DNA序列新特征的提取方法及其在重组位点识别中的应用

1

作者 程丽荣 赵熙强 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期59-64,共6页

为提升重组位点识别的预测性能,本文提出了一种新的特征提取方法来识别重组位点。分别利用Word2Vec模型编码的3-gram向量和DNA特性获得两组表示DNA序列的新特征,与已有的特征(FastText模型获取)进行组合来表示DNA序列,使用支持向量机为... 为提升重组位点识别的预测性能,本文提出了一种新的特征提取方法来识别重组位点。分别利用Word2Vec模型编码的3-gram向量和DNA特性获得两组表示DNA序列的新特征,与已有的特征(FastText模型获取)进行组合来表示DNA序列,使用支持向量机为分类算法,在基准数据集上进行5倍交叉验证。研究表明,本文提出的方法在识别重组位点方面获得了93.88%的敏感性、95.08%的特异性、94.54%的准确率和0.8902的马修斯相关系数,以上指标均优于现有的方法,本文所提出的方法为解决生物学的序列信息提取问题提供了一种新思路。 展开更多

关键词 DNA序列 重组位点 Word2Vec模型 词向量 3-gram 二核苷酸属性 支持向量机

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Cre/lox位点特异性重组系统在高等真核生物中的研究进展 被引量：12

2

作者 龙定沛 谭兵 +2 位作者 赵爱春 许龙霞 向仲怀 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期177-189,共13页

来自于P1噬菌体的Cre/lox系统通过位点特异性重组可以迅速而有效地实现各种生理环境下的基因定点插入、删除、替换和倒位等操作。Cre/lox系统作为目前基因打靶技术的核心工具,已被广泛应用于拟南芥、水稻、小鼠、果蝇、斑马鱼等高等真... 来自于P1噬菌体的Cre/lox系统通过位点特异性重组可以迅速而有效地实现各种生理环境下的基因定点插入、删除、替换和倒位等操作。Cre/lox系统作为目前基因打靶技术的核心工具,已被广泛应用于拟南芥、水稻、小鼠、果蝇、斑马鱼等高等真核模式生物。文章较为全面地介绍了Cre/lox系统的基本概况及其在高等真核生物中的应用,讨论了Cre/lox系统在研究中存在的主要问题和今后的发展方向,为利用该系统在不同高等生物中进行基因操作提供有用的参考。 展开更多

关键词 Cre/lox重组系统 基因操作 位点特异性重组 基因打靶

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Cre/loxP位点特异性重组系统及其在口腔医学领域中的应用 被引量：4

3

作者 张文娟 于丹妮 《国际口腔医学杂志》 CAS 2011年第1期55-58,共4页

Cre/loxP位点特异性重组系统由Cre重组酶和loxP位点组成。Cre重组酶可识别loxP位点并催化2个loxP位点之间的DNA进行精确的位点特异性重组。该系统作用方式简单、重组效率高,可定时、定位地对基因进行修饰,已成为一种定向改变生物活体遗... Cre/loxP位点特异性重组系统由Cre重组酶和loxP位点组成。Cre重组酶可识别loxP位点并催化2个loxP位点之间的DNA进行精确的位点特异性重组。该系统作用方式简单、重组效率高,可定时、定位地对基因进行修饰,已成为一种定向改变生物活体遗传信息的重要的试验工具。本文主要就Cre/loxP系统的结构、重组机制、特点及其在口腔医学领域中的应用作一综述。 展开更多

关键词 位点特异性重组 CRE/LOXP系统 CRE重组酶

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Cre/lox位点特异重组系统在植物基因工程中的应用

4

作者 陈广东 崔继哲 +1 位作者 付寅生 弭晓菊 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期25-30,共6页

Cre/lox位点特异重组系统是植物基因工程中的重要工具,利用其可以在转基因植物中对目的基因实现精确删除和定点整合。概述Cre/lox系统的基本结构及作用方式,并以基因删除和定点整合为重点,详细介绍该系统在这两方面的应用。

关键词 CRE/LOX 位点特异重组 删除 整合 转基因植物

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利用Cre／loxP位点特异性重组酶系统从转基因植物生产非转基因食品 被引量：2

