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结构蛋白质组学研究进展
被引量:
12
1
作者
周烨
刘哲益
王方军
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第8期788-797,共10页
蛋白质结构与其生物学功能直接相关,蛋白质功能的调控也主要依赖于其构象和相互作用的动态调节。对蛋白质结构和功能的研究一直是生命科学领域的研究热点,也是当前蛋白质组学研究的重要发展方向。该综述重点讨论了近年来基于质谱的结构...
蛋白质结构与其生物学功能直接相关,蛋白质功能的调控也主要依赖于其构象和相互作用的动态调节。对蛋白质结构和功能的研究一直是生命科学领域的研究热点,也是当前蛋白质组学研究的重要发展方向。该综述重点讨论了近年来基于质谱的结构蛋白质组学主要分析方法的原理、进展和应用,主要包括非变性质谱法、限制性蛋白质酶切法、化学交联法、氢氘交换法、共价化学标记法、热稳定性分析法等;最后对结构蛋白质组学的发展进行了总结与展望。
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关键词
结构蛋白质组
学
质谱
蛋白质
相互作用
综述
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职称材料
药物蛋白质组学与药物发现
被引量:
6
2
作者
李学军
《生理科学进展》
CAS
CSCD
北大核心
2002年第3期209-214,共6页
21世纪 ,科学家面临着从基因组到蛋白质组的转变 ,蛋白质组学是基因组和药物发现之间的桥梁。药物蛋白质组学研究不仅有助于发现治疗的可能靶点 ,也将明显提高药物发现的效率。药物蛋白质组学的研究内容 ,在临床前包括发现新的治疗靶点...
21世纪 ,科学家面临着从基因组到蛋白质组的转变 ,蛋白质组学是基因组和药物发现之间的桥梁。药物蛋白质组学研究不仅有助于发现治疗的可能靶点 ,也将明显提高药物发现的效率。药物蛋白质组学的研究内容 ,在临床前包括发现新的治疗靶点和发现针对所有靶点的全部化合物 ,在临床研究方面应包括药物作用的特异蛋白作为诊断和治疗的标志 ,或以蛋白质谱的差异来分类患者。本文主要综述了蛋白质组学技术在药物靶点的发现和确认 。
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关键词
药物
蛋白质
组
学
药物发现
结构蛋白质组
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职称材料
快速构建蛋白质结构域克隆库的方法
被引量:
1
3
作者
马素参
黄海明
+3 位作者
彭隽敏
俞强
任瑞宝
高友鹤
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2003年第4期537-541,共5页
对蛋白质组学的研究有许多不同的切入方法 .从研究的生物学意义和可行性考虑 ,提出从蛋白结构域入手进行蛋白质组学研究 .SH2 (Srchomology 2 )结构域是细胞信号转导中重要的元件之一 ,人SH2结构域共有约 12 0种 ,对其进行研究将深刻揭...
对蛋白质组学的研究有许多不同的切入方法 .从研究的生物学意义和可行性考虑 ,提出从蛋白结构域入手进行蛋白质组学研究 .SH2 (Srchomology 2 )结构域是细胞信号转导中重要的元件之一 ,人SH2结构域共有约 12 0种 ,对其进行研究将深刻揭示细胞信号转导的规律 .为了得到人所有的SH2结构域序列及克隆 ,首先在公共数据库里检索出了人所有的SH2结构域序列 ,利用国际上现有的共享资源IMAGE(IntegratedMolecularAnalysisofGenomesandTheirExpression)克隆为PCR模板 ,解决了从cDNA文库中难以克隆低丰度结构域的问题 .利用有方向性的TOPO克隆技术提高克隆效率 ,从而快速高效地构建了包括 6 0个SH2结构域的克隆库 .克隆库可以方便地转换到GATEWAY系统具有各种用途的载体上 。
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关键词
蛋白质
结构
域
克隆库
结构
域
蛋白质
组
学
SH2
结构
域
细胞信号转导
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职称材料
高通量蛋白质结构生物信息学进展
4
作者
祝云篪
陆祖宏
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
2024年第9期1989-1999,共11页
本文总结了高通量蛋白质结构生物信息学的最新进展,包括结构数据管理、工具软件开发和结构数据挖掘三个主要方面。结构数据管理方面,得益于类AlphaFold系统的发展,蛋白质结构数据量实现爆发式增长,直接促进了压缩技术的升级,也吸引了研...
