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连接介导PCR及其在体内足迹研究中的应用 被引量：3
1
作者 纪新军 刘德培 梁植权 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1997年第3期224-227,共4页
连接介导聚合酶链反应是以连接反应为基础的单侧PCR技术 ,首先在DNA片段的一端连接上一个公共连接子 ,而后在这个连接子与另一个DNA序列特异的引物间扩增 .Vent聚合酶的使用 ,延伸产物捕获及连接子标记选择策略的采用 ,大大提高了连接... 连接介导聚合酶链反应是以连接反应为基础的单侧PCR技术 ,首先在DNA片段的一端连接上一个公共连接子 ,而后在这个连接子与另一个DNA序列特异的引物间扩增 .Vent聚合酶的使用 ,延伸产物捕获及连接子标记选择策略的采用 ,大大提高了连接介导聚合酶链反应的敏感性 . 展开更多
关键词 连接介导pcr 连接子 体内足迹法 聚合酶链反应
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A+G连接介导PCR方法的建立及其在体内足迹研究中的应用
2
作者 纪新军 刘德培 +3 位作者 徐冬冬 李磊 王晶 梁植权 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第3期229-232,共4页
目的建立一种新的连接介导聚合酶链反应（ｌｉｇａｔｉｏｎ－ｍｅｄｉａｔｅｄｐｏｌｙ－ｍｅｒａｓｅｃｈａｉｎｒｅａｃｔｉｏｎ，ＬＭ－ＰＣＲ）方法，使之能够对Ｇ－残基含量过低或不含Ｇ－残基的区域进行体内足迹研究。方法对原化... 目的建立一种新的连接介导聚合酶链反应（ｌｉｇａｔｉｏｎ－ｍｅｄｉａｔｅｄｐｏｌｙ－ｍｅｒａｓｅｃｈａｉｎｒｅａｃｔｉｏｎ，ＬＭ－ＰＣＲ）方法，使之能够对Ｇ－残基含量过低或不含Ｇ－残基的区域进行体内足迹研究。方法对原化学测序法中的Ａ＞Ｇ法进行修改，化学裂解后进行连接介导的ＰＣＲ反应，通过测序胶分离分析ＰＣＲ反应结果。结果建立了Ａ＋ＧＬＭ－ＰＣＲ方法，本法能够应用于体内足迹研究。结论应用本实验建立的方法可分析Ａ－残基和Ｇ－残基上的蛋白质－ＤＮＡ相互作用状况，可获得更多信息及扩大使用范围。 展开更多
关键词 连接介导 化学裂解法 序列测定 pcr 体内足迹法
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检测人TCR BD基因重排时RSS断裂末端的LM-PCR方法的建立 被引量：2
3
作者 姚新生 马骊 +4 位作者 温茜 邹红云 阮光平 杨介钻 王小宁 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期342-345,共4页
目的:建立检测人T细胞TCRBD基因(Diversity Gene)经历重排的连接介导PCR方法(Ligation Mediate dPCR,LMPCR),为T细胞重排和疾病的关系研究提供基础。方法:在人TCRβ链BD1与BD25′端重组信号序列(RSS)前,BD1与BD23′端RSS后各设计两套用... 目的:建立检测人T细胞TCRBD基因(Diversity Gene)经历重排的连接介导PCR方法(Ligation Mediate dPCR,LMPCR),为T细胞重排和疾病的关系研究提供基础。方法:在人TCRβ链BD1与BD25′端重组信号序列(RSS)前,BD1与BD23′端RSS后各设计两套用于巢式PCR引物;设计并合成和双链RSS平断裂末端相接的特殊接头(BWLinker),提取胸腺组织、正常人和急性T淋巴细胞白血病(TALL)外周血单个核细胞(PBMC)样本总DNA,和BWlinker连接,进行巢式PCR,PCR产物琼脂糖电泳分析,阳性产物做胶回收,并克隆测序鉴定。结果:在1例胸腺组织提取的总DNA中证实存在BD1和BD25′和3′的RSS断裂末端,在2例TALLs的PBMC中检测到BD25′和3′的RSS断裂末端,2例正常人PBMC中未能检测到RSS断裂末端,阳性的LMPCR产物通过测序鉴定,和基因组中序列完全相符合。结论:1例胸腺组织和2例TALL的PBMC中检测到RSS断裂末端,提示TCRBD基因正经历重排,测序结果表明建立的监测TCR重排的LMPCR方法可靠,可用于T细胞重排模型和相关疾病的机制研究。 展开更多
关键词 连接介导pcr(lm-pcr) 胸腺 基因重排 重组信号序列(RSS)
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2种PCR方法扩增盐藻肌动蛋白基因3’旁侧序列比较 被引量：6
4
作者 姜国忠 谢华 +2 位作者 郭玉忠 范天黎 薛乐勋 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2004年第1期41-44,共4页
