应用二代测序技术排除PCR-SBT零错配的HLA-C基因型 被引量：4

1

作者 钟艳平 陈浩 +1 位作者 周丹 邹红岩 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期1213-1218,共6页

目的:对3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因进行全长测序分析,以确定其真实基因型。方法:从临床移植配型样本中筛查出3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因,应用下一代测序技术检测序列全长以准确分型。结果:3例样本PCR-SBT... 目的:对3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因进行全长测序分析,以确定其真实基因型。方法:从临床移植配型样本中筛查出3例PCR-SBT结果零错配的HLA-C罕见等位基因,应用下一代测序技术检测序列全长以准确分型。结果:3例样本PCR-SBT分型结果分别为HLA-C*03:04,HLA-C*12:167;HLA-C*07:291,HLA-C*15:02;HLA-C*01:43,HLA-C*08:16;除HLA-C*03:04、HLA-C*15:02为HLA常见等位基因,其他等位基因均不在中国常见及确认HLA等位基因CWD表(2.3版本)中。NGS全长测序发现3例样本HLA-C基因型均为常见等位基因和新等位基因的组合,3个新等位基因分别在第6、2、4外显子存在一个碱基突变。新鉴定的等位基因序列已提交给Genbank数据库(MK629722、MK335474、MK641803),被WHO HLA命名委员会正式命名为HLA-C*03:04:74、HLA-C*15:192、HLA-C*08:01:25。3例样本的HLA高分辨分型结果应该为HLA-C*03:04:74,12:03;HLA-C*07:02,15:192;HLA-C*01:02,08:01:25。结论:HLA分型结果中含有罕见等位基因的零错配结果应谨慎对待,须通过NGS或克隆等方法对全长序列加以复核确认。本实验室通过加做NGS最终确认3例PCR-SBT零错配的HLA-C基因型均为常见等位基因和新等位基因的组合,为临床移植配型提供了准确依据,丰富了人类HLA遗传数据库。 展开更多

关键词 人类白细胞抗原 罕见等位基因 新等位基因 聚合酶链反应-测序分型法 二代测序技术

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筛选转基因动物的新方法——PCR及其产物测序法 被引量：2

2

作者 何泉 李鹏 +1 位作者 姜立群 陈兰英 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1997年第6期552-554,共3页

用特异性引物对肌球蛋白轻链 2启动子 (myosinlightchain 2 ,MLC2 ) 糜酶融合基因的转基因新生鼠鼠尾DNA进行PCR筛选 ,低熔点琼脂糖凝胶电泳回收阳性样品PCR所扩出的DNA条带 ,纯化后用同一对引物中的一个进行单引物PCR测序 ,与所转外... 用特异性引物对肌球蛋白轻链 2启动子 (myosinlightchain 2 ,MLC2 ) 糜酶融合基因的转基因新生鼠鼠尾DNA进行PCR筛选 ,低熔点琼脂糖凝胶电泳回收阳性样品PCR所扩出的DNA条带 ,纯化后用同一对引物中的一个进行单引物PCR测序 ,与所转外源基因序列比较 ,进一步确定整合有外源基因的阳性鼠 .PCR及PCR产物测序法检测转基因动物具有操作方便 。 展开更多

关键词 基因工程 转基因动物 筛选 聚合酶链反应 测序法

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HLA-Ⅱ血清学分型与微量SSP法基因分型的比较分析 被引量：2

3

作者 武大林 凌汉新 +1 位作者 丁红 张怡 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2002年第3期247-249,共3页

