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细菌比较基因组学和进化基因组学 被引量:9
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作者 周冬生 杨瑞馥 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2003年第5期31-34,43,共5页
通过比较不同细菌基因组间差异性与相似性,进而深入研究其分子机理,最终与其表型特征联系起来,是为比较基因组学;不同细菌经过长期进化,其基因组在结构与功能上存在着明显的分化,并构成表型进化的遗传基础,大量细菌全基因组测序的完成,... 通过比较不同细菌基因组间差异性与相似性,进而深入研究其分子机理,最终与其表型特征联系起来,是为比较基因组学;不同细菌经过长期进化,其基因组在结构与功能上存在着明显的分化,并构成表型进化的遗传基础,大量细菌全基因组测序的完成,细菌进化基因组学应运而生;以比较基因组学为研究手段,细菌进化基因组学可从基因组水平深入认识物种分化、生境适应、毒力进化、耐药性产生蔓延等表型进化过程。 展开更多
关键词 细菌 基因 比较基因组学 进化基因组学
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高原鼢鼠肉碱棕榈酰基转移酶基因的进化和表达 被引量:1
2
作者 杜波 胡庆飞 +2 位作者 马凡 魏登邦 安志芳 《野生动物学报》 北大核心 2025年第2期281-290,共10页
为深入了解高原鼢鼠(Eosplax baileyi)高原适应性的生物学基础,应用生物信息学相关软件分析高原鼢鼠肉碱棕榈酰基转移酶1A(carnitine palmitoyl transferase 1A,CPT-1A)基因序列的同源性和趋同进化位点,利用qRT-PCR方法测定不同海拔条件... 为深入了解高原鼢鼠(Eosplax baileyi)高原适应性的生物学基础,应用生物信息学相关软件分析高原鼢鼠肉碱棕榈酰基转移酶1A(carnitine palmitoyl transferase 1A,CPT-1A)基因序列的同源性和趋同进化位点,利用qRT-PCR方法测定不同海拔条件下(3700 m和2700 m)高原鼢鼠肝脏、骨骼肌和脂肪组织中CPT-1A基因的表达水平。结果表明:高原鼢鼠CPT-1A基因与盲鼹鼠(Nannospalax galili)的同源性最高;高原鼢鼠、盲鼹鼠和裸鼹鼠(Heterocephalus glaber)3种地下鼠CPT-1A存在明显的趋同进化位点;随着海拔的升高,高原鼢鼠背部脂肪组织中CPT-1A基因表达水平显著升高;不同组织之间的比较发现,肝脏组织中CPT-1A基因表达量最高。以上结果提示,高原鼢鼠CPT-1A基因在进化过程中形成了特定的适应性突变,低氧上调高原鼢鼠脂肪组织中CPT-1A基因的表达,这可能与高原鼢鼠适应地下寒冷、低氧和高二氧化碳浓度的洞道生境有关,是高原鼢鼠适应地下洞道生境的分子机制之一。 展开更多
关键词 高原鼢鼠 肉碱棕榈酰基转移酶1A 基因进化 基因表达 低氧环境
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基因组进化过程中的基因丢失机制与功能研究进展
3
作者 周熠 刘勇波 《生物技术通报》 北大核心 2025年第6期38-48,共11页
基因丢失在生物中广泛存在,是基因组进化的重要机制,对生物的环境适应和物种分化具有重要意义。然而,基因丢失如何发生以及会造成怎样影响等尚未完全阐明。本文综述了基因丢失的分子机制、功能和偏好性等方面的研究进展。基因丢失主要由... 基因丢失在生物中广泛存在,是基因组进化的重要机制,对生物的环境适应和物种分化具有重要意义。然而,基因丢失如何发生以及会造成怎样影响等尚未完全阐明。本文综述了基因丢失的分子机制、功能和偏好性等方面的研究进展。基因丢失主要由DNA复制错误、转座活动和染色体结构变异等内在机制引发,并受到遗传漂变和自然选择等进化因素的影响。