基于深度学习的蛋白质亚细胞定位预测 被引量：4

1

作者 王艺皓 丁洪伟 +2 位作者 李波 保利勇 张颖婕 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2020年第11期3393-3399,共7页

针对传统机器学习算法中仍需手工操作表示特征的问题,提出了一种基于堆栈式降噪自编码器(SDAE)深度网络的蛋白质亚细胞定位算法。首先,分别利用改进型伪氨基酸组成法(PseAAC)、伪位置特异性得分矩阵法(PsePSSM)和三联体编码法(CT)对蛋... 针对传统机器学习算法中仍需手工操作表示特征的问题,提出了一种基于堆栈式降噪自编码器(SDAE)深度网络的蛋白质亚细胞定位算法。首先,分别利用改进型伪氨基酸组成法(PseAAC)、伪位置特异性得分矩阵法(PsePSSM)和三联体编码法(CT)对蛋白质序列进行特征提取,并将这三种方法得到的特征向量进行融合,以得到一个全新的蛋白质序列特征表达模型;接着,将融合后的特征向量输入到SDAE深度网络里自动学习更有效的特征表示;然后选用Softmax回归分类器进行亚细胞的分类预测,并采用留一法在Viral proteins和Plant proteins两个数据集上进行交叉验证;最后,将所提算法的结果与mGOASVM、HybridGO-Loc等多种现有算法的结果进行比较。实验结果表明,所提算法在Viral proteins数据集上取得了98.24%的准确率,与mGOASVM算法相比提高了9.35个百分点;同时所提算法在Plant proteins数据集上取得了97.63%的准确率,比mGOASVM算法和HybridGO-Loc算法分别提高了10.21个百分点和4.07个百分点。综上说明所提算法可以有效提高蛋白质亚细胞定位预测的准确性。 展开更多

关键词 深度学习 特征融合 蛋白质定位 堆栈式降噪自编码器 留一法

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蛋白质亚细胞定位预测研究综述 被引量：6

2

作者 乔善平 闫宝强 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2014年第2期321-327,共7页

蛋白质亚细胞定位预测对于确定蛋白质功能、揭示分子交互机理、理解复杂生理过程和设计药物靶标等方面都有很大的促进作用。随着后基因组时代中蛋白质序列数据的指数增长,研究基于机器学习的计算性蛋白质亚细胞定位预测方法变得越来越... 蛋白质亚细胞定位预测对于确定蛋白质功能、揭示分子交互机理、理解复杂生理过程和设计药物靶标等方面都有很大的促进作用。随着后基因组时代中蛋白质序列数据的指数增长,研究基于机器学习的计算性蛋白质亚细胞定位预测方法变得越来越重要。为了能够把握该问题的研究状况,从数据集构建、蛋白质特征提取与表示、预测算法设计、算法测试和Web服务的建立等五个方面对蛋白质亚细胞定位预测的研究进行了综述。指出了目前该研究领域需要解决的核心问题及难点问题,分析了当前研究中出现的一些新情况,并对将来的研究方向和研究重点进行了展望。 展开更多

关键词 蛋白质亚细胞定位预测 特征表示 算法设计 算法测试 WEB服务器

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一种新的蛋白质亚细胞定位预测训练集构造方法 被引量：2

3

作者 曹隽喆 顾宏 贺建军 《大连理工大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第6期884-889,共6页

设计了一种新的蛋白质亚细胞定位预测训练集构造方法.该方法针对传统预测方法缺乏足够的实验标记数据的问题,基于主动学习策略从非实验标记蛋白质数据中主动选择有效数据,并与原有的实验标记数据共同训练预测模型,以提高基准分类器的预... 设计了一种新的蛋白质亚细胞定位预测训练集构造方法.该方法针对传统预测方法缺乏足够的实验标记数据的问题,基于主动学习策略从非实验标记蛋白质数据中主动选择有效数据,并与原有的实验标记数据共同训练预测模型,以提高基准分类器的预测精度.结合支持向量机分类器,该方法在病毒蛋白质独立测试集上进行了预测实验,测试结果表明,该方法能够有效地提高基准分类器的预测能力,性能优于现有的病毒蛋白质预测系统. 展开更多

