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血流感染诊断生物标志物预测及免疫细胞浸润分析 被引量:1
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作者 李彬 刘睿鹏 +6 位作者 吴磊 杜叶 卢文婷 周山清 刘日慧 邓梦雨 梅汝槐 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期911-923,共13页
目的 通过生物信息学与机器学习识别血流感染(blood stream infections, BSI)患者的相关诊断生物标志物、发病机制及免疫细胞浸润水平,寻找新的药物靶标。方法 从高通量基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中获取了BSI相关基... 目的 通过生物信息学与机器学习识别血流感染(blood stream infections, BSI)患者的相关诊断生物标志物、发病机制及免疫细胞浸润水平,寻找新的药物靶标。方法 从高通量基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中获取了BSI相关基因表达数据集。使用R语言进行差异表达基因(differentially expressed gene,DEG)筛选,然后进行基因富集分析。使用加权基因共表达网络分析(weighted correlation network analysis,WGCNA)筛选的关键模块基因。通过使用两种机器学习算法来识别中心基因。在外部数据集中使用受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic,ROC)和箱线图模型来验证中心基因的诊断效能。通过CIBERSORT反卷积算法分析免疫细胞浸润水平。结果 本研究得到了330个加权基因共表达网络关键模块基因和DEGs的交集基因。基因富集分析结果显示,免疫和炎症相关通路被显著富集。通过机器学习和外部数据库验证共得到8个潜在生物标志物,ROC分析显示,8个潜在生物标志物曲线下面积(area under curve,AUC)均大于0.9。免疫细胞浸润分析表明,所有诊断标生物标志物都可能与免疫细胞有着不同程度的相关性。结论 通过生物信息学和机器学习方法,确定了潜在生物标志物,并构建了BSI诊断模型。本研究可以为BSI患者提供潜在的外周血诊断生物标志物,为BSI发病机制、新型治疗靶点和新药研发提供新的方向。 展开更多
关键词 血流感染 生物信息学 机器学习 诊断生物标志物 免疫细胞浸润分析
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结核病诊断生物标志物研究进展
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作者 姜治强 刘蒙达 +7 位作者 孙翔翔 亓菲 南文龙 邵卫星 常璐 孙淑芳 张皓博 樊晓旭 《中国动物检疫》 CAS 2024年第10期53-62,共10页
结核病由结核分枝杆菌复合群(Mycobacterium tuberculosis complex,MTBC)引起,对全球人类和动物健康造成了较大威胁。MTBC成员基因组序列相似性较高,鉴别难度较大。而现有诊断生物标志物在结核病早期诊断、潜伏性结核分枝杆菌感染与活... 结核病由结核分枝杆菌复合群(Mycobacterium tuberculosis complex,MTBC)引起,对全球人类和动物健康造成了较大威胁。MTBC成员基因组序列相似性较高,鉴别难度较大。而现有诊断生物标志物在结核病早期诊断、潜伏性结核分枝杆菌感染与活动性结核病状态鉴别、治疗效果评估等方面还存在不足。随着分子生物学技术的发展和临床研究的不断深入,更多新的结核病诊断生物标志物不断被发掘。本文从结核病病原和宿主两个方面,系统归纳了DNA、RNA、脂阿拉伯糖甘露聚糖(LAM)、蛋白质、细胞因子、代谢产物等结核病诊断相关生物标志物的研究进展及应用现状,以期为结核病诊断生物标志物的应用及相关诊断技术和产品的研发提供依据和方向。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌复合群 结核病 诊断生物标志物
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SEPT9与RNF180基因甲基化检测在早期胃癌筛查中的诊断价值 被引量:14
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作者 曹长琦 常琳 吴齐 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2019年第24期1251-1255,共5页
目的:胃癌在恶性肿瘤死亡率排名中位居前列,由于诊断时通常为进展期,因此预后较差。无创的早期胃癌(early gastric cancer,EGC)筛查技术,对提高患者5年生存率、降低癌症相关死亡率非常重要。本研究探讨外周血中SEPT9和RNF180的甲基化对... 目的:胃癌在恶性肿瘤死亡率排名中位居前列,由于诊断时通常为进展期,因此预后较差。无创的早期胃癌(early gastric cancer,EGC)筛查技术,对提高患者5年生存率、降低癌症相关死亡率非常重要。本研究探讨外周血中SEPT9和RNF180的甲基化对EGC的诊断价值。方法:本研究共纳入74例EGC患者(EGC组),99例胃良性疾病患者(胃良性疾病组),包括炎症、息肉、肠上皮化生、胃良性溃疡等,以及57例健康受试者(健康对照组)。对上述3组患者外周血中SEPT9和RNF180的甲基化进行检测,计算敏感度、特异度、阳性预测值和阴性预测值,并计算ROC曲线下面积(AUC)。结果:SEPT9甲基化对EGC的敏感度为28.3%(95%CI:18.5%~40.0%),特异度为94.2%(95%CI:89.3%~97.3%),AUC为0.616(95%CI:52.0%~71.1%)。RNF180甲基化的敏感度为32.4%(95%CI:22.0%~44.3%),特异度89.7%(95%CI:83.9%~94.0%),AUC为0.636(95%CI:54.2%~73.0%)。两个基因甲基化的联合诊断敏感度为40.5%(95%CI:29.3%~52.6%),特异度为85.3%(95%CI:78.7%~90.4%),AUC为0.650(95%CI:55.7%~74.4%)。结论:SEPT9和RNF180甲基化有可能作为诊断EGC的生物学标志物。 展开更多
