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蛋白质相互作用数据库及其应用 被引量:13
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作者 余鑫煜 许正平 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期189-196,共8页
对蛋白质相互作用及其网络的了解不仅有助于深入理解生命活动的本质和疾病发生的机制,而且可以为药物研发提供靶点.目前,通过高通量筛选、计算方法预测和文献挖掘等方法,获得了大批量的蛋白质相互作用数据,并由此构建了很多内容丰富并... 对蛋白质相互作用及其网络的了解不仅有助于深入理解生命活动的本质和疾病发生的机制,而且可以为药物研发提供靶点.目前,通过高通量筛选、计算方法预测和文献挖掘等方法,获得了大批量的蛋白质相互作用数据,并由此构建了很多内容丰富并日益更新的蛋白质相互作用数据库.本文首先简要阐述了大规模蛋白质相互作用数据产生的3种方法,然后重点介绍了几个人类相关的蛋白质相互作用公共数据库,包括HPRD、BIND、IntAct、MINT、DIP和MIPS,并概述了蛋白质相互作用数据库的整合情况以及这些数据库在蛋白质相互作用网络构建上的应用. 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 蛋白质相互作用数据库 网络构建
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基于元数据的异构蛋白质-蛋白质相互作用数据库整合 被引量:1
2
作者 张智 张正国 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期201-206,共6页
研究蛋白质-蛋白质相互作用是理解生命活动的基础。在蛋白质-蛋白质相互作用的研究过程中,产生了大量来源于实验和预测的数据。这些数据存储于彼此异构的数据库中。对上述异构数据库进行数据整合是实现共享和最大限度利用已有蛋白质-蛋... 研究蛋白质-蛋白质相互作用是理解生命活动的基础。在蛋白质-蛋白质相互作用的研究过程中,产生了大量来源于实验和预测的数据。这些数据存储于彼此异构的数据库中。对上述异构数据库进行数据整合是实现共享和最大限度利用已有蛋白质-蛋白质相互作用数据必须解决的关键问题。据此问题提出了基于元数据理论和查询转换方法的异构数据库整合方案,并构建了一个基于网络的蛋白质-蛋白质相互作用相关异构数据库的整合平台,成功实现了对9个蛋白质-蛋白质相互作用数据库的整合。 展开更多
关键词 蛋白质-蛋白质相互作用 异构数据库 数据整合 数据
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蛋白质相互作用数据库 被引量:2
3
作者 王建 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期760-767,共8页
随着"蛋白质组学"的蓬勃发展和人类对生物大分子功能机制的知识积累,涌现出海量的蛋白质相互作用数据。随之,研究者开发了300多个蛋白质相互作用数据库,用于存储、展示和数据的重利用。蛋白质相互作用数据库是系统生物学、分... 随着"蛋白质组学"的蓬勃发展和人类对生物大分子功能机制的知识积累,涌现出海量的蛋白质相互作用数据。随之,研究者开发了300多个蛋白质相互作用数据库,用于存储、展示和数据的重利用。蛋白质相互作用数据库是系统生物学、分子生物学和临床药物研究的宝贵资源。本文将数据库分为3类:(1)综合蛋白质相互作用数据库;(2)特定物种的蛋白质相互作用数据库;(3)生物学通路数据库。重点介绍常用的蛋白质相互作用数据库,包括BioGRID、STRING、IntAct、MINT、DIP、IMEx、HPRD、Reactome和KEGG等。 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 蛋白质相互作用 数据库 网络资源