关键词 生物信息学 机器学习 蛋白质亚细胞定位 非实验标记数据 主动学习

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基于Convolutional-LSTM的蛋白质亚细胞定位研究 被引量：2

4

作者 王春宇 徐珊珊 +2 位作者 郭茂祖 车凯 刘晓燕 《计算机科学与探索》 CSCD 北大核心 2019年第6期982-989,共8页

蛋白质亚细胞位置预测研究是目前蛋白质组学和生物信息学研究的重点问题之一。蛋白质的亚细胞定位决定了它的生物学功能,故研究亚细胞定位对了解蛋白质功能非常重要。由于蛋白质结构的序列性,考虑使用序列模型来进行亚细胞定位研究。尝... 蛋白质亚细胞位置预测研究是目前蛋白质组学和生物信息学研究的重点问题之一。蛋白质的亚细胞定位决定了它的生物学功能,故研究亚细胞定位对了解蛋白质功能非常重要。由于蛋白质结构的序列性,考虑使用序列模型来进行亚细胞定位研究。尝试使用卷积神经网络(convolutional neural network,CNN)、长短期记忆神经网络(long short-term memory,LSTM)两种模型挖掘氨基酸序列所包含的信息,从而进行亚细胞定位的预测。随后构建了基于卷积的长短期记忆网络(Convolutional-LSTM)的集成模型进行亚细胞定位。首先通过卷积神经网络对蛋白质数据进行特征抽取,随后进行特征组合,并将其送入长短期记忆神经网络进行特征表征学习,得到亚细胞定位结果。使用该模型能达到0.816 5的分类准确率,比传统方法有明显提升。 展开更多

关键词 蛋白质亚细胞定位 卷积神经网络(CNN) 长短期记忆神经网络(LSTM) 分类

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一种新的蛋白质亚细胞定位预测方法 被引量：1

5

作者 程昔恩 吴志诚 《计算机工程与应用》 CSCD 2012年第6期126-128,共3页

蛋白质亚细胞定位是蛋白质组学基本问题之一。某些类型蛋白质可能存在于两个或两个以上的亚细胞位置,这类蛋白质的亚细胞定位问题更为复杂。分别利用Gene Ontology和伪氨基酸成分法,将一条蛋白质表示为一实值向量;采纳多标记学习中的Ran... 蛋白质亚细胞定位是蛋白质组学基本问题之一。某些类型蛋白质可能存在于两个或两个以上的亚细胞位置,这类蛋白质的亚细胞定位问题更为复杂。分别利用Gene Ontology和伪氨基酸成分法,将一条蛋白质表示为一实值向量;采纳多标记学习中的Ranking思想,计算出一得分向量V,该向量的每一分量的值表示被预测蛋白质属于某个亚细胞位置的概率;利用最近邻算法预测蛋白质所属亚细胞位置的个数n,得分向量V中得分最高的n个分量对应的亚细胞位置即为预测的位置。 展开更多

关键词 蛋白质亚细胞定位 多标记学习 GENE ONTOLOGY 最近邻算法

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基于三层集成多标记学习的蛋白质多亚细胞定位预测 被引量：1

6

作者 乔善平 闫宝强 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2016年第8期2150-2156,共7页