基因丢失可能通过优化资源利用、简化代谢途径和增强环境适应性,从而提高生物的生存和繁殖能力。然而,关键功能基因的丢失可能削弱生物对环境变化的适应能力,并进一步增加生存风险。基因丢失表现出非随机的偏好性,受基因功能、表达水平、剂量敏感性、基因组位置和蛋白质网络结构等因素影响。基因丢失与基因复制、水平基因转移等机制相互作用,共同维持了基因组“获得-丢失”的动态平衡。未来研究应进一步关注基因丢失的代价与风险,解析其在调控适应性策略中的具体机制及其对环境适应的影响,并探讨其在物种分化和适应性进化中的作用,从而推动其在遗传及生物工程育种等领域的应用。 展开更多
关键词 基因丢失 基因进化 适应性进化 基因功能 丢失偏好性
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螺旋果苜蓿组叶绿体基因组进化和系统发育分析 被引量:1
4
作者 邓鸟絮 罗中元 +2 位作者 孙志轩 孟静 赵雁 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期2394-2407,共14页
本文采用Illumina NovaSeq 6000平台对螺旋果苜蓿组3个国审品种进行叶绿体基因组测序、组装和注释,并与南苜蓿(Medicago polymorpha)、天蓝苜蓿(M.lupulina)和小苜蓿(M.minima)进行比较分析。结果表明:‘楚雄’南苜蓿(M.polymorpha‘Chu... 本文采用Illumina NovaSeq 6000平台对螺旋果苜蓿组3个国审品种进行叶绿体基因组测序、组装和注释,并与南苜蓿(Medicago polymorpha)、天蓝苜蓿(M.lupulina)和小苜蓿(M.minima)进行比较分析。结果表明:‘楚雄’南苜蓿(M.polymorpha‘Chuxiong’)、‘淮阴’南苜蓿(M.polymorpha‘Huaiyin’)和‘陇东’天蓝苜蓿(M.lupulina‘Longdong’)叶绿体基因组长分别为123472 bp,124229 bp和124107 bp,总GC含量分别为:34.2%,34.1%和34.2%,共编码110~111个基因。首次发现‘陇东’天蓝苜蓿具有一个226 bp的IR(Inverted repeat lacking clade)区特征序列(含rps12基因)。‘楚雄’南苜蓿和‘淮阴’南苜蓿各有17个内含子,但‘陇东’天蓝苜蓿只有14个内含子。在6个材料基因组中,在替换率加快的accD和ycf1中检测到简单重复序列,替换率加快可能与简单重复序列插入有关。系统进化树表明,‘楚雄’南苜蓿和‘淮阴’南苜蓿与南苜蓿亲缘关系较近,‘陇东’天蓝苜蓿与天蓝苜蓿亲缘关系最近。本研究为螺旋果苜蓿组分类和叶绿体基因组反向重复区研究提供理论依据。 展开更多
关键词 螺旋果苜蓿组 叶绿体基因进化 重复序列分析 系统发育
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双系统协同进化的基因表达式编程及其在函数发现中的应用 被引量:3
5
作者 王超学 吴书玲 张婧菁 《计算机工程与科学》 CSCD 北大核心 2016年第11期2314-2320,共7页
受人类进化过程的启发,提出了一种双系统协同进化的基因表达式编程算法DSCE-GEP。DSCE-GEP由自然进化系统和人工干预系统组成。人工干预系统包括个体干预和种群干预。个体干预是依据基因库对种群中的个体进行去劣和增优操作,旨在改善种... 受人类进化过程的启发,提出了一种双系统协同进化的基因表达式编程算法DSCE-GEP。DSCE-GEP由自然进化系统和人工干预系统组成。人工干预系统包括个体干预和种群干预。个体干预是依据基因库对种群中的个体进行去劣和增优操作,旨在改善种群中个体的质量;种群干预通过引入随机和镜像个体来提高种群的多样性和全局寻优能力。与权威文献中改进的GEP关于函数发现问题的大量对比实验表明,本文算法在收敛速度、求解质量方面优于对比算法,具有明显的竞争力。 展开更多
关键词 双系统协同进化基因表达式编程 基因 人工干预系统 函数发现问题
