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马铃薯扩展蛋白基因StEXLB1a的表达模式分析及功能初步鉴定
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作者 杜冲 贺付蒙 +6 位作者 隋嘉 赵潇璨 车云竹 张增利 刘丹 王雪 李凤兰 《华北农学报》 北大核心 2025年第5期161-170,共10页
探究马铃薯基因StEXLB1a的表达模式和功能,为后续马铃薯病害的抗性研究提供理论依据。在东北农业大学植物资源与分子生物学实验室前期研究基础上,以马铃薯大西洋品种为材料,克隆了StEXLB1a基因并对其进行了生物信息学、表达模式和抗病... 探究马铃薯基因StEXLB1a的表达模式和功能,为后续马铃薯病害的抗性研究提供理论依据。在东北农业大学植物资源与分子生物学实验室前期研究基础上,以马铃薯大西洋品种为材料,克隆了StEXLB1a基因并对其进行了生物信息学、表达模式和抗病功能初步分析。结果表明:StEXLB1a基因cDNA全长序列768bp,编码255个氨基酸,注释显示其属于扩展蛋白家族基因。亚细胞定位显示,该蛋白定位于细胞壁上。在马铃薯不同组织中,StEXLB1a基因在叶中表达量最高,根和地上茎其次,在花和块茎中最低。在激素(吲哚乙酸、赤霉素、脱落酸)、逆境(高温、低温、盐、干旱)和真菌病害干腐病(燕麦镰孢菌)、细菌病害软腐病(胡萝卜软腐欧文氏菌)及青枯病(茄科雷尔氏菌)等多种胁迫处理下,StEXLB1a基因的表达量在各个处理中均有显著变化。获得过表达转基因马铃薯植株后,接种干腐病致病菌燕麦镰孢菌,转基因比野生型植株叶片受到病菌的侵染严重。过表达植株中的活性氧清除系统相关酶活性发生显著变化,POD、SOD活性受到抑制,MDA含量高于野生型植株,植株受损程度加重。分析结果表明,过表达StEXLB1a的转基因马铃薯植株相较野生型对干腐病的抗病性下降。 展开更多
关键词 马铃薯 扩展蛋白 基因克隆 表达模式分析 功能鉴定
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赤苍藤WRI1基因家族的全基因组鉴定及表达模式分析
2
作者 黄诗宇 田姗姗 +2 位作者 杨天为 高曼熔 张尚文 《生物技术通报》 北大核心 2025年第8期242-254,共13页
【目的】鉴定赤苍藤WRI1转录因子,为进一步探究WRI1在油脂合成中的作用提供基础。【方法】基于赤苍藤全基因组数据利用生物信息学方法,鉴定赤苍藤中的WRI1转录因子,基于转录组数据分析WRI1在赤苍藤不同组织中的表达模式。【结果】在赤... 【目的】鉴定赤苍藤WRI1转录因子,为进一步探究WRI1在油脂合成中的作用提供基础。【方法】基于赤苍藤全基因组数据利用生物信息学方法,鉴定赤苍藤中的WRI1转录因子,基于转录组数据分析WRI1在赤苍藤不同组织中的表达模式。【结果】在赤苍藤鉴定出17个含有2个AP2保守结构域的WRI1蛋白(EsWRI1-1-EsWRI1-17),氨基酸数为359-776,平均分子量为56 kD,多为偏酸性不稳定亲水性蛋白。亚细胞定位显示其多位于细胞核,17个EsWRI1s成员不均匀分布在8条染色体上;蛋白序列系统发育分析结果将17个WRI1蛋白分为9个亚家族(Grooup1-Group9),其中Group3成员与拟南芥、大豆亲缘关系较近,EsWRI1-10与拟南芥亲缘关系最近。EsWRI1s基因家族启动子分析显示,含有较多的生物与非生物胁迫、植物激素响应及植物生长发育相关的基序,其中生长发育相关的元件最多。基因表达模式分析显示,EsWRI1-10、EsWRI1-14、EsWRI1-16基因在未成熟种仁中的表达量高于其他组织,其中EsWRI1-10基因在赤苍藤种仁形成中发挥主要作用;EsWRI1-11、EsWRI1-17、EsWRI1-7在赤苍藤的不同组织中均有较高表达。RT-qPCR验证与转录组数据一致。【结论】共鉴定出17个WRI1基因,编码蛋白均具有良好的热稳定性和亲水性且预测主要定位于细胞核;EsWRI1s基因家族与拟南芥、大豆、蒜头果WRI1都具有较高的同源性;特定基因在未成熟种仁特异性表达,暗示其对种仁生长发育有重要作用,可能在赤苍藤油脂合成中发挥着关键作用。 展开更多
关键词 赤苍藤 WRI1转录因子 基因家族 油脂 药食同源植物 油酸 表达模式分析
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马铃薯SUMO E3连接酶基因家族分析及StSIZ1基因的克隆与表达模式分析
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作者 许慧珍 SHANTWANA Ghimire +3 位作者 RAJU Kharel 岳云 司怀军 唐勋 《生物技术通报》 北大核心 2025年第6期119-129,共11页