本文总结了高通量蛋白质结构生物信息学的最新进展,包括结构数据管理、工具软件开发和结构数据挖掘三个主要方面。结构数据管理方面,得益于类AlphaFold系统的发展,蛋白质结构数据量实现爆发式增长,直接促进了压缩技术的升级,也吸引了研究者对结构数据管理的关注。工具软件开发方面,以Foldseek为代表的新算法实现了高速的结构比对,突破了结构分析的通量瓶颈,此外深度学习模型的大量应用从多个方面改进了基于结构的蛋白质功能注释。结构数据挖掘方面,研究者以组学思维处理结构大数据,在持续的探索中提炼分析要素、优化方法,并在新工具的帮助下推动着结构数据挖掘的进阶。随着高通量方法的发展,结构生物信息学有望在生命科学中发挥更重要的作用。
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关键词
蛋白质
结构
生物信息学
高通量
类AlphaFold系统
结构蛋白质组
学
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职称材料
题名
结构蛋白质组学研究进展
被引量:
12
1
作者
周烨
刘哲益
王方军
机构
中国科学院大连化学物理研究所
中国科学院大学
出处
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第8期788-797,共10页
基金
国家自然科学基金项目(91853101,21675152)~~
文摘
蛋白质结构与其生物学功能直接相关,蛋白质功能的调控也主要依赖于其构象和相互作用的动态调节。对蛋白质结构和功能的研究一直是生命科学领域的研究热点,也是当前蛋白质组学研究的重要发展方向。该综述重点讨论了近年来基于质谱的结构蛋白质组学主要分析方法的原理、进展和应用,主要包括非变性质谱法、限制性蛋白质酶切法、化学交联法、氢氘交换法、共价化学标记法、热稳定性分析法等;最后对结构蛋白质组学的发展进行了总结与展望。
关键词
结构蛋白质组
学
质谱
蛋白质
相互作用
综述
Keywords
structural proteomics
mass spectrometry (MS)
protein interaction
review
分类号
O658 [理学—分析化学]
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职称材料
题名
药物蛋白质组学与药物发现
被引量:
6
2
作者
李学军
机构
北京大学医学部药理学系
出处
《生理科学进展》
CAS
CSCD
北大核心
2002年第3期209-214,共6页
基金
国家自然科学基金资助 (30 1710 90 )
文摘
21世纪 ,科学家面临着从基因组到蛋白质组的转变 ,蛋白质组学是基因组和药物发现之间的桥梁。药物蛋白质组学研究不仅有助于发现治疗的可能靶点 ,也将明显提高药物发现的效率。药物蛋白质组学的研究内容 ,在临床前包括发现新的治疗靶点和发现针对所有靶点的全部化合物 ,在临床研究方面应包括药物作用的特异蛋白作为诊断和治疗的标志 ,或以蛋白质谱的差异来分类患者。本文主要综述了蛋白质组学技术在药物靶点的发现和确认 。
关键词
药物
蛋白质
组
学
药物发现
结构蛋白质组
Keywords
Proteomics
Pharmacoproteomics
Drug discovery
分类号
R96 [医药卫生—药理学]
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职称材料
题名
快速构建蛋白质结构域克隆库的方法
被引量:
1
3
作者
马素参
黄海明
彭隽敏
俞强
任瑞宝
高友鹤
机构
中国医学科学院中国协和医科大学基础医学研究所病理生理学系
美国Emory大学
美国Boston大学
美国Brandeis大学
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2003年第4期537-541,共5页
基金
国家高技术研究发展计划 (863 ) (No .2 0 0 1AA2 3 3 0 5 1)
国际科技合作重点项目计划 (No .2 0 0 2AA2 2 90 3 1)
重大基础研究前期研究专项项目计划(No .2 0 0 2CCA0 410 0 )资助~~
文摘
对蛋白质组学的研究有许多不同的切入方法 .从研究的生物学意义和可行性考虑 ,提出从蛋白结构域入手进行蛋白质组学研究 .SH2 (Srchomology 2 )结构域是细胞信号转导中重要的元件之一 ,人SH2结构域共有约 12 0种 ,对其进行研究将深刻揭示细胞信号转导的规律 .为了得到人所有的SH2结构域序列及克隆 ,首先在公共数据库里检索出了人所有的SH2结构域序列 ,利用国际上现有的共享资源IMAGE(IntegratedMolecularAnalysisofGenomesandTheirExpression)克隆为PCR模板 ,解决了从cDNA文库中难以克隆低丰度结构域的问题 .利用有方向性的TOPO克隆技术提高克隆效率 ,从而快速高效地构建了包括 6 0个SH2结构域的克隆库 .克隆库可以方便地转换到GATEWAY系统具有各种用途的载体上 。
关键词
蛋白质
结构
域
克隆库
结构
域
蛋白质
组
学
SH2
结构
域
细胞信号转导
Keywords
domain proteomics, SH2 domain, domain library
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
高通量蛋白质结构生物信息学进展
4
作者
祝云篪
陆祖宏
机构
东南大学生物科学与医学工程学院
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
2024年第9期1989-1999,共11页
基金
国家重点研发计划(2016YFA0501600)资助项目。
文摘
本文总结了高通量蛋白质结构生物信息学的最新进展,包括结构数据管理、工具软件开发和结构数据挖掘三个主要方面。结构数据管理方面,得益于类AlphaFold系统的发展,蛋白质结构数据量实现爆发式增长,直接促进了压缩技术的升级,也吸引了研究者对结构数据管理的关注。工具软件开发方面,以Foldseek为代表的新算法实现了高速的结构比对,突破了结构分析的通量瓶颈,此外深度学习模型的大量应用从多个方面改进了基于结构的蛋白质功能注释。结构数据挖掘方面,研究者以组学思维处理结构大数据,在持续的探索中提炼分析要素、优化方法,并在新工具的帮助下推动着结构数据挖掘的进阶。随着高通量方法的发展,结构生物信息学有望在生命科学中发挥更重要的作用。
关键词
蛋白质
结构
生物信息学
高通量
类AlphaFold系统
结构蛋白质组
学
Keywords
protein structural bioinformatics
high-throughput
AlphaFold-like system
structural proteomics
分类号
Q518 [生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
结构蛋白质组学研究进展
周烨
刘哲益
王方军
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2019
12
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
药物蛋白质组学与药物发现
李学军
《生理科学进展》
CAS
CSCD
北大核心
2002
6
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
快速构建蛋白质结构域克隆库的方法
马素参
黄海明
彭隽敏
俞强
任瑞宝
高友鹤
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2003
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
4
高通量蛋白质结构生物信息学进展
祝云篪
陆祖宏
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
2024
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