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蛋白质相互作用数据库系统的设计与实现
4
作者 夏艳军 周建军 向昌盛 《湖南农业科学》 2010年第8期157-159,163,共4页
蛋白质相互作用的研究是当前生命科学的前沿和热点,随着研究逐渐深入,已经产生了大量的实验数据。为了保存、利用这些宝贵的数据,给有关研究工作提供一个便捷的工具,基于Apache、MySQL、CakePHP开发环境,初步构建了蛋白质相互作用数据... 蛋白质相互作用的研究是当前生命科学的前沿和热点,随着研究逐渐深入,已经产生了大量的实验数据。为了保存、利用这些宝贵的数据,给有关研究工作提供一个便捷的工具,基于Apache、MySQL、CakePHP开发环境,初步构建了蛋白质相互作用数据库系统,具备信息远程增、删、改、查功能,并优化了人机界面,从而为设计功能更加强大的蛋白质相互作用数据库研究平台创造了有利条件。 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 数据库系统 生物信息学
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蛋白质/脂质-淀粉相互作用及其对淀粉消化速率减缓作用研究进展 被引量:3
5
作者 刘常念 郭岩 +2 位作者 张嘉欣 于修烛 李琪 《食品工业科技》 北大核心 2025年第9期1-10,共10页
随着肥胖、心血管疾病和Ⅱ型糖尿病的流行,低血糖生成指数食物受到推崇,蛋白质和脂质对淀粉消化速率减缓效果成为研究热点。本文概述了蛋白质和脂质与淀粉的相互作用机制,探讨了影响二元及三元复合物形成的因素,如物质来源、种类、性质... 随着肥胖、心血管疾病和Ⅱ型糖尿病的流行,低血糖生成指数食物受到推崇,蛋白质和脂质对淀粉消化速率减缓效果成为研究热点。本文概述了蛋白质和脂质与淀粉的相互作用机制,探讨了影响二元及三元复合物形成的因素,如物质来源、种类、性质与加工处理条件等,同时介绍了复合物形成对淀粉黏度、溶解度、膨胀度和糊化特性等理化性质的影响。在此基础上,分析蛋白质和脂质减缓淀粉消化速率的作用机理:蛋白质通过在淀粉颗粒表面形成物理屏障和与酶结合降低酶活性来抑制淀粉消化;淀粉-脂质复合物通过形成屏障层阻碍淀粉酶的进入,并抑制淀粉分子分散,降低与淀粉酶接触机会,从而减缓淀粉的消化速率。以期为淀粉基复合物在调节人体血糖方面的进一步研究,及其在预防Ⅱ型糖尿病等功能食品的开发应用等方向提供理论基础。 展开更多
关键词 淀粉 蛋白质 脂质 复合物 相互作用 理化性质 消化速率
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表面活性剂与蛋白质在水体系中的相互作用机制及应用
6
作者 刘娱彤 苑冰冰 +4 位作者 韩甜甜 陈功 慕永航 宋林花 王子 《日用化学工业(中英文)》 北大核心 2025年第9期1198-1206,共9页
表面活性剂与蛋白质相互作用的机制研究对于促进其应用领域的发展具有重要意义。本文通过分析表面活性剂与蛋白质在体相以及界面处的复杂行为,重点探讨了其静电作用、疏水作用、界面竞争吸附机制以及调控体系参数对作用机制的显著影响... 表面活性剂与蛋白质相互作用的机制研究对于促进其应用领域的发展具有重要意义。本文通过分析表面活性剂与蛋白质在体相以及界面处的复杂行为,重点探讨了其静电作用、疏水作用、界面竞争吸附机制以及调控体系参数对作用机制的显著影响。并将两者相互作用与实际应用充分衔接,阐述了表面活性剂与蛋白质相互作用在医药领域、食品工业及日用化学品领域的具体应用,总结了表面活性剂-蛋白质体系中各因素发生变化时表现出的特定分子行为与其应用间的联系。旨在为新型高效表面活性剂的开发及与之相关的蛋白质功能的精准调控提供理论依据。 展开更多
关键词 表面活性剂 蛋白质 相互作用机制 应用
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用于解析蛋白质-代谢物相互作用的蛋白质组学技术
7
作者 刘畅 秦洪强 叶明亮 《质谱学报》 北大核心 2025年第5期532-541,I0001,共11页
