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蛋白质、多酚、多糖三元共价复合物在纳米递送系统中应用的研究进展
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作者 黄雨洋 郑宝宁 +5 位作者 朱颖 孙冰玉 刘琳琳 吕铭守 刘纪元 朱秀清 《食品工业科技》 北大核心 2025年第21期475-485,共11页
蛋白质、多酚和多糖是具有不同功能属性的成分,当蛋白质提供表面活性、多酚提供抗氧化活性、多糖提供空间位阻,三者可通过共价键形成不可逆的、高稳定性三元复合物。多数三元共价复合物的功能性质较单一物质和二元复合物显著提高。三元... 蛋白质、多酚和多糖是具有不同功能属性的成分,当蛋白质提供表面活性、多酚提供抗氧化活性、多糖提供空间位阻,三者可通过共价键形成不可逆的、高稳定性三元复合物。多数三元共价复合物的功能性质较单一物质和二元复合物显著提高。三元共价复合物形成的纳米递送系统使封装的生物活性物质免受胃肠道中氧化、pH、酶降解等不利因素的影响,不易被分解。本文概述了蛋白质、多酚、多糖二元及三元共价复合物的常用制备方法、三者共价结合的形成机制、功能性质及在纳米乳液、纳米颗粒、纳米凝胶递送系统中的应用,为设计封装和保护生物活性成分的三元共价复合体系提供参考。 展开更多
关键词 蛋白质 多酚 多糖 三元共价复合物 制备方法 纳米递送系统
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超级微波消解ICP-OES法测定宠物饲料中硫含量及与总蛋白质相关性分析 被引量:1
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作者 陈树娣 李锦才 +3 位作者 陈晓燕 李胜 张世伟 郑彦婕 《光谱学与光谱分析》 北大核心 2025年第2期420-425,共6页
建立了超级微波消解-电感耦合等离子体发射光谱法(ICP-OES)测定宠物饲料中硫含量的新方法。系统探究了超级微波消解条件对消解液中残留碳含量(RCC)和残留酸量(RA)的影响,以这两项指标为依据,有效评估了消解效果,建立了优化微波消解条件... 建立了超级微波消解-电感耦合等离子体发射光谱法(ICP-OES)测定宠物饲料中硫含量的新方法。系统探究了超级微波消解条件对消解液中残留碳含量(RCC)和残留酸量(RA)的影响,以这两项指标为依据,有效评估了消解效果,建立了优化微波消解条件的新策略。系统性研究了五种不同价态的硫形态对硫元素测定的影响,发现低价态硫标准物质在酸性条件下制备时,硫元素发射强度显著增强,而高价态硫标准物质在三种条件(酸性、中性和碱性)下制备时,硫元素发射强度均较稳定,为配制介质和硫标准物质的选择提供了有益的指导。研究发现,超级微波消解系统所创造的高温高压环境以及消解试剂的强氧化性条件,能有效消除低价态硫在酸性前处理条件下的发射强度增强效应。采用酸性条件配制高价态硫(SO_(4)^(2-))标准物质,并结合超级微波消解系统,能够实现宠物饲料中五种不同价态硫的准确测定。加标回收率为86.5%~108%,RSD值为1.69%~4.18%,检出限为6.2 mg·kg^(-1),与国家标准方法相比,该方法具有灵敏度高、成本低、绿色环保、工作效率高的优点。研究发现宠物饲料中硫含量与总蛋白质含量之间存在极显著正相关性(相关系数=0.819,p<0.01),可以为宠物饲料中总蛋白质含量的准确测定提供新思路和方向。 展开更多
关键词 超级微波消解 超级微波消解-电感耦合等离子体发射光谱(ICP-OES) 宠物饲料 蛋白质 相关性
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蛋白质/脂质-淀粉相互作用及其对淀粉消化速率减缓作用研究进展 被引量:3
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作者 刘常念 郭岩 +2 位作者 张嘉欣 于修烛 李琪 《食品工业科技》 北大核心 2025年第9期1-10,共10页
随着肥胖、心血管疾病和Ⅱ型糖尿病的流行,低血糖生成指数食物受到推崇,蛋白质和脂质对淀粉消化速率减缓效果成为研究热点。本文概述了蛋白质和脂质与淀粉的相互作用机制,探讨了影响二元及三元复合物形成的因素,如物质来源、种类、性质... 随着肥胖、心血管疾病和Ⅱ型糖尿病的流行,低血糖生成指数食物受到推崇,蛋白质和脂质对淀粉消化速率减缓效果成为研究热点。本文概述了蛋白质和脂质与淀粉的相互作用机制,探讨了影响二元及三元复合物形成的因素,如物质来源、种类、性质与加工处理条件等,同时介绍了复合物形成对淀粉黏度、溶解度、膨胀度和糊化特性等理化性质的影响。在此基础上,分析蛋白质和脂质减缓淀粉消化速率的作用机理:蛋白质通过在淀粉颗粒表面形成物理屏障和与酶结合降低酶活性来抑制淀粉消化;淀粉-脂质复合物通过形成屏障层阻碍淀粉酶的进入,并抑制淀粉分子分散,降低与淀粉酶接触机会,从而减缓淀粉的消化速率。以期为淀粉基复合物在调节人体血糖方面的进一步研究,及其在预防Ⅱ型糖尿病等功能食品的开发应用等方向提供理论基础。 展开更多