【目的】对马铃薯StSIZ1基因进行克隆、亚细胞定位及组织表达特异性分析,为阐明StSIZ1基因的功能提供理论依据。【方法】利用拟南芥SUMO E3连接酶基因序列进行同源检索,获得马铃薯SUMO E3连接酶基因家族成员,并对其进行生物信息学分析;... 【目的】对马铃薯StSIZ1基因进行克隆、亚细胞定位及组织表达特异性分析,为阐明StSIZ1基因的功能提供理论依据。【方法】利用拟南芥SUMO E3连接酶基因序列进行同源检索,获得马铃薯SUMO E3连接酶基因家族成员,并对其进行生物信息学分析;采用RT-PCR从马铃薯品种Atlantic克隆StSIZ1基因;通过RT-qPCR探究StSIZ1基因在马铃薯组织特异性及响应非生物胁迫的表达模式。构建pEGFP-StSIZ1亚细胞定位载体,通过农杆菌介导的烟草瞬时转化系统检测StSIZ1在细胞中的定位。【结果】StSIZ1基因位于第11号染色体,CDS区长2634 bp。RT-qPCR结果显示StSIZ1基因在茎中相对表达量最低,块茎中相对表达量最高;StSIZ1基因广泛响应多种胁迫处理,如渗透、盐、高温胁迫。融合蛋白荧光检测确定StSIZ1在细胞核中发挥功能。【结论】马铃薯StSIZ1响应多种非生物胁迫,且在细胞核中发挥功能。 展开更多
关键词 马铃薯 StSIZ1 基因克隆 亚细胞定位 表达模式分析
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花烟草(Nicotiana alata)叶绿素酶基因NalaCLH2的克隆与表达模式分析
4
作者 侯佩 张君旗 +2 位作者 蒋彪 李猛 赵晨颖 《山东农业科学》 北大核心 2025年第8期15-23,共9页
叶绿素酶催化叶绿素降解的第一步,在叶片衰老、开花和果实成熟过程中起关键作用。为明确花烟草(Nicotiana alata)叶绿素酶2(chlorophyllase2,简称CLH2)基因的功能,本研究利用同源克隆的方法从花烟草中克隆CLH2基因,进行生物信息学分析,... 叶绿素酶催化叶绿素降解的第一步,在叶片衰老、开花和果实成熟过程中起关键作用。为明确花烟草(Nicotiana alata)叶绿素酶2(chlorophyllase2,简称CLH2)基因的功能,本研究利用同源克隆的方法从花烟草中克隆CLH2基因,进行生物信息学分析,并采用实时荧光定量PCR技术对其组织特异性表达及非生物胁迫和不同激素处理花烟草幼苗后的表达特性进行分析。结果表明,从花烟草中克隆到开放阅读框全长为960 bp的NalaCLH2基因序列(GenBank登录号为PP445034),编码319个氨基酸;预测NalaCLH2蛋白分子量为34.59kDa,理论等电点为6.75,为稳定非跨膜非分泌蛋白,主要定位于叶绿体;NalaCLH2为含有chlorophyllase2保守结构域、不含信号肽的亲水蛋白。组织特异性表达分析发现,NalaCLH2基因在花烟草的根(主根和侧根)、茎(上茎、中茎和下茎)、叶(上部和下部叶)和花(花萼和花瓣)中均有表达,但其表达量在花萼中最高、在花瓣中最低。NalaCLH2基因受低温、脱落酸、赤霉素和茉莉酸甲酯的诱导上调表达,而NaCl、干旱及油菜素内酯则抑制该基因的表达。本研究结果可为进一步解析NalaCLH2基因在花烟草非生物胁迫和激素信号转导途径中的功能提供参考依据。 展开更多
关键词 花烟草 叶绿素酶2 基因克隆 表达模式分析
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赤苍藤WRKY基因家族的全基因组鉴定及表达模式分析 被引量:3
5
作者 黄诗宇 杨天为 +5 位作者 张向军 田姗姗 高曼熔 李婷 石前 张尚文 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第8期1705-1714,共10页
【目的】探究赤苍藤WRKY转录因子在不同组织及其生长发育过程中的功能作用,为深入解析赤苍藤生长发育的分子调控机制提供理论依据。【方法】利用生物信息学方法对赤苍藤WRKY基因家族进行全基因组鉴定,分析赤苍藤WRKY基因家族成员的结构... 【目的】探究赤苍藤WRKY转录因子在不同组织及其生长发育过程中的功能作用,为深入解析赤苍藤生长发育的分子调控机制提供理论依据。【方法】利用生物信息学方法对赤苍藤WRKY基因家族进行全基因组鉴定,分析赤苍藤WRKY基因家族成员的结构和功能,并通过转录组测序分析WRKYs基因在不同组织的表达模式。【结果】共鉴定66个EsWRKYs基因,在11条染色体中均有分布,亚细胞定位预测有62个EsWRKY蛋白定位在细胞核,系统发育分析将赤苍藤WRKY蛋白家族成员分为三大类(Ⅰ~III),分别有18、44和4个成员,其中Ⅱ类可分为5个亚类(Ⅱa~Ⅱe),分别有3、7、18、8和8个成员,66个EsWRKYs基因的外显子有2~11个,保守基序分析结果显示Motif1和Motif3包含WRKY结构域,Motif1是EsWRKYs蛋白最主要的保守基序,EsWRKYs基因家族成员启动子区有与生长发育、逆境响应、激素响应等相关的19种顺式作用元件。表达模式分析显示EsWRKY14、EsWRKY22、EsWRKY29、EsWRKY30、EsWRKY47和EsWRKY61可能参与赤苍藤茎叶的生长发育过程,多数EsWRKYs基因在种仁发育过程中显著下调,表明这些EsWRKYs基因可能在种仁发育前期发挥主要作用。【结论】66个赤苍藤WRKY基因家族成员的理化性质具有较大差异,均具有WRKY保守结构域,EsWRKYs基因在不同组织中表达模式不同,在生长发育、逆境胁迫及次生代谢过程等方面可能发挥重要作用。 展开更多
