柑橘大实蝇NPC2基因的序列分析和组织表达模式 被引量：5

1

作者 陈剑 王兆祥 +4 位作者 杨岭 叶海霞 毛丽 桂连友 张国辉 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期132-136,共5页

柑橘大实蝇是柑橘上的重要害虫,主要为害柑橘果实。NPC2是一种小分子蛋白,参与了脊椎动物的脂质代谢,最近有研究表明,NPC2有着类似于昆虫气味结合蛋白的功能,参与了昆虫的化学通讯。为了明确NPC2基因在柑橘大实蝇成虫组织中的分布,本研... 柑橘大实蝇是柑橘上的重要害虫,主要为害柑橘果实。NPC2是一种小分子蛋白,参与了脊椎动物的脂质代谢,最近有研究表明,NPC2有着类似于昆虫气味结合蛋白的功能,参与了昆虫的化学通讯。为了明确NPC2基因在柑橘大实蝇成虫组织中的分布,本研究从柑橘大实蝇转录组中,鉴定了NPC2基因,命名为BminNPC2。通过生物信息学方法分析了该基因序列特征并构建了系统进化树,采用实时荧光定量PCR技术研究了BminNPC2基因在柑橘大实蝇成虫组织中的表达模式。结果表明:BminNPC2基因开放阅读框为456 bp,编码151个氨基酸,等电点为6.10,分子量大小为16.66 kD,含有6个半胱氨酸。BminNPC2基因在柑橘大实蝇头部(去掉触角)和腹部表达量最高。据此结果我们在文中对BminNPC2基因功能进行了简要讨论。 展开更多

关键词 柑橘大实蝇 NPC2基因 序列分析 组织表达模式

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柑橘大实蝇非典型气味受体基因的克隆、序列分析及组织表达模式 被引量：2

2

作者 王兆祥 田晓丽 +3 位作者 齐振华 桂连友 王福莲 张国辉 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期525-534,共10页

旨在探究柑橘大实蝇(Bactrocera minax)非典型气味受体(odorant receptor co-receptor,Orco)基因的分子特征和组织表达模式,通过对前期获得的柑橘大实蝇成虫转录组数据分析,利用RT-PCR技术克隆柑橘大实蝇Orco基因,并对该基因进行生物信... 旨在探究柑橘大实蝇(Bactrocera minax)非典型气味受体(odorant receptor co-receptor,Orco)基因的分子特征和组织表达模式,通过对前期获得的柑橘大实蝇成虫转录组数据分析,利用RT-PCR技术克隆柑橘大实蝇Orco基因,并对该基因进行生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR技术检测其在柑橘大实蝇雌雄成虫不同组织中的表达谱。克隆获得柑橘大实蝇Orco基因并命名为BminOrco,该基因开放阅读框全长1431 bp,编码476个氨基酸,含有7个跨膜结构域,氨基端位于膜内,羧基端位于膜外;预测该蛋白等电点为8.69,分子质量53.41 ku,无信号肽,亲水性总平均值为0.296,是疏水蛋白。同源性比对和系统树分析结果显示,BminOrco氨基酸序列与鞘翅目、双翅目、鳞翅目、半翅目、膜翅目和直翅目昆虫具有很高的同源性,其中与黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)的DmelOrco同源性最高,达86.42%。实时荧光定量PCR分析显示,柑橘大实蝇Orco基因在触角中的表达量显著高于其他组织,在雌成虫触角中的表达量显著高于雄成虫;在其他组织中微量表达,比较而言,在头部(不含触角)的表达量略高于在胸、腹、足和翅中的表达量。 展开更多

关键词 柑橘大实蝇 非典型气味受体 序列分析 组织表达模式

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水稻OsENOD93b基因组织表达模式与生物信息学分析 被引量：3

3

作者 何雨航 杜易桓 +2 位作者 郭昊 赵頔 马银花 《江苏农业科学》 北大核心 2021年第7期67-71,共5页

主要探究OsENOD93b基因在水稻中的组织表达模式,并对其作生物信息学分析。采用实时荧光定量PCR技术分析OsENOD93b基因的表达模式。用ExPASy-Protparam、Protscale、CDD、SOPMA、Phyre 2、Psort等在线工具对OsENOD93b进行生物信息学分析... 主要探究OsENOD93b基因在水稻中的组织表达模式,并对其作生物信息学分析。采用实时荧光定量PCR技术分析OsENOD93b基因的表达模式。用ExPASy-Protparam、Protscale、CDD、SOPMA、Phyre 2、Psort等在线工具对OsENOD93b进行生物信息学分析。经组织表达模式分析可知,OsENOD93b基因在叶片中的含量最多,其次是茎,含量最少的为根。通过ExPASy-Protparam分析发现,OsENOD93b分子量为16.42989 ku,是一种具有亲水性的不稳定的碱性蛋白。该蛋白属于ENOD93超级家族。通过SOPMA在线软件对OsENOD93b蛋白的二级结构进行分析预测,发现其由无规则卷曲(41.56%)、α-螺旋(39.61%)、延伸链区(14.94%)和β-转角(3.90%)4种形式组成。此外,利用不同在线工具对OsENOD93b蛋白的三级结构、保守区域、亚细胞定位进行生物信息学分析。结果表明,OsENOD93b基因在进化过程中具有一定的保守性,并有多样的潜在功能待研究。研究结果为进一步探明OsENOD93b基因的生物学功能提供了依据。 展开更多