目的验证微量序列特异性引物(SSP)技术进行HLA-Ⅱ类移植配型的准确性并探讨血清学分型错误发生的原因。方法采用聚合酶链反应结合微量SSP技术(简称微量PCR-SSP法)以及单克隆抗体血清学分型技术对血清样品进行HLA分型并比较其结果。结果... 目的验证微量序列特异性引物(SSP)技术进行HLA-Ⅱ类移植配型的准确性并探讨血清学分型错误发生的原因。方法采用聚合酶链反应结合微量SSP技术(简称微量PCR-SSP法)以及单克隆抗体血清学分型技术对血清样品进行HLA分型并比较其结果。结果(1)微量PCR-SSP法检测的110例样本中,99例检出HLA-DR的396个等位基因、11例检出HLA-DQ的22个等位基因,检出10%的单倍型个体;(2)两种方法对比研究发现单克隆抗体血清学分型检出错误或漏检率较高,其误差在DR和DQ分别为38.81%和50.75%;(3)错误发生和易混淆的抗原为:DR15/16、11/12、13/14、8、12和DQ5/6、8/9。结论微量SSP法可以准确检定血清学易漏检和发生错误的抗原等位基因。 展开更多

关键词 聚合酶链反应 序列特异性引物 人类白细胞抗原-Ⅱ类 等位基因分型 单克隆抗体 SSP法 移植配型 HLA-Ⅱ 基因分型 血清学分型

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PCR-SSP法HLA-A、B基因分型与血清学分型的比较 被引量：1

4

作者 武大林 凌汉新 唐浩 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2004年第11期1267-1270,共4页

目的比较聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)进行HLA-Ⅰ类A、B抗原位点分型的准确性,并探讨血清学分型错误发生的原因。方法用PCR-SSP以及单克隆抗体血清学分型技术对HLA-A、B分型并比较。结果34例样本PCR-SSP基因分型无假阳性和假... 目的比较聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)进行HLA-Ⅰ类A、B抗原位点分型的准确性,并探讨血清学分型错误发生的原因。方法用PCR-SSP以及单克隆抗体血清学分型技术对HLA-A、B分型并比较。结果34例样本PCR-SSP基因分型无假阳性和假阴性出现。PCR-SSP法与血清学比较,血清学检出错误或漏检率分别为HLA-A位点23.5%,B位点26.5%。血清学发生错误或易混淆的抗原有:A2和A68、A32和A33,B5、B60和61。结论PCR-SSP法进行HLA-A、B抗原等位基因分型具有分辨率高、特异性强、重复性好、实验过程简捷快速、分型结果较血清学更加准确可靠的优点。 展开更多

关键词 HLA-A 基因分型 血清学分型 聚合酶链反应-序列特异性引物法 B抗原

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改进的亚硫酸氢钠测序法检测HepG2 RASSF1A基因CpG岛甲基化状态 被引量：4

5

作者 张莉君 王先良 +1 位作者 孙晞 徐顺清 《华中科技大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期411-412,415,共3页

目的改进亚硫酸氢钠测序法,并检验改进后方法在甲基化检测中的可行性。方法提取人肝癌细胞株HepG2基因组DNA,亚硫酸氢钠化学修饰,针对修饰后Ras相关家族1A基因(RASSF1A)启动子序列设计特异引物并结合沉降PCR扩增,T-A载体克隆、测序。结... 目的改进亚硫酸氢钠测序法,并检验改进后方法在甲基化检测中的可行性。方法提取人肝癌细胞株HepG2基因组DNA,亚硫酸氢钠化学修饰,针对修饰后Ras相关家族1A基因(RASSF1A)启动子序列设计特异引物并结合沉降PCR扩增,T-A载体克隆、测序。结果HepG2细胞RASSF1A基因启动子CpG岛的16个CpG位点均被甲基化。结论改进后亚硫酸氢钠测序法能明显减少非特异性扩增,提高PCR效率,更适于基因甲基化状态的检测。 展开更多

关键词 亚硫酸氢钠测序法 甲基化 聚合酶链反应 Ras相关家族1A基因

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陕北白绒山羊小反刍兽疫病毒RT-PCR方法的建立 被引量：4

