结构域相互作用数据库的产生、发展与应用 被引量：3

1

作者 欧阳玉梅 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第3期280-287,共8页

结构域是进化上的保守序列单元,是蛋白质的结构和功能的标准组件.典型的两个蛋白质间的相互作用涉及特殊结构域间的结合,而且识别相互作用结构域对于在结构域水平上彻底理解蛋白质的功能与进化、构建蛋白质相互作用网络、分析生物学通... 结构域是进化上的保守序列单元,是蛋白质的结构和功能的标准组件.典型的两个蛋白质间的相互作用涉及特殊结构域间的结合,而且识别相互作用结构域对于在结构域水平上彻底理解蛋白质的功能与进化、构建蛋白质相互作用网络、分析生物学通路等十分重要.目前,依赖于对实验数据的进一步挖掘和对各种不同输入数据的计算预测,已识别出了一些相互作用/功能连锁结构域对,并由此构建了内容丰富、日益更新的结构域相互作用数据库.综述了产生结构域相互作用的8种计算预测方法.介绍了5个结构域相互作用公共数据库3DID、iPfam、InterDom、DIMA和DOMINE的有关信息和最新动态.实例概述了结构域相互作用在蛋白质相互作用计算预测、可信度评估,蛋白质结构域注释,以及在生物学通路分析中的应用. 展开更多

关键词 蛋白质相互作用(PPI) 蛋白质结构域 结构域相互作用(DDI) 数据库

在线阅读 下载PDF 职称材料

核受体辅活化子PNRC与孤儿核受体SF1的相互作用有赖于SF1的AF-2功能结构域 被引量：3

2

作者 陈彬 陈敏 +2 位作者 陈健 李渝萍 周度金 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期379-383,共5页

核受体辅活化子PNRC(proline richnuclearreceptorcoregulatoryprotein ,富含脯氨酸的核受体辅调节蛋白 )可通过含SH3结合模体的PNRC2 78 30 0区域与孤儿核受体类固醇生成因子 1(steroido genicfactor 1,SF1)相互作用 .激活功能 2 (act... 核受体辅活化子PNRC(proline richnuclearreceptorcoregulatoryprotein ,富含脯氨酸的核受体辅调节蛋白 )可通过含SH3结合模体的PNRC2 78 30 0区域与孤儿核受体类固醇生成因子 1(steroido genicfactor 1,SF1)相互作用 .激活功能 2 (activationfunction 2 ,AF 2 )结构域在核受体配体依赖性转录激活中发挥了重要作用 ,为探讨AF 2结构域在SF1转录激活中的作用机制 ,采用酵母双杂合分析、缺失突变技术和瞬时转染等研究方法考察了AF 2结构域对SF1反式激活功能及SF1与PNRC相互作用的影响 .SF1的反式激活功能有赖于AF 2结构域 ,其机制是SF1AF 2结构域的突变严重影响了SF1与PNRC的有效相互作用 ,并消除了PNRC对SF1反式激活功能的辅激活作用 .结果表明 ,SF1与PNRC的相互作用有赖于AF 展开更多

关键词 核受体辅活化子PNRC 孤儿核受体SF1 相互作用 AF-2功能结构域

在线阅读 下载PDF 职称材料

肺癌转移相关基因ABCE1编码蛋白与β-肌动蛋白的相互作用结构域研究 被引量：3

3

作者 韩旭 于潜 +4 位作者 田野 赵希彤 张磊 周镝 田大力 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期678-681,共4页

目的明确肺癌转移相关基因ABCE1编码蛋白与β-肌动蛋白的相互作用结构域。方法通过转化技术,在E.coli BL21(DE3)中诱导表达前期研究获得的表达载体pGEX-4T-1-ABCE1-55,获得GST-ABCE1-55重组融合蛋白表达,应用GST pull-down的方法验证p G... 目的明确肺癌转移相关基因ABCE1编码蛋白与β-肌动蛋白的相互作用结构域。方法通过转化技术,在E.coli BL21(DE3)中诱导表达前期研究获得的表达载体pGEX-4T-1-ABCE1-55,获得GST-ABCE1-55重组融合蛋白表达,应用GST pull-down的方法验证p GEX-4T-1-ABCE1-55与β-肌动蛋白有无相互作用。结果 GST-ABCE1-55是带有GST标签的含有357个氨基酸的重组蛋白,大小约66×10~3,在GST pull-down实验中,GST-ABCE1-55并不能与β-肌动蛋白特异结合。结论肺癌转移相关基因ABCE1编码蛋白与β-肌动蛋白的相互作用结构域应位于ABCE1蛋白第358位至第600位编码氨基酸中。 展开更多

