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基于机器学习分析的浸润性乳腺癌蛋白质编码基因的标志物鉴定 被引量:2
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作者 武乐 闵开元 +4 位作者 柳江枫 梁万丰 杨晔宏 胡刚 杨俊涛 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期147-153,共7页
目的应用随机森林(RF)、极限梯度提升算法(XGBoost)、轻量的梯度提升机(LightGBM)、类别型特征提升(CatBoost)4种机器学习算法分析浸润性乳腺癌转录组表达数据,筛选与浸润性乳腺癌预后相关的生物标志物。方法通过癌症基因组图谱公共数... 目的应用随机森林(RF)、极限梯度提升算法(XGBoost)、轻量的梯度提升机(LightGBM)、类别型特征提升(CatBoost)4种机器学习算法分析浸润性乳腺癌转录组表达数据,筛选与浸润性乳腺癌预后相关的生物标志物。方法通过癌症基因组图谱公共数据库下载浸润性乳腺癌的表达数据,采用DESeq2程序包、t检验及Cox单因素分析,对人类浸润性乳腺癌样本中与生存预后相关的差异蛋白质编码基因进行筛选。基于RF、XGBoost、LightGBM、CatBoost等机器学习模型的构建与比较,挖掘浸润性乳腺癌预后相关的蛋白质编码基因标志物,并使用基因表达综合数据库的乳腺癌表达数据作为外部测试进行验证。结果共获得151个与生存预后相关的差异蛋白质编码基因,其中由C3orf80、UGP2和SPC253个基因构建的机器学习模型效果较好。结论筛选出3个(UGP2、C3orf80、SPC25)与浸润性乳腺癌预后相关的生物标志物,为诊断和治疗浸润性乳腺癌提供了新的方向。 展开更多
关键词 浸润性乳腺癌 生物标志物 蛋白质编码基因 UGP2 C3orf80 SPC25
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鳗鲡目鱼类线粒体蛋白质编码基因易位及系统演化关系分析 被引量:4
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作者 申欣 田美 +2 位作者 孟学平 程汉良 阎斌伦 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期73-81,共9页
鳗鲡目鱼类线粒体基因组的基因组成较为保守,在58个线粒体基因组中,仅有3个物种存在基因数量的差异。在19个鳗鲡目鱼类线粒体基因组中存在主编码基因的重排。主编码基因的变异位点分析结果支持nad5、nad4和nad2基因作为cox1和lrRNA基因... 鳗鲡目鱼类线粒体基因组的基因组成较为保守,在58个线粒体基因组中,仅有3个物种存在基因数量的差异。在19个鳗鲡目鱼类线粒体基因组中存在主编码基因的重排。主编码基因的变异位点分析结果支持nad5、nad4和nad2基因作为cox1和lrRNA基因辅助的分子标记。鳗鲡科Anguillidae的20个种(亚种)聚在一起,强烈支持鳗鲡科为单系群(BPP=100)。鳗鲡科下属的3个类群(大洋洲类群、大西洋类群和印度洋-太平洋类群)也同时得到有力的验证(BPP均为100)。线鳗科Nemichthyidae和锯齿鳗科Serrivomeridae亲缘关系最近,二者聚类后,与鳗鲡科Anguillidae构成姊妹群(BPP=100)。在囊喉鱼亚目Saccopharyngoidei中,宽咽鱼科Eurypharyngidae与囊鳃鳗科Saccopharyngidae聚类(BPP=100),同时,单颌鳗科Monognathidae与月尾鳗科Cyematidae聚类(BPP=100),4个科聚在一支,支持囊喉鱼亚目为单系群(BPP=100)。在囊喉鱼亚目线粒体基因组中,3个物种(吞鳗Eurypharynx pelecanoides、拉文囊鳃鳗Saccopharynx lavenbergi和杰氏单颌鳗Monognathus jesperseni)存在主编码基因的重排。