6

作者 郝玉青 刘健鹏 杨增岐 《动物医学进展》 北大核心 2017年第7期12-16,共5页

为了建立适用于本地区小反刍兽疫病毒的分子生物学快速检测方法,通过分析NCBI数据库中小反刍兽疫病毒N基因序列,根据该基因设计特异性引物,建立针对本地区小反刍兽疫病毒N基因的一步法RT-PCR检测方法,利用该方法对来自疫源地的不同病料... 为了建立适用于本地区小反刍兽疫病毒的分子生物学快速检测方法,通过分析NCBI数据库中小反刍兽疫病毒N基因序列,根据该基因设计特异性引物,建立针对本地区小反刍兽疫病毒N基因的一步法RT-PCR检测方法,利用该方法对来自疫源地的不同病料样本进行检测,结果显示该方法对病料的可选择性较多,对检测到的阳性条带通过测序分析,发现流行毒株与陕西毒株基因型差异不明显。该检测方法的建立有利于开展小反刍兽疫疫情监测,为有效防控小反刍兽疫提供技术支撑。 展开更多

关键词 小反刍兽疫病毒 逆转录-聚合酶链反应 测序分析

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MICA基因多态性及其单核苷酸多态性位点与玫瑰痤疮易感性的相关性 被引量：1

7

作者 尹湘丽 朱权 +2 位作者 李吉 邹义洲 罗奇志 《中南大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第3期319-330,共12页

目的:主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因A(major histocompatibility complex class Ⅰ chain-related gene A,MICA)是人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因的重要组成部分,其基因多态性与肿瘤、自身免疫性疾病等多种疾... 目的:主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因A(major histocompatibility complex class Ⅰ chain-related gene A,MICA)是人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因的重要组成部分,其基因多态性与肿瘤、自身免疫性疾病等多种疾病的发生和发展密切相关。玫瑰痤疮是一种慢性炎症性皮肤病,其发病机制复杂,与遗传、自身免疫异常等因素有关。本研究分析MICA基因多态性及其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点与玫瑰痤疮易感性的关系,旨在为玫瑰痤疮的发病机制提供新的见解。方法:收集2017年11月至2019年11月在中南大学湘雅医院皮肤科门诊就诊的84例玫瑰痤疮患者(玫瑰痤疮组)外周血DNA样本,另收集223名健康志愿者(对照组)外周血DNA样本。采用聚合酶链反应-直接测序法(polymerase chain reaction-sequencing-based typing,PCR-SBT)和二代测序(the next-generation sequencing,NGS)技术分析MICA基因多态性分型,并比较2种分型方法的准确性。比较玫瑰痤疮组与对照组MICA等位基因分布频率的差异。对所有MICA多态性分子进行氨基酸聚类分析和SNP位点分析,确定相关连锁SNP位点,并对MICA多态性分子进行分类。比较玫瑰痤疮组与对照组不同分类MICA多态性分子的分布频率差异。结果:玫瑰痤疮患者血生化检测结果以中性粒细胞计数轻度升高为主要特征,淋巴细胞计数无显著变化。PCR-SBT和NGS均能准确地鉴定MICA等位基因分型,其中MICA*010:01、MICA*008:04和MICA*019:01是玫瑰痤疮组最常见的等位基因;玫瑰痤疮组等位基因MICA*002:01、MICA*027分布频率均低于对照组(6.55%vs 18.16%、 1.19%vs 5.38%), MICA*009:01、 MICA*010:01分布频率均高于对照组(7.74%vs 3.36%、 31.55%vs18.61%),差异均有统计学意义(均P<0.05)。本研究检测到5种短串联重复序列(short tandem repeats,STR)等位基因,其中玫瑰痤疮组MICA-A4、MICA-A9分布频率均低于对照组(16.07%vs 23.32%、7.74%vs 17.26%),MICA-A6分布频率高于对照组(10.12%vs 4.03%),差异均有统计学意义(均P<0.05)。通过氨基酸序列聚类分析和SNP位点分析发现MICA基因存在6个连锁SNP位点,并据此将MICA多态性分子分为Ⅰ型(C36+M129+K173+G206+W210+S215)和Ⅱ型(Y36+V129+E173+S206+R210+T215)。玫瑰痤疮患者I型MICA多态性分子与玫瑰痤疮易感性密切相关。结论:MICA基因多态性与玫瑰痤疮易感性相关。MICA基因存在6个连锁SNP位点,可据此将MICA多态性分子分为I型和II型,其中I型与玫瑰痤疮发病密切相关。 展开更多