关键词 ATP结合盒转运子E1 pGEX-4T-1原核表达载体 重组蛋白表达 蛋白质相互作用结构域

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于结构域的芥子油苷合成相关蛋白质相互作用模型构建和预测

4

作者 孙晓芳 刘亚秋 初砚硕 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期134-139,共6页

从蛋白质一级序列抽取蛋白质结构域信息建立结构域特征向量,使用结构域特征向量训练基于高斯径向基核的支撑向量机,用5折交叉验证对支撑向量机参数网格寻优,然后用最优化参数训练得到蛋白质相互作用预测器。结果表明:预测器的交叉验证RO... 从蛋白质一级序列抽取蛋白质结构域信息建立结构域特征向量,使用结构域特征向量训练基于高斯径向基核的支撑向量机,用5折交叉验证对支撑向量机参数网格寻优,然后用最优化参数训练得到蛋白质相互作用预测器。结果表明:预测器的交叉验证ROC曲线下面积达到了85.49%,可以有效预测拟南芥相关的蛋白质相互作用。 展开更多

关键词 芥子油苷合成途径相关蛋白质 蛋白质相互作用 结构域-结构域相互作用

在线阅读 下载PDF 职称材料

FOXM1_(688-748)结构域相互作用蛋白的鉴定

5

作者 谭拥军 杨仕平 +3 位作者 余雳 黄小芹 陈燕 谭桂湘 《湖南大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第12期161-165,共5页

为了鉴定转录因子FOXM1转录激活结构域(C-端第688位到748位氨基酸序列)的互作蛋白,以FOXM1的cDNA为模板,采用聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)方法扩增获得其转录激活结构域序列,克隆进入原核表达载体pGEX-4T2;利用大肠... 为了鉴定转录因子FOXM1转录激活结构域(C-端第688位到748位氨基酸序列)的互作蛋白,以FOXM1的cDNA为模板,采用聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)方法扩增获得其转录激活结构域序列,克隆进入原核表达载体pGEX-4T2;利用大肠杆菌原核表达获得融合谷胱甘肽S-转移酶(Glutathione S-Transferase,GST)标签的重组蛋白GST-FOXM1_(688-748);通过GST-pulldown结合质谱方法鉴定FOXM1_(688-748)的互作蛋白,成功构建了原核表达质粒pGEX-4T2-FOXM1_(688-748),获得了原核表达的重组蛋白GST-FOXM1_(688-748).将质谱鉴定获得的互作蛋白进行分析和归类,预示一些互作蛋白可以参与激活FOXM1的转录活性,如RPN2、MISP、MCM7蛋白,一些互作蛋白可以参与调控FOXM1蛋白的稳定性,如USP9Y、CUL4A、HSPB1、BAG2蛋白.FOXM1蛋白的转录激活结构域与许多不同功能的蛋白发生相互作用,暗示该结构域具有重要的分子生物学作用,期望为以FOXM1为靶点的临床药物研发提供实验依据. 展开更多

关键词 转录因子FOXM1 FOXM1_(688-748)结构域 原核表达 相互作用

在线阅读 下载PDF 职称材料

WW结构域——蛋白质蛋白质相互作用的一种模式 被引量：3

6

作者 李琦 胡红雨 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第3期333-337,共5页

WW结构域是由 38～ 40个氨基酸残基严密组织形成一个连贯、紧凑的结构域 ;它以包含两个色氨酸残基为主要特征 ,能专一地与含有XPPXY保守序列的蛋白质相互作用 .这种相互作用涉及许多细胞内事件 ,如非受体信号传导、转录调节、蛋白质降... WW结构域是由 38～ 40个氨基酸残基严密组织形成一个连贯、紧凑的结构域 ;它以包含两个色氨酸残基为主要特征 ,能专一地与含有XPPXY保守序列的蛋白质相互作用 .这种相互作用涉及许多细胞内事件 ,如非受体信号传导、转录调节、蛋白质降解等等 ,并且这种相互作用的变化会直接或间接影响到人体的正常生理代谢功能而引起疾病 . 展开更多