关键词 赤苍藤 WRKY转录因子 基因家族 生物信息学分析 表达模式分析
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空心莲子草SOD基因家族鉴定和表达模式分析 被引量:1
6
作者 韩硕 韩晓文 +3 位作者 胡义锋 陈中义 朱永兴 尹军良 《草业学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期102-116,共15页
超氧化物歧化酶(SOD)是一类保守的抗氧化酶,在植物生长发育和胁迫应答响应过程中发挥重要作用。目前,尚缺乏对空心莲子草SOD家族成员的系统认识。本研究通过生物信息学对空心莲子草SOD基因家族进行了系统的鉴定及分析,并对其理化性质、... 超氧化物歧化酶(SOD)是一类保守的抗氧化酶,在植物生长发育和胁迫应答响应过程中发挥重要作用。目前,尚缺乏对空心莲子草SOD家族成员的系统认识。本研究通过生物信息学对空心莲子草SOD基因家族进行了系统的鉴定及分析,并对其理化性质、保守基序、基因结构、系统发育进化关系、miRNA靶向关系和表达模式等进行了分析。结果表明,在空心莲子草中共鉴定到43个ApSOD,其中22个属于Cu/ZnSOD亚家族,21个属于Fe/MnSOD亚家族;蛋白质特征分析表明,36个ApSOD蛋白为亲水蛋白,37个ApSOD蛋白为稳定蛋白;亚细胞定位预测发现,大部分Cu/ZnSOD定位在叶绿体或细胞质,大多数Fe/MnSOD定位在线粒体。保守结构域分析发现,同亚家族中的成员具有相似的保守基序与基因结构。miRNA靶向关系预测发现,17个空心莲子草miRNA通过切割或翻译抑制作用靶向14个ApSODs。表达模式分析发现,ApSODs在不同环境条件和组织中表达水平相对稳定。利用RT-qPCR分析了6个ApSODs在除草剂处理下的表达模式,结果表明,在噁草酮和氯氟吡氧乙酸胁迫下,6个ApSODs在药后7 d内显著上调表达;在乙羧氟草醚胁迫下,4个ApSODs随着处理时间的延长表达量呈先上升后下降再回升的趋势;在草甘膦胁迫下,6个ApSODs在7 d时显著上调表达;在异丙隆胁迫下,4个ApSODs在1 d时均显著下调表达。说明在除草剂胁迫下ApSODs表现出不同的表达模式。本研究对空心莲子草ApSOD家族成员进行系统鉴定和特征分析,并初步揭示了6个基因在除草剂胁迫下的表达特征,为进一步研究ApSODs在响应除草剂胁迫中的生物学功能奠定了基础。 展开更多
关键词 超氧化物歧化酶 空心莲子草 表达模式分析 除草剂
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草地早熟禾BBML基因的克隆及表达模式分析
7
作者 余江弟 李玉珠 +3 位作者 苗佳敏 丁菲菲 白小明 牛奎举 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期396-408,共13页
为探究婴儿潮(BABY BOOM,BBM)基因诱导草地早熟禾(Poa pratensis)体胚发生的潜在功能,本研究采用同源克隆方法获得PpBBML(PpBBM-like)基因,并对其进行生信分析、亚细胞定位和表达模式分析。结果表明:PpBBML编码的蛋白具BBM特有的bbm-1... 为探究婴儿潮(BABY BOOM,BBM)基因诱导草地早熟禾(Poa pratensis)体胚发生的潜在功能,本研究采用同源克隆方法获得PpBBML(PpBBM-like)基因,并对其进行生信分析、亚细胞定位和表达模式分析。结果表明:PpBBML编码的蛋白具BBM特有的bbm-1基序且定位于细胞核,并与小麦(Triticum aestivum)BBM亲缘关系最近。PpBBML的表达水平存在组织特异性,表达量为花药>茎基>幼叶>根茎>老叶>不定根。6-BA,NAA(除0 h外),MeJA和EBR(除4 h外)处理后的PpBBML表达量均高于CK;GA3处理后的PpBBML表达量均低于CK。在仅添加生长素的愈伤组织诱导培养基上,其表达量在接种第2 d最高。综上所述,PpBBML是AP2亚家族的转录因子基因,其表达量在幼嫩组织中最高且受到不同激素的诱导,并在愈伤组织形成初期表达量急剧上升,因此,该基因可能具有诱导草地早熟禾胚性愈伤组织发生的潜力。 展开更多
关键词 草地早熟禾 BBM基因 基因克隆 生物信息学分析 表达模式分析