5

作者 徐茂军 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2004年第8期24-27,共4页

转基因植物中的外源基因是引起转基因植物食品安全性问题的主要原因。通过对Cre／loxP系统介导转基因植物中外源基因选择性切除的最新研究成果进行综述分析，指出利用果实、花粉等组织特异性启动子对重组酶基因的表达进行调控，将转基... 转基因植物中的外源基因是引起转基因植物食品安全性问题的主要原因。通过对Cre／loxP系统介导转基因植物中外源基因选择性切除的最新研究成果进行综述分析，指出利用果实、花粉等组织特异性启动子对重组酶基因的表达进行调控，将转基因植物食用部位的外源基因选择性的切除，是将转基因植物转化为非转基因食品的一条有效途径。 展开更多

关键词 转基因植物 Cer/oxP系统 非转基因食品 外源基因切除 安全性 位点特异性重组酶

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XerCD/dif位点特异性重组

6

作者 田德桥 王玉民 郑涛 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期1003-1008,共6页

大约10%~15%的大肠杆菌在染色体复制过程中会形成染色体二聚体。大肠杆菌染色体编码的重组酶XerC和XerD作用于染色体复制终点区的dif序列,以同源重组的方式将染色体二聚体解离为单体,使细菌得以正常复制分裂。编码霍乱毒素的噬菌体CTX... 大约10%~15%的大肠杆菌在染色体复制过程中会形成染色体二聚体。大肠杆菌染色体编码的重组酶XerC和XerD作用于染色体复制终点区的dif序列,以同源重组的方式将染色体二聚体解离为单体,使细菌得以正常复制分裂。编码霍乱毒素的噬菌体CTXΦ以位点特异的方式整合入霍乱弧菌染色体,但其基因组中不含有任何重组酶基因,其整合过程需要细菌染色体编码的XerC和XerD重组酶,且整合位点与大肠杆菌dif序列相似。XerCD重组酶基因和dif位点在细菌染色体广泛存在,表明其可能是染色体二聚体解离,噬菌体及其他外源基因成分整合入染色体过程中一种广泛存在的途径。文章对XerCD/dif位点特异性重组在细菌染色体二聚体解离。 展开更多

关键词 XerCD dif 位点特异性重组

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位点特异性重组酶Cre的克隆、表达、纯化及体外活性鉴定

7

作者 高虹 张传生 +2 位作者 魏影允 胡国法 劳为德 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2002年第6期31-33,共3页

克隆了Cre基因 ,分别构建了真核表达载体 pEF EBFP Cre和 pGEX Cre,在大肠杆菌中表达了Cre重组酶 ,并证明了重组酶的删除特性 。

关键词 位点特异性重组酶Cre 克隆 纯化 体外活性 鉴定 CRE/LOXP系统 原核表达 CRE基因 基因表达 大肠杆菌

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Cre/lox位点特异重组系统在转基因植物中的应用 被引量：3

8

作者 赵妍 余涛 邢少辰 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期95-103,共9页

位点特异重组系统由重组酶和相应的重组酶识别位点组成,通过两者间的相互作用,实现外源基因精确整合与切除等一系列遗传操作.主要可分为Cre/lox系统、FLP/frt系统、R/RS系统和Gin/gix系统.目前,研究最充分应用最广泛的位点特异重组系统... 位点特异重组系统由重组酶和相应的重组酶识别位点组成,通过两者间的相互作用,实现外源基因精确整合与切除等一系列遗传操作.主要可分为Cre/lox系统、FLP/frt系统、R/RS系统和Gin/gix系统.目前,研究最充分应用最广泛的位点特异重组系统为Cre/lox系统.此系统为位点特异重组系统家族中的一员,由38.5kDCre重组酶和34bplox位点组成,最早被应用于动物转基因研究,包括基因敲除、基因激活、基因易位等.近年来,随着研究的深入,Cre/lox系统被逐步应用到植物研究中,并在诸多领域取得重大进展.本文总结归纳了Cre/lox系统在定点整合、定点切除以及叶绿体转化等方面的最新研究成果,旨在为利用Cre/lox系统构建环境安全和高效表达的植物遗传转化体系提供参考. 展开更多