针对多标记学习和集成学习在解决蛋白质多亚细胞定位预测问题上应用还不成熟的状况,研究基于集成多标记学习的蛋白质多亚细胞定位预测方法。首先,从多标记学习和集成学习相结合的角度提出了一种三层的集成多标记学习系统框架结构,该框... 针对多标记学习和集成学习在解决蛋白质多亚细胞定位预测问题上应用还不成熟的状况,研究基于集成多标记学习的蛋白质多亚细胞定位预测方法。首先,从多标记学习和集成学习相结合的角度提出了一种三层的集成多标记学习系统框架结构,该框架将学习算法和分类器进行了层次性分类,并把二分类学习、多分类学习、多标记学习和集成学习进行有效整合,形成一个通用型的三层集成多标记学习模型;其次,基于面向对象技术和统一建模语言(UML)对系统模型进行了设计,使系统具备良好的可扩展性,通过扩展手段增强系统的功能和提高系统的性能;最后,使用Java编程技术对模型进行扩展,实现了一个学习系统软件,并成功应用于蛋白质多亚细胞定位预测问题上。通过在革兰氏阳性细菌数据集上进行测试,验证了系统功能的可操作性和较好的预测性能,该系统可以作为解决蛋白质多亚细胞定位预测问题的一个有效工具。 展开更多

关键词 蛋白质多亚细胞定位预测 多标记学习 集成学习 面向对象技术 JAVA

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蛋白质亚细胞定位预测的最近邻算法 被引量：1

7

作者 宋杰 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2007年第11期30-31,36,共3页

基于蛋白质的氨基酸组成,采用三种几何距离,即Euclidean距离、Minkowski距离和广义距离,利用最近邻算法对蛋白质亚细胞定位进行预测。结果表明该方法新颖、简单、有效。

关键词 生物信息学 蛋白质亚细胞定位 氨基酸组成 最近邻算法

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植物线粒体和质体双定位蛋白质的带电特性分析

8

作者 林授锴 傅晓菲 +6 位作者 黄健 陶欢 徐超群 刘伟 张丽娜 艾育芳 何华勤 《福建农业学报》 CAS 北大核心 2016年第7期671-676,共6页

蛋白质亚细胞定位分析是揭示蛋白质功能的关键步骤。1个蛋白质分子能被定位到2个亚细胞位置,这一现象被称为蛋白质的"双定位"。本研究首先从Uniprot、MitoP2、MGI、TAIR、DBMLoc等蛋白质数据库及已发表文献中收集双定位于线... 蛋白质亚细胞定位分析是揭示蛋白质功能的关键步骤。1个蛋白质分子能被定位到2个亚细胞位置,这一现象被称为蛋白质的"双定位"。本研究首先从Uniprot、MitoP2、MGI、TAIR、DBMLoc等蛋白质数据库及已发表文献中收集双定位于线粒体与质体的植物蛋白质数据,共获得703个双定位蛋白质,组成测试数据集。再从Uniprot数据库中选取唯一定位于线粒体的829个和唯一定位于质体的6 376个植物蛋白质,组成参照数据集,分析双定位于线粒体与质体的植物蛋白质的带电特征。结果表明,与单定位于线粒体或质体的植物蛋白质相比,双定位线粒体与质体的植物蛋白质具有更低的净电荷量;此外,双定位蛋白质电荷分布较为集中对称,线粒体蛋白质次之,质体蛋白质最为分散。本文研究结果将为揭示植物蛋白质双定位的分子机制奠定理论基础。 展开更多

关键词 植物 双定位蛋白质 线粒体 质体 带电特性

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PCA方法在蛋白质亚细胞定位中应用 被引量：1

9

作者 马军伟 史舵 +1 位作者 顾宏 张杰 《大连理工大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第3期426-430,共5页

蛋白质的亚细胞定位与其生物功能密切相关,蛋白质数据库急剧膨胀,迫切需要设计出功能强大的高吞吐量的算法来预测蛋白质的亚细胞位置.许多预测工具都是基于伪氨基酸组成构建而成,应用一种数据分析方法——主成分分析(PCA)法,确定能反映... 蛋白质的亚细胞定位与其生物功能密切相关,蛋白质数据库急剧膨胀,迫切需要设计出功能强大的高吞吐量的算法来预测蛋白质的亚细胞位置.许多预测工具都是基于伪氨基酸组成构建而成,应用一种数据分析方法——主成分分析(PCA)法,确定能反映序列次序效应的最优λ值.首先让λ取最大以包含尽可能多的序列次序信息,然后利用主成分分析法提取关键主特征.实验结果表明此方法能解决确定最优λ值困难的问题,且性能优于已有的预测工具. 展开更多