关键词 水稻 ENOD OsENOD93b 组织表达模式分析 生物信息学

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杨树环化酶基因组织表达模式和蛋白定位

4

作者 贾志刚 夏德安 李淑娟 《湖南农业科学》 2016年第10期1-3,共3页

半定量RT-PCR显示,毛果杨形成层、幼叶和顶芽中的Potri.006G237100转录产物极低,但在木质部、叶柄和根中其转录水平却较髙,在木质化茎节其转录产物也呈现高丰度积累,这表明Potri.006G237100在毛果杨木质化组织中特异地、高丰度转录表达... 半定量RT-PCR显示,毛果杨形成层、幼叶和顶芽中的Potri.006G237100转录产物极低,但在木质部、叶柄和根中其转录水平却较髙,在木质化茎节其转录产物也呈现高丰度积累,这表明Potri.006G237100在毛果杨木质化组织中特异地、高丰度转录表达。实验构建p GWB5-Potri.006G237100载体,转化拟南芥、分子鉴定得到5个过量表达转基因植株,激光共聚焦分析显示融合蛋白Potri.006G237100-GFP定位在转基因植株的细胞质。 展开更多

关键词 环化酶 组织表达模式 Potri.006G237100 蛋白定位 杨树

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小麦miR395a前体克隆、遗传转化及组织表达模式分析

5

作者 丁超杰 关园园 李成伟 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2020年第4期52-56,共5页

miRNA是一类在调控植物发育和生物及非生物逆境胁迫响应过程中发挥重要功能的非编码小RNA,为了探究miR395a在小麦抗病中的功能和作用机制,比较了不同物种中的miR395a成熟序列,分析发现miR395a在不同物种中具有较高的保守性,其中小麦与... miRNA是一类在调控植物发育和生物及非生物逆境胁迫响应过程中发挥重要功能的非编码小RNA,为了探究miR395a在小麦抗病中的功能和作用机制,比较了不同物种中的miR395a成熟序列,分析发现miR395a在不同物种中具有较高的保守性,其中小麦与拟南芥、番茄以及大豆中的miR395a成熟序列具有高度一致性。并从小麦叶片中克隆了miR395a的前体序列,并将其连接到植物表达载体pCambia1301上,构建了miR395a前体的过量表达载体,之后通过农杆菌介导的遗传转化法,转化至小麦栽培品种(百农207)中,获得56株转基因植株,并通过PCR鉴定出11株阳性转基因植株。用RT-qPCR技术对不同组织中miR395a的表达量进行分析,结果显示,miR395a为组成型表达,但在不同组织中的表达量有差异,其中在三叶期和抽穗期叶片中的表达量较高,叶鞘中次之,旗叶中表达量最低。综上,获得了过量表达miR395a前体的小麦转基因植株,为进一步研究miR395a在小麦抗病中的功能及作用机制提供了材料来源。 展开更多

关键词 小麦 miR395a前体 过量表达载体构建 遗传转化 组织表达模式分析

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水稻OsRLCK167基因的组织表达模式和生物信息学分析

6

作者 马银花 刘桃梅 +7 位作者 万天雪 肖新波 胡琼 李萍芳 段仁燕 张斌 金晨钟 杜波 《山东农业科学》 北大核心 2023年第5期8-14,共7页

类受体胞质激酶(receptor-like cytoplasmic kinases,RLCKs)家族是一类特殊蛋白激酶,在植物生长和病原菌防御中发挥着重要的生物学功能。在对水稻RLCKⅥ家族成员OsRRK1基因的研究中发现水稻4号染色体上存在一个与其同源性特别高的基因,... 类受体胞质激酶(receptor-like cytoplasmic kinases,RLCKs)家族是一类特殊蛋白激酶,在植物生长和病原菌防御中发挥着重要的生物学功能。在对水稻RLCKⅥ家族成员OsRRK1基因的研究中发现水稻4号染色体上存在一个与其同源性特别高的基因,即OsRLCK167(LOC_Os04g56060)。为了丰富类受体胞质激酶家族并探究水稻胞质受体激酶基因的作用,本研究利用ExPASy-Protparam、Protscale、CD-search等在线工具和DNAMAN软件对OsRLCK167基因进行生物信息学分析;采用qRT-PCR技术对OsRLCK167基因做组织表达模式分析。结果显示:OsRLCK167蛋白的分子量为43.77776 kD,为疏水性、不稳定的酸性蛋白;对该蛋白的二级结构进行预测,显示其主要由无规则卷曲(41.94%)、α-螺旋(35.29%)、延伸链(15.35%)和β-转角(7.42%)组成;该基因在水稻不同组织均有表达,且在叶鞘中的表达量最高。结果表明,OsRLCK167基因在进化过程中具有高度的保守性,在水稻中具有功能多样性。 展开更多