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鼠疫耶尔森菌基因组进化与生态位适应研究 被引量:77
6
作者 周冬生 韩延平 +18 位作者 宋亚军 童宗中 裴德翠 戴二黑 张玲 包静月 李敏 崔百忠 张秀清 王津 郭兆彪 祁芝珍 金丽霞 翟俊辉 杜宗敏 王效义 汪建 黄培堂 杨瑞馥 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期204-210,共7页
目的 探索鼠疫耶尔森菌基因组进化的基本规律及其与该菌在自然界适应性演化之间的内在联系。方法 对 36株鼠疫耶尔森菌和 7株假结核耶尔森菌进行芯片比较基因组分析 ,鉴定差异区段 (DFR) ,并对 2 6 0株鼠疫耶尔森菌进行PCR验证 ,分析... 目的 探索鼠疫耶尔森菌基因组进化的基本规律及其与该菌在自然界适应性演化之间的内在联系。方法 对 36株鼠疫耶尔森菌和 7株假结核耶尔森菌进行芯片比较基因组分析 ,鉴定差异区段 (DFR) ,并对 2 6 0株鼠疫耶尔森菌进行PCR验证 ,分析各DFR在这些鼠疫耶尔森菌中的分布 ,同时进行基因组岛分析。结果 在鼠疫耶尔森菌基因组中鉴定出 2 2个DFR ,基于DFR图谱 ,将鼠疫耶尔森菌中国分离株分成 14个基因组型。鼠疫耶尔森菌共有 2 1个基因组岛 ,其中 18个已存在于假结核杆菌中 ,余下 3个为鼠疫耶尔森菌独有。结论 探明了各基因组岛在鼠疫耶尔森菌和假结核耶尔森菌间的差异分布 ,探究了鼠疫耶尔森菌的起源进化 ;建立了鼠疫耶尔森菌基因组分型系统 ;建立了各基因组型别间的系统发育关系 ,初步揭示了鼠疫耶尔森菌基因组的进化规律及其与鼠疫耶尔森菌生态位适应和鼠疫疫源地扩展之间的关系 。 展开更多
关键词 耶尔森氏菌 鼠疫 DNA芯片 基因进化 生态位适应
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甲型流感病毒血凝素基因的进化与分型研究 被引量:4
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作者 熊成龙 张志杰 +5 位作者 梁笛 蒋露芳 陆一涵 居丽雯 陈跃 姜庆五 《复旦学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期324-328,共5页
目的分析甲型流感病毒各亚型血凝素基因的系统发育特征,探讨甲型流感病毒血凝素基因的起源与演化规律。方法从互联网获取甲型流感16个亚型的基因序列资料,运用DNAStar、Clustal X1.83、MEGA 4及PHYLIP 3.67等生物信息学软件对其进行系... 目的分析甲型流感病毒各亚型血凝素基因的系统发育特征,探讨甲型流感病毒血凝素基因的起源与演化规律。方法从互联网获取甲型流感16个亚型的基因序列资料,运用DNAStar、Clustal X1.83、MEGA 4及PHYLIP 3.67等生物信息学软件对其进行系统发育关系研究。结果 16个亚型的甲型流感病毒的血凝素基因能够按照各自的血清亚型实现聚类,亚型内各基因的遗传距离在0.10231~0.22516厘摩(centimorgan,cM,SE为0.006~0.011)之间不等,按照系统发育关系,16个血清亚型可以分为5个大的进化簇:亚型H1、H2、H5与H6构成A簇,H8、H9与H12构成B簇,H11、H13与H16构成C簇,H7、H10与H15构成D簇,H3、H4与H14构成E簇,其中A簇、B簇与C簇可进一步聚类为一个进化群,而D簇与E簇也可以进一步聚类为另一进化群。结论按血凝素基因的序列信息可将甲型流感病毒分为5个进化簇并进而分为两个进化群。 展开更多
关键词 甲型流感病毒 血凝素 基因进化 基因分型
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猪圆环病毒3型的检测及其全基因进化分析 被引量:6
8