关键词 蛋白质亚细胞定位 主成分分析 伪氨基酸组成 K近邻分类器 BP神经网络

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蛋白质亚细胞定位预测中的序列编码技术研究 被引量：1

10

作者 马军伟 高新中 张杰 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2012年第S3期283-287,312,共6页

随着后基因组时代的来临,蛋白质序列数量增长迅速,利用实验手段分析蛋白质亚细胞定位不易大规模进行。近年来,通过提取蛋白质的各种特征信息(序列编码技术),自动预测蛋白质的亚细胞定位的算法得到了较快的发展。综述了当前已有的序列编... 随着后基因组时代的来临,蛋白质序列数量增长迅速,利用实验手段分析蛋白质亚细胞定位不易大规模进行。近年来,通过提取蛋白质的各种特征信息(序列编码技术),自动预测蛋白质的亚细胞定位的算法得到了较快的发展。综述了当前已有的序列编码技术成果,并指出了存在的问题及可能的发展方向。 展开更多

关键词 蛋白质亚细胞定位预测 序列编码技术 氨基酸组成成分 功能域组成 基因本体

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基于随机下采样和SVR的蛋白质-ATP绑定位点预测 被引量：2

11

作者 余健浩 孙廷凯 《现代电子技术》 北大核心 2015年第4期19-24,共6页

将蛋白质序列的ATP绑定位点与非绑定位点进行分类是个不平衡的二分类问题,其中绑定位点是样本数目稀少的正类样本,非绑定位点是样本数目众多的负类样本。根据机器学习关于可以将分类问题作为回归问题的特例的观点出发,并根据所研究问题... 将蛋白质序列的ATP绑定位点与非绑定位点进行分类是个不平衡的二分类问题,其中绑定位点是样本数目稀少的正类样本,非绑定位点是样本数目众多的负类样本。根据机器学习关于可以将分类问题作为回归问题的特例的观点出发,并根据所研究问题本身的特点,在此提出一种基于随机下采样和支持向量回归的蛋白质-ATP绑定位点预测方法。首先,使用滑动窗口抽取蛋白质序列中每个残基的特征,得到一批不平衡的两类样本;其次,应用随机下采样策略,消除正负样本存在的显著不平衡;最后,使用支持向量回归建立预测模型,并选取合适的阈值进行蛋白质-ATP绑定位点的预测。在标准数据集上的实验结果以及与几种最新报道的预测方法的对比结果,验证了本文所述方法的有效性。 展开更多

关键词 蛋白质-ATP绑定位点 位置特异性得分矩阵 滑动窗口 支持向量回归模型 随机下采样

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利用进化模糊K近邻及其集成预测蛋白质亚核定位

12

作者 刘立元 陈月辉 +1 位作者 马炳先 曹毅 《济南大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2010年第4期376-379,共4页

针对从蛋白质原始序列中预测蛋白质定位及功能信息这个生物信息学中研究的热点问题,提出进化模糊K近邻算法(Evolutionary Fuzzy K-Nearest Neighbor,EFKNN)直接处理多分类问题的预测模型,用EFKNN及其集成直接从蛋白质序列中预测蛋白质... 针对从蛋白质原始序列中预测蛋白质定位及功能信息这个生物信息学中研究的热点问题,提出进化模糊K近邻算法(Evolutionary Fuzzy K-Nearest Neighbor,EFKNN)直接处理多分类问题的预测模型,用EFKNN及其集成直接从蛋白质序列中预测蛋白质亚核定位。采用5种特征提取算法从蛋白质序列中提取特征,训练了5个基于EFKNN的基分类器,并根据得票量大小原则集成每个基分类器的分类结果作为待测样本的输出。将蛋白质亚核定位预测中常用的数据集SNL9作为训练集,利用jackknife测试方法预测了数据集中每条单定位亚核蛋白,正确率为70.0%,表明该模型可以作为蛋白质亚核定位预测的工具或对现有预测模型和方法的补充。 展开更多