16种鳗鲡(细美体鳗Ariosoma shiroanago、短吻颈鳗Derichthys serpentinus、凯氏短尾康吉鳗Coloconger cadenati、鸭颈鳗Nessorhamphus ingolfianus、龟草鳗Thalassenchelys sp.、粗犁齿海鳗Cynoponticus ferox、百吉海鳗Muraenesox bagio、巨斑花蛇鳗Myrichthys maculosus、大吻沙蛇鳗Ophisurus macrorhynchos、几内亚副康吉鳗Paraconger notialis、哈氏异康吉鳗Heteroconger hassi、小头鸭嘴鳗Nettastoma parviceps、弱头鳗Leptocephalus sp.、斑点长犁齿鳗Hoplunnis punctata、尖吻小鸭嘴鳗Facciolella oxyrhyncha和星康吉鳗Conger myriaster),与鳗鲡目线粒体主编码基因的原始排列相比,共享nad6基因的易位。同时,基于线粒体基因组13个蛋白质编码基因构建的系统演化树,强烈支持这16个物种聚为一支(BPP=100)。然而,由此而带来的海鳗科Muraenesocidae、拟鯙科Chlopsidae和糯鳗科Congridae是否为单系群的问题,值得今后深入探究。 展开更多
关键词 鳗鲡 蛋白质编码基因 基因易位 系统演化关系
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加窗窄通带滤波器蛋白质编码区预测算法 被引量:5
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作者 马玉韬 车进 +1 位作者 关欣 滕建辅 《数据采集与处理》 CSCD 北大核心 2013年第2期129-135,共7页
改进Gabor小波变换(Modified Gabor wavelet transform,MGWT)蛋白质编码区预测算法给出的预测结果在当前所有的独立预测算法中准确率最高。本文提出了有限脉冲响应(Finite impulse response,FIR)加窗窄通带滤波器蛋白质编码区预测(Windo... 改进Gabor小波变换(Modified Gabor wavelet transform,MGWT)蛋白质编码区预测算法给出的预测结果在当前所有的独立预测算法中准确率最高。本文提出了有限脉冲响应(Finite impulse response,FIR)加窗窄通带滤波器蛋白质编码区预测(Windowed narrow pass-band filter,WNPBF)算法。算法的主要部分包括:以F56F11.4序列为例给出了WNPBF阶数选择的依据,并据此设计WNPBF;为消除滤波器群延迟对预测结果产生的不良影响,对信号用边界对称延拓法进行预处理并对窄带滤波器滤波输出信号进行截取;为改善预测结果,设计滑动平均滤波器平滑功率谱密度曲线。在ALLSEQ和HMR195两个DNA序列集上获得预测准确率分别接近或达到独立预测算法的最高水平。通过比较后发现,所提出的WNPBF算法较MGWT算法效率更高,使用该算法可以直观和客观地比较不同滤波器的预测结果。 展开更多
关键词 蛋白质编码区预测 窄通带滤波器 FIR滤波器 窗函数法 群延迟
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DNA序列映射方法对蛋白质编码区预测准确率的影响 被引量:7
4
作者 马玉韬 张成 +2 位作者 杨泽林 李琦 杨婷 《安徽农业科学》 CAS 2012年第6期3234-3238,共5页
[目的]探讨当前主要的DNA序列映射方法对蛋白质编码区的预测准确率的影响,寻找有效的映射方法。[方法]以AC(Approxi-mate Correlation)为碱基层的预测准确率的测度,采用FIR(Finite Impulse Response)窄通带滤波器预测算法研究各种映射... [目的]探讨当前主要的DNA序列映射方法对蛋白质编码区的预测准确率的影响,寻找有效的映射方法。[方法]以AC(Approxi-mate Correlation)为碱基层的预测准确率的测度,采用FIR(Finite Impulse Response)窄通带滤波器预测算法研究各种映射方法对预测准确率的影响。[结果]在ALLSEQ和HMR195 2个DNA序列集上,Voss法和Z-curve方法是较PN(Paired Numeric)法、EIIP(Electron-IoInteraction Potential)法和复数法更为有效的映射方法。[结论]该研究结果为用预测结果的AC值来验证新映射方法的有效性奠定了基础,对利用生物信息学方法正确揭示DNA序列的结构具有重要意义。 展开更多