关键词 主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因A 人类白细胞抗原 玫瑰痤疮 等位基因 基因多态性 单核苷酸多态性 聚合酶链反应-直接测序法 二代测序 短串联重复序列

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初步探讨中国广东人群的中性粒细胞CD177基因型和HNA-2a的表达

8

作者 徐秀章 夏文杰 +5 位作者 叶欣 丁浩强 陈扬凯 邓晶 邵媛 王嘉励 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期939-942,共4页

目的:探讨中国广东人群的中性粒细胞CD177基因型和HNA-2a的表达及分布情况。方法:采用PCR-SBT方法和流式细胞技术分别对83例广东籍无偿献血者的CD177基因型和HNA-2a的表型进行检测,并结合SNPs、年龄及性别这几个影响因素进行统计学分析,... 目的:探讨中国广东人群的中性粒细胞CD177基因型和HNA-2a的表达及分布情况。方法:采用PCR-SBT方法和流式细胞技术分别对83例广东籍无偿献血者的CD177基因型和HNA-2a的表型进行检测,并结合SNPs、年龄及性别这几个影响因素进行统计学分析,经T-检验和单因素方差分析,若P值<0.05,认为有统计学意义。结果:83例样本的CD177基因型以42C/C和42C/G为主,分别为40例(占48.19%)和37例(占44.58%);42G/G基因型较少,仅6例(占7.23%)。83例样本HNA-2a的表达量均大于5%(mean±SD为61.37%±17.87%)。经T-检验,HNA-2a的表达量在女性与男性之间无明显差异(P>0.05),且女性随着年龄的增加HNA-2a的表达量无明显变化(P>0.05)。对于CD177基因的G42C多态性对HNA-2a表达的影响,经单因素方差分析:42C/C与42G/G基因型之间,中性粒细胞HNA-2a表达的MFI存在明显差异(5.16±1.56vs.3.93±0.84,P<0.05)。结论:中国广东人群的CD177基因型有其自身特点,并且中性粒细胞HNA-2a的表达受多种因素的影响,表现为明显的个体差异,其中SNPs(G42C)是影响HNA-2a表达量的因素之一。 展开更多

关键词 HNA-2a CD177 流式细胞术 聚合酶链反应-直接测序分型 单核苷酸多态性

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2019新型冠状病毒的核酸检测 被引量：22

9

作者 张永卓 王晶 +4 位作者 傅博强 黄翔 董莲华 牛春艳 杨佳怡 《计量学报》 CSCD 北大核心 2020年第4期393-398,共6页

2019冠状病毒病(COVID-19)疫情已成为国际关注的突发公共卫生事件。为应对突发病毒疫情事件,加快病毒检测并提高检测准确性变得非常重要。中华人民共和国国家卫生健康委员会《新型冠状病毒肺炎诊疗方案》规定了核酸检测和基因测序作为... 2019冠状病毒病(COVID-19)疫情已成为国际关注的突发公共卫生事件。为应对突发病毒疫情事件,加快病毒检测并提高检测准确性变得非常重要。中华人民共和国国家卫生健康委员会《新型冠状病毒肺炎诊疗方案》规定了核酸检测和基因测序作为确诊病例的方法,检测结果是对潜伏期人群、疑似病例人群和隔离期人群的新型冠状病毒(2019-nCoV/SARS-CoV-2)进行确诊的重要依据。对实时荧光RT-PCR检测、数字PCR检测及基因测序方法进行了综述,并对后续监控和生物安全测量(生物计量)标准体系的建立进行了展望。 展开更多