关键词 水稻 OsRLCK167基因 组织表达模式 生物信息学分析

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烟草NtPsbS的亚细胞定位及编码基因表达模式分析

7

作者 范普晴 周厚良 +5 位作者 宋杉杉 林法明 石永春 王潇然 王燃 张小全 《华北农学报》 北大核心 2025年第2期49-55,共7页

为了解PsbS蛋白在烟草中的表达特征,从烟草品种K326的cDNA中克隆了NtPsbS基因全长序列,利用DNAMAN软件对水稻、番茄、大豆等7种作物PsbS蛋白的氨基酸序列与NtPsbS蛋白的氨基酸序列进行比对,并使用MEGA 11软件采用邻接法建立系统发育树... 为了解PsbS蛋白在烟草中的表达特征,从烟草品种K326的cDNA中克隆了NtPsbS基因全长序列,利用DNAMAN软件对水稻、番茄、大豆等7种作物PsbS蛋白的氨基酸序列与NtPsbS蛋白的氨基酸序列进行比对,并使用MEGA 11软件采用邻接法建立系统发育树对其进行遗传进化分析;利用qRT-PCR技术检测烟草不同生育时期NtPsbS基因的组织表达水平;构建pS1300-PsbS-GFP植物表达载体研究其成熟蛋白亚细胞定位特性;对烟草品种K326进行各类非生物胁迫处理,研究该基因在非生物胁迫条件下的表达模式。结果表明,NtPsbS基因全长825 bp,编码274个氨基酸;NtPsbS蛋白与番茄SlPsbS蛋白相似性最高,达到91%;NtPsbS在旺长期和成熟期烟草品种K326的叶、根、茎、种子等部位均有表达,在叶片中表达量最高;成熟NtPsbS蛋白定位于烟草叶绿体内;NtPsbS在盐胁迫、冷胁迫及脱落酸ABA处理下表达量均显著升高。综上所述,NtPsbS基因在不同生育时期的烟草叶片中表达量最高,对盐胁迫、冷胁迫及脱落酸ABA处理均有响应,说明该基因可能参与烟草体内抗盐、抗冷胁迫及ABA代谢通路,为后续开展NtPsbS基因的功能特性解析提供了参考。 展开更多

关键词 普通烟草 PsbS基因 亚细胞定位 组织表达模式 非生物胁迫

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甘薯IbNRT2基因家族全基因组鉴定和表达分析

8

作者 王芳 乔帅 +4 位作者 宋伟 崔鹏娟 廖安忠 谭文芳 杨松涛 《生物技术通报》 北大核心 2025年第7期193-204,共12页

【目的】鉴定甘薯高亲和硝酸盐转运体NRT2家族成员,分析其理化性质、基因结构和不同胁迫下表达分析,为甘薯NRT2家族成员功能鉴定提供理论支持。【方法】利用NCBI和甘薯基因组数据库,采用生物信息学、转录组分析和低氮表型筛选等方法,系... 【目的】鉴定甘薯高亲和硝酸盐转运体NRT2家族成员,分析其理化性质、基因结构和不同胁迫下表达分析,为甘薯NRT2家族成员功能鉴定提供理论支持。【方法】利用NCBI和甘薯基因组数据库,采用生物信息学、转录组分析和低氮表型筛选等方法,系统鉴定IbNRT2基因成员,并对其基因结构、保守基序和表达特性等进行分析。【结果】在甘薯全基因组中鉴定到7个IbNRT2高亲和硝酸盐转运体基因。理化性质分析结果显示,IbNRT2家族成员编码氨基酸残基数为462-536,理论等电点均大于7,且所有编码蛋白为疏水蛋白。7个甘薯IbNRT2和9个近缘野生二倍体甘薯(Ipomoea trifida)ItfNRT2基因均分布在5条染色体上。系统进化树分析显示,7个IbNRT2家族成员分成3个亚组,甘薯与野生二倍体的亲缘关系最近。顺式作用元件分析表明,IbNRT2基因启动子区域存在大量环境及激素类响应元件,其中光信号响应元件最多。甘薯种内共线性关系显示,7个IbNRT2基因存在2对共线性关系;种间共线性关系结果显示,甘薯与野生二倍体ItfNRT2基因之间形成7对共线性关系,与拟南芥AtNRT2形成4对共线性关系。不同部位组织和盐胁迫表达分析结果揭示IbNRT2.7具有较为广泛的表达,在种子和叶片中表达最高且受盐胁迫诱导表达上调;IbNRT2.1、IbNRT2.2主要在根部表达且受盐胁迫诱导表达下调。在不同氮处理甘薯品种中进行RT-qPCR分析,结果揭示IbNRT2.1和IbNRT2.2受低硝酸盐诱导最明显,且在氮高效甘薯品种中(川薯221、川薯228、西成薯007)的诱导表达倍数高于氮低效甘薯品种(普薯32、绵紫薯9)。【结论】甘薯中鉴定出7个IbNRT2基因,在不同部位、盐胁迫和低氮胁迫下的表达模式存在差异,为进一步研究IbNRT2在不同部位的功能奠定基础。 展开更多

