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新疆雪莲全长cDNA文库构建及表达序列标签(ESTs)特性分析 被引量：7
1
作者 王博 艾秀莲 +2 位作者 王志方 李芳 罗明 《新疆农业科学》 CAS CSCD 2008年第1期56-60,共5页
以野生新疆雪莲(Saussurea involucrata Kar.et Kit)为研究材料,利用Creator SMARTTMcDNA Library Construction技术构建了雪莲全长cDNA文库,从野生雪莲中提取总RNA和mRNA,用分离到的微量mRNA合成cDNA第1链。通过长距离PCR扩增得到足够... 以野生新疆雪莲(Saussurea involucrata Kar.et Kit)为研究材料,利用Creator SMARTTMcDNA Library Construction技术构建了雪莲全长cDNA文库,从野生雪莲中提取总RNA和mRNA,用分离到的微量mRNA合成cDNA第1链。通过长距离PCR扩增得到足够量的双链cDNA。将SfiⅠ酶切后并纯化的cDNA片段连接到经SfiⅠ酶切的噬菌体λTripIEX2上,并对噬菌体进行包装,建成cDNA的全长库。经大肠杆菌XL1-Blue平板检测,原始文库滴度达4.03×107(pfu/mL)。随机挑选500个克隆进行序列测定,PCR鉴定结果显示多数插入片段均在500 bp以上。将所测序列经GenBank检索和生物信息学比较,共有56个序列为非冗余数据。其中有14个cDNA片段序列在GenBank上无明显的同源性,42个片段与已报道的基因有较高的同源性。这些EST数据为进一步筛选和克隆雪莲特异性表达基因提供了材料平台,为雪莲基因组数据增补了大量信息。 展开更多
关键词 新疆雪莲 CDNA文库 λTirpLEx2 表达序列标签
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表达序列标签(EST)分析及藻类EST文库的研究进展 被引量：3
2
作者 陈卓 刘杰 +4 位作者 钱万强 孙杰 沈继红 林学政 王能飞 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第5期1934-1936,1971,共4页
随着生物信息学的发展,表达序列标签(EST)在基因组作图、克隆基因、新基因的识别、蛋白质组研究等方面具有重要作用。笔者简要介绍了EST技术的原理及其在构建遗传图谱、分离与鉴定新基因等方面的应用。综述了藻类EST文库的研究现状,并对... 随着生物信息学的发展,表达序列标签(EST)在基因组作图、克隆基因、新基因的识别、蛋白质组研究等方面具有重要作用。笔者简要介绍了EST技术的原理及其在构建遗传图谱、分离与鉴定新基因等方面的应用。综述了藻类EST文库的研究现状,并对EST的应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 表达序列标签 藻类 est文库
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表达序列标签(ESTs)及其数据库 被引量：1
3
作者 徐琪 肖小珺 +1 位作者 刘博 盛浩伟 《吉林畜牧兽医》 2003年第10期3-5,共3页
表达序列标签(EST)是在生物体中表达基因的一段cDNA序列,它已成为基因定位、基因克 隆、基因表达序列分析的有力工具。本文主要介绍了EST的制备方法,EST数据库,同时分析了EST在应 用中应解决的问题,并展望了其应用前景。
关键词 表达序列标签 est数据库 CDNA 基因定位 基因克隆
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表达序列标签数据库搜索鉴定小鼠UBAP1基因及其数字化表达分析 被引量：13
4
作者 钱骏 董利 +6 位作者 张必成 王洁如 周鸣 李忠花 李伟芳 李小玲 李桂源 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第2期323-327,共5页
UBAP1(ubiquitinassociatedprotein 1)基因是最近克隆的一个定位于人类染色体 9p2 1 2 2鼻咽癌杂合性丢失高频区的泛肽相关蛋白家族新成员 .为了深入研究UBAP1基因的功能 ,利用计算机对表达序列标签(expressedsequencetag ,EST)、UniGen... UBAP1(ubiquitinassociatedprotein 1)基因是最近克隆的一个定位于人类染色体 9p2 1 2 2鼻咽癌杂合性丢失高频区的泛肽相关蛋白家族新成员 .为了深入研究UBAP1基因的功能 ,利用计算机对表达序列标签(expressedsequencetag ,EST)、UniGene等数据库进行综合搜索分析 ,结合cDNA克隆测序的方法 ,成功地获得了UBAP1基因在小鼠中的同源基因 .小鼠UBAP1基因cDNA全长为 2 6 76bp ,编码一个由 44 1个氨基酸组成的蛋白质 ,在其蛋白质C端只有一个泛肽相关功能域 (UBAdomain) .与人UBAP1基因相比 ,两者编码的氨基酸序列有 89%相同 .基于EST的数字化表达分析显示UBAP1基因在小鼠正常组织中广泛高表达 . 展开更多