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葡萄风信子转录因子MaMYB2的克隆及表达模式分析 被引量:5
8
作者 李志根 刘雅莉 +1 位作者 杨慧萍 刘妮妮 《西北林学院学报》 CSCD 北大核心 2015年第2期15-21,共7页
试验从葡萄风信子"亚美尼亚"中利用RACE技术克隆了一个MYB类转录因子,命名为MaMYB2,Genebank登陆号为KJ744038。克隆到的MaMYB2全长711bp,开放阅读框为600bp,编码199个氨基酸,推测的蛋白分子量约为22.34ku,理论等电点为5.46,... 试验从葡萄风信子"亚美尼亚"中利用RACE技术克隆了一个MYB类转录因子,命名为MaMYB2,Genebank登陆号为KJ744038。克隆到的MaMYB2全长711bp,开放阅读框为600bp,编码199个氨基酸,推测的蛋白分子量约为22.34ku,理论等电点为5.46,保守域具有DNA结合位点;与矮牵牛(AAF66730.1)关系最近;核定位试验表明MaMYB2蛋白定位在细胞核中;实时定量PCR分析了MaMYB2在葡萄风信子"亚美尼亚"不同组织部位中的表达模式,结果不同组织中均有表达,在花中表达量最高,且随着花色变深表达量逐渐升高。结果表明,MaMYB2有可能参与了葡萄风信子中花青素积累的转录调控。 展开更多
关键词 葡萄风信子 MYB转录因子 基因克隆 表达模式分析
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拒盐型牧草小花碱茅PutHKT2;1基因表达模式分析 被引量:2
9
作者 李剑 张金林 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期1379-1383,共5页
本研究以拒盐型盐生牧草小花碱茅(Puccinellia tenuiflora)为材料,采用RT-PCR方法对小花碱茅PutH-KT2;1基因表达模式进行研究,以期阐明其在盐胁迫下拒Na+的分子机制。结果表明,PutHKT2;1基因表达存在组织特异性,主要在根中表达,地上部... 本研究以拒盐型盐生牧草小花碱茅(Puccinellia tenuiflora)为材料,采用RT-PCR方法对小花碱茅PutH-KT2;1基因表达模式进行研究,以期阐明其在盐胁迫下拒Na+的分子机制。结果表明,PutHKT2;1基因表达存在组织特异性,主要在根中表达,地上部表达量相对较低;K+饥饿处理条件下,在根中的表达量最高;在1mmol.L-1 K+或无K+条件下,根中PutHKT2;1表达量随着盐浓度的增大而减少。由此推断,PutHKT2;1蛋白主要在根部发挥作用,主要用于控制Na+吸收,增强K+选择性吸收能力,从而维持地上部较高的K+/Na+,提高其耐盐性。 展开更多
关键词 小花碱茅 PutHKT2 1 表达模式分析 耐盐性
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花生生长素输入载体基因PNAUX1的克隆及表达模式分析 被引量:2
10
作者 任怡怡 戴绍军 刘炜 《山东农业科学》 2012年第3期1-6,共6页
生长素作为重要的植物激素,在调节植物生长发育中起重要作用。其所具有的极性运输特性,主要通过运输载体进行调控。本研究从花生未成熟种子cDNA文库中筛选到一个可能的生长素输入载体AUX/LAX类基因,命名为PNAUX1,通过RT-PCR对其表达模... 生长素作为重要的植物激素,在调节植物生长发育中起重要作用。其所具有的极性运输特性,主要通过运输载体进行调控。本研究从花生未成熟种子cDNA文库中筛选到一个可能的生长素输入载体AUX/LAX类基因,命名为PNAUX1,通过RT-PCR对其表达模式分析显示,该基因在花生各组织中为组成型表达;同时,将PCR扩增获得的目的片段与植物双元表达载体pCAMBIA1301连接,构建了正义和反义载体转化DR5∷GUS拟南芥,并获得转基因植株。 展开更多
关键词 花生 生长素输入载体 基因PNAUX1 表达模式分析
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拟南芥AtNHX2启动子的克隆及表达模式分析(英文) 被引量:1
11
作者 李金耀 徐莉 +2 位作者 马纪 周洁 张富春 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第12期1114-1118,共5页
