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选择性多聚腺苷酸化的生物学效应及其调控机制研究进展 被引量:5
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作者 徐海冬 宁博林 +2 位作者 牟芳 李辉 王宁 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期4-15,共12页
真核生物基因的前体mRNA(pre-mRNA)及一些lncRNA在成熟过程中其3'端会发生剪切和多聚腺苷酸化反应(cleavage and polyadenylation, C/P),C/P的发生需要多聚腺苷酸化信号(polyadenylation signal, PAS)的存在。选择性多聚腺苷酸化(al... 真核生物基因的前体mRNA(pre-mRNA)及一些lncRNA在成熟过程中其3'端会发生剪切和多聚腺苷酸化反应(cleavage and polyadenylation, C/P),C/P的发生需要多聚腺苷酸化信号(polyadenylation signal, PAS)的存在。选择性多聚腺苷酸化(alternative cleavage and polyadenylation, APA)是指具有多个PAS的基因,在其mRNA3'端成熟过程中,由于选择不同的PAS,导致产生出多个3'UTR长度和序列组成不同的转录异构体。3'UTR长度和序列的不同会影响mRNA的稳定性、翻译效率、运输和细胞定位等,因此APA是真核生物的一个重要转录后调控方式。近年来,对大量动物、植物及酵母的基因组测序分析发现,APA在真核生物广泛存在,针对APA的生物学效应和调控机制开展了一系列研究。目前已鉴定出许多APA调控的顺式调控元件和反式作用因子。本文重点介绍了APA生物学效应和调控机制的最新研究进展,并探讨了未来APA调控的研究方向。 展开更多
关键词 基因表达调控 选择性多聚腺苷酸化 多聚腺苷酸信号 顺式调控元件 反式作用因子
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前体mRNA的选择性多聚腺苷酸化与人类疾病 被引量:1
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作者 徐本锦 刘玲 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2020年第3期199-209,共11页
真核细胞的前体mRNA必须经过复杂的加工过程才能成熟,包括5’端加帽、剪接和3’端加工,其中3’加工包括3’端的切割和多聚腺苷酸化.该过程由前体mRNA上的顺式作用元件以及多个蛋白质因子控制.组成哺乳动物前体mRNA3’端加工机器的核心... 真核细胞的前体mRNA必须经过复杂的加工过程才能成熟,包括5’端加帽、剪接和3’端加工,其中3’加工包括3’端的切割和多聚腺苷酸化.该过程由前体mRNA上的顺式作用元件以及多个蛋白质因子控制.组成哺乳动物前体mRNA3’端加工机器的核心蛋白质复合体有切割和多聚腺苷酸化特异性因子、切割刺激因子、切割因子Ⅰ和切割因子Ⅱ.其他因子包括poly(A)聚合酶、poly(A)结合蛋白、偶对蛋白(symplekin)等.哺乳动物基因通常含有多个ploy(A)位点,选择性多聚腺苷酸化不仅可产生具有不同长度3’UTR的mRNA异构体,还可能改变基因的CDS区.作为真核生物基因表达调控的关键机制,选择性多聚腺苷酸化在细胞生长、增殖和分化中起着重要作用.本文综述了哺乳动物前体mRNA的3’端加工过程,3’端加工机器的组成及功能,探讨了选择性多聚腺苷酸化在多种人类疾病中的作用机制,以期为读者带来一些新的见解. 展开更多
关键词 多聚腺苷酸 3’UTR 前体MRNA 选择性多聚腺苷酸化 人类疾病
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深度挖掘肝细胞癌中遗传变异对可选择性多聚腺苷酸化的影响 被引量:1
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作者 武肖红 余展晖 +2 位作者 牛晓辉 杨彦波 龚静 《华中科技大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期741-751,共11页