关键词 表达序列标签 数据库搜索 小鼠 UBAP1基因 数字化表达分析 鼻咽癌 组织表达 基因克隆
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基于表达序列标签(EST)的基因克隆和基因表达分析研究进展 被引量：7
5
作者 杨克强 王跃进 +3 位作者 张今今 王西平 张剑侠 万怡震 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2002年第4期141-145,共5页
表达序列标签 (expressed sequence tag,EST)是在生物体特定时空表达基因的一段 c DNA序列。随着生物信息学的发展 ,EST已成为基因定位、基因克隆、基因表达分析的有力工具。文章对应用 EST克隆基因和分析基因表达的研究进展进行了综述 ... 表达序列标签 (expressed sequence tag,EST)是在生物体特定时空表达基因的一段 c DNA序列。随着生物信息学的发展 ,EST已成为基因定位、基因克隆、基因表达分析的有力工具。文章对应用 EST克隆基因和分析基因表达的研究进展进行了综述 ,并讨论了利用 展开更多
关键词 表达序列标签 (est) 基因克隆 基因表达
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表达序列标签(EST)分析及其在林木研究中的应用 被引量：14
6
作者 李虹 卢孟柱 蒋湘宁 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2004年第6期804-809,共6页
简要叙述了表达序列标签EST技术的原理和流程,综述了EST在研究林木木材形成和其它生物学过程时新基因的发现、基因表达分析和基因芯片方面的应用进展以及在开发林木单核苷酸多态性和简单序列重复等分子标记和构建遗传图谱方面的应用进展... 简要叙述了表达序列标签EST技术的原理和流程,综述了EST在研究林木木材形成和其它生物学过程时新基因的发现、基因表达分析和基因芯片方面的应用进展以及在开发林木单核苷酸多态性和简单序列重复等分子标记和构建遗传图谱方面的应用进展,并对其在林木基因组研究中的应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 表达序列标签 林木研究 est 基因表达 基因芯片 分子标记 遗传图谱
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金钱鱼毒腺cDNA表达文库的构建及EST序列分析 被引量：9
7
作者 陈慧萍 姜孝玉 +4 位作者 涂洪斌 杜晶春 卫剑文 杨文利 徐安龙 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期166-170,共5页
以金钱鱼 (Scatophagusargus)毒腺为出发材料 ,构建以真核表达载体pcDNA3 0为基础的金钱鱼毒腺cDNA表达文库 .应用SMARTTM cDNALibraryConstruction技术和生物信息学分析等方法 ,通过对文库克隆的序列测定和初步生物信息学分析 ,获得了 ... 以金钱鱼 (Scatophagusargus)毒腺为出发材料 ,构建以真核表达载体pcDNA3 0为基础的金钱鱼毒腺cDNA表达文库 .应用SMARTTM cDNALibraryConstruction技术和生物信息学分析等方法 ,通过对文库克隆的序列测定和初步生物信息学分析 ,获得了 2 0 1个金钱鱼新表达序列标签 (ESTs) ,其中已确定全长cDNA的克隆有 2 7个 ,包括多个核糖体大小亚基蛋白 (ribosomalprotein)、细胞凋亡相关蛋白 (programmedcelldeath 10 ) ,G蛋白信号调控子 (Gproteinsignalingregulator)、胸腺素(thymosinbeta 4 )、延伸因子 (translationelongationfactor 1 alpha)和泛素 (ubiquitin)等 .金钱鱼毒腺cDNA表达文库的成功构建 ,为研究金钱鱼毒腺的活性组分及其作用机制奠定了基础 。 展开更多
关键词 金钱鱼 毒腺 CDNA 表达文库 est 序列分析 功能基因
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溶藻弧菌诱导凡纳滨对虾消减文库的构建及其表达序列标签分析 被引量：7