关键词 CRE重组酶 LOXP位点 位点特异重组 转基因植物

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Cre／loxp位点特异性重组系统在转基因植物中的应用 被引量：4

9

作者 邱淑萍 陈在杰 王锋 《福建农业学报》 2008年第2期211-217,共7页

位点特异性重组系统能够在植物遗传转化中更准确、可靠的操纵外源DNA的引入或删除,已成为植物遗传操作中的重要工具。本文简要介绍目前应用最为广泛的Cre/loxp位点特异性重组系统的重组机制,并着重阐述Cre/loxp系统在删除转基因植物中... 位点特异性重组系统能够在植物遗传转化中更准确、可靠的操纵外源DNA的引入或删除,已成为植物遗传操作中的重要工具。本文简要介绍目前应用最为广泛的Cre/loxp位点特异性重组系统的重组机制,并着重阐述Cre/loxp系统在删除转基因植物中标记基因及定点整合等方面的应用。 展开更多

关键词 位点特异性重组 Cre/loxp 转基因植物 基因删除 定点整合

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热诱导的位点特异性重组植物表达载体构建及烟草转化

10

作者 徐广博 李政 +4 位作者 赵惠贤 刘香利 赵洁 刘丹 吴静 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2013年第5期1795-1800,共6页

选择标记基因安全性问题是限制转基因植物商品化种植的重要因素。为了从转基因后代中诱导性剔除选择标记基因,本研究克隆了拟南芥热激蛋白Hsp18.2基因启动子,并构建了Hsp18.2启动子诱导表达的CinH/Rs位点特异性重组删除植物表达载体。... 选择标记基因安全性问题是限制转基因植物商品化种植的重要因素。为了从转基因后代中诱导性剔除选择标记基因,本研究克隆了拟南芥热激蛋白Hsp18.2基因启动子,并构建了Hsp18.2启动子诱导表达的CinH/Rs位点特异性重组删除植物表达载体。结果表明,利用农杆菌介导法进行了烟草转化,转化后的烟草经过除草剂筛选和PCR检测,得到转基因阳性植株。本研究为利用位点特异性重组建立植物无标记基因转化体系奠定了基础。 展开更多

关键词 位点特异性重组 热诱导 Hsp18 2启动子 选择标记基因

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柑桔基因工程位点特异性重组系统研究进展

11

作者 江学友 陈善春 《中国南方果树》 北大核心 2014年第6期24-26,共3页

基于位点特异性重组系统R/Rs和Cre/loxP的无选择标记基因转化体系已被成功用于marker-free转基因柑桔的创制。在柑桔中,R/Rs系统介导的选择标记基因的删除往往不精确且有嵌合体。对于Cre/loxP系统,基于化学诱导系统构建的删除系统能有... 基于位点特异性重组系统R/Rs和Cre/loxP的无选择标记基因转化体系已被成功用于marker-free转基因柑桔的创制。在柑桔中,R/Rs系统介导的选择标记基因的删除往往不精确且有嵌合体。对于Cre/loxP系统,基于化学诱导系统构建的删除系统能有效清除选择标记基因,但同样存在删除不完全的缺点。组成型表达启动子驱动Cre/loxP系统表现出极高的删除效率,且极少有嵌合体的发生。FLP/FRT系统已被成功用于转基因植物选择标记基因的删除,但在柑桔上还没有相关的报道。 展开更多