关键词 甘薯 NRT2基因 组织表达模式 盐胁迫表达模式 低氮表型

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黄瓜WIP转录因子家族基因的鉴定及表达分析

9

作者 韩瑞月 刘晓林 +3 位作者 辛同旭 李森 杨学勇 孙进京 《中国蔬菜》 北大核心 2025年第2期44-55,共12页

WIP蛋白属于C2H2锌指蛋白的A1d亚组,目前研究发现CsWIP1在黄瓜中参与性别决定,但WIP基因在黄瓜生长发育过程中仍存在未知的功能。在黄瓜、甜瓜、西瓜、冬瓜、葫芦和美洲南瓜中鉴定出40个WIP基因家族成员。利用在线网站对葫芦科WIP蛋白... WIP蛋白属于C2H2锌指蛋白的A1d亚组,目前研究发现CsWIP1在黄瓜中参与性别决定,但WIP基因在黄瓜生长发育过程中仍存在未知的功能。在黄瓜、甜瓜、西瓜、冬瓜、葫芦和美洲南瓜中鉴定出40个WIP基因家族成员。利用在线网站对葫芦科WIP蛋白进行理化性质分析,通过生物信息学进行染色体定位、基因结构等分析。对黄瓜WIP基因的顺式元件进一步分析表明,WIP家族基因具有空间表达、植物激素、光响应元件等顺式作用元件。黄瓜不同组织的实时荧光定量PCR分析发现,CsaV3_1G014730和CsaV3_4G031370可能在黄瓜的顶芽发育中发挥重要作用;CsaV3_4G024150(CsWIP1)、CsaV3_3G039140、CsaV3_7G031140和CsaV3_5G023030则可能参与雌花、雄花、传输通道以及雄配子的生长发育,推测WIP基因可能在黄瓜传输通道发育、叶脉模式调控等过程中起着重要的作用。 展开更多

关键词 黄瓜 WIP基因家族 转录因子 生物信息学分析 组织表达模式

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TAC1和PRLR基因在绵羊不同繁殖状态下的表达模式分析 被引量：12

10

作者 李晓雨 贺小云 +8 位作者 刘秋月 王翔宇 郭晓飞 夏青 胡文萍 张效生 张金龙 储明星 狄冉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期253-262,共10页

旨在进一步揭示TAC1和PRLR基因在绵羊季节性发情调控和繁殖时期转换中的作用。本研究利用实时荧光定量PCR技术分析TAC1和PRLR基因在不同光照条件下的成年苏尼特母羊(季节性发情品种)和处于不同繁殖时期的成年小尾寒羊母羊(常年发情品种... 旨在进一步揭示TAC1和PRLR基因在绵羊季节性发情调控和繁殖时期转换中的作用。本研究利用实时荧光定量PCR技术分析TAC1和PRLR基因在不同光照条件下的成年苏尼特母羊(季节性发情品种)和处于不同繁殖时期的成年小尾寒羊母羊(常年发情品种)10种组织(下丘脑、垂体、松果体、大脑、小脑、卵巢、子宫体、输卵管、肾、肾上腺)中的表达模式。结果表明:1)TAC1和PRLR基因在两品种绵羊10种组织中均有表达,且组织表达特征基本一致,TAC1基因主要表达于性腺轴组织,PRLR基因主要在垂体和肾上腺中表达。2)TAC1和PRLR基因在长光照(LP)条件下苏尼特羊各组织中的表达量均高于短光照(SP)下表达量,在小尾寒羊大多数组织中黄体期表达量高于卵泡期。3)由短光照转换为长光照后,TAC1基因在苏尼特羊垂体中的表达量缓慢增加,在长光照49天时表达量极显著高于短光照和其它长光照时间点(P<0.01);PRLR基因在苏尼特羊垂体中表达量从LP3D开始显著升高(P<0.05),至LP21D时达到峰值,下丘脑中表达量从LP15D开始显著高于短光照(P<0.05),且有持续升高的趋势。以上结果暗示了TAC1和PRLR基因可能涉及绵羊季节性繁殖和繁殖时期转换的调控,明确了它们发挥作用的主要组织,同时揭示了这2个基因由短光照转换为长光照后的表达变化趋势,发现PRLR基因在垂体和下丘脑中具有不同的响应模式。 展开更多

关键词 绵羊 TAC1 PRLR 组织表达模式 季节性繁殖 繁殖时期转换

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企鹅珍珠贝组织蛋白酶D的cDNA克隆、序列特征分析和应激表达研究 被引量：9

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作者 潘俐玲 黄桂菊 +2 位作者 成书营 王晓宁 喻达辉 《南方水产科学》 CAS 北大核心 2012年第2期22-29,共8页

