检索结果-维普期刊中文期刊服务平台

蛋白质-蛋白质分子对接中打分函数研究进展被引量：10: 1; 作者王存新常珊 +3 位作者龚新奇杨峰李春华陈慰祖《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第4期751-758,共8页; 分子对接是研究分子间相互作用与识别的有效方法.其中,用于近天然构象挑选的打分函数的合理设计对于对接中复合物结构的成功预测至关重要.本文回顾了蛋白质-蛋白质分子对接组合打分函数中一些主要打分项,包括几何互补项、界面接触面积... 展开更多; 关键词蛋白质-蛋白质分子对接打分函数打分策略结合位点信息; 在线阅读下载PDF 职称材料

蛋白质-蛋白质分子对接方法研究进展被引量：11: 2; 作者李春华马晓慧 +1 位作者陈慰祖王存新《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第7期616-621,共6页; 蛋白质分子间相互作用与识别是21世纪生命科学研究的前沿和热点.分子对接方法是研究这一课题有效的计算机模拟手段.通常,蛋白质-蛋白质分子对接包括四个阶段:搜索受体与配体分子间的结合模式,过滤对接结构以排除不合理的结合模式,优化结... 展开更多; 关键词蛋白质-蛋白质分子对接过滤打分函数分子柔性; 在线阅读下载PDF 职称材料

蛋白质相互作用预测、设计与调控被引量：7: 3; 作者张长胜来鲁华《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第10期2363-2380,共18页; 蛋白质相互作用是生命活动在分子水平上的基本事件.蛋白质相互作用的三维图像可以给出关键生命活动过程的分子细节.了解蛋白质相互作用的原理有助于揭示生命活动的机制,并在此基础上开展有重要价值的蛋白质设计.本文对于蛋白质相互作用... 展开更多; 关键词蛋白质相互作用相互作用预测蛋白质-蛋白质对接蛋白质相互作用设计蛋白质药物药物设计; 在线阅读下载PDF 职称材料