目的 :比较扩增盐藻肌动蛋白基因 3’旁侧序列的 2种PCR方法。方法 :用pvuⅡ、EcoRⅤ和StuⅠ 3种限制性内切酶消化盐藻基因组DNA后 ,供 2种PCR用 ,一种是连接介导法PCR(LMPCR) ,与用人工合成的适配子相连并用适配子引物和盐藻肌动蛋白... 目的 :比较扩增盐藻肌动蛋白基因 3’旁侧序列的 2种PCR方法。方法 :用pvuⅡ、EcoRⅤ和StuⅠ 3种限制性内切酶消化盐藻基因组DNA后 ,供 2种PCR用 ,一种是连接介导法PCR(LMPCR) ,与用人工合成的适配子相连并用适配子引物和盐藻肌动蛋白基因特异引物扩增未知序列 ;另一种是反向PCR(IPCR) ,酶切后的DNA自身环化做模板 ,用 2对基因特异引物反向扩增。结果 :2轮PCR后 ,LMPCR中得到大量的非特异扩增产物 ,测序结果发现许多产物是由适配子引物AP2单独扩增引起。而反向PCR在得到pvuⅡ和StuⅠ消化的自连文库中扩增得到 2 .5kb特异产物 ,经测序发现 ,片段两侧为基因特异引物 ,部分序列与已知序列相一致。Southern也进一步证实了IPCR扩增片段来源于盐藻基因组DNA。结论 :IPCR技术在克隆基因旁侧序列时优于LMPCR方法。 展开更多
关键词 反向pcr 连接介导法pcr 盐藻 肌动蛋白 旁侧序列cDNA 简并引物
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棉花E3泛素连接酶基因GhRING1-like的克隆及功能分析 被引量：4
5
作者 夏朝阳 安晓晖 +2 位作者 张中起 葛冬冬 刘康 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期39-50,共12页
[目的]RING(really interesting new gene) finger E3泛素连接酶在植物生长发育和抵御环境胁迫中具有重要作用。克隆棉花RING finger E3泛素连接酶基因GhRING1-like并分析其表达特征和功能,为该基因分子作用机制研究和育种应用奠定基础... [目的]RING(really interesting new gene) finger E3泛素连接酶在植物生长发育和抵御环境胁迫中具有重要作用。克隆棉花RING finger E3泛素连接酶基因GhRING1-like并分析其表达特征和功能,为该基因分子作用机制研究和育种应用奠定基础。[方法]根据棉花表达谱分析,选取并克隆干旱胁迫处理上调表达基因GhRING1-like,qRT-PCR分析GhRING1-like的组织表达特性及其对不同非生物胁迫和激素处理的响应模式;采用瞬时表达对GhRING1-like-GFP融合蛋白进行亚细胞定位分析;通过获得病毒介导的基因沉默(VIGS)棉花和过表达拟南芥植株,分析沉默或过表达GhRING1-like对植株生长发育及其抗旱性的影响。[结果]GhRING1-like基因序列全长996 bp,编码332个氨基酸,其C端含有RING-H_2(C3H_2C3)结构域。GhRING1-like定位于内质网上。GhRING1-like在叶片中优势表达; 200 g·L^(-1)PEG6000诱导处理1 h后瞬时显著上调表达12倍; GhRING1-like对Na Cl、ABA和SA的响应时间都在处理后3 h,上调表达均在5倍左右。干旱胁迫处理后,VIGS沉默GhRING1-like棉花叶片相对含水量和叶绿素荧光参数Fv/Fm分别较未沉默对照降低17.1%和30.6%,而电解质渗透率和丙二醛含量分别较对照提高70.8%和100%。过表达GhRING1-like显著提高了拟南芥种子萌发和幼苗期对于甘露醇引起的渗透胁迫的耐受性;可使营养生长中后期阶段的拟南芥在水分亏缺处理下的存活率提高2.4倍;转基因拟南芥叶片气孔开度降低51.2%,失水率明显降低。干旱胁迫下,过表达GhRING1-like使依赖于ABA诱导表达的At AREB1、At ERD15、AtRD29A上调表达,而对不依赖ABA的干旱胁迫诱导基因At DREB和脯氨酸合成基因At PLD没有影响。[结论]棉花GhRING1-like参与了植物非生物胁迫抗性的调控,主要通过依赖于ABA通路正向调控植物的抗旱反应。 展开更多
关键词 E3泛素连接酶 干旱胁迫 实时荧光定量pcr 病毒介导的基因沉默(VIGS) 转基因拟南芥
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Egfr基因启动子区的DNaseⅠ高敏感位点定位 被引量：1
6
作者 李珊珊 李相辉 +4 位作者 李岩 赵博 张秀芳 王泽生 张玉祥 《首都医科大学学报》 CAS 北大核心 2009年第2期189-194,共6页