关键词 预测准确率 蛋白质编码 映射方法 加窗 窄通带滤波器
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瑟伯氏棉TIR-NBS-LRR类蛋白质编码基因的克隆与分析 被引量:1
5
作者 杨晓杰 赵付安 +4 位作者 唐中杰 李武 赵元明 谢德意 房卫平 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2013年第6期1228-1235,共8页
以对抗黄萎病种质瑟伯氏棉接菌前后高调表达的3个TIR-NBS-LRR类蛋白质点为出发点,根据其对应同源蛋白质B3V7R2(烟草)、B9INW6(棉白杨)和Q19EF1(拟南芥),利用BLAST在线搜索棉花中对应的表达序列标签(EST),分别设计引物,对接菌后的瑟伯氏... 以对抗黄萎病种质瑟伯氏棉接菌前后高调表达的3个TIR-NBS-LRR类蛋白质点为出发点,根据其对应同源蛋白质B3V7R2(烟草)、B9INW6(棉白杨)和Q19EF1(拟南芥),利用BLAST在线搜索棉花中对应的表达序列标签(EST),分别设计引物,对接菌后的瑟伯氏棉进行RT-PCR扩增,进而以获得的EST序列为母序列,通过电子克隆及RACE技术,克隆了3个编码TIR-NBS-LRR类蛋白质的候选基因。生物信息学分析结果表明,3个候选TIR-NBS-LRR类蛋白质编码基因均具有典型的TIR、NBS及LRR功能域;系统进化分析结果显示,3个候选基因在瑟伯氏棉抗黄萎病机制中可能起重要作用。 展开更多
关键词 瑟伯氏棉 黄萎病 TIR-NBR-LRR蛋白质编码基因 克隆与分析
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基于支持向量机的蛋白质编码区辨识
6
作者 郭烁 朱义胜 王庆辉 《数据采集与处理》 CSCD 北大核心 2010年第5期637-642,共6页
提出一种新的真核蛋白质编码区位置预测算法。首先,用支持向量机辨识编码区密码子第一位碱基;然后用短时傅里叶变换分析支持向量机输出值序列的时频特性,进而精确定位编码区。仿真结果表明,该算法具有较高的编码区辨识精度。
关键词 蛋白质编码 密码子 支持向量机 短时傅里叶变换
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水稻线粒体基因组水平上的蛋白质编码基因克隆方法研究
7
作者 杨晓坡 刘冰 +5 位作者 唐云轩 金雨熙 石珍 杜晓丽 宋丽 申玉华 《黑龙江农业科学》 2014年第12期9-14,共6页
为探索适用于水稻线粒体基因的克隆方法,以水稻线粒体基因ccmB、nad9为例,分别选用3种不同的方法进行克隆。在对水稻线粒体基因组蛋白质编码基因进行比对分析的基础上,探讨了各种克隆方法的优劣及适用范围。结果表明:常规方法适用于Ⅰ... 为探索适用于水稻线粒体基因的克隆方法,以水稻线粒体基因ccmB、nad9为例,分别选用3种不同的方法进行克隆。在对水稻线粒体基因组蛋白质编码基因进行比对分析的基础上,探讨了各种克隆方法的优劣及适用范围。结果表明:常规方法适用于Ⅰ类水稻线粒体基因的克隆,RT-PCR法适用于Ⅱ类水稻线粒体基因的克隆,简易方法只适用于Ⅲ类水稻线粒体基因的克隆。 展开更多
关键词 水稻 线粒体DNA 蛋白质编码基因 基因克隆
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蝎蝽次目线粒体蛋白质编码基因的比较研究
8