关键词 WW结构域 蛋白质-蛋白质相互作用 疾病

在线阅读 下载PDF 职称材料

早老蛋白氨基端与羧基端结构域的相互作用 被引量：1

7

作者 梅品超 楼蓉 +5 位作者 李兰英 周义 贡金英 陈雨亭 吴冠芸 沈岩 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第6期536-539,共4页

目的研究早老蛋白分子相互作用及相互作用结构域。方法利用 RT- PCR扩增人早老蛋白- 1和早老蛋白- 2全长 cDNA。在此基础上构建多种缺失体，采用酵母双杂交体系分析它们之间的相互作用。结果 (1）早老蛋白- 1的氨基端多肽与羧基端多肽... 目的研究早老蛋白分子相互作用及相互作用结构域。方法利用 RT- PCR扩增人早老蛋白- 1和早老蛋白- 2全长 cDNA。在此基础上构建多种缺失体，采用酵母双杂交体系分析它们之间的相互作用。结果 (1）早老蛋白- 1的氨基端多肽与羧基端多肽之间存在直接的相互作用，能形成同源二（多）聚体。早老蛋白- 1羧基端相互作用位点定位于第 361～ 447位氨基酸。这一相互作用不依赖于其旁侧亲水环结构功能域的存在，也无需其它配体参与；（ 2）早老蛋白- 1氨基端片段或羧基端片段自身之间均不能形成同源二（多）聚体；（ 3）早老蛋白- 2氨基端多肽与羧基端多肽之间也存在上述相互作用，能形成同源二（多）聚体；（ 4）早老蛋白- 1的羧基端片段与早老蛋白- 2的氨基端片段、早老蛋白- 2的羧基端片段与早老蛋白- 1的氨基端片段不发生相互作用。结论早老蛋白氨基端多肽与羧基端多肽之间直接的相互作用可能参与、并有助于早老蛋白的装配和成熟，是其功能的结构基础。 展开更多

关键词 早老蛋白 相互作用 羧基端结构域 早老性痴呆

在线阅读 下载PDF 职称材料

死亡结构域蛋白Daxx与DNA病毒蛋白相互作用及影响的研究进展

8

作者 丁霜 唐双阳 +2 位作者 杨晓东 申海艳 万艳平 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期239-244,共6页

死亡结构域蛋白Daxx是一种多功能蛋白,能参与细胞凋亡、抗病毒等活动。病毒感染发生时,病毒生成的某些蛋白与Daxx相互作用,经不同途径可抑制或促进Daxx的抗病毒反应。Daxx与不同病毒蛋白或甚至同一病毒的不同蛋白相互作用,都将产生不同... 死亡结构域蛋白Daxx是一种多功能蛋白,能参与细胞凋亡、抗病毒等活动。病毒感染发生时,病毒生成的某些蛋白与Daxx相互作用,经不同途径可抑制或促进Daxx的抗病毒反应。Daxx与不同病毒蛋白或甚至同一病毒的不同蛋白相互作用,都将产生不同的抑制或促进作用。现对Daxx与人腺病毒、人巨细胞病毒和人乳头瘤病毒等DNA病毒表达蛋白的相互作用及影响作一简要概述。 展开更多

关键词 死亡结构域蛋白 DNA病毒 相互作用

在线阅读 下载PDF 职称材料

同源结构域相互作用蛋白激酶2最新研究进展及其应用

9

作者 贾文韫 李宝兰 岳文涛 《中国肺癌杂志》 CAS 2011年第4期373-377,共5页

同源结构域相互作用蛋白激酶2（homeodomaininteracting protein kinase-2,HIPK2）是近二十年来发现的一种定位在细胞核内,调节多种细胞、组织和器官功能的丝氨酸/苏氨酸激酶。HIPK2是潜在的肿瘤抑制因子和DNA损伤相关激酶,它通过磷酸... 同源结构域相互作用蛋白激酶2（homeodomaininteracting protein kinase-2,HIPK2）是近二十年来发现的一种定位在细胞核内,调节多种细胞、组织和器官功能的丝氨酸/苏氨酸激酶。HIPK2是潜在的肿瘤抑制因子和DNA损伤相关激酶,它通过磷酸化反应作用于不同的下游靶点来激活凋亡进程。此外,HIPK2还参与组织器官的形成、肿瘤的发生和发展。由于其作用广泛,近年来受到广大学者的关注。 展开更多