作者 葛菲菲 李鑫 +4 位作者 刘健 鞠厚斌 杨德全 王建 周锦萍 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2018年第4期6-10,共5页
本研究对2016年3月~2017年3月采集于上海市猪场的20份病料进行了病原体检测,并对检测到的圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV3)进行了全基因分析。检测结果显示:猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory s... 本研究对2016年3月~2017年3月采集于上海市猪场的20份病料进行了病原体检测,并对检测到的圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV3)进行了全基因分析。检测结果显示:猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRSV)阳性病料1份,而猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)、猪伪狂犬病毒(Pseudorabies virus,PRV)、猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)、猪细小病毒(Porcine parvovirus,PPV)、猪乙脑病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)均为阴性;PCV3阳性病料2份,其中1份为PCV3和PRRSV混合感染。对这2株PCV3进行全基因测序和Blast分析,并绘制PCV3全基因、囊膜蛋白基因的遗传进化树,结果显示:与这2株病毒基因同源性最高的毒株为CN/Hubei-618/2016,同源性为99%;在全基因进化树中,这2株毒株和中国来源的PCV3毒株以及美国毒株PCV3/USA/MO2015(Gen Bank登录号:KX778720.1)在同一群中;在囊膜蛋白基因的进化树中,这2株PCV3属于PCV3a。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型 混合感染 基因进化分析
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10株绿僵菌菌株分类地位的多基因系统进化分析 被引量:12
9
作者 王萌 殷幼平 +2 位作者 王中康 刘娟娟 廖玉凤 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期14-21,共8页
为确定10株高效杀虫绿僵菌菌株的分类地位,通过克隆、测序10株绿僵菌菌株的ef1-α、rpb1、rpb2、β-tubulin部分序列进行多基因系统进化分析,并结合形态特征确定10株绿僵菌菌株的分类地位。结果表明多基因分子鉴定在绿僵菌菌种的划分上... 为确定10株高效杀虫绿僵菌菌株的分类地位,通过克隆、测序10株绿僵菌菌株的ef1-α、rpb1、rpb2、β-tubulin部分序列进行多基因系统进化分析,并结合形态特征确定10株绿僵菌菌株的分类地位。结果表明多基因分子鉴定在绿僵菌菌种的划分上较单基因更为准确,结合多基因系统进化分析结果和形态学特征,将CQMa114、CQMa117、CQMa125、CQMa126、CQMa128归为大孢绿僵菌,CQMa102归为蝗绿僵菌,CQMa132、CQMa135归为贵州绿僵菌,菌株CQMa138、CQMa140与其他绿僵菌亲缘关系较远,有可能为绿僵菌属的新种或新的分类单位。 展开更多
关键词 绿僵菌 分类鉴定 基因系统进化分析 形态学
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基于TRIZ和基因进化理论的产品功能原理创新 被引量:4
10
作者 黄水平 刘晓敏 罗祥 《中国工程机械学报》 北大核心 2016年第4期288-294,共7页