作者 张丹丽 李敏 +3 位作者 张苗苗 田菁 李悦锐 张虎芳 《山西农业大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2020年第4期66-72,共7页
[目的]本研究旨在对蝎蝽次目11科线粒体基因组中13个蛋白质编码基因(PCG)的密码子使用情况、A+T含量、氨基酸序列和核苷酸序列信息位点以及核苷酸进化速率进行比较研究,同时基于13个PCG序列构建蝎蝽次目系统发育树。[方法]通过GenBank... [目的]本研究旨在对蝎蝽次目11科线粒体基因组中13个蛋白质编码基因(PCG)的密码子使用情况、A+T含量、氨基酸序列和核苷酸序列信息位点以及核苷酸进化速率进行比较研究,同时基于13个PCG序列构建蝎蝽次目系统发育树。[方法]通过GenBank获得蝎蝽次目所有14个代表种的PCG序列,统计蝎蝽次目起始密码子和终止密码子的使用频率。在BioEdit 7.1中计算核苷酸串联序列第一位、第二位、第三位和一二三位密码子A+T含量。在MEGA 6.0中计算核苷酸串联序列和氨基酸串联序列的保守位点、信息简约位点和自裔位点。用软件DnaSP 6.0计算蛋白质编码基因每个位点的非同义替代率(Ka)和同义替代率(Ks),由此分析每个基因的核苷酸进化速率Ka/Ks。在RAxML 8.2.8和MrBayes 3.2.5中分别基于最大似然法和贝叶斯法构建系统发育树。[结果]蝎蝽次目昆虫起始密码子使用中,ATN的使用频率明显高于GTG和TTG。蝎蝽次目使用的4种终止密码子中,TAA和T的使用频率最高。蝎蝽次目每一位密码子的碱基组成含量表明第三位密码子的AT含量最高,远远高于第一位与第二位密码子。在氨基酸和核苷酸序列中,COI的保守位点数最多,ATP8和ND4L的保守位点数最少;ND5的简约信息位点数最多,其次为ND2和ND4。核苷酸进化速率的分析中,ATP8基因的进化速率最快,COI基因进化速率最慢。ML和BI的系统发育结果基本一致,分支关系如下:(划蝽总科+((蟾蝽总科+蝎蝽总科)+(潜蝽总科+(仰泳蝽总科+固蝽总科))))。[结论]本研究补充了蛋白质编码基因在蝎蝽次目比较线粒体基因组学研究中的不足,揭示了蛋白质编码基因在比较线粒体基因组学研究中的重要性。 展开更多
关键词 蝎蝽次目 线粒体基因组 蛋白质编码基因 比较研究 系统发育
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马鹿CO Ⅰ基因编码蛋白的结构与功能分析
9
作者 孟訾靖 田新民 《中南农业科技》 2025年第3期30-34,共5页
明确基因及其编码蛋白的结构和功能可以更好地了解其传递和表达特性,采用生物信息学的方法,基于美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库获取马鹿(Cervus canadensis)CO Ⅰ的基因序列,分析该基因及其编码产物的结构和功能。结果显示,共获... 明确基因及其编码蛋白的结构和功能可以更好地了解其传递和表达特性,采用生物信息学的方法,基于美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库获取马鹿(Cervus canadensis)CO Ⅰ的基因序列,分析该基因及其编码产物的结构和功能。结果显示,共获得607 bp的序列,其中碱基A、T、G和C的含量分别为27.68%、30.48%、16.80%和25.04%,AT含量高于GC含量,约占60%。马鹿CO Ⅰ基因编码的蛋白由202个氨基酸组成,等电点为4.93,氨基酸含量最高的是亮氨酸,是疏水性蛋白质;二级结构主要为无规则卷曲,具有2个N-糖基化位点和13个磷酸化位点,存在4个跨膜螺旋结构。 展开更多
关键词 马鹿(Cervus canadensis) COⅠ基因 编码蛋白质 线粒体疾病 结构 功能
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基于异质网络的长非编码RNA和蛋白质相互作用的预测算法研究 被引量:1
10
作者 郑肖雄 朱文琰 《计算机应用与软件》 2017年第3期227-232,共6页