细菌化学趋向性受体聚集体的相互作用: 4; 作者余大启涂豫海来鲁华《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2014年第7期1347-1353,共7页; 细菌化学趋向性受体的最小结构单元为二聚体,在细胞膜上这些二聚体会聚集成大团簇.X射线晶体结构和低分辨电镜结构测定表明,这些团簇有两类不同的形式,一种是在晶体结构中观察到的倒金字塔式二聚体的三聚体重复形成的聚集,另一种为由二... 展开更多; 关键词化学趋向性受体聚集体分子相互作用蛋白质-蛋白质对接分子动力学模拟; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名蛋白质-蛋白质分子对接中打分函数研究进展被引量：10: 1; 作者王存新常珊龚新奇杨峰李春华陈慰祖; 机构北京工业大学生命科学与生物工程学院华南农业大学信息学院清华大学生命科学学院; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第4期751-758,共8页; 基金国家自然科学基金(10974008 31171267) +1 种基金科技部国际合作项目(2010DFA31710)资助~~; 文摘分子对接是研究分子间相互作用与识别的有效方法.其中,用于近天然构象挑选的打分函数的合理设计对于对接中复合物结构的成功预测至关重要.本文回顾了蛋白质-蛋白质分子对接组合打分函数中一些主要打分项,包括几何互补项、界面接触面积、范德华相互作用能、静电相互作用能以及统计成对偏好势等打分项的计算方法.结合本研究小组的工作,介绍了目前普遍使用的打分方案以及利用与结合位点有关的信息进行结构筛选的几种策略,比较并总结了常用打分函数的特点.最后,分析并指出了当前蛋白质-蛋白质对接打分函数所存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望.; 关键词蛋白质-蛋白质分子对接打分函数打分策略结合位点信息; Keywords Protein-protein docking Scoring function Scoring scheme Binding site information; 分类号 O629.73 [理学—有机化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名蛋白质-蛋白质分子对接方法研究进展被引量：11: 2; 作者李春华马晓慧陈慰祖王存新; 机构北京工业大学生命科学与生物工程学院; 出处《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第7期616-621,共6页; 基金国家自然科学基金资助项目(30400087 10574009) +1 种基金北京市自然科学基金(5042003) 国家教育部博士点基金(2004005013)资助项目~~; 文摘蛋白质分子间相互作用与识别是21世纪生命科学研究的前沿和热点.分子对接方法是研究这一课题有效的计算机模拟手段.通常,蛋白质-蛋白质分子对接包括四个阶段:搜索受体与配体分子间的结合模式,过滤对接结构以排除不合理的结合模式,优化结构,用精细的打分函数评价、排序对接模式并挑选近天然构象.结合国内外研究蛋白质-蛋白质分子对接方法进展和本研究小组的工作,对以上四个环节做了详细的综述.另外,还分析了目前存在的主要问题,并提出对未来工作的展望.; 关键词蛋白质-蛋白质分子对接过滤打分函数分子柔性; Keywords protein-protein docking, filtering, scoring function, molecular flexibility; 分类号 Q617 [生物学—生物物理学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名蛋白质相互作用预测、设计与调控被引量：7: 3; 作者张长胜来鲁华; 机构北京大学化学与分子工程学院北京大学定量生物学中心北京大学-清华大学生命科学联合中心; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第10期2363-2380,共18页; 基金国家自然科学基金(11021463 90913021) +1 种基金北京大学-清华大学生命科学联合中心优秀博士后项目资助~~; 文摘蛋白质相互作用是生命活动在分子水平上的基本事件.蛋白质相互作用的三维图像可以给出关键生命活动过程的分子细节.了解蛋白质相互作用的原理有助于揭示生命活动的机制,并在此基础上开展有重要价值的蛋白质设计.本文对于蛋白质相互作用预测、设计和调控研究的近期进展进行了总结归纳,介绍了作者实验室在相关领域的研究进展,并对今后的研究方向进行了展望.主要包括:(1)蛋白质相互作用网络、蛋白质相互作用机制和蛋白质复合物结构计算分析;(2)基于序列、结合位点以及复合物结构的蛋白质相互作用预测;(3)蛋白质相互作用设计方法;(4)利用化学分子调控蛋白质相互作用的方法;(5)针对蛋白质相互作用的蛋白质药物设计方法.; 关键词蛋白质相互作用相互作用预测蛋白质-蛋白质对接蛋白质相互作用设计蛋白质药物药物设计; Keywords Protein-protein interaction Interaction prediction Protein-protein docking Protein-protein interaction design Protein drug Drug design; 分类号 O629.73 [理学—有机化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名细菌化学趋向性受体聚集体的相互作用: 4; 作者余大启涂豫海来鲁华; 机构北京大学化学与分子工程学院北京大学定量生物学中心 IBMT.J.Watson Research Center; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2014年第7期1347-1353,共7页; 基金国家自然科学基金(21173013)资助项目~~; 文摘细菌化学趋向性受体的最小结构单元为二聚体,在细胞膜上这些二聚体会聚集成大团簇.X射线晶体结构和低分辨电镜结构测定表明,这些团簇有两类不同的形式,一种是在晶体结构中观察到的倒金字塔式二聚体的三聚体重复形成的聚集,另一种为由二聚体尾部相互盘绕形成的拉链状聚集.有关拉链状聚集的详细分子模型目前尚不清楚.本文使用蛋白质-蛋白质对接的方法研究了大肠杆菌丝氨酸化学趋向性受体Tsr二聚体之间的相互作用.分子对接计算表明,倒金字塔式聚集和拉链状聚集的基本复合物都是可以出现的,相应复合物的分子动力学模拟表明这些结构都具有一定的稳定性.对于所获得的拉链状聚集体的基本复合物结构模型进行了详细的二聚体作用界面分析,发现二聚体间主要通过静电和疏水作用形成复合物,其中Arg388、Phe373和Ile377是形成拉链状聚集的关键作用残基.所建立的Tsr拉链状聚集的结构模型有助于揭示细菌化学趋向性受体在细胞膜上聚集的分子机制,为进一步的聚集理论及模拟研究提供了基础.; 关键词化学趋向性受体聚集体分子相互作用蛋白质-蛋白质对接分子动力学模拟; Keywords Chemoreceptor Assembly Molecular interaction Protein-protein docking Molecular dynamics simulation; 分类号 O641.3 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	蛋白质-蛋白质分子对接中打分函数研究进展	王存新常珊龚新奇杨峰李春华陈慰祖	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2012	10	在线阅读下载PDF 职称材料
2	蛋白质-蛋白质分子对接方法研究进展	李春华马晓慧陈慰祖王存新	《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2006	11	在线阅读下载PDF 职称材料
3	蛋白质相互作用预测、设计与调控	张长胜来鲁华	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2012	7	在线阅读下载PDF 职称材料
4	细菌化学趋向性受体聚集体的相互作用	余大启涂豫海来鲁华	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2014	0	在线阅读下载PDF 职称材料