关键词 计量学 新型冠状病毒 核酸检测 实时荧光逆转录-聚合酶链反应 数字聚合酶链反应 基因测序

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西藏绒山羊KAP6.2基因SNPs位点的检测及分析 被引量：2

10

作者 周群 旦巴 +7 位作者 富国文 王绍卿 吴玉江 索朗达 巴贵 次仁德吉 德吉 樊月圆 《家畜生态学报》 北大核心 2019年第7期18-21,共4页

旨在研究绒毛品质相关基因KAP6.2在西藏绒山羊群体中的多态性,分析KAP6.2在不同山羊中的差异。采用聚合酶链反应-单链构象多态性和DNA测序等技术对随机选取的127只西藏绒山羊的 KAP6.2 基因进行突变位点检测及多态性指标分析。结果表明... 旨在研究绒毛品质相关基因KAP6.2在西藏绒山羊群体中的多态性,分析KAP6.2在不同山羊中的差异。采用聚合酶链反应-单链构象多态性和DNA测序等技术对随机选取的127只西藏绒山羊的 KAP6.2 基因进行突变位点检测及多态性指标分析。结果表明,西藏绒山羊 KAP6.2 基因存在两种基因型 AA和AB,其中等位基因A 为优势等位基因,多态信息含量为0.196 (属低度多态)。经测序并与GenBank中山羊KAP 6.2(No.AY316158)基因序列比对后共发现4处变异,分别为:178nt处24个碱基的缺失导致Ser48>Gly55氨基酸的丢失;113 nt处GT>CC突变导致氨基酸P.19Ser>Trp;121 nt处A>G突变为同义突变;168nt处C>T突变导致氨基酸P.41Thr>Tyr。这些氨基酸的突变很可能导致结构蛋白功能的改变,进而对西藏绒山羊的绒毛品质产生影响。通过研究影响西藏绒山羊绒毛品质的 KAP6.2 基因的多态性,深入了解其分子遗传基础,有利于利用分子遗传标记技术进行西藏绒山羊的选育。 展开更多

关键词 西藏绒山羊 KAP6.2基因 SNPs位点 聚合酶链反应-单链构象多态性 DNA测序

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湖南地区携带HLA-B*27꞉04等位基因人群与强直性脊柱炎的易感性具有强相关性 被引量：3

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作者 陆小芳 万玲 +8 位作者 邹凯文 谭亮 朱权 刘荣娇 尹湘丽 宋子璇 位磊艳 向芷青 邹义洲 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期1804-1811,共8页

目的:人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)B27是强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)的易感等位基因,HLA-B27抗原分型是临床诊断AS的重要指标,但目前的分型方法如序列特异引物聚合酶链反应技术(polymerase chain reaction... 目的:人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)B27是强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)的易感等位基因,HLA-B27抗原分型是临床诊断AS的重要指标,但目前的分型方法如序列特异引物聚合酶链反应技术(polymerase chain reaction-sequence specific primer,PCR-SSP)等仍存在一定的缺陷。因此,本研究旨在应用高分辨率聚合酶链反应直接测序分型法(polymerase chain reaction-sequence-based typing,PCR-SBT)分析B27亚型与湖南地区强直性脊柱炎易感性的相关性。方法:收集2020年1至12月在湘雅二医院门诊就医的116例疑似AS患者(疑似AS组)和121名健康志愿者(对照组)的外周血,采用PCR-SBT进行HLA-B基因分型。在疑似AS组患者中,23名患者最终被确诊为AS(AS确诊组),其余的93名未能确诊的患者为非AS确诊组。采用PCR-SBT和PCR-SSP检测116例疑似AS患者的HLA-B27分型,并比较2种方法的检测结果。结果:疑似AS组HLA-B27等位基因频率显著高于对照组[11.63%vs 2.48%;P<0.001,优势比(odds ratio,OR)=5.18,95%置信区间(confidence interval,CI)2.097~12.795]。疑似AS组和对照组均检出B*27:04、B*27:05、B*27:06、B*27:07。疑似AS组B*27:04等位基因频率明显高于对照组[9.48%vs 1.24%;P<0.001,OR=8.346,95%CI 2.463~28.282]。疑似AS组和AS确诊组B27阳性率(B27+/+和B27+/-)均显著高于对照组(分别χ^(2)=16.579,P<0.001;χ^(2)=94.582,P<0.001)。在AS确诊组中,21例为HLA-B27携带者,AS确诊组B27阳性率为91.3%。PCR-SBT方法可对HLA-B基因位点进行高分辨分型,其敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值、准确度均高于PCR-SSP法。结论:应用PCR-SBT检测出HLA-B*27:04与湖南地区AS具有强相关性。PCR-SBT可作为临床AS辅助诊断的优选方案。 展开更多