8
作者 蔡小辉 鲁义善 +3 位作者 吴灶和 简纪常 王蓓 蔡双虎 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期157-163,共7页
利用抑制消减杂交技术构建了溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)诱导的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)血淋巴细胞cDNA文库。用DNAMAN5.2.2软件对560条高质量的ESTs进行聚类,共获得239个Unigenes。与GenBank进行BLASTx和BLASTn同源比较,... 利用抑制消减杂交技术构建了溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)诱导的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)血淋巴细胞cDNA文库。用DNAMAN5.2.2软件对560条高质量的ESTs进行聚类,共获得239个Unigenes。与GenBank进行BLASTx和BLASTn同源比较,其中66.9%为已知功能基因,33.1%为未知功能基因,GO分类将其分为7类,包括能量和基础代谢类相关的基因为第一大类占36%,免疫相关基因占15%,其他基因占8%,信号转导类占3%,抗氧化酶和凋亡相关蛋白均为2%,核蛋白类占1%。实验结果表明凡纳滨对虾在溶藻弧菌诱导下可产生一系列特异基因的表达,通过对文库的分析显示,基于PCR方法建立的SSH文库为取得大量免疫相关基因的ESTs序列提供了可能。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 溶藻弧菌 抑制消减杂交(SSH) 表达序列标签(est)
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植物基因组表达序列标签(EST)计划研究进展 被引量：84
9
作者 骆蒙 贾继增 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第4期494-497,共4页
植物表达序列标签 (EST)计划是随机挑选cDNA克隆 ,并对其 3′或 5′端进行大规模一次性测序 ,将得到的 15 0～ 5 0 0bp长度的DNA片段与数据库中的序列进行比较 ,获得对基因组结构、组织、表达等认识的基因组研究策略 .就近年来国际植物... 植物表达序列标签 (EST)计划是随机挑选cDNA克隆 ,并对其 3′或 5′端进行大规模一次性测序 ,将得到的 15 0～ 5 0 0bp长度的DNA片段与数据库中的序列进行比较 ,获得对基因组结构、组织、表达等认识的基因组研究策略 .就近年来国际植物EST计划的实施情况、植物EST计划的研究范围、生物信息学在EST研究中的应用、EST数据库及查询。 展开更多
关键词 植物基因组 表达序列标签 生物信息学
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鲤鱼肝胰脏cDNA文库的表达序列标签分析及Lb-Fabp mRNA的特征(英文) 被引量：6
10
作者 陈文波 刘黎黎 +1 位作者 李文笙 林浩然 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期376-384,共9页
本文构建了鲤鱼肝胰脏cDNA文库,共获得了1016条有效的表达序列标签。拼接组装成115个contigs和282个singletons。其中215个拼接序列在GenBank公共数据库中寻找到相对应的基因。对它们进行功能性分类和比较分析为鲤鱼肝胰脏的研究提供了... 本文构建了鲤鱼肝胰脏cDNA文库,共获得了1016条有效的表达序列标签。拼接组装成115个contigs和282个singletons。其中215个拼接序列在GenBank公共数据库中寻找到相对应的基因。对它们进行功能性分类和比较分析为鲤鱼肝胰脏的研究提供了基因表达信息的基础。文库中1016条表达序列标签有11条代表了鲤鱼肝基本型脂肪酸结合蛋白(Lb-FABP)。通过序列比较我们获得了两个具有相同开放阅读框长度的Lb-Fabp cDNAs。开放阅读框全长381bp,编码126个氨基酸。半定量RT-PCR结合Southern blot技术研究了Lb-Fabp mRNA在成鱼不同组织以及早期发育不同时期的表达图式。结果表明,Lb-FabpmRNA在肝胰脏、中肠和后肠中表达量较高。同时在精巢和皮肤中有低水平的表达。脑、肌肉、卵巢、肾脏、脾脏、鳃和心脏等组织中其表达量更低。而在脂肪和前肠中则没有检测到Lb-FabpmRNA表达。Lb-FabpmRNA最早在胚体形成期检测到有低水平表达,随后的发育阶段中表达量逐渐升高。鲤鱼Lb-Fabp基因的表达图式提示在肝脏和肠等器官开始发育后,它可能在脂肪代谢中具有重要作用。 展开更多