关键词 柑桔基因工程 选择标记基因 位点特异性重组系统 基因删除

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фC31位点特异性整合酶系统研究进展 被引量：3

12

作者 吴民耀 文瑞丽 +2 位作者 师红 王昭晖 张耀君 《重庆理工大学学报（自然科学）》 CAS 2010年第7期30-36,共7页

介绍了фC31重组酶作用机制、фC31整合酶在基因治疗及其转基因动物研制中的应用、фC31整合酶催化效率的影响因素,以及фC31整合酶整合的安全性。实验证实,фC31-int可作用于多种动植物细胞及组织,将目的基因特异地整合到宿主基因组,... 介绍了фC31重组酶作用机制、фC31整合酶在基因治疗及其转基因动物研制中的应用、фC31整合酶催化效率的影响因素,以及фC31整合酶整合的安全性。实验证实,фC31-int可作用于多种动植物细胞及组织,将目的基因特异地整合到宿主基因组,使目的基因得以持续、高效地表达。近年来该酶在哺乳动物体内和体外的研究进展表明,фC31整合酶已经成为研究转基因、基因治疗及基因修饰的一种重要工具。 展开更多

关键词 фC31整合酶 位点特异性重组 转基因 基因治疗

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利用Cre-loxP自动去除禽痘病毒重组体的报告基因 被引量：2

13

作者 夏薛梅 杨胜富 +3 位作者 于可响 王莉莉 高月花 黄兵 《家禽科学》 2010年第3期12-15,共4页

在含痘病毒早晚期启动子的绿色荧光蛋白(GFP)基因表达盒侧翼各引入1个loxP序列。以禽痘病毒282E4株作为候选载体,通过同源重组将其插入到病毒基因组的FPV030区域,获得了表达GFP的重组禽痘病毒。然后在Cre酶介导下,利用loxP位点特异性重... 在含痘病毒早晚期启动子的绿色荧光蛋白(GFP)基因表达盒侧翼各引入1个loxP序列。以禽痘病毒282E4株作为候选载体,通过同源重组将其插入到病毒基因组的FPV030区域,获得了表达GFP的重组禽痘病毒。然后在Cre酶介导下,利用loxP位点特异性重组剪除了重组病毒基因组中的GFP报告基因。结果表明,以GFP作为筛选标记使重组病毒的构建更为简便,同时利用Cre-loxP系统可以轻松地去除报告基因。这种技术有利于其它抗原性基因重组禽痘病毒的构建。 展开更多

关键词 禽痘病毒 绿色荧光蛋白 Cre—loxP 位点特异性重组

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表达新城疫病毒融合蛋白基因禽痘病毒重组体的构建 被引量：1

14

作者 黄兵 于可响 +3 位作者 高月花 宋敏训 牟建青 李峰 《家禽科学》 2006年第1期13-16,共4页

通过RT-PCR扩增新城疫病毒F基因,利用禽痘病毒复合启动子、SV40 PolyA终止信号序列构建F基因表达盒。将F基因表达盒与loxp-GFP-loxP序列串联插入禽痘病毒重组臂,构建了禽痘病毒转移质粒载体。在脂质体介导下转染CEF,获得了带有绿色荧光... 通过RT-PCR扩增新城疫病毒F基因,利用禽痘病毒复合启动子、SV40 PolyA终止信号序列构建F基因表达盒。将F基因表达盒与loxp-GFP-loxP序列串联插入禽痘病毒重组臂,构建了禽痘病毒转移质粒载体。在脂质体介导下转染CEF,获得了带有绿色荧光信号的重组病毒rFPVFGFP。通过二次转染,利用Cre-loxP位点特异性重组将重组病毒基因组的GFP自动去除,结果获得了只含新城疫病毒F基因表达盒的重组禽痘病毒rFPVF。试验结果表明,rFPVF复制稳定,表达的F蛋白具有免疫原性,能够刺激鸡只产生抗新城疫病毒的中和抗体。 展开更多

关键词 禽痘病毒 新城疫病毒 融合蛋白 位点特异性重组 绿色荧光蛋白

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一个新的重组酶系统在转基因植物外源基因删除中的应用 被引量：10

15

作者 罗克明 赵德刚 +1 位作者 Li Yi 裴炎 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2005年第7期61-66,共6页