长非编码RNA在生物过程中扮演着非常重要的角色,长非编码RNA可以与多种蛋白质结合发挥其生物功能,预测长非编码RNA和蛋白质的相互作用也成为了研究长非编码RNA功能的途径之一。由于长非编码RNA的低保守性,通过提取特征和用机器学习算法... 长非编码RNA在生物过程中扮演着非常重要的角色,长非编码RNA可以与多种蛋白质结合发挥其生物功能,预测长非编码RNA和蛋白质的相互作用也成为了研究长非编码RNA功能的途径之一。由于长非编码RNA的低保守性,通过提取特征和用机器学习算法预测它和蛋白质之间的相互作用将会不太合适。LPHeteSim算法是一种基于对称路径随机游走的方法,它可以衡量异质长非编码RNA和蛋白质相互作用网络中两者的相关性。在导质网络中,LPHeteSim算法可以有效地预测两者的相互作用,实验结果验证了算法的有效性。 展开更多
关键词 长非编码RNA和蛋白质相互作用 随机游走 异质网络
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美国科学家创建线粒体蛋白质数据库
11
《生物学教学》 北大核心 2009年第2期71-71,共1页
据东方网2008年7月29日援引《科技日报》消息,由美国麻省理工学院和哈佛大学科学家组成的联合研究小组对老鼠不同组织的线粒体进行了研究,创建了一个包含近1100种蛋白质的线粒体蛋白质数据库,并对几种线粒体的关键蛋白质的生物学功... 据东方网2008年7月29日援引《科技日报》消息,由美国麻省理工学院和哈佛大学科学家组成的联合研究小组对老鼠不同组织的线粒体进行了研究,创建了一个包含近1100种蛋白质的线粒体蛋白质数据库,并对几种线粒体的关键蛋白质的生物学功能和进化历史有了更深入的认识,还证实了一种新的蛋白质编码基因突变,该突变会导致致命性线粒体病。科学家的有关研究结果发表在《细胞》杂志上。 展开更多
关键词 蛋白质数据库 美国科学家 线粒体病 美国麻省理工学院 《科技日报》 基因突变 生物学功能 蛋白质编码
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蔬菜虫害防控创新团队在小菜蛾蛋白质基因组研究方面获得突破
12
《蔬菜》 2016年第5期81-81,共1页
蔬菜虫害防控创新团队在小菜蛾蛋白质基因组方面取得重要突破,相关研究成果近期在线发表在蛋白组学权威期刊Molecular&Cellular Proteomics(分子与细胞蛋白组学)上。随着高通量测序技术的不断发展,上万种生物的全基因组DNA序列被测... 蔬菜虫害防控创新团队在小菜蛾蛋白质基因组方面取得重要突破,相关研究成果近期在线发表在蛋白组学权威期刊Molecular&Cellular Proteomics(分子与细胞蛋白组学)上。随着高通量测序技术的不断发展,上万种生物的全基因组DNA序列被测序完成。其基因组的注释主要基于预测软件和已知蛋白的同源搜索。 展开更多
关键词 创新团队 小菜蛾 编码蛋白质 基因组分析 预测软件 测序技术 基因组研究 Proteomics 研究成果 蛋白组学
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长链非编码RNA AFAP1-AS1促进肿瘤侵袭转移 被引量:3
13
作者 曾朝阳 孛昊 +9 位作者 龚朝建 李夏雨 连瑜 荆益州 唐艳艳 陈攀 廖前进 李小玲 熊炜 李桂源 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2015年第12期1155-1158,共4页
人类基因组计划及其后续的DNA元件百科全书计划(The Encyclopedia of DNA Elements Project,ENCODE)研究成果表明,蛋白质编码基因序列仅占人类基因组序列的1%-3%,人基因组中绝大部分可转录的序列为长链非编码RNA(long non-coding RNA... 人类基因组计划及其后续的DNA元件百科全书计划(The Encyclopedia of DNA Elements Project,ENCODE)研究成果表明,蛋白质编码基因序列仅占人类基因组序列的1%-3%,人基因组中绝大部分可转录的序列为长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNAs)[1].Lnc RNA广泛地存在于各种生物中,且随着生物复杂程度的升高,基因组中lnc RNA序列的比例也相应地增大,提示lnc RNA在生物进化过程中可能有着重要意义[2-4]。 展开更多
