布在17条不同的染色体上;基序分析显示,该家族所有成员均含有C-X_(7/8)-C-X_(5)-C_(3)-H基序,除此之外,在烟草中也发现了一些新的CCCH基序,如C-X_(6)-C-X_(4)-C-X_(3)-H等;系统进化树显示,86个CCCH类锌指蛋白中的51个成员分为9个亚家族;启动子分析表明,NtC3H-39基因含有多个应激响应元件和激素响应元件。基因表达模式和激素响应分析表明,NtC3H-39具有明显的组织表达特异性,并对激素和干旱胁迫具有明显响应。 展开更多
关键词 烟草 CCCH类锌指蛋白基因家族 NtC3H-39 胁迫应答 生物信息学
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冷胁迫下普通油茶CCCH型锌指蛋白基因家族的鉴定和分析 被引量：2
2
作者 邢凯峰 姚杏子 +5 位作者 周军 谢昊星 陈容平 赵耀 戎俊 张剑 《经济林研究》 北大核心 2024年第1期11-19,共9页
【目的】为挖掘和利用耐寒普通油茶Camellia oleifera遗传资源提供参考。【方法】基于普通油茶的冷胁迫转录组数据,对其CCCH型锌指蛋白基因进行鉴定,并对CCCH型锌指蛋白进行理化性质分析、系统发育分析、保守结构域预测、二级结构预测... 【目的】为挖掘和利用耐寒普通油茶Camellia oleifera遗传资源提供参考。【方法】基于普通油茶的冷胁迫转录组数据,对其CCCH型锌指蛋白基因进行鉴定,并对CCCH型锌指蛋白进行理化性质分析、系统发育分析、保守结构域预测、二级结构预测等相关生物信息学分析,并以庐山高海拔油茶(LSG)和栽培油茶品种赣无1(GW1)为材料,对CCCH型锌指蛋白基因在冷胁迫下的表达情况进行分析。【结果】在普通油茶的冷胁迫转录组数据中共鉴定到24个CCCH型锌指蛋白基因,参考水稻分类方法,将24个CCCH型锌指蛋白聚类到2个亚家族中。保守基序分析结果表明,在24个基因中仅有3种CCCH型锌指蛋白基序类型,即C-X8-C-X5-C-X3-H、C-X7-C-X5-C-X3-H和C-X5-C-X4-C-X3-H,数目分别为92、4和4。转录组表达谱分析结果表明:在野外冷胁迫试验中CoC3H17基因在D4、D5和D6时期的表达量高于D1、D2和D3时期,在室内冷胁迫试验中庐山高海拔油茶和赣无1的CoC3H17基因一直表现为更高的转录本丰度;CoC3H14和CoC3H24基因在野外试验的D4、D5和D6时期均表现为表达量明显上升,且在室内冷胁迫试验中庐山高海拔油茶的这2个基因的表达量高于赣无1。【结论】CoC3H17、CoC3H14和CoC3H24基因可能是普通油茶应对冷胁迫的关键基因。 展开更多
关键词 普通油茶 CCCH型锌指蛋白基因家族 生物信息学分析 冷胁迫 转录组
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基于转录组的油茶DHHC型锌指蛋白基因家族的鉴定及分析 被引量：3
3
作者 徐嘉娟 朱亚艳 +2 位作者 李芳 许杰 王港 《西北林学院学报》 CSCD 北大核心 2022年第1期81-88,共8页
DHHC型锌指蛋白参与细胞内蛋白质的棕榈酰化修饰,对植物的生长发育、器官形成、生殖发育及胁迫响应等生命活动具有重要的调控作用。基于油茶叶片转录组数据,筛选出23个DHHC型锌指蛋白基因,应用生物信息学方法对其蛋白理化性质、结构域... DHHC型锌指蛋白参与细胞内蛋白质的棕榈酰化修饰,对植物的生长发育、器官形成、生殖发育及胁迫响应等生命活动具有重要的调控作用。基于油茶叶片转录组数据,筛选出23个DHHC型锌指蛋白基因,应用生物信息学方法对其蛋白理化性质、结构域、系统进化等进行了分析。结果表明,23个DHHC型锌指蛋白的序列大小为195~725 aa,均包含一个保守的DHHC-CRD结构域,大部分DHHC型锌指蛋白具有4个跨膜区,主要定位于细胞核和细胞膜中。系统进化分析将其分为4类,与拟南芥和水稻均有不同程度的同源关系,DHHC型锌指蛋白在不同物种间具有遗传保守性。23个DHHC型锌指蛋白基因在结实量大和结实量小的单株的不同发育时期叶片中均有不同程度的表达。CoDHHC9、CoDHHC13、CoDHHC22在油茶抽梢生长期的叶片中表达上调;CoDHHC6、CoDHHC12、CoDHHC18、CoDHHC23在花芽分化时期和果实成熟时期的叶片中表达量较高,且在结实量较小而开花较多的单株中表达上调更为明显,这些基因可能参与油茶花芽分化及花朵发育过程;CoDHHC5、CoDHHC11、CoDHHC15在不同时期的叶片中表达量均较低。研究结果为进一步对油茶DHHC型锌指蛋白家族基因的克隆和功能分析提供依据,有助于进一步研究该基因家族在油茶生殖发育中的调控功能。 展开更多