关键词 鲤鱼 CDNA文库 表达序列标签 脂肪酸结合蛋白 mRNA表达
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桑树幼叶cDNA文库的构建及部分表达序列标签分析 被引量：6
11
作者 方荣俊 戚金亮 +8 位作者 扈冬青 赵卫国 汪伟 张林 刘利 潘刚 沈兴家 潘一乐 杨永华 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期581-586,共6页
基于为鉴定和克隆桑树功能基因提供基础信息的目的,采用RNA转录5′末端转换(SMART)法构建了桑树幼叶全长cDNA文库。该文库容量为1.02×106pfu/mL,重组率95%,符合构建基因文库的质量要求。从构建的桑树幼叶cDNA文库中随机挑取48个克... 基于为鉴定和克隆桑树功能基因提供基础信息的目的,采用RNA转录5′末端转换(SMART)法构建了桑树幼叶全长cDNA文库。该文库容量为1.02×106pfu/mL,重组率95%,符合构建基因文库的质量要求。从构建的桑树幼叶cDNA文库中随机挑取48个克隆进行表达序列标签(EST)测序,有效序列为32条,经UniGene数据库归并后为32条,UniGene比率为100%;与NCBI核酸数据库进行比对、查询和注释,在32条序列中有29条序列具有同源性,其中16条为全长序列,完整性比率为55.2%;初步发现具有已知功能基因的ESTs 6个,具有推测功能基因的ESTs 5个,未命名或未知功能基因的ESTs 21个。 展开更多
关键词 桑树 CDNA文库 RNA转录5′末端转换 表达序列标签
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美洲黑杨雄性花芽cDNA克隆测序及表达序列标签(ESTs)特性分析 被引量：4
12
作者 周祥明 张冰玉 +4 位作者 苏晓华 王大海 黄秦军 张香华 张志毅 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第11期37-41,共5页
采用SMART技术构建美洲黑杨雄性花芽cDNA文库。随机挑选4200个克隆进行序列测定,获得原始序列3092个ESTs,去除插入片段短于150bp的序列和污染序列后,获得有效ESTs序列3087个,平均长度515bp。对聚类后的416个Clusters分别进行单独拼接,... 采用SMART技术构建美洲黑杨雄性花芽cDNA文库。随机挑选4200个克隆进行序列测定,获得原始序列3092个ESTs,去除插入片段短于150bp的序列和污染序列后,获得有效ESTs序列3087个,平均长度515bp。对聚类后的416个Clusters分别进行单独拼接,得到相应的Contigs和Singletons分别为451和1104个,并通过与NCBI等核酸数据库进行比对、查询和注释,获得已知功能和未知功能的基因1015个,无序列相似性的新基因540个。这些数据为进一步研究高等植物花发育提供了一个极有价值的资源。 展开更多
关键词 美洲黑杨 雄性花芽 CDNA文库 表达序列标签
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苎麻茎皮表达序列标签(ESTs)分析 被引量：3
13
作者 佘玮 邢虎成 +2 位作者 秦占军 罗中钦 揭雨成 《热带作物学报》 CSCD 2008年第2期198-201,共4页
以生长中期的苎麻[Boehmeria nivea(L.) Gaud]茎皮为材料,构建库容量为2.2×105pfu/mL的cDNA文库并随机挑选部分克隆进行测序和生物信息学初步分析,得到275条有效序列。通过与NCBI等数据库比对分析,获得已知功能基因或具推测功能基... 以生长中期的苎麻[Boehmeria nivea(L.) Gaud]茎皮为材料,构建库容量为2.2×105pfu/mL的cDNA文库并随机挑选部分克隆进行测序和生物信息学初步分析,得到275条有效序列。通过与NCBI等数据库比对分析,获得已知功能基因或具推测功能基因的EST91条,已知EST37条,新的EST147条,具已知或推测功能的ESTs大致分为9类,其中与蛋白质合成有关的ESTs所占比例最大。cDNA文库的构建和ESTs分析为苎麻功能基因组学研究提供了一条方便快捷的途径。 展开更多
关键词 苎麻 茎皮 表达序列标签(est)
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一种基于表达序列标签(EST)的新型目标分子标记技术——保守区域扩增多态性(CoRAP) 被引量：3
14
作者 熊发前 唐荣华 +5 位作者 庄伟建 蒋菁 钟瑞春 韩柱强 贺梁琼 李忠 《广西农业科学》 CAS CSCD 2010年第2期100-103,共4页