关键词 蛋白激酶2 相互作用 结构域 肿瘤抑制因子 PROTEIN 应用 组织器官 苏氨酸激酶

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于结构域理化性质的蛋白质相互作用方向预测 被引量：2

10

作者 卫博翔 焦雄 《太原理工大学学报》 CAS 北大核心 2019年第4期536-540,共5页

为了更好地理解蛋白质相互作用,用蛋白质相互作用间信号传递方向进一步注释蛋白质相互作用网络,提出了一种基于结构域理化性质预测蛋白质相互作用方向的方法。首先提取蛋白质结构域的10种理化性质,构成表示方向信息的特征向量;然后建立... 为了更好地理解蛋白质相互作用,用蛋白质相互作用间信号传递方向进一步注释蛋白质相互作用网络,提出了一种基于结构域理化性质预测蛋白质相互作用方向的方法。首先提取蛋白质结构域的10种理化性质,构成表示方向信息的特征向量;然后建立支持向量机预测模型,并利用网格搜索对模型进行参数寻优;最后用拥有最优参数的模型进行预测。实验结果表明,该模型准确率达到88.17%,AUC值为0.837.与PIDS方法比较结果表明,蛋白质结构域的10种理化性质能够有效用于蛋白质相互作用方向的预测,为预测蛋白质相互作用方向提供了一种新思路。 展开更多

关键词 蛋白质 相互作用 结构域 理化特性 支持向量机 方向预测

在线阅读 下载PDF 职称材料

链脲佐菌素诱导糖尿病大鼠坐骨神经硫氧还蛋白相互作用蛋白/核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3炎症小体的表达

11

作者 孙青 王超 +4 位作者 闫斌 史晓虎 石玥 屈岭 梁晓春 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期799-805,共7页

目的初步探讨硫氧还蛋白相互作用蛋白(TXNIP)/核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(NLRP3)炎症小体通路在链尿佐菌素(STZ)诱导的糖尿病大鼠坐骨神经中的作用。方法采用单次STZ腹腔注射的方法建立糖尿病大鼠模型,取年龄、体重匹配的雄性... 目的初步探讨硫氧还蛋白相互作用蛋白(TXNIP)/核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(NLRP3)炎症小体通路在链尿佐菌素(STZ)诱导的糖尿病大鼠坐骨神经中的作用。方法采用单次STZ腹腔注射的方法建立糖尿病大鼠模型,取年龄、体重匹配的雄性大鼠作为正常对照组,监测血糖、体重变化,成模后12周应用电子Von Frey仪测定机械痛阈值,处死取坐骨神经进行坚牢蓝染色,采用免疫组织化学及Western blot法检测TXNIP、NLRP3、半胱天冬酶-1和白细胞介素(IL)-1β的表达,ELISA法测定血清中IL-1β、IL-18水平。结果糖尿病大鼠模型坐骨神经中TXNIP蛋白表达为3.78±0.08,较正常对照组0.99±0.06显著增加(t=26.980,P<0.0001);与正常对照组(0.97±0.05)相比,糖尿病组NLRP3蛋白表达(2.44±0.16)明显升高(t=8.885,P<0.0001);糖尿病组活化的半胱天冬酶-1蛋白表达为4.45±0.19,正常对照组为1.08±0.06,两组差异有统计学意义(t=16.900,P<0.0001)。糖尿病组IL-1β蛋白表达为4.50±0.16,较正常对照组1.19±0.08显著增加(t=18.630,P<0.0001);与正常对照组比较,糖尿病大鼠血清中IL-1β[(110.50±8.80)pg/ml比(17.97±3.18)pg/ml,t=9.892,P<0.0001]、IL-18[(591.70±8.78)pg/ml比(160.70±8.33)pg/ml,t=35.620,P<0.0001]均分泌增多。结论糖尿病周围神经病变(DPN)的发病机制可能与TXNIP表达增加、NLRP3炎症小体激活以及下游炎症反应有关,该通路可成为DPN治疗的新靶标。 展开更多