目的通过整合组学和临床信息,深度挖掘肝细胞癌中重要的可选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)数量性状基因位点(alternative polyadenylation quantitative trait locus,apaQTL),并研究这些重要位点相关的下游靶基因... 目的通过整合组学和临床信息,深度挖掘肝细胞癌中重要的可选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)数量性状基因位点(alternative polyadenylation quantitative trait locus,apaQTL),并研究这些重要位点相关的下游靶基因及上游RNA结合蛋白(RNA-binding protein,RBP)。方法从SNP2APA数据库下载泛癌顺式和反式apaQTL数据,用R语言分析肝细胞癌apaQTL的分布特征。根据位置提取apaQTL上下游50 bp范围内的序列,使用STREME进行特征基序富集,进一步结合肝细胞癌临床信息,筛选改变基序和临床预后相关的apaQTL。利用Tomtom挖掘潜在调控APA的上游RBP,并通过ENCODE以及TCGA预后数据分别验证RBP在APA调控和肝细胞癌发生发展中的重要性。将apaQTL和表达数量性状位点(expression quantitative trait locus,eQTL)进行共定位,并结合差异表达和预后分析,筛选影响表达和预后的apaQTL和下游靶基因。结果通过对肝细胞癌apaQTL进行特征分析,发现肝细胞癌顺式apaQTL在其他癌症中广泛出现,而反式apaQTL在肝细胞癌中具有特异性。通过对apaQTL进行基序分析,筛选出20个可以改变多聚腺苷酸化基序的apaQTL。其中rs16742可以生成新的多聚腺苷酸化基序,从而导致赖氨酰-tRNA合成酶(leucyl-tRNA synthetase,LARS)基因的转录本增长。进一步分析表明,rs16742与肝细胞癌的预后相关。通过预测新的apaQTL基序和上游靶基因,并结合外部数据验证,发现RBP聚(RC)结合蛋白2[poly(RC)binding protein 2,PCBP2]参与肝细胞癌APA事件的调控,并与预后相关。进一步分析表明,预后显著的apaQTL rs115865883和rs150628203可能影响PCBP2与转录本的结合。通过apaQTL和eQTL共定位分析,筛选出30个潜在的影响表达和肝细胞癌发生发展的apaQTL和下游靶基因。结论研究发现了一系列功能性肝细胞癌apaQTL及下游靶基因,基于apaQTL相关分析,发现RBP PCBP2可调控肝细胞癌的APA事件及预后。 展开更多
关键词 肝细胞癌 选择性多聚腺苷酸化 遗传变异 RNA结合蛋白
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RNA结合蛋白在植物抗病中的研究进展
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作者 吕悦 张杰伟 王勃 《生物技术通报》 北大核心 2025年第6期12-26,共15页
植物在生长发育过程中持续面临复杂的环境胁迫,严重制约其生长发育、农艺性状和生产力。为应对病原菌侵染等生物胁迫,植物进化出多层次的精密调控网络。近年来,转录后调控作为植物免疫研究的新兴热点领域,其通过动态调控信使RNA(mRNA)... 植物在生长发育过程中持续面临复杂的环境胁迫,严重制约其生长发育、农艺性状和生产力。为应对病原菌侵染等生物胁迫,植物进化出多层次的精密调控网络。近年来,转录后调控作为植物免疫研究的新兴热点领域,其通过动态调控信使RNA(mRNA)代谢过程,在植物抗病反应中展现出独特的优势。RNA结合蛋白(RNA binding proteins,RBPs)作为植物抗病调控网络的核心执行者,通过识别特定RNA基序调控pre-mRNA选择性剪接、mRNA稳定性、选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)、翻译进程及RNA修饰等关键环节,在植物-病原菌互作中发挥“分子开关”的作用。本文系统阐述了RBP介导的转录后调控机制及其在植物响应病原菌感染过程中的功能,如在病原识别阶段,RBP通过调控免疫受体mRNA的稳定性实现防御信号的快速启动;抗病应答阶段中,RBP介导抗病基因的选择性剪接,产生具有不同亚细胞定位或功能活性的转录本变体。此外,近年研究发现m6A等RNA表观修饰通过调控RBP的招募效率,在植物免疫中形成新的路径。本文深入探讨了植物通过RBP构建的多层次防御体系及其分子调控机制,并对RBP抗病机制研究方向、结合多组学改造RBP调控元件、构建作物抗病育种新策略等进行了展望。深入解析植物抗病过程中的RNA调控密码,为创制广谱抗病种质提供理论支撑,为开发创新绿色防控策略提供重要依据。 展开更多