关键词 淀粉 蛋白质 脂质 复合物 相互作用 理化性质 消化速率
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用于解析蛋白质-代谢物相互作用的蛋白质组学技术
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作者 刘畅 秦洪强 叶明亮 《质谱学报》 北大核心 2025年第5期532-541,I0001,共11页
代谢物可通过共价或非共价方式与多种蛋白质相互作用,进而调控蛋白质功能。然而,许多此类相互作用非常短暂且亲和力低,并且存在高度动态性,其相互作用网络的复杂性导致蛋白质-代谢物相互作用的系统性鉴定面临极大挑战。近年来,基于质谱... 代谢物可通过共价或非共价方式与多种蛋白质相互作用,进而调控蛋白质功能。然而,许多此类相互作用非常短暂且亲和力低,并且存在高度动态性,其相互作用网络的复杂性导致蛋白质-代谢物相互作用的系统性鉴定面临极大挑战。近年来,基于质谱的蛋白质组学技术发展迅速,可无偏倚地系统描绘蛋白质-代谢物相互作用。本文综述了近5年用于解析蛋白质-代谢物相互作用的蛋白质组学技术进展,包括与目标代谢物“匹配”的竞争性活性探针、基于化学反应的直接捕获方法等,并深入讨论这些方法的优势、局限性及应用场景,以期为蛋白质-代谢物相互作用的研究提供参考。 展开更多
关键词 蛋白质-代谢物相互作用 翻译后修饰 非共价结合 蛋白质组学
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基于药物子结构与蛋白质三维图信息的化合物-蛋白质相互作用预测
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作者 李亚茹 王倩倩 +1 位作者 车超 朱德恒 《计算机科学》 北大核心 2025年第9期71-79,共9页
药物通过与蛋白质相互作用来抑制或激活特定蛋白质的功能,从而发挥治疗作用。近年来,深度学习方法在化合物蛋白质相互作用预测中取得显著进展。然而,现有的大多数研究仍然侧重于从药物和蛋白质的整体特征进行提取,对于药物和靶点的信息... 药物通过与蛋白质相互作用来抑制或激活特定蛋白质的功能,从而发挥治疗作用。近年来,深度学习方法在化合物蛋白质相互作用预测中取得显著进展。然而,现有的大多数研究仍然侧重于从药物和蛋白质的整体特征进行提取,对于药物和靶点的信息探索不足,忽视了蛋白质结构的三维空间信息以及药物关键子结构在化合物蛋白质相互作用预测中的作用。针对这一问题,提出了一种新的模型,其结合药物的官能团、整体结构图以及蛋白质的序列和三维空间图信息,将图神经网络和注意力机制融合,进行高效的特征学习与预测。在Human和C.elegans公开数据集上的实验结果表明,所提模型在CPI预测中表现出色,在ACC,AUROC和AUPR指标上有1%以上的提升,在非平衡数据集上表现出稳定的性能优势。 展开更多
关键词 化合物-蛋白质相互作用预测 药物子结构 蛋白质结构预测 图神经网络 深度学习
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分析超速离心-沉降速率法研究蛋白质-蛋白质相互作用
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作者 常卿 褚文丹 +3 位作者 芦亚菲 杨姊 曲娜 李文奇 《生物学杂志》 北大核心 2025年第5期111-116,共6页
分析超速离心-沉降速率法(AUC-SV)是一种用于确定溶液中分子大小和形状的经典生物物理技术,可以根据分子之间在相互作用过程中形成的复合物的数量、大小、化学计量学和亲和力来描述它们之间的相互作用。通过AUC-SV建立免疫相关的重要标... 分析超速离心-沉降速率法(AUC-SV)是一种用于确定溶液中分子大小和形状的经典生物物理技术,可以根据分子之间在相互作用过程中形成的复合物的数量、大小、化学计量学和亲和力来描述它们之间的相互作用。通过AUC-SV建立免疫相关的重要标记分子免疫球蛋白Fc区受体IIb(CD32b)和人IgG1抗体的Fc之间的受体和配体相互作用分析的方法,并与表面等离子共振(SPR)技术和微量热泳动(MST)技术等体外相互作用分析方法进行平行比较,进一步验证了SV-AUC研究蛋白质-蛋白质相互作用的方法可靠性。 展开更多
关键词 分析超速离心-沉降速率法 蛋白质-蛋白质相互作用 免疫球蛋白Fc区受体IIb 抗体Fc片段