针对传统的功能定义对产品功能作用原理描述的局限性,提出一种基于特征的产品功能表达通用模型.通过对产品功能原理设计和生物基因进化方面类比结果的相似性分析,引入产品功能特征基因概念模型.阐述了产品功能特征的基因变异机理,包括... 针对传统的功能定义对产品功能作用原理描述的局限性,提出一种基于特征的产品功能表达通用模型.通过对产品功能原理设计和生物基因进化方面类比结果的相似性分析,引入产品功能特征基因概念模型.阐述了产品功能特征的基因变异机理,包括重组、定位诱变、自发突变、转录及翻译等知识,揭示出产品功能特征基因模型在功能原理设计中的重要作用.最后,构建一种基于TRIZ与基因进化理论的产品集成创新设计过程模型,并以智能割草机器人调高机构装置为例对该模型进行了验证,获得了理想的产品功能原理设计创新方案. 展开更多
关键词 功能特征 基因模型 原理创新 TRIZ 基因进化
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序列消除与异源多倍体植物基因组的进化 被引量:8
11
作者 刘爱华 王建波 《武汉植物学研究》 CSCD 2004年第2期158-162,共5页
经杂交后多倍化形成的异源多倍体植物,被认为在其形成的早期阶段经历了DNA序列消除过程。发生消除的序列既涉及到高拷贝的序列也有低拷贝的序列,而且大多数情况下倾向于消除来自其中一个亲本的序列。序列消除的模式因基因组组成和物种... 经杂交后多倍化形成的异源多倍体植物,被认为在其形成的早期阶段经历了DNA序列消除过程。发生消除的序列既涉及到高拷贝的序列也有低拷贝的序列,而且大多数情况下倾向于消除来自其中一个亲本的序列。序列消除的模式因基因组组成和物种的不同而有差异,并且可能受到细胞质的影响。尽管序列消除的分子机制还不是很清楚,但很多证据已表明非同源染色体之间的互作不是主要的原因。目前认为,序列消除增加了非同源染色体之间的差异,为多倍化后在减数分裂过程中快速恢复二倍化的染色体配对模式提供了物质基础,这样更有利于多倍体在自然界快速稳定。 展开更多
关键词 异源多倍体 序列消除 基因进化
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入侵检测免疫模型中抗体基因库的生成和进化 被引量:6
12
作者 杨孔雨 王秀峰 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2003年第7期26-28,共3页
文中简要分析了当前入侵检测技术存在的问题和发展方向,结合人体免疫理论,提出一种基于检测代理的分布式网络入侵检测免疫模型。为了提高免疫系统识别异常的轻负荷和适应性,引入粗集理论的约简算法,用于待检数据的预处理和抗体基因库的... 文中简要分析了当前入侵检测技术存在的问题和发展方向,结合人体免疫理论,提出一种基于检测代理的分布式网络入侵检测免疫模型。为了提高免疫系统识别异常的轻负荷和适应性,引入粗集理论的约简算法,用于待检数据的预处理和抗体基因库的生成,并结合抗体进化原理不断对基因实施进化。该模型可降低待检数据的冗余,保持抗体基因的进化和适应性,提高入侵检测的效率和准确性。 展开更多
关键词 入侵检测 免疫系统 抗体基因 粗集约简 基因进化
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鱼类Hox基因簇结构、表达和进化方面研究进展 被引量:4
13
作者 耿波 孙效文 《水产学杂志》 CAS 2012年第4期60-64,68,共6页