关键词 糖尿病周围神经病变 坐骨神经 核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3 硫氧还蛋白相互作用蛋白

在线阅读 下载PDF 职称材料

锚蛋白重复序列介导的蛋白质-蛋白质相互作用 被引量：14

12

作者 杜海宁 胡红雨 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第1期6-9,共4页

锚蛋白重复序列 (ANK)是生物体中广泛利用的一种序列模体 .ANK模体在ANK结构域中折叠成 β2 α2结构 ,在空间上则形成 L 型结构 .数目不等的ANK串联起来 ,依靠氢键和疏水相互作用 ,组成紧密、稳定的结构域 ,并且形成了种类众多但功能各... 锚蛋白重复序列 (ANK)是生物体中广泛利用的一种序列模体 .ANK模体在ANK结构域中折叠成 β2 α2结构 ,在空间上则形成 L 型结构 .数目不等的ANK串联起来 ,依靠氢键和疏水相互作用 ,组成紧密、稳定的结构域 ,并且形成了种类众多但功能各异的ANK蛋白质分子 .ANK结构域介导蛋白质与蛋白质的相互作用 ,它能够和多种配体结合 ,实现纷繁复杂的生物功能 .着重介绍几类结构已知的ANK家族蛋白质分子及复合物的结构特征、生理功能及与疾病的关系 . 展开更多

关键词 锚蛋白重复序列 ANK结构域 蛋白质相互作用 疾病

在线阅读 下载PDF 职称材料

应用酵母双杂交系统筛选与新基因nelin相互作用的蛋白质 被引量：4

13

作者 王震 刘冬青 +5 位作者 王茵 曹慧青 丁金凤 郭莲军 屈伸 孟宪敏 《华中科技大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期1-4,9,共5页

　目的　通过筛选能够与新基因nelin的心肌特异表达产物相互作用的蛋白质从而揭示nelin的生物功能。方法　构建表达nelin阅读框全长的诱饵质粒并利用酵母双杂交系统筛选人心脏cDNA文库, 以寻找与nelin蛋白发生相互作用的蛋白质。并利用... 　目的　通过筛选能够与新基因nelin的心肌特异表达产物相互作用的蛋白质从而揭示nelin的生物功能。方法　构建表达nelin阅读框全长的诱饵质粒并利用酵母双杂交系统筛选人心脏cDNA文库, 以寻找与nelin蛋白发生相互作用的蛋白质。并利用生物信息学方法对筛选得到的蛋白质进行功能结构域分析。结果　筛选得到3 个蛋白质分别为肌联蛋白 (Titin ) N2B亚型, 细丝蛋白 (Filamin ) C亚型即γ Filamin和α胰蛋白酶抑制物重链前体 (inter alphatrypsin inhibitor heavy chain precursor, ITIH)。对这3种蛋白的C末端结构域进行分析发现Titin和Filamin均含有免疫球蛋白样结构域 (Ig- like domain)。结论　实验结果揭示了新基因nelin很可能表达一个细胞骨架相关蛋白, 它可通过其蛋白质的C末端同Titin和Filamin的免疫球蛋白样结构域发生相互作用而参与细胞骨架网络的形成。 展开更多

关键词 新基因 蛋白质 筛选 细胞骨架 免疫球蛋白 特异表达 酵母双杂交系统 结构域 相互作用 末端

在线阅读 下载PDF 职称材料

Macro Domain家族成员LRP16是多种核受体的相互作用因子 被引量：2

14

作者 杨洁 赵亚力 +1 位作者 伍志强 韩为东 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期737-743,共7页