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基于蛋白质组学技术探讨7-羟乙基白杨素防治高原脑水肿的作用靶点
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作者 张冬梅 李晓琳 +3 位作者 杨陈煜 景临林 何蕾 马慧萍 《浙江大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第4期549-558,共10页
目的:研究7-羟乙基白杨素(7-HEC)治疗大鼠高原脑水肿的作用靶点及机制。方法:54只雄性Wistar大鼠随机分为正常对照组、模型对照组和7-HEC组,每组18只。后两组于实验第4天置于模拟7000 m海拔的大型低压低氧舱持续暴露72 h建模。7-HEC组... 目的:研究7-羟乙基白杨素(7-HEC)治疗大鼠高原脑水肿的作用靶点及机制。方法:54只雄性Wistar大鼠随机分为正常对照组、模型对照组和7-HEC组,每组18只。后两组于实验第4天置于模拟7000 m海拔的大型低压低氧舱持续暴露72 h建模。7-HEC组于造模前三天起每日腹腔注射7-HEC(150 mg·kg^(-1)·d^(-1)),模型对照组注射等量等渗氯化钠溶液。运用串联质谱标签定量蛋白质组学技术检测并筛选差异表达蛋白,筛选标准为表达倍数变化1.2倍以上且P<0.05。采用蛋白质印迹法对差异表达蛋白进行验证,并对其进行基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析。结果:与正常对照组比较,模型对照组有256个差异表达蛋白;与模型对照组比较,7-HEC组有87个差异表达蛋白。19个在模型对照组中差异表达的蛋白质在7-HEC干预后得到纠正,其中7个(HSPA4、Arhgap20、SERT、HACL1、CCDC43、POLR3A和PCBD1)经蛋白质印迹法得到验证。对模型对照组与7-HEC组差异表达的蛋白质进行GO富集分析显示,差异表达蛋白共涉及13个生物学过程、5个细胞组分和2个分子功能;KEGG富集分析表明,差异表达蛋白与mRNA监测信号通路、Th17细胞分化、5-羟色胺能突触、RNA聚合酶、内质网中的蛋白质加工、过氧化物酶体、神经活性配体-受体相互作用、叶酸合成等信号通路有关。PPI网络分析结果显示,经蛋白质印迹法验证的差异表达蛋白HSPA4、POLR3A、HACL1与多个信号通路相关,其度值排名前二十,提示其可能为核心调控因子;Arhgap20、SERT和PCBD1也与多个蛋白质发生相互作用,可能是参与调控的关键蛋白质;未发现CCDC43与其他蛋白质相互作用。结论:筛选出7-HEC防治高原脑水肿的7个潜在靶点可能通过维持细胞稳态、改善氧化应激、调节能量代谢和降低血管通透性等途径参与高原脑水肿形成。 展开更多
关键词 蛋白质组学技术 7-羟乙基白杨素
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啤酒花来源的α-酸/黄腐酚与蛋白质Z相互作用及构效关系表征
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作者 王立敏 彭孟妍 +1 位作者 马长伟 吴子健 《食品与机械》 北大核心 2025年第6期9-16,共8页
[目的]探究两种结构不同的酒花小分子(α-酸和黄腐酚)与大麦蛋白质Z之间的相互作用机理及两者的构效关系。[方法]利用溶剂浸提和阴离子交换柱分别制备了纯度较高的α-酸和蛋白质Z;采用多重光谱表征了α-酸/黄腐酚与蛋白质Z之间的相互作... [目的]探究两种结构不同的酒花小分子(α-酸和黄腐酚)与大麦蛋白质Z之间的相互作用机理及两者的构效关系。[方法]利用溶剂浸提和阴离子交换柱分别制备了纯度较高的α-酸和蛋白质Z;采用多重光谱表征了α-酸/黄腐酚与蛋白质Z之间的相互作用及蛋白质的构象变化;通过分子动力学模拟对α-酸/黄腐酚与蛋白质Z的交互模式和分子结合机制进一步探究。[结果]α-酸和黄腐酚均可猝灭蛋白质Z的内源性荧光,且α-酸表现为红移,黄腐酚表现为蓝移,两种分子的结合化学计量均接近1∶1;分子动力学结果显示,两种酒花小分子与蛋白质Z之间的作用力以氢键和疏水相互作用为主。[结论]黄腐酚对蛋白质Z的结合亲和力强于α-酸。 展开更多
关键词 啤酒花 黄腐酚 Α- 蛋白质Z 互作机制 分子动力学模拟 构效关系
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β-桶外膜蛋白质生成机制的活细胞探究
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作者 王妍 昌增益 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第1期36-51,共16页