为了解决转基因植物可能带来的生物安全性问题,设计了一个新的位点特异性重组酶系统pLFHFGN,该系统中重组酶FLP基因由热激蛋白Hsp18.2基因的启动子控制,所有外源基因(包括重组酶基因FLP、GUS报告基因和NPTII筛选标记基因)都置于两个融... 为了解决转基因植物可能带来的生物安全性问题,设计了一个新的位点特异性重组酶系统pLFHFGN,该系统中重组酶FLP基因由热激蛋白Hsp18.2基因的启动子控制,所有外源基因(包括重组酶基因FLP、GUS报告基因和NPTII筛选标记基因)都置于两个融合识别位点loxFRT之间.将上述重组酶系统通过根癌农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)介导转化烟草,获得的再生植株分别通过GUS组织染色和PCR分析等方法进行鉴定.然后在37℃下热激处理转基因植株,利用GUS组织染色检测重组酶系统在转基因植株T1代幼苗中删除外源基因的效率,结果显示,该系统删除效率达到了48.2%～84.9%,说明通过重组酶系统pLFHFGN能够有效地删除转基因植物中的外源基因,这为解决转基因植物潜在的安全性问题提供了一条新的途径. 展开更多

关键词 转基因植物 酶系统 基因删除 位点特异性重组 GUS报告基因 安全性问题 转基因植株 应用 外源基因 筛选标记基因 根癌农杆菌 PCR分析 热激蛋白 识别位点 介导转化 再生植株 热激处理 系统删除 启动子 重组酶 酶基因 染色

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重组酶FLP在弱氧化葡糖杆菌中的表达及应用

16

作者 刘静文 李天明 +1 位作者 杜红燕 冯惠勇 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第11期204-208,共5页

本实验借助宽宿主载体pBBR1MCS-5,构建在弱氧化葡糖杆菌(Gluconobacter suboxydans)中表达FLP重组酶的表达载体,转化弱氧化葡糖杆菌,获得阳性转化子;采用两步法RT-PCR(reverse transcription-polymerase chain reaction)验证,结果表明:... 本实验借助宽宿主载体pBBR1MCS-5,构建在弱氧化葡糖杆菌(Gluconobacter suboxydans)中表达FLP重组酶的表达载体,转化弱氧化葡糖杆菌,获得阳性转化子;采用两步法RT-PCR(reverse transcription-polymerase chain reaction)验证,结果表明:flp基因在宿主细胞中转录表达;将pBBR1MCS-psldh-flp重组质粒转化至带有四环抗性的突变菌株JGDH-,PCR验证表明带有FTR位点的抗性标记得到有效删除。重组酶FLP在Gluconobacter suboxydans的表达提供了一种循环使用选择标记基因进行多个位点基因敲除或置换的方法。 展开更多

关键词 弱氧化葡糖杆菌 FLP/FRT 位点特异性重组 启动子 基因敲除

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拟南芥原生质体瞬时表达快速验证重组酶外源基因删除

17

作者 池俊杰 戴绍军 +1 位作者 魏建华 王宏芝 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第7期86-92,共7页

通过在拟南芥原生质体中瞬时表达重组酶删除系统,以拟南芥热激蛋白Hsp18.2基因的启动子诱导加入马铃薯StLs1基因第2个内含子的重组酶表达,证明瞬时转化质粒DNA中位于识别位点之间的基因元件可以被有效删除。建立了一种快速验证重组酶外... 通过在拟南芥原生质体中瞬时表达重组酶删除系统,以拟南芥热激蛋白Hsp18.2基因的启动子诱导加入马铃薯StLs1基因第2个内含子的重组酶表达,证明瞬时转化质粒DNA中位于识别位点之间的基因元件可以被有效删除。建立了一种快速验证重组酶外源基因删除系统的方法。 展开更多

关键词 位点特异性重组系统 热激蛋白Hsp18 2启动子 拟南芥原生质体瞬时表达

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光控诱导重组系统的开发与应用

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作者 谢甜 王梅 +3 位作者 高瑞钰 苗艳尼 张燚铭 蒋婧 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期655-671,共17页