代谢物可通过共价或非共价方式与多种蛋白质相互作用,进而调控蛋白质功能。然而,许多此类相互作用非常短暂且亲和力低,并且存在高度动态性,其相互作用网络的复杂性导致蛋白质-代谢物相互作用的系统性鉴定面临极大挑战。近年来,基于质谱... 代谢物可通过共价或非共价方式与多种蛋白质相互作用,进而调控蛋白质功能。然而,许多此类相互作用非常短暂且亲和力低,并且存在高度动态性,其相互作用网络的复杂性导致蛋白质-代谢物相互作用的系统性鉴定面临极大挑战。近年来,基于质谱的蛋白质组学技术发展迅速,可无偏倚地系统描绘蛋白质-代谢物相互作用。本文综述了近5年用于解析蛋白质-代谢物相互作用的蛋白质组学技术进展,包括与目标代谢物“匹配”的竞争性活性探针、基于化学反应的直接捕获方法等,并深入讨论这些方法的优势、局限性及应用场景,以期为蛋白质-代谢物相互作用的研究提供参考。 展开更多
关键词 蛋白质-代谢物相互作用 翻译后修饰 非共价结合 蛋白质组学
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基于药物子结构与蛋白质三维图信息的化合物-蛋白质相互作用预测
8
作者 李亚茹 王倩倩 +1 位作者 车超 朱德恒 《计算机科学》 北大核心 2025年第9期71-79,共9页
药物通过与蛋白质相互作用来抑制或激活特定蛋白质的功能,从而发挥治疗作用。近年来,深度学习方法在化合物蛋白质相互作用预测中取得显著进展。然而,现有的大多数研究仍然侧重于从药物和蛋白质的整体特征进行提取,对于药物和靶点的信息... 药物通过与蛋白质相互作用来抑制或激活特定蛋白质的功能,从而发挥治疗作用。近年来,深度学习方法在化合物蛋白质相互作用预测中取得显著进展。然而,现有的大多数研究仍然侧重于从药物和蛋白质的整体特征进行提取,对于药物和靶点的信息探索不足,忽视了蛋白质结构的三维空间信息以及药物关键子结构在化合物蛋白质相互作用预测中的作用。针对这一问题,提出了一种新的模型,其结合药物的官能团、整体结构图以及蛋白质的序列和三维空间图信息,将图神经网络和注意力机制融合,进行高效的特征学习与预测。在Human和C.elegans公开数据集上的实验结果表明,所提模型在CPI预测中表现出色,在ACC,AUROC和AUPR指标上有1%以上的提升,在非平衡数据集上表现出稳定的性能优势。 展开更多
关键词 化合物-蛋白质相互作用预测 药物子结构 蛋白质结构预测 图神经网络 深度学习
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分析超速离心-沉降速率法研究蛋白质-蛋白质相互作用
9
作者 常卿 褚文丹 +3 位作者 芦亚菲 杨姊 曲娜 李文奇 《生物学杂志》 北大核心 2025年第5期111-116,共6页
分析超速离心-沉降速率法(AUC-SV)是一种用于确定溶液中分子大小和形状的经典生物物理技术,可以根据分子之间在相互作用过程中形成的复合物的数量、大小、化学计量学和亲和力来描述它们之间的相互作用。通过AUC-SV建立免疫相关的重要标... 分析超速离心-沉降速率法(AUC-SV)是一种用于确定溶液中分子大小和形状的经典生物物理技术,可以根据分子之间在相互作用过程中形成的复合物的数量、大小、化学计量学和亲和力来描述它们之间的相互作用。通过AUC-SV建立免疫相关的重要标记分子免疫球蛋白Fc区受体IIb(CD32b)和人IgG1抗体的Fc之间的受体和配体相互作用分析的方法,并与表面等离子共振(SPR)技术和微量热泳动(MST)技术等体外相互作用分析方法进行平行比较,进一步验证了SV-AUC研究蛋白质-蛋白质相互作用的方法可靠性。 展开更多
关键词 分析超速离心-沉降速率法 蛋白质-蛋白质相互作用 免疫球蛋白Fc区受体IIb 抗体Fc片段
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小分子与蛋白质相互作用研究的新方法-PELSA
10
作者 唐致恒 刘小云 《质谱学报》 北大核心 2025年第1期1-2,共2页