目的用一种新方法研究表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)基因启动子区脱氧核糖核酸酶Ⅰ高敏感位点(DNaseⅠhypersensitive site,DHS),找出确切DNaseⅠ酶切位点,进而预测可能与DHS相结合的转录因子,探索egfr基因... 目的用一种新方法研究表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)基因启动子区脱氧核糖核酸酶Ⅰ高敏感位点(DNaseⅠhypersensitive site,DHS),找出确切DNaseⅠ酶切位点,进而预测可能与DHS相结合的转录因子,探索egfr基因表达调控机制。方法本研究以宫颈癌细胞系HeLa(EGFR+)、乳腺癌细胞系MDA-MB-231(EGFR+)和阴性对照白血病细胞系K562(EGFR-)为模型,在用浓度为5kU/L、10kU/L DNaseⅠ消化细胞核中染色质后,采用连接介导PCR(ligation-mediatedPCR,LM-PCR)的方法,检测出egfr基因启动子区DHS,并进行测序。通过对测序结果进行分析,确定egfr基因启动子区DHS的具体位置。用生物信息学方法对所得DHS进行分析,预测与之结合的转录因子。结果对测序结果进行分析得到确切DNaseⅠ酶切位点。在egfr基因表达阳性的宫颈癌细胞系HeLa、乳腺癌细胞系MDA-MB-231中,DHS位于转录起始点上游300bp至500bp的启动子区内;而在egfr基因表达阴性的白血病细胞系K562中未发现DHS。运用生物信息学方法,用转录元件搜索软件(transcription element search software,TESS)对DHS进行分析,找到16个可能与egfr基因启动子区DHS序列相结合的转录因子。结论在egfr基因表达阳性的细胞系中,egfr基因启动子区存在DHS,可能是转录因子的结合区。这些实验结果为研究egfr基因启动子区空间构象、预测转录因子结合位点提供了部分实验依据。 展开更多
关键词 连接介导pcr DNaseⅠ高敏感位点 EGFR基因 启动子
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慢病毒载体在人角质形成细胞基因组中的整合位点分析
7
作者 钱卫 彭代智 +7 位作者 王丽华 刘小玲 李睿夫 舒文婷 何传果 刘潇 周新 刘敬 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期24-28,共5页
目的检测慢病毒载体(lentiviral vector)在人角质形成细胞基因组中的整合位点,初步分析慢病毒载体在表皮细胞基因组中的整合位点分布规律。方法以本课题组前期研究中构建的慢病毒载体感染的人永生化角质形成细胞系为研究对象,应用连接介... 目的检测慢病毒载体(lentiviral vector)在人角质形成细胞基因组中的整合位点,初步分析慢病毒载体在表皮细胞基因组中的整合位点分布规律。方法以本课题组前期研究中构建的慢病毒载体感染的人永生化角质形成细胞系为研究对象,应用连接介导PCR(ligation-mediated PCR,LM-PCR)技术克隆慢病毒载体在其基因组中的整合位点序列,测序克隆片段后经在线工具GTSG-QuickMap在人类基因组上定位,从而得到整合位点。再从整合位点分布与染色体、基因及其转录起始位点的关系来分析慢病毒载体在人角质形成细胞基因组中的整合倾向性。结果对1 148个阳性转化子DNA测序及定位分析,共得到199个整合位点。与GTSG-QuickMap模拟的随机对照相比,慢病毒载体的整合频率在第4、5、15、16号染色体上、基因转录起始位点上游5 kb至50 kb范围内显示出统计学显著性差异。结论慢病毒载体倾向于整合在人角质形成细胞基因组中的基因转录起始位点附近区域,而并不倾向于整合在基因内部的整合模式。 展开更多
关键词 慢病毒载体 人角质形成细胞 连接介导pcr 整合位点 整合频率 整合倾向
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外源基因插入位点旁侧序列的研究方法及进展 被引量：2
8
作者 刘蓓 《农业与技术》 2012年第4期97-97,共1页
外源基因插入位点的研究,是转基因植株分子检测的一项重要内容。本文综述了近些年用于旁侧序列测定的染色体步移技术及其发展,介绍了基于基因组文库和PCR的染色体步移技术。同时总结了基因组文库步移、反向PCR、锅饼PCR、T-linker PCR和... 外源基因插入位点的研究,是转基因植株分子检测的一项重要内容。本文综述了近些年用于旁侧序列测定的染色体步移技术及其发展,介绍了基于基因组文库和PCR的染色体步移技术。同时总结了基因组文库步移、反向PCR、锅饼PCR、T-linker PCR和TAIL-PCR的原理及其特点,以期在实验方法的选择上提供参考意见。 展开更多
关键词 旁侧序列染色体步移基因组文库反向pcr 连接介导pcr 随机引物pcr
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