Hox基因(homeobox genes,同源异型盒基因)是一类含有同源框、参与动物早期胚胎发育的关键基因。其在胚胎发育中的表达水平对组织和器官的形成有重要的调控作用。脊索动物如文昌鱼(Branchiostoma floridae)有1个Hox基因簇,包括15个基因;... Hox基因(homeobox genes,同源异型盒基因)是一类含有同源框、参与动物早期胚胎发育的关键基因。其在胚胎发育中的表达水平对组织和器官的形成有重要的调控作用。脊索动物如文昌鱼(Branchiostoma floridae)有1个Hox基因簇,包括15个基因;哺乳动物有4个基因簇,各含有约13个Hox基因,位于4条染色体上;硬骨鱼类的连锁群更多,如斑马鱼(拉丁名)基因组中有7个Hox基因连锁群。分析不同鱼类的同源框基因家族(Homobox gene family,Hox)的结构组成,揭示Hox基因家族在不同进化时间的进化动态和规律,以更好地阐释在新基因形成、物种分化以及维持遗传系统稳定性等作用,探讨DNA序列的同源性和不同物种间的亲缘关系,这对于保护生物多样性,尤其是遗传多样性、揭示生物进化历程及其机理具有参考意义。 展开更多
关键词 同源框基因 基因 平行进化同源基因
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新甲型H1N1流感与中国甲型H1流感HA基因进化比较研究 被引量:3
14
作者 任晓卫 赵耐青 +2 位作者 居丽雯 姜庆五 蒋露芳 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2010年第2期136-138,共3页
目的比较新甲型H1N1流感与中国甲型H1亚型流感病毒HA基因的进化。方法用非度量多维尺度法分析下载自GenBank的中国人和猪甲型H1亚型流感HA序列及WHO北半球流感疫苗推荐株HA序列和新甲型H1N1流感HA序列,构建HA基因进化图谱。结果新甲型H... 目的比较新甲型H1N1流感与中国甲型H1亚型流感病毒HA基因的进化。方法用非度量多维尺度法分析下载自GenBank的中国人和猪甲型H1亚型流感HA序列及WHO北半球流感疫苗推荐株HA序列和新甲型H1N1流感HA序列,构建HA基因进化图谱。结果新甲型H1N1流感病毒HA基因与猪甲型H1亚型流感病毒的亲缘关系较近,而和中国人甲型H1亚型流感病毒及WHO近年推荐的疫苗株亲缘关系很远,并且新甲型H1N1流感病毒HA序列在进化上与中国猪甲型H1亚型流感病毒仍然存在一定距离。结论从基因层面上提示我国人群既往免疫和疫苗对新甲型H1N1流感可能不能提供有效保护,病毒有可能会在人群中流行。同时分析结果提示了尚无证据表明这次始于北美的新甲型H1N1流感来自中国。 展开更多
关键词 新甲型H1N1流感 多维尺度法 HA基因进化
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细菌基因组进化的分子策略 被引量:13
15
作者 周冬生 杨瑞馥 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2004年第1期34-41,共8页
论述了细菌基因组进化的 4个分子策略 :点突变 ,基因组内重排 ,基因水平转移 ,基因缺失。从经典的达尔文进化论角度探讨了细菌基因组进化与表型进化的关系。
关键词 细菌 基因进化 表型进化 点突变 基因组内重排 基因水平转移 基因缺失
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全基因组范围禾本科植物GPX基因家族的进化分析和表达模式研究 被引量:3
16
作者 杨雪 刘翠晶 杨美英 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2016年第10期176-183,192,共9页
【目的】研究禾本科植物谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)基因家族的序列及其在正常生长和胁迫条件下的表达差异,为揭示GPX基因在植物抵抗逆境胁迫中的作用奠定基础。【方法】利用生物信息学方法,分析水稻、短柄草、高粱中18个GPX基因的序列... 【目的】研究禾本科植物谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)基因家族的序列及其在正常生长和胁迫条件下的表达差异,为揭示GPX基因在植物抵抗逆境胁迫中的作用奠定基础。