关键词 强直性脊柱炎 人类白细胞抗原-B*27:04 遗传易感性 聚合酶链反应直接测序分型法

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DNA分析与扩增

12

《生物技术通报》 CAS CSCD 1993年第7期26-29,共4页

832184自动测序仪的时代[法]/Damerval,T.…//Biofutur.-1992,118.-17～20[译自 DBA,1992,12(2),93-00633]第一种商业性自动化 DNA 测序仪是由 Appli-ed Biosystems 公司在1986年研制的,用于第一步延伸反应的荧光标记。然后使终止延伸... 832184自动测序仪的时代[法]/Damerval,T.…//Biofutur.-1992,118.-17～20[译自 DBA,1992,12(2),93-00633]第一种商业性自动化 DNA 测序仪是由 Appli-ed Biosystems 公司在1986年研制的,用于第一步延伸反应的荧光标记。然后使终止延伸反应的双脱氧核苷酸与标记物偶合。参与四步定序反应中每一步的不同发色团和四种反应产物被放在同一盘中。在聚丙酰胺凝胶中迁移后。 展开更多

关键词 DNA 双脱氧核苷酸 自动测序仪 延伸反应 聚合酶链反应 定序 反应产物 荧光标记 测序法 直接测序

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DNA分析与扩增

13

《生物技术通报》 CAS CSCD 1992年第7期24-30,共7页

922381 温度和寡核苷酸引物长度对聚台酶链反应扩增专一性和有效性的影响[英]/Wu,D.Y.…∥DNACell Biol.-1991,10(3).-233～238[译自DBA, 1991,10(25),91-14514] 由于温度和寡核苷酸控制寡核苷酸杂交的专一性,因此研究了寡核苷酸长度(14... 922381 温度和寡核苷酸引物长度对聚台酶链反应扩增专一性和有效性的影响[英]/Wu,D.Y.…∥DNACell Biol.-1991,10(3).-233～238[译自DBA, 1991,10(25),91-14514] 由于温度和寡核苷酸控制寡核苷酸杂交的专一性,因此研究了寡核苷酸长度(14～20个核苷酸)、碱基组成及退火温度对PCR扩增专一性和有效性的影响。一般情况下,PCR专一性受寡核苷酸长度或引物与模板的退火温度控制。 展开更多

关键词 DNA 寡核苷酸引物 聚合酶链反应 退火温度 碱基组成 测序法 序列特异性 核昔酸 电泳测序 抗原基因

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基因工程

14

《生物技术通报》 CAS CSCD 1991年第11期28-40,共13页

912807 利用聚合酶链反应的通用而快速的诱变法[英]/Her1itze,S.…/Gene.-1990,91(1).-143～147[译自DBA,1991,10(1),91-00021] 新方法可用来将突变引入到一种大鼠肌肉乙酰胆碱受体α、γ及ε亚基的cDNA中.

关键词 基因表达系统 启动子调控 DNA 测序法 融合蛋白 转座子 基因文库 外源基因 聚合酶链反应 基因融合

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