关键词 油茶 DHHC型锌指蛋白家族 蛋白质酰基转移酶 生物信息学分析
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异染色质相关蛋白TRIM28调控锌指蛋白和原钙黏蛋白家族基因的转录
4
作者 张翔宇 卜佳晨 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1135-1145,共11页
目的TRIM28是一种异染色质相关蛋白,通过和SETDB1、HP1相互作用参与H3K9me3修饰的建立,本文旨在更深入地研究TRIM28的相关功能。方法本文利用CRISPR/Cas9技术、染色质免疫共沉淀技术、免疫印迹技术和实时荧光定量PCR技术,建立HEK293F Tr... 目的TRIM28是一种异染色质相关蛋白,通过和SETDB1、HP1相互作用参与H3K9me3修饰的建立,本文旨在更深入地研究TRIM28的相关功能。方法本文利用CRISPR/Cas9技术、染色质免疫共沉淀技术、免疫印迹技术和实时荧光定量PCR技术,建立HEK293F Trim28基因敲除细胞系,分析一系列实验数据结果。结果Trim28主要抑制内源表达水平较低的基因转录,进一步分析发现Trim28调控锌指蛋白家族基因和原钙黏蛋白β家族基因的转录。在Trim28敲除细胞系中,锌指蛋白家族基因H3K27ac修饰、H3K4me1修饰和H3K4me3修饰都显著上升,H3K9me3修饰下降。原钙黏蛋白β家族基因的H3K4me3修饰显著上升,H3K9me3修饰下降。结论这些结果提示TRIM28通过改变染色质的开放程度调控锌指蛋白和原钙黏蛋白β家族基因的转录,为更深入研究TRIM28的功能提供了新的思路。 展开更多
关键词 TRIM28 异染色质 H3K9me3 原钙黏蛋白β家族 锌指蛋白家族
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GLIS家族锌指蛋白2(GLIS2)负调控Wnt/β-catenin通路抑制人骨髓间充质干细胞的成骨分化
5
作者 赵艳利 康志强 +2 位作者 毛雨 罗方 霍亚杰 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期159-164,共6页
目的探究人类基因GLIS家族锌指蛋白2(GLIS2)对Wnt/β联蛋白(β-catenin)通路调控作用,及对人骨髓间充质干细胞(BMMSC)分化的影响。方法培养人BMMSC,随机分为空白组、成骨诱导组、腺病毒GLIS2基因过表达(ad-GLIS2)组、ad-GLIS2阴性对照、... 目的探究人类基因GLIS家族锌指蛋白2(GLIS2)对Wnt/β联蛋白(β-catenin)通路调控作用,及对人骨髓间充质干细胞(BMMSC)分化的影响。方法培养人BMMSC,随机分为空白组、成骨诱导组、腺病毒GLIS2基因过表达(ad-GLIS2)组、ad-GLIS2阴性对照、GLIS2基因敲低(si-GLIS2)组、si-GLIS2阴性对照(si-NC)组。反转录PCR检测GLIS2 mRNA表达判定转染情况,对硝基苯磷酸苯二钠(PNPP)法检测碱性磷酸酶(ALP)活性、茜素红染色法检测钙化结节形成判定其成骨特性;T细胞因子/淋巴增强因子(TCF/LEF)报告试剂盒检测细胞内Wnt/β-catenin通路激活情况;Western blot法检测GLIS2、Runt相关转录因子2(Runx2)、骨桥蛋白(OPN)、成骨细胞特异性转录因子(osterix)表达。谷胱甘肽巯基转移酶沉降(GST-pulldown)实验验证GLIS2与β-catenin二者相互作用关系。结果与空白组相比,成骨诱导组BMMSC的ALP活性及钙化结节形成增强,Wnt/β-catenin通路活性及成骨分化相关蛋白表达升高,成骨形成能力增强,GLIS2表达降低。上调GLIS2表达后,抑制BMMSC成骨分化能力,抑制Wnt/β-catenin通路活性及成骨分化相关蛋白表达,反之下调GLIS2表达后,可促进BMMSC成骨分化能力,提高Wnt/β-catenin通路活性及成骨分化相关蛋白表达。β-catenin与GLIS2之间有相互作用关系。结论GLIS2可能通过负调控Wnt/β-catenin通路活化,抑制BMMSC成骨分化能力。 展开更多
关键词 GLIS家族锌指蛋白2(GLIS2) Wnt/β-catenin信号通路 骨髓间充质干细胞(BMMSC) 成骨分化