【方法】利用生物信息学方法,分析水稻、短柄草、高粱中18个GPX基因的序列特点、基因结构和系统进化关系;采用反转录PCR(RT-PCR)方法,分析18个GPX基因在正常生长以及1-氯-2,4-二硝基苯(CDNB)、双氧水(H2O2)、莠去津(Atrazine)和水杨酸(SA)处理后,水稻、短柄草和高粱的根、茎、成熟叶、幼叶、叶鞘,以及正常生长条件下发芽2d后幼苗根和芽中的表达情况。【结果】从水稻、短柄草和高粱基因组中分别鉴定出6,5,7个GPX基因,这些基因编码长度为168-251个氨基酸的蛋白,分子质量介于18.44-27.42ku。系统发生分析发现,3个物种至少有7个最近的共同祖先GPX基因,物种分化之后水稻和短柄草分别丢失1个和2个GPX基因。序列相似性分析发现,3个物种GPX蛋白具有较高的序列相似性,介于38.0%-95.2%,且不同基因簇中GPX序列的分化速率不同。3个物种GPX基因具有保守的基因结构,但SbGPX7发生了内含子插入事件,预示着其与其他GPX基因之间功能的分化。表达模式分析发现,3个物种的18个GPX基因中有15个在所有检测样品中均为组成型表达,3个GPX基因(水稻2个、高粱1个)为选择性表达,表达模式的分化预示着功能的分化。【结论】作为植物保护细胞免受氧化损伤的重要酶类,禾本科3个物种的GPX基因在进化过程中发生了功能分化。 展开更多
关键词 谷胱甘肽过氧化物酶 禾本科 基因进化分析 基因表达模式
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2018年广西7种鸟类的新城疫病毒病原学监测和F基因遗传进化分析 被引量:1
17
作者 曾婷婷 谢丽基 +7 位作者 谢芝勋 罗思思 李孟 黄娇玲 张民秀 张艳芳 范晴 邓显文 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2020年第12期9-13,共5页
为跟踪监测2018年广西的鸟类携带新城疫病毒(NDV)情况,本试验采集了鹧鸪、山鸡、鹌鹑、珠颈斑鸠、斑鸠、野鸭和鸽子共7种鸟类的咽喉/泄殖腔棉拭子样品共904份,对其进行NDV分离、RT-PCR鉴定和F基因遗传进化分析。结果显示,共获得17株NDV... 为跟踪监测2018年广西的鸟类携带新城疫病毒(NDV)情况,本试验采集了鹧鸪、山鸡、鹌鹑、珠颈斑鸠、斑鸠、野鸭和鸽子共7种鸟类的咽喉/泄殖腔棉拭子样品共904份,对其进行NDV分离、RT-PCR鉴定和F基因遗传进化分析。结果显示,共获得17株NDV,其中鸽源NDV 3份,山鸡源NDV 2份,鹌鹑源NDV 1份,鹧鸪源NDV 2份,斑鸠源NDV 5份,珠颈斑鸠源NDV 4份。17个毒株之间的F基因的核苷酸相似性为71.1%~100%,与弱毒疫苗株LaSota的核苷酸相似性为71.1%~99.8%,与经典强毒F48E9的核苷酸相似性为71.5%~90.2%。遗传进化分析显示,17株NDV包含CLASSⅠ基因1b亚型(2/17),CLASSⅡ基因Ⅰ型(4/17)和CLASSⅡ基因VI型(11/17)3种基因型。11株CLASSⅡ基因VI型NDV中有10株属于VIk亚型,1株属于VIj亚型,与广西地区的鸽源NDV亲缘关系紧密。表明鸟类和养殖鸽群存在NDV互相传播的现象,需要密切跟踪NDV流行分布和致病性变化情况,同时也为NDV的流行传播研究提供了科学参考。 展开更多
关键词 新城疫病毒 鸟类 病原学监测 F基因进化分析
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寄生蜂细胞色素P450基因家族进化分析 被引量:5
18
作者 尹传林 叶昕海 +3 位作者 陈梦瑶 梅洋 肖花美 李飞 《中国生物防治学报》 CSCD 北大核心 2019年第3期335-342,共8页