关键词 早期胃癌 诊断生物标志 甲基化 SEPT9 RNF180
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Insights on Peripheral Blood Biomarkers for Parkinson’s Disease
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作者 刘经凯 LI Yu-Meng +2 位作者 LIU Jing-Kai CHEN Zi-Xuan DENG Yu-Lin 《生物化学与生物物理进展》 北大核心 2025年第1期72-87,共16页
Parkinson’s disease(PD)is a common neurodegenerative disorder with profound impact on patients’quality of life and long-term health,and early detection and intervention are particularly critical.In recent years,the ... Parkinson’s disease(PD)is a common neurodegenerative disorder with profound impact on patients’quality of life and long-term health,and early detection and intervention are particularly critical.In recent years,the search for precise and reliable biomarkers has become one of the key strategies to effectively address the clinical challenges of PD.In this paper,we systematically evaluated potential biomarkers,including proteins,metabolites,epigenetic markers,and exosomes,in the peripheral blood of PD patients.Protein markers are one of the main directions of biomarker research in PD.In particular,α‑synuclein and its phosphorylated form play a key role in the pathological process of PD.It has been shown that aggregation ofα-synuclein may be associated with pathologic protein deposition in PD and may be a potential marker for early diagnosis of PD.In terms of metabolites,uric acid,as a metabolite,plays an important role in oxidative stress and neuroprotection in PD.It has been found that changes in uric acid levels may be associated with the onset and progression of PD,showing its potential as an early diagnostic marker.Epigenetic markers,such as DNA methylation modifications and miRNAs,have also attracted much attention in Parkinson’s disease research.Changes in these markers may affect the expression of PD-related genes and have an important impact on the onset and progression of the disease,providing new research perspectives for the early diagnosis of PD.In addition,exosomes,as a potential biomarker carrier for PD,are able to carry a variety of biomolecules involved in intercellular communication and pathological regulation.Studies have shown that exosomes may play an important role in the pathogenesis of PD,and their detection in blood may provide a new breakthrough for early diagnosis.It has been shown that exosomes may play an important role in the pathogenesis of PD,and their detection in blood may provide new breakthroughs in early diagnosis.In summary,through in-depth evaluation of biomarkers in the peripheral blood of PD patients,this paper demonstrates the important potential of these markers in the early diagnosis of PD and in the study of pathological mechanisms.Future studies will continue to explore the clinical application value of these biomarkers to promote the early detection of PD and individualized treatment strategies. 展开更多