CoRAP分子标记技术是一种基于表达序列标签的目标分子标记新技术,具有操作简单、重复性高和特异性强等优点。该分子标记的原理是:根据表达序列标签来设计1个固定引物,根据大多数内含子内部的一段保守序列设计另1个随机引物,在退火温度... CoRAP分子标记技术是一种基于表达序列标签的目标分子标记新技术,具有操作简单、重复性高和特异性强等优点。该分子标记的原理是:根据表达序列标签来设计1个固定引物,根据大多数内含子内部的一段保守序列设计另1个随机引物,在退火温度为52℃的常规3步法PCR程序下,扩增产生偏向表达序列标签附近区域的显性或共显性标记。该分子标记可以作为SRAP、TRAP标记有效补充的目标分子标记新技术,在生物多样性分析、遗传图谱构建、重要性状基因标记、QTL定位及分子标记辅助育种等方面均有较大的应用潜力。 展开更多
关键词 保守区域扩增多态性(CoRAP) 目标分子标记 表达序列标签(est) 内含子多态性
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黄鳝肠道cDNA文库构建及营养相关表达序列标签分析 被引量：5
15
作者 唐勇 刘旭 周定刚 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期992-999,共8页
本研究旨在构建黄鳝肠道未剪切cDNA文库,对黄鳝肠道营养相关基因表达进行初步分析。以黄鳝全肠为试验材料,采用Invitrogen公司的Gateway技术构建了黄鳝肠道未剪切cDNA文库,并进行规模表达序列标签(expressed sequence tag,EST)测序和分... 本研究旨在构建黄鳝肠道未剪切cDNA文库,对黄鳝肠道营养相关基因表达进行初步分析。以黄鳝全肠为试验材料,采用Invitrogen公司的Gateway技术构建了黄鳝肠道未剪切cDNA文库,并进行规模表达序列标签(expressed sequence tag,EST)测序和分析。结果表明:文库的库容量为1.46×107CFU,重组率达96.88%,平均插入片段长度2.11kb。随机挑取1056个cDNA阳性克隆进行测序,共获得906条有效的EST,其中886条的长度大于400bp,拼接组装得到762个单基因簇(unigene),包括61个重叠群(contig),701个单拷贝EST(singleton);与营养相关的EST共有5类59种,其中:蛋白质/氨基酸代谢类25种,碳水化合物代谢类13种,脂类代谢类5种,能量代谢类12种,无机离子代谢类4种。本文成功构建了黄鳝肠道未剪切cDNA文库,并进行了EST序列测定和分析,筛选出营养相关EST,为后续研究提供了基础数据。 展开更多
关键词 黄鳝 肠道 CDNA文库 表达序列标签 营养
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表达序列标签(EST)在基因组学研究中的应用 被引量：24
16
作者 万海伟 杜立新 《生物技术通报》 CAS CSCD 2004年第1期35-38,34,共5页
表达序列标签 (expressedsequencetags)是一种快捷、高效的揭示基因组信息的方法。本文对EST的产生、概念。
关键词 表达序列标签 基因组学 生物信息学 技术原理
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曼氏无针乌贼肌肉cDNA文库的构建和表达序列标签分析 被引量：2
17
作者 蒋霞敏 王佳 +1 位作者 薛良义 曾建刚 《台湾海峡》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期357-362,共6页
以曼氏无针乌贼(Sepiella maindroni)肌肉组织为研究材料,利用Clontech公司的cDNA文库构建试剂盒构建了曼氏无针乌贼肌肉cDNA文库.对文库质量的分析结果表明:cDNA文库的库容量约为1.2×106克隆(cfu/dm3),重组率达96%,插入片段平均... 以曼氏无针乌贼(Sepiella maindroni)肌肉组织为研究材料,利用Clontech公司的cDNA文库构建试剂盒构建了曼氏无针乌贼肌肉cDNA文库.对文库质量的分析结果表明:cDNA文库的库容量约为1.2×106克隆(cfu/dm3),重组率达96%,插入片段平均长度大于1 000 bp.挑取568个阳性克隆进行5’末端测序,其中475条ESTs长度大于100 bp,初步拼接后得到200个单基因簇,包括41个重叠群和159个单拷贝EST,冗余度为57.89%.经检索,53条ESTs(占比为26.5%)在BLASTx上无明显的同源性(E值≥1.00×10-10),为新基因.147条ESTs(占比为73.5%)与已报道的基因有较高的同源性;其中与能量相关基因的ESTs丰度最高,占总数的23.0%.细胞信号传导、细胞骨架和蛋白质代谢的次之,比例分别为17.5%、12.5%、9.5%,其中包括热激蛋白70、转铁蛋白等.这些EST数据有助于进一步筛选和克隆曼氏无针乌贼和其他头足动物的肌肉特异性表达基因. 展开更多