AtNHX2基因是拟南芥NHX基因家族的一员 ,编码了一种液泡膜中的Na+ /H+ 反向运输体并对拟南芥的耐盐能力起着重要的作用 .采用PCR扩增的方法克隆了拟南芥AtNHX2基因启始密码子上游约 2 8kb的DNA片段 ,并将其克隆到植物表达载体pCAMBIA13... AtNHX2基因是拟南芥NHX基因家族的一员 ,编码了一种液泡膜中的Na+ /H+ 反向运输体并对拟南芥的耐盐能力起着重要的作用 .采用PCR扩增的方法克隆了拟南芥AtNHX2基因启始密码子上游约 2 8kb的DNA片段 ,并将其克隆到植物表达载体pCAMBIA130 1 1中 ,通过基因枪轰击洋葱表皮瞬时表达的方法 ,初步检测启动子的活性 .将重组质粒pCAMBIA130 1 1/AtNHX2promoter转化拟南芥并筛选纯合子 .AtNHX2promoter GUS分析显示AtNHX2在所有的组织中均有表达 ,包括根尖 .在保卫细胞中检测到了强烈的GUS表达 ,这一结果表明 ,AtNHX2对特殊细胞的pH调控和K+ 自身稳定方面起着重要的作用 .AtNHX2启动子的活性可被NaCl抑制 ,并且抑制的强度和NaCl的浓度成正相关 .30 0mmol/LKCl处理可增强启动子的活性 ,说明NaCl和KCl是在转录水平上调控AtNHX2的表达 .在老叶中GUS活性比在新叶中GUS活性强 ,这说明了AtNHX2优先将有毒的离子积累在老叶中 ,从而有利于植物的正常发育 .在根毛细胞中也观测到了强烈的GUS活性 ,这就暗示了AtNHX2在扩大的液泡中储存Na+ . 展开更多
关键词 AtNHX2启动子 瞬时表达 表达模式分析 盐胁迫
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文昌鱼AmphiDC-like的全长cDNA克隆及其表达模式分析
12
作者 许春鹃 韩燕 +1 位作者 范丽菲 黄功华 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期439-443,共5页
本文旨在克隆文昌鱼树突样蛋白基因AmphiDC-like,采用实时PCR法和原位分子杂交法对其表达模式进行分析.从文昌鱼神经胚cDNA文库测序得到的ESTs中筛选得到该基因片段,通过引物步移直接测序的方法,克隆得到其cDNA全长序列,对其推测的氨基... 本文旨在克隆文昌鱼树突样蛋白基因AmphiDC-like,采用实时PCR法和原位分子杂交法对其表达模式进行分析.从文昌鱼神经胚cDNA文库测序得到的ESTs中筛选得到该基因片段,通过引物步移直接测序的方法,克隆得到其cDNA全长序列,对其推测的氨基酸序列进行同源性分析发现,该基因产物具有树突样细胞蛋白共有的保守区,并与多种生物的树突状细胞蛋白具有高度同源性,其中与脊椎动物的树突样细胞蛋白同源性较高.实时PCR结果显示,AmphiDC-like在文昌鱼受副溶血性弧菌(Vibrio parahe molyticus,Vp)感染后6h到48h表达均上调,并通过原位分子杂交技术观察到,该基因在文昌鱼鳃和消化道中有表达,为深入研究其功能奠定了基础. 展开更多
关键词 AmphiDC-like 文昌鱼 表达模式分析 进化分析
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拟穴青蟹CYP302a1基因的克隆及表达模式分析 被引量:5
13
作者 张林姿 赵明 +6 位作者 张凤英 王伟 刘志强 马春艳 谌微 王珂 马凌波 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2021年第1期31-41,共11页
蜕皮激素对节肢动物生长、发育和繁殖有重要调控作用,细胞色素P450(CYP)302al是蜕皮激素合成通路中的关键酶。克隆获得了拟穴青蟹(Scylla paramamosain)CYP302a1基因,命名为Sp-CYP302a1。Sp-CYP302a1的cDNA序列长为3032 bp,包含一个1617... 蜕皮激素对节肢动物生长、发育和繁殖有重要调控作用,细胞色素P450(CYP)302al是蜕皮激素合成通路中的关键酶。克隆获得了拟穴青蟹(Scylla paramamosain)CYP302a1基因,命名为Sp-CYP302a1。Sp-CYP302a1的cDNA序列长为3032 bp,包含一个1617 bp的开放阅读框(ORF),可编码538个氨基酸,预测相对分子质量为61.14 kDa。序列分析结果显示,该氨基酸含helix-K、helix-C、helix-I、PERF及heme-binding 5个P450特征保守区域。系统进化分析表明,Sp-CYP302A1与其他物种的CYP302Al聚为一类,与三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)和凡纳滨对虾(Penaeus vannamei)的进化关系最近。qRT-PCR分析发现,雌蟹和雄蟹中CYP302a1均在Y器官具有最高表达,而在其他组织中的表达量相对较低。在幼体发育过程中,CYP302a1在蚤状幼体Ⅲ期出现一个表达峰值,但在其他几个时期的表达量均较低。在蜕皮周期内,CYP302a1表达量变化显著,在蜕皮后期(A、B期)表达量最低,随后开始上升,至蜕皮前期(D期)达到最大值,随后开始下降。综上,研究从序列分析方面鉴定了拟穴青蟹的CYP302a1,并对该基因进行了表达模式综合分析,结果表明其可能在拟穴青蟹蜕皮以及幼体发育调控中具有重要作用。 展开更多
