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基于全局角度网络策略的复杂疾病风险通路识别
被引量：
2
1
作者
邓莉莉
许艳军
+3 位作者
张春龙
姚茜岚
冯丽
李春权
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2015年第3期286-296,共11页
复杂疾病的发生发展与机体内生物学通路的功能紊乱有密切联系,从高通量数据出发,利用计算机辅助方法来研究疾病与通路间的关系具有重要意义.本文提出了一个新的基于网络的全局性通路识别方法.该方法利用蛋白质互作信息和通路的基因集组...
复杂疾病的发生发展与机体内生物学通路的功能紊乱有密切联系,从高通量数据出发,利用计算机辅助方法来研究疾病与通路间的关系具有重要意义.本文提出了一个新的基于网络的全局性通路识别方法.该方法利用蛋白质互作信息和通路的基因集组成信息构建复杂的蛋白质-通路网.然后,基于表达谱数据,通过随机游走算法从全局层面优化疾病风险通路.最终,通过扰动方式识别统计学显著的风险通路.将该网络运用于结肠直肠癌风险通路识别,识别出15个与结肠直肠癌发生与发展过程显著相关的通路.通过与其他通路识别方法(超几何检验,SPIA)相比较,该方法能够更有效识别出疾病相关的风险通路.
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关键词
风险
通
路
蛋白质-通路网
蛋白质
互作
随机游走
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职称材料
题名
基于全局角度网络策略的复杂疾病风险通路识别
被引量：
2
1
作者
邓莉莉
许艳军
张春龙
姚茜岚
冯丽
李春权
机构
哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2015年第3期286-296,共11页
基金
国家自然科学基金(31200996)
黑龙江省教育厅项目(12531295)
哈尔滨医科大学于维汉院士杰出青年培养基金资助~~
文摘
复杂疾病的发生发展与机体内生物学通路的功能紊乱有密切联系,从高通量数据出发,利用计算机辅助方法来研究疾病与通路间的关系具有重要意义.本文提出了一个新的基于网络的全局性通路识别方法.该方法利用蛋白质互作信息和通路的基因集组成信息构建复杂的蛋白质-通路网.然后,基于表达谱数据,通过随机游走算法从全局层面优化疾病风险通路.最终,通过扰动方式识别统计学显著的风险通路.将该网络运用于结肠直肠癌风险通路识别,识别出15个与结肠直肠癌发生与发展过程显著相关的通路.通过与其他通路识别方法(超几何检验,SPIA)相比较,该方法能够更有效识别出疾病相关的风险通路.
关键词
风险
通
路
蛋白质-通路网
蛋白质
互作
随机游走
Keywords
risk pathways
protein
-
pathway network
protein
-
protein interactions
random walk
分类号
R318.04 [医药卫生—生物医学工程]
Q811.4 [生物学—生物工程]
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出处
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1
基于全局角度网络策略的复杂疾病风险通路识别
邓莉莉
许艳军
张春龙
姚茜岚
冯丽
李春权
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2015
2
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