β-桶外膜蛋白是革兰氏阴性菌外膜以及真核细胞线粒体和叶绿体外膜上广泛存在的一类膜整合蛋白质。细菌β-桶外膜蛋白质的体内生成是一个十分复杂的过程,包括多肽链在细胞质内的合成,跨内膜转运,穿过亲水的膜间质空间最后到达外膜,完成... β-桶外膜蛋白是革兰氏阴性菌外膜以及真核细胞线粒体和叶绿体外膜上广泛存在的一类膜整合蛋白质。细菌β-桶外膜蛋白质的体内生成是一个十分复杂的过程,包括多肽链在细胞质内的合成,跨内膜转运,穿过亲水的膜间质空间最后到达外膜,完成最后的折叠。在β-桶外膜蛋白生成过程中,膜间质中的质量控制因子SurA、Skp和DegP等通过何种机制帮助β-桶外膜蛋白在亲水的膜间质环境中完成运输和折叠,以及内膜上的SecYEG-SecDF-YidC复合体和外膜上的BAM复合体以何种形式与膜间质质量控制因子相互作用,并共同完成β-桶外膜蛋白的体内合成,是一直以来亟待回答的科学问题。本文就革兰氏阴性菌β-桶外膜蛋白生成机制的研究进展,以及各种新技术尤其是非天然氨基酸体内光交联技术,及高通量聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)技术在研究β-桶外膜蛋白折叠中间体的应用进行介绍,为外膜蛋白生成机制的研究提供新的思路。 展开更多
关键词 β-桶外膜蛋白 蛋白生成 非天然氨基酸 体内蛋白质光交联 蛋白质超级复合
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热风干燥对刺芹侧耳多糖-蛋白质复合物加工特性及抗氧化性的影响 被引量:1
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作者 侯江燕 毕书瑜 +5 位作者 崔芳铭 曹谨玲 程艳芬 程菲儿 云少君 冯翠萍 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2024年第2期95-103,共9页
对刺芹侧耳(Pleurotus eryngii)子实体进行热风干燥处理,检测其色差值、褐变指数、中间指数、紫外可见吸收光谱,分析其美拉德反应程度;提取刺芹侧耳多糖-蛋白质复合物,分析其基本成分、加工特性(溶解性、相对黏度、起泡性、乳化性、硬... 对刺芹侧耳(Pleurotus eryngii)子实体进行热风干燥处理,检测其色差值、褐变指数、中间指数、紫外可见吸收光谱,分析其美拉德反应程度;提取刺芹侧耳多糖-蛋白质复合物,分析其基本成分、加工特性(溶解性、相对黏度、起泡性、乳化性、硬度、内聚性、弹性、咀嚼性和凝胶强度)和抗氧化性。结果表明:新鲜刺芹侧耳的色差值最高,干制24 h的最低;新鲜刺芹侧耳的褐变指数与中间指数最低,干燥24 h的褐变指数与中间指数最高。新鲜刺芹侧耳多糖-蛋白质复合物溶解所需时间最长,干燥18、24 h的溶解时间较短;干燥24h的相对黏度最高,新鲜刺芹侧耳的最低;干燥24h的乳化性、起泡性均最好,干燥12、18、24h的乳化稳定性较好,干燥18 h的起泡稳定性较好;干燥24 h的硬度、内聚性、弹性、咀嚼性和凝胶强度均最高;干燥18、24h的对DPPH自由基清除率较高,干燥24h的对羟基自由基清除率最高,干燥24h的对超氧阴离子清除率较高,干燥18、24 h的对多酚氧化酶抑制率较高。研究结果可为刺芹侧耳的进一步开发利用提供参考。 展开更多
关键词 热风干燥 刺芹侧耳 多糖-蛋白质复合物 加工特性 抗氧化性
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玉米生物钟基因ZmPRR1-2互作蛋白质的筛选
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作者 王闻琦 王盼盼 +5 位作者 张严玲 刘青青 洪双双 赵高鹏 刘泓畅 王翠玲 《浙江农业学报》 北大核心 2025年第5期977-986,共10页
伪应答调节蛋白TOC1是伪应答调节因子(pseudo-response regulator, PRR)家族5个成员之一,作为生物钟中央振荡器的核心组成部分,与MYB类转录因子LHY和CCA1构成了中央振荡器的中心负反馈调控环,在生物钟系统中起着重要作用。ZmPRR1-2基因... 伪应答调节蛋白TOC1是伪应答调节因子(pseudo-response regulator, PRR)家族5个成员之一,作为生物钟中央振荡器的核心组成部分,与MYB类转录因子LHY和CCA1构成了中央振荡器的中心负反馈调控环,在生物钟系统中起着重要作用。ZmPRR1-2基因是拟南芥TOC1的同源基因,为了深入挖掘ZmPRR1-2的生物学功能,本研究利用酵母双杂交筛库技术,从前期构建的长日照诱导的热带玉米自交系的cDNA文库中筛选与ZmPRR1-2互作的蛋白质。