寄生蜂是重要的天敌昆虫,被广泛应用于生物防治,但在实际生产应用中面临诸多问题,如环境适应性和耐药性问题。细胞色素P450是真核生物中广泛存在的超基因家族酶系,参与农药、植物次生代谢物及环境有害物质等的代谢,同时也参与昆虫体内... 寄生蜂是重要的天敌昆虫,被广泛应用于生物防治,但在实际生产应用中面临诸多问题,如环境适应性和耐药性问题。细胞色素P450是真核生物中广泛存在的超基因家族酶系,参与农药、植物次生代谢物及环境有害物质等的代谢,同时也参与昆虫体内多种内源性化合物的合成与代谢。本文通过对植食性榕小蜂和9种寄生蜂基因组数据的生物信息学分析,共获得615个P450基因,分析表明不同寄生蜂P450基因家族的差异主要发生在CYP3和CYP4簇,而CYP2和Mito簇相对保守;相较于外寄生蜂,内寄生蜂的P450超基因家族有明显的收缩现象;此外,发现了2个在寄生蜂中1:1:1高度保守的P450基因,CYP18和CYP314,以及茧蜂特有的CYP304基因和内寄生蜂特有的CYP28基因。本研究从基因组水平系统地分析了寄生蜂P450超基因家族的进化,为寄生蜂的遗传改良和规模化饲养等提供理论基础。 展开更多
关键词 寄生蜂 P450基因 基因家族进化分析 内寄生与外寄生
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番茄Mi-1基因调控元件及同源基因进化分析 被引量:2
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作者 刘子记 刘维侠 +1 位作者 牛玉 杨衍 《江苏农业科学》 2020年第18期66-71,共6页
为阐明Mi-1基因转录调控元件及同源基因进化特点,从番茄品种京番308中克隆Mi-1基因起始密码子上游序列,选取转录起始位点上游1432 bp的序列进行启动子顺式调控元件分析,分析结果表明,Mi-1启动子除了含有核心元件外,还含有光响应元件、... 为阐明Mi-1基因转录调控元件及同源基因进化特点,从番茄品种京番308中克隆Mi-1基因起始密码子上游序列,选取转录起始位点上游1432 bp的序列进行启动子顺式调控元件分析,分析结果表明,Mi-1启动子除了含有核心元件外,还含有光响应元件、脱落酸响应元件、茉莉酸甲酯响应元件、低温响应元件、防御与胁迫响应元件等。Mi-1同源基因进化分析结果表明,Mi-1同源基因既包括旁系同源基因,也包括直系同源基因。当同源指数为0.70时,番茄、马铃薯、辣椒中含有Mi-1同源基因,与辣椒相比,番茄与马铃薯的亲缘关系更近。结果可为进一步研究Mi-1基因的调控表达和进化规律奠定基础。 展开更多
关键词 番茄 根结线虫抗性 启动子 同源基因 基因进化 顺式调控元件
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福建部分沿海地区真鲷虹彩病毒病初步调查及基因进化分析 被引量:2
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作者 林雪玲 张志灯 《福建农业学报》 CAS 2013年第12期1208-1212,共5页
采集鱼样品25批,利用PCR检测方法对我国福建部分沿海地区真鲷虹彩病毒病(RSIVD)情况进行初步调查,对调查阳性结果的PCR扩增片段和阳性病毒株MCP基因PCR扩增片段进行测序分析,同时,与GenBank的虹彩病毒科各个属MCP全基因代表株进行同源... 采集鱼样品25批,利用PCR检测方法对我国福建部分沿海地区真鲷虹彩病毒病(RSIVD)情况进行初步调查,对调查阳性结果的PCR扩增片段和阳性病毒株MCP基因PCR扩增片段进行测序分析,同时,与GenBank的虹彩病毒科各个属MCP全基因代表株进行同源性比较。初步调查结果表明,我国福建部分沿海地区共检出2批RSIVD阳性样品,受感染鱼种为大黄鱼和斜带髭鲷,将获得的大黄鱼源虹彩病毒、斜带髭鲷虹彩病毒分别命名为RISV-FJ-DHY和RISV-FJ-XDZD;通过基因全序列比对和绘制同源树,结果显示,分离的2例病毒株均属于虹彩病毒科细胞肿大病毒属,RISV-FJ-DHY与2002年分离的大黄鱼病毒株发生了一定的变异,而RISV-FJ-XDZD遗传性状稳定。 展开更多
关键词 真鲷虹彩病毒病 (RSIVD) 初步调查 基因进化分析
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