小分子-蛋白质相互作用在生命活动中发挥着重要作用,广泛参与几乎所有的生物学过程。蛋白质与小分子配体(如药物、代谢物、金属离子和核酸等)的结合能够调控蛋白质的结构、功能及其生物学活性。因此,研究蛋白质-小分子相互作用对于药物... 小分子-蛋白质相互作用在生命活动中发挥着重要作用,广泛参与几乎所有的生物学过程。蛋白质与小分子配体(如药物、代谢物、金属离子和核酸等)的结合能够调控蛋白质的结构、功能及其生物学活性。因此,研究蛋白质-小分子相互作用对于药物开发、生物分子功能解析及疾病机制研究都具有重要意义。然而,与蛋白质-蛋白质互作相比,研究小分子-蛋白质互作的有效工具则明显不足。例如,如何规模化筛选小分子的蛋白靶标并实现其精准鉴定至今仍是一项非常有挑战性的任务。 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 蛋白质互作 广泛参与 生物分子 功能解析 分子相互作用 药物开发 有效工具
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邻近标记技术在蛋白质-蛋白质相互作用研究中的应用和进展
11
作者 许昕薷 仇本华 鄢秀敏 《遗传》 北大核心 2025年第6期625-635,共11页
蛋白质-蛋白质相互作用在细胞内的几乎所有生物过程中都扮演着至关重要的角色。近年来,邻近标记技术作为一种前沿实验方法,被广泛应用于细胞内蛋白质相互作用和亚细胞区室空间蛋白质组等方面的研究。这项技术通过在目标蛋白质周围引入... 蛋白质-蛋白质相互作用在细胞内的几乎所有生物过程中都扮演着至关重要的角色。近年来,邻近标记技术作为一种前沿实验方法,被广泛应用于细胞内蛋白质相互作用和亚细胞区室空间蛋白质组等方面的研究。这项技术通过在目标蛋白质周围引入化学标记物,实现对邻近蛋白质的标记和捕捉。结合质谱鉴定与分析,邻近标记技术能够以高时空分辨率捕捉蛋白质间的相互作用及细胞区室的蛋白质组信息。与传统方法相比,邻近标记技术凭借其高时空分辨率和高灵敏度,成为研究细胞内蛋白质功能、相互作用及蛋白质空间组学的重要工具。本文系统介绍了蛋白质邻近标记技术的原理、分类及其应用,以期为研究人员提供全面的技术视角,促进蛋白质邻近标记技术在细胞生物学、蛋白质组学以及疾病机制研究中的更广泛应用。 展开更多
关键词 邻近标记技术 蛋白质相互作用 空间蛋白质
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花色苷的稳定性及其与蛋白质相互作用研究进展:基于花色苷在不同pH条件下的多态性
12
作者 杨培青 王文欣 +2 位作者 王永涛 赵靓 廖小军 《食品工业科技》 北大核心 2025年第19期480-491,共12页
花色苷是广泛存在于植物组织中的水溶性天然色素,对人体具有多种健康益处。然而,花色苷结构不稳定,受pH影响易于发生褪色和降解。食品中复杂的pH环境极大地限制了花色苷作为天然食品色素的应用潜力。为深入理解花色苷的不稳定性机制并... 花色苷是广泛存在于植物组织中的水溶性天然色素,对人体具有多种健康益处。然而,花色苷结构不稳定,受pH影响易于发生褪色和降解。食品中复杂的pH环境极大地限制了花色苷作为天然食品色素的应用潜力。为深入理解花色苷的不稳定性机制并针对性开发稳定化策略,有必要基于其在不同pH条件下的多态性进行研究。花色苷在不同pH条件下的多态性是指在强酸性条件下(如pH≤1时),花色苷仅以黄烊盐阳离子(Flavylium cation,AH^(+))的结构形式存在;随pH升高,AH+发生一系列可逆的结构转化,形成AH+、醌式碱、半缩酮、顺式和反式查尔酮的混合体系。因此,花色苷的褪色受pH影响较大,可源自其多态系统内的可逆转化(即有色结构转化为无色结构),也可能涉及不可逆的降解反应。此外,蛋白质与花色苷的相互作用被广泛研究,常被用作提高花色苷稳定性的策略。在研究此方面时,需要从花色苷在不同pH条件下多态性的角度考虑,分析蛋白质对花色苷颜色的调控作用以及对其颜色或含量的稳定化作用。本文首先系统介绍花色苷在不同pH条件下的多态性,随后深入分析花色苷的褪色机制,最后探讨其与蛋白质的相互作用,旨在为花色苷的稳定化及基于花色苷的天然食品色素开发提供理论依据和新思路。 展开更多
关键词 花色苷 蛋白质 相互作用 多态性 稳定性