结果表明,构建的诱饵载体pGBKT7-ZmPRR1-2对酵母菌株无毒性,且对报告基因无自激活活性。筛选鉴定出12个与ZmPRR1-2互作的蛋白质。这些候选互作蛋白质的功能涉及抗氧化反应、水缺乏响应、铝离子响应、光合作用、电子传递链、光收集、生长素激活信号通路、DNA模板转录的调控、色氨酸生物合成过程、翻译、免疫反应、凋亡信号通路的正向调节、参与蛋白质分解代谢过程的蛋白质水解等多个方面。推测ZmPRR1-2蛋白与以上蛋白质互作参与多个信号转导和代谢途径,该结果为进一步探索ZmPRR1-2基因的分子功能与调控网络奠定了基础。 展开更多
关键词 玉米 生物钟 ZmPRR1-2 酵母双杂交 互作蛋白质
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不同粗饲料康奈尔净碳水化合物-蛋白质体系组分及对育肥滩羊瘤胃菌群的影响
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作者 李麦 马小俊 +5 位作者 李庆敏 朱宏敏 张慧明 周玉香 许瑞 伍昌 《动物营养学报》 北大核心 2025年第7期4674-4691,共18页
本试验旨在利用康奈尔净碳水化合物-蛋白质体系(CNCPS)评价不同粗饲料的营养价值及对育肥滩羊瘤胃菌群的影响。选择150只体重[(25±2) kg]相近、体况健康的5月龄滩羊,随机分为10组,每组15个重复,每个重复1只羊。各组分别饲喂以黑麦... 本试验旨在利用康奈尔净碳水化合物-蛋白质体系(CNCPS)评价不同粗饲料的营养价值及对育肥滩羊瘤胃菌群的影响。选择150只体重[(25±2) kg]相近、体况健康的5月龄滩羊,随机分为10组,每组15个重复,每个重复1只羊。各组分别饲喂以黑麦草、葵花头、芦苇草、3年生柠条、燕麦草以及黑麦草青贮、葵花头青贮、芦苇草青贮、3年生柠条青贮、燕麦草青贮为粗饲料来源的饲粮。预试期15 d,正试期90 d。结果表明:1)在CNCPS组分中,3年生柠条和3年生柠条青贮非蛋白氮(PA)和快速降解碳水化合物(CA)含量显著高于其他粗饲料(P<0.05);芦苇草不可利用氮(PC)含量较高,且不可利用碳水化合物(CC)含量显著高于其他粗饲料(P<0.05)。2)在10种粗饲料中,燕麦草组滩羊瘤胃菌群独有的操作分类单元(OTU)数目最高(44个),黑麦草青贮组最低(2个)。3)芦苇草组瘤胃菌群Shannon指数显著高于其他组(P<0.05);芦苇草组和芦苇草青贮组Ace指数显著高于其他组(P<0.05),Chao1指数显著高于除葵花头青贮和3年生柠条青贮组外的其他组(P<0.05)。4)在门水平上,葵花头组、葵花头青贮组、3年生柠条组和3年生柠条青贮组瘤胃菌群的优势菌门为厚壁菌门,芦苇草组、芦苇青贮组和黑麦草青贮组瘤胃菌群的优势菌门为拟杆菌门。在属水平上,普雷沃氏菌属和乳杆菌属为优势菌属;此外,3年生柠条组韦荣氏球菌属相对丰度显著高于其他组(P<0.05)。5)芦苇草组和芦苇草青贮组瘤胃菌群碳水化合物代谢、氨基酸代谢、辅助因子和维生素代谢以及聚糖的生物合成和代谢通路丰度较高。综上所述,粗饲料的纤维含量越高,滩羊瘤胃菌群群落丰富度和拟杆菌门相对丰度越高;而蛋白质含量越高,厚壁菌门相对丰度越高。10种粗饲料中,3年生柠条和3年生柠条青贮营养价值较高;而芦苇草和芦苇草青贮纤维含量较高,具有良好的促反刍作用。 展开更多
关键词 康奈尔净碳水化合物-蛋白质体系 粗饲料 滩羊 瘤胃菌群
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基于MALDI-MS和UHPLC-MS/MS的微量活细胞系蛋白质快速分析 被引量:1
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作者 闫凌 《质谱学报》 北大核心 2025年第2期133-139,I0001,共8页
本研究结合基质辅助激光解吸电离质谱(MALDI-MS)和超高效液相色谱-串联质谱(UHPLC-MS/MS)技术,系统地探索了功能化微型酶反应器在微量活细胞系蛋白质组快速分析中的应用,并对其分析效能进行全面评估。通过将功能化酶纳反应器封装于枪头... 本研究结合基质辅助激光解吸电离质谱(MALDI-MS)和超高效液相色谱-串联质谱(UHPLC-MS/MS)技术,系统地探索了功能化微型酶反应器在微量活细胞系蛋白质组快速分析中的应用,并对其分析效能进行全面评估。通过将功能化酶纳反应器封装于枪头内,结合盐酸胍和双酶系统(胰酶与DNase I),实现了细胞裂解、蛋白质提取和酶解的一体化操作,显著提高了蛋白质提取和酶解效率。结果表明,该方法在处理微量细胞样品(1×10^(4)个细胞)时,蛋白质提取效率显著优于传统的过滤器辅助样品前处理(FASP)流程。活细胞样品在酶纳反应器中的反应时间仅需6 min,整个分析流程不超过1 h,展示了功能化酶纳反应器在高通量在线前处理方面的巨大潜力。本研究不仅为微量活细胞系蛋白质组的快速高通量分析提供了技术平台,还通过MALDI-MS与UHPLC-MS/MS整合策略实现了微量蛋白质组学前处理方法的全面评估与应用。 展开更多