LRP16基因是macro domain家族成员之一,C末端含有唯一的1个保守的功能结构域.既往研究表明,该基因具有雌激素反应性,并可通过与雌激素受体α(ERα)相互作用调控其转录活性.近期我研究组发现,LRP16可与雄激素受体(AR)的共激活因子ART-27... LRP16基因是macro domain家族成员之一,C末端含有唯一的1个保守的功能结构域.既往研究表明,该基因具有雌激素反应性,并可通过与雌激素受体α(ERα)相互作用调控其转录活性.近期我研究组发现,LRP16可与雄激素受体(AR)的共激活因子ART-27相互作用.本研究首先通过GST pull-down方法验证LRP16/ART-27/AR三者之间相互作用关系,并用免疫共沉淀实验明确了LRP16与AR存在直接的相互作用,且这种相互作用并不依赖于ART-27的存在;采用GST pull-down进一步明确LRP16与AR相互作用的结构域.结果发现,LRP16通过C端的macro domain结构域与AR的LBD域相互作用;鉴于核受体家族有较高程度的氨基酸序列保守性与功能结构域的相似性,通过GST pull-down验证了LRP16与核受体超家族成员ERβ、GR、PPARα、PPARγ的相互作用,提示LRP16至少还可与ERα以外的5个核受体家族成员相互作用;进一步采用核受体荧光素酶报告基因转染细胞,通过检测荧光素酶活性证实LRP16可增强AR、GR、ERβ、PPARα、PPARγ的转录激活活性.本研究初步证实,macro domain家族成员LRP16可与多个核受体相互作用,并增强其转录激活活性,是核受体家族的共激活因子,为进一步研究LRP16在核受体转录调控中的生理病理学功能奠定基础. 展开更多

关键词 LRP16 雄激素受体 核受体 蛋白相互作用 结构域 共激活因子

在线阅读 下载PDF 职称材料

利用酵母双杂交筛选与DAT1的LIM2相互作用的蛋白质 被引量：2

15

作者 惠玲 季朝能 +4 位作者 蔡文琴 顾少华 应康 谢毅 毛裕民 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期410-413,共4页

目的　利用酵母双杂交系统筛选人胎脑组织中能与多巴胺相关转录因子DAT1的LIM2相互作用的蛋白质, 以初步了解DAT1的功能。方法　构建酵母双杂交诱饵质粒pLexA-LIM2,筛选人胎脑cDNA文库,并用酵母交配试验初步 验证。结果　获得3个能... 目的　利用酵母双杂交系统筛选人胎脑组织中能与多巴胺相关转录因子DAT1的LIM2相互作用的蛋白质, 以初步了解DAT1的功能。方法　构建酵母双杂交诱饵质粒pLexA-LIM2,筛选人胎脑cDNA文库,并用酵母交配试验初步 验证。结果　获得3个能与DAT1的第2个LIM结构域LIM2结合的相互作用蛋白,通过酵母结合试验证实了它们在酵母 中的结合。结论　DAT1的第2个LIM结构域LIM2可与唐氏综合征关键区基因2(SimilartoDownsyndromecriticalregion gene2,DSCR2)、钙 整合素结合蛋白(calciumandintegrinbindingprotein,CIB)、和HSPC170(CD34+hematopoieticstem/progenitor cells,HSPCs)结合。 展开更多

关键词 蛋白质 杂交筛选 syndrome INTEGRIN 酵母双杂交系统 protein 相关转录因子 cDNA文库 相互作用蛋白 人胎脑组织 唐氏综合征 cells 诱饵质粒 交配试验 Down 结合蛋白 结构域 LIM 多巴胺 整合素 and 初步 验证

在线阅读 下载PDF 职称材料

受体相互作用蛋白激酶1(RIPK1)调控人结肠癌HT-29细胞程序性坏死的分子机制 被引量：4

16

作者 王海玉 张波 《复旦学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期720-726,741,共8页

目的研究受体相互作用蛋白激酶1(receptor interacting protein kinase 1,RIPK1)在人结肠HT-29细胞程序性坏死过程中的作用,并探讨E3泛素连接酶三重结构域包含蛋白16(tripartite domain containing protein 16,Trim16)对其作用的潜在调... 目的研究受体相互作用蛋白激酶1(receptor interacting protein kinase 1,RIPK1)在人结肠HT-29细胞程序性坏死过程中的作用,并探讨E3泛素连接酶三重结构域包含蛋白16(tripartite domain containing protein 16,Trim16)对其作用的潜在调控机制。方法用肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factorα,TNFα)建立HT-29细胞的程序性坏死模型,采用Annexin V-FITC/PI双染色法检测其对凋亡、坏死细胞数目的影响。分别用Western blot和qRT-PCR检测RIPK1在细胞程序性坏死中的表达。构建稳定表达Flag标记的RIPK1的HT-29细胞株,采用Flag标记的pulldown试验结合质谱检测发现与RIPK1有相互作用的新蛋白。应用NiNTA pulldown试验检测筛选出的E3泛素连接酶对RIPK1泛素化的调控。结果 TNFα能够成功诱导HT-29细胞程序性坏死。HT-29细胞在TNFα和半胱天蛋白酶抑制剂z-VAD处理后,表现出RIPK1、RIPK3、混合系列蛋白激酶样结构域(mixed lineage kinase domain-like protein,MLKL)表达水平显著增加,并伴随着炎性因子白介素1α(IL1α)和白介素6(IL6)水平明显升高。Flag标记的pulldown试验结合质谱检测发现一个与RIPK1有相互作用的E3泛素连接酶Trim16,体外实验表明Trim16可以增强RIPK1的泛素化程度,其可能调节RIPK1在程序性坏死过程中的作用。结论 RIPK1在TNFα和z-VAD诱导人结肠癌HT-29细胞的程序性坏死过程中起重要作用,E3泛素连接酶Trim16对此过程可能有重要调控作用。 展开更多