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敲减FEZF1-AS1通过阻断JAK2/STAT3通路抑制食管鳞状细胞癌细胞的侵袭和迁移 被引量：3
6
作者 曹一通 王小文 陈力 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期317-324,共8页
目的探讨长链非编码RNA Fez家族锌指蛋白1反义核糖核酸1(FEZF1-AS1)与食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞侵袭、迁移以及与Janus激酶2/信号转导子和转录激活子3(JAK2/STAT3)信号通路的关系。方法用实时定量PCR检测ESCC的癌组织和ESCC细胞系中FEZF... 目的探讨长链非编码RNA Fez家族锌指蛋白1反义核糖核酸1(FEZF1-AS1)与食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞侵袭、迁移以及与Janus激酶2/信号转导子和转录激活子3(JAK2/STAT3)信号通路的关系。方法用实时定量PCR检测ESCC的癌组织和ESCC细胞系中FEZF1-AS1的表达;构建敲减FEZF1-AS1的慢病毒表达载体,敲减KYSE150、KYSE510细胞的FEZF1-AS1后,流式细胞术检测细胞周期的变化,集落形成实验检测细胞增殖能力,TranswellTM侵袭实验检测细胞侵袭能力,TranswellTM迁移和划痕实验检测细胞迁移能力,Western blot法检测JAK2和磷酸化的STAT3(p-STAT3)蛋白水平。结果在ESCC的癌组织FEZF1-AS1高表达;与正常食管鳞状上皮细胞相比,KYSE150、KYSE510细胞FEZF1-AS1表达高;敲减FEZF1-AS1表达后,ESCC癌细胞的细胞周期和增殖无明显变化,但明显抑制细胞的侵袭和迁移,且JAK2蛋白水平降低,p-STAT3蛋白水平增加。结论敲减FEZF1-AS1阻断JAK2/STAT3通路抑制ESCC细胞的侵袭和迁移。 展开更多
关键词 食管鳞状细胞癌(ESCC) 长链非编码RNA(lncRNA) Fez家族锌指蛋白1反义核糖核酸1(FEZF1-AS1) Janus激酶2/信号转导子和转录激活子3(JAK2/STAT3) 侵袭 迁移
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腓骨肌萎缩症合并小脑性共济失调的临床及遗传学特点 被引量：1
7
作者 朱啸巍 钟平 +1 位作者 曹立 栾兴华 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期350-357,共8页
腓骨肌萎缩症(Charcot-Marie-Tooth disease,CMT)是一组以周围神经病变为主的遗传性运动感觉神经病。主要临床症状包括进行性对称性肢体远端无力、萎缩、感觉障碍和腱反射减退或消失。根据神经电生理表现和病理特点,CMT可分为以脱髓鞘... 腓骨肌萎缩症(Charcot-Marie-Tooth disease,CMT)是一组以周围神经病变为主的遗传性运动感觉神经病。主要临床症状包括进行性对称性肢体远端无力、萎缩、感觉障碍和腱反射减退或消失。根据神经电生理表现和病理特点,CMT可分为以脱髓鞘为主的CMT1型和轴索病变为主的CMT2型。除了周围神经系统病变外,CMT部分表型可同时累及中枢神经系统或其他脏器;其中小脑系统受累的CMT患者同时合并小脑性共济失调,可见于神经丝蛋白轻链(neurofilament light chain,NEFL)基因突变所致的CMT1F型和CMT2E型,MORC家族CW型锌指结构蛋白2 (MORC family CW-type zinc finger 2,MORC2)基因突变所致的CMT2Z型,溶质载体家族25成员46 (solute carrier family 25 member 46,SLC25A46)基因突变所致的伴视神经萎缩的CMT6B型,以及多核苷酸激酶3′-磷酸酶(polynucleotide kinase 3′-phosphatase,PNKP)基因突变所致的CMT2B2型等。近年来,CMT重叠表型成为研究的热点,其中CMT合并小脑性共济失调具有高度临床异质性和遗传异质性,临床上易发生误诊。该文就合并小脑性共济失调的CMT表型的临床及遗传学特点进行综述,旨在为该类患者的早期诊断和治疗提供参考。 展开更多
关键词 腓骨肌萎缩症 小脑性共济失调 基因突变 神经丝蛋白轻链 MORC家族CW型锌指结构蛋白2
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