关键词 蛋白质亚核定位 集成学习 进化模糊K近邻 粒子群优化算法 Jackknife验证

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基于ACC变换和RFE算法的蛋白质亚核定位预测

13

作者 李小苇 刘太岗 +1 位作者 陶珮莹 王春华 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2016年第15期83-87,共5页

获取真核细胞中细胞核内蛋白质定位的信息对注解蛋白质功能具有非常重要的意义。针对于利用计算方法预测蛋白质在亚核水平上的定位更具挑战性的问题,提出了基于自互协方差变换与递归特征消除预测蛋白质亚核定位的方法。该方法基于位置... 获取真核细胞中细胞核内蛋白质定位的信息对注解蛋白质功能具有非常重要的意义。针对于利用计算方法预测蛋白质在亚核水平上的定位更具挑战性的问题,提出了基于自互协方差变换与递归特征消除预测蛋白质亚核定位的方法。该方法基于位置特异性得分矩阵利用自互协方差变换构建蛋白质序列的特征向量,采用递归特征消除法进行特征选择,选用支持向量机作为预测工具,并在两个经典数据集SC714和LD504上进行了夹克刀测试。实验结果表明,该方法比大多数已报道的预测方法具有更高的预测准确率。 展开更多

关键词 蛋白质亚核定位 位置特异性得分矩阵 自互协方差变换 递归特征消除

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一种在锥虫中定位蛋白质的快速方法

14

作者 RandalS 钟淑梅 《中国兽医寄生虫病》 1998年第2期50-51,共2页

关键词 锥虫 定位蛋白质 诊断 鉴定

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人野生型DNA聚合酶β在NIH3T3细胞中的定位

15

作者 赵军 赵勤 +9 位作者 赵国强 秦冰 路静 宋谦 崔自由 赵继敏 杨红艳 黄幼田 汤黎明 董子明 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2005年第4期596-597,共2页

目的:研究人野生型DNA聚合酶β(wtDNApolβ)在NIH3T3细胞内的定位。方法:将携带人wtDNApolβ的真核绿色荧光表达载体pEGFP-C3-polβ,用脂质体介导的方法转染NIH3T3细胞株,用荧光倒置显微镜观察转染细胞,观察wtpEGFP-C3-polβ融合基因表... 目的:研究人野生型DNA聚合酶β(wtDNApolβ)在NIH3T3细胞内的定位。方法:将携带人wtDNApolβ的真核绿色荧光表达载体pEGFP-C3-polβ,用脂质体介导的方法转染NIH3T3细胞株,用荧光倒置显微镜观察转染细胞,观察wtpEGFP-C3-polβ融合基因表达。以转染空质粒pEGFP-C3的NIH3T3细胞为对照。结果:转染细胞均有GFP表达,说明转染成功。转染pEGFP-C3-polβ的细胞胞核荧光强度较胞浆强,而空质粒转染细胞胞浆胞核荧光强度无差别。结论:wtDNApolβ在NIH3T3细胞中定位于胞核内。 展开更多

关键词 野生型DNA聚合酶β 转染 蛋白质定位 NIH3T3细胞

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钙/钙调蛋白依赖性丝氨酸蛋白激酶的结构和功能 被引量：6