关键词 RNA结合蛋白 选择性剪接 翻译 MRNA稳定性 选择性多聚腺苷酸化
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缢蛏多巴胺受体基因及其在损伤修复中的作用 被引量:4
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作者 杜蕴超 谢淑媚 +2 位作者 何圣耀 牛东红 李家乐 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期45-54,共10页
多巴胺受体(dopamine receptor)作为生物体中重要的神经递质受体,在生物体的生长、发育、代谢等多个生理过程中都发挥着重要的功能。本研究从缢蛏Sinonovacula constricta转录组文库中筛选获得多巴胺受体基因的部分片段,结合RACE(rapid-... 多巴胺受体(dopamine receptor)作为生物体中重要的神经递质受体,在生物体的生长、发育、代谢等多个生理过程中都发挥着重要的功能。本研究从缢蛏Sinonovacula constricta转录组文库中筛选获得多巴胺受体基因的部分片段,结合RACE(rapid-amplification of cDNA ends)技术和降落PCR(polymerase chain reaction)技术,克隆得到缢蛏两个多巴胺受体的选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)的变异体,命名为ScDopR2a和ScDopR2b,长度分别为1824bp和2758bp。两个变异体均包含相同的5′非翻译区(untranslated regions,UTR)(24bp)和开放阅读框(open reading frame,ORF)(1440bp),共编码479个氨基酸残基。但是两个变异体的3′UTR长度不同,分别为360bp和1294bp,其中ScDopR2b在polyA尾前插入936bp。在同源的ORF区设计引物,采用实时定量PCR分析多巴胺受体基因在不同组织中的表达特征,结果表明多巴胺受体基因在水管、鳃、斧足的表达量显著高于其他组织。在该基因序列3′UTR插入片段区域设计特异引物检测ScDopR2b的组织表达情况,结果表明在水管、鳃、斧足的表达量仍高于其他组织,表达趋势与ORF区大致相同。进一步设计缢蛏组织损伤实验,对进水管前端进行损伤处理,在处理后的第4h、8h、12h、24h、48h、60h和72h取样,荧光定量检测结果显示,同源区表达量在12h和48h呈上调,在8h、24h和72h下调,且ScDopR2b表达趋势与同源区表达模式大致相同。研究结果表明,缢蛏多巴胺受体参与了损伤修复过程,其表达特征可能与多巴胺作为补偿性神经递质的作用有关。 展开更多
关键词 缢蛏 多巴胺受体 选择性多聚腺苷酸化 损伤修复
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牛BBOX1基因3'UTR变异体的克隆及其多态性分析
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作者 宋雨霏 郭彦 +2 位作者 辛友志 崔建伟 周国利 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2017年第2期120-123,共4页
为鉴定牛BBOX1基因选择性多聚腺苷酸化的不同变异体及其3'UTR的多态性,采用3'RACE的方法检测出BBOX1基因3个不同3'UTR全长的APA变异体,短APA变异体3'UTR长度为229 bp,长APA变异体3'UTR长度分别为664 bp和678 bp。利... 为鉴定牛BBOX1基因选择性多聚腺苷酸化的不同变异体及其3'UTR的多态性,采用3'RACE的方法检测出BBOX1基因3个不同3'UTR全长的APA变异体,短APA变异体3'UTR长度为229 bp,长APA变异体3'UTR长度分别为664 bp和678 bp。利用SSCP与测序相结合的方法,在BBOX1基因的3'UTR中检测到10个多态性,其中7个为SNP,分别为c.12T>C、c.100A>G、c.241T>C、c.480T>C、c.557T>C、c.606T>C和c.650T>C;3个为插入或缺失突变,分别为c.28_29ins C、c.434_435del GT和c.512_513ins TGC。SNP c.650T>C定位在Poly(A)加尾信号PAS3中,使加尾信号序列AAUAAA突变成AACAAA,导致3'UTR长度为678 bp的变异体出现。 展开更多