关键词 基质辅助激光解吸电离质谱(MALDI-MS) 超高效液相色谱-串联质谱(UHPLC-MS/MS) 功能化微型酶反应器 蛋白质组学 微量活细胞 前处理
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蛋白质聚集路径的分子机制:成核-延伸与液固转变
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作者 梁雨涵 程婉茹 +2 位作者 杨硕 冯爽 牛铮 《生物化学与生物物理进展》 北大核心 2025年第11期2689-2699,共11页
淀粉样蛋白倾向于从天然无规则的可溶单体状态,聚集形成高度有序的淀粉样纤维,且此类病理性纤维的形成及其在细胞间的扩散,与神经退行性疾病的发生发展密切相关。此外,在这类内在无序蛋白的异常聚集过程中,伴随着液-液相分离的现象,形... 淀粉样蛋白倾向于从天然无规则的可溶单体状态,聚集形成高度有序的淀粉样纤维,且此类病理性纤维的形成及其在细胞间的扩散,与神经退行性疾病的发生发展密切相关。此外,在这类内在无序蛋白的异常聚集过程中,伴随着液-液相分离的现象,形成具有类液体性质的液滴。随着时间的推移,液滴逐渐固化,最终通过液-固相转变过程,演化成了富含淀粉样聚集体的凝胶状态。这种从液相向固相的转变过程,与多种神经退行性疾病的发病机制密切相关。本文综述了淀粉样蛋白异常聚集的两种典型路径:一种是在稀溶液中,遵循经典的成核-延伸机制,形成淀粉样纤维;另一种路径则发生在凝聚相中,由液-液相分离过程介导,伴随着异常的液-固相转变,导致淀粉样蛋白的聚集和沉积。本文深入探讨淀粉样蛋白聚集的分子机理,旨在推测和理解神经退行性疾病的发病机制,为开发针对淀粉样蛋白聚集过程的治疗策略提供理论指导。 展开更多
关键词 蛋白质折叠 蛋白质聚集 成核聚合 -液相分离 -固相转变
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PPIS-MFH:集成ViT的多特征混合网络预测蛋白质相互作用位点
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作者 胡昭龙 胡春玲 +1 位作者 胡瑞捷 郭龙菊 《计算机科学》 北大核心 2025年第S2期185-193,共9页
通过深入研究蛋白质-蛋白质相互作用位点(PPIS),能够揭示生命在分子层面运作的深层原理。然而现有方法鉴定PPIS复杂且耗时,需要更精确的模型进行PPIS预测。尽管基于注意力机制和卷积神经网络(CNN)的深度学习方法在PPIS预测方面取得了进... 通过深入研究蛋白质-蛋白质相互作用位点(PPIS),能够揭示生命在分子层面运作的深层原理。然而现有方法鉴定PPIS复杂且耗时,需要更精确的模型进行PPIS预测。尽管基于注意力机制和卷积神经网络(CNN)的深度学习方法在PPIS预测方面取得了进展,但在氨基酸特性表征上仍存在局限。为了有效捕捉蛋白质序列中远距离的依赖关系,并准确地表征氨基酸的特性,提出了一种用于预测蛋白质-蛋白质相互作用位点的多特征混合网络(Multi-feature hybrid networks)——PPIS-MFH,通过结合全局序列特征与局部序列特征对PPIS进行预测。对于局部序列特征,PPIS-MFH模型融合了Vision Transformer(ViT)模块,该模块能够捕获蛋白质序列中的远距离依赖性,并提取局部特征。对于全局序列特征,模型PPIS-MFH通过由文本卷积神经网络(TextCNN)并引入注意力机制的文本循环神经网络(TextRNN-Attention)构成的特征交叉网络,利用双向门控循环单元网络来识别蛋白质序列中氨基酸间的内在联系。在4个数据集上对PPIS-MFH模型进行了评估,将其与8种同类方法进行了比较。实验结果显示在大多数指标上,所提方法优于其他的同类方法。 展开更多
关键词 蛋白质-蛋白质相互作用位点 注意力机制 文本卷积神经网络 双向门控循环单元网络 特征交叉网络
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基于液相色谱-串联质谱的坐骨神经痛模型大鼠脊髓蛋白质组学分析
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作者 唐甸峰 范佳佳 +3 位作者 白凤媛 蔡仁军 刘涛 徐秋玲 《中国疼痛医学杂志》 北大核心 2025年第2期93-101,共9页