关键词 Parkinson’s disease peripheral blood biomarkers early diagnosis
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Advances and Challenges of Exosome Metabolomics in Body Fluids
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作者 CAO Yiqing HOU Jingxin +1 位作者 LIU Jianye LI Yan 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2024年第11期1-15,共15页
Exosomes,ubiquitously present in body fluids,serve as non-invasive biomarkers for disease diagnosis,monitoring,and treatment.As intercellular messengers,exosomes encapsulate a rich array of proteins,nucleic acids,and ... Exosomes,ubiquitously present in body fluids,serve as non-invasive biomarkers for disease diagnosis,monitoring,and treatment.As intercellular messengers,exosomes encapsulate a rich array of proteins,nucleic acids,and metabolites,although most studies have primarily focused on proteins and RNA.Recently,exosome metabolomics has demonstrated clinical value and potential advantages in disease detection and pathophysiology,despite significant challenges,particularly in exosome isolation and metabolite detection.This review discusses the significant technical challenges in exosome isolation and metabolite detection,highlighting the advancements in these areas that support the clinical application of exosome metabolomics,and illustrates the potential of exosomal metabolites from various body fluids as biomarkers for early disease diagnosis and treatment. 展开更多
关键词 EXOSOME Metabolomics Body fluid BIOMARKER Disease diagnosis
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环化PDC-E2内硫辛酰区及其在原发性胆汁性胆管炎患者抗线粒体抗体检测中的价值
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作者 陈蕾 李海燕 +1 位作者 张亚琴 帅宗文 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2021年第11期1785-1788,共4页
目的探讨丙酮酸脱氢酶复合物E2亚基(PDC-E2)内硫辛酰区域(ILD)环化后在原发性胆汁性胆管炎(PBC)患者抗线粒体抗体(AMA)检测中的抗原性变化及临床意义。方法利用质粒pTWIN1提供的内含肽自我剪切技术,构建、表达和纯化环状ILD(cILD),采用W... 目的探讨丙酮酸脱氢酶复合物E2亚基(PDC-E2)内硫辛酰区域(ILD)环化后在原发性胆汁性胆管炎(PBC)患者抗线粒体抗体(AMA)检测中的抗原性变化及临床意义。方法利用质粒pTWIN1提供的内含肽自我剪切技术,构建、表达和纯化环状ILD(cILD),采用Western blot法鉴定线状ILD和cILD的抗原性;选择PBC患者316例、类风湿性关节炎(RA)患者34例及健康对照36例,分别以PDC-E2、线状ILD及cILD为包被抗原,ELISA法比较检测受试者血清中AMA的阳性率。结果Western blot结果显示,重组获得的线状ILD和cILD蛋白均具有与AMA结合的免疫原性;分别用PDC-E2、线状ILD及cILD为包被抗原,ELISA法检测AMA阳性率分别为93.04%(294/316)、91.46%(289/316)和85.76%(271/316),其中,cILD为包被抗原检测AMA阳性率低于PDC-E2检测阳性率(85.76%vs 93.04%,P=0.003)和线状ILD检测阳性率(85.76%vs 91.46%,P=0.024);PDC-E2和线状ILD检测AMA的阳性率差异无统计学意义(93.04%vs 91.46%,P=0.744)。PDC-E2和线状ILD检测AMA均呈阴性的21例PBC患者中,cILD检测出38.10%(8/21)的AMA阳性率。结论cILD对AMA的抗原性虽有所下降,但在传统检测AMA呈阴性的PBC患者临床诊断中,可能潜在新的临床实用价值。 展开更多
关键词 原发性胆汁性胆管炎 丙酮酸脱氢酶E2亚单位 抗线粒体抗体 蛋白环化 诊断生物标志物
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