关键词 BBOX1基因 选择性多聚腺苷酸化 多态性 3'UTR
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严重急性呼吸综合征冠状病毒2膜蛋白对宿主细胞pre-mRNA 3'UTR加工的影响 被引量:1
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作者 欧阳歆 曾先燕 +7 位作者 谷斌 娄哲琦 黄进 谭正宗 于倩 车雨 钱昱舟 朱勇 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2022年第10期1866-1873,共8页
目的研究严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)膜蛋白对宿主细胞mRNA前体(pre-mRNA)3’非翻译区(UTR)加工的影响。方法本研究以人肺上皮细胞系A549为模型,利用瞬时转染在细胞内过表达SARS-CoV-2膜蛋白;利用RNA-Seq测序技术及生物信... 目的研究严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)膜蛋白对宿主细胞mRNA前体(pre-mRNA)3’非翻译区(UTR)加工的影响。方法本研究以人肺上皮细胞系A549为模型,利用瞬时转染在细胞内过表达SARS-CoV-2膜蛋白;利用RNA-Seq测序技术及生物信息学分析方法,系统性描绘宿主细胞选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)事件;Metascape数据库对发生显著APA变化的基因进行功能富集分析;RT-qPCR验证靶基因3’UTR长度变化;蛋白质免疫印迹(Western blot)检测目的蛋白表达水平。结果SARS-CoV-2膜蛋白外源表达后宿主细胞内共813个基因发生显著APA变化。GO和KEGG分析显示,差异APA基因广泛参与有丝分裂细胞周期、调节细胞应激等生物过程,涉及病毒感染和蛋白质加工等。从中进一步筛选出AKT1基因,在IGV软件中显示3’UTR延长;RT-qPCR验证AKT1基因的3’UTR长度变化趋势;Western blot结果显示AKT1蛋白磷酸化水平增加。结论SARS-CoV-2膜蛋白潜在影响宿主pre-mRNA的3’UTR加工,其中参与多种病毒性生物过程的AKT1基因3’UTR延长,且其编码的蛋白质功能在细胞内被激活。 展开更多
关键词 严重急性呼吸综合征冠状病毒2膜蛋白 选择性多聚腺苷酸化 PRE-MRNA 3’非翻译区
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牛Basigin基因变异体的克隆与鉴定
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作者 刘雪艳 程林圆 周国利 《湖北农业科学》 2022年第20期211-215,共5页
为了研究牛Basigin(BSG)基因是否存在变异体,采用3′RACE和测序技术对牛的BSG基因进行克隆和鉴定,成功克隆出了牛BSG基因4条转录本的3′端片段,分别命名为BSG-v1、BSG-v2、BSG-v3和BSG-v4,其中BSG-v2、BSG-v3和BSG-v4是新发现的牛BSG基... 为了研究牛Basigin(BSG)基因是否存在变异体,采用3′RACE和测序技术对牛的BSG基因进行克隆和鉴定,成功克隆出了牛BSG基因4条转录本的3′端片段,分别命名为BSG-v1、BSG-v2、BSG-v3和BSG-v4,其中BSG-v2、BSG-v3和BSG-v4是新发现的牛BSG基因变异体。研究表明,BSG-v2在第7外显子处发生了3′端可变剪接,导致BSG-v2的外显子7比BSG-v1的短了515 bp,但没有改变BSG基因的开放阅读框;BSG-v3和BSG-v4都发生了选择性多聚腺苷酸化,由于没有外显子7,导致产生了更短的3′UTR,说明牛的BSG基因存在不同形式的变异体,这为进一步研究牛BSG基因在不同生物学过程中的功能提供了分子生物学基础。 展开更多
关键词 Basigin基因 可变剪接 选择性多聚腺苷酸化 3′RACE
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