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基于相互作用蛋白质的质谱鉴定揭示高尔基体蛋白73对RNA剪接效率的调控作用
13
作者 张畅 刘慕仪 +3 位作者 杨孟欣 万禄明 钟辉 魏从文 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第3期404-414,共11页
蛋白质-蛋白质相互作用在细胞的生化功能中扮演极为重要的角色,深入解析蛋白质相互作用关系是理解细胞生命活动的关键。本研究以高尔基体蛋白73(golgi protein 73,GP73)为研究对象,利用经典的免疫共沉淀联合质谱技术系统挖掘了GP73的相... 蛋白质-蛋白质相互作用在细胞的生化功能中扮演极为重要的角色,深入解析蛋白质相互作用关系是理解细胞生命活动的关键。本研究以高尔基体蛋白73(golgi protein 73,GP73)为研究对象,利用经典的免疫共沉淀联合质谱技术系统挖掘了GP73的相互作用蛋白质,力求进一步解析GP73的分子功能。选取肝癌细胞系HepG2,利用慢病毒感染技术构建过表达GP73-3Flag的稳定细胞系,免疫共沉淀联合质谱检测鉴定出78个高置信的GP73相互作用蛋白质,生物信息学分析提示,GP73与近40个细胞核蛋白质存在相互作用,并参与RNA运输、剪接和翻译等生物学过程,进一步的免疫荧光和细胞核蛋白质分离实验证实,GP73在多种肿瘤细胞中的细胞核定位,在78个相互作用蛋白质的基础上进一步筛选出与mRNA剪接相关的蛋白质相互作用网络,并通过免疫共沉淀验证了GP73与HNRNPH3、SMN1、RBM14、NCBP1等7种蛋白质存在相互作用。Minigene剪接实验提示,过表达GP73抑制细胞对pre-mRNA的剪接效率。本研究拓展了对GP73蛋白功能的认识和理解,有助于解释其在细胞生物学中的重要角色及其与疾病的潜在关联。 展开更多
关键词 蛋白质-蛋白质相互作用 高尔基体蛋白73 免疫共沉淀联合质谱检测 生物信息学分析 细胞核定位 剪接效率
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酚酸与蛋白质和碳水化合物相互作用及对面包面团的影响研究进展 被引量:2
14
作者 辛嘉英 刘思淼 +3 位作者 葛怿泽 宋增武 锁博海 夏春谷 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第9期272-282,共11页
近年来,研究人员常利用食品各组分之间的相互作用调节其感官性状和功能特性。酚酸、蛋白质和碳水化合物三者在面食制品中广泛存在并发挥着重要作用。目前为止,研究主要集中在酚酸-蛋白质和酚酸-碳水化合物的相互作用,以及二者相互作用... 近年来,研究人员常利用食品各组分之间的相互作用调节其感官性状和功能特性。酚酸、蛋白质和碳水化合物三者在面食制品中广泛存在并发挥着重要作用。目前为止,研究主要集中在酚酸-蛋白质和酚酸-碳水化合物的相互作用,以及二者相互作用在食品加工、机体保健等方面的应用。酚酸、蛋白质、碳水化合物所构成的三元体系中伴随着复杂的相互作用,这些相互作用能够赋予面食制品不同的感官性状和功能特性。本文主要介绍了酚酸、蛋白质和碳水化合物三者间的相互作用及其影响面包面团感官特性和功能特性等的研究进展,以期为酚酸、蛋白质和碳水化合物组成的三元体系在面食制品中的应用提供理论指导。 展开更多
关键词 酚酸 蛋白质 碳水化合物 相互作用 三元体系
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基于光谱技术的多糖与蛋白质相互作用研究 被引量:1
15
作者 牛付阁 廖华斌 +5 位作者 顾斐娜 高一 李哲 曹晏任 周娱 潘伟春 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2174-2182,共9页