目的:采用蛋白质组学技术观察正常组和坐骨神经痛模型大鼠脊髓蛋白标志物,以及各差异蛋白所参与的生物学过程,探讨坐骨神经痛的发生机制。方法:将12只SD雄性大鼠按简单随机抽样法分为正常组和模型组,每组6只。正常组不做任何处理,模型... 目的:采用蛋白质组学技术观察正常组和坐骨神经痛模型大鼠脊髓蛋白标志物,以及各差异蛋白所参与的生物学过程,探讨坐骨神经痛的发生机制。方法:将12只SD雄性大鼠按简单随机抽样法分为正常组和模型组,每组6只。正常组不做任何处理,模型组在大鼠左侧坐骨神经进行结扎造模,每组3只用于定量蛋白质组学鉴定蛋白标志物并进行生物信息学分析。结果:从大鼠脊髓组织中共鉴定到5975个蛋白,其中正常组与模型组间有51个差异蛋白(differentially expressed proteins,DEPs),与正常组相比,模型组中有9个蛋白表达增加,42个蛋白表达降低。其中Cyp51a1和Cad表达下降。KEGG富集分析结果显示,差异蛋白主要涉及丙酮酸代谢、辅助因子生物合成中的谷氨酸和谷氨酰胺代谢、胰岛素等信号通路。结论:坐骨神经痛的产生机制可能与Cyp51a1、Cad的表达,以及谷氨酸和谷氨酰胺的代谢存在一定的关系。 展开更多
关键词 坐骨神经痛 蛋白质组学 液相色谱-串联质谱
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基于强化学习的离散层级萤火虫算法检测蛋白质复合物
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作者 张其文 郭欣欣 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2024年第7期1977-1982,共6页
蛋白质复合物的检测有助于从分子水平上理解生命的活动过程。针对群智能算法检测蛋白质复合物时假阳/阴性率高、准确率低、种群多样性下降等问题,提出了基于强化学习的离散层级萤火虫算法检测蛋白质复合物(reinforcement learning-based... 蛋白质复合物的检测有助于从分子水平上理解生命的活动过程。针对群智能算法检测蛋白质复合物时假阳/阴性率高、准确率低、种群多样性下降等问题,提出了基于强化学习的离散层级萤火虫算法检测蛋白质复合物(reinforcement learning-based discrete level firefly algorithm for detecting protein complexes,RLDLFA-DPC)。引入强化学习思想提出一种自适应层级划分策略,动态调整层级结构,能有效解决迭代后期种群多样性下降的问题。在层级学习策略中个体向两个优秀层级学习,避免算法陷入局部最优。为了提高蛋白质复合物检测的精度,结合个体环境信息提出自适应搜索半径的局部搜索策略。最后,在酵母蛋白质的4个数据集上,与8种经典的蛋白质复合物检测方法进行对比,验证了该方法的有效性。 展开更多
关键词 蛋白质复合物 萤火虫算法 强化学习 层级学习策略 局部搜索策略
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蛋白质凝胶电泳在线分析方法的研究
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作者 樊帅强 游庆祥 +4 位作者 曾媛 杨波 马鸣远 张大伟 李振庆 《分析测试学报》 北大核心 2025年第10期2204-2208,共5页
基于实验室开发的蛋白电泳分析仪,该文提出了一种可实现蛋白质分子SDS-PAGE分离,以及分子量和浓度在线分析的方法。通过对10.5~107 kDa蛋白质Marker进行电泳,并在线采集其凝胶电泳图像,分析其灰度值与蛋白质分子浓度间的关系。结果表明... 基于实验室开发的蛋白电泳分析仪,该文提出了一种可实现蛋白质分子SDS-PAGE分离,以及分子量和浓度在线分析的方法。通过对10.5~107 kDa蛋白质Marker进行电泳,并在线采集其凝胶电泳图像,分析其灰度值与蛋白质分子浓度间的关系。结果表明:该设备可在30 min内实现小于107 kDa的蛋白质样品的快速分离,当紫外光照射5 min时各蛋白条带荧光强度达到峰值;在10.5~107 kDa范围内,其迁移距离与分子量成正比,相关系数可达0.93;高于20.1 kDa的蛋白质分子,其荧光强度与质量浓度在0.72~3.96μg/μL范围内呈线性关系,相关系数均高于0.988;采用开发的蛋白电泳分析仪对泪液中的蛋白成分进行分析,并成功分离出免疫球蛋白A、乳铁蛋白、血清蛋白、脂质运载蛋白和溶菌酶。该研究对蛋白质分子快速检测设备的开发具有重要的应用价值。与传统的蛋白质凝胶电泳方法相比,开发的蛋白电泳分析仪可将蛋白质的电泳时间由1.5 h以上缩短至30 min内。该研究对于蛋白质分子快速检测设备的开发具有重要的应用价值。 展开更多