笔者初步研究了企鹅珍珠贝(Pteria penguin)组织蛋白酶D(cathepsin D,CTSD)的基因克隆和功能,通过同源克隆方法和cDNA末端快速扩增技术(RACE)获得了企鹅珍珠贝组织蛋白酶D基因(命名为pgCTSD)。该基因cDNA全长1 767 bp,其中5'UTR为38... 笔者初步研究了企鹅珍珠贝(Pteria penguin)组织蛋白酶D(cathepsin D,CTSD)的基因克隆和功能,通过同源克隆方法和cDNA末端快速扩增技术(RACE)获得了企鹅珍珠贝组织蛋白酶D基因(命名为pgCTSD)。该基因cDNA全长1 767 bp,其中5'UTR为38 bp,3'UTR为553 bp,ORF为1 176 bp,编码392个氨基酸,包括信号肽(Met1-Ala18)、前体域(Leu19-Lys47)和成熟域(Tyr48-Ser392)三部分,分子量为42.3 kDa,等电点为8.04。pgCTSD氨基酸序列与大珠母贝(Pinctada maxima)pmCTSD的相似性最高(79%),与其他物种的相似性为59%～75%。荧光定量分析表明,空白对照组中pgCTSD mRNA在闭壳肌、性腺、肝胰脏、外套膜和鳃组织中都有表达,且在闭壳肌中表达量最少,肝胰脏中最高。与试验对照组相比,脂多糖(LPS)刺激6 h后性腺和肝胰脏显著下降,闭壳肌的表达量虽不大但增加显著,外套膜和鳃组织变化不显著;哈维弧菌(Vibrio harveyi)刺激6 h后肝胰腺和外套膜显著下降,闭壳肌和鳃显著上升,性腺无显著变化。肝胰腺中pgCTSD对LPS和弧菌刺激的应答反应表明pgCTSD可能参与了免疫反应。 展开更多

关键词 企鹅珍珠贝 组织蛋白酶D LPS刺激 弧菌刺激 组织表达模式

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中华蜜蜂感觉神经元膜蛋白基因克隆、组织表达分析及原核表达 被引量：6

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作者 胡颖颖 徐书法 +3 位作者 李薇 Abebe Jenberie WUBIE 国占宝 周婷 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期9-17,共9页

为明确中华蜜蜂Apis cerana cerana嗅觉形成中重要功能因子的信号转导通路,本研究利用RT-PCR方法,克隆了中华蜜蜂感觉神经元膜蛋白(sensory neuron membrane protein,SNMP)基因编码区,GenBank登录号为KC012595,命名为AccSNMP1。序列分... 为明确中华蜜蜂Apis cerana cerana嗅觉形成中重要功能因子的信号转导通路,本研究利用RT-PCR方法,克隆了中华蜜蜂感觉神经元膜蛋白(sensory neuron membrane protein,SNMP)基因编码区,GenBank登录号为KC012595,命名为AccSNMP1。序列分析表明,该编码区开放阅读框长1563bp,编码520个氨基酸,推测的编码蛋白的相对分子量和等电点分别为58.02kD和5.83。同源性比较发现,中华蜜蜂AccSNMP1与其他昆虫感觉神经元膜蛋白基因同源性差异很大,在氨基酸水平上与西方蜜蜂Apis mellifera SNMP基因一致性达99.2%,与熊蜂Bombus impatiens SNMP基因一致性达90.9%,而与赤拟谷盗Tribolium castaneum SNMP基因一致性仅为22.7%。系统发育树显示中华蜜蜂与西方蜜蜂遗传距离最近。实时荧光定量PCR结果分析表明,AccSNMP1在触角中表达量最高,在足中表达量较高,与胸、腹、头(去除触角和喙)、喙中表达量相比差异显著(P<0.05)。构建原核表达载体pEASY-E1-AccSNMP1,经IPTG诱导,中华蜜蜂感觉神经元膜蛋白在大肠杆菌Escherichia coli BL21(DE3)中高效表达。结果为进一步研究AccSNMP1在中华蜜蜂体内的作用机理奠定了基础。 展开更多

关键词 中华蜜蜂 感觉神经元膜蛋白 基因克隆 组织表达模式 原核表达

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中华蜜蜂Malvolio基因Acmvl的克隆及组织表达分析 被引量：2

13

作者 孟娇 马卫华 +7 位作者 赵慧婷 邵有全 田嵩浩 杨珊珊 王树杰 杜亚丽 潘建芳 姜玉锁 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期721-730,共10页