关键词 受体相互作用蛋白激酶1(RIPK1) 人结肠癌细胞 程序性坏死 E3泛素连接酶 三重结构域包含蛋白16(Trim16)

在线阅读 下载PDF 职称材料

抑制剂8Q9和8QC与bromodomain结构域蛋白4作用机理的分子动力学研究 被引量：1

17

作者 吴世亮 孙海波 +3 位作者 尹妍妍 李洪云 王青 王立飞 《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2021年第3期23-30,共8页

Bromodomain结构域蛋白4(bromodomain-containing protein 4,BRD4)已成为治疗多种疾病药物设计的重要靶标.最近在实验上发现了几种有效的靶向BRD4的抑制剂,但具体的抑制机理尚不清楚.此工作采用分子动力学模拟,动态相关性分析和结合自... Bromodomain结构域蛋白4(bromodomain-containing protein 4,BRD4)已成为治疗多种疾病药物设计的重要靶标.最近在实验上发现了几种有效的靶向BRD4的抑制剂,但具体的抑制机理尚不清楚.此工作采用分子动力学模拟,动态相关性分析和结合自由能计算研究抑制剂8Q9和8QC与BRD4(1)的结合模式.分子动力学分析表明抑制剂结合对BRD4(1)的结构柔性产生重大影响.同时动态相关性分析进一步表明抑制剂结合极大地改变了BRD4(1)的运动模式.结合自由能计算结果表明范德华相互作用是抑制剂与BRD4(1)结合的主要驱动力.采用基于残基的自由能分解方法评估了分离残基对抑制剂结合的贡献,数据表明氢键相互作用和疏水相互作用是影响抑制剂与BRD4(1)结合的关键因素.本研究有望为设计和开发靶向BRD4的抑制剂提供有意义的理论指导. 展开更多

关键词 分子动力学 bromodomain结构域蛋白4 结合自由能 抑制剂-残基相互作用

在线阅读 下载PDF 职称材料

PAK4与RCBTB1相互作用促进胰腺癌细胞增殖 被引量：1

18

作者 于昕博 黄昌伟 +2 位作者 路天琦 袁莹 李晓东 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期115-120,共6页

目的研究p21激活激酶4(PAK4)与RCC1和BTB结构域包含蛋白1(RCBTB1)的相互作用及其在胰腺癌细胞增殖过程中的作用。方法采用免疫共沉淀实验确定PAK4与RCBTB1在胰腺癌细胞内的相互作用;采用免疫荧光实验确定PAK4与RCBTB1在胰腺癌细胞内的... 目的研究p21激活激酶4(PAK4)与RCC1和BTB结构域包含蛋白1(RCBTB1)的相互作用及其在胰腺癌细胞增殖过程中的作用。方法采用免疫共沉淀实验确定PAK4与RCBTB1在胰腺癌细胞内的相互作用;采用免疫荧光实验确定PAK4与RCBTB1在胰腺癌细胞内的定位和共定位位置;采用CCK-8实验探究过表达PAK4、RCBTB1对胰腺癌细胞增殖的影响;采用流式细胞术检测过表达PAK4、RCBTB1对胰腺癌细胞周期的影响;采用Western blotting检测过表达PAK4、RCBTB1对cyclin D1蛋白表达水平的影响。结果PAK4与RCBTB1在胰腺癌细胞内存在相互作用。PAK4与RCBTB1共定位于胰腺癌细胞核和核周细胞质内。过表达PAK4、RCBTB1促进胰腺癌细胞增殖,加速胰腺癌细胞的细胞周期进程,促进cyclin D1的表达。结论PAK4与RCBTB1相互作用促进胰腺癌细胞增殖。 展开更多