关键词 蛋白质 十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳 荧光染料 泪液
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磷脂酰丝氨酸分子印迹聚合物对血浆外泌体的富集与蛋白质组学分析
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作者 程显惠 于文静 +2 位作者 王冬雪 姜丽艳 胡良海 《色谱》 北大核心 2025年第5期539-546,共8页
外泌体是肿瘤标志物的重要来源,血浆作为最常用的临床体液之一,其组成较为复杂且存在大量高丰度蛋白质的干扰,如何有效地从血浆中分离外泌体是临床研究的重要挑战之一。本研究将磷脂酰丝氨酸分子印迹聚合物(PS-MIP)用于血浆外泌体的富集... 外泌体是肿瘤标志物的重要来源,血浆作为最常用的临床体液之一,其组成较为复杂且存在大量高丰度蛋白质的干扰,如何有效地从血浆中分离外泌体是临床研究的重要挑战之一。本研究将磷脂酰丝氨酸分子印迹聚合物(PS-MIP)用于血浆外泌体的富集,PS-MIP能够特异性识别外泌体质膜上的磷脂酰丝氨酸,从而实现外泌体的高选择性富集。该方法被用于3例健康志愿者和3例胰腺癌患者的血浆蛋白质组学分析和潜在肿瘤标志物的筛选,在健康对照组中的血浆外泌体中鉴定到了1052种蛋白质和4545条肽段,胰腺癌患者血浆外泌体中鉴定到了972种蛋白质和4096条肽段。将蛋白质组学鉴定到的外泌体蛋白质与包含所有细胞外囊泡分子信息的Vesiclepedia数据库进行比较,结果表明84%的PS-MIP富集的血浆外泌体蛋白质存在于该数据库;与只包含外泌体分子信息的ExoCarta数据库进行比较,发现PS-MIP法鉴定出了ExoCarta数据库中Top 100外泌体蛋白质中的77种。与健康对照组相比,胰腺癌患者血浆外泌体中表达量上调的蛋白质有11个,下调的蛋白质有24个。蛋白相互作用网络(PPI)分析显示,相关性较高的前3个蛋白质是补体因子D(CFD)、补体C3(C3)和血管性血友病因子(VWF),在胰腺癌患者外泌体的蛋白质组学表达上调的蛋白质中,外泌体蛋白样糖基转移酶2(EXTL2)、α-2-巨球蛋白样1(A2ML1)和人帕金森病蛋白7(PARK7)的差异最为显著,这些蛋白质可能是胰腺癌诊断和预后评估的潜在生物标志物,为胰腺癌的早期诊断和预后提供了重要的科学依据。 展开更多
关键词 液相色谱-串联质谱 外泌体 血浆 蛋白质组学 胰腺癌 分子印迹 磷脂
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蛋白质谷氨酰胺酶对玉米醇溶蛋白界面性质的影响
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作者 刘兴丽 任晨辉 +3 位作者 申慧珊 王宏伟 张艳艳 张华 《食品工业科技》 北大核心 2025年第5期17-25,共9页
为提高玉米醇溶蛋白在食品工业中的应用,本文通过测定溶解度、蛋白质结构、表面疏水性、起泡性、乳化性、表面张力、表面膨胀模量等指标,探究了蛋白质谷氨酰胺酶(Protein Glutaminase,PG)不同添加量(0、10、20、30、40、50 U/g)对玉米... 为提高玉米醇溶蛋白在食品工业中的应用,本文通过测定溶解度、蛋白质结构、表面疏水性、起泡性、乳化性、表面张力、表面膨胀模量等指标,探究了蛋白质谷氨酰胺酶(Protein Glutaminase,PG)不同添加量(0、10、20、30、40、50 U/g)对玉米醇溶蛋白界面性质的影响。结果表明,随着PG添加量的增加,玉米醇溶蛋白的脱酰胺度逐渐升高,酶添加量为40 U/g时溶解度与对照组相比提升了504.38%。二级结构结果表明,PG使β-折叠相对含量减少,β-转角相对含量增加。内源荧光强度和表面疏水性先减小后增加,其微观结构由块状变成了片状,形成了规则的三维网状结构。拉曼光谱分析结果表明酪氨酸残基峰强比(I_(850)/I_(830))增强,色氨酸残基峰强比(I_(760)/I_(1004))先降低后升高。此外,PG降低了玉米醇溶蛋白在气-液界面的表面张力,增强了其表面膨胀模量,显著(P<0.05)提升了其乳化与起泡活性。综上所述,本研究表明PG处理可以改变玉米醇溶蛋白的结构,改善其界面性质,提高功能特性,有利于玉米醇溶蛋白在食品工业中更好的应用。 展开更多
关键词 蛋白质谷氨酰胺酶 玉米醇溶蛋白 界面性质 -液界面
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