【目的】本研究克隆了中华蜜蜂Apis cerana cerana Malvolio(Mvl)基因的c DNA序列,分析了其编码蛋白的结构特点,并探讨其mRNA在内勤蜂、采蜜蜂和采粉蜂各部位组织中的表达差异,以期为该基因的生物学功能研究提供参考。【方法】利用RT-PC... 【目的】本研究克隆了中华蜜蜂Apis cerana cerana Malvolio(Mvl)基因的c DNA序列,分析了其编码蛋白的结构特点,并探讨其mRNA在内勤蜂、采蜜蜂和采粉蜂各部位组织中的表达差异,以期为该基因的生物学功能研究提供参考。【方法】利用RT-PCR技术从中华蜜蜂内勤蜂头部组织中扩增和克隆获得Acmvl的全长序列,并采用多种生物信息学软件分析Acmvl蛋白的结构特征;采用Real-time PCR对中华蜜蜂Acmvl在内勤蜂、采蜜蜂和采粉蜂各组织中的表达特征进行分析。【结果】Acmvl基因c DNA全长为2 130 bp(Gen Bank登录号:KP662686),编码587个氨基酸,预测该蛋白分子量为65.86 k D,等电点为6.03,无信号肽,存在11个跨膜结构域、9个糖基化位点和14个潜在磷酸化位点;系统发育树分析结果显示,中华蜜蜂Acmvl与其他膜翅目昆虫Malvolio聚为一支,与小鼠Mus musculus和人Homo sapiens Nramp家族的Nramp2聚为另一大分支,且与小鼠、水稻Oryza sativa、黑腹果蝇Drosophila melanogaster和酵母Saccharomyces cerevisiae的Nramp家族同源体在跨膜区、跨膜区带电残基及转运蛋白特征结构域上有很高的保守性,尤其是与Nramp2。Acmvl基因在中华蜜蜂各部位组织中均有表达,但高表达于内勤蜂的胸部及采蜜蜂和采粉蜂的腹部和足部,提示该基因表达的差异影响采集行为。【结论】Acmvl属于Nramp基因家族,可能为Nramp2的同源基因,该基因影响采集行为可能与转运Cu2+,Mn2+和Fe2+(尤其是Fe2+)有关。 展开更多

关键词 中华蜜蜂 Malvolio 基因克隆 序列分析 组织表达模式

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2个慈竹NAC转录因子的克隆与组织表达分析

14

作者 李会萍 黎帮勇 +1 位作者 胡尚连 曹颖 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期895-901,共7页

以慈竹转录组数据为基础,结合毛竹基因组数据,采用同源克隆技术从慈竹中克隆到两个NAC基因Be NAC1(Gen Bank注册号:KU550706)和Be NAC2(Gen Bank注册号:KU821586),分别编码313和389个氨基酸残基。蛋白功能域预测和保守结构域多重对比分... 以慈竹转录组数据为基础,结合毛竹基因组数据,采用同源克隆技术从慈竹中克隆到两个NAC基因Be NAC1(Gen Bank注册号:KU550706)和Be NAC2(Gen Bank注册号:KU821586),分别编码313和389个氨基酸残基。蛋白功能域预测和保守结构域多重对比分析表明,Be NAC1和Be NAC2基因均含有NAM保守域,其模拟的蛋白质三维结构与已知晶体结构的水稻模型蛋白高度相似。亚细胞定位预测分析显示,Be NAC1主要集中在细胞质中;Be NAC2则主要集中在细胞核中。表达分析表明,Be NAC1和Be NAC2具有相似的组织特异性表达,在茎中表达量均明显高于笋和叶片,且Be NAC1在除笋之外各组织中的表达量均显著高于Be NAC2。 展开更多

关键词 慈竹 NAC转录因子 克隆 生物信息学分析 组织表达模式

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花生GATA基因家族鉴定和表达分析 被引量：2

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作者 王伟杰 雷亚柯 +3 位作者 张建航 展世杰 邓陈威 贾朝阳 《山西农业大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2024年第2期10-22,共13页

[目的]探究GATA基因家族在花生生长发育和抗旱调控中的作用。[方法]通过生物信息学方法鉴定花生GATA家族成员,分析其系统进化、基因结构、组织表达模式,最后结合转录组数据和实时荧光定量PCR技术筛选花生GATA家族响应干旱胁迫的关键基因... [目的]探究GATA基因家族在花生生长发育和抗旱调控中的作用。[方法]通过生物信息学方法鉴定花生GATA家族成员,分析其系统进化、基因结构、组织表达模式,最后结合转录组数据和实时荧光定量PCR技术筛选花生GATA家族响应干旱胁迫的关键基因。[结果]本文鉴定到47个GATA类转录因子编码基因,它们不均匀地分布在除2号、4号和14号染色体以外的17条染色体上。理化性质分析表明,该家族属于亲水性蛋白,大部分基因呈酸性,只有Arahy.QG9XFC.1具有信号肽。根据拟南芥家族同源基因聚类分析结果,可将花生GATA家族蛋白分为4个亚家族。其中第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ亚家族成员的锌指结构域特征模体为C_(X2)C_(X18)C_(X2)C,而第Ⅳ亚家族为C_(X2)C_(X20)C_(X2)C类型。大部分成员在A亚基因组和B亚基因组中呈对称分布,组织表达模式分析显示,超过半数的GATA家族成员在22个组织中表现不同程度的特异性表达。其中第Ⅰ亚家族Arahy.LJYJ4M、Arahy.VS8GG1、Arahy.3S8P0L和Arahy.I6JZDT在所有组织中均显示较高的表达水平。然而Arahy.QY7BN7和Arahy.F7WS4I在叶片,Arahy.C6NV9N在花被中表达较高,Arahy.4Y7J59和Arahy.D56WMI在种子中呈现组织特异性高表达特性。转录组数据分析发现,34个GA⁃TA基因响应干旱、低温、ABA和BR激素处理,5个GATA基因在干旱和低温胁迫下表达量发生显著上调,1个基因发生显著下调。进一步RT-qPCR分析表明,Arahy.C6NV9N和Arahy.2SUK7S特异性响应PEG胁迫的基因,尤其前者在叶组织中胁迫早期呈现持续上调表达。[结论]花生中有47个GATA基因,其中Arahy.C6NV9N和Ara⁃hy.2SUK7S可能是花生GATA家族响应干旱胁迫关键基因。 展开更多