16

作者 刘煜 赵晓航 吴旻 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第1期14-18,共5页

钙 /钙调蛋白依赖性丝氨酸蛋白激酶 (calcium/calmodulin dependentserineproteinkinase,CASK)属于膜相关鸟苷酸激酶 (membraneassociatedguanylatekinase ,MAGUK)家族 .CASK具有多个不同蛋白质结合结构域 ,在细胞膜的特定区域 ,与其他... 钙 /钙调蛋白依赖性丝氨酸蛋白激酶 (calcium/calmodulin dependentserineproteinkinase,CASK)属于膜相关鸟苷酸激酶 (membraneassociatedguanylatekinase ,MAGUK)家族 .CASK具有多个不同蛋白质结合结构域 ,在细胞膜的特定区域 ,与其他蛋白质形成多种蛋白质复合体 ,参与组成细胞骨架 .它通过衔接细胞外信号蛋白和细胞内骨架蛋白 ,协助功能蛋白质的转运和定位 ,以及细胞内的信号传递 .此外CASK还可以进入细胞核影响基因转录调控 ,以及作用在神经突触膜上参与神经递质的释放 . 展开更多

关键词 CASK 蛋白质-蛋白质相互作用 蛋白质结合结构域 蛋白质定位 信号传递 转录调控 钙/钙调蛋白依赖性丝氨酸蛋白激酶

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GAST家族基因及蛋白研究进展 被引量：1

17

作者 白英男 冯丹丹 +2 位作者 林军岳 冯娟 任正隆 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期58-62,共5页

GAST(GA-stimulated transcript)家族基因是在植物中发现的、表达受GA诱导的一类基因,其编码的蛋白由N-末端信号肽、中间不同长度的亲水区域,以及含有12个保守半胱氨酸的C-末端(简称GASA区域)组成。至今,GAST家族基因已经在多种植物中... GAST(GA-stimulated transcript)家族基因是在植物中发现的、表达受GA诱导的一类基因,其编码的蛋白由N-末端信号肽、中间不同长度的亲水区域,以及含有12个保守半胱氨酸的C-末端(简称GASA区域)组成。至今,GAST家族基因已经在多种植物中被发现并报道。它们在植物不同组织、不同发育阶段表达,参与了细胞分裂、细胞延伸、根发育、果实成熟、抗菌及抗氧化等多种生理学过程。综述近年来各种植物中报道发现的GAST基因的时空表达图谱、蛋白质定位及外源因素对其转录水平调控方面的研究。同时,对其结构、功能及与富含Pro蛋白的关联等方面存在的问题进行讨论。 展开更多

关键词 GAST 时空表达图 蛋白质定位 调控

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去泛素化酶活性的调控 被引量：5

18

作者 梁超超 程梦华 刘石娟 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期38-44,共7页

泛素化是一种非常重要的蛋白质翻译后修饰方式,在细胞生命活动的各个方面发挥作用。泛素化修饰是可逆的过程,去泛素化酶通过催化去除底物蛋白质上的泛素从而逆转该过程。去泛素化酶是一类数量众多的蛋白水解酶家族,近年来不断有新的去... 泛素化是一种非常重要的蛋白质翻译后修饰方式,在细胞生命活动的各个方面发挥作用。泛素化修饰是可逆的过程,去泛素化酶通过催化去除底物蛋白质上的泛素从而逆转该过程。去泛素化酶是一类数量众多的蛋白水解酶家族,近年来不断有新的去泛素化酶被发现和报道。鉴于其在细胞功能中的重要作用,去泛素化酶活性受到严格的调控。目前的研究表明,影响去泛素化酶活性的因素很多。本文主要从转录水平的调控、翻译后修饰、蛋白质定位和蛋白质相互作用等调控方式进行论述,以期为研究和利用去泛素化酶治疗疾病提供新思路。 展开更多

关键词 去泛素化酶 活性调控 翻译后修饰 蛋白质定位 蛋白质相互作用

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GATA-4 M310V单基因突变参与家族性房间隔缺损的机制研究 被引量：1