关键词 拟穴青蟹 CYP302a1 表达模式分析 蜕皮周期 蜕皮激素
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陆地棉漆酶基因家族成员表达模式分析 被引量:3
14
作者 左春阳 李亚玮 +4 位作者 李焱龙 金双侠 朱龙付 张献龙 闵玲 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期2344-2361,共18页
漆酶是铜蓝氧化酶蛋白家族的一员,在植物木质素合成和提高植株抵御胁迫能力等方面发挥着重要作用。本研究从陆地棉基因组中鉴定到104个漆酶基因(GhLAC)家族成员,进行了系统进化树和组织表达图谱的构建,并随机选取了20个基因进行荧光定量... 漆酶是铜蓝氧化酶蛋白家族的一员,在植物木质素合成和提高植株抵御胁迫能力等方面发挥着重要作用。本研究从陆地棉基因组中鉴定到104个漆酶基因(GhLAC)家族成员,进行了系统进化树和组织表达图谱的构建,并随机选取了20个基因进行荧光定量PCR分析,验证了表达热图的结果。为进一步探索漆酶在棉花中担当的角色,本研究采用启动子-GUS融合载体转化拟南芥,通过转基因拟南芥不同发育过程不同组织GUS染色结果,分析了陆地棉漆酶基因家族6个成员(GhLAC12A、GhLAC14A、GhLAC20A、GhLAC25D、GhLAC59D、GhLAC63D)的精细表达模式。为探究漆酶在逆境中发挥的作用,对该6个漆酶基因进行了切割和刺洞2种创伤胁迫诱导表达分析,并利用2个棉花品系‘84021’(高温耐受型)和‘H05’(高温敏感型)在常温和高温胁迫条件下不同时期的花药进行相应基因的荧光定量PCR分析。研究结果表明,随机挑选的20个基因在根、茎、叶、花瓣、花药和柱头6个组织中差异表达,大多数基因的表达与转录组结果一致。6个漆酶基因的启动子能够不同程度地驱动GUS基因在种子萌发时期、二叶期、四叶期表达;创伤处理结果显示GhLAC12A、GhLAC14A的启动子受创伤诱导后驱动GUS蛋白在叶片中表达的能力显著提高,暗示着这2个基因可能参与创伤胁迫响应。6个GhLACs基因在棉花耐高温品系‘84021’的四分体时期和花药开裂期高温胁迫后都有表达量显著下调的趋势,推测GhLACs基因可能负调控陆地棉花药高温耐受性。本研究结果为进一步探索漆酶家族基因功能提供了参考。 展开更多
关键词 陆地棉 漆酶基因 启动子-GUS表达模式分析 花药高温响应 创伤诱导
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杜仲CONSTANS-like全基因组鉴定、系统进化及表达模式分析 被引量:2
15
作者 刘俊 李龙 +3 位作者 陈玉龙 刘燕 吴耀松 任闪闪 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期475-485,共11页
【目的】揭示CONSTANS-like在杜仲Eucommia ulmoides基因组中的分布、结构特征及表达模式。【方法】利用生物信息学方法,对杜仲CONSTANS-like基因家族进行鉴定及理化性质、进化关系、基因结构、启动子元件和表达模式分析。【结果】杜仲... 【目的】揭示CONSTANS-like在杜仲Eucommia ulmoides基因组中的分布、结构特征及表达模式。【方法】利用生物信息学方法,对杜仲CONSTANS-like基因家族进行鉴定及理化性质、进化关系、基因结构、启动子元件和表达模式分析。【结果】杜仲基因组中共鉴定到8个EuCOLs基因,分别命名为EuCOL1~EuCOL8,氨基酸数目为315~469,理论等电点分布范围为5.10~6.47,分子量为35.21~52.65 kDa。亚细胞定位预测均定位在细胞核中,为亲水性蛋白,分布于8条染色体。系统进化分为2个亚家族(群组Ⅰ和群组Ⅲ),分别包含2和6个EuCOLs蛋白,同一亚家族基序具有相似性。EuCOLs基因结构简单,启动子中含有多个光周期响应元件。表达模式分析显示:EuCOLs在杜仲叶片发育中表达水平相对较低,EuCOL7在杜仲胶形成中表达量最高,各家族成员表达特征存在差异。蛋白互作预测显示:EuCOL7可与多个光周期响应蛋白互作。【结论】杜仲CONSTANS-like基因家族含有典型的CCT和B-box结构域,可能参与叶片发育及杜仲胶的形成。 展开更多
关键词 杜仲 CONSTANS-like 生物信息学 表达模式分析
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玉米大斑病菌StSLT2基因结构与表达模式分析 被引量:4
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作者 张晓雅 李学然 +4 位作者 薛江芝 王小敏 刘玉卫 谷守芹 董金皋 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期32-37,共6页