为揭示大分子拥挤剂葡聚糖-70(dextran-70)对蛋白质构象和微环境的影响,利用紫外光谱、荧光光谱、同步荧光、荧光量子产率及微流变等技术手段,研究葡聚糖-70添加后溶菌酶(Lys)、牛血清白蛋白(BSA)、β-乳球蛋白(BLG)微观构象的变化。结... 为揭示大分子拥挤剂葡聚糖-70(dextran-70)对蛋白质构象和微环境的影响,利用紫外光谱、荧光光谱、同步荧光、荧光量子产率及微流变等技术手段,研究葡聚糖-70添加后溶菌酶(Lys)、牛血清白蛋白(BSA)、β-乳球蛋白(BLG)微观构象的变化。结果表明,添加葡聚糖-70会改变蛋白,尤其是BLG蛋白的三级结构;葡聚糖-70引起蛋白质氨基酸微环境的变化,使蛋白质更趋向于疏水环境;荧光光谱显示,葡聚糖-70会导致蛋白质内源性荧光的猝灭,同时色氨酸和酪氨酸残基移向更加疏水的环境;葡聚糖-70对蛋白质量子产率的影响较小,对Lys的影响更为明显;微流变结果显示,随着葡聚糖-70浓度的增加,混合体系的复数模量和复数粘度增加、蛋白质分子运动速度减慢,可能是蛋白质与葡聚糖-70之间的相互作用所致。本研究结果可为蛋白质和多糖类食品体系的结构设计提供技术支持。 展开更多
关键词 蛋白质 多糖 大分子拥挤试剂 相互作用
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植物多酚-蛋白质相互作用及在纺织上的应用研究进展
16
作者 王钰德 张镨予 +3 位作者 徐绚绚 巩继贤 石大为 张健飞 《印染》 CAS 北大核心 2024年第12期75-80,共6页
植物多酚是一类存在于植物体内的重要次生代谢产物,具有多种健康功效。植物多酚可以对蛋白质纤维进行染色,同时改善其抗菌、抗氧化和紫外线防护等特性,从而提升蛋白质纤维织物的服用性能。综述了植物多酚与蛋白质的非共价和共价相互作... 植物多酚是一类存在于植物体内的重要次生代谢产物,具有多种健康功效。植物多酚可以对蛋白质纤维进行染色,同时改善其抗菌、抗氧化和紫外线防护等特性,从而提升蛋白质纤维织物的服用性能。综述了植物多酚与蛋白质的非共价和共价相互作用机制,总结了二者相互作用的影响因素、分析了测试方法及复合物的功能特性,并概述了近年来有关植物多酚-蛋白质相互作用在纺织品染色和功能整理等方面的研究现状,为开发清洁高效的天然染料应用技术提供新思路。 展开更多
关键词 植物多酚 蛋白质 相互作用 纺织 应用
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基于注意力机制的蛋白质残基相互作用预测方法
17
作者 何如吉 权丽君 吕强 《计算机应用与软件》 北大核心 2024年第6期55-61,共7页
蛋白质残基相互作用预测对于构建蛋白质三级结构具有重要作用,许多基于深度学习的预测方法陆续提出。残基对的相互作用不仅由残基对本身属性决定,还受到所有其他残基对的影响,但多数深度模型采用的卷积神经网络更关注对局部特征的提取,... 蛋白质残基相互作用预测对于构建蛋白质三级结构具有重要作用,许多基于深度学习的预测方法陆续提出。残基对的相互作用不仅由残基对本身属性决定,还受到所有其他残基对的影响,但多数深度模型采用的卷积神经网络更关注对局部特征的提取,而忽略了残基对相互作用的全局因素。针对该问题,提出一种基于注意力机制的预测模型,能够兼顾残基对的局部属性以及全局属性。实验结果表明,该模型与其他方法相比具有一定优势。 展开更多
关键词 蛋白质 残基相互作用 注意力机制 深度学习
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核酸条形码技术:扩展蛋白质-蛋白质相互作用检测通量的新方法
18
作者 李林鑫 秦晓红 米立志 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期281-294,共14页
蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)几乎参与了机体内所有重要的生物学过程,在细胞的基本生命过程中扮演了至关重要的角色,开发高通量的PPI检测新方法具有重要的生物学意义。目前,下一代测序技术(next-generation ... 蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)几乎参与了机体内所有重要的生物学过程,在细胞的基本生命过程中扮演了至关重要的角色,开发高通量的PPI检测新方法具有重要的生物学意义。