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求解蛋白质折叠问题的模拟退火算法
被引量：
3
1
作者
陈矛
黄文奇
吕志鹏
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2007年第1期75-78,共4页
通过构造新的数学模型,把三维AB模型的蛋白质折叠问题由一个带约束的优化问题转化为无约束优化问题,然后提出一个模拟退火算法.对如何得到初始构形,提出了一个启发式策略.实算结果表明,本文算法效率较高,对四条氨基酸测试序列,本文算法...
通过构造新的数学模型,把三维AB模型的蛋白质折叠问题由一个带约束的优化问题转化为无约束优化问题,然后提出一个模拟退火算法.对如何得到初始构形,提出了一个启发式策略.实算结果表明,本文算法效率较高,对四条氨基酸测试序列,本文算法得到的最低能量都要优于nPERM算法得到的结果.
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关键词
蛋白质折叠问题
AB非格点模型
NP难度
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职称材料
一种在格点模型上模拟蛋白质折叠结构的优化算法
2
作者
刘景发
宋蓓蓓
+2 位作者
刘朝霞
孙媛媛
黄维波
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2014年第7期712-718,共7页
蛋白质折叠问题是生物信息学中一个经典的多项式复杂程度的非确定性(non-deterministic polynomial,NP)难度问题.势能曲面变平法(ELP)是一种启发式的全局优化算法.通过对ELP方法中的直方图函数提出一种新的更新机制,并将基于贪心策略的...
蛋白质折叠问题是生物信息学中一个经典的多项式复杂程度的非确定性(non-deterministic polynomial,NP)难度问题.势能曲面变平法(ELP)是一种启发式的全局优化算法.通过对ELP方法中的直方图函数提出一种新的更新机制,并将基于贪心策略的初始构象的产生,基于牵引移动的邻域搜索策略与ELP方法相结合,为面心立方体(FCC)格点模型的蛋白质折叠问题提出一种改进的势能曲面变平(ELP+)算法.采用文献中9条常用序列作为测试集.对于每条序列,ELP+算法均能找到与文献中的算法所得到的最低能量相等或更低的能量.实验结果表明,ELP+算法是求解FCC格点模型的蛋白质折叠问题的一种有效算法.
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关键词
蛋白质折叠问题
势能曲面变平法
牵引移动
FCC格点模型
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职称材料
题名
求解蛋白质折叠问题的模拟退火算法
被引量：
3
1
作者
陈矛
黄文奇
吕志鹏
机构
华中科技大学计算机学院
出处
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2007年第1期75-78,共4页
基金
国家自然科学基金项目(10471051)资助
国家"九七三"计划项目(2004CB318000)资助.
文摘
通过构造新的数学模型,把三维AB模型的蛋白质折叠问题由一个带约束的优化问题转化为无约束优化问题,然后提出一个模拟退火算法.对如何得到初始构形,提出了一个启发式策略.实算结果表明,本文算法效率较高,对四条氨基酸测试序列,本文算法得到的最低能量都要优于nPERM算法得到的结果.
关键词
蛋白质折叠问题
AB非格点模型
NP难度
Keywords
protein folding
AB off-lattice model
NP hard
分类号
TP393 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
一种在格点模型上模拟蛋白质折叠结构的优化算法
2
作者
刘景发
宋蓓蓓
刘朝霞
孙媛媛
黄维波
机构
南京信息工程大学网络信息中心
南京信息工程大学计算机与软件学院
南京信息工程大学江苏省网络监控中心
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2014年第7期712-718,共7页
基金
国家自然科学基金(61373016)
江苏省自然科学基金(BK2010570)
+2 种基金
江苏省"六大人才高峰"项目(DZXX-041)
中国博士后科学基金(201104572)
江苏省博士后科学基金(1001030B)资助~~
文摘
蛋白质折叠问题是生物信息学中一个经典的多项式复杂程度的非确定性(non-deterministic polynomial,NP)难度问题.势能曲面变平法(ELP)是一种启发式的全局优化算法.通过对ELP方法中的直方图函数提出一种新的更新机制,并将基于贪心策略的初始构象的产生,基于牵引移动的邻域搜索策略与ELP方法相结合,为面心立方体(FCC)格点模型的蛋白质折叠问题提出一种改进的势能曲面变平(ELP+)算法.采用文献中9条常用序列作为测试集.对于每条序列,ELP+算法均能找到与文献中的算法所得到的最低能量相等或更低的能量.实验结果表明,ELP+算法是求解FCC格点模型的蛋白质折叠问题的一种有效算法.
关键词
蛋白质折叠问题
势能曲面变平法
牵引移动
FCC格点模型
Keywords
protein folding problem, energy landscape paving method, pull-moves, FCC lattice model
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
求解蛋白质折叠问题的模拟退火算法
陈矛
黄文奇
吕志鹏
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2007
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
一种在格点模型上模拟蛋白质折叠结构的优化算法
刘景发
宋蓓蓓
刘朝霞
孙媛媛
黄维波
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2014
0
在线阅读
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职称材料
已选择
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参考文献
引证文献
统计分析
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