位点特异性重组系统由重组酶和特异性识别位点两部分组成,是一种强大的基因操作工具,被广泛运用于生命科学研究。已开发的诱导型重组系统以时空方式精准调控细胞和动物的基因表达,被用于基因功能研究、细胞谱系示踪和疾病治疗等领域。... 位点特异性重组系统由重组酶和特异性识别位点两部分组成,是一种强大的基因操作工具,被广泛运用于生命科学研究。已开发的诱导型重组系统以时空方式精准调控细胞和动物的基因表达,被用于基因功能研究、细胞谱系示踪和疾病治疗等领域。根据诱导重组酶时空表达方式的不同,诱导型重组系统可分为化学诱导和光控诱导两种方式。光控诱导重组系统是利用光作为诱导剂,根据光控方式和对象的不同,可进一步分为光笼和光遗传学两类。光笼诱导重组系统是利用光敏基团来控制化学诱导剂或重组酶,光诱导前它们的活性被光敏基团抑制;在特定光照射后,它们的活性被恢复,进而实现光控诱导基因重组。光遗传学诱导重组系统是通过光遗传学开关介导分割型重组酶的重新激活来诱导基因重组。其中光遗传学开关由一系列基因编码的光敏蛋白组成,包括隐花色素、VIVID蛋白、光敏色素等。这些类型丰富的光控诱导重组系统为从高时空分辨率的维度解析基因的表达和功能提供了更多的工具,以满足日益复杂的生命科学研究需求。本文主要对不同类型光控诱导重组系统的开发原理及应用进行综述,比较其优缺点,最后对未来开发更多光控重组系统进行展望,旨在为系统优化升级提供理论基础和指导。 展开更多

关键词 光控诱导重组系统 光笼 光遗传学开关 位点特异性重组酶 时空调控

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用于通路(Gateway)克隆技术的植物表达载体研究进展 被引量：6

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作者 肖素勤 孙振 +1 位作者 轩秀霞 陈丽梅 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期528-544,共17页

通路(Gateway)克隆技术是根据λ噬菌体基因组和大肠杆菌基因组之间的位点专一性重组分子机制开发的一套分子克隆新技术。利用该技术LR反应构建目的基因的表达载体时不需要经过酶切和连接等繁琐而又费时的过程,因此,可以节省很多时间。... 通路(Gateway)克隆技术是根据λ噬菌体基因组和大肠杆菌基因组之间的位点专一性重组分子机制开发的一套分子克隆新技术。利用该技术LR反应构建目的基因的表达载体时不需要经过酶切和连接等繁琐而又费时的过程,因此,可以节省很多时间。为了扩大Gateway技术在植物基因工程领域的应用,最近有很多研究机构和研究小组开发了能用于组成型或诱导型表达目的基因、基因沉默、启动子分析、蛋白质亚细胞定位、蛋白质/蛋白质相互作用、多个DNA片段的模块化组装和DNA组片段功能验证等研究用的植物表达载体。该文对这些技术的研究进展进行了综述。 展开更多

关键词 通路克隆技术 植物表达载体 载体结构 LR反应 重组位点

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转基因植物中删除选择标记基因的研究进展 被引量：4

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作者 祁永斌 刘庆龙 +1 位作者 陆艳婷 金庆生 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2014年第5期1387-1393,共7页

选择标记基因广泛应用于植物转基因工程中,然而这些基于除草剂和抗生素类抗性选择标记基因的利用,在转基因筛选和鉴定完成后功能多余。当前转基因植物的标记基因及相关产物对环境污染和食用安全的潜在影响,已经引起了人们的广泛关注。... 选择标记基因广泛应用于植物转基因工程中,然而这些基于除草剂和抗生素类抗性选择标记基因的利用,在转基因筛选和鉴定完成后功能多余。当前转基因植物的标记基因及相关产物对环境污染和食用安全的潜在影响,已经引起了人们的广泛关注。随着转基因技术的不断发展和人们对转基因植物和食品安全性的关注,删除转基因植物中的选择标记基因非常重要。文章着重讨论了植物转基因过程中,选择标记基因的利用,删除选择标记基因的几种方法,包括共转化法、位点特异性重组、染色体内重组、转座子介导的重组、删除叶绿体转化中选择标记基因,以及无选择标记基因植株的直接再生等。同时,还对这些技术的发展作了展望。 展开更多

关键词 选择标记基因 共转化 位点特异性重组 转座子 叶绿体转化

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