目前,下一代测序技术(next-generation sequencing,NGS)发展快速,能在几天内测定超过10亿个模板的DNA序列。由于并行DNA测序技术所特有的敏感性、特异性、高通量和多路复用优势,其已被用作广谱分子计数器,应用于基因组测序和转录物组测序等领域。核酸条形码技术通过将寡核苷酸标签与目标蛋白质连接起来,从而标记编码蛋白质。之后,利用高通量的测序方法检测相互作用的蛋白质,实现了PPI的高通量检测。这一技术推动了PPI检测方法的飞速发展,提升了单次实验检测的通量,为构建PPI网络提供了强有力的技术支持。本文详细阐述了核酸条形码在PPI检测方法中的设计、生成和读取;通过分析核酸条形码技术在PPI研究中的应用范例,探讨了各自的优势和不足,并评估了数据的可靠性,讨论了基于核酸条形码技术的PPI检测方法未来的发展趋势。 展开更多
关键词 蛋白质-蛋白质相互作用 核酸条形码检测技术 下一代测序技术
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基于网格的分布式数据计算预测蛋白质相互作用关系
19
作者 谢江 张武 梅健 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2008年第8期195-197,共3页
随着不同物种蛋白质相互作用关系数据的大量积累,蛋白质相互作用特别是大规模蛋白质相互作用的研究成为生命科学领域的又一个研究热点。目前互联网上存在大量分布式的、异构的蛋白质相互作用关系数据源,用户难以高效地整合这些数据源中... 随着不同物种蛋白质相互作用关系数据的大量积累,蛋白质相互作用特别是大规模蛋白质相互作用的研究成为生命科学领域的又一个研究热点。目前互联网上存在大量分布式的、异构的蛋白质相互作用关系数据源,用户难以高效地整合这些数据源中的信息。本文针对多个大容量的蛋白质相互作用关系数据库,在数据网格BD-Grid环境下,提出了预测蛋白质相互作用关系通用结构框架,通过有效的元数据管理服务和合理的数据分类服务,屏蔽异构数据库间的差异,实现了用户对数据的透明存取,并在该数据平台上,实现了预测蛋白质相互作用关系的应用,使相关领域的研究人员能以生物信息学的方法研究蛋白质的相互作用关系。初步的实验结果说明,该BD-Grid具有较好的性能。 展开更多
关键词 数据网格 分布式异构数据 蛋白质相互作用关系 生物信息学
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膜蛋白相互作用的原位分析技术
20
作者 康梓原 余彤 +5 位作者 李超 张雪花 郭君慧 李其昌 郭景星 谢浩 《生物化学与生物物理进展》 北大核心 2025年第5期1206-1218,共13页
膜蛋白占哺乳动物蛋白质组的30%,占所有药物靶点的60%,它们的功能相互作用是细胞实现多种生物功能的基础。分析膜蛋白相互作用对了解细胞生物功能的具体机制十分重要。膜蛋白相互作用具有依赖细胞膜环境、空间不对称、强度较弱、高度动... 膜蛋白占哺乳动物蛋白质组的30%,占所有药物靶点的60%,它们的功能相互作用是细胞实现多种生物功能的基础。分析膜蛋白相互作用对了解细胞生物功能的具体机制十分重要。膜蛋白相互作用具有依赖细胞膜环境、空间不对称、强度较弱、高度动态和作用位点多样等特征,需要借助原位分析技术来真实反映其结构基础和动力学等信息。本文系统性总结了目前可被用于原位分析膜蛋白相互作用的技术,如免疫共沉淀(Co-IP)、邻近连接技术(PLA)、双分子荧光互补(BiFC)、共振能量转移、邻近标记(PL)技术、冷冻电子断层成像(Cryo-CT)、原位交联质谱(In situ XL-MS)、拉曼光谱(Raman spectroscopy)、电子顺磁共振(EPR)、核磁共振(NMR)、结构预测技术等,并且对各项技术的优缺点进行了评述。基于自身相关研究基础,进一步讨论了这些技术在应用中的关键问题和发展趋势,指出了借助多种技术联用可以克服单一技术的局限性,为膜蛋白领域研究提供了参考。 展开更多
关键词 蛋白 蛋白质-蛋白质相互作用 原位分析
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