关键词 编码RNA 肿瘤侵袭 人类基因组计划 长链 生物进化过程 Elements 基因序列 蛋白质编码
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原核生物基因组肽编码sORFs分布及功能特征 被引量:2
14
作者 陈宜亭 张凤 +3 位作者 赵佳 于家峰 沙玉杰 王吉华 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2018年第1期59-67,共9页
近期,从非编码RNA中发现具有肽编码能力的小开放阅读框(sORFs),激发了人们对这种长期被忽略的基因组元件的研究兴趣,sORFs迅速成为当前重点研究领域.由于表达水平及丰度低、序列短等因素,对肽编码sORFs的有效研究方法及数据资源还很缺乏... 近期,从非编码RNA中发现具有肽编码能力的小开放阅读框(sORFs),激发了人们对这种长期被忽略的基因组元件的研究兴趣,sORFs迅速成为当前重点研究领域.由于表达水平及丰度低、序列短等因素,对肽编码sORFs的有效研究方法及数据资源还很缺乏,现有研究仅集中在少数真核模式生物,对自然界中广泛存在的原核生物研究非常少,肽编码sORFs的发现为目前精准背景下的基因组注释提出严峻挑战.在此背景下,本文首先系统研究了80余种不同类型原核生物中长度小于100个氨基酸的肽编码sORFs分布及功能特征,并对不同长度区间sORFs的序列组成、分布及进化特征进行了对比分析.结果表明,肽编码sORFs在原核生物基因组普遍存在,随着序列长度的降低,其序列复杂度降低,行使的生物功能也相对集中.在此基础上,进一步结合当前肽编码sORFs研究现状,深入总结了肽编码sORFs研究存在的问题及挑战,为今后肽编码sORFs研究奠定了坚实理论基础. 展开更多
关键词 小开放阅读框 原核生物基因组注释 蛋白质编码基因
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非编码RNA及其研究进展 被引量:5
15
作者 秦云霞 田娥 +1 位作者 刘志昕 曾华金 《生物技术通报》 CAS CSCD 2004年第5期9-12,共4页
目前 ,大致有 10类ncRNA的神秘面纱被揭开 ,这些分布广泛的ncRNA ,在多种生物体的重要生命过程中具有不可替代的作用。它们的长度变化很大 ,但都不编码蛋白质 ,直接在RNA水平上发挥着调控作用 ,如细胞的生长和分化 ,个体的发育时序调控 ... 目前 ,大致有 10类ncRNA的神秘面纱被揭开 ,这些分布广泛的ncRNA ,在多种生物体的重要生命过程中具有不可替代的作用。它们的长度变化很大 ,但都不编码蛋白质 ,直接在RNA水平上发挥着调控作用 ,如细胞的生长和分化 ,个体的发育时序调控 ,以及疾病的形成和抑制等。因而 ,对ncRNA的深入研究将对基因功能开发、人类疾病防治及生物进化的探索有重要意义。 展开更多
关键词 编码RNA 人类疾病 研究进展 调控作用 细胞 基因功能 分化 时序调控 编码蛋白质 生物进化
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病原菌非编码小RNA的致病调控功能研究 被引量:2
16
作者 孟霞 王亨 朱国强 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期749-752,共4页
细菌非编码小RNA(Small non-coding RNA)是一类长度为40个~500个核苷酸,在基因组中被转录但是不编码蛋白质的一类RNA分子,简称sRNA。最新研究表明,sRNA作为新发现的基因调节子,可促进病原菌快速调整自身的基因表达和生理特征,
关键词 小RNA 编码 病原菌 调控功能 致病 编码蛋白质 生理特征 基因表达