关键词 海洋生物学 曼氏无针乌贼 肌肉组织 CDNA文库 表达序列标签(ests)
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8～10周龄胎儿心脏cDNA文库大规模表达序列标签分析 被引量：2
18
作者 吕小东 刘迎龙 +2 位作者 赵勇 刘玉清 刘宗正 《中国循环杂志》 CSCD 北大核心 2000年第6期357-359,共3页
目的 :研究心脏发育过程中基因表达特点。　　方法 :随机选择 8～ 10周龄胎儿心脏互补脱氧核糖核酸 (c DNA)文库的克隆进行表达序列标签 (EST)测序 ,结果与基因库 /欧洲分子生物学实验室 /日本脱氧核糖核酸数据库 (Gen Bank/ EMBL/ DDBJ... 目的 :研究心脏发育过程中基因表达特点。　　方法 :随机选择 8～ 10周龄胎儿心脏互补脱氧核糖核酸 (c DNA)文库的克隆进行表达序列标签 (EST)测序 ,结果与基因库 /欧洲分子生物学实验室 /日本脱氧核糖核酸数据库 (Gen Bank/ EMBL/ DDBJ)进行同源性比较 ,所获 EST进行功能分类 ,并比较其与 10～ 12周龄胎儿及成人心脏表达基因功能分类的不同。　　结果 :2 338条 EST中 ,16 14条 6 9.0 3%与已知基因匹配 ,5 47条 (2 3.4% )与其它 EST或基因组 DNA相似 ,177条(7.5 7% )是新 EST。发现了不同心脏发育时期中基因表达的特点。　　结论 :大规模 EST分析是系统研究心血管系统不同发育时期基因表达特点的有力工具。 展开更多
关键词 胎儿心脏 基因文库 表达序列标签
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哈茨木霉cDNA文库构建及表达序列标签分析 被引量：2
19
作者 刘丕钢 杨谦 《哈尔滨工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第11期1503-1506,1548,共5页
为了从分子水平上研究哈茨木霉的生物防治作用机制,构建了哈茨木霉菌丝体时期的cDNA文库并随机挑选部分克隆进行了测序分析.所构建的文库滴度为1.2×106pfu/m l,重组率为93%,插入片断平均长度>1.2 kb.对随机挑选的305条ESTs测序... 为了从分子水平上研究哈茨木霉的生物防治作用机制,构建了哈茨木霉菌丝体时期的cDNA文库并随机挑选部分克隆进行了测序分析.所构建的文库滴度为1.2×106pfu/m l,重组率为93%,插入片断平均长度>1.2 kb.对随机挑选的305条ESTs测序分析,其中67条EST为已知基因,58条为已知EST,其余的180条为新EST.在已知基因中,有9条ESTs与生物防治相关.从对文库的初步检验结果看,文库具有良好的质量,符合大规模测序的标准.通过ESTs研究是获得功能基因的有效手段. 展开更多
关键词 哈茨木霉 CDNA文库 表达序列标签(est) 生物防治
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重金属暴露铜锈环棱螺全组织均一化cDNA文库构建及表达序列标签特征分析 被引量：1
20
作者 安立会 郑丙辉 +8 位作者 王静波 张雷 李子成 付青 王春燕 赵兴茹 陈浩 王丽靖 尚晶晶 《生态毒理学报》 CAS CSCD 2011年第3期281-288,共8页
构建cDNA文库是寻找生物新功能基因的有效手段。采用SMART技术构建了重金属铜和镉暴露铜锈环棱螺全组织均一化cDNA文库,文库库容为1.78×106克隆,重组率大于99%。从初始文库中随机挑取6000个克隆进行测序,获得5473个高质量表达序列... 构建cDNA文库是寻找生物新功能基因的有效手段。采用SMART技术构建了重金属铜和镉暴露铜锈环棱螺全组织均一化cDNA文库,文库库容为1.78×106克隆,重组率大于99%。从初始文库中随机挑取6000个克隆进行测序,获得5473个高质量表达序列标签(ESTs)序列。经聚类分析得到3961个Unigene(平均长度为815bp),其中包含897条重叠群(Contigs),3604条单拷贝EST序列(Singlets),冗余度为27.63%。对ESTs序列进行相似性功能分类(COG)、标准基因词汇体系(GO)功能分类和基因与基因组(KEEG)代谢途径的生物信息学分析。结果表明此文库含有大量的生长发育、细胞信号传导机制和生物防御机制等相关基因,为进一步筛选铜锈环棱螺功能基因奠定了生物信息学基础,也为发展铜锈环棱螺毒理效应研究提供了丰富的信息资源。 展开更多
关键词 铜锈环棱螺 重金属 均一化cDNA文库 表达序列标签
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