关键词 花生 转录因子 GATA 组织表达模式 干旱胁迫

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黄曲条跳甲气味结合蛋白基因PstrOBP1克隆测序及其原核表达 被引量：2

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作者 张国辉 杨岭 +2 位作者 夏根 田晓丽 毛永娜 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期2015-2022,共8页

【目的】对黄曲条跳甲气味结合蛋白基因PstrOBP1进行克隆测序及其原核表达,以期为深入探究PstrOBP1基因的分子特征、功能机制及异源表达条件提供理论依据。【方法】基于黄曲条跳甲头部转录组数据,通过RT-PCR克隆编码黄曲条跳甲气味结合... 【目的】对黄曲条跳甲气味结合蛋白基因PstrOBP1进行克隆测序及其原核表达,以期为深入探究PstrOBP1基因的分子特征、功能机制及异源表达条件提供理论依据。【方法】基于黄曲条跳甲头部转录组数据,通过RT-PCR克隆编码黄曲条跳甲气味结合蛋白的基因PstrOBP1,对其进行生物信息学分析,并采用半定量PCR检测组织表达模式,以原核表达系统和镍柱表达纯化PstrOBP1融合蛋白,采用Western blotting对其进行验证,并对PstrOBP1进行同源比对及构建系统发育进化树。【结果】PstrOBP1基因开放阅读框(ORF)长459 bp,编码152个氨基酸残基,N端含有19个氨基酸残基组成的信号肽序列,其中有6个保守半胱氨酸残基,属于Classic OBPs亚家族。PstrOBP1与榆绿毛萤叶甲PaenOBP13和榆黄毛萤叶甲PmacOBP13的氨基酸序列的相似性较高,分别为52.3%和51.5%,表明其与二者亲缘关系较近,推测具有相似功能。组织表达分析结果显示,PstrOBP1基因特异性表达于黄曲条跳甲成虫的头部,暗示该基因参与了黄曲条跳甲成虫的化学感受过程。经多次优化原核表达条件,表达出大量可溶性PstrOBP1蛋白。Western blotting检测结果显示,PstrOBP1基因在大肠杆菌中成功表达约32 kD的重组蛋白。【结论】成功克隆PstrOBP1基因,其编码蛋白很可能是一个参与黄曲条跳甲化学通讯过程的重要嗅觉蛋白。通过反复优化原核表达条件,表达出大量可溶性蛋白,为该蛋白后续功能研究所需的蛋白样品准备提供参考。 展开更多

关键词 黄曲条跳甲 气味结合蛋白 序列分析 组织表达模式 原核表达

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中国南瓜bHLH转录因子家族的鉴定与生物信息学分析 被引量：1

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作者 李彩霞 李艺 +4 位作者 穆宏秀 林俊轩 白龙强 孙美华 苗妍秀 《生物技术通报》 北大核心 2025年第1期186-197,共12页

【目的】基于中国南瓜全基因组数据,鉴定中国南瓜bHLH转录因子家族成员并分析其理化性质和结构等,为中国南瓜bHLH转录因子家族的生物学功能研究提供理论支撑。【方法】利用NCBI和中国南瓜基因组数据库等对中国南瓜bHLH基因家族进行鉴定... 【目的】基于中国南瓜全基因组数据,鉴定中国南瓜bHLH转录因子家族成员并分析其理化性质和结构等,为中国南瓜bHLH转录因子家族的生物学功能研究提供理论支撑。【方法】利用NCBI和中国南瓜基因组数据库等对中国南瓜bHLH基因家族进行鉴定,利用ExPASy ProtParam tool、DNAMAN和MAGA5.1等软件进行基本理化性质、系统进化、保守基序、启动子作用元件和表达模式等生物信息学分析。【结果】在中国南瓜全基因组中共鉴定出153个CmobHLHs基因,不均等地分布在20条染色体上。CmobHLH蛋白质含有91-897个氨基酸,理论等电点介于4.77-10.33;亚细胞定位预测表明有139个CmobHLH蛋白位于细胞核;系统进化分析将CmobHLH蛋白分为8个亚家族;保守基序(motif)预测结果表明,中国南瓜共含10条motif,其中motif1和motif2普遍存在于153个bHLH蛋白中。CmobHLHs在中国南瓜的各个部位均有表达,CmobHLH41、CmobHLH5、CmobHLH36和CmobHLH88分别在果实、叶片、茎和根中表达量最高;盐胁迫下,100个CmobHLHs基因表达量上调,49个CmobHLHs基因表达量下调。RT-q PCR结果表明盐胁迫下CmobHLH52和CmobHLH148基因表达量显著上调,而CmobHLH8、CmobHLH83、CmobHLH93和CmobHLH115基因表达量显著下调,与转录组结果基本一致。【结论】鉴定出153个CmobHLHs基因,家族成员在不同部位和盐胁迫下的表达模式存在差异,为挖掘南瓜bHLH转录因子在抗盐等方面的功能提供理论基础。 展开更多

