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基于支持向量机的细菌基因组水平转移基因预测
被引量：
3
1
作者
吴建盛
谢建明
+2 位作者
周童
翁建洪
孙啸
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2007年第7期724-731,共8页
随着各种生物基因组序列测定工作的完成,大量的DNA序列数据涌现出来,为研究在基因组中寻找水平转移基因提供了极大的便利.将基因序列特征分析和支持向量机技术结合起来,通过分析基因序列的特征差异发现水平转移基因.依据以前研究工作的...
随着各种生物基因组序列测定工作的完成,大量的DNA序列数据涌现出来,为研究在基因组中寻找水平转移基因提供了极大的便利.将基因序列特征分析和支持向量机技术结合起来,通过分析基因序列的特征差异发现水平转移基因.依据以前研究工作的基础,选取了绝对密码子使用频率(FCU)作为序列特征,主要因为它既包含了基因密码子使用偏性的信息,也包含了基因所编码蛋白的氨基酸组成信息,支持向量机利用这些信息进行水平转移基因分析和预测,可以提高预测的准确性.另外,提出了基于分链的水平转移基因预测新方法,即将细菌基因组前导链和滞后链上的基因区别对待,分别进行水平转移基因预测.结果显示,基本预测方法要优于目前预测结果最好的Tsirigos等提出的基于八联核苷酸频率的打分算法,命中率的相对提高率最高达31.47%,而基于分链的方法对水平转移基因的预测取得了更好的结果.
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关键词
细菌基因组
水平转移基因
支持向量机
绝对密码子使用频率
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职称材料
题名
基于支持向量机的细菌基因组水平转移基因预测
被引量：
3
1
作者
吴建盛
谢建明
周童
翁建洪
孙啸
机构
东南大学生物电子学国家重点实验室
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2007年第7期724-731,共8页
基金
国家自然科学基金资助项目(60671018
60121101).~~
文摘
随着各种生物基因组序列测定工作的完成,大量的DNA序列数据涌现出来,为研究在基因组中寻找水平转移基因提供了极大的便利.将基因序列特征分析和支持向量机技术结合起来,通过分析基因序列的特征差异发现水平转移基因.依据以前研究工作的基础,选取了绝对密码子使用频率(FCU)作为序列特征,主要因为它既包含了基因密码子使用偏性的信息,也包含了基因所编码蛋白的氨基酸组成信息,支持向量机利用这些信息进行水平转移基因分析和预测,可以提高预测的准确性.另外,提出了基于分链的水平转移基因预测新方法,即将细菌基因组前导链和滞后链上的基因区别对待,分别进行水平转移基因预测.结果显示,基本预测方法要优于目前预测结果最好的Tsirigos等提出的基于八联核苷酸频率的打分算法,命中率的相对提高率最高达31.47%,而基于分链的方法对水平转移基因的预测取得了更好的结果.
关键词
细菌基因组
水平转移基因
支持向量机
绝对密码子使用频率
Keywords
bacteria genomes, horizontal gene transfer （HGT）, support vector machine （SVM）, codon use frequency （ FCU）
分类号
S718.83 [农业科学—林学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于支持向量机的细菌基因组水平转移基因预测
吴建盛
谢建明
周童
翁建洪
孙啸
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2007
3
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