本研究利用生物信息学技术分析玉米大斑病菌StSLT2基因的结构特征,并利用RNA-Seq技术分析了StSLT2基因在不同发育时期的表达模式。研究发现玉米大斑病菌StSLT2基因DNA全长为5 842 bp,cDNA全长为3 105 bp,包含13个外显子和12个内含子,编... 本研究利用生物信息学技术分析玉米大斑病菌StSLT2基因的结构特征,并利用RNA-Seq技术分析了StSLT2基因在不同发育时期的表达模式。研究发现玉米大斑病菌StSLT2基因DNA全长为5 842 bp,cDNA全长为3 105 bp,包含13个外显子和12个内含子,编码1 034个氨基酸;该蛋白包含S_TKc保守结构域,在该区域内包含1个典型的MAPK蛋白激活域(TEY);对该蛋白的系统发育分析表明,玉米大斑病菌与玉米小斑病菌(Bipolaris maydis)和白菜黑斑病菌(Alternaria brassicicola)的SLT2基因之间的进化关系最近;对其表达模式分析发现,该基因在菌丝、分生孢子、芽管、附着胞、侵入钉等5个时期均有不同水平的表达,其中在分生孢子发育时期的表达量最高,在芽管形成时期表达水平最低。以上结果表明,该基因对玉米大斑病菌分生孢子的发育有重要的调控作用。该研究不仅明确了玉米大斑病菌StSLT2的结构及其表达模式,也为揭示其功能奠定了基础。 展开更多
关键词 玉米大斑病菌 StSLT2基因 基因结构特征 表达模式分析
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玉米ZmPP6C基因的克隆及其响应光质和胁迫处理的表达模式分析 被引量:2
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作者 原换换 孙广华 +8 位作者 闫蕾 郭林 樊晓聪 肖阳 孟凡华 宋梅芳 詹克慧 杨青华 杨建平 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期170-179,共10页
丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶6亚基(catalytic subunits of Ser/Thr protein phosphatase 6,PP6C)是PP6全酶的催化亚基。在模式植物拟南芥中的研究表明,PP6C参与生长素极性运输、脱落酸信号转导和光信号转导途径介导的开花调控。为了明确玉... 丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶6亚基(catalytic subunits of Ser/Thr protein phosphatase 6,PP6C)是PP6全酶的催化亚基。在模式植物拟南芥中的研究表明,PP6C参与生长素极性运输、脱落酸信号转导和光信号转导途径介导的开花调控。为了明确玉米丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶6亚基(ZmPP6C)的蛋白结构特征与同源蛋白间的进化关系,采用RT-PCR方法克隆了ZmPP6C的全长基因。序列分析表明,ZmPP6C开放阅读框为912个核苷酸,编码303个氨基酸残基,包含PP2A的催化亚基PP2Ac结构域;系统进化树分析表明,PP6C蛋白在进化上较为保守,并且与高粱的PP6C蛋白相似性更高。对玉米自交系B73的ZmPP6C基因进行器官特异性表达分析表明,其表达量在成株期叶片中最高,是根中的7.9倍;ZmPP6C能够响应不同光质处理,且受远红光和红光的影响较大;也能响应长日和短日处理,在长日条件下的光照和黑暗阶段各有一个明显的表达高峰,在短日条件下的光照和黑暗阶段分别有2个和3个表达峰值;同时,ZmPP6C还响应高渗透、盐渍和淹水等胁迫处理,出现明显的上调表达。结果表明,ZmPP6C在玉米光信号转导、开花诱导与胁迫应答中发挥重要作用,其分子与生化机制值得进一步探讨。 展开更多
关键词 玉米 丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶 表达模式分析 光敏色素 光信号途径 非生物胁迫
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花生Argonaute基因家族全基因组鉴定与表达模式分析 被引量:2
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作者 陆晓东 李春娟 +6 位作者 张浩 孙全喜 闫彩霞 赵小波 王娟 苑翠玲 单世华 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期767-777,共11页