关键词 中国南瓜 BHLH 理化性质 系统进化树 组织表达模式 盐胁迫表达模式

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花生丙二酰单酰CoA转酰基酶(MCMT)基因家族应对不同胁迫的响应模式

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作者 彭振英 孟静静 +8 位作者 唐朝辉 王建国 张佳蕾 郭峰 杨莎 张智猛 丁红 李新国 万书波 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1078-1089,共12页

丙二酰单酰CoA:ACP转酰基酶(malonyl-CoA:ACP malonyltransacylase,MCMT)催化由丙二酰单酰CoA形成丙二酰单酰ACP。它既是生物脂肪酸合成的基本构成要素,又是细胞膜、储藏油脂和脂信号分子的重要成分。本文就花生MCMT基因家族成员的各项... 丙二酰单酰CoA:ACP转酰基酶(malonyl-CoA:ACP malonyltransacylase,MCMT)催化由丙二酰单酰CoA形成丙二酰单酰ACP。它既是生物脂肪酸合成的基本构成要素,又是细胞膜、储藏油脂和脂信号分子的重要成分。本文就花生MCMT基因家族成员的各项特征做了系统分析。结果表明,栽培花生基因组中共有5个AhMCMTs基因,分别位于5条不同的染色体上。这5个AhMCMTs均含有较多的内含子,数目为9~12个。蛋白长度从277到472个氨基酸不等,且均无跨膜结构,都定位于叶绿体中。有3个AhMCMTs具有可变剪接现象,其中arahy.FJ253B和arahy.R7F6LC各有6个剪接体,arahy.T9C115有2个剪接体。可变剪接类型以内含子滞留、外显子跳跃和发生在5’-UTR的可变剪接为主。通过进化树分析发现,栽培花生与油菜、山茶和羽扇豆基因组中含有较多的MCMT基因,可能是发生了基因家族扩张现象。根据花生转录组数据发现它们的组织特异性表达模式显著不同,arahy.FJ253B表达量最高,几乎在所有组织器官中均有表达,推测是花生生长发育的主要作用基因。它们应对不同胁迫处理的反应模式也各不相同,并且同一个基因在相同胁迫处理下,在根中和叶中的反应模式也不同,显示出这5个AhMCMT基因应对不同胁迫处理时的不同分工。 展开更多

关键词 花生 丙二酰单酰CoA:ACP转酰基酶 可变剪接 组织特异性表达模式 胁迫处理

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黄曲条跳甲短链气味结合蛋白基因PstrOBP-sc分子和功能特点分析

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作者 田晓丽 宋旭荣 +2 位作者 毛永娜 李传仁 张国辉 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期2464-2472,共9页

【目的】分析黄曲条跳甲(Phyllotreta striolata)短链气味结合蛋白(Odorant binding protein,OBP)基因PstrOBP-sc分子和功能特点,为揭示昆虫短链OBP基因的功能提供参考。【方法】利用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)克隆黄曲条跳甲短链Class... 【目的】分析黄曲条跳甲(Phyllotreta striolata)短链气味结合蛋白(Odorant binding protein,OBP)基因PstrOBP-sc分子和功能特点,为揭示昆虫短链OBP基因的功能提供参考。【方法】利用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)克隆黄曲条跳甲短链Classic OBP基因,并对其进行生物信息学分析;通过逆转录聚合酶链反应技术分析短链OBP基因在黄曲条跳甲雌、雄成虫不同组织中的表达情况;构建重组表达载体异源表达短链OBP基因,以聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和蛋白质印迹法(Western blotting)验证目的蛋白;运用荧光结合试验检测短链OBP的配体结合能力。【结果】通过逆转录聚合酶链反应克隆验证,成功获得1条具有完整开放阅读框的黄曲条跳甲短链OBP基因PstrOBP-sc。PstrOBP-sc基因含有1个357 bp的开放阅读框,编码118个氨基酸残基,N末端具有1个由20个氨基酸残基组成的信号肽,成熟蛋白PSTROBP-SC仅由98个氨基酸残基组成,序列中含有6个保守的半胱氨酸,属于典型短链OBP基因。蛋白二级结构预测结果显示,PSTROBP-SC蛋白仅存在5个α-螺旋,且在第5个α-螺旋的下游仅有2个氨基酸残基。PstrOBP-sc基因组织表达模式及异源表达的PSTROBP-SC蛋白配体结合能力研究结果表明,PstrOBP-sc基因在黄曲条跳甲雌、雄成虫的所有供试组织中均有表达,而非特异性表达于嗅觉器官。同时,异源表达PSTROBP-SC不能结合荧光探针1-NPN。【结论】PstrOBP-sc基因的分子和功能特点不同于当前广泛研究的中长链OBP基因,其在生物体内很可能行使嗅觉以外的其他生理功能。 展开更多

关键词 黄曲条跳甲 短链气味结合蛋白 分子特征 组织表达模式 荧光结合试验

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