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鸟枪法蛋白质鉴定质量控制方法研究进展
被引量:
10
1
作者
李宁
吴松锋
+1 位作者
朱云平
杨晓明
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009年第6期668-675,共8页
鸟枪法串联质谱蛋白质鉴定策略由于其高可靠和高效率而被广泛应用于蛋白质组学研究中,这种方法直接对蛋白质混合物进行酶切,以肽段为鉴定单元,继而推导真实的样品蛋白质.由于利用质谱图推导肽段存在一定的假阳性率,而且直接对蛋白质混...
鸟枪法串联质谱蛋白质鉴定策略由于其高可靠和高效率而被广泛应用于蛋白质组学研究中,这种方法直接对蛋白质混合物进行酶切,以肽段为鉴定单元,继而推导真实的样品蛋白质.由于利用质谱图推导肽段存在一定的假阳性率,而且直接对蛋白质混合物的酶切也导致了肽段和蛋白质之间关联信息的丢失,所鉴定的蛋白质难免存在部分不可靠结果.因此,蛋白质鉴定的质量控制在蛋白质组学研究中极为重要.蛋白质鉴定的质量控制包含两大类主要方法,其一为利用肽段进行蛋白质组装,当前最常用也被证明最有效的方法是使用简约原则,即用最少的蛋白质解释所有鉴定肽段,现有的方法可以分为布尔型和概率型,其二为鉴定蛋白质的可靠性评估,包括单个蛋白质鉴定置信度和蛋白质鉴定整体水平的假阳性率计算.综合各种可辅助蛋白质鉴定的先验信息,构建普适的概率统计模型,是目前蛋白质鉴定质量控制方法的发展趋势.
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关键词
串联质谱
蛋白质
鉴定
蛋白质
组装
蛋白质鉴定置信度
鸟枪法
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职称材料
题名
鸟枪法蛋白质鉴定质量控制方法研究进展
被引量:
10
1
作者
李宁
吴松锋
朱云平
杨晓明
机构
蛋白质组学国家重点实验室
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009年第6期668-675,共8页
基金
国家自然科学基金资助项目(20605028,30621063)
北京市科技计划资助项目(H03023080590)~~
文摘
鸟枪法串联质谱蛋白质鉴定策略由于其高可靠和高效率而被广泛应用于蛋白质组学研究中,这种方法直接对蛋白质混合物进行酶切,以肽段为鉴定单元,继而推导真实的样品蛋白质.由于利用质谱图推导肽段存在一定的假阳性率,而且直接对蛋白质混合物的酶切也导致了肽段和蛋白质之间关联信息的丢失,所鉴定的蛋白质难免存在部分不可靠结果.因此,蛋白质鉴定的质量控制在蛋白质组学研究中极为重要.蛋白质鉴定的质量控制包含两大类主要方法,其一为利用肽段进行蛋白质组装,当前最常用也被证明最有效的方法是使用简约原则,即用最少的蛋白质解释所有鉴定肽段,现有的方法可以分为布尔型和概率型,其二为鉴定蛋白质的可靠性评估,包括单个蛋白质鉴定置信度和蛋白质鉴定整体水平的假阳性率计算.综合各种可辅助蛋白质鉴定的先验信息,构建普适的概率统计模型,是目前蛋白质鉴定质量控制方法的发展趋势.
关键词
串联质谱
蛋白质
鉴定
蛋白质
组装
蛋白质鉴定置信度
鸟枪法
Keywords
MS/MS, protein identification, protein assembly, protein probability, shotgun proteomics
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
Q811.4 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
鸟枪法蛋白质鉴定质量控制方法研究进展
李宁
吴松锋
朱云平
杨晓明
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009
10
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