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奶牛TLR4基因编码区生物信息学分析
17
作者 高成宏 文亮 +5 位作者 马博妍 任稳稳 李宏旭 彭帅 刘丽霞 张丽 《中国奶牛》 2020年第8期13-15,共3页
TLR4基因在哺乳动物细胞表面有较高的表达量,在抗击感染性免疫中发挥重要的作用。本研究对奶牛TLR4基因编码蛋白质的结构和功能进行分析表明,奶牛TLR4基因编码区长度为3738bp,共1246个氨基酸残基,编码20种不同的氨基酸,α-螺旋(Hh)为329... TLR4基因在哺乳动物细胞表面有较高的表达量,在抗击感染性免疫中发挥重要的作用。本研究对奶牛TLR4基因编码蛋白质的结构和功能进行分析表明,奶牛TLR4基因编码区长度为3738bp,共1246个氨基酸残基,编码20种不同的氨基酸,α-螺旋(Hh)为329bp,延伸链(Ee)为30bp,自由卷曲(Cc)为378bp;编码蛋白原子数为13521个,其中H原子较多,分数正残数为0.09,等电点为6.74;分子体积为115841.00V/M,脂肪族指数105.75,其疏水性残基只有0.02。 展开更多
关键词 TLR4基因 编码蛋白质 奶牛 生物信息学
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致病性大肠杆菌非编码小RNA(sRNAs)的研究进展 被引量:2
18
作者 杨延 毛曌 +1 位作者 李干武 江丰伟 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期454-460,共7页
细菌非编码小RNA(Small non-coding RNAs,sRNAs)是一类长度介于40 nt~500 nt不编码蛋白质的RNA分子,其半衰期短,常作为基因表达的调节物。sRNAs多由一段多变的靶标结合序列、保守序列和不依赖于Rho因子的转录终止序列等3部分组成[1],其... 细菌非编码小RNA(Small non-coding RNAs,sRNAs)是一类长度介于40 nt~500 nt不编码蛋白质的RNA分子,其半衰期短,常作为基因表达的调节物。sRNAs多由一段多变的靶标结合序列、保守序列和不依赖于Rho因子的转录终止序列等3部分组成[1],其形成的二级结构多存在茎环结构,该结构显著提高了sRNAs的稳定性[2]。sRNAs与靶基因的配对方式多样,根据配对方式的不同,可以将细菌sRNAs分为顺式编码的sRNAs(Cis-encoded s RNAs)和反式编码的sRNAs(Trans-encoded sRNAs)。 展开更多
关键词 致病性大肠杆菌 编码蛋白质 调节物 二级结构 转录终止 基因表达 半衰期
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古老蛋白塑造细菌紧凑基因组
19
《广西科学》 CAS 2008年第2期194-194,共1页
关键词 人类基因组 编码蛋白质 细菌 垃圾DNA 紧凑 大肠杆菌 编码
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植物耐旱耐盐非编码RNA找到
20
《种业导刊》 2017年第10期36-36,共1页
美国科学家发现,一种长链RNA(核糖核酸)能增强实验植物拟南芥耐受干旱和盐分的能力,这项发现将有助于开发农林植物新品种。RNA通常由DNA(脱氧核糖核酸)转录而成,在生物体内普遍存在。美国得克萨斯农业与机械大学近日发布新闻公... 美国科学家发现,一种长链RNA(核糖核酸)能增强实验植物拟南芥耐受干旱和盐分的能力,这项发现将有助于开发农林植物新品种。RNA通常由DNA(脱氧核糖核酸)转录而成,在生物体内普遍存在。美国得克萨斯农业与机械大学近日发布新闻公报说,该校研究人员新发现的长链RNA属于非编码RNA,不参与编码蛋白质,但能调节其他基因表达,提高植物对恶劣环境耐受力。 展开更多
关键词 编码RNA 植物新品种 脱氧核糖核酸 美国科学家 耐盐 耐旱 编码蛋白质 生物体内
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