19

作者 唐胤 韩增强 +1 位作者 寒桦 陈彧 《中国循环杂志》 CSCD 北大核心 2013年第3期211-214,共4页

目的:在以往发现家族性先天性房间隔缺损GATA-4 M310V单基因突变的基础上,本研究进一步探讨该突变导致家族性房间隔缺损的可能机制。方法:选取一个先天性房间隔缺损家族(三级亲属成员共31人中有8例单纯性房间隔缺损患者),采集外周血样,... 目的:在以往发现家族性先天性房间隔缺损GATA-4 M310V单基因突变的基础上,本研究进一步探讨该突变导致家族性房间隔缺损的可能机制。方法:选取一个先天性房间隔缺损家族(三级亲属成员共31人中有8例单纯性房间隔缺损患者),采集外周血样,采集少量心肌组织标本。体外成功构建GATA-4基因野生型及突变型真核表达载体并转染细胞系,按照不同载体组合(16种组合)转染Hela细胞,应用双荧光素酶报告系统检测GATA-4基因突变对心脏肌球蛋白重链-α(α-Myhc)、心房利钠肽因子(ANF)启动子活性的影响。应用绿色荧光蛋白定位法检测GATA-4 M310V突变对GATA4蛋白核定位的影响。结果:双荧光素酶检测结果:对于α-Myhc启动子,引入GATA-4基因表达载体后,随着GATA-4表达载体浓度的上升,其启动子活性呈现上升趋势,差异有统计学意义(P<0.005);引入GATA-4(A928G)突变基因表达载体后,相同GATA-4表达载体转染剂量(100 ng、200 ng)调控的启动子活性增强,差异有统计学意义(P<0.005);但随GATA-4突变型表达载体引入量的增加(300 ng),启动子活性似乎有下降趋势,差异无统计学意义(P=0.195)。对于ANF启动子,引入GATA-4基因表达载体、GATA-4突变基因表达载体后,启动子活性变化组间差异及趋势变化并不明显(P>0.05)。结论:GATA-4 M310V突变影响了α-Myhc启动子活性及GATA4蛋白的核定位,该突变对GATA4蛋白核定位的影响可能是该突变导致家族性房间隔缺损新的重要分子生物学机制。 展开更多

关键词 先天性心脏病 GATA-4基因 基因突变 启动子活性 蛋白质核定位

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细胞凋亡调控因子BCL-2促进工程酵母合成橙花叔醇 被引量：2

20

作者 唐学超 魏春 +1 位作者 袁围 孙杰 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期10-15,共6页

工程酵母菌发酵过程中因氧化胁迫、蛋白质错误折叠等压力致使生产能力降低。该研究发现,在甲羟戊酸途径增强的酵母工程菌中,过表达人源细胞凋亡调控因子B细胞淋巴瘤/白血病-2(B-cell lymphoma-2,BCL-2)和还原型谷胱甘肽合成酶(glutathio... 工程酵母菌发酵过程中因氧化胁迫、蛋白质错误折叠等压力致使生产能力降低。该研究发现,在甲羟戊酸途径增强的酵母工程菌中,过表达人源细胞凋亡调控因子B细胞淋巴瘤/白血病-2(B-cell lymphoma-2,BCL-2)和还原型谷胱甘肽合成酶(glutathione synthase,GSH1)编码基因可以促进橙花叔醇的合成,橙花叔醇摇瓶产量分别提高77.7%和32.7%,达到594.1和446.9 mg/L。对表达和未表达BCL-2蛋白的菌株进行代谢组学分析,发现了182种差异代谢物,主要涉及脂肪酸代谢、氨基酸代谢以及辅酶A和泛酸的生物合成等。此外,发现连接有内质网定位信号肽的BCL-2蛋白对工程菌产橙花叔醇的促进作用更强,橙花叔醇摇瓶产量进一步提高了29.2%,达到767.6 mg/L。该研究为提高外源萜类化合物在工程酿酒酵母中的产量提供了一个有效的策略。 展开更多

关键词 工程酵母 BCL-2蛋白 蛋白质定位 代谢组分析 橙花叔醇

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