关键词 p21激活激酶4 RCC1和BTB结构域包含蛋白1 相互作用 胰腺癌 增殖

在线阅读 下载PDF 职称材料

利用随机多肽文库研究ZO-1中PDZ3结构域的配体结合特点 被引量：3

19

作者 郭佳岩 宋婀莉 +2 位作者 黄海明 马素参 高友鹤 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期341-346,共6页

建立一种研究PDZ结构域配体结合特点的简单方法 .利用酵母双杂交技术从随机多肽文库中寻找所有可能与ZO 1中PDZ3结构域结合的C末端序列 ,从现有蛋白质数据库中检索所有具有该C末端蛋白 .利用液体培养物 β 半乳糖苷酶检测实验 ,比较文... 建立一种研究PDZ结构域配体结合特点的简单方法 .利用酵母双杂交技术从随机多肽文库中寻找所有可能与ZO 1中PDZ3结构域结合的C末端序列 ,从现有蛋白质数据库中检索所有具有该C末端蛋白 .利用液体培养物 β 半乳糖苷酶检测实验 ,比较文库中筛选的C末端序列和已知的PDZ3结构域结合配体———JAM的C末端 (SFLV)与PDZ3结构域结合的强弱 .共筛选到 3个阳性克隆 ,其C末端序列分别为 LGWV、 LVWV和 DEWV .前 2者属于第二类PDZ结构域 ,后者属于第三类 .蛋白质数据库检索结果表明 ,有多个蛋白质具有 LGWV、 LVWV末端 ,没有检索到任何具有 DEWV末端的蛋白质 .结合强度实验结果表明 ,它们与PDZ3结构域结合强度依次为 DEWV > LGWV > LVWV > SFLV ,说明筛选的 3个C末端除了反映ZO 1中PDZ3结构域可能的潜在结合配体外 ,也有可能成为JAM蛋白阻断性试剂甚至药物的重要组成部分之一 .利用随机多肽文库 ,可以尽可能寻找所有可能与PDZ结构域结合的C末端序列 。 展开更多

关键词 ZO-1 PDZ3结构域 蛋白质相互作用 随机多肽文库 酵母双杂交

在线阅读 下载PDF 职称材料

M^(pro)-C蛋白三维结构域交换的机理:来自分子模拟的线索(英文) 被引量：1

20

作者 黄永棋 康雪 +1 位作者 夏斌 刘志荣 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第10期2411-2417,共7页

SARS冠状病毒主蛋白酶(Mpro)在病毒的蛋白酶切过程中发挥着重要作用.Mpro的晶体结构显示它存在两种形式的二聚体:一种是发生三维结构域交换的形式,另一种是非交换的形式.Mpro的C端结构域(Mpro-C)单独表达时也能形成与全长Mpro类似的三... SARS冠状病毒主蛋白酶(Mpro)在病毒的蛋白酶切过程中发挥着重要作用.Mpro的晶体结构显示它存在两种形式的二聚体:一种是发生三维结构域交换的形式,另一种是非交换的形式.Mpro的C端结构域(Mpro-C)单独表达时也能形成与全长Mpro类似的三维结构域交换二聚体.三维结构域交换通常发生在蛋白质的表面,但Mpro-C的结构域交换却发生在疏水核心.在本文中,我们利用分子动力学模拟及三维结构域交换预测算法研究了Mpro-C中被高度埋藏的核心螺旋片段发生交换的机理.我们发现基于结构与基于序列的已有算法都不能正确预言出Mpro-C和Mpro中发生结构域交换的铰链区位置.分子模拟结果表明Mpro-C中的交换片段在天然态下埋藏得很好,但在变性单体中则会被释放并暴露在外面.因此,在完全或部分解折叠状态下交换片段的打开有助于促进单体间的相互作用及结构域交换二聚体的形成. 展开更多

关键词 SARS冠状病毒 主蛋白酶 分子模拟 结构域交换 蛋白质-蛋白质相互作用 蛋白质解折叠

在线阅读 下载PDF 职称材料