AGO蛋白(Argonaute protein)是RNA诱导沉默复合体的关键组分,在植物生长发育中发挥重要作用。花生基因组测序的完成为全基因组水平上分析AGO抗病基因提供了条件。利用AGO蛋白的保守域在花生基因组数据库与NCBI中进行同源比对,鉴定得到花... AGO蛋白(Argonaute protein)是RNA诱导沉默复合体的关键组分,在植物生长发育中发挥重要作用。花生基因组测序的完成为全基因组水平上分析AGO抗病基因提供了条件。利用AGO蛋白的保守域在花生基因组数据库与NCBI中进行同源比对,鉴定得到花生AGO基因家族所有成员。我们基于生物信息学对AGO蛋白家族的进化关系、理化性质、染色体定位、基因结构、结构域、不同组织中和胁迫下的表达模式等进行分析。结果表明:试验共鉴定得到51个花生AGO基因,包括12个A.duranensis基因,12个A.ipaensis基因以及27个栽培种花生AGO基因。染色体定位分析结果显示这些基因不均匀地分布在花生染色体上,且A.duranensis与A.ipaensis基因组上有10对成员存在较为明显的同源关系。表达模式分析表明AdAGO2、AiAGO4、AdAGO3、AiAGO7、AdAGO8、AiAGO8基因在花生22个组织中整体表达量偏高;而花生茎尖(Shoot Tip)与雄蕊(Stamens)中AGO基因家族呈现较高表达量。本研究结果为揭示AGO蛋白功能和发掘花生的抗逆育种靶向基因资源提供了一定的理论依据。 展开更多
关键词 AGO蛋白 花生 表达模式分析
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水曲柳BZR1基因克隆及其表达模式分析 被引量:3
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作者 纪欣童 于磊 詹亚光 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期744-752,共9页
研究水曲柳BZR1基因应答非生物胁迫及激素信号的表达模式,对探究BR在水曲柳生长发育及响应环境胁迫方面的作用有重要意义。本研究以水曲柳为材料,PCR克隆得到目的基因,通过生物信息学软件分析分子结构特征,利用荧光定量PCR探究FmBZR1在... 研究水曲柳BZR1基因应答非生物胁迫及激素信号的表达模式,对探究BR在水曲柳生长发育及响应环境胁迫方面的作用有重要意义。本研究以水曲柳为材料,PCR克隆得到目的基因,通过生物信息学软件分析分子结构特征,利用荧光定量PCR探究FmBZR1在低温、盐胁迫及ABA、IAA、GA3诱导下的表达模式。生物信息学分析表明,FmBZR1基因全长984 bp,编码327个氨基酸,FmBZR1蛋白为亲水性蛋白,与樟子松BZR1蛋白的同源性较高。在非生物胁迫与激素诱导下,结果表明,与对照组相比,FmBZR1基因表达量有显著差异。低温处理6 h、盐处理24 h后表达量最高,分别为对照组的1.98、10.13倍。ABA、IAA、GA3处理3 h后基因表达量最低,分别为对照组的0.52、0.41、0.50倍;GA3处理24h后基因表达量最高,为对照组的6.23倍。FmBZR1基因在水曲柳生长发育及各种胁迫应答的过程起到了十分关键的作用。 展开更多
关键词 水曲柳 BZR1基因 基因克隆 胁迫处理 表达模式分析
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日本结缕草ZjTCP20基因生物信息学及表达模式分析 被引量:3
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作者 杨卓雄 董笛 +1 位作者 韩烈保 晁跃辉 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期321-329,共9页
TCP是高等植物所特有的一类转录因子,参与调控植物的生长发育、衰老及逆境应答等多个生物学过程。本研究从日本结缕草(Zoysia japonica)中克隆出ZjTCP20基因,并对该基因进行生物信息学分析、自激活检测、表达模式分析等来探究该基因特性... TCP是高等植物所特有的一类转录因子,参与调控植物的生长发育、衰老及逆境应答等多个生物学过程。本研究从日本结缕草(Zoysia japonica)中克隆出ZjTCP20基因,并对该基因进行生物信息学分析、自激活检测、表达模式分析等来探究该基因特性。ZjTCP20基因完整编码区为624 bp,编码208个氨基酸。ZjTCP20蛋白无信号肽,具有疏水性,系统发育进化树结果显示其与玉米(Zea mays)ZmTCP20亲缘关系最近。亚细胞定位显示该蛋白定位于叶绿体、细胞质和细胞核上。ZjTCP20基因表达模式结果显示,该基因在幼嫩叶片中大量表达,随植物发育表达量逐渐减少,但茉莉酸甲酯(MeJA)等3个激素对基因的表达量没有显著影响。酵母自激活试验显示ZjTCP20具备自激活活性。本研究为进一步研究ZjTCP20基因提供了科学依据。 展开更多
关键词 日本结缕草